Entry: PS51394

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] PFU
Accession [info] PS51394
Entry type [info] MATRIX
Date [info] JUL-2008 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); SEP-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51394
Associated ProRule [info] PRU00727

Name and characterization of the entry

Description [info] PFU domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=100;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=95;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=3.7570901; R2=0.0263138; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5558.76386; R2=32.13238; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=181; N_SCORE=8.5; H_SCORE=8901; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=105; N_SCORE=6.5; H_SCORE=8901; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-10; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='M'; M= -1,-19,-15,-19,-11,-17,-22,-17, -2,-12, -2,  2,-17,-10,  1,-13, -5, -2,  2,-26,-17, -8;
/M: SY='W'; M=-21,-26,-20,-30,-21, 14,-27, -8,-11,-24,-14,-13,-26,-33,-19,-25,-18,-20,-17, 38, 24,-22;
/M: SY='S'; M=  0, -4,-17, -7, -3,-17,-12, -2,-18,  0,-22,-15,  3,-15, -3, -6, 11,  0,-15,-26,-10, -4;
/M:         M= -4,-21,-16,-23,-12,-10,-23,-11, -7,-10, -7, -5,-18,-13, -5,-12,-10,-10, -4,-14, -2,-11;
/M: SY='S'; M=  5, -4,-18, -5, -3,-23,  0,-13,-20, -4,-24,-16,  0,-15, -5, -9, 10, -1,-16,-31,-21, -4;
/M: SY='E'; M=-11,  2,-30,  4, 16,-21,-19,  1,-25,  5,-24,-15,  2,-15, 13,  2,  0, -4,-22,-24, -9, 14;
/I:         I=-14; MD=-29;
/M: SY='N'; M= -4,  0,-22, -4,  0,-21, -3, -4,-20,  1,-23,-14,  7,-14,  1, -1,  2, -6,-16,-25,-14,  0; D=-14;
/I:         I=-14; MD=-29;
/M: SY='R'; M= -1, -3,-19, -9, -1,-20,-13, -6,-15,  8,-17,-10,  3,-13,  3,  9,  0, -3,-11,-24,-15,  0; D=-14;
/I:         I=-14; MI=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='W'; M=-25,-28,-21,-34,-21,  0,-28,-18,-17,-24,-16,-15,-30,-33,-12,-24,-22,-19,-24, 60,  8,-21;
/M: SY='E'; M=-12, -9,-27, -9,  5,-15,-26, -3, -7, -3,-11, -4, -7,-20,  5, -4, -9,-11, -8,-22, -9,  4;
/M: SY='K'; M=-13,-14,-24,-21, -5,-10,-26,-13,-12, 13, -8, -6,-13,-20,  1,  5,-10,-11,-10,-21,-11, -5;
/M: SY='I'; M= -8,-29, -3,-30,-29, -5,-36,-27, 26,-27, 10,  3,-29,-20,-27,-30,-18, -9, 22,-21, -8,-27;
/M: SY='G'; M= -2, -9,-29, -9,-13,-28, 41,-19,-33,-12,-35,-25,-10,-18,-15,-16, -2,-17,-24,-30,-27,-13;
/I:         I=-8; MD=-17;
/M: SY='D'; M= -8, 13,-25, 20,  8,-26,-13,-11,-16, -7,-24,-17,  5,-15, -2,-13,  4,  2,-15,-35,-21,  4; D=-8;
/I:         I=-8; MD=-17;
/M: SY='V'; M= -3,-23,-13,-24,-21, -6,-25,-17, 14,-14,  2,  2,-20,-19,-15,-17,-13, -3, 19,-20, -1,-16; D=-8;
/I:         I=-8; MD=-17;
/M: SY='V'; M= -4,-16,-13,-14,-16,-13,-23,-22, 10,-16, -1, -2,-16,-12,-15,-21, -6,  2, 11,-27,-14,-14; D=-8;
/I:         I=-8; MD=-17;
/M: SY='G'; M= -4,  3,-27,  7,  4,-29,  8,-12,-28, -1,-31,-23, -3, -6, -3,-10,  2,-10,-23,-32,-24,  1; D=-8;
/I:         I=-8; MD=-17;
/M: SY='S'; M=  6, -2,-17,  1,  2,-21,  8, -9,-21, -5,-25,-16, -2,-11,  1, -8, 10, -4,-16,-25,-19,  1; D=-8;
/I:         I=-8; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='T'; M=  0,-15,-17,-18,-10,-20,-21,-19, -5,  0,-11, -9,-12, -7, -8, -5, -2,  6,  0,-29,-18, -9;
/M: SY='G'; M= -4, -9,-26,-12,-14,-25, 23,-15,-26,-13,-26,-19, -5,-20, -9,-10,  0,-13,-21,-29,-24,-13;
/M: SY='A'; M= 15,-13,-13,-15, -7,-23, -6,-16,-15,  0,-21,-13,-10, -6, -5, -7,  5,  0, -6,-31,-20, -6;
/M: SY='T'; M= -6, -2,-18, -8, -5,-15,-16, -8,-16, -3,-18,-11,  8,-16,  0, -7, 10, 11,-14,-27,-15, -4;
/M: SY='K'; M= -6,  5,-28,  2,  8,-28,-11,  1,-28, 11,-30,-19,  5,-14,  9,  7,  4, -8,-23,-32,-19,  7;
/I:         I=-9; MD=-18;
/M: SY='Q'; M=-10, -2,-27, -5,  6,-24,-16,  1,-23, 10,-20,-13,  0,-15, 11,  9, -1, -6,-20,-27,-16,  6; D=-9;
/I:         I=-9; MD=-18;
/M: SY='K'; M= -9, -2,-24, -7,  1,-16,-11, -5,-23, 13,-23,-14,  0,-14,  6,  1,  0, -5,-17,-21,-10,  2; D=-9;
/I:         I=-9; MD=-18;
/M: SY='R'; M= -4, -9,-18,-12, -4,-10,-16,  0,-14,  0,-15,-10, -4,-15,  1,  2,  2, -2,-12,-18, -5, -3; D=-9;
/I:         I=-9; MD=-18;
/M: SY='G'; M=  1,-11,-16,-12, -9,-13,  3,-15,-11, -7,-15,-11,-11,-14,-10,-11, -2, -4, -6,-21,-14, -9; D=-9;
/I:         I=-9; MI=0; MD=-18; IM=0; DM=-18;
/M: SY='K'; M=-11,  5,-29,  4, 11,-26,-19, -8,-23, 21,-26,-17, -2,-13,  8,  3, -3, -9,-16,-30,-16,  9; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-18;
/M: SY='V'; M= -6,-11,-18,-11, -7,-16,-23,-13, -1, -6, -7, -5,-11,-17, -5,-13, -5,  2,  3,-28,-13, -6; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-18;
/M: SY='Y'; M=-14,-18,-19,-21,-15,  3,-24, -4, -4,-17, -4, -4,-12,-25,-11,-16,-12, -6, -5,-13,  7,-14;
/M: SY='Y'; M=-12,-19,-21,-22,-12, 14,-23,  4, -9,-16,-12, -9,-15,-21,-13,-18, -8,-12,-11, -7, 18,-12;
/M: SY='E'; M= -1,  6,-27,  7, 15,-28, -9, -4,-26,  6,-30,-19,  3,-13,  6, -2,  3, -8,-22,-33,-20, 11;
/M: SY='G'; M=  2, -7,-26, -5, -9,-28, 29,-16,-28,-14,-31,-21,-10,-17, -9,-16,  0,-14,-20,-31,-26, -9;
/M: SY='K'; M= -8,  0,-30, -3,  6,-29, -4,-12,-27, 20,-29,-19, -4,-14,  5,  3, -2,-11,-19,-31,-22,  6;
/M: SY='E'; M= -5,  1,-29,  6, 21,-25,-17, -3,-25,  6,-26,-16, -3, -8, 13, -3,  2, -4,-21,-27,-15, 18;
/M: SY='Y'; M=-20,-29,-21,-32,-20, 27,-29,  9,-12,-17,-12,-11,-22,-31,-19,-19,-20,-20,-13, 24, 52,-20;
/M: SY='D'; M=-19, 37,-39, 54, 19,-39,-11,-10,-30, -5,-39,-29,  9,-19,  1,-17,  0,-10,-29,-48,-29, 10;
/M: SY='Y'; M=-11,-25,-19,-25,-16, 16,-26,  8, -5,-18, -9, -7,-19,-26,-16,-19,-16,-14, -4,  1, 36,-15;
/M: SY='V'; M= -2,-23,  0,-23,-25,-14,-21,-27, 10,-22,  1, -1,-26,-22,-20,-27,-14, -6, 14,-28,-15,-21;
/M: SY='F'; M=-19,-31,-18,-39,-30, 50,-32,-13,  5,-30,  5,  3,-31,-38,-29,-29,-21,-18, -5,  5, 23,-30;
/M: SY='D'; M= -8, 17,-27, 27,  8,-31, -3,-11,-26, -7,-33,-23,  7,-16,  0,-15, 11,  2,-23,-39,-26,  3;
/M: SY='V'; M= -6,-30,-12,-32,-30,  3,-32,-27, 28,-24, 11,  8,-30,-26,-24,-30,-20, -6, 30,-21, -4,-24;
/M: SY='D'; M=-16, 25,-34, 35, 14,-33,-14, -8,-23, -7,-32,-22, 12,-18,  0,-15,  0, -3,-22,-43,-25,  8;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='I'; M= -7,-22,-12,-22,-24, -2,-31,-24, 24,-23,  9,  5,-24,-24,-22,-26,-15, -3, 22,-21, -8,-22; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='E'; M= -8,  9,-35, 14, 20,-31,  4, -6,-32, -2,-34,-23,  4,-15,  6, -8,  3,-11,-29,-33,-24, 14;
/I:         I=-13; MD=-27;
/M: SY='D'; M=-15, 20,-28, 23,  8,-26,-12, -5,-21, -2,-25,-17, 14,-16,  0, -8,  0, -6,-21,-34,-20,  4; D=-13;
/I:         I=-13; MI=-27; MD=-27; IM=-27; DM=-27;
/M: SY='G'; M= -2, -7,-21, -5,-13,-22, 22,-17,-21,-15,-24,-19, -7,-17,-14,-17,  3, -8,-17,-27,-22,-14; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-27;
/M: SY='G'; M= -6, -4,-27, -3, -3,-25, 14,-15,-24, -3,-26,-19, -8,-17, -7,-10, -3,-13,-19,-28,-22, -4; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-27;
/M: SY='P'; M=-11,-14,-28,-18, -7,-17,-18, -4,-24, -6,-21,-17,-11, 13,  1, -4, -7, -6,-19,-25,-13, -5;
/M: SY='M'; M= -9,-13,-21,-14, -9,-13,-24,-17, -7, -7, -8,  1,-12, -8, -5,-13, -6, -1, -4,-26,-14,-10;
/M: SY='L'; M=-15,-23,-18,-26,-14, -9,-31,-18, -1, -1,  7,  1,-21,-22, -9, -5,-16, -6, -2,-21, -7,-14;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='K'; M= -9, -4,-24,-10,  1,-24,-20,-10,-17, 18,-21,-14, -1, -4,  4,  3,  0, -7,-12,-28,-18,  2; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='L'; M=-19,-38,-12,-38,-28,  2,-38,-25, 18,-28, 33, 20,-36,-30,-19,-21,-28,-11, 10,-17, -4,-28;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='P'; M=-11,-17,-27,-17, -6,-27,-20,-11,-25, -9,-25,-24,-17, 52, -8,-17,-10,-11,-18,-28,-13, -7; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='Y'; M=-19,-31,-19,-33,-24, 32,-31,  5, -2,-24, -1, -1,-24,-32,-22,-23,-21,-18, -6, 11, 47,-24;
/M: SY='N'; M=-20, 30,-30, 10,  0,-30,-10, 10,-30,  0,-40,-20, 60,-20,  0,  0, 10,  0,-30,-40,-20,  0;
/M: SY='V'; M= -3,-18,-21,-19, -8,-14,-23,-12, -2, -3, -9, -6,-16,-18, -6, -3,-11, -4,  3,-24, -5, -6;
/M: SY='G'; M= -7,  9,-28,  7, -4,-30, 17,-10,-32, -6,-37,-25, 12,-18, -7,-11,  8, -7,-27,-35,-26, -6;
/M: SY='D'; M=-14, 21,-35, 34, 23,-34,-15, -6,-27, -3,-31,-21,  5,-15, 11,-10,  1, -2,-25,-39,-25, 17;
/M: SY='N'; M=-12, 24,-27, 20,  5,-30, -7, -1,-27, -3,-37,-23, 34,-17,  0, -8, 16,  0,-27,-40,-23,  3;
/M: SY='P'; M= -9,-22,-25,-22,-15,-26,-23,-21,-15,-14,-19,-20,-21, 48,-14,-22,-11, -6, -9,-33,-22,-14;
/M: SY='Y'; M=-17,-19,-23,-22,-11, 11,-26,  7,-12,-15,-12, -5,-13,-27, -7,-16,-15,-16,-13,  5, 24,-10;
/M: SY='E'; M=-12, -1,-25,  2,  4,-16,-22,-12,-11,-10,-12, -8, -6,-20, -2,-13, -7, -4,-11,-29,-15,  1;
/M: SY='A'; M= 19,-20, -5,-20,-15,-17,-13,-23,  2,-13, -9, -5,-18,-13,-13,-15,  2, 11, 10,-29,-17,-13;
/M: SY='A'; M= 36,-21, -1,-21,-12,-19, -3,-21, -6,-11,-17, -8,-21,-11,-11,-12,  7,  0,  4,-30,-19,-11;
/M: SY='Q'; M=-10,  7,-31, 11, 20,-28,-16,  1,-28,  7,-27,-14,  2,-13, 26,  3,  4, -8,-24,-28,-18, 20;
/M: SY='R'; M=-10,  5,-30, -3,  5,-27,-15,  4,-28, 16,-29,-19, 13,-15, 11, 17,  5, -6,-25,-31,-18,  5;
/M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-29, 56,-30, -8, -1,-29, -1, -1,-30,-39,-29,-29,-20,-20,-11, 14, 32,-29;
/M: SY='I'; M= -9,-33, 10,-35,-32, -6,-36,-30, 23,-28, 18,  7,-33,-28,-25,-29,-21, -8, 18,-22,-12,-30;
/M: SY='E'; M= -6, -2,-26, -2, 10,-22,-18,  4,-19,  1,-20,-13, -2,-15,  9, -1,  0, -8,-17,-27,-14,  9;
/M: SY='R'; M= -7,  0,-35, -2, 15,-30,-18, -4,-29, 21,-26,-20,  0,-14, 11, 25, -2, -9,-26,-31,-21, 12;
/M: SY='H'; M=-18,  9,-32,  1, 11,-18,-18, 41,-29, -3,-32,-20, 19,-18,  9, -1, -3,-13,-29,-26,  2,  8;
/M: SY='N'; M= -6,  7,-28,  4,  7,-29, -1, -4,-29,  6,-32,-19, 10,-14,  9, -1,  6, -7,-24,-32,-22,  7;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='L'; M=-17,-37,-11,-37,-29,  1,-38,-27, 22,-28, 31, 16,-36,-29,-21,-22,-27,-10, 15,-19, -5,-28;
/M: SY='P'; M= -3, -5,-25, -4,  1,-32,-12,-13,-26, -4,-30,-24, -4, 26, -3,-10,  7, -4,-21,-36,-25, -1;
/M: SY='Q'; M= -9,-14,-24,-15, -3,-21,-26,-12, -7, -4, -9, -3,-14, -3,  7, -6, -9, -6, -4,-27,-18,  0;
/M: SY='S'; M=  1, -5,-20, -7, -3,-19, -6, -7,-21,  2,-24,-15, -2,-15, -2, -2, 10, -1,-17,-28,-16, -4;
/M: SY='Y'; M=-17,-22,-20,-26,-19, 19,-27, 11, -7,-19, -8, -6,-14,-28,-16,-19,-14,-14, -8, -1, 33,-18;
/M: SY='L'; M=-14,-26,-17,-28,-19, -8,-34,-22, 13,-13, 15,  9,-25,-25,-11,-10,-19,-10,  8,-22,-13,-18;
/M: SY='E'; M=-14, 14,-36, 20, 21,-35,-16, -5,-30,  3,-33,-23,  5,  1, 11, -7, -1, -9,-27,-37,-25, 17;
/M: SY='Q'; M= -7,  1,-30,  2, 21,-28,-17,  2,-28, 12,-25,-11,  2,-11, 34,  9,  5, -7,-23,-25,-20, 24;
/M: SY='I'; M= -8,-31,-10,-31,-30, -3,-37,-30, 35,-27, 18, 11,-31,-27,-26,-29,-21, -7, 32,-23,-10,-27;
/M: SY='A'; M= 11,-18,-13,-18, -8,-18,-16,-17, -3, -8, -9, -4,-17,-15, -2, -8, -2, -3,  3,-28,-17, -5;
/M: SY='N'; M= -6,  9,-27,  6,  7,-29, -7, -3,-27,  1,-30,-16, 13,-15, 10, -1,  4, -3,-22,-33,-22,  7;
/M: SY='F'; M=-15,-30,-18,-38,-28, 45,-28,-13,  1,-28,  3,  6,-29,-36,-25,-27,-18,-17, -6,  2, 20,-28;
/M: SY='I'; M=-12,-33,-10,-33,-30, -1,-39,-30, 34,-29, 24, 13,-33,-29,-27,-27,-23, -9, 26,-21,-10,-29;
/M: SY='M'; M=-10,-17,-20,-20,-12,-12,-27,-17,  3, -6,  1,  9,-12,-23, -7, -8,-10, -7,  2,-25,-14,-12;
/M: SY='Q'; M= -4, -4,-26, -7,  7,-27,-18, -4,-24, 14,-20, -9, -3,-13, 21, 11, -1, -8,-17,-27,-20, 10;
/M: SY='N'; M=-18, 23,-31,  9,  8,-29,-13, 13,-30,  1,-37,-19, 45,-18,  8,  1,  7, -3,-29,-36,-18,  7;
/M: SY='T'; M= -3,-22,  3,-23,-21,-10,-25,-20,  3,-18, -2,  0,-16,-20,-15,-22, -4, 10,  7,-23, -9,-19;
/M: SY='N'; M= -9, 10,-29,  8, 11,-30,-11, -5,-28,  9,-32,-20, 12, -7,  8, -1,  6, -6,-24,-34,-22,  9;
/M: SY='P'; M= -6,-15,-26,-17,-14,-22,  7,-16,-25,-10,-27,-22,-14, 10,-13,-17, -4,-12,-18,-27,-17,-13;
/M: SY='Q'; M= -7, -7,-22, -8, -2,-22,-16, -7,-14, -5,-14, -9, -7,-12,  2, -8, -5, -6,-11,-29,-17, -2;
/M:         M=-11, -5,-21, -5, -6,-16,-20, -8,-10,-11, -9, -4, -1,-21,  0,-12, -4, -6,-10,-27,-11, -6;
/M: SY='I'; M= -8,-17,-15,-21,-17,-13,-20,-19,  1,-14,  1, -1,-12,-22,-14,-13, -8, -3, -1,-26,-16,-17;
/M: SY='Q'; M= -6, -2,-25, -4,  1,-25, -4, -8,-24,  1,-23,-12,  2,-15,  8,  0,  5, -3,-20,-29,-21,  2;
/M: SY='Q'; M= -5, -8,-23,-13, -3,-17,-13, -8,-18, -1,-16, -7, -2,-18,  3,  1, -2, -4,-15,-25,-15, -2;
/M: SY='Q'; M= -6, -9,-21,-13, -7,-20,-17,-10, -9, -7,-11, -5, -2,-15,  3, -4, -3, -6, -7,-28,-18, -5;
/M: SY='N'; M= -5, -1,-21, -8, -6,-16, -7, -7,-22, -4,-26,-16,  9,-12, -3, -9,  9,  2,-18,-27,-15, -5;
/M: SY='S'; M=  3, -3,-21, -7, -4,-20, -4,-11,-22, -3,-28,-18, -1, -8, -6, -9,  4, -7,-17,-30,-18, -5;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_10 which contains 546'790 sequence entries.


Total number of hits 6 in 6 different sequences
Number of true positive hits 6 in 6 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] PFU
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
6 sequences

DOA1_YEAST  (P36037), LUB1_SCHPO  (O94289), PLAP_HUMAN  (Q9Y263), 
PLAP_MOUSE  (P27612), PLAP_RAT    (P54319), PLAP_XENLA  (Q6GM65)
» More

PDB
[Detailed view]
7 PDB

2K89; 2K8A; 2K8B; 2K8C; 3L3F; 3PSP; 3PST

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission