Due to scheduled maintenance work, this service may not be available on Monday January 22nd between 08.00 am and 9.00 am CEST
To improve security and privacy, we are moving our web pages and services from HTTP to HTTPS.
To give users of web services time to transition to HTTPS, we will support separate HTTP and HTTPS services until the end of 2017.
From January 2018 most HTTP traffic will be automatically redirected to HTTPS. [more...]
View this page in https
Entry: PS51467

General information about the entry

Entry name [info] HARP
Accession [info] PS51467
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-FEB-2012 CREATED; 01-FEB-2012 DATA UPDATE; 20-DEC-2017 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC51467
Associated ProRule [info] PRU00800

Name and characterization of the entry

Description [info] HARP domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=76;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=71;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.7124363; R2=0.0121282; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=684; N_SCORE=9.0; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=511; N_SCORE=6.9000; MODE=1; TEXT='R?';
/DEFAULT: M0=-6; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='N'; M=  6,  4,-21, -3, -5,-20, -8, -5, -4, -2,-10, -3, 14, -2,  2,-12,  4, 11, -8,-41,-21, -4;
/I:         I=-14; MD=-29;
/M:         M= -2, -8,-15,-10, -6, -3, -6,-16, -3, -5,  0, -5, -9,-11, -3, -6, -3, -2, -5,-14, -2, -6; D=-14;
/I:         I=-14; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='A'; M=  5, -3,-22, -3, -5,-12, -4,-15, -3, -3, -8,-11, -3, -6, -3, -8,  5,  3, -3,-24,-13, -6; D=-14;
/I:         I=-14; DM=-29;
/M: SY='N'; M= -1, -7,-25,-14,-10, -2,-10,-10,  2, -2, -5,  2,  3,-15, -5, -5, -3, -2,  0,-20, -6,-10;
/M: SY='I'; M=  1,-15,-14,-19,-14,  2,-20,-15, 25,-15, 15,  7,-13,-25, -2, -9,-12,  3, 18,-23,  7,-10;
/I:         I=-9; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19;
/M: SY='R'; M= -3,-10,-25,-10, -4, -5,-12,-10,-16, 11,-13,  2, -8, -2,  5, 21, -1, -9, -9,-16, -5, -3; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-19;
/M: SY='I'; M=  2,-14,-26,-21,-22, 10,  0,-26, 14,-11,  1, -7,-10,-26,-18, -9, -7, -4, 13,-11,  0,-21; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-19;
/M: SY='E'; M=  0, -1,-13,  0, 20,-21,-16,  0,-18, 14,-12,  2,  0,  1,  9,  2,  0, -8,-16,-23,-13, 16; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-19;
/M: SY='C'; M=  1,-12, 23,-15, -8, -1,-21,-25,  9,-16, 11,  3,-12,-26,-13,-12,-10, -2, 11,-27,-11,-10; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-19;
/M: SY='I'; M=  3, -5,-18,-11,-12,  5,-13,-17, 12, -7,  6,  3,  1,-25,-14,-14, -3,  2, 10,-29, -4,-14;
/I:         I=-10; MD=-21;
/M: SY='F'; M=-10,-15,-11,-19,-18, 36,-20,-14, 10,-12, 23,  3,-14,-27,-18, -9,-13, -6, 10, -6, 24,-17; D=-10;
/I:         I=-10; MD=-21;
/M: SY='H'; M= -5, -9,-24, -6,  5,-19,-18, 40,-14, -5, -8,  4, -8,  3, 16,  5, -6, -8,-18,-24, -2,  8; D=-10;
/I:         I=-10; MD=-21;
/M: SY='P'; M= -1, -8,-15, -7,  0, -5,-11, -7, -1, -3,  3, -2,-13,  6, -7,-11, -1,  4, -7,-24,  0, -4; D=-10;
/I:         I=-10; MD=-21;
/M: SY='I'; M= -2, -6,-18, -5, -5, -9,-11, -2,  5, -6,  3,  1, -7,-13, -7, -8, -4, -3,  5,-19,  0, -6; D=-10;
/I:         I=-10; MD=-21;
/M: SY='D'; M=  3,  9,-11, 11,  4,-19,  1,-14,-13,  3,-13,-10,  8, -7, -5,-10, 10,  2,-14,-25,-19, -1; D=-10;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='P'; M=  3, -8,-21, -7, -1,-21, -5,-11,-13,  3,-12, -6, -8,  7,  6,  4,  1,  1,-11,-21,-13,  1;
/M: SY='D'; M=  1,  0,-25,  5,  1,-18, -3, -5,-14,  0,-10,-11, -5, -2, -4, -6,  3, -4,-11,-22,-11, -3;
/M: SY='F'; M=-10,-19,  4,-22,-15, 10,-24,-21,  3,-11,  6, -3,-15,-25, -6, 10,-11,-11,  8,-10,  4,-14;
/M: SY='F'; M= -4,-18,-23,-32,-27, 41,-20,-22, 15,-11, 15, -3, -5,-31,-20,-16, -5, -3, 16,-16,  8,-27;
/I:         I=-8; MD=-17;
/M: SY='A'; M= 11, -5,-22, -6, -1,-18, -3,-15, -6,  2, -9,  1, -3, -8,  6,  0,  4,  4, -2,-25,-17,  0; D=-8;
/I:         I=-8; MD=-17;
/M: SY='V'; M=  9,-11,-10,-15,-16, -8,-12,-22, 16,-12,  2, -1, -7,-19,-14,-16,  0, 10, 18,-31,-12,-16; D=-8;
/I:         I=-8; MD=-17;
/M: SY='D'; M=  1,  1,-14,  8,  6,-20,-16,-14,-14,  5, -8, -4, -6,  0,  4,  2, -3, -3, -8,-24, -8,  4; D=-8;
/I:         I=-8; MD=-17;
/M: SY='F'; M= -4,-15, -9,-22,-16, 14,-17,-14,  9, -9,  6, -3, -6,-20,-13,-10, -3, -2, 11,-16,  0,-17; D=-8;
/I:         I=-8; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M: SY='D'; M=  3,  1, -9,  4,  0,-13,-11,-11, -6, -2, -4, -6, -2, -4,  1, -6,  1,  4, -2,-19, -7, -1; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M: SY='P'; M=  1, -9,-28, -7,  2,-29, 16, -9,-18,  2,-20,-20,-13, 31,  2, -6, -2, -7,-26,-15,-22, -1;
/M: SY='Y'; M=-24,-25,-39,-20,-14, 28,-21,-11,-11, -4, 12,-12,-26,-13, -9, -4,-14,-13, -2, 30, 43,-15;
/M: SY='H'; M= -2,  3,-12, -1, -1,-20,-14, 13,-12, -4,-13, -5, 10, -6, -4, -9,  7,  4,-15,-40,-18, -3;
/M: SY='Q'; M=  9,  2,-17,  3, 13,-25,-10,-10,-15,  5,-12, -5,  1,  0, 19, -1,  2,  2,-15,-28,-18, 14;
/M: SY='E'; M=  9,  0,-16,  7, 15,-21,-13,-12,-11,  7, -7, -2, -8,  1,  5, -6, -1, -3, -8,-27,-14, 11;
/M: SY='I'; M= -1,-16,-13,-21,-21,  9,-21,-18, 33,-17, 21, 11,-15,-32,-20,-13,-14,  2, 29,-25, 12,-21;
/M: SY='I'; M= -1, -7,-18,-13,-13, -4,-14,-13, 24,-10, 12,  8, -2,-21,-13,-17, -8,  0, 16,-30, -3,-14;
/M: SY='A'; M= 18,  6,-23, 12,  7,-26, -1,-15,-13,  1,-12, -7, -1, -7,  9, -7,  9,  4, -8,-33,-24,  6;
/M: SY='V'; M=  7,-16,-20,-17,-18,  3,-21,-20, 27,-15, 11,  4,-15,-29,-13,-11, -9,  5, 29,-25,  6,-17;
/M: SY='F'; M=-13,-22,-15,-33,-27, 52,-25,-23, 15,-15, 25, -3,-14,-35,-25,-15,-14, -9, 16, -6, 24,-28;
/M: SY='K'; M=  1, -2,-22, -1, 17,-16,-10,-10,-20, 23,-18,  7, -2,  3, 10, 14,  1,-11,-20,-19,-13, 12;
/M: SY='Q'; M= 10,  3,-23,  6,  4,-22, -7,-13,-12,  1,-13, -8, -1, -6, 15, -2,  9,  8,-12,-28,-15,  5;
/M: SY='I'; M=  4,-12,-19,-22,-16, -6,-14, -7, 27, -9, 10, 11,  0,-22,-14,-18, -6,  4, 17,-33, -9,-17;
/M: SY='P'; M= -4, -8,-24, -5,  8,-27, -9,  8,-21,  5,-20,-18, -9, 37,  9,  0, -3, -3,-28,-27,-16,  5;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='G'; M=  1, -1,-31, -6,-10, -3, 21,-22,-11,  0,-13,-14, -1,-12,-14,-11,  9, -6,-15,-10,-15,-15;
/M: SY='Q'; M= 10, -5,-26, -1,  3,-16, -8,-14,-14,  6,-11,  0, -6, -5, 13,  9,  3, -1, -6,-22,-13,  4;
/I:         I=-10; MD=-22;
/M: SY='F'; M= -5, -6,-25,-11, -9,  1, -7, -3, -5, -1, -7, -7,  1, -3, -8, -5,  0, -2, -7,-19, -3,-12; D=-10;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
/M: SY='W'; M=-34,-29,-30,-18,-14, 22,-13,-21,-16,-12,  7,-18,-38,-23,-11, -2,-17,-21, -6, 79, 52,-15; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-22;
/M: SY='D'; M=-11, 14,-31, 28, -5,-11,-15, -7,-16, -5,  2,-13,  5,-17,-10, -7, -5, -6, -8,-19, 11, -9; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-22;
/M: SY='P'; M= -1, -3,-27,  6, -1,-22,-14, -2,-12, -1, -7,-10, -9,  9, -2, -7, -2,  1, -7,-27, -5, -3;
/M: SY='K'; M=  6, -5,-29, -3,  3,-16, -2,-16,-14, 12,-14,  0, -6,  8,  2,  3,  0, -6,-11,-22,-15,  0;
/M: SY='E'; M= -2, -4,  0, -6,  9,-22, -9,-17,-11,  2, -9, -7, -2, -4,  0, -9,  0, -2,-12,-15,-16,  7;
/M: SY='R'; M= -3,-10,-20, -7,  2,-12,-16,-11,-21, 15,-16,  5, -9, -5, 20, 40, -5,-15,-13,-12, -5,  6;
/M: SY='A'; M=  4,-10,-22,-11, -6, -8,  2,-19, -2, -3, -2,  4,-12,-15, -3, -5, -4, -4, -3, -4, -6, -6;
/M: SY='W'; M=-47,-47,-24,-38,-13, 17,  4,-44,-26,-18,-13,-28,-64,-30,-11, -1,-28,-44,-24,175, 53,-13;
/M: SY='I'; M=  3, -6,-18,-12,-13, -5,-16, -9, 14, -7,  7,  9,  0,-22,-14,-15, -1, 10, 11,-34, -3,-14;
/M: SY='F'; M=-18,-27,-31,-37,-33, 68,-28,-23,  8,-12, 22,-12,-16,-36,-26,-10,-12,-13, 16,  7, 35,-33;
/M: SY='P'; M= -5,-11,-26, -4,  7,-31, -8,  2,-22,  7,-21,-26,-19, 68, -2,-10, -5,  0,-29,-30,-17, -1;
/M: SY='L'; M= -3,-14,-14,-17, -9, -1,-18,  2, 16, -7, 18, 17,-12,-18,-15,-14,-13,  0,  7,-26,  7,-11;
/M: SY='E'; M=  4,  3, -2,  2, 13,-24, -4,-14,-16,  3,-14,-11,  4, -7,  3, -9,  9,  0,-17,-25,-25,  8;
/M: SY='D'; M=  4, 10,-10, 18, 14,-28,-12, -6,-18,  2, -9, -9,  3,-10,  4, -7,  5, -2,-17,-30,-18,  9;
/M: SY='Y'; M=-28,-25,-47,-13,-15, 13,-28, 26, -6,-13, 20,  1,-29,-16, -9, -3,-17,-11,  3, 14, 55,-15;
/M: SY='Q'; M=  5, -1,-15, -1,  4,-21,-11, -7,-13,  1,-13, -7, -1, -6, 13,  2,  8,  4,-12,-27,-16,  5;
/M: SY='N'; M=  2,  6,-23,  7, -1,-19,-13,  4,-12,  0, -9,  1,  8, -9, -1, -4,  3,  3, -9,-38,-13, -2;
/M: SY='L'; M=  0,-12, -9,-14,-14, 15,-19,-16, 23,-17, 27, 13,-16,-29,-18,-18,-14,  2, 18,-25, 15,-14;
/M: SY='I'; M=  3,-13, -6,-18, -4, -8,-19, -8, 16, -3, 13, 15, -8,-26,-12,-13, -9, -1, 11,-26, -5, -7;
/M: SY='A'; M=  8,  1,-21, -3,  1,-13, -8,-16, -5,  6, -8,  3,  5, -7,  0, -9,  6,  7, -3,-32,-15,  0;
/M: SY='A'; M= 16, -3,-24, -4, -1,-14, -9,-16,  0,  5, -9,  7,  1,-12,  5,  1,  2,  1,  3,-34,-20, -1;
/M: SY='L'; M= -5,-14, -9,-16,-17, 24,-22,-16, 22,-18, 29, 11,-17,-32,-22,-17,-15,  1, 18,-20, 22,-17;
/M: SY='Q'; M=  3, -7,-22, -4,  8,-17,-15, -5,-19, 10,-15,  2, -7, -2, 22, 22, -1, -7,-14,-18, -9, 11;
/M: SY='E'; M=  4,  1,-14,  2, 10,-21, -5, -9,-17,  7,-16, -7,  3, -3,  5,  2,  8, -3,-17,-25,-20,  6;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='L'; M= -2,-10,-11,-11,-10,  7,-12,-12,  9,-10, 15,  9,-13,-21, -6, -2,-11, -4,  7,-16,  9, -8; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-21;
/M: SY='T'; M=  1,  0,-13, -1, -2,-13, -4, -1, -7, -2, -7, -7,  1,  6,  2, -5,  4,  7, -9,-20, -8, -1; D=-10;
/I:         I=-10; DM=-21;
/M: SY='P'; M=  3,-13,-23,-11, -2,-18,-16, -4, -6,  0,-12,-10,-14, 14,  4,  1,  0,  3, -6,-27,-10, -3;
/M: SY='Q'; M=  1, -5,-23, -1,  4,-24, -7, -2,-20,  3,-16, -8, -6,  3, 16, 14,  0, -7,-18,-20,-14,  7;
/M: SY='V'; M=  1,-17, -4,-21,-23, 10,-26,-26, 29,-20, 16,  3,-15,-34,-24,-16,-10,  7, 32,-27,  7,-23;
/M: SY='E'; M=  5, -3,-14, -1, 15,-22,-17, -3,-11,  8, -8,  2, -2, -6, 13,  0, -1, -2,-12,-25,-13, 14;
/M: SY='I'; M=  1,-18,-16,-27,-26, 10,-19,-22, 42,-19, 20,  8,-11,-33,-23,-21,-11,  4, 36,-27,  6,-26;
/M: SY='E'; M=  0,  2, -5,  3, 26,-26,-16, -5,-15, 11,-10, -3,  1,  0,  9, -8,  0, -7,-17,-24,-17, 21;
/I:         I=-11; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
/M: SY='P'; M= -2, -8,-15, -3, 11,-24,-10, -7,-17,  7,-13,-12,-14, 30,  4, -4, -5, -4,-20,-23,-13,  7; D=-11;
/I:         I=-11; DM=-23;
/M: SY='I'; M= -6,-12, -9,-20,-14, 15,-17,-14, 26,-16, 26, 11,-10,-28,-16,-19,-14, -2, 16,-21, 12,-14; D=-11;
/I:         I=-11; DM=-23;
/M: SY='P'; M= -5,-12,-25, -3, 10,-35,-11,  3,-23,  7,-23,-31,-20, 73,  1, -9, -6,  0,-29,-30,-18,  2;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2017_12 which contains 556'388 sequence entries.


Total number of hits 16 in 9 different sequences
Number of true positive hits 16 in 9 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 2
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] HARP
Version [info] 2

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
9 sequences

SMAL1_BOVIN (Q9TTA5    ), SMAL1_CAEEL (Q8MNV7    ), SMAL1_DANRE (B2ZFP3    ), 
SMAL1_DROME (Q9VMX6    ), SMAL1_HUMAN (Q9NZC9    ), SMAL1_MOUSE (Q8BJL0    ), 
SMAL1_RAT   (B4F769    ), SMAL1_XENLA (Q498E7    ), SMAL1_XENTR (Q0P4U8    )
» more

PDB
[Detailed view]
1 PDB

4O66

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission