Entry: PS51351

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] TFIIE_BETA_C
Accession [info] PS51351
Entry type [info] MATRIX
Date [info] DEC-2007 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); MAR-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51351
Associated ProRule [info] PRU00682

Name and characterization of the entry

Description [info] TFIIE beta central core DNA-binding domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=77;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=72;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=-0.5422181; R2=0.0149058; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1018.61905; R2=21.63203; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=607; N_SCORE=8.5; H_SCORE=11229; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=473; N_SCORE=6.5; H_SCORE=11229; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-5; D=-30; I=-30; B1=-500; E1=-500; MI=-50; MD=-50; IM=-50; DM=-50;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-50; BD=-50;
/M: SY='A'; M= 12, -5,-28,  2,  0,-18, -8,-11,-14,  2,-14, -8, -9,  5,  9,  5,  6,  2, -7,-27,-16, -1;
/M: SY='T'; M=  8, -2,-18, -3, -7, -8,-14,-18,  8, -5,  1,  1, -1,-17,-10,-14,  4, 10, 10,-35, -9, -9;
/M: SY='N'; M=  3,  9,-19,  3,  1,-22, -7,  0,-12, -2,-14, -7, 18, -8,  7,-11,  8, 10,-16,-39,-20,  3;
/M: SY='G'; M= -3, -5,-33, -9, -8,-28, 32, -6,-16, -3,-21,-18, -3, 14, -4, -7, -1,-11,-29,-11,-23, -9;
/I:         I=-7; MD=-12;
/M: SY='I'; M=  6,-10,-15,-17,-13,  1,-11,-10, 18, -5, 10, 11, -3,-19, -9,-12, -5,  4, 15,-22, -5,-13; D=-7;
/I:         I=-7; MD=-12;
/M: SY='N'; M= -2, 15,-14, 15,  0, -5, -6,-11,-10,  5, -7, -4, 16, -9, -6, -5, -1, -3,-10,-23, -8, -4; D=-7;
/I:         I=-7; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12;
/M: SY='I'; M=  0, -4,-12, -8,-10,  0,  1,-14, 10, -6,  5,  3, -3,-15,-13,-10, -6, -1,  5,-14,  0,-11; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-12;
/M: SY='T'; M=  3, -6,-21, -3, -9, -9,-18,-16, -2, -5, -4, -8, -8,-14, -5, -1,  8, 10,  8,-24, -1, -9;
/M: SY='G'; M=  6,  5,-29, -3, -6,-20, 30,-20,-10,  1,-19, -9, 11,-10, -5,-10,  7, -4,-21,-19,-27, -7;
/M: SY='S'; M=  4, -2,-18, -4, -4,-14, -8,-14,-10,  1, -9, -2,  2, -8,  3,  1, 10,  9, -6,-28,-13, -3;
/M: SY='H'; M= -9, -2,-33, -3,  1,-24,-20, 49,-16, -5,-10,  3,  5,  7, -1,-13, -3, -2,-20,-41, -7,  0;
/M: SY='V'; M=  7, -3,-21, -4,-10, -5,-12,-16,  8, -6,  6,  7, -2,-19, -6, -9, -4,  4, 10,-31, -5,-10;
/M: SY='F'; M=  1,-11,-24,-18,-16, 22,-14,-15,  5, -6,  8,  0, -3,-25,-13,-12,  0,  0,  6,-20,  2,-17;
/M: SY='T'; M= 10, -4,-26, -7,-14,-13,-10,-18, -1, -7, -3, -4,  0, -8, -4,-19, 16, 28,  7,-34, -8,-11;
/M: SY='Q'; M=  6,-10,-25, -8,  5,-15,-18,-11,-10,  5,-11,  0,-10, -5, 32, 16, -5,  1, -9,-16, -3, 13;
/M: SY='I'; M= -1,-17,-14,-23,-17, 10,-21,-13, 26,-13, 22, 14,-12,-31,-13,-13,-15,  1, 19,-22, 10,-16;
/M: SY='M'; M=  5, -7,-24,-10, -5,-11,-17, 10,  0, -3,  3, 15, -5, -9, -4,-12, -1,  8,  1,-37, -5, -5;
/M: SY='Y'; M=-15,-15,-35,-15,-10,  7,-17,  4, -1, -3,  5,  4,-11,-14, -9, -7,-10, -9, -1,  1, 20,-11;
/M: SY='A'; M= 22, -8,-25,-13,-11,-11,-11,-20, 17, -8, -1,  6, -4,-18,  1,-12,  1, 10, 20,-39,-20, -9;
/M: SY='I'; M=  4,-17,-18,-26,-27,  3,-20,-23, 42,-19, 15,  6, -8,-30,-22,-21, -7, 10, 38,-32,  1,-26;
/M: SY='E'; M=  3, 15, -9, 25, 30,-33,-12, -9,-24, 12,-13,-10,  7, -2,  6,-10,  3, -9,-22,-28,-21, 22;
/M: SY='Y'; M=-25,-23,-38,-18,-15, 21,-23,  6, -7, -9, 15, -2,-25,-17,-11, -7,-13, -9,  0, 20, 44,-15;
/M: SY='L'; M= -2,-14,-11,-20,-14,  4,-16, -5, 24, -9, 26, 24, -9,-31,-17,-17,-13,  2, 12,-25,  8,-14;
/M: SY='K'; M= -1, -8,-24, -8, 12, -7,-16,-13,-18, 24,-13, 11, -5, -2, 12, 18, -5,-12,-17,-14, -6, 10;
/M: SY='K'; M=  6,  5,-22,  5, 11,-22, -5,-15,-16, 12,-15,  0,  5,  0,  9, -3,  5,  2,-16,-27,-17,  9;
/M: SY='R'; M= -3,-11,-27,-10,  2,-15,-17,  4,-15, 11,-14,  8, -8, -1, 17, 25, -5,-11,-13,-19, -6,  5;
/I:         I=-7; MI=0; MD=-11; IM=0; DM=-11;
/M: SY='D'; M=  1, 13,-26, 20, -6,-19, -1,-18,-18, -2,-11,-13,  8,-14,  0,  3, -2, -7,-12,-26,-13, -6;
/M: SY='W'; M= -9,-15,-15,-10, 15,-13,-11, -8,-21,  6,-13, -7,-19, -6, 11,  9, -8,-21,-19, 19,  0, 13;
/M: SY='P'; M= -7,-19,-26,-10, 10,-33,-10,  1,-24,  7,-24,-31,-28, 77,  0, -9, -9, -4,-31,-14,-15,  2;
/M: SY='L'; M= -3, -8,-13, -6, -9,  3,-19,-13, 12, -6, 18, 14,-13,-25,-14, -6,-13, -2, 10,-23, 12,-11;
/M: SY='T'; M=  8, -4,-21, -7, -9,-19,-13,-12, -6, -4, -8, -9, -2, 15, -2,-20, 16, 29, -3,-41,-14, -7;
/M: SY='F'; M= -5,-15,-23,-25,-24, 36,-20,-20, 14,-12, 16, -1, -6,-31,-19,-14, -9, -4, 15,-15, 13,-24;
/M: SY='D'; M=  0, 15,-16, 28, 15,-22,-14,-12,-22,  2, -7,-16,  2, -9,  6, -6,  1, -7,-18,-25, -9, 10;
/M: SY='E'; M= -3,  4, -5, 14, 37,-33,-15, -8,-28, 12,-13,-12, -7,  1, 19, -3, -4,-16,-28, -1,-12, 32;
/M: SY='I'; M= -2,-18,-16,-34,-26,  4,-12,-18, 53,-20, 24, 12, -4,-30,-20,-28,-12,  0, 34,-28, -3,-26;
/M: SY='Q'; M=  0, -7,-11, -8,  2, -6,-17, -7, -2, -1,  6, 11, -7,-17, 12,  6,-11, -4, -7,-21,  2,  6;
/M: SY='D'; M=  3, 22,-20, 35,  7,-29, -3,-15,-19,  0,-12,-19, 10,-12, -8,-12,  8, -2,-14,-33,-17,  0;
/I:         I=-7; MD=-12;
/M: SY='F'; M= -6, -9,-20, -9,  1,  9,-14,  1, -9,  3,  1, -1, -8, -6, -2, -3, -4, -8, -5, -3,  9, -1; D=-7;
/I:         I=-7; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12;
/M: SY='Y'; M=-11,-16,-29,-15,-19, 13,-25, -5,  5,-14, 18,  1,-16,-19,-13,-15, -6, 10, 13,-11, 30,-17;
/I:         I=-9; MD=-15;
/M: SY='D'; M= -6,  2,-26, 11, -1,-16, -5,  9,-17,  0, -8, -5, -5, -4, -1,  5, -1,-10,-13,-13,  0, -3; D=-9;
/I:         I=-9; MI=-15; IM=-15; DM=-15;
/M: SY='I'; M= -7,-19,-15,-23,-17, 13,-18,-18, 20,-16, 16,  1,-19,-20,-15,-14,-15, -3, 15, -6, 14,-16;
/M: SY='G'; M=  3,  8,-26, 10, -1,-24, 16, -5,-16, -3,-17,-17,  5, -9,-10,-13, 15, -1,-20,-24,-21, -7;
/M: SY='L'; M= -6, -9, -5, -9, -3, -9,-18, -3, -3, -5,  3, -1,-10, -1, -6,-11, -7, -1, -8,-26, -5, -5;
/M: SY='P'; M= -3,  7,-27, 12,  5,-26,-11, 12,-22,  4,-19,-11,  5, 14,  1, -1,  1, -4,-23,-36,-15,  0;
/M: SY='Q'; M=  0, -3,-26, -2,  1,-13, -7,-12, -7,  3, -9, -6, -4, -2,  5, -1, -2, -1,-11,-19, -5,  0;
/M: SY='N'; M=  5,  9,-23,  8, -1,-18, -3,-16,-12,  4,-11, -1, 10, -9,  3, -3,  3,  3,-11,-32,-16, -1;
/M: SY='E'; M=  0,  0,-22,  8, 16,-23,-13, -6,-20,  7,-11,-12, -6, 10, 11, -3, -1, -4,-18,-19, -7, 12;
/M: SY='W'; M= -3,-15,-15,-17, -1,  3,-14,-17, -2, -3,  3, -1,-15,-18, -3, -8, -6, -6, -2,  5,  4, -2;
/M: SY='L'; M= -8,-16,-12,-20,-19, 26,-23, -9, 21,-18, 27, 10,-17,-31,-22,-17,-15, -2, 17,-20, 22,-19;
/I:         I=-7; MD=-12;
/M: SY='I'; M=  3,-12,-14,-15, -8,  3,-15,-12, 10, -6,  8,  6, -9,-19, -2, -3, -8, -2, 10,-18,  0, -6; D=-7;
/I:         I=-7; MI=0; MD=-12; IM=0; DM=-12;
/M: SY='E'; M= -2,  1, -9,  8, 27,-32,-15, -2,-26, 11,-17,-14, -3, 16, 20,  5, -4,-11,-27,-21,-18, 24;
/M: SY='I'; M= 10, -9,-18,-12, -9, -5, -9,-13, 12, -6,  5,  8, -6,-20, -6, -9,  3,  5, 10,-31,-11,-11;
/M: SY='L'; M= -8,-12, -4,-15, -9, 18,-20, -9, 17,-14, 32, 17,-16,-29,-17,-18,-17, -3,  9,-18, 21,-10;
/M: SY='K'; M=  0, -6,-27, -4, 11,-12,-12,-15,-18, 26,-19,  8, -6,  9,  6, 17,  0, -8,-16,-19, -9,  6;
/M: SY='N'; M=  2, 10,-18,  7,  5,-18, -4,-13,-16, 10,-17, -2, 17,-10,  4,  7,  1, -7,-17,-31,-21,  3;
/M: SY='N'; M= -5,  7,-20, -7,-10,-10, -7, 19,  3, -9, -1, 10, 25,-19,-10,-18, -6,  2,-11,-46,-13,-10;
/M: SY='P'; M= -2, 11,-21, 24, 13,-36,-10, -5,-27,  7,-18,-22,  0, 29,  2, -5, -3, -6,-25,-33,-19,  7;
/M: SY='R'; M= -4,-10,-22, -5,  8,-13,-16,-13,-26, 22,-19,  7,-11,  0, 20, 44, -5,-20,-16, -9, -6,  9;
/M: SY='I'; M=  1,-19,-18,-29,-27, 11,-20,-21, 42,-18, 19,  8,-10,-35,-24,-19,-12,  2, 36,-26,  5,-27;
/M: SY='Q'; M=  1, -7,-21, -3, 10,-19,-17,  3,-10,  6, -6,  3, -8, -7, 12,  5, -4, -8, -9,-19, -6, 10;
/M: SY='W'; M=-23,-31,-34,-32,-24, 45,-19,-23, -6,-10, 12,-11,-28,-31,-17, -5,-16,-19,  3, 49, 40,-24;
/I:         I=-5; MD=-8;
/M: SY='D'; M=  0, 22,-14, 25, -3,-18, -4,-11, -4, -3, -5, -8, 22,-14, -8,-12, -1, -1, -6,-33,-14, -6; D=-5;
/I:         I=-5; MD=-8;
/M: SY='P'; M=  5, -6,-18, -2,  8,-19, -5, -3,-13,  7,-14,-10, -9, 31,  2, -5,  2,  1,-14,-22,-17,  3; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-8; IM=0; DM=-8;
/M: SY='A'; M=  8, -4,-22, -2,  2,-16,-10,-18, -2,  4, -7,  1, -5, -9,  2, -2, -1, -1,  1,-25,-13,  1;
/M: SY='N'; M=  1, 14,-23, 15,  7,-22, -2, -4,-17,  7,-17, -6, 16, -7, -2, -7,  7, -2,-20,-34,-19,  1;
/M: SY='G'; M= -1,  8,-24,  3, -4,-25, 30,-18,-15, -1,-18,-13, 12,-11, -6, -5,  1,-13,-24,-14,-25, -5;
/M: SY='T'; M=  5, -3,-20, -9,-12,-10,-14,-20,  2, -3,  2,  6,  1, -6, -6,-19,  7, 25,  6,-36, -3, -8;
/M: SY='F'; M=-21,-27,-29,-38,-32, 76,-28,-22,  2,-12, 25,-12,-16,-36,-26,-10,-13,-15, 10, 10, 38,-32;
/M: SY='Q'; M=  9, -5,-16, -4,  9,-18,-14,-10,-11,  8, -7,  6, -5, -6, 11,  3,  3,  1, -8,-26,-14,  9;
/M: SY='Y'; M=-30,-29,-48,-26,-24, 47,-30,  8, -8,-11, 21,-10,-25,-23,-16, -5,-15,-15,  5, 23, 57,-24;
/M: SY='R'; M= -2,-12,-22,-11, -4, -6,-16,-15, -6, 12, -8, 10,-10,-11,  3, 25, -5,-11, -1,-16, -3, -4;
/M: SY='P'; M= -1,-14,-28, -7,  7,-31, -7,  3,-23,  7,-26,-31,-20, 72, -2,-10,  4,  6,-29,-32,-22, -2;
/M: SY='K'; M= -2, -7,-20, -8,  9,-10,-13,-13, -5, 15, -5,  8, -7, 10, -4, -6, -5, -3, -9,-23, -5,  3;
/M: SY='Y'; M=-24,-23,-42,-17,-16, 14,-27, 27,  0,-15, 19,  3,-25,-17,-12, -8,-16, -9,  5,  3, 45,-16;
/M: SY='D'; M= -1, 21,-26, 22, -2,-27,  3, -6,-17,  0,-16,-12, 21, -3, -9,-14,  3,  0,-20,-40,-21, -6;
/M: SY='I'; M=  2,-17,-19,-27,-27,  4,-12,-23, 43,-19, 16,  6, -9,-32,-23,-21,-11,  2, 34,-26,  0,-27;
/M: SY='R'; M= -6,-11,-22, -9, -7, -9,-19,  4,-14,  3,-10,  6, -7,-10,  9, 31, -7,-12, -7,-21, -2, -3;
/I:         E1=0; IE=-50; DE=-50;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_04 which contains 544'996 sequence entries.


Total number of hits 7 in 7 different sequences
Number of true positive hits 7 in 7 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DNA_BIND
Feature description [info] TFIIE beta
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
7 sequences

T2EB_BOVIN  (Q2KJF9), T2EB_DICDI  (Q54KJ8), T2EB_HUMAN  (P29084), 
T2EB_MOUSE  (Q9D902), T2EB_SCHPO  (P79011), T2EB_XENLA  (P29540), 
T2EB_YEAST  (P36145)
» More

PDB
[Detailed view]
2 PDB

1D8J; 1D8K

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission