To improve security and privacy, we are moving our web pages and services from HTTP to HTTPS.
To give users of web services time to transition to HTTPS, we will support separate HTTP and HTTPS services until the end of 2017.
From January 2018 most HTTP traffic will be automatically redirected to HTTPS. [more...]
View this page in https
Entry: PS51425

General information about the entry

Entry name [info] SCD
Accession [info] PS51425
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-JAN-2009 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 27-SEP-2017 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC51425
Associated ProRule [info] PRU00750

Name and characterization of the entry

Description [info] Stromalin conservative (SCD) domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=86;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=81;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.0093286; R2=0.0164597; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=6050.4150391; R2=5.0283017; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=516; H_SCORE=8645; N_SCORE=10.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=273; H_SCORE=7423; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-14; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='F'; M=-32,-50,-48,-58,-56, 69,-53,-21, 17,-55, 21,  5,-34,-51,-49,-44,-34,-29, -5,-16, 47,-49;
/M: SY='V'; M= -7,-21,-39,-24,-18,-19,-24,-19, 16,-15,  9, 13,-14,-19,-17,-16,-12, -4, 18,-54,-27,-15;
/M: SY='H'; M= -9,  2,-45, -1,  0,-38,-12, 16,-14,  0,-23,-12,  7,-12,  8,  1, -3, -5,-13,-50,-28,  5;
/M: SY='R'; M=-18, -8,-39,-18,-18,-51,-36, 17,-20, 39,-40, -9,  1, -1,  9, 64, -8, -8,-29, 14,-49, -1;
/M: SY='F'; M=-26,-37,-21,-45,-44, 28,-46,-15,  5,-36,  2, -3,-25,-39,-37,-29,-24,-20, -5,-26, 28,-39;
/M: SY='R'; M=-20,-10,-48,-18,-16,-44,-37, 13,-16, 33,-27,  1, -1, -7,  9, 50,-11,-10,-24,  0,-45, -1;
/M: SY='D'; M=  0, 40,-60, 50, 40,-70,  0,  0,-30,  0,-50,-40, 30,-20, 20,-20,  0,  0,-30,-80,-50, 30;
/M: SY='I'; M= -5,-26,-23,-26,-23,-14,-23,-26, 34,-24, 12, 12,-19,-21,-25,-24,-11,  1, 32,-67,-26,-22;
/M: SY='D'; M= -1,  4,-40,  6,  4,-41, -8,-10, -8,-11,-26,-19,  5,-16, -5,-16, -3, -3, -7,-63,-35,  1;
/M: SY='P'; M=  4,  4,-45,  1,  4,-48, -8, -3,-21,-12,-30,-25,  4, 23,  3, -8,  4, -2,-16,-66,-42,  2;
/M: SY='D'; M= -3, 19,-49, 21, 20,-51, -6,  5,-21,  3,-34,-21, 17,-11, 13, -8,  1, -1,-18,-60,-37, 16;
/M: SY='I'; M=-10,-31,-32,-31,-30,  9,-31,-30, 57,-22, 23, 21,-21,-29,-29,-22,-21, -1, 39,-59,-21,-29;
/M: SY='R'; M=-20,-10,-40,-20,-20,-50,-40, 20,-20, 40,-40,-10,  0,  0, 10, 70,-10,-10,-30, 20,-50,  0;
/M: SY='I'; M= -9,-21,-16,-25,-24,-19,-25,-19,  5,-24, -4, -4,-18,-18,-20,-21,-10, -5,  4,-50,-20,-22;
/M: SY='V'; M= -6,-13,-50,-14, -7,-20,-23,-21, 14,-19, 14, 12,-12,-21, -9,-26,-15, -7, 16,-62,-32, -7;
/M: SY='C'; M=-17,-34, 73,-42,-49,-52,-25,-33,-20,-49,-53,-42,-33,-27,-51,-32,  4,-14,-11,-78,-11,-50;
/M: SY='I'; M=-10,-32,-33,-36,-31, -1,-31,-29, 30,-30, 25, 19,-26,-26,-28,-29,-19, -6, 27,-54,-20,-28;
/M: SY='D'; M=  0,  8,-48, 10,  9,-52, -8, -5,-17,  9,-29,-14,  8, -5,  9,  1,  3,  6,-16,-54,-43,  9;
/M: SY='E'; M=  4,  4,-43,  5, 10,-36, -4, -9,-15,-15,-22,-19,  3, -9,  0,-23, -1, -4, -9,-64,-28,  6;
/M: SY='L'; M=-21,-41,-49,-49,-43, 20,-47,-30, 21,-40, 46, 28,-37,-34,-29,-37,-33,-19, 16,-30,-10,-35;
/M: SY='G'; M= -1,-11,-23,-15,-15,-27, 16,-20,-20,-24,-35,-29, -6,-17,-25,-32,  1, -3,-15,-56,-19,-20;
/M:         M= -9, -9,-42,-11, -8,-28,-24, -9, -3,-13, -5, -4, -7,-18, -6,-13,-12, -6, -1,-49,-27, -5;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='W'; M=-48,-45,-62,-60,-67, -8,-53,-27,-47,-36,-24,-44,-37,-53,-49,  4,-20,-43,-59,105, -9,-55; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='L'; M=-15,-34,-42,-40,-36, 13,-37,-28, 27,-29, 29, 25,-27,-30,-28,-28,-24,-12, 19,-44,-12,-31;
/M: SY='N'; M= -7,  2,-49,  2,  3,-38,-16, -5,-10,  1,-20, -9,  4,-16,  1, -6, -5, -4,-11,-47,-32,  1;
/M: SY='K'; M= -5, -2,-42, -4, -2,-37,-14, -5, -8,  4,-18, -4,  1, -9,  1, -2, -1,  4, -8,-46,-33, -1;
/M: SY='Y'; M=-26,-34,-11,-43,-41, 28,-45,-10, -4,-42, -3,-11,-23,-40,-37,-37,-23,-21, -9,-28, 41,-38;
/M: SY='P'; M=  3,-12,-37,-21,-14,-48,-15,-10,-24,-19,-26,-25,-10, 45, -5, -2,  6, -1,-18,-56,-45,-13;
/M: SY='E'; M=  1, 10,-47, 10, 11,-46, -4, -4,-16, -5,-25,-17,  8, -6,  5,-13,  2,  2,-12,-62,-38,  7;
/M: SY='Y'; M=-16,-22, -9,-27,-26, -5,-30,-10, -5,-29,-18,-17,-14,-25,-26,-26,-10,-11, -6,-49, 11,-26;
/M: SY='F'; M=-36,-52,-48,-62,-61, 84,-56,-17,  4,-62, 13, -5,-34,-55,-54,-48,-36,-35,-19, -6, 68,-54;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='L'; M=-14,-27,-44,-34,-30,  2,-34,-22, 12,-26, 24, 16,-23,-23,-21,-25,-21,-10, 10,-33,-17,-25;
/M: SY='D'; M=  0, 20,-51, 24, 22,-56, -3,  4,-23,  8,-37,-20, 18, -7, 16, -4,  5,  3,-21,-61,-40, 17;
/M: SY='P'; M=  4,  7,-40,  4,  5,-55, -4, -5,-23, -3,-36,-25,  6, 16,  3, -1,  6,  2,-18,-56,-48,  3;
/M: SY='T'; M=  0,  3,-32,  0, -2,-41, -7, -8,-15,  2,-29,-13,  4, -3, -4, -4,  6,  8,-13,-47,-32, -5;
/M: SY='Y'; M=-28,-23,-28,-30,-31, 27,-43,  5,-15,-34,-17,-20,-11,-40,-26,-27,-21,-24,-24,-23, 42,-27;
/M: SY='L'; M=-16,-35,-60,-43,-35, 11,-42,-29, 24,-30, 54, 38,-32,-28,-20,-33,-31,-12, 23,-33,-22,-27;
/M: SY='R'; M=-15, -2,-51, -7, -7,-55,-24,  4,-20, 34,-35, -4,  5, -6,  8, 36, -3, -3,-26,-23,-45,  0;
/M: SY='Y'; M=-37,-36,-15,-45,-44, 50,-56,  1,-18,-43,-14,-24,-19,-52,-39,-38,-28,-28,-27, -6, 78,-41;
/M: SY='L'; M=-18,-33,-53,-40,-35, 20,-40,-26, 23,-34, 35, 23,-27,-32,-26,-33,-28,-15, 15,-34, -8,-30;
/M: SY='G'; M= -4,-16,-44,-18,-18,-13, 12,-24,-12,-31,-21,-22,-11,-23,-27,-38, -6, -8,-13,-55,-20,-21;
/M: SY='W'; M=-36,-29,-65,-39,-42,-20,-47,-14,-31,-18,-20,-27,-22,-38,-26, 10,-16,-29,-41, 60,-24,-31;
/M: SY='A'; M=  3, -8,-23,-13,-11,-32, -3,-21, -5,-15,-15, -7, -7, -6,-15,-21,  2,  3,  0,-55,-34,-14;
/M: SY='L'; M=-20,-37,-59,-45,-37, 15,-45,-28, 16,-38, 50, 31,-35,-31,-22,-37,-33,-20, 15,-30,-15,-29;
/M: SY='H'; M= -5,  0,-33, -4, -4,-25,-15,  6,-15, -6,-26,-15,  4, -9, -1, -4, -1, -2,-15,-36,-16, -3;
/M: SY='D'; M=  1, 38,-57, 47, 38,-68,  1, -1,-29,  0,-49,-39, 29,-18, 18,-19,  1,  1,-29,-77,-49, 28;
/M: SY='K'; M= -2,  1,-36, -1, -1,-50, -8,-13,-12, 12,-31, -8,  4, -6, -3,  3,  5,  6,-11,-54,-39, -5;
/M: SY='N'; M= -2,  5,-31,  3,  2,-38,-10,  1,-12, -7,-24,-13,  7, -9,  0, -9,  1,  0, -8,-51,-29,  0;
/M: SY='A'; M=  8,  0,-30, -3, -3,-42,  7,-14,-10,-11,-25,-15,  2,  2, -9,-17,  8,  8, -3,-62,-38, -6;
/M: SY='K'; M= -9,  5,-55,  6,  8,-55,-16,  0,-16, 19,-29, -7,  8,-12, 12, 12, -2, -1,-18,-50,-44,  9;
/M: SY='V'; M= -2,-23,-27,-23,-18,-20,-20,-25, 31,-21, 11, 13,-15,-19,-23,-21,-10,  1, 34,-68,-31,-17;
/M: SY='R'; M=-22,-14,-40,-23,-23,-48,-39,  8,-20, 30,-34, -8, -5, -9,  2, 52,-10,-12,-28,  9,-45, -7;
/M: SY='Q'; M= -9, -5,-59, -4,  2,-35,-21, -8, -5, -2, -2,  3, -4,-15,  6, -8,-12, -8, -5,-52,-38,  4;
/M:         M=-10, -7, -3, -7, -8,-54,-18,-12,-19,-17,-41,-28, -8,-17,-10,-13,  0, -9,-15,-70,-29, -9;
/M: SY='C'; M=  2,-15,  6,-20,-20,-41, -6,-23, -6,-24,-28,-20,-13,-10,-26,-20,  4,  1,  2,-63,-29,-22;
/M: SY='L'; M=-14,-36,-52,-42,-34, 11,-39,-29, 28,-36, 47, 29,-32,-28,-25,-35,-28,-12, 27,-40,-19,-28;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='K'; M=-13, -2,-53, -3, -3,-47,-19, -4,-14, 21,-25, -1,  4,-16,  4, 12, -4, -1,-18,-42,-36, -1;
/M: SY='A'; M=  6, -8,-34,-10, -9,-23, -4,-17,  3,-17,-11, -7, -5, -8,-14,-20,  0,  4,  4,-56,-29,-11;
/M: SY='L'; M=-13,-35,-46,-40,-34,  7,-38,-30, 29,-34, 43, 26,-31,-27,-25,-33,-28,-11, 26,-41,-22,-29;
/M:         M= -8, -9,-42,-11, -8,-22,-21, -4, -4,-10,-10, -5, -4,-12, -3, -9, -9, -5, -6,-45,-23, -5;
/M: SY='R'; M= -7, -5,-40, -8, -8,-36,-16, -1,-14,  7,-28,-12,  1, -8, -2,  9, -3, -3,-17,-37,-28, -4;
/M: SY='L'; M=-19,-36,-61,-43,-34, 16,-45,-27, 17,-38, 53, 29,-33,-30,-21,-38,-34,-18, 17,-29,-14,-27;
/M: SY='Y'; M=-20,-26,-21,-32,-31, 13,-34,-11, -5,-31, -9,-12,-16,-33,-29,-30,-17,-16,-10,-35, 23,-30;
/I:         I=-11; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='E'; M=  1,  8,-44,  7,  9,-50, -3,  1,-19,  6,-34,-18,  9, -4,  7,  2,  3,  0,-17,-51,-41,  8;
/M: SY='K'; M= -8,  8,-49,  7,  5,-50,-13,  7,-17, 22,-33, -8, 13,-10,  9, 16,  2,  2,-19,-42,-36,  5;
/M: SY='E'; M=  1, 10,-40, 11, 13,-57, -6, -4,-23,  0,-36,-22,  8, -2,  8, -7,  4,  1,-18,-66,-41, 10;
/I:         I=-10; MD=-21;
/M: SY='D'; M=  2, 12,-46, 13, 12,-46, -6, -4,-17, -4,-25,-18, 10, -2,  6,-12,  2,  2,-14,-59,-38,  8; D=-10;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='L'; M=-11,-10,-46,-13,-11, -7,-23, -9, -1,-15,  2,  1, -7,-21, -8,-18,-12, -8, -4,-38,-12, -9; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-21;
/M: SY='R'; M= -9,-11,-39,-16,-14,-24,-25, -7,  2,  0, -9,  0, -6,-13, -7,  4,-10, -5, -3,-29,-30, -9; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-21;
/M: SY='A'; M=  5,  1,-40,  1,  3,-41, -5,-12,-12,-12,-24,-18,  2,  2, -3,-15,  2,  2, -8,-63,-37,  0;
/M: SY='N'; M=  0,  8,-47,  9,  9,-52, -1, -2,-19,  9,-33,-14, 10, -7,  7,  1,  3,  0,-17,-53,-43,  7;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='L'; M=-18,-37,-17,-44,-43, -6,-38,-28,  7,-37,  8,  2,-32,-31,-35,-26,-19,-18,  5,-37,-13,-37;
/M:         M= -7, -7,-45, -9, -7,-37,-18, -7, -5,  0,-11, -2, -3,-13, -2,  0, -8, -5, -4,-43,-39, -3;
/M: SY='Q'; M= -3,  2,-49,  0,  4,-34,-15,  3,-14, -8,-11, -8,  2, -9,  8,-10, -6, -4,-10,-49,-32,  6;
/M: SY='F'; M=-25,-45,-59,-52,-48, 51,-48,-22, 14,-50, 31, 12,-34,-41,-37,-40,-34,-26, -1,-19, 22,-40;
/M: SY='T'; M= -1,-17,-27,-21,-21,-20, -9,-24,  2,-24, -4, -4,-14,-13,-22,-26, -2,  5,  5,-52,-24,-21;
/M: SY='E'; M=  0,  4,-43,  5,  7,-39,-10, -7,-14, -5,-25,-15,  5, -8,  2,-14,  0,  0,-11,-62,-28,  4;
/M: SY='R'; M=-17, -8,-49,-14,-13,-40,-31,  5,-16, 26,-31, -3,  1,-11,  3, 35, -8, -9,-24,-13,-35, -3;
/M: SY='F'; M=-30,-46,-45,-55,-54, 67,-48,-19, 10,-53, 12, -1,-30,-47,-48,-42,-30,-27,-11,-12, 47,-48;
/M: SY='K'; M=-12, -4,-49, -7, -7,-47,-21, -6,-14, 27,-30, -2,  3,-13,  2, 22, -3, -1,-20,-32,-37, -4;
/M: SY='E'; M= -4, 10,-49, 10, 12,-52,-10,  0,-21,  9,-31,-13, 10, -1, 11,  2,  1, -1,-19,-51,-42, 10;
/M: SY='R'; M=-11, -3,-34, -8,-10,-44,-23,  6,-17, 14,-35,-14,  2, -3,  2, 24, -2, -4,-21,-24,-37, -3;
/M: SY='L'; M=-15,-35,-56,-42,-35, 14,-40,-29, 27,-30, 47, 35,-30,-28,-22,-31,-30,-13, 23,-36,-20,-28;
/M: SY='L'; M=-11,-32,-46,-37,-30,  3,-31,-29, 28,-30, 36, 27,-27,-26,-25,-32,-23, -9, 27,-49,-23,-26;
/M: SY='E'; M=  2, 14,-46, 16, 18,-46,  0, -6,-18, -7,-29,-20, 11, -9,  5,-19,  2, -1,-12,-64,-36, 11;
/M: SY='M'; M=-16,-33,-52,-40,-32,  6,-39,-30, 31,-16, 42, 49,-26,-29,-19,-23,-25,-10, 28,-47,-25,-25;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2017_09 which contains 555'594 sequence entries.


Total number of hits 17 in 17 different sequences
Number of true positive hits 17 in 17 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] SCD
Version [info] 4

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
17 sequences

REC11_SCHPO (Q92380    ), SCC3_ARATH  (O82265    ), SCC3_CAEEL  (Q19555    ), 
SCC3_SCHPO  (O13816    ), SCC3_YEAST  (P40541    ), ST3L1_HUMAN (P0CL83    ), 
ST3L2_HUMAN (P0CL84    ), ST3L3_HUMAN (P0CL85    ), STAG1_HUMAN (Q8WVM7    ), 
STAG1_MOUSE (Q9D3E6    ), STAG1_XENLA (Q9DGN1    ), STAG2_HUMAN (Q8N3U4    ), 
STAG2_MOUSE (O35638    ), STAG2_XENLA (Q9DGN0    ), STAG3_HUMAN (Q9UJ98    ), 
STAG3_MOUSE (O70576    ), STAG3_RAT   (Q99M76    )
» more

PDB
[Detailed view]
3 PDB

4PJU; 4PJW; 4PK7

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission