Entry: PS51316

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] NBPF
Accession [info] PS51316
Entry type [info] MATRIX
Date [info] MAY-2007 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); FEB-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51316
Associated ProRule [info] PRU00647

Name and characterization of the entry

Description [info] Neuroblastoma breakpoint family (NBPF) domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'; LENGTH=92;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=92;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=3.0973206; R2=0.0065733; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=11790.51078; R2=24.57357; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1203; N_SCORE=11.0; H_SCORE=37593; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=473; N_SCORE=6.2; H_SCORE=22652; MODE=1; TEXT='R?';
/DEFAULT: M0=-68; D=-100; I=-100; B1=-1000; E1=-1000; MI=-255; MD=-255; IM=-255; DM=-255;
...
                A    C    D    E    F    G    H    I    K    L    M    N    P    Q    R    S    T    V    W    Y
/I:         B1=0; BI=-255; BD=-255;
/M: SY='E'; M=-108,-128, -88,  97,-129, -39,-102,-130,  65,-125,-117,-101,-107, -84,  27,-104,-108,-124,-125,-117;
/M: SY='N'; M=-112,-122,  39,-100,-119,-111,  35,  29,   4,-116, -10,  95,-119, -98,  51,-101, -34,-111,-135,-112;
/M: SY='H'; M=-112,-129,  58,  60,-126,-119,  71,-131,  28,-124,-115, -96,-113,  24,  59,-105,-109,-126,  21,-108;
/M: SY='K'; M=-106,  -3, -20,   6,-122,-100,  21,-126,  66,-125,-115,  49,-115, -92,  50,  49,-100,-122,  41,-111;
/M: SY='D'; M=-109,-126, 109, -54,-127,  26,-102,-131,-103,-130,-126, -17,-115,-102, -14,  17,-104,-127,-136,   0;
/I:         I=-20; MI=0; MD=-50; IM=0; DM=-50;
/M: SY='Q'; M= -60,-128,  44,  68,-126,-119,  11,-123,  41, -17,-111, -98,-111,  76,  10,-103,-108,-121,-126,-112;
/M: SY='E'; M=-107,-125, -87, 104,-124,-124,-105,-113,  40, -76,-113,-105,-107, -87, -96,-106,-106,  29,-127,-118;
/M: SY='E'; M=  27,-123,  40,  81,-128,  32,-107,-121,  -2,-121,-117,-101,-110,  -3,-104,-100,-107,  -8,-128,-119;
/M: SY='E'; M=-107,-127, -85, 107,-125, -44,-104, -39,  -1, -54,-113,-105,-106,  17, -99,-105,-107,   5,-127,-118;
/M: SY='E'; M=   7,-125, -87, 100,-129,-119,-103,-128,  64,-124,-117,-102,-106, -85, -90,-103,-106,-121,-125,-118;
/M: SY='D'; M=-106,-124,  88,  46,-124,  40,-109,-108,-106,-117,-115, -96,-115,-103,-113,-104,-106,  46,-136,-118;
/M: SY='Q'; M=-108,-128, -27, -86,-125,-117, -99,-115,  50,  12,-102, -99,-115, 121, -87,-101,-108,-118,-120,-108;
/M: SY='E'; M=-105,-123,  10,  74,-129,  49,-103,-131,  30,-128,-120,  61,-111, -93,-101, -16, -90,-126,-129,-120;
/M: SY='P'; M= -13,-126,-111,-104,-127,-110,-114,-118,-109, -49,-115,-110, 113,-109,-118,  54,   8,-118,-128,-123;
/M: SY='P'; M=-104,-121,-117,-111,-111,-117,-116, -94,-113,  14,-101,-114,  89,-112,-119,  46,   3,  50,-126,  -9;
/M: SY='C'; M=  62, 115, -27,-112,-122, -28,-117,-120,-113,-118,-114,-105,-121,-111,-118,  56, -98,-109,-133,-121;
/M: SY='P'; M= -26,-135,-116,-105,-126,-116,-117,-115,-112,  -2,-111,-121, 128,-114,-123,-111,-107,-120,-126,-127;
/M: SY='R'; M=-115,-131,-111, -99,-123,-125,-100,-130, -71,-122,-111,-104,-123, -87, 124,-109,-113,-124,-123,-110;
/I:         I=-26; MD=-65;
/M: SY='L'; M=-128,-131,-145,-137,-102,-147,-130, -94,-139,  84, -90,-144, -68,-132,-136, -69,-124,-101,-133,-115; D=-26;
/I:         I=-26; MD=-65; B1=0; BI=-255; BD=-255;
/M: SY='S'; M=-106,-127,-114,-119,-135,-112,-118,-136,-118,-140,-132,  38,-127,-111,-123,  95, -99,-130,-144, -40; D=-26;
/I:         I=-26; MI=-65; MD=-65; IM=-65; DM=-65;
/M: SY='R'; M=-123,-142,-123, -29,-138,   3,-115,-140, -93,-134,  11,-116,-134,  15,  94, -25,-125,-136,-137,-125; D=-26;
/I:         I=-26; DM=-65;
/M: SY='E'; M=-106,-125, -73, 105,-126,   0,-104,-117, -58,-118, -37,  26,-107, -88,-103,-103,-106,  17,-129,-119;
/M: SY='L'; M=-111,-117,-130,-122, -93,-131,-117, -78,-108,  81,  52,-128,   3,-117, -55,-121,-107,  43,-122,-103;
/M: SY='Q'; M=-110,-124,-115, -98,-109,-122,-103, -97,-102,  55,  65,-111,  20, 106,-102,-108,-109,-103,-120,-105;
/M: SY='E'; M= -40,-127,  53,  84,-129, -36,-103,-129,  62,-125, -35, -97,-108, -88,   1,-104, -85,-123,-128,-117;
/M: SY='V'; M=  54,-116,-105,  57,-117,-113,-115, -96,   4,-107,-105,-109, -48,-101,-108,  11, -32,  59,-128,-115;
/M: SY='E'; M=-107,-125,  -1,  96,-125,-122,-105,-116,  60,-118,-114,-102,-108, -87, -92,-105,-106,  22,-127,-117;
/M: SY='E'; M=-106,-127, -85, 106,-128,  10,-104,-124,  26,-122,-117,-103,-106, -86, -97,-104,-108, -11,-127,-120;
/I:         I=-30; MI=0; MD=-77; IM=0; DM=-77;
/M: SY='P'; M= -86,-130,-106,  14,-125,-116,  12,   2,  50,-121,-112, -14,  98,   9,  -7, -11,-105,-117,-124, -40;
/M: SY='E'; M=-107,-128, -80, 117,-131, -83,-101,-132,   1,-124,-120,-104,-103, -82, -97,-104,-108,-124,-127,-121;
/M: SY='V'; M= -43,-114, -38, -35, -49,-130,-130, -11,-120, -88, -16,-123,-125,-122,-122,-113, -99, 105,-134,-109;
/M: SY='P'; M=-114,-125,-123,-113, -56,-125,-117, -94,-118,  72, -90,-126,  99,-116,-123,-118, -72,-101,-122,-111;
/M: SY='Q'; M= -60,-131, -93,  72,-135,-104, -97,-125, -88,-102,-109,-100,-110, 122, -91, -98,-109,-124,-122,-112;
/M: SY='D'; M=  -7,-127, 117,  34,-134,-112,-102,-132,-101,-130,-128, -86,-113, -99,-109,-102,-105,-127,-145,-118;
/M: SY='S'; M= -90,-112,-103,-103,-122, -98,-106,-121,   4, -77,-117, -92, -52, -96,-105, 113, -85,-114,-129,-114;
/M: SY='L'; M=-114,-118,-132,-123, -89,-132,-118, -81,-124,  93, -79,-131,-131, -31,-122,-124,-112, -15,  75, -98;
/M: SY='D'; M=-112,-128, 110,  65,-133, -54,-101,-133, -98,-130,-127,  -9,-111, -95,-107,-103,-105,-128,-142, -84;
/M: SY='E'; M= -28,-127, -95,  83,-125,  -3,-104, -82, -84,-120,-114,-104,-112, -88,  83,-104, -25, -16,-126,-116;
/M: SY='C'; M=-108, 141,-125,-123, -30,   2,-123, -11, -29,-112,-112,-113,-132,-122,   8, -87,-109, -18,  35, -10;
/M: SY='Y'; M=  47,  27, -30,-112, -16,-102, -95,-108,-111,-106,-103,-112,-124,  12,-111,   1,-106, -58, -91, 115;
/M: SY='S'; M= -99,-116,-116,-115, -71,-112,-115,  49,-114,  34, -96,-107,-118,-107,-117,  86, -94,  -1,  23,-107;
/I:         I=-19; MI=0; MD=-47; IM=0; DM=-47;
/M: SY='T'; M= -29,-109,-105,-108,-115,-114,-115, -95,-105,-111,-108, -95,-107,-109,-113, -25, 121, -98,-135,-113;
/M: SY='P'; M=-113,  92,-117,-110,-115,-119,  22,-115,-114,  -6,-110,-117, 110, -63,-122,-111, -30,-117,-124,  27;
/M: SY='S'; M= -16,-112,-105,-105, -11, -98,-107,-120,-105,-123,-117, -94, -16, -98,-110, 112, -85,-113,-127,-111;
/M: SY='N'; M=-101,-117, -75, -38,-115,  27,-106,  28, -74, -75,  44,  79,-117,-104,-112,  54, -15,   3,-130,-114;
/M: SY='Y'; M=-104,  73,-112,-112, -29,-112,  45,-113,-111, -16,-106,-105,  38,-106,-113,  73, -99,-112,-109,  83;
/M: SY='H'; M=-115, -12,-113,-110,  32,-123, 115,-106,-111,  43, -95,-107,  50,-107, -22,-111,  -4,-110,-124, -32;
/M: SY='E'; M=  -7,-125,  47,  85,-130,  49,  14,-130, -99,-126,-120, -42,-109, -14,-107, -63,-108, -74,-129,-119;
/M: SY='P'; M= -40,-123,-121,-110,-105,-122,-113, -92,-113,  61,  45,-120,  78,  41, -69, -28,-107,   3,-123,-109;
/M: SY='P'; M=-107,  62,-112,-109, -84,-115,  37,-114,-109, -23,-108,-107,  84,-109, -43,  40,  45,-113,-119,  54;
/M: SY='D'; M=  13,-126, 111,  -1,  -1,-111, -13,-127,-102,-125,-123, -41, -19,-102, -24,-102,-105,-123,-137, -63;
/M: SY='S'; M= -93,  25,-107,-107, -82,-101,-108,-114,-107, -10,  25, -97,   4,-100,-111, 107, -87,-110,-129,-112;
/M: SY='C'; M=-112, 100, -89,-114,  37, -15,  80, -74, -58,-113,-109,  69, -17,-110,-112, -35,-106,-117, -86,  52;
/M: SY='Q'; M=-108,-131,-105, -78,-127,-116,   4,-120, -37, -26,-104,-100,-116, 127,  20, -28,-110,-122,  54,-105;
/M: SY='P'; M=-108,-132,-110,-102,-129,-112,  54,-123,-105,-128,-115,-109, 116, -16,  -4,  42,-102,-124,-129,-119;
/M: SY='Y'; M= -41,-129, -30,-111, -81,-122,  95, -30, -10,-106,-100,-108,  -2,-104,-105,-110,-112,-113, -91, 120;
/M: SY='R'; M= -37,-123,-108,-104,-123,  32,-105,-128,  -9,-125,-115,   5,-118, -94,  92,  53,-104,-122,  29,-112;
/M: SY='S'; M= -94,-114, -35,-103,-121, -65,-104,-120,  19,-122,  25,  46,-113, -96,-103, 102, -88,-115,-130,-114;
/M: SY='T'; M=  40, -20, -33,-110,-113,-111,-116, -14,-109, -26,-104, -21, -43,-109,-115,  21,  86,  19,-131,-113;
/M: SY='F'; M= -19,   8,-119, -87,  95,-121,-112,-102,  51, -10,-101, -59,-123, -16, -30,  12,-107, -11,-104, -85;
/M: SY='Y'; M=-115,-126, -22,-118,  39,-126,  50,  56, -35, -96, -95,-114,-125,-111,-113, -13,-109, -95, -92, 109;
/M: SY='S'; M=  10, -10,-111,-111,-111,-109,-114, -18,-110,   8,-102,-102,-114,-107,-114,  75,  64,  20,-130,-112;
/M: SY='F'; M=-114,-118,-128,-122,  88,-127,  -1, -89,-122,  67, -87,-121,-129, -10,-119,   8,-109, -38,-105, -85;
/I:         I=-28; MI=0; MD=-71; IM=0; DM=-71;
/M: SY='E'; M=-108,-128,  36, 110,-129,-106,-102,-127, -50, -52,-118,-102,-105, -16,-100,-104,-108, -51,-129,-119;
/M: SY='E'; M=-108,-129,  30, 103,-132,-121,-100,-130,  -6,-124,-118,-100,-106,  60, -27,-103,-108,-125,-128,-118;
/M: SY='Q'; M=-110,-128,  64,  -4,-124, -95, -24, -31,  38,   2, -13, -96,-115, 101, -93,-103,-108,-116,-126,-110;
/M: SY='H'; M=-111, -73, -24,  32,-116,-119,  93,-122,  41, -28,-106, -19,-115,  69,  32, -88, -28,-121,-123,  20;
/M: SY='V'; M=  16,-115,-127,-120, -29,-126,-127,  15, -34,  -4, -91,-122,-124,-119, -20,-111,-101,  92,-129,-108;
/M: SY='C'; M=-101,  84,  48, -97,-125,  65,-110,-130,-109,-127,-121,  32,-119,-108, -20,  43, -76,-123,-132, -58;
/M: SY='S'; M=-103,-115,-118,-116,  59, -32,-111, -98,-115,  48,  35,-109,-121,-110,-116,  75, -26,-101,  10, -95;
/M: SY='A'; M=  81,-112,  13,-103,-123,-102, -29,-115,-104,-117,-111,-102, -23, -13,  -5,  33,  40,-105,-127,-116;
/M: SY='L'; M=-111,-116,-131,-124, -27, -34,-117, -36,-124,  85,  42,-128,-129,-118,-122,-121,-108,  32,-120,-101;
/M: SY='D'; M=-104,-126, 106, -90,-116,-117,-106,  40,-106,-110,-111, -76,-117,-106, -17, -31, -96,  15,-134,  10;
/M: SY='V'; M=-105,-118,  31, -91,-104,  -9,-120,  37, -23, -18,  71,-114,-122,-116,-118,-113,-103,  78,-130,-108;
/M: SY='D'; M=  13,-121,  87,  16,-128,  40,-107,-124,-105,-125,-121, -92,-113,-102,-113,  42,-101, -21,-134,-118;
/I:         I=-11; MD=-28;
/M: SY='E'; M=-111,-130,-100,  61,-134,  -7,   8,-137,-100,-134,-126,  48,-121, -99,  40,  48,-108,-131,-138,-124; D=-11;
/I:         I=-11; MI=0; MD=-28; IM=0; DM=-28;
/M: SY='H'; M= -54,-144,-127,  34,-132,   8,  49,  44,-130,-120,-119, -46,-136,-125,-135,-128,-127,  12,-149,-128; D=-11;
/I:         I=-11; DM=-28;
/M: SY='E'; M=-118,-135,   5,  72,-132,-130,-114, -19,  49,-128,-123,-109,-118, -62,  19,-112,  15,-125,  32,-122; D=-11;
/I:         I=-11; DM=-28;
/M: SY='S'; M=-102,   8,-109,-103,-109,-111, -17,-115,  63, -21,   7,-100, -18, -97,  -9,  72, -11,-113,  58,  39;
/M: SY='S'; M=-102,-119,  34,-106, -19,  23,  44, -73,-109,   7,-107, -66, -38, -65,-112,  66,  21,-111,-117,  52;
/M: SY='H'; M=-113,-129,-101, -71,-118,-118, 134,-129,  32,-117,-103, -93,-116,  78, -73,-104,-112,-129,-132,  -2;
/M: SY='D'; M= -27,-122,  61,  42,-109,  23,  34,-103,-108,   8,-105, -69,-117,-104,-113,-105, -20,  34,-123,  37;
/M: SY='E'; M= -32,-123, -97,  77,-119, -23,-109,-105,  53, -24,-107,-107,  -3, -13, -26,-106,-105,  42,-126,-115;
/M: SY='W'; M=-109,  34,-104,  64,  38, -14,-113, -83,  51,-116,-115,-108,-115, -98, -68,  14,-109, -54, 110, -98;
/M: SY='E'; M= -42,-127, -91,  86,-128, -93,-101,-126,  23, -51,-113,-102,-109,  72,  43, -17,-107,-121,-124,-115;
/M: SY='D'; M= -27,-125,  94,   1,-123, -99,-103,-114,  28,-113,  70, -94,-115, -98,  35,-106,-106,  -9,-134,-113;
/M: SY='Q'; M=  64,-120,-110, -73,-126,  48, -42,-119, -41, -56,   8,-103,  -7,  85,-106, -95,-107,-113,-122,-116;
/M: SY='V'; M=-105,  21,  28,  14,-109, -27,-113, -28,  -7,   4,-100, -48,-120,-105,  36,  12,-103,  62,-128, -19;
/M: SY='P'; M=  13, -13,-103,-107,-118,-114,  62,  39,-102,-112,-105,  36,  75, -52,  37,   6,-104, -29,-129,-112;
/M: SY='S'; M=-103,-118,-116,-114,  40,-115,  -7,  64,-113, -49,  11,-106,   8,   2,-116,  68,  21, -51,-120,-101;
/M: SY='C'; M= -11,  79,-116, -93,-112, -11,  29,  41,  -4,   4,  18,  -5,  49,-111,-115,   4,   6, -99,-128,-112;
/M: SY='P'; M=-109,-132,-109, -96,-131,-113,  14,-123,  28,-127,-114,-107, 106,  65, -17,  25,-104,-124,-125,-119;
/I:         E1=0; IE=-255; DE=-255;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_03 which contains 542'782 sequence entries.


Total number of hits 92 in 21 different sequences
Number of true positive hits 92 in 21 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 1
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 98.92 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 10
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] NBPF
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
21 sequences

MYOME_HUMAN (Q5VU43), MYOME_MOUSE (Q80YT7), MYOME_RAT   (Q9WUJ3), 
NBP6L_BOVIN (Q32LC2), NBPF1_HUMAN (Q3BBV0), NBPF3_HUMAN (Q9H094), 
NBPF4_HUMAN (Q96M43), NBPF5_HUMAN (Q86XG9), NBPF6_HUMAN (Q5VWK0), 
NBPF7_HUMAN (P0C2Y1), NBPF8_HUMAN (Q3BBV2), NBPF9_HUMAN (Q3BBW0), 
NBPFA_HUMAN (Q6P3W6), NBPFB_HUMAN (Q86T75), NBPFC_HUMAN (Q5TAG4), 
NBPFE_HUMAN (Q5TI25), NBPFF_HUMAN (Q8N660), NBPFG_HUMAN (Q5SXJ2), 
NBPFK_HUMAN (Q3BBV1), NBPFL_HUMAN (A6NDD8), NBPFN_HUMAN (Q5RGN0)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
1 sequence

NBP6L_HUMAN (A8MWS5)

		

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission