Entry: PS51425

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] SCD
Accession [info] PS51425
Entry type [info] MATRIX
Date [info] JAN-2009 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); MAR-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51425
Associated ProRule [info] PRU00750

Name and characterization of the entry

Description [info] Stromalin conservative (SCD) domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=86;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=81;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.0093286; R2=0.0164597; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3257.42561; R2=34.35217; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=516; N_SCORE=10.5; H_SCORE=18888; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=273; N_SCORE=6.5; H_SCORE=12636; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-14; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='F'; M=-32,-50,-48,-58,-56, 69,-53,-21, 17,-55, 21,  5,-34,-51,-49,-44,-34,-29, -5,-16, 47,-49;
/M: SY='V'; M= -7,-21,-39,-24,-18,-19,-24,-19, 16,-15,  9, 13,-14,-19,-17,-16,-12, -4, 18,-54,-27,-15;
/M: SY='H'; M= -9,  2,-45, -1,  0,-38,-12, 16,-14,  0,-23,-12,  7,-12,  8,  1, -3, -5,-13,-50,-28,  5;
/M: SY='R'; M=-18, -8,-39,-18,-18,-51,-36, 17,-20, 39,-40, -9,  1, -1,  9, 64, -8, -8,-29, 14,-49, -1;
/M: SY='F'; M=-26,-37,-21,-45,-44, 28,-46,-15,  5,-36,  2, -3,-25,-39,-37,-29,-24,-20, -5,-26, 28,-39;
/M: SY='R'; M=-20,-10,-48,-18,-16,-44,-37, 13,-16, 33,-27,  1, -1, -7,  9, 50,-11,-10,-24,  0,-45, -1;
/M: SY='D'; M=  0, 40,-60, 50, 40,-70,  0,  0,-30,  0,-50,-40, 30,-20, 20,-20,  0,  0,-30,-80,-50, 30;
/M: SY='I'; M= -5,-26,-23,-26,-23,-14,-23,-26, 34,-24, 12, 12,-19,-21,-25,-24,-11,  1, 32,-67,-26,-22;
/M: SY='D'; M= -1,  4,-40,  6,  4,-41, -8,-10, -8,-11,-26,-19,  5,-16, -5,-16, -3, -3, -7,-63,-35,  1;
/M: SY='P'; M=  4,  4,-45,  1,  4,-48, -8, -3,-21,-12,-30,-25,  4, 23,  3, -8,  4, -2,-16,-66,-42,  2;
/M: SY='D'; M= -3, 19,-49, 21, 20,-51, -6,  5,-21,  3,-34,-21, 17,-11, 13, -8,  1, -1,-18,-60,-37, 16;
/M: SY='I'; M=-10,-31,-32,-31,-30,  9,-31,-30, 57,-22, 23, 21,-21,-29,-29,-22,-21, -1, 39,-59,-21,-29;
/M: SY='R'; M=-20,-10,-40,-20,-20,-50,-40, 20,-20, 40,-40,-10,  0,  0, 10, 70,-10,-10,-30, 20,-50,  0;
/M: SY='I'; M= -9,-21,-16,-25,-24,-19,-25,-19,  5,-24, -4, -4,-18,-18,-20,-21,-10, -5,  4,-50,-20,-22;
/M: SY='V'; M= -6,-13,-50,-14, -7,-20,-23,-21, 14,-19, 14, 12,-12,-21, -9,-26,-15, -7, 16,-62,-32, -7;
/M: SY='C'; M=-17,-34, 73,-42,-49,-52,-25,-33,-20,-49,-53,-42,-33,-27,-51,-32,  4,-14,-11,-78,-11,-50;
/M: SY='I'; M=-10,-32,-33,-36,-31, -1,-31,-29, 30,-30, 25, 19,-26,-26,-28,-29,-19, -6, 27,-54,-20,-28;
/M: SY='D'; M=  0,  8,-48, 10,  9,-52, -8, -5,-17,  9,-29,-14,  8, -5,  9,  1,  3,  6,-16,-54,-43,  9;
/M: SY='E'; M=  4,  4,-43,  5, 10,-36, -4, -9,-15,-15,-22,-19,  3, -9,  0,-23, -1, -4, -9,-64,-28,  6;
/M: SY='L'; M=-21,-41,-49,-49,-43, 20,-47,-30, 21,-40, 46, 28,-37,-34,-29,-37,-33,-19, 16,-30,-10,-35;
/M: SY='G'; M= -1,-11,-23,-15,-15,-27, 16,-20,-20,-24,-35,-29, -6,-17,-25,-32,  1, -3,-15,-56,-19,-20;
/M:         M= -9, -9,-42,-11, -8,-28,-24, -9, -3,-13, -5, -4, -7,-18, -6,-13,-12, -6, -1,-49,-27, -5;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='W'; M=-48,-45,-62,-60,-67, -8,-53,-27,-47,-36,-24,-44,-37,-53,-49,  4,-20,-43,-59,105, -9,-55; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='L'; M=-15,-34,-42,-40,-36, 13,-37,-28, 27,-29, 29, 25,-27,-30,-28,-28,-24,-12, 19,-44,-12,-31;
/M: SY='N'; M= -7,  2,-49,  2,  3,-38,-16, -5,-10,  1,-20, -9,  4,-16,  1, -6, -5, -4,-11,-47,-32,  1;
/M: SY='K'; M= -5, -2,-42, -4, -2,-37,-14, -5, -8,  4,-18, -4,  1, -9,  1, -2, -1,  4, -8,-46,-33, -1;
/M: SY='Y'; M=-26,-34,-11,-43,-41, 28,-45,-10, -4,-42, -3,-11,-23,-40,-37,-37,-23,-21, -9,-28, 41,-38;
/M: SY='P'; M=  3,-12,-37,-21,-14,-48,-15,-10,-24,-19,-26,-25,-10, 45, -5, -2,  6, -1,-18,-56,-45,-13;
/M: SY='E'; M=  1, 10,-47, 10, 11,-46, -4, -4,-16, -5,-25,-17,  8, -6,  5,-13,  2,  2,-12,-62,-38,  7;
/M: SY='Y'; M=-16,-22, -9,-27,-26, -5,-30,-10, -5,-29,-18,-17,-14,-25,-26,-26,-10,-11, -6,-49, 11,-26;
/M: SY='F'; M=-36,-52,-48,-62,-61, 84,-56,-17,  4,-62, 13, -5,-34,-55,-54,-48,-36,-35,-19, -6, 68,-54;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='L'; M=-14,-27,-44,-34,-30,  2,-34,-22, 12,-26, 24, 16,-23,-23,-21,-25,-21,-10, 10,-33,-17,-25;
/M: SY='D'; M=  0, 20,-51, 24, 22,-56, -3,  4,-23,  8,-37,-20, 18, -7, 16, -4,  5,  3,-21,-61,-40, 17;
/M: SY='P'; M=  4,  7,-40,  4,  5,-55, -4, -5,-23, -3,-36,-25,  6, 16,  3, -1,  6,  2,-18,-56,-48,  3;
/M: SY='T'; M=  0,  3,-32,  0, -2,-41, -7, -8,-15,  2,-29,-13,  4, -3, -4, -4,  6,  8,-13,-47,-32, -5;
/M: SY='Y'; M=-28,-23,-28,-30,-31, 27,-43,  5,-15,-34,-17,-20,-11,-40,-26,-27,-21,-24,-24,-23, 42,-27;
/M: SY='L'; M=-16,-35,-60,-43,-35, 11,-42,-29, 24,-30, 54, 38,-32,-28,-20,-33,-31,-12, 23,-33,-22,-27;
/M: SY='R'; M=-15, -2,-51, -7, -7,-55,-24,  4,-20, 34,-35, -4,  5, -6,  8, 36, -3, -3,-26,-23,-45,  0;
/M: SY='Y'; M=-37,-36,-15,-45,-44, 50,-56,  1,-18,-43,-14,-24,-19,-52,-39,-38,-28,-28,-27, -6, 78,-41;
/M: SY='L'; M=-18,-33,-53,-40,-35, 20,-40,-26, 23,-34, 35, 23,-27,-32,-26,-33,-28,-15, 15,-34, -8,-30;
/M: SY='G'; M= -4,-16,-44,-18,-18,-13, 12,-24,-12,-31,-21,-22,-11,-23,-27,-38, -6, -8,-13,-55,-20,-21;
/M: SY='W'; M=-36,-29,-65,-39,-42,-20,-47,-14,-31,-18,-20,-27,-22,-38,-26, 10,-16,-29,-41, 60,-24,-31;
/M: SY='A'; M=  3, -8,-23,-13,-11,-32, -3,-21, -5,-15,-15, -7, -7, -6,-15,-21,  2,  3,  0,-55,-34,-14;
/M: SY='L'; M=-20,-37,-59,-45,-37, 15,-45,-28, 16,-38, 50, 31,-35,-31,-22,-37,-33,-20, 15,-30,-15,-29;
/M: SY='H'; M= -5,  0,-33, -4, -4,-25,-15,  6,-15, -6,-26,-15,  4, -9, -1, -4, -1, -2,-15,-36,-16, -3;
/M: SY='D'; M=  1, 38,-57, 47, 38,-68,  1, -1,-29,  0,-49,-39, 29,-18, 18,-19,  1,  1,-29,-77,-49, 28;
/M: SY='K'; M= -2,  1,-36, -1, -1,-50, -8,-13,-12, 12,-31, -8,  4, -6, -3,  3,  5,  6,-11,-54,-39, -5;
/M: SY='N'; M= -2,  5,-31,  3,  2,-38,-10,  1,-12, -7,-24,-13,  7, -9,  0, -9,  1,  0, -8,-51,-29,  0;
/M: SY='A'; M=  8,  0,-30, -3, -3,-42,  7,-14,-10,-11,-25,-15,  2,  2, -9,-17,  8,  8, -3,-62,-38, -6;
/M: SY='K'; M= -9,  5,-55,  6,  8,-55,-16,  0,-16, 19,-29, -7,  8,-12, 12, 12, -2, -1,-18,-50,-44,  9;
/M: SY='V'; M= -2,-23,-27,-23,-18,-20,-20,-25, 31,-21, 11, 13,-15,-19,-23,-21,-10,  1, 34,-68,-31,-17;
/M: SY='R'; M=-22,-14,-40,-23,-23,-48,-39,  8,-20, 30,-34, -8, -5, -9,  2, 52,-10,-12,-28,  9,-45, -7;
/M: SY='Q'; M= -9, -5,-59, -4,  2,-35,-21, -8, -5, -2, -2,  3, -4,-15,  6, -8,-12, -8, -5,-52,-38,  4;
/M:         M=-10, -7, -3, -7, -8,-54,-18,-12,-19,-17,-41,-28, -8,-17,-10,-13,  0, -9,-15,-70,-29, -9;
/M: SY='C'; M=  2,-15,  6,-20,-20,-41, -6,-23, -6,-24,-28,-20,-13,-10,-26,-20,  4,  1,  2,-63,-29,-22;
/M: SY='L'; M=-14,-36,-52,-42,-34, 11,-39,-29, 28,-36, 47, 29,-32,-28,-25,-35,-28,-12, 27,-40,-19,-28;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='K'; M=-13, -2,-53, -3, -3,-47,-19, -4,-14, 21,-25, -1,  4,-16,  4, 12, -4, -1,-18,-42,-36, -1;
/M: SY='A'; M=  6, -8,-34,-10, -9,-23, -4,-17,  3,-17,-11, -7, -5, -8,-14,-20,  0,  4,  4,-56,-29,-11;
/M: SY='L'; M=-13,-35,-46,-40,-34,  7,-38,-30, 29,-34, 43, 26,-31,-27,-25,-33,-28,-11, 26,-41,-22,-29;
/M:         M= -8, -9,-42,-11, -8,-22,-21, -4, -4,-10,-10, -5, -4,-12, -3, -9, -9, -5, -6,-45,-23, -5;
/M: SY='R'; M= -7, -5,-40, -8, -8,-36,-16, -1,-14,  7,-28,-12,  1, -8, -2,  9, -3, -3,-17,-37,-28, -4;
/M: SY='L'; M=-19,-36,-61,-43,-34, 16,-45,-27, 17,-38, 53, 29,-33,-30,-21,-38,-34,-18, 17,-29,-14,-27;
/M: SY='Y'; M=-20,-26,-21,-32,-31, 13,-34,-11, -5,-31, -9,-12,-16,-33,-29,-30,-17,-16,-10,-35, 23,-30;
/I:         I=-11; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='E'; M=  1,  8,-44,  7,  9,-50, -3,  1,-19,  6,-34,-18,  9, -4,  7,  2,  3,  0,-17,-51,-41,  8;
/M: SY='K'; M= -8,  8,-49,  7,  5,-50,-13,  7,-17, 22,-33, -8, 13,-10,  9, 16,  2,  2,-19,-42,-36,  5;
/M: SY='E'; M=  1, 10,-40, 11, 13,-57, -6, -4,-23,  0,-36,-22,  8, -2,  8, -7,  4,  1,-18,-66,-41, 10;
/I:         I=-10; MD=-21;
/M: SY='D'; M=  2, 12,-46, 13, 12,-46, -6, -4,-17, -4,-25,-18, 10, -2,  6,-12,  2,  2,-14,-59,-38,  8; D=-10;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='L'; M=-11,-10,-46,-13,-11, -7,-23, -9, -1,-15,  2,  1, -7,-21, -8,-18,-12, -8, -4,-38,-12, -9; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-21;
/M: SY='R'; M= -9,-11,-39,-16,-14,-24,-25, -7,  2,  0, -9,  0, -6,-13, -7,  4,-10, -5, -3,-29,-30, -9; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-21;
/M: SY='A'; M=  5,  1,-40,  1,  3,-41, -5,-12,-12,-12,-24,-18,  2,  2, -3,-15,  2,  2, -8,-63,-37,  0;
/M: SY='N'; M=  0,  8,-47,  9,  9,-52, -1, -2,-19,  9,-33,-14, 10, -7,  7,  1,  3,  0,-17,-53,-43,  7;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='L'; M=-18,-37,-17,-44,-43, -6,-38,-28,  7,-37,  8,  2,-32,-31,-35,-26,-19,-18,  5,-37,-13,-37;
/M:         M= -7, -7,-45, -9, -7,-37,-18, -7, -5,  0,-11, -2, -3,-13, -2,  0, -8, -5, -4,-43,-39, -3;
/M: SY='Q'; M= -3,  2,-49,  0,  4,-34,-15,  3,-14, -8,-11, -8,  2, -9,  8,-10, -6, -4,-10,-49,-32,  6;
/M: SY='F'; M=-25,-45,-59,-52,-48, 51,-48,-22, 14,-50, 31, 12,-34,-41,-37,-40,-34,-26, -1,-19, 22,-40;
/M: SY='T'; M= -1,-17,-27,-21,-21,-20, -9,-24,  2,-24, -4, -4,-14,-13,-22,-26, -2,  5,  5,-52,-24,-21;
/M: SY='E'; M=  0,  4,-43,  5,  7,-39,-10, -7,-14, -5,-25,-15,  5, -8,  2,-14,  0,  0,-11,-62,-28,  4;
/M: SY='R'; M=-17, -8,-49,-14,-13,-40,-31,  5,-16, 26,-31, -3,  1,-11,  3, 35, -8, -9,-24,-13,-35, -3;
/M: SY='F'; M=-30,-46,-45,-55,-54, 67,-48,-19, 10,-53, 12, -1,-30,-47,-48,-42,-30,-27,-11,-12, 47,-48;
/M: SY='K'; M=-12, -4,-49, -7, -7,-47,-21, -6,-14, 27,-30, -2,  3,-13,  2, 22, -3, -1,-20,-32,-37, -4;
/M: SY='E'; M= -4, 10,-49, 10, 12,-52,-10,  0,-21,  9,-31,-13, 10, -1, 11,  2,  1, -1,-19,-51,-42, 10;
/M: SY='R'; M=-11, -3,-34, -8,-10,-44,-23,  6,-17, 14,-35,-14,  2, -3,  2, 24, -2, -4,-21,-24,-37, -3;
/M: SY='L'; M=-15,-35,-56,-42,-35, 14,-40,-29, 27,-30, 47, 35,-30,-28,-22,-31,-30,-13, 23,-36,-20,-28;
/M: SY='L'; M=-11,-32,-46,-37,-30,  3,-31,-29, 28,-30, 36, 27,-27,-26,-25,-32,-23, -9, 27,-49,-23,-26;
/M: SY='E'; M=  2, 14,-46, 16, 18,-46,  0, -6,-18, -7,-29,-20, 11, -9,  5,-19,  2, -1,-12,-64,-36, 11;
/M: SY='M'; M=-16,-33,-52,-40,-32,  6,-39,-30, 31,-16, 42, 49,-26,-29,-19,-23,-25,-10, 28,-47,-25,-25;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_04 which contains 544'996 sequence entries.


Total number of hits 16 in 16 different sequences
Number of true positive hits 16 in 16 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] SCD
Version [info] 1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
16 sequences

REC11_SCHPO (Q92380), SCC3_ARATH  (O82265), SCC3_SCHPO  (O13816), 
SCC3_YEAST  (P40541), ST3L1_HUMAN (P0CL83), ST3L2_HUMAN (P0CL84), 
ST3L3_HUMAN (P0CL85), STAG1_HUMAN (Q8WVM7), STAG1_MOUSE (Q9D3E6), 
STAG1_XENLA (Q9DGN1), STAG2_HUMAN (Q8N3U4), STAG2_MOUSE (O35638), 
STAG2_XENLA (Q9DGN0), STAG3_HUMAN (Q9UJ98), STAG3_MOUSE (O70576), 
STAG3_RAT   (Q99M76)
» More


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission