Entry: PS51467

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] HARP
Accession [info] PS51467
Entry type [info] MATRIX
Date [info] FEB-2012 (CREATED); FEB-2012 (DATA UPDATE); SEP-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51467
Associated ProRule [info] PRU00800

Name and characterization of the entry

Description [info] HARP domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=76;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=71;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.7124363; R2=0.0121282; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=684; N_SCORE=9.0; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=507; N_SCORE=6.9000; MODE=1; TEXT='R?';
/DEFAULT: M0=-6; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='N'; M=  6,  4,-21, -3, -5,-20, -8, -5, -4, -2,-10, -3, 14, -2,  2,-12,  4, 11, -8,-41,-21, -4;
/I:         I=-14; MD=-29;
/M:         M= -2, -8,-15,-10, -6, -3, -6,-16, -3, -5,  0, -5, -9,-11, -3, -6, -3, -2, -5,-14, -2, -6; D=-14;
/I:         I=-14; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='A'; M=  5, -3,-22, -3, -5,-12, -4,-15, -3, -3, -8,-11, -3, -6, -3, -8,  5,  3, -3,-24,-13, -6; D=-14;
/I:         I=-14; DM=-29;
/M: SY='N'; M= -1, -7,-25,-14,-10, -2,-10,-10,  2, -2, -5,  2,  3,-15, -5, -5, -3, -2,  0,-20, -6,-10;
/M: SY='I'; M=  1,-15,-14,-19,-14,  2,-20,-15, 25,-15, 15,  7,-13,-25, -2, -9,-12,  3, 18,-23,  7,-10;
/I:         I=-9; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19;
/M: SY='R'; M= -3,-10,-25,-10, -4, -5,-12,-10,-16, 11,-13,  2, -8, -2,  5, 21, -1, -9, -9,-16, -5, -3; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-19;
/M: SY='I'; M=  2,-14,-26,-21,-22, 10,  0,-26, 14,-11,  1, -7,-10,-26,-18, -9, -7, -4, 13,-11,  0,-21; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-19;
/M: SY='E'; M=  0, -1,-13,  0, 20,-21,-16,  0,-18, 14,-12,  2,  0,  1,  9,  2,  0, -8,-16,-23,-13, 16; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-19;
/M: SY='C'; M=  1,-12, 23,-15, -8, -1,-21,-25,  9,-16, 11,  3,-12,-26,-13,-12,-10, -2, 11,-27,-11,-10; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-19;
/M: SY='I'; M=  3, -5,-18,-11,-12,  5,-13,-17, 12, -7,  6,  3,  1,-25,-14,-14, -3,  2, 10,-29, -4,-14;
/I:         I=-10; MD=-21;
/M: SY='F'; M=-10,-15,-11,-19,-18, 36,-20,-14, 10,-12, 23,  3,-14,-27,-18, -9,-13, -6, 10, -6, 24,-17; D=-10;
/I:         I=-10; MD=-21;
/M: SY='H'; M= -5, -9,-24, -6,  5,-19,-18, 40,-14, -5, -8,  4, -8,  3, 16,  5, -6, -8,-18,-24, -2,  8; D=-10;
/I:         I=-10; MD=-21;
/M: SY='P'; M= -1, -8,-15, -7,  0, -5,-11, -7, -1, -3,  3, -2,-13,  6, -7,-11, -1,  4, -7,-24,  0, -4; D=-10;
/I:         I=-10; MD=-21;
/M: SY='I'; M= -2, -6,-18, -5, -5, -9,-11, -2,  5, -6,  3,  1, -7,-13, -7, -8, -4, -3,  5,-19,  0, -6; D=-10;
/I:         I=-10; MD=-21;
/M: SY='D'; M=  3,  9,-11, 11,  4,-19,  1,-14,-13,  3,-13,-10,  8, -7, -5,-10, 10,  2,-14,-25,-19, -1; D=-10;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='P'; M=  3, -8,-21, -7, -1,-21, -5,-11,-13,  3,-12, -6, -8,  7,  6,  4,  1,  1,-11,-21,-13,  1;
/M: SY='D'; M=  1,  0,-25,  5,  1,-18, -3, -5,-14,  0,-10,-11, -5, -2, -4, -6,  3, -4,-11,-22,-11, -3;
/M: SY='F'; M=-10,-19,  4,-22,-15, 10,-24,-21,  3,-11,  6, -3,-15,-25, -6, 10,-11,-11,  8,-10,  4,-14;
/M: SY='F'; M= -4,-18,-23,-32,-27, 41,-20,-22, 15,-11, 15, -3, -5,-31,-20,-16, -5, -3, 16,-16,  8,-27;
/I:         I=-8; MD=-17;
/M: SY='A'; M= 11, -5,-22, -6, -1,-18, -3,-15, -6,  2, -9,  1, -3, -8,  6,  0,  4,  4, -2,-25,-17,  0; D=-8;
/I:         I=-8; MD=-17;
/M: SY='V'; M=  9,-11,-10,-15,-16, -8,-12,-22, 16,-12,  2, -1, -7,-19,-14,-16,  0, 10, 18,-31,-12,-16; D=-8;
/I:         I=-8; MD=-17;
/M: SY='D'; M=  1,  1,-14,  8,  6,-20,-16,-14,-14,  5, -8, -4, -6,  0,  4,  2, -3, -3, -8,-24, -8,  4; D=-8;
/I:         I=-8; MD=-17;
/M: SY='F'; M= -4,-15, -9,-22,-16, 14,-17,-14,  9, -9,  6, -3, -6,-20,-13,-10, -3, -2, 11,-16,  0,-17; D=-8;
/I:         I=-8; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='D'; M=  3,  1, -9,  4,  0,-13,-11,-11, -6, -2, -4, -6, -2, -4,  1, -6,  1,  4, -2,-19, -7, -1; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M: SY='P'; M=  1, -9,-28, -7,  2,-29, 16, -9,-18,  2,-20,-20,-13, 31,  2, -6, -2, -7,-26,-15,-22, -1;
/M: SY='Y'; M=-24,-25,-39,-20,-14, 28,-21,-11,-11, -4, 12,-12,-26,-13, -9, -4,-14,-13, -2, 30, 43,-15;
/M: SY='H'; M= -2,  3,-12, -1, -1,-20,-14, 13,-12, -4,-13, -5, 10, -6, -4, -9,  7,  4,-15,-40,-18, -3;
/M: SY='Q'; M=  9,  2,-17,  3, 13,-25,-10,-10,-15,  5,-12, -5,  1,  0, 19, -1,  2,  2,-15,-28,-18, 14;
/M: SY='E'; M=  9,  0,-16,  7, 15,-21,-13,-12,-11,  7, -7, -2, -8,  1,  5, -6, -1, -3, -8,-27,-14, 11;
/M: SY='I'; M= -1,-16,-13,-21,-21,  9,-21,-18, 33,-17, 21, 11,-15,-32,-20,-13,-14,  2, 29,-25, 12,-21;
/M: SY='I'; M= -1, -7,-18,-13,-13, -4,-14,-13, 24,-10, 12,  8, -2,-21,-13,-17, -8,  0, 16,-30, -3,-14;
/M: SY='A'; M= 18,  6,-23, 12,  7,-26, -1,-15,-13,  1,-12, -7, -1, -7,  9, -7,  9,  4, -8,-33,-24,  6;
/M: SY='V'; M=  7,-16,-20,-17,-18,  3,-21,-20, 27,-15, 11,  4,-15,-29,-13,-11, -9,  5, 29,-25,  6,-17;
/M: SY='F'; M=-13,-22,-15,-33,-27, 52,-25,-23, 15,-15, 25, -3,-14,-35,-25,-15,-14, -9, 16, -6, 24,-28;
/M: SY='K'; M=  1, -2,-22, -1, 17,-16,-10,-10,-20, 23,-18,  7, -2,  3, 10, 14,  1,-11,-20,-19,-13, 12;
/M: SY='Q'; M= 10,  3,-23,  6,  4,-22, -7,-13,-12,  1,-13, -8, -1, -6, 15, -2,  9,  8,-12,-28,-15,  5;
/M: SY='I'; M=  4,-12,-19,-22,-16, -6,-14, -7, 27, -9, 10, 11,  0,-22,-14,-18, -6,  4, 17,-33, -9,-17;
/M: SY='P'; M= -4, -8,-24, -5,  8,-27, -9,  8,-21,  5,-20,-18, -9, 37,  9,  0, -3, -3,-28,-27,-16,  5;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='G'; M=  1, -1,-31, -6,-10, -3, 21,-22,-11,  0,-13,-14, -1,-12,-14,-11,  9, -6,-15,-10,-15,-15;
/M: SY='Q'; M= 10, -5,-26, -1,  3,-16, -8,-14,-14,  6,-11,  0, -6, -5, 13,  9,  3, -1, -6,-22,-13,  4;
/I:         I=-10; MD=-22;
/M: SY='F'; M= -5, -6,-25,-11, -9,  1, -7, -3, -5, -1, -7, -7,  1, -3, -8, -5,  0, -2, -7,-19, -3,-12; D=-10;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='W'; M=-34,-29,-30,-18,-14, 22,-13,-21,-16,-12,  7,-18,-38,-23,-11, -2,-17,-21, -6, 79, 52,-15; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-22;
/M: SY='D'; M=-11, 14,-31, 28, -5,-11,-15, -7,-16, -5,  2,-13,  5,-17,-10, -7, -5, -6, -8,-19, 11, -9; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-22;
/M: SY='P'; M= -1, -3,-27,  6, -1,-22,-14, -2,-12, -1, -7,-10, -9,  9, -2, -7, -2,  1, -7,-27, -5, -3;
/M: SY='K'; M=  6, -5,-29, -3,  3,-16, -2,-16,-14, 12,-14,  0, -6,  8,  2,  3,  0, -6,-11,-22,-15,  0;
/M: SY='E'; M= -2, -4,  0, -6,  9,-22, -9,-17,-11,  2, -9, -7, -2, -4,  0, -9,  0, -2,-12,-15,-16,  7;
/M: SY='R'; M= -3,-10,-20, -7,  2,-12,-16,-11,-21, 15,-16,  5, -9, -5, 20, 40, -5,-15,-13,-12, -5,  6;
/M: SY='A'; M=  4,-10,-22,-11, -6, -8,  2,-19, -2, -3, -2,  4,-12,-15, -3, -5, -4, -4, -3, -4, -6, -6;
/M: SY='W'; M=-47,-47,-24,-38,-13, 17,  4,-44,-26,-18,-13,-28,-64,-30,-11, -1,-28,-44,-24,175, 53,-13;
/M: SY='I'; M=  3, -6,-18,-12,-13, -5,-16, -9, 14, -7,  7,  9,  0,-22,-14,-15, -1, 10, 11,-34, -3,-14;
/M: SY='F'; M=-18,-27,-31,-37,-33, 68,-28,-23,  8,-12, 22,-12,-16,-36,-26,-10,-12,-13, 16,  7, 35,-33;
/M: SY='P'; M= -5,-11,-26, -4,  7,-31, -8,  2,-22,  7,-21,-26,-19, 68, -2,-10, -5,  0,-29,-30,-17, -1;
/M: SY='L'; M= -3,-14,-14,-17, -9, -1,-18,  2, 16, -7, 18, 17,-12,-18,-15,-14,-13,  0,  7,-26,  7,-11;
/M: SY='E'; M=  4,  3, -2,  2, 13,-24, -4,-14,-16,  3,-14,-11,  4, -7,  3, -9,  9,  0,-17,-25,-25,  8;
/M: SY='D'; M=  4, 10,-10, 18, 14,-28,-12, -6,-18,  2, -9, -9,  3,-10,  4, -7,  5, -2,-17,-30,-18,  9;
/M: SY='Y'; M=-28,-25,-47,-13,-15, 13,-28, 26, -6,-13, 20,  1,-29,-16, -9, -3,-17,-11,  3, 14, 55,-15;
/M: SY='Q'; M=  5, -1,-15, -1,  4,-21,-11, -7,-13,  1,-13, -7, -1, -6, 13,  2,  8,  4,-12,-27,-16,  5;
/M: SY='N'; M=  2,  6,-23,  7, -1,-19,-13,  4,-12,  0, -9,  1,  8, -9, -1, -4,  3,  3, -9,-38,-13, -2;
/M: SY='L'; M=  0,-12, -9,-14,-14, 15,-19,-16, 23,-17, 27, 13,-16,-29,-18,-18,-14,  2, 18,-25, 15,-14;
/M: SY='I'; M=  3,-13, -6,-18, -4, -8,-19, -8, 16, -3, 13, 15, -8,-26,-12,-13, -9, -1, 11,-26, -5, -7;
/M: SY='A'; M=  8,  1,-21, -3,  1,-13, -8,-16, -5,  6, -8,  3,  5, -7,  0, -9,  6,  7, -3,-32,-15,  0;
/M: SY='A'; M= 16, -3,-24, -4, -1,-14, -9,-16,  0,  5, -9,  7,  1,-12,  5,  1,  2,  1,  3,-34,-20, -1;
/M: SY='L'; M= -5,-14, -9,-16,-17, 24,-22,-16, 22,-18, 29, 11,-17,-32,-22,-17,-15,  1, 18,-20, 22,-17;
/M: SY='Q'; M=  3, -7,-22, -4,  8,-17,-15, -5,-19, 10,-15,  2, -7, -2, 22, 22, -1, -7,-14,-18, -9, 11;
/M: SY='E'; M=  4,  1,-14,  2, 10,-21, -5, -9,-17,  7,-16, -7,  3, -3,  5,  2,  8, -3,-17,-25,-20,  6;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='L'; M= -2,-10,-11,-11,-10,  7,-12,-12,  9,-10, 15,  9,-13,-21, -6, -2,-11, -4,  7,-16,  9, -8; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-21;
/M: SY='T'; M=  1,  0,-13, -1, -2,-13, -4, -1, -7, -2, -7, -7,  1,  6,  2, -5,  4,  7, -9,-20, -8, -1; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-21;
/M: SY='P'; M=  3,-13,-23,-11, -2,-18,-16, -4, -6,  0,-12,-10,-14, 14,  4,  1,  0,  3, -6,-27,-10, -3;
/M: SY='Q'; M=  1, -5,-23, -1,  4,-24, -7, -2,-20,  3,-16, -8, -6,  3, 16, 14,  0, -7,-18,-20,-14,  7;
/M: SY='V'; M=  1,-17, -4,-21,-23, 10,-26,-26, 29,-20, 16,  3,-15,-34,-24,-16,-10,  7, 32,-27,  7,-23;
/M: SY='E'; M=  5, -3,-14, -1, 15,-22,-17, -3,-11,  8, -8,  2, -2, -6, 13,  0, -1, -2,-12,-25,-13, 14;
/M: SY='I'; M=  1,-18,-16,-27,-26, 10,-19,-22, 42,-19, 20,  8,-11,-33,-23,-21,-11,  4, 36,-27,  6,-26;
/M: SY='E'; M=  0,  2, -5,  3, 26,-26,-16, -5,-15, 11,-10, -3,  1,  0,  9, -8,  0, -7,-17,-24,-17, 21;
/I:         I=-11; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='P'; M= -2, -8,-15, -3, 11,-24,-10, -7,-17,  7,-13,-12,-14, 30,  4, -4, -5, -4,-20,-23,-13,  7; D=-11;
/I:         I=-11; DM=-23;
/M: SY='I'; M= -6,-12, -9,-20,-14, 15,-17,-14, 26,-16, 26, 11,-10,-28,-16,-19,-14, -2, 16,-21, 12,-14; D=-11;
/I:         I=-11; DM=-23;
/M: SY='P'; M= -5,-12,-25, -3, 10,-35,-11,  3,-23,  7,-23,-31,-20, 73,  1, -9, -6,  0,-29,-30,-18,  2;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_10 which contains 546'790 sequence entries.


Total number of hits 16 in 9 different sequences
Number of true positive hits 16 in 9 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 2
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] HARP
Version [info] 1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
9 sequences

SMAL1_BOVIN (Q9TTA5), SMAL1_CAEEL (Q8MNV7), SMAL1_DANRE (B2ZFP3), 
SMAL1_DROME (Q9VMX6), SMAL1_HUMAN (Q9NZC9), SMAL1_MOUSE (Q8BJL0), 
SMAL1_RAT   (B4F769), SMAL1_XENLA (Q498E7), SMAL1_XENTR (Q0P4U8)
» More

PDB
[Detailed view]
1 PDB

4O66

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission