Entry: PS51311

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] SCGB
Accession [info] PS51311
Entry type [info] MATRIX
Date [info] APR-2007 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUL-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC00338
Associated ProRule [info] PRU00643

Name and characterization of the entry

Description [info] Secretoglobin (SCGB) family profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=70;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=65;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.8306879; R2=0.0210770; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2943.74037; R2=24.83773; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=317; N_SCORE=8.5; H_SCORE=7862; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=222; N_SCORE=6.5; H_SCORE=7862; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='D'; M= -4,  9,-23, 13, 13,-28,  2, -6,-26, -4,-25,-18,  8,-11,  6, -7, 11, -3,-21,-32,-20,  9;
/M: SY='I'; M= -6,-16,-25,-19,-21, -8, -4,-23,  8,-22,  0,  1,-12,-21,-20,-22, -9, -7,  8,-22,-10,-22;
/M: SY='C'; M=-10,-15,109,-26,-28,-20,-28,-27,-29,-28,-21,-20,-14,-38,-28,-28, -8, -9,-12,-49,-29,-28;
/M: SY='P'; M= -9, -6,-33, -1, 10,-29,-17,-10,-22, -1,-28,-18, -4, 45,  3, -9, -3, -7,-28,-30,-24,  4;
/M: SY='A'; M= 15,-17,-19,-23,-16, -6, -7,-19, -2,-15,  1, -2,-12,-18,-14,-13, -4, -6,  0,-19,-11,-16;
/M: SY='F'; M=-12,-29,-19,-34,-25, 30,-30,-21, 17,-27, 28, 14,-26,-29,-27,-20,-23, -8, 14,-12,  8,-25;
/M: SY='Q'; M= -5,  0,-25,  2,  5,-19,-15, -5,-13, -1, -7, -2, -6,-15,  6, -5, -7, -9,-12,-21, -6,  5;
/M: SY='D'; M=-12, 16,-27, 23, 19,-29,-13, 11,-30,  5,-25,-18, 11,-11, 11,  7,  4, -6,-26,-32,-13, 13;
/M: SY='V'; M= -1,-12,-17,-11, -7, -6,-22,-18,  4, -9, -2,  0,-15,-20,-14,-13, -7, -4, 15,-26,-10,-10;
/M: SY='I'; M= -6,-25,-20,-30,-24,  5,-31,-25, 26,-25, 17, 11,-20,-23,-21,-22,-12,  0, 23,-22, -2,-24;
/M: SY='E'; M= -5, -1,-25,  1, 10,-16,-19, -4,-14, -1,-11, -8, -3,-12,  4, -3, -3, -5,-13,-24, -9,  6;
/M: SY='T'; M=  3, -3,-19, -6, -6,-18, -5,-14,-16, -1,-11, -9, -1,-15, -6, -5,  3,  5,-10,-26,-14, -6;
/M: SY='F'; M=-11,-22,-17,-29,-22, 33,-27,-21,  4,-24, 15,  3,-18,-25,-26,-17,-11,  7,  6,-11,  9,-22;
/M: SY='L'; M= -6,-29,-22,-32,-22,  8,-31,-23, 25,-29, 36, 17,-25,-26,-20,-23,-24, -9, 14,-19,  0,-22;
/M: SY='N'; M=-10,  0,-19,-11,-14,  6,-16, -6,  0,-14,  2,  4, 10,-24,-13,-10, -7, -2, -5,-25, -5,-13;
/M: SY='G'; M=  0,  1,-25,  1, -5,-26, 23,-13,-27,-10,-26,-18,  5,-10, -9,-13,  8, -6,-21,-28,-23, -7;
/M: SY='T'; M= -1,  4,-16,  0, -2,-20, -8,-12,-19, -5,-22,-15,  7, -6, -2, -7, 19, 23,-12,-33,-16, -2;
/M: SY='P'; M= -7,-12,-26, -8,  8,-19,-24,-17, -6, -5,-12, -9,-15, 15, -6,-12, -6, -4, -3,-29,-18, -1;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='E'; M= -7,  2,-26,  9, 26,-24,-17, -1,-23, -2,-18,-16, -2,  7,  6, -7,  4, -3,-22,-32,-17, 15;
/M: SY='E'; M= -8,  2,-25,  7, 24,-20,-16, -7,-17, -1, -8,-11, -3,-11,  4, -5, -2, -7,-16,-29,-15, 14;
/M: SY='Y'; M=-18,-23,-27,-25,-21, 34,-30,  7,  3,-16, 10,  3,-22,-30,-16,-13,-22,-10, -5, 18, 59,-21;
/M: SY='E'; M=-10, -1,-25,  3, 14,-22,-21,  2,-16, 12,-15, -5, -5,-13,  4,  4, -7, -9, -9,-27,-10,  8;
/M: SY='E'; M=  1, -3,-23, -3, 12,-16,-10,-10,-19,  2,-11,-10, -3,-12,  0, -2, -3, -5,-15,-23,-14,  6;
/M: SY='T'; M= -2,-10,-21,-10,  0,-10,-18, -6, -9, -9, -6, -6, -9, -8,  0,-10,  2,  3,-10,-19,  1, -1;
/M: SY='L'; M= -7,-30,-17,-30,-23,  7,-30,-22, 23,-26, 38, 19,-30,-30,-22,-20,-24, -7, 21,-23, -3,-22;
/M: SY='K'; M=  0,  0,-26,  0, 15,-29,-10, -7,-24, 16,-22,-11, -1, -9, 16,  6,  0, -5,-21,-23,-15, 16;
/M: SY='K'; M= -9, -3,-29, -1, 16,-27,-20, -8,-22, 19,-20, -7, -5,  4, 12,  8, -7, -7,-20,-24,-14, 13;
/M: SY='F'; M=-19,-26,-23,-31,-26, 54,-30, -5,  2,-21,  6,  1,-21,-30,-27,-16,-19, -9,  0, 15, 47,-26;
/M: SY='N'; M= -8, 16,-22,  8,  0,-20,-13, -5,-12,  2,-20,-12, 22,-16, -1, -2,  4,  2,-13,-33,-15, -1;
/M: SY='A'; M= 12, -3,-21, -2,  0,-20,-12,-15,-14, -8,-15,-13, -7,  5, -5,-15,  1, -2, -9,-25,-17, -3;
/M: SY='D'; M= -8,  8,-26, 12,  0,-23,-11,-10,-19, -9,-16,-15,  4, 10, -7,-13, -2, -3,-19,-32,-19, -5;
/M: SY='P'; M=-11,  2,-31, 10,  7,-28,-16, -4,-23, -6,-23,-17, -2, 30, -1,-12, -2, -5,-25,-32,-20,  1;
/M: SY='E'; M= -1, -2,-24,  0,  9,-12,-17, -7,-14, -2,-12, -7, -7, -6, -2, -9, -4, -6,-12,-19, -4,  3;
/M: SY='A'; M= 16,-14,-15,-20,-11,-11,-16,-19,  4,-13,  2,  4,-13,-15,-11,-17,  0,  4,  8,-23,-12,-11;
/M: SY='R'; M= -6,-14,-21,-15, -5,-13,-23,-13, -4,  4, -2,  0,-13,-20, -3, 10, -9, -4,  3,-24,-10, -5;
/M: SY='E'; M=  1,  9,-23,  9, 22,-25,-13, -5,-24,  8,-21,-16,  7, -8,  7,  2,  5, -1,-20,-29,-18, 14;
/M: SY='A'; M= 35, -1,-12,-13, -8,-19, -2,-15,-12, -8,-13,-12,  2,-12, -8,-16, 11,  5, -5,-24,-19, -8;
/M: SY='M'; M=  0,-12,-21,-16,-13,-14, -4,-15, -5, -3, -5,  6, -8,-18, -9, -7, -7, -6, -1,-23,-12,-11;
/M: SY='E'; M= -2, -7,-21, -8,  1,-15,-15,-12,-10, -1, -3,  0, -8,-15, -3, -3, -5,  0, -6,-25,-12, -1;
/M: SY='E'; M=-10,  3,-29,  4, 22,-30,-16, -3,-23, 19,-22,-10,  2, -9, 21, 10, -4,-10,-24,-24,-14, 21;
/M: SY='L'; M=-10,-29,-19,-33,-26, 21,-31,-23, 22,-26, 26, 15,-26,-28,-26,-21,-21, -7, 20,-16,  4,-25;
/M: SY='K'; M=-10,  0,-30,  0, 11,-31,-20, -9,-29, 47,-29, -9,  0,-10, 14, 29, -9,-10,-21,-20,-10, 12;
/M: SY='R'; M=-11,  3,-28,  5, 14,-27,-18, -3,-24, 20,-23,-11,  4,-12, 14, 22, -2, -7,-21,-25,-13, 12;
/M: SY='C'; M= -9,-22, 96,-30,-29,-15,-30,-29,-21,-29,-10,-14,-22,-38,-29,-28,-12, -9, -4,-45,-25,-29;
/M: SY='F'; M= -9,-26,-18,-31,-26, 22,-30,-22, 18,-23, 10,  6,-21,-26,-26,-20,-12, -2, 21,-13,  9,-26;
/M: SY='D'; M= -9, 25,-24, 35,  6,-26,-13, -7,-21, -7,-12,-16,  7,-15, -6,-13, -4, -8,-15,-34,-16,  0;
/M: SY='E'; M= -5,  7,-22,  5, 11,-24,-15, -5,-23, 10,-22,-14,  8,-11,  9,  9,  6,  5,-18,-28,-14, 10;
/M: SY='M'; M= -8, -9,-22,-14, -5,-13,-22, -7,  1, -7,  6, 11, -7,-18,  9, -5, -8,  1, -6,-23, -6,  2;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='S'; M=  1, -3,-19, -6, -4,-20, -6,-12,-16, -9,-20,-11,  1,  5, -2,-11, 14, 14,-13,-31,-18, -4;
/M: SY='Q'; M=-13,  5,-28,  6,  7,-17,-18,  8,-17, -1,-13, -8,  4, -9,  9, -3, -7, -9,-22,-20,  1,  7;
/M: SY='E'; M= -9, -1,-27,  2, 17,-23,-13, -9,-17,  3,-13,-10, -4,-11,  4,  0, -4, -7,-14,-26,-15, 10;
/M: SY='T'; M= -8, 12,-21, 13,  5,-22,-15, -2,-23, -1,-21,-16,  8, -6, -2, -5,  9, 16,-16,-32,-12,  1;
/M: SY='R'; M=-14, -9,-28, -9,  2,-20,-22, -5,-21, 24,-11, -4, -5,-18, 10, 37,-12,-10,-16,-20, -8,  4;
/M: SY='E'; M= -5, -7,-23, -5, 12,-16,-21,  0, -7, -4, -5, -2, -8,-13,  1, -8, -4, -7, -6,-27,-10,  5;
/M: SY='N'; M= -8, 12,-21,  4,  1,-17,-11,  5,-12, -5,-13, -8, 22,-19,  5, -4,  2, -3,-17,-32,-13,  3;
/M: SY='I'; M=  0,-20,-20,-25,-21, -1,-26,-22, 22,-20, 11, 13,-18,-21,-18,-21,-13, -6, 20,-22, -5,-21;
/M: SY='G'; M=  3,-16,-20,-20,-17, -6,  5,-20, -6,-18, -5, -2,-11,-19,-18,-18, -4, -4, -1,-20,-12,-17;
/M: SY='K'; M= -2,-10,-20,-10,  0,-16,-20,-15, -8,  9, -8, -4,-10,-16, -4,  1, -4, -1,  1,-26,-11, -2;
/M: SY='L'; M= -7,-23,-17,-28,-21,  9,-26,-17, 16,-21, 21, 20,-21,-24,-17,-17,-14, -1, 15,-21, -1,-19;
/M: SY='L'; M= -8,-21,-20,-26,-16,  1,-27,-15, 18,-19, 25, 25,-21,-22,-12,-16,-17, -2, 11,-22, -3,-15;
/M: SY='E'; M= -5, -3,-22, -2,  7,-12,-16, -4,-11, -6,-11, -8, -4,-15, -3, -9, -2, -3, -5,-24, -7,  2;
/M: SY='K'; M=  0, -5,-23, -8,  3,-16,-18,-10,-18, 16,-16, -7, -5,-12,  4,  6, -4, -1,-13,-18, -5,  3;
/M: SY='I'; M= -8,-30,-25,-38,-30,  0,-38,-30, 45,-28, 18, 18,-22,-22,-22,-28,-18, -8, 35,-22, -2,-30;
/M: SY='Y'; M= -5,-19,-20,-22,-15, 14,-24, -8,  4,-16,  9,  4,-18,-24,-15,-15,-11, -2,  3, -7, 18,-16;
/M: SY='B'; M= -4, 12,-21, 11,  3,-22, -7, -7,-20, -1,-17,-14, 11,-14,  0, -5,  5,  3,-17,-31,-16,  1;
/M: SY='S'; M=  8, -1,-15, -2,  3,-19, -6, -9,-20,  0,-26,-17,  5,-11,  1, -5, 25, 11,-12,-31,-13,  2;
/I:         I=-14; MD=-29;
/M: SY='P'; M= -7, -1,-23,  3,  6,-21,-13, -7,-15,  2,-18,-11, -3, 15,  4, -1, -1, -5,-16,-22,-14,  3; D=-14;
/I:         I=-14; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='L'; M= -7, -8,-18, -6, -1, -6,-16,-11, -5, -6,  6, -1,-10,-14, -5, -6, -9, -3, -6,-10, -4, -3; D=-14;
/I:         I=-14; DM=-29;
/M: SY='C'; M=-11,-14,108,-22,-26,-22,-28,-28,-31,-28,-21,-21,-17,-38,-28,-28, -9,-10,-12,-49,-29,-27;
/M: SY='B'; M= -7, 10,-22,  9,  3,-23, -7, -4,-19,  1,-19, -6,  9,-13,  4, -3,  6,  1,-17,-31,-15,  4;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_09 which contains 546'439 sequence entries.


Total number of hits 30 in 30 different sequences
Number of true positive hits 30 in 30 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
30 sequences

ABP_MESAU   (Q0PGP2), FEL1A_FELCA (P30438), FEL1B_FELCA (P30440), 
PSC1_RAT    (P02782), PSC2_RAT    (P02781), S2B20_MOUSE (Q9JI02), 
S2B24_MOUSE (Q7M747), SC2B2_HUMAN (Q4G0G5), SG1C1_HUMAN (Q8TD33), 
SG1C1_MOUSE (Q7M742), SG1C1_RAT   (Q05702), SG1D1_HUMAN (O95968), 
SG1D2_HUMAN (O95969), SG1D4_HUMAN (Q6XE38), SG1D_BOVIN  (A0JNP2), 
SG2A1_HUMAN (O75556), SG2A1_RAT   (Q9JHB9), SG2A2_HUMAN (Q13296), 
SG2A2_RAT   (P02780), SG2B2_MOUSE (Q6UGQ3), UTER_BOVIN  (Q2VPS3), 
UTER_HORSE  (Q8MKG2), UTER_HUMAN  (P11684), UTER_LEPCA  (P06913), 
UTER_MACFU  (Q9TS45), UTER_MESAU  (Q8VD96), UTER_MOUSE  (Q06318), 
UTER_NEOAS  (Q65C83), UTER_RABIT  (P02779), UTER_RAT    (P17559)
» More

PDB
[Detailed view]
7 PDB

1CCD; 1PUO; 1UTG; 1UTR; 1ZKR; 2EJN; 2UTG

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission