Entry: PS51448

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] P_TREFOIL_2
Accession [info] PS51448
Entry type [info] MATRIX
Date [info] MAY-2009 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JUL-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC00024
Associated ProRule [info] PRU00779

Name and characterization of the entry

Description [info] P-type 'Trefoil' domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=44;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=40;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=3.2270780; R2=0.0119778; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2628.27964; R2=11.03343; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=441; N_SCORE=8.5; H_SCORE=6567; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=274; N_SCORE=6.5; H_SCORE=5640; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-23; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='S'; M= -1, -9,-41,-10,-11,-40,-19,-20,-41,-12,-39,-28, -5,-23, -9,-22,  4, -6,-29,-48,-34,-11;
/M: SY='T'; M= -4,-12,-39,-16, -4,-42,-27,-16,-34, -1,-33,-19, -5,-26,  3,-10,  7,  8,-21,-53,-34, -3;
/M: SY='C'; M=-10,-58, 95,-66,-62,-36,-58,-63,-12,-53,-23,-23,-49,-55,-43,-54,-21,-18,-10,-46,-45,-61;
/M: SY='S'; M=  2,-11,-37,-16,-12,-42,-19,-18,-39, -8,-36,-25, -3,-14, -8,-20, 14,  0,-28,-56,-34,-11;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='V'; M=-13,-42,-20,-45,-32,-18,-48,-32, 10,-28, -4,  1,-36,-35,-27,-28,-21, -4, 21,-44,-25,-31; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-21;
/M: SY='P'; M= -8,-12,-45, -8, -3,-49,-35,-24,-42, -8,-39,-27,-12,  9, -6,-18, -6, -8,-30,-60,-45, -4;
/M:         M= -2,-21,-42,-18, -8,-42,-34,-26,-30,-11,-31,-21,-22, -2, -9,-20, -7,-11,-18,-56,-41, -8;
/M: SY='S'; M= -2, -2,-41, -7, -6,-41,-20,-15,-42, -4,-39,-27,  4,-29, -5,-12, 12, -3,-31,-53,-34, -6;
/M: SY='E'; M=-11,  0,-52,  4, 14,-46,-31, -9,-46,  0,-45,-30, -4,-21,  5,-12, -5, -8,-32,-55,-36, 10;
/M: SY='R'; M=-27,-19,-60,-29, -8,-48,-39,  3,-50, 33,-40,-31, -9,-27, 10, 74,-19,-19,-40,-50,-35,  0;
/M: SY='I'; M=-23,-48,-32,-52,-36, -7,-58,-35, 17,-29,  3,  4,-43,-43,-24,-30,-29,-16, 16,-41,-18,-33;
/M: SY='D'; M=-18, 27,-58, 43, 13,-56,-27,-16,-58,-11,-58,-43, 13,-15, -1,-22, -4,-12,-47,-69,-51,  7;
/M: SY='C'; M=-10,-59,126,-69,-69,-40,-60,-68,-21,-58,-30,-30,-49,-59,-49,-57,-20,-20,-20,-50,-50,-68;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M: SY='G'; M= -2,-29,-48,-37,-39,-29, 33,-26,-46,-29,-44,-32,-21,-45,-34,-37,-11,-23,-39,-43,-26,-37; D=-12;
/I:         I=-12; MD=-25;
/M: SY='P'; M=-20,-36,-50,-36,-28,-12,-41,-13,-37,-26,-33,-28,-32,  5,-27,-32,-20,-24,-31,-27, -2,-27; D=-12;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='P'; M=-12,-24,-47,-23,-16,-40,-40,-22,-33,-17,-35,-26,-19, 14,-16,-23,-11,-16,-24,-51,-36,-16;
/M: SY='G'; M= -8, -2,-59, -3,-18,-58, 36,-27,-65,-18,-64,-47,  1,-31,-23,-27, -6,-23,-54,-64,-55,-20;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='I'; M= -9,-41,-24,-47,-38,-25,-47,-44, 23,-33, -4,  2,-38,-34,-33,-37,-15, -5, 20,-52,-33,-38;
/M: SY='T'; M=  1,  4,-27, -8,-12,-44,-21,-20,-34, -8,-39,-22, 16,-28, -8,-19, 32, 44,-19,-57,-33,-13;
/M: SY='Q'; M= -7,-14,-51,-12, 14,-47,-35,-13,-45, 14,-42,-26,-14, -4, 16, -1, -8,-12,-32,-55,-41, 14;
/M: SY='E'; M= -3,  5,-50, 11, 17,-51,-22,-10,-50,  2,-49,-33, -1,-25, 11,-12,  2, -8,-36,-59,-42, 14;
/M: SY='E'; M=-12, -6,-45, -4, 14,-47,-28,-13,-41, -5,-40,-25, -8,-30, 12,-17, -6, -8,-30,-55,-40, 12;
/M: SY='C'; M=-10,-60,126,-70,-69,-39,-60,-69,-18,-59,-29,-29,-50,-59,-50,-59,-20,-19,-18,-50,-49,-69;
/M: SY='E'; M=-14,-11,-48,-11, 11,-42,-39,-10,-33, -1,-33,-21,-12,-30,  9, -6,-11, -7,-22,-52,-35,  9;
/M: SY='Q'; M=  5,-12,-41,-14,  4,-46,-20,-16,-41,  1,-40,-25, -9,-26,  8,-11,  2, -9,-27,-50,-38,  4;
/M: SY='R'; M=-23,-27,-50,-36,-16,-38,-43,-10,-28, 17,-23,-15,-18,-32,  2, 39,-19,-16,-24,-49,-34, -9;
/M: SY='G'; M= -7, -9,-56,-19,-26,-55, 44,-25,-62,-15,-60,-43,  4,-40,-22,-24, -5,-21,-52,-59,-49,-25;
/M: SY='C'; M=-11,-59,122,-69,-68,-38,-59,-66,-21,-56,-30,-30,-49,-59,-48,-58,-20,-20,-21,-48,-46,-68;
/M: SY='C'; M=-13,-60,106,-70,-68,-35,-61,-68, -8,-58,-21,-21,-51,-58,-49,-58,-23,-20,-11,-50,-47,-67;
/M: SY='W'; M=-41,-64,-39,-67,-56, 33,-59,-16,-33,-51,-24,-22,-56,-63,-39,-47,-42,-39,-35, 69, 47,-49;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='D'; M=-19, 35,-56, 49, 12,-55,-26,-11,-58,-10,-58,-45, 23,-30, -2,-20,  2, -9,-46,-69,-48,  7;
/M: SY='P'; M= -2, -8,-48, -7,-11,-53,-14,-25,-51,-14,-50,-37, -5, 16,-15,-25,  5,-13,-40,-64,-49,-12;
/M: SY='S'; M= -3,-12,-30,-21,-13,-35,-27,-20,-29,-10,-31,-19, -2,-31, -6,-18, 15, 11,-19,-48,-29,-12;
/I:         I=-5; MD=-9;
/M: SY='S'; M= -8,-17,-34,-22,-15,-25,-23,-18,-23,-12,-25,-12,-11,-24, -8,-20,  1, -4,-18,-43,-24,-14; D=-5;
/I:         I=-5; MI=0; MD=-9; IM=0; DM=-9;
/M: SY='S'; M= -3,-14,-32,-18,-12,-26,-22,-10,-28, -5,-26,-17, -8,-14, -6,-12,  1, -2,-19,-40,-21,-10; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-9;
/M: SY='N'; M= -9,  7,-45,  1, -9,-47, 12,-15,-50, -7,-49,-35, 16,-25,-12,-16, -1,-10,-40,-53,-41,-11; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-9;
/M: SY='V'; M=  4,-34,-21,-36,-24,-23,-30,-29,  1,-22,-10, -5,-29,-24,-23,-28, -8,  1, 14,-41,-25,-24; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-9;
/M: SY='P'; M=-11,-33,-45,-28,-19,-42,-43,-32,-28,-16,-32,-25,-32, 65,-24,-24,-18,-20,-22,-54,-43,-19; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-9;
/M: SY='W'; M=-27,-47,-42,-48,-32, -9,-43,-18,-38,-31,-31,-24,-40,-37,-21,-25,-29,-29,-35, 55,  9,-27; D=-5;
/I:         I=-5; DM=-9;
/M: SY='C'; M=-10,-60,126,-70,-69,-40,-60,-70,-19,-60,-29,-29,-50,-60,-50,-60,-20,-20,-18,-50,-50,-69;
/M: SY='Y'; M=-38,-54,-44,-59,-53, 62,-59,  5,-18,-43, -9,-14,-48,-58,-38,-43,-33,-33,-23, 10, 69,-48;
/M: SY='Y'; M=-35,-39,-49,-46,-36, 31,-53, 15,-28,-28,-21,-20,-31,-48,-20,-28,-28,-29,-29, -7, 45,-31;
/M: SY='P'; M= -9,-23,-54,-24,-17,-53,-16,-27,-49, -6,-47,-35,-16, 26,-16,-17, -8,-17,-38,-62,-49,-16;
/M: SY='K'; M=-11, -7,-48,-11, -6,-46,-27,-16,-42,  7,-39,-27,  0,-19, -2, -7, -5, -6,-31,-54,-39, -5;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_08 which contains 546'238 sequence entries.


Total number of hits 69 in 44 different sequences
Number of true positive hits 69 in 44 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 6
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 92.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 6
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] P-type
Version [info] 1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
44 sequences

LYAG_BOVIN  (Q9MYM4), LYAG_HUMAN  (P10253), LYAG_MOUSE  (P70699), 
LYAG_PONAB  (Q5R7A9), LYAG_RAT    (Q6P7A9), MGAL_HUMAN  (Q2M2H8), 
MGA_HUMAN   (O43451), MLRP1_ACRMI (B3EWZ5), MLRP2_ACRMI (B3EWZ6), 
MUA1_XENLA  (P10667), MUC1_XENLA  (Q05049), SUIS_HUMAN  (P14410), 
SUIS_RABIT  (P07768), SUIS_RAT    (P23739), SUIS_SUNMU  (O62653), 
TFF1_CANFA  (Q863T4), TFF1_HUMAN  (P04155), TFF1_MOUSE  (Q08423), 
TFF1_RAT    (Q63467), TFF2_CANFA  (Q863J2), TFF2_HUMAN  (Q03403), 
TFF2_MOUSE  (Q03404), TFF2_PIG    (P01359), TFF2_RAT    (Q09030), 
TFF3_BOVIN  (A8YXX7), TFF3_CANFA  (Q863B4), TFF3_FELCA  (B4X8D9), 
TFF3_HUMAN  (Q07654), TFF3_MOUSE  (Q62395), TFF3_PIG    (Q29183), 
TFF3_RAT    (Q03191), XP1_XENLA   (Q00222), XP2_XENLA   (P17437), 
XP4_XENLA   (Q00223), ZP1_HUMAN   (P60852), ZP1_MOUSE   (Q62005), 
ZP1_RABIT   (I6M4H4), ZP1_RAT     (O54766), ZP4_BOVIN   (Q9BH11), 
ZP4_FELCA   (P48834), ZP4_HUMAN   (Q12836), ZP4_PIG     (Q07287), 
ZP4_RABIT   (Q00193), ZP4_RAT     (Q8CH34)
» More

UniProtKB/Swiss-Prot
False negative sequences
6 sequences

FMR1N_HUMAN (Q8N0W7), FMR1N_MOUSE (Q80ZA7), TM190_BOVIN (E1BJD3), 
TM190_CANFA (E2R0A5), TM190_HUMAN (Q8WZ59), TM190_MOUSE (Q9D2E9)
» More

PDB
[Detailed view]
22 PDB

1E9T; 1HI7; 1PCP; 1PE3; 1POS; 1PS2; 1PSP; 2PSP; 2QLY; 2QMJ; 3CTT; 3L4T; 3L4U; 3L4V; 3L4W; 3L4X; 3L4Y; 3L4Z; 3LPO; 3LPP; 3TON; 3TOP
» More

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission