Entry: PS51441

General information about the entry

Entry name [info] CPCD_LIKE
Accession [info] PS51441
Entry type [info] MATRIX
Date [info] MAR-2009 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); MAY-2015 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51441
Associated ProRule [info] PRU00771

Name and characterization of the entry

Description [info] CpcD-like domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=53;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=48;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1588817; R2=0.0153242; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1707.18677; R2=14.89883; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=414; N_SCORE=8.5; H_SCORE=6907; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=284; N_SCORE=6.5; H_SCORE=5924; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='G'; M=  2,  7,-23,  6,  1,-26, 11, -9,-26, -5,-25,-18, 10,-12, -3, -7,  8, -5,-20,-29,-21, -1;
/M: SY='R'; M=-14, -4,-29, -4,  5,-25,-15, -3,-29, 28,-23,-10,  2,-15, 13, 41, -6, -8,-21,-21,-12,  7;
/M: SY='L'; M= -5,-18,-19,-22,-15, -1,-23,-16,  5,-11,  8,  7,-15,-21,-11, -4, -8,  2,  8,-22, -5,-14;
/M: SY='F'; M=-17,-27,-21,-33,-27, 53,-30,-12,  5,-24,  9,  2,-21,-29,-30,-18,-19, -8,  4,  7, 34,-27;
/M: SY='R'; M=-10,-10,-20,-12, -4,-16,-22,-11,-15, 12,-10, -5, -6,-18,  0, 25, -5,  2, -7,-23,-10, -4;
/M: SY='I'; M= -8,-28,-23,-33,-27,  4,-34,-23, 35,-25, 18, 15,-23,-25,-21,-24,-17, -7, 28,-18,  5,-27;
/M: SY='E'; M= -8, -5,-23, -4, 14,-18,-22,-10,-12,  2,-11, -8, -7,-12,  5,  4, -2,  1, -7,-23,-12,  9;
/M: SY='V'; M=  1,-26,-13,-28,-27,  3,-27,-25, 21,-19,  6,  6,-25,-27,-26,-19, -9, -1, 35,-20, -4,-27;
/M: SY='T'; M=  6, -8, -9,-12, -9,-13,-13,-18, -6,-12, -9, -8, -6,-15,-10,-13, 13, 20,  3,-30,-14, -9;
/M: SY='G'; M=  2, -9,-25,-11, -9,-24, 21,-13,-24, -6,-21,-10, -3,-16, -3, -7,  1,-10,-18,-21,-19, -6;
/M: SY='M'; M= -1,-17,-21,-19,-13, -5,-15,-15, -1,-13,  0,  2,-13,-12,-11,-10, -5, -3,  0,-22, -8,-13;
/M: SY='S'; M=  2, -5,-19, -8, -5,-22,  0,-10,-21, -1,-20,-13,  2, -9, -2,  3,  4, -3,-16,-26,-18, -5;
/M: SY='Q'; M= -1, -4,-22, -7, -4,-19, -9, -9,-11, -2,-12, -6,  0,-17,  3, -1,  0, -3, -9,-24,-11, -1;
/M: SY='N'; M= -2, -1,-25, -3, -4,-23, -1, -9,-19, -3,-22,-13,  4,  0, -1, -4,  4, -2,-18,-27,-17, -4;
/I:         I=-7; MD=-15;
/M: SY='G'; M=  2, -3,-19, -4, -6,-20, 11,-11,-22, -4,-19,-13,  2,-10, -6,  0,  5, -1,-15,-23,-17, -7; D=-7;
/I:         I=-7; MD=-15;
/M: SY='R'; M= -5, -2,-16, -3, -1,-10, -7, -3,-12,  1,-11, -7, -1,-11,  0,  5,  0,  0, -9,-12,  0, -2; D=-7;
/I:         I=-7; MD=-15;
/M: SY='T'; M=  2, -4,-10, -6, -3, -8, -6, -8, -5, -4, -2, -3, -3, -6, -3, -4,  0,  3, -4,-14, -7, -3; D=-7;
/I:         I=-7; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15;
/M: SY='R'; M= -7, -6,-17, -6, -2, -9,-14, -7, -8,  3, -7, -3, -4, -8,  0,  8, -5, -5, -5,-16, -6, -2; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-15;
/M: SY='V'; M= -7,-15,-15,-18,-14,  2,-21,-12,  7,-11,  5,  5,-13,-17,-11, -8,-10, -3, 10,-18, -3,-13; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-15;
/M: SY='R'; M=-15, -8,-28, -8,  1,-21,-18, -3,-27, 24,-21,-11,  0,-11,  9, 50, -5, -6,-19,-22,-12,  1; D=-7;
/I:         I=-7; DM=-15;
/M: SY='R'; M= -8, -4,-23, -7, -3,-16,-17, -6,-19, 10,-15, -9,  2,-18,  3, 26, -1,  0,-13,-24,-10, -2;
/M: SY='S'; M= 10, -4,-12, -6, -5,-20,  8,-14,-20,-12,-23,-16,  3,-13, -6,-13, 23, 10,-10,-33,-20, -6;
/M: SY='N'; M= -2,  4,-16, -3, -3,-14,-13, -6,-11, -3,-15,-10, 11,-16, -4, -4,  7,  6,-10,-28,-10, -4;
/M: SY='Q'; M= -5, -8,-21,-11, -4, -9,-19, -5,-10,  0,-11, -4, -5,-17,  5,  3,  1,  4, -8,-17,  2, -1;
/M: SY='T'; M= -4, -7,-19, -8,  4,-12,-20, -9,-10, -1,-11, -7, -7,-14, -2, -1,  2,  5, -3,-25, -9,  1;
/M: SY='Y'; M=-13,-22,-24,-24,-19, 18,-28, -7,  6,-12,  8,  4,-19,-26,-16, -9,-16, -7,  4, -2, 26,-19;
/M: SY='V'; M= -9,-16,-21,-20,-13, -2,-27,-14,  6, -8,  5,  4,-13,-21,-12, -6,-10,  0,  8,-21, -1,-14;
/M: SY='V'; M= -1,-30,-12,-31,-30,  0,-31,-30, 32,-21, 11, 11,-29,-29,-29,-21,-11, -1, 48,-29, -9,-30;
/M: SY='P'; M= -4, -9,-30, -4,  0,-27,-11,-15,-21,-10,-30,-20, -7, 50, -7,-16,  5,  0,-24,-33,-26, -7;
/M: SY='Y'; M=-15,-20,-26,-23,-19, 29,-25,  9, -3,-15,  3,  1,-17,-27,-14,-12,-18,-10, -8, 11, 46,-18;
/M: SY='B'; M= -2, 14,-22, 14, 14,-25, -4, -5,-26,  1,-24,-19, 14,-10,  2, -4, 10,  2,-21,-33,-19,  8;
/M: SY='R'; M=-12,  1,-28,  0, 10,-27,-17,  5,-24, 16,-21, -8,  6,-15, 24, 28, -2, -8,-24,-24,-11, 15;
/M: SY='L'; M=-11,-27,-22,-31,-21,  6,-26,-13, 18,-22, 35, 32,-27,-26,-13,-16,-27,-11,  8,-10,  2,-16;
/M: SY='S'; M=  0,  3,-16, -2, -2,-13, -7, -6,-16, -8,-19,-13, 13,-15,  1, -5, 19, 10,-13,-33,-14,  0;
/M: SY='Q'; M=  6,  1,-20,  0,  7,-26, -9, -6,-20, -1,-21,-13,  3, -6, 13, -3, 11,  3,-17,-28,-17, 10;
/M: SY='E'; M=  0, -1,-21, -2, 13,-20,-16, -9,-18,  3,-16,-11, -3, -9,  7, -3,  5,  8,-14,-24,-11, 10;
/M: SY='M'; M= -9,-23,-21,-28,-19,  2,-28,-13, 19,-18, 20, 24,-21,-23, -9,-16,-17, -5, 12,-18,  2,-15;
/M: SY='Q'; M=-12, -2,-25, -3, 12,-33,-20,  3,-22, 17,-21, -4,  0,-13, 38, 22, -4,-10,-25,-21,-11, 24;
/M: SY='R'; M=-11, -3,-24, -5,  3,-19,-18, -3,-19, 12,-16, -8,  3,-17,  9, 26, -2, -2,-15,-24,-10,  4;
/M: SY='I'; M=-10,-29,-26,-37,-28,  4,-37,-27, 41,-28, 22, 19,-21,-22,-21,-27,-20, -8, 26,-20,  0,-28;
/M: SY='H'; M=-10,  5,-24, -1, -1,-18,-13, 25,-17, -4,-13, -4, 13,-18,  8, -2, -2, -6,-20,-27, -2,  2;
/M: SY='R'; M= -8, -5,-27, -6,  4,-25,-16, -3,-26, 24,-22, -9,  1,-15, 15, 38, -3, -7,-19,-22,-12,  7;
/M: SY='Q'; M= -5, -7,-20, -9,  0,-16,-18, -7,-12,  2, -7,  1, -6,-15,  9,  5, -2,  1,-11,-24, -9,  4;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-29,-10,-19,-30, 68,-20,-39,-20,-30,-20,  0,-20,-19,-20,  1,-19,-29,-21,-30,-19;
/M: SY='G'; M=  6,-10,-23,-12,-18,-25, 52,-20,-34,-19,-26,-18, -2,-19,-18,-20,  3,-15,-24,-21,-26,-18;
/M: SY='R'; M=-13, -4,-28, -5,  4,-24,-20, -7,-28, 37,-24,-10,  0,-14,  8, 42, -8, -6,-18,-21,-10,  4;
/M: SY='I'; M= -8,-30,-26,-38,-30,  0,-38,-30, 46,-28, 18, 18,-22,-22,-22,-28,-18, -8, 34,-22, -2,-30;
/M: SY='V'; M=  3,-23,-16,-26,-20, -3,-24,-22, 18,-18, 14,  9,-21,-24,-18,-18,-11, -4, 23,-25, -8,-20;
/M: SY='S'; M=  4,  5,-16,  3,  3,-23, -3, -7,-22,  1,-28,-18, 13,-11,  3, -1, 23,  9,-16,-35,-18,  3;
/M: SY='I'; M= -5,-30,-21,-35,-30,  0,-35,-30, 41,-25, 15, 15,-25,-25,-25,-25,-15, -5, 39,-25, -5,-30;
/M: SY='T'; M= -1,  1,-16, -3,  2,-17,-16,-13,-16, -2,-17,-13,  2,-10, -1, -2, 16, 26, -8,-30,-13,  0;
/M: SY='P'; M= -3,-12,-28, -8,  4,-20,-19,-16,-12, -8,-12,-11,-13, 27, -6,-13, -5, -5,-15,-28,-20, -3;
/M: SY='A'; M= 17,-19,-16,-25,-17,-10,-16,-21,  8,-14,  3,  5,-17,-16,-15,-16, -5, -3, 13,-23,-12,-17;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2015_07 which contains 548'872 sequence entries.


Total number of hits 34 in 34 different sequences
Number of true positive hits 34 in 34 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] CpcD-like
Version [info] 1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
34 sequences

FENR_ANAVT  (Q44549), FENR_NOSS1  (P58558), FENR_NOSSO  (P21890), 
FENR_SYNP2  (P31973), FENR_SYNY3  (Q55318), FENR_THEEB  (Q93RE3), 
PYC1_ARTPT  (P72506), PYC1_MASLA  (P20116), PYC1_MICDP  (P16569), 
PYC1_NOSS1  (P80558), PYC1_SYNP6  (P06114), PYC1_SYNY3  (Q01950), 
PYC1_SYNY4  (Q02925), PYC1_THEEB  (P50036), PYR1_MASLA  (P11398), 
PYR1_MICDP  (P18542), PYR1_NOSS1  (P07123), PYR1_SYNP2  (Q05237), 
PYR1_SYNY3  (P73203), PYR1_THEEB  (P50034), PYR2_MASLA  (P11399), 
PYR2_MICDP  (P18543), PYR2_NOSS1  (P31329), PYR2_SYNY3  (P73204), 
PYR3_MICDP  (P11400), PYR5_MICDP  (P11401), PYR6_MICDP  (P14880), 
PYS1_MASLA  (P11396), PYS1_MICDP  (P11397), PYS1_NOSS1  (P07124), 
PYS1_SYNP2  (P31966), PYS1_SYNY3  (P73202), PYS1_THEEB  (P50035), 
PYS2_MICDP  (P14878)
» More

PDB
[Detailed view]
1 PDB

1B33

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission