Entry: PS51441

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] CPCD_LIKE
Accession [info] PS51441
Entry type [info] MATRIX
Date [info] MAR-2009 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); SEP-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51441
Associated ProRule [info] PRU00771

Name and characterization of the entry

Description [info] CpcD-like domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=53;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=48;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1588817; R2=0.0153242; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1707.18677; R2=14.89883; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=414; N_SCORE=8.5; H_SCORE=6907; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=284; N_SCORE=6.5; H_SCORE=5924; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='G'; M=  2,  7,-23,  6,  1,-26, 11, -9,-26, -5,-25,-18, 10,-12, -3, -7,  8, -5,-20,-29,-21, -1;
/M: SY='R'; M=-14, -4,-29, -4,  5,-25,-15, -3,-29, 28,-23,-10,  2,-15, 13, 41, -6, -8,-21,-21,-12,  7;
/M: SY='L'; M= -5,-18,-19,-22,-15, -1,-23,-16,  5,-11,  8,  7,-15,-21,-11, -4, -8,  2,  8,-22, -5,-14;
/M: SY='F'; M=-17,-27,-21,-33,-27, 53,-30,-12,  5,-24,  9,  2,-21,-29,-30,-18,-19, -8,  4,  7, 34,-27;
/M: SY='R'; M=-10,-10,-20,-12, -4,-16,-22,-11,-15, 12,-10, -5, -6,-18,  0, 25, -5,  2, -7,-23,-10, -4;
/M: SY='I'; M= -8,-28,-23,-33,-27,  4,-34,-23, 35,-25, 18, 15,-23,-25,-21,-24,-17, -7, 28,-18,  5,-27;
/M: SY='E'; M= -8, -5,-23, -4, 14,-18,-22,-10,-12,  2,-11, -8, -7,-12,  5,  4, -2,  1, -7,-23,-12,  9;
/M: SY='V'; M=  1,-26,-13,-28,-27,  3,-27,-25, 21,-19,  6,  6,-25,-27,-26,-19, -9, -1, 35,-20, -4,-27;
/M: SY='T'; M=  6, -8, -9,-12, -9,-13,-13,-18, -6,-12, -9, -8, -6,-15,-10,-13, 13, 20,  3,-30,-14, -9;
/M: SY='G'; M=  2, -9,-25,-11, -9,-24, 21,-13,-24, -6,-21,-10, -3,-16, -3, -7,  1,-10,-18,-21,-19, -6;
/M: SY='M'; M= -1,-17,-21,-19,-13, -5,-15,-15, -1,-13,  0,  2,-13,-12,-11,-10, -5, -3,  0,-22, -8,-13;
/M: SY='S'; M=  2, -5,-19, -8, -5,-22,  0,-10,-21, -1,-20,-13,  2, -9, -2,  3,  4, -3,-16,-26,-18, -5;
/M: SY='Q'; M= -1, -4,-22, -7, -4,-19, -9, -9,-11, -2,-12, -6,  0,-17,  3, -1,  0, -3, -9,-24,-11, -1;
/M: SY='N'; M= -2, -1,-25, -3, -4,-23, -1, -9,-19, -3,-22,-13,  4,  0, -1, -4,  4, -2,-18,-27,-17, -4;
/I:         I=-7; MD=-15;
/M: SY='G'; M=  2, -3,-19, -4, -6,-20, 11,-11,-22, -4,-19,-13,  2,-10, -6,  0,  5, -1,-15,-23,-17, -7; D=-7;
/I:         I=-7; MD=-15;
/M: SY='R'; M= -5, -2,-16, -3, -1,-10, -7, -3,-12,  1,-11, -7, -1,-11,  0,  5,  0,  0, -9,-12,  0, -2; D=-7;
/I:         I=-7; MD=-15;
/M: SY='T'; M=  2, -4,-10, -6, -3, -8, -6, -8, -5, -4, -2, -3, -3, -6, -3, -4,  0,  3, -4,-14, -7, -3; D=-7;
/I:         I=-7; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15;
/M: SY='R'; M= -7, -6,-17, -6, -2, -9,-14, -7, -8,  3, -7, -3, -4, -8,  0,  8, -5, -5, -5,-16, -6, -2; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-15;
/M: SY='V'; M= -7,-15,-15,-18,-14,  2,-21,-12,  7,-11,  5,  5,-13,-17,-11, -8,-10, -3, 10,-18, -3,-13; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-15;
/M: SY='R'; M=-15, -8,-28, -8,  1,-21,-18, -3,-27, 24,-21,-11,  0,-11,  9, 50, -5, -6,-19,-22,-12,  1; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-15;
/M: SY='R'; M= -8, -4,-23, -7, -3,-16,-17, -6,-19, 10,-15, -9,  2,-18,  3, 26, -1,  0,-13,-24,-10, -2;
/M: SY='S'; M= 10, -4,-12, -6, -5,-20,  8,-14,-20,-12,-23,-16,  3,-13, -6,-13, 23, 10,-10,-33,-20, -6;
/M: SY='N'; M= -2,  4,-16, -3, -3,-14,-13, -6,-11, -3,-15,-10, 11,-16, -4, -4,  7,  6,-10,-28,-10, -4;
/M: SY='Q'; M= -5, -8,-21,-11, -4, -9,-19, -5,-10,  0,-11, -4, -5,-17,  5,  3,  1,  4, -8,-17,  2, -1;
/M: SY='T'; M= -4, -7,-19, -8,  4,-12,-20, -9,-10, -1,-11, -7, -7,-14, -2, -1,  2,  5, -3,-25, -9,  1;
/M: SY='Y'; M=-13,-22,-24,-24,-19, 18,-28, -7,  6,-12,  8,  4,-19,-26,-16, -9,-16, -7,  4, -2, 26,-19;
/M: SY='V'; M= -9,-16,-21,-20,-13, -2,-27,-14,  6, -8,  5,  4,-13,-21,-12, -6,-10,  0,  8,-21, -1,-14;
/M: SY='V'; M= -1,-30,-12,-31,-30,  0,-31,-30, 32,-21, 11, 11,-29,-29,-29,-21,-11, -1, 48,-29, -9,-30;
/M: SY='P'; M= -4, -9,-30, -4,  0,-27,-11,-15,-21,-10,-30,-20, -7, 50, -7,-16,  5,  0,-24,-33,-26, -7;
/M: SY='Y'; M=-15,-20,-26,-23,-19, 29,-25,  9, -3,-15,  3,  1,-17,-27,-14,-12,-18,-10, -8, 11, 46,-18;
/M: SY='B'; M= -2, 14,-22, 14, 14,-25, -4, -5,-26,  1,-24,-19, 14,-10,  2, -4, 10,  2,-21,-33,-19,  8;
/M: SY='R'; M=-12,  1,-28,  0, 10,-27,-17,  5,-24, 16,-21, -8,  6,-15, 24, 28, -2, -8,-24,-24,-11, 15;
/M: SY='L'; M=-11,-27,-22,-31,-21,  6,-26,-13, 18,-22, 35, 32,-27,-26,-13,-16,-27,-11,  8,-10,  2,-16;
/M: SY='S'; M=  0,  3,-16, -2, -2,-13, -7, -6,-16, -8,-19,-13, 13,-15,  1, -5, 19, 10,-13,-33,-14,  0;
/M: SY='Q'; M=  6,  1,-20,  0,  7,-26, -9, -6,-20, -1,-21,-13,  3, -6, 13, -3, 11,  3,-17,-28,-17, 10;
/M: SY='E'; M=  0, -1,-21, -2, 13,-20,-16, -9,-18,  3,-16,-11, -3, -9,  7, -3,  5,  8,-14,-24,-11, 10;
/M: SY='M'; M= -9,-23,-21,-28,-19,  2,-28,-13, 19,-18, 20, 24,-21,-23, -9,-16,-17, -5, 12,-18,  2,-15;
/M: SY='Q'; M=-12, -2,-25, -3, 12,-33,-20,  3,-22, 17,-21, -4,  0,-13, 38, 22, -4,-10,-25,-21,-11, 24;
/M: SY='R'; M=-11, -3,-24, -5,  3,-19,-18, -3,-19, 12,-16, -8,  3,-17,  9, 26, -2, -2,-15,-24,-10,  4;
/M: SY='I'; M=-10,-29,-26,-37,-28,  4,-37,-27, 41,-28, 22, 19,-21,-22,-21,-27,-20, -8, 26,-20,  0,-28;
/M: SY='H'; M=-10,  5,-24, -1, -1,-18,-13, 25,-17, -4,-13, -4, 13,-18,  8, -2, -2, -6,-20,-27, -2,  2;
/M: SY='R'; M= -8, -5,-27, -6,  4,-25,-16, -3,-26, 24,-22, -9,  1,-15, 15, 38, -3, -7,-19,-22,-12,  7;
/M: SY='Q'; M= -5, -7,-20, -9,  0,-16,-18, -7,-12,  2, -7,  1, -6,-15,  9,  5, -2,  1,-11,-24, -9,  4;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-29,-10,-19,-30, 68,-20,-39,-20,-30,-20,  0,-20,-19,-20,  1,-19,-29,-21,-30,-19;
/M: SY='G'; M=  6,-10,-23,-12,-18,-25, 52,-20,-34,-19,-26,-18, -2,-19,-18,-20,  3,-15,-24,-21,-26,-18;
/M: SY='R'; M=-13, -4,-28, -5,  4,-24,-20, -7,-28, 37,-24,-10,  0,-14,  8, 42, -8, -6,-18,-21,-10,  4;
/M: SY='I'; M= -8,-30,-26,-38,-30,  0,-38,-30, 46,-28, 18, 18,-22,-22,-22,-28,-18, -8, 34,-22, -2,-30;
/M: SY='V'; M=  3,-23,-16,-26,-20, -3,-24,-22, 18,-18, 14,  9,-21,-24,-18,-18,-11, -4, 23,-25, -8,-20;
/M: SY='S'; M=  4,  5,-16,  3,  3,-23, -3, -7,-22,  1,-28,-18, 13,-11,  3, -1, 23,  9,-16,-35,-18,  3;
/M: SY='I'; M= -5,-30,-21,-35,-30,  0,-35,-30, 41,-25, 15, 15,-25,-25,-25,-25,-15, -5, 39,-25, -5,-30;
/M: SY='T'; M= -1,  1,-16, -3,  2,-17,-16,-13,-16, -2,-17,-13,  2,-10, -1, -2, 16, 26, -8,-30,-13,  0;
/M: SY='P'; M= -3,-12,-28, -8,  4,-20,-19,-16,-12, -8,-12,-11,-13, 27, -6,-13, -5, -5,-15,-28,-20, -3;
/M: SY='A'; M= 17,-19,-16,-25,-17,-10,-16,-21,  8,-14,  3,  5,-17,-16,-15,-16, -5, -3, 13,-23,-12,-17;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_10 which contains 546'790 sequence entries.


Total number of hits 34 in 34 different sequences
Number of true positive hits 34 in 34 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] CpcD-like
Version [info] 1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
34 sequences

FENR_ANAVT  (Q44549), FENR_NOSS1  (P58558), FENR_NOSSO  (P21890), 
FENR_SYNP2  (P31973), FENR_SYNY3  (Q55318), FENR_THEEB  (Q93RE3), 
PYC1_ARTPT  (P72506), PYC1_MASLA  (P20116), PYC1_MICDP  (P16569), 
PYC1_NOSS1  (P80558), PYC1_SYNP6  (P06114), PYC1_SYNY3  (Q01950), 
PYC1_SYNY4  (Q02925), PYC1_THEEB  (P50036), PYR1_MASLA  (P11398), 
PYR1_MICDP  (P18542), PYR1_NOSS1  (P07123), PYR1_SYNP2  (Q05237), 
PYR1_SYNY3  (P73203), PYR1_THEEB  (P50034), PYR2_MASLA  (P11399), 
PYR2_MICDP  (P18543), PYR2_NOSS1  (P31329), PYR2_SYNY3  (P73204), 
PYR3_MICDP  (P11400), PYR5_MICDP  (P11401), PYR6_MICDP  (P14880), 
PYS1_MASLA  (P11396), PYS1_MICDP  (P11397), PYS1_NOSS1  (P07124), 
PYS1_SYNP2  (P31966), PYS1_SYNY3  (P73202), PYS1_THEEB  (P50035), 
PYS2_MICDP  (P14878)
» More

PDB
[Detailed view]
1 PDB

1B33

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission