Entry: PS51445

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] PBS_LINKER
Accession [info] PS51445
Entry type [info] MATRIX
Date [info] APR-2009 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUL-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51445
Associated ProRule [info] PRU00775

Name and characterization of the entry

Description [info] Phycobilisome (PBS) linker domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=180;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=180;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=3.6998365; R2=0.0115708; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=7583.95600; R2=53.86800; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=545; N_SCORE=10.0; H_SCORE=32256; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=243; N_SCORE=6.5; H_SCORE=20620; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='S'; M= -1, -2,-22, -3, -1,-18, -9,-11,-15, -5,-13, -9,  0, -6, -3, -7,  3,  0,-13,-27,-15, -2;
/M: SY='A'; M=  7,-12,-20,-16, -9,-16, -7,-14, -6, -8, -9, -1, -7, -9, -4, -8,  4, -1, -5,-25,-14, -8;
/M:         M= -3,-10,-25,-10, -4,-17,-11,-11,-10, -5, -9, -4, -9, -4, -1, -7, -5, -7,-11,-22,-11, -3;
/M: SY='N'; M= -8, -5,-26, -9, -5,-16, -7,-10,-12, -3,-13, -6,  1,-11, -1, -4, -3, -5,-13,-24,-12, -4;
/M: SY='Q'; M= -4, -2,-23, -5, -4,-15,-13, -5,-13, -3,-13, -6,  0,-11,  1, -2,  0,  0,-12,-22, -6, -3;
/M: SY='R'; M= -9, -8,-25, -9, -8,-11,-14,-10,-10,  0, -9, -4, -5,-15, -5,  2, -9, -8, -7,-21, -6, -8;
/M:         M= -2,-10,-24,-11, -7,-15,-12,-14, -6, -7, -9, -5, -9,-10, -5, -8, -5, -6, -3,-23,-11, -7;
/M: SY='P'; M= -2, -6,-24, -7, -4,-20, -9,-13,-15, -2,-15,-10, -3,  1, -5, -3,  0, -2,-13,-27,-17, -6;
/M: SY='Q'; M= -1, -3,-26, -3, -2,-26, -1,-10,-20,  2,-21,-12,  1, -7,  3,  3,  1, -7,-17,-25,-18, -1;
/M:         M= -7,-13,-23,-15,-10, -5, -7, -8, -8,-11, -2, -2, -9,-21, -7, -7, -7, -7, -8,-17, -1, -9;
/M:         M= -8,-10,-24,-11, -8, -8, -1, -4,-19, -7,-15, -9, -5,-14,-10, -3, -2, -4,-13,-20, -6, -9;
/M:         M= -4,-10,-20,-13,-10, -7,-14,-10, -5,-11, -7, -5, -6,-12,-10,-10, -1, -1, -2,-25, -9,-11;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='S'; M= -1, -3,-22, -6, -2,-20, -1, -6,-19, -3,-17,-10,  2,-10,  0,  1,  4,  1,-15,-25,-14, -2; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='R'; M= -2, -9,-12,-11, -6,-16, -9,-13,-17, -3,-12,-10, -5,-14, -7,  3, -2, -3,-10,-27,-15, -8;
/M:         M= -4, -7,-18, -8, -3,-15,-12,-10,-13, -4,-13, -8, -6,-15,  0, -2, -3, -6,-11,-22, -8, -2;
/M: SY='E'; M= -6, -2,-26, -2,  3,-20, -3, -9,-21, -2,-18,-13,  0, -5, -4, -3, -1, -4,-17,-27,-16, -2;
/I:         I=-10; MD=-22;
/M: SY='E'; M= -9, -4,-27, -1,  7,-19,-16, -6,-14, -2,-13, -7, -6,  0,  5, -5, -6, -7,-16,-23,-10,  5; D=-10;
/I:         I=-10; MD=-22;
/M: SY='P'; M= -3, -8,-23, -8, -6,-17, -8,-13,-12, -8,-13, -9, -6,  2, -5, -7,  0, -2,-11,-25,-14, -7; D=-10;
/I:         I=-10; MD=-22;
/M: SY='R'; M= -4, -6,-23, -7, -1,-11,-15,-11,-14,  0,-15,-10, -4, -2, -3,  1, -2, -4,-11,-23,-11, -2; D=-10;
/I:         I=-10; MD=-22;
/M: SY='S'; M=  1,-11,-20,-13, -9,-13,-13,-15, -5, -8,-10, -6, -7, -4, -8,-10,  4,  4, -3,-25,-12, -9; D=-10;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='F'; M= -8,-16,-22,-20,-18,  9,-18,-14,  2,-13,  0, -1,-11,-18,-17, -9,-11, -6,  2,-13,  4,-18; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-22;
/M: SY='Q'; M= -7, -1,-25, -1, 11,-21,-14, -4,-18,  3,-16, -9,  1,-11, 14,  4,  1, -4,-18,-25,-12, 12;
/M: SY='L'; M= -6,-16,-21,-18,-11, -2,-23,-12,  2,-14,  9,  4,-15,-14,-10,-13,-14, -7, -3,-14,  1,-11;
/M: SY='R'; M= -5, -5,-19, -4,  1,-17,-14, -8,-17,  2,-17,-11, -4,-12, -1,  4,  2, -1,-10,-24, -8, -2;
/M:         M= -4, -5,-24, -5, -2,-19,-17, -8,-11, -3,-12, -8, -4,  0, -3, -3, -3, -4, -9,-28,-14, -4;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M: SY='D'; M= -1,  0,-24,  1,  1,-22, -6,-11,-18, -5,-18,-14,  0,  1, -3, -9,  1, -3,-16,-24,-17, -2; D=-12;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M:         M=  0, -7,-16,-10, -8, -8,-15,-14, -7,-11, -7, -6, -5, -8,-10,-13, -1,  0, -6,-24, -9,-10; D=-12;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='S'; M= -2,  9,-19, 11,  3,-21, -7, -8,-22, -5,-21,-17,  6,-12, -1, -7, 14, 10,-15,-31,-13,  0;
/M: SY='E'; M= -6,  8,-26, 12, 24,-27,-15, -3,-25,  6,-20,-16,  5, -4, 11,  5,  2, -6,-23,-29,-18, 17;
/M: SY='E'; M=  3,  5,-20,  6, 12,-23,-12, -6,-18, -3,-20,-15,  4, -7,  3, -8, 11,  5,-13,-32,-17,  7;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='E'; M= -2, 11,-23, 16, 19,-26, -8, -4,-23, -1,-21,-17,  5, -8,  7, -7,  6, -3,-20,-28,-15, 13; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='L'; M= -7,-21,-16,-22,-14,  1,-26,-18,  8,-15, 17,  8,-19,-24,-13,-11,-13, -3,  8,-23, -5,-14;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='E'; M=-11,  8,-27, 10, 20,-27,-18,  0,-21,  7,-16,-11,  6,-11, 18,  8, -3, -8,-23,-27,-14, 18;
/M: SY='E'; M=  1, -6,-21, -8,  4,-14,-14,-12,-10, -2,-10, -5, -5,-14, -1, -5, -1, -3, -6,-24,-12,  1;
/M: SY='V'; M=  6,-25,-16,-29,-24, -3,-26,-26, 23,-22, 14,  9,-23,-23,-22,-22,-11, -2, 27,-24, -8,-24;
/M: SY='I'; M= -7,-27,-26,-35,-25,  1,-35,-27, 38,-26, 16, 15,-20,-21,-19,-25,-17, -8, 26,-21, -2,-25;
/M: SY='E'; M= -5,  6,-24,  5, 10,-22,-13, -4,-21,  7,-19,-13,  8,-13,  6,  8,  3, -3,-19,-25,-14,  7;
/M: SY='A'; M= 35, -6,-13,-13, -4,-21, -4,-17,-12, -7,-13,-11, -6,-10, -5,-16, 11,  2, -4,-23,-19, -5;
/M: SY='A'; M= 17, -9, -1,-18,-14,-13,-14,-21, -4,-14, -7, -7, -7,-16,-13,-18,  8, 13,  4,-28,-15,-14;
/M: SY='Y'; M=-17,-20,-29,-21,-20, 26,-29, 16,  2,-11,  1,  1,-20,-29,-11,-11,-19, -9, -6, 25, 71,-20;
/M: SY='R'; M=-12,-12,-26,-12, -3,-17,-20, -6,-20, 19,-11, -6, -5,-20,  5, 44,-10, -8,-12,-21,-10, -2;
/M: SY='Q'; M=-12, -2,-29, -2, 14,-34,-21, 16,-20,  9,-19, -1, -1,-13, 47, 13, -3,-11,-27,-19, -5, 30;
/M: SY='V'; M= -5,-29,-18,-33,-28,  3,-33,-28, 32,-25, 19, 14,-26,-26,-25,-23,-16, -3, 34,-24, -4,-28;
/M: SY='F'; M=-15,-28,-21,-34,-25, 44,-27,-18,  8,-27, 20,  9,-22,-28,-27,-19,-22,-10,  3, -3, 17,-23;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M: SY='G'; M= -3, -2,-20,  0, -2,-17, 21, -8,-22, -8,-17,-12,  0,-11, -7, -8,  0,-10,-17,-16,-15, -4; D=-12;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='N'; M=-11, 19,-21, 11,  4,-16, -8,  6,-21,  6,-22,-15, 29,-16,  2, 12,  2, -4,-23,-28,-13,  2; D=-12;
/I:         I=-12; DM=-25;
/M: SY='R'; M= -9, -4,-21, -4, -7, -4,-14, -5,-18, -6,-11,-10, -3,-14, -9,  2, -6, -8,-13,-21, -5, -8;
/I:         I=-11; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='Y'; M=-10,-15,-23,-17,-14, -3,-21, 12,  4,-14,  0,  5,-11,-22, -7,-12,-11, -9,  2,-15, 13,-13; D=-11;
/I:         I=-11; DM=-23;
/M: SY='P'; M= -3,-19,-19,-19,-11, -8,-21,-17, -2,-14, -4, -2,-18,  9,-12,-17,-10, -5, -3,-14, -8,-13; D=-11;
/I:         I=-11; DM=-23;
/M: SY='L'; M= -6,-20,-21,-23,-12, 10,-23,-11,  5,-16, 14, 13,-18,-19,-12,-12,-15, -7,  1,-14,  4,-12;
/M: SY='E'; M= -2, 12,-26, 16, 21,-28,-12, -3,-24,  5,-20,-16,  5, -9,  9, -2,  0, -8,-22,-27,-15, 15;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='S'; M=  0, -1,-16, -3, -3,-13, -3, -9,-18, -5,-21,-14,  5,-15, -4, -8, 12,  2,-12,-27,-11, -4;
/M: SY='E'; M=-13, 11,-29, 18, 29,-25,-19,  0,-23,  4,-16,-14,  3, -9, 14,  0, -4,-10,-24,-26,-11, 21;
/M: SY='R'; M=-16,-10,-28,-11,  0,-18,-20, -4,-22, 19,-16, -8, -3,-18,  7, 46, -8, -7,-16,-18, -9,  0;
/M: SY='L'; M= -9,-10,-18, -8,  1, -9,-23, -9, -6,-12,  6,  0,-13,-14, -2,-11,-11, -8, -8,-25, -8, -1;
/M: SY='T'; M= -6, -9,-21,-11, -9,-12,-20,-15, -1, -7, -6, -1, -7,-12, -6, -9, -1,  2,  1,-26,-10, -8;
/M: SY='E'; M= -5,  2,-21,  2,  4,-12,-13, -9,-16, -6,-14,-13,  2, -8, -5, -8,  4,  3,-13,-27,-11, -1;
/M: SY='L'; M=  7,-19,-20,-22,-13, -5,-19,-18,  5,-19, 14,  4,-18,-15,-11,-18,-11, -6,  1,-17, -7,-13;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='E'; M=-10,  9,-29, 19, 56,-29,-20, -1,-28,  9,-19,-19, -1, -1, 18, -1,  0,-10,-27,-30,-20, 37;
/M: SY='S'; M=  8,  3,-14,  0, -1,-21, -4, -9,-19, -3,-26,-17, 10,-12,  0, -4, 26, 12,-11,-35,-18, -1;
/M: SY='Q'; M=-11, -5,-28, -5, 11,-25,-20,  1,-19, 15,-15, -2, -3,-13, 30, 19, -6,-10,-21,-19, -8, 20;
/M: SY='L'; M=-11,-30,-20,-31,-22, 21,-30,-19, 17,-29, 40, 16,-28,-30,-23,-20,-27, -9, 10,-15,  6,-22;
/M: SY='R'; M=-14, -9,-26, -9,  2,-21,-18, -4,-25, 23,-17, -8, -3,-18,  9, 45, -9,-10,-17,-21,-11,  3;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='N'; M=-10, 33,-21, 23,  2,-22, -2,  5,-23,  0,-26,-19, 42,-17,  0,  0,  7, -2,-26,-37,-18,  1; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='G'; M= -3, -6,-27, -7,-11,-26, 38,-13,-32, -7,-25,-14,  3,-18,-10, -5,  1,-12,-24,-23,-23,-11;
/M: SY='E'; M= -8, 13,-21, 17, 19,-28,-14, -1,-25,  2,-21,-16,  7,-11, 14,  0,  4, -4,-23,-30,-15, 16;
/M: SY='I'; M= -9,-27,-26,-35,-26,  2,-36,-26, 37,-27, 21, 18,-20,-21,-19,-26,-18, -4, 23,-20,  0,-26;
/M: SY='T'; M=  1,  6,-12,  4, -1,-20, -8,-13,-20, -9,-22,-17,  5, -9, -5,-11, 22, 23,-10,-35,-17, -3;
/M: SY='V'; M= -2,-28,-15,-30,-26,  1,-30,-27, 28,-22, 18, 13,-26,-27,-25,-21,-13, -1, 35,-26, -7,-26;
/M: SY='R'; M=-13, -6,-28, -7,  3,-22,-16, -4,-26, 25,-21,-10,  2,-17,  9, 45, -6, -8,-19,-22,-12,  2;
/M: SY='E'; M=-13, 23,-30, 34, 35,-34, -8, -1,-34,  4,-25,-22,  8, -6, 11, -5,  0,-11,-30,-32,-20, 23;
/M: SY='F'; M=-19,-30,-20,-39,-29, 75,-30,-20,  1,-30, 13,  1,-21,-30,-39,-20,-21,-10,  1,  8, 28,-29;
/M: SY='V'; M= -4,-29,-18,-33,-29,  0,-33,-30, 36,-23, 13, 13,-25,-26,-26,-23,-13, -2, 41,-26, -6,-29;
/M: SY='R'; M= -9, -6,-27, -6,  4,-22,-13, -4,-28, 22,-22,-12,  1,-16,  7, 41, -4, -8,-19,-22,-13,  3;
/M: SY='G'; M=  7, -6,-23, -7, -1,-27, 13,-10,-24, -4,-21,-12, -2,-13,  6, -6,  5, -7,-19,-23,-20,  2;
/M: SY='L'; M= -9,-30,-21,-32,-24,  6,-32,-24, 29,-29, 37, 19,-28,-28,-21,-22,-25, -9, 20,-21, -1,-24;
/M: SY='A'; M= 29,-12, -6,-20,-14,-15,  3,-20,-12,-14, -8, -8,-10,-15,-13,-20,  4, -2, -4,-22,-18,-13;
/M: SY='K'; M= -6,-10,-23,-12, -4,-11,-21,-12,-10, 12, -5,  2, -8,-16, -2,  6, -8, -2, -7,-20, -5, -4;
/M: SY='S'; M=  9, -1,-12, -1, -2,-20,  5,-11,-21,-11,-29,-20,  9,-11, -2,-11, 36, 18,-11,-38,-20, -2;
/M: SY='D'; M= -9, 24,-26, 32, 21,-31,-12, -4,-30,  5,-25,-22, 11, -6,  4, -3,  4, -3,-24,-34,-19, 12;
/M: SY='L'; M=  2,-19,-18,-23,-14,  4,-22,-19,  5,-17, 13,  4,-17,-21,-16,-12,-10, -1,  6,-19, -4,-15;
/M: SY='F'; M=-20,-26,-24,-32,-26, 60,-30, -4,  0,-22,  6,  0,-20,-30,-28,-16,-20,-10, -4, 18, 50,-26;
/M: SY='R'; M=-14, -8,-28, -9,  1,-21,-18, -1,-18, 16,-14, -3, -3,-18, 16, 31, -9,-10,-16,-20, -7,  6;
/M: SY='R'; M= -8,  8,-24,  5,  6,-25,-13, -3,-26, 18,-25,-14, 12,-13,  9, 21,  3, -1,-21,-28,-14,  7;
/M: SY='R'; M=-11, -4,-25, -6,  1,-14,-13, -5,-18,  4, -8, -7,  2,-19,  2, 18, -6, -7,-16,-24,-11,  0;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='F'; M=-17,-24,-23,-28,-23, 41,-29, -4,  4,-21, 12,  4,-20,-29,-23,-15,-20, -9, -1, 10, 40,-23; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='Y'; M=-17,-24,-29,-28,-23, 29,-26, -2, -3,-18, -2, -2,-20,-28,-19,-15,-20,-13, -8, 34, 38,-21;
/M: SY='B'; M= -3, 10,-21, 10, 10,-24,-12,  1,-22,  1,-21,-14, 10,-11,  7, -2,  8,  3,-18,-30,-13,  8;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='P'; M= -7, -8,-15,-10, -7,-19, -8,-11,-17, -2,-16, -7, -3,  3, -6,  0, -4, -6,-16,-27,-17, -8; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='F'; M= -5, -8,-13,-16,-16,  3,-19, -8,  0,-15,  1,  0, -2,-21,-14,-14, -8, -5, -3,-19,  3,-15;
/M: SY='P'; M= -3, -8,-25, -7, -6,-11,-12, -7,-14,-10,-21,-14, -3, 13, -7,-13,  5,  1,-16,-20, -1, -9;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='N'; M= -7,  5,-23, -3, -5,-17,-13, -5, -5, -6,-14, -7, 14,  1, -2, -7, -2, -4,-12,-28,-15, -5; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='Y'; M=-10,-15, -4,-19,-14,  0,-26, -7, -3,-14,  1,  0,-14,-23, -8,-13, -8,  4, -3,-13, 14,-13;
/M: SY='R'; M=-14, -6,-29, -6,  4,-25,-19, -4,-29, 36,-24,-10,  0,-15, 11, 49, -9,-10,-20,-20,-10,  5;
/M: SY='A'; M= 14,-17,-12,-23,-18, -1, -7,-20, -2,-17, -1, -3,-14,-20,-18,-19, -1, -2,  5,-19, -9,-17;
/M: SY='I'; M=  8,-24,-20,-32,-24, -5,-27,-27, 29,-22,  9,  9,-19,-19,-19,-25, -9, -4, 26,-23, -8,-24;
/M: SY='E'; M= -3,  7,-26, 13, 41,-28,-16, -3,-27,  8,-20,-18,  0, -4, 15,  0,  4, -5,-24,-29,-19, 28;
/M: SY='L'; M= -1,-20,-21,-22,-14,  2,-23, -6,  5,-17, 13,  7,-18,-23, -7,-14,-14, -8,  2,-14,  7,-11;
/M: SY='A'; M=  8, -8, -9,-17,-15,-13,-12,-14,  1,-16, -4, -1, -3,-19,-13,-18, -2, -4,  2,-27,-13,-15;
/M: SY='F'; M=-11,-18,-22,-22,-19, 17,-21,  6, -2,-19,  1,  1,-12,-24,-18,-15,-11, -4, -1,-11, 16,-19;
/M: SY='K'; M= -8, -8,-27,-11, -1,-18,-17, -9,-14, 14,-10, -2, -5,-16,  5, 14,-10,-10,-12,-20, -9,  1;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='H'; M= -7, -6,-26, -7, -1,-20,-16, 34,-26,  8,-18, -6,  2,-17,  6, 25, -6,-12,-20,-23,  0, -1; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='L'; M= -6,-28,-19,-32,-22, 16,-29,-22, 18,-28, 33, 14,-26,-27,-23,-21,-23, -8, 13,-16,  2,-22;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-31,-21, 11,-30,-21, 21,-30, 47, 19,-29,-30,-21,-20,-29,-10, 12,-19,  1,-21;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10,  0,-20,-20,  0,-30, 30,-20,-10,  0,-20, 10, 70,-10,-10,-20,-20,-10,  0;
/M: SY='P'; M= 18,-10,-24,-10, -3,-25, -8,-18,-16, -8,-20,-15,-11, 27, -9,-17,  1, -5,-14,-26,-23, -8;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='P'; M= -1,-16,-22,-15,-10,-16,-18,-21, -3,-13,-12, -8,-14, 22,-14,-17, -1,  6, -2,-27,-17,-14; D=-11;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='Y'; M=-12,-12,-22,-15,-12, 12,-21,  8, -2, -8,  0,  0, -9,-21, -7, -7,-12, -8, -7,  1, 29,-11; D=-11;
/I:         I=-11; MI=-23; MD=-23; IM=-23; DM=-23;
/M: SY='N'; M= -1, 11,-20,  6, -4,-23, 14, -7,-24, -8,-26,-18, 18,-11, -5, -9, 12,  2,-21,-31,-21, -5; D=-11;
/I:         I=-11; DM=-23;
/M: SY='Q'; M=-11, -4,-29, -1, 13,-27,-16, -1,-22, 12,-20, -9, -3,  0, 20, 16, -4, -9,-23,-21,-12, 14; D=-11;
/I:         I=-11; DM=-23;
/M: SY='A'; M=  9, -3,-21, -4, -1,-23, -1, -8,-22, -1,-20,-13, -1,-13,  2,  0,  6, -3,-15,-17,-15,  0; D=-11;
/I:         I=-11; DM=-23;
/M: SY='E'; M= -9,  9,-29, 18, 56,-29,-20, -1,-29,  9,-19,-19,  0, -1, 18, -1,  1, -7,-28,-30,-19, 37;
/M: SY='I'; M= -8,-20,-24,-24,-16, -8,-27,-22, 17,-13,  4,  7,-15,-14,-14,-12,-12, -5, 15,-24, -8,-17;
/M: SY='S'; M= -3, -3,-21, -7, -5,-15,-16,-11, -5, -6,-10, -6,  2,-16, -2, -1,  5,  2, -5,-29,-12, -5;
/M: SY='K'; M=  5, -3,-22, -6,  3,-19, -9, -6,-20,  8,-19,-12,  0,-13,  3,  6,  3, -3,-15,-20, -8,  2;
/M: SY='Y'; M=-17,-22,-25,-24,-20, 21,-26,  4, -5,-16, -2, -3,-19,-28,-16,-13,-20,-13,-10, 28, 38,-19;
/M: SY='F'; M= -6,-10,-18,-16,-13,  8,-17,-10, -1,-18, -1, -3, -1,-20,-14,-14,  3,  2, -3,-22, -1,-13;
/M: SY='B'; M= -4,  6,-24,  5,  2,-22,-15,-10, -9, -5,-14, -9,  4,-13,  1,-10,  1, -2,-10,-28,-14,  0;
/M: SY='I'; M= -8,-24,-23,-30,-24,  3,-32,-24, 28,-22, 17, 12,-18,-23,-20,-21,-16, -4, 21,-21, -2,-24;
/M: SY='L'; M= -5,-23,-19,-26,-17, -4,-27,-18, 14,-16, 15,  9,-18,-23,-11, -8,-15, -7,  9,-21, -4,-16;
/M: SY='A'; M= 25, -8,-14,-15,-11,-18,  3,-13,-12,-12,-12, -8, -6,-14, -9,-18,  5, -4, -6,-20,-13,-11;
/M: SY='E'; M= -7,  7,-23,  7, 14,-24,-16, -5,-24, 11,-21,-14,  6,-10,  8, 11,  5,  6,-19,-28,-14, 10;
/M: SY='Q'; M= -6,  0,-26, -1,  9,-26, -9, -2,-23, 12,-20,-10,  4,-13, 14, 12,  0, -7,-21,-25,-14, 11;
/M: SY='G'; M=  3,-10,-29,-11,-19,-29, 66,-20,-38,-19,-29,-19, -1,-19,-19,-20,  1,-19,-28,-20,-29,-19;
/M: SY='F'; M=-15,-22,-24,-26,-17, 22,-28, -6,  2,-17,  9,  5,-18,-26,-11, -9,-18,-10, -2, -2, 18,-13;
/M: SY='D'; M=-12,  5,-23,  9,  9,-15,-17, -2,-22,  2,-19,-14,  0, -9,  1, -2, -4, -7,-20,-20, -1,  4;
/M: SY='A'; M= 22,-10,-18,-14, -9,-19,  9,-16,-17, -8,-14,-11, -7,-14, -8,-14,  4, -5, -9,-19,-15, -9;
/M: SY='F'; M= -2,-18,-19,-23,-14, 16,-22,-10,  1,-18,  8,  7,-16,-22,-15,-15,-12, -8,  3,-14,  3,-13;
/M: SY='I'; M= -5,-28,-21,-33,-27, -2,-34,-28, 37,-23, 13, 14,-23,-24,-20,-23,-14, -5, 36,-25, -5,-26;
/M: SY='D'; M=-12, 32,-27, 43, 16,-35, -8, -1,-33,  1,-27,-23, 15,-10,  7, -6,  4, -6,-27,-35,-19, 12;
/M: SY='A'; M= 16, -2,-18, -3,  3,-19, -9,-11,-17, -3,-16,-13, -3,-11, -1, -7,  8,  0,-10,-24,-14,  1;
/M: SY='L'; M=-10,-26,-21,-30,-22,  7,-30,-16, 23,-24, 31, 22,-24,-26,-16,-19,-22, -6, 13,-17,  5,-20;
/M: SY='I'; M= -6,-29,-19,-31,-25,  3,-32,-26, 29,-26, 26, 15,-26,-27,-23,-22,-18, -4, 28,-24, -4,-25;
/M: SY='D'; M=-15, 38,-26, 47, 15,-30, -9,  2,-32, -1,-28,-25, 23,-12,  1, -8,  4, -6,-27,-36,-15,  7;
/M: SY='S'; M=  7, -3,-12, -4, -3,-14, -2,-11,-18,-10,-25,-17,  6,-12, -3,-10, 31, 16,-10,-35,-16, -3;
/M: SY='E'; M= -4,  6,-25,  9, 11,-23,-11, -8,-21, -1,-15,-14,  2, -9,  1, -2, -3, -7,-18,-24,-16,  5;
/M: SY='E'; M=-10, 13,-29, 21, 48,-29,-18, -1,-29,  7,-22,-20,  4,  1, 15, -2,  2, -7,-28,-32,-20, 31;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='Y'; M=-18,-18,-29,-18,-17, 24,-28, 17, -3, -4, -3, -1,-18,-27, -8, -6,-18,-10,-11, 25, 70,-17; D=-11;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='M'; M= -7, -5,-22,-10, -4,-14,-14, -6, -6, -2, -5,  4,  1,-17,  4,  2, -3, -3, -9,-25,-10, -1; D=-11;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='E'; M= -6, 10,-24,  8, 18,-25,-10, -2,-24, 10,-23,-15, 12,-10, 11,  7,  5, -2,-23,-28,-16, 14; D=-11;
/I:         I=-11; MD=-23;
/M: SY='T'; M= -2, -3,-13,-10, -9, -7,-16,-11, -3, -9, -6, -5,  2,-19,-10, -7,  0,  5,  0,-25, -8,-10; D=-11;
/I:         I=-11; MI=-23; MD=-23; IM=-23; DM=-23;
/M: SY='F'; M=-19,-27,-20,-35,-24, 70,-28,-17, -2,-26,  8, -1,-18,-27,-34,-18,-18,-10, -2,  8, 28,-25; D=-11;
/I:         I=-11; DM=-23;
/M: SY='G'; M= -2, -4,-30, -2,-14,-31, 60,-18,-40,-17,-30,-21,  2,-18,-17,-18,  0,-19,-30,-22,-29,-15;
/M: SY='E'; M= -7,  5,-26,  8, 15,-17,-12,  0,-21,  1,-18,-14,  1,-13,  4, -2, -1, -6,-19,-19, -1,  8;
/M: SY='D'; M=-15, 41,-26, 47, 14,-33, -8,  5,-32,  1,-29,-24, 29,-13,  3, -5,  4, -6,-29,-38,-18,  8;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='T'; M= -5,-10,-18,-15, -7,-10,-25,-19,  6,-12, -2, -1, -8,-13, -7,-12,  2, 17,  7,-26, -8, -8; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='V'; M= -1,-30,-11,-31,-30,  0,-31,-30, 31,-21, 11, 11,-29,-29,-29,-21,-11, -1, 49,-29, -9,-30;
/M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='Y'; M=-16,-16,-28,-16,-13, 16,-22, 11, -7, -7, -7, -4,-14,-22, -5, -5,-12, -8,-13, 13, 50,-13;
/M: SY='Q'; M=-10, -7,-28, -6,  5,-17,-21, -2, -8, -3, -7,  0, -8, -9,  8, -2, -8,-10,-13,-17, -4,  5;
/M: SY='R'; M=-17, -6,-29, -6,  1,-21,-20, -1,-23, 21,-18, -9,  2,-19, 10, 50, -8, -9,-17,-22,-11,  1;
/I:         I=-9; MD=-18;
/M: SY='F'; M= -6,-12,-22,-16,-16,  7,  6, -9,-14,-14,-11, -8, -4,-21,-16,-10, -4, -7,-11, -8,  5,-16; D=-9;
/I:         I=-9; MD=-18;
/M: SY='M'; M=-12,-22,-27,-22,-14, -2,-23,-12, -3, -8,  1,  3,-18,-11,-10,  1,-17,-10, -6,  1,  0,-13; D=-9;
/I:         I=-9; MD=-18;
/M: SY='T'; M= -2,  1,-18, -3, -4,-17,-13,-11,-12,  0,-16,-10,  5,-14, -3,  1,  8, 11, -7,-28,-13, -4; D=-9;
/I:         I=-9; MI=0; MD=-18; IM=0; DM=-18;
/M: SY='T'; M=  0,-12,-16,-14, -9, -8,-16,-14, -4,-14,  0, -4,-10, -7, -9,-13,  4, 10, -2,-25, -7,-10; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-18;
/M: SY='P'; M= -6,-10,-26, -7,  5,-17,-15, -9,-15, -4,-13, -9, -9, 12,  2, -5, -3, -5,-17,-21,-11,  2; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-18;
/M: SY='A'; M= 13, -4,-20, -6, -6,-21,  4,-16,-16,-11,-17,-13, -3,  1,-10,-16,  4, -2,-12,-25,-20, -9; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-18;
/M: SY='G'; M=  1, -8,-24, -8,-10,-22, 21,-15,-23, -8,-17,-12, -3,-17, -9, -5, -1, -9,-16,-22,-19,-10; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-18;
/M:         M=  0, -5,-20, -7,  0,-13,-15, -9, -8, -5,-10, -6, -2,-11,  0, -4,  0, -3, -6,-25,-12,  0; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-18;
/M: SY='T'; M= -3,-10,-20,-11, -6, -9,-19,-13, -8, -9,-10, -8, -9, -1, -7,-10, -1,  1, -9,-21, -5, -8;
/M: SY='Q'; M= -1, -7,-19,-10, -5,-21, -3,-10,-17, -5,-13, -7, -3,-11,  4, -2,  1,  0,-15,-25,-15, -1;
/M: SY='A'; M=  4, -6,-20, -8, -1,-18, -9,-13,-12, -4,-11, -9, -3,-12, -4, -4,  3,  0, -7,-27,-16, -3;
/M: SY='T'; M= -2, -6,-17,-11, -9,-11, -9,-14,-11, -9,-12, -8, -1,-14, -8, -6,  9, 13, -5,-25,-12, -9;
/M: SY='F'; M= -9,-23,-22,-25,-18, 14,-24,-20,  1,-16,  3,  0,-19, -8,-20,-11,-13, -4,  3,-16, -1,-19;
/M: SY='P'; M= -8, -9,-25,-13, -8, -9,-19,-15, -2,-12, -9, -6, -3,  4, -9,-14, -3, -1, -6,-26,-12,-10;
/M: SY='R'; M=-11, -1,-25, -5, -2,-12,-13,  0,-18,  2,-12, -9,  6,-17,  1, 16, -5, -7,-17,-22, -7, -2;
/M: SY='T'; M= -6, -8,-19,-15,-11, -4,-21, -7, -3, -9, -6,  0, -5,-17, -4, -7,  2, 14, -3,-15,  4, -9;
/M: SY='A'; M=  6, -5,-17,-10, -5,-15,-10,-12,-11, -6,-12, -8, -2,-13, -3, -6,  2, -2, -8,-24,-13, -5;
/M: SY='R'; M=  0, -5,-21, -7,  1,-16,-14, -6,-14,  3,-12, -5, -1,-15,  4,  6,  2, -2,-12,-24, -9,  2;
/M: SY='L'; M= -9,-20,-23,-20, -9,  2,-24,-13,  3,-16, 16,  7,-20,-11,-12,-12,-16, -7, -2,-18,  0,-11;
/M: SY='Y'; M= -8,-10,-25,-11, -9, -3,-19, -3,-11, -3,-11, -8,-10,-15, -6, -1, -7, -3,-10, -2, 16, -9;
/M: SY='R'; M=-10, -4,-25, -6, -3,-11,-15, -3,-19,  9,-15, -9,  1,-18,  1, 18, -4, -4,-15,-17,  0, -3;
/M: SY='G'; M= -4, -2,-26, -1, -7,-23, 18, -9,-28, -5,-22,-14,  1,-17, -4, -4,  1, -7,-21,-20,-13, -7;
/M: SY='N'; M= -5,  8,-22,  4,  1, -8,-14, -5,-16,  0,-14,-12, 10,-17, -6, -4, -3, -5,-15,-23, -6, -2;
/M: SY='A'; M= 16, -9,-17,-14,-11, -9,-12,-15, -5,-13, -6, -7, -8,-14,-11,-17,  3,  1, -2,-16, -6,-12;
/M: SY='S'; M= -1, -6,-25, -6, -4,-15,  1, -9,-21, -5,-19,-13, -3,-11, -4, -7,  2, -5,-18,-12, -5, -5;
/M:         M= -4,-13,-21,-13, -7,-10,-17, -9, -8, -7, -5, -4, -8,-16, -3, -1,  0, -2, -5,-20, -7, -6;
/M: SY='D'; M= -7, 13,-24, 14,  4,-25, -8, -6,-20, -1,-21,-15, 12, -9,  1, -5,  3, -1,-18,-32,-17,  2;
/M:         M= -8,-14,-25,-14, -8,-11,-22,-16, -4, -4, -9, -5,-10,  0, -8, -1, -6, -4, -3,-25,-11, -9;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_09 which contains 546'439 sequence entries.


Total number of hits 69 in 44 different sequences
Number of true positive hits 69 in 44 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes, Prokaryotes (Bacteria)
Maximum number of repetitions [info] 4
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] PBS-linker
Version [info] 1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
44 sequences

APCE_AGLNE  (P28561), APCE_CYACA  (Q9TLS6), APCE_CYAPA  (P48088), 
APCE_GALSU  (P35911), APCE_MICDP  (P16566), APCE_NOSS1  (P80559), 
APCE_PORPU  (P51263), APCE_PYRYE  (Q1XDM4), APCE_SYNP2  (O68973), 
APCE_SYNP6  (P28035), APCE_SYNY3  (Q55544), APCE_SYNY4  (Q02907), 
PHEG_SYNPY  (Q02181), PYG1_MASLA  (P29731), PYG1_NOSS1  (P29986), 
PYG1_SYNP2  (Q05238), PYG1_THEEB  (P50039), PYG2_MASLA  (P29732), 
PYG2_NOSS1  (P29987), PYG2_THEEB  (P50040), PYG3_MASLA  (P29733), 
PYG3_NOSS1  (P29988), PYG4_NOSS1  (P29989), PYG4_THEEB  (P50041), 
PYG_AGLNE   (P34814), PYG_CYACA   (O19899), PYG_GALSU   (Q02074), 
PYG_PORPU   (P51365), PYG_PYRYE   (Q1XDC2), PYR1_MASLA  (P11398), 
PYR1_MICDP  (P18542), PYR1_NOSS1  (P07123), PYR1_SYNP2  (Q05237), 
PYR1_SYNY3  (P73203), PYR1_THEEB  (P50034), PYR2_MASLA  (P11399), 
PYR2_MICDP  (P18543), PYR2_NOSS1  (P31329), PYR2_SYNY3  (P73204), 
PYR3_MICDP  (P11400), PYR4_MICDP  (P14879), PYR5_MICDP  (P11401), 
PYR5_PSETP  (Q52453), PYR6_MICDP  (P14880)
» More

PDB
[Detailed view]
7 PDB

2KY4; 2L06; 2L8V; 3NPH; 3OHW; 3OSJ; 3PRU

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission