Entry: PS51472

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] RRM_NUP35
Accession [info] PS51472
Entry type [info] MATRIX
Date [info] DEC-2009 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); OCT-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51472
Associated ProRule [info] PRU00804

Name and characterization of the entry

Description [info] RNA-recognition motif (RRM) Nup35-type domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=82;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=77;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=3.3942175; R2=0.0232446; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=4134.58967; R2=23.55623; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=392; N_SCORE=12.5; H_SCORE=12356; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=134; N_SCORE=6.5; H_SCORE=7291; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-11; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='Q'; M= -4, -8,-21,-10, -3,-22,-18, -8,-13, -3,-15, -8, -5,-10,  6, -3,  1, -1,-10,-29,-17, -1;
/M:         M=-11,  0,-27,  0,  0,-21,-13, -4,-19, -8,-20,-15, -2,-17, -3, -8, -5,-10,-18,-29,-15, -2;
/M: SY='S'; M= -3,  6,-24,  6,  4,-26, -4, -4,-25, -3,-30,-19,  9,-13,  3, -6, 10, -1,-22,-32,-19,  3;
/M: SY='E'; M= -9,  9,-31, 15, 16,-29,-10, -8,-26, -2,-29,-21,  3, -8,  4, -9,  4, -4,-24,-35,-22, 11;
/M: SY='T'; M= -6,-12,-12,-14, -8, -6,-16, -8,-13,-13,-14,-11, -8,-20,-10,-15,  0,  3,-13,-21, -7, -9;
/M: SY='W'; M=-14,-33,-14,-40,-24,  2,-23,-18,-18,-24,-20,-18,-31,-32,-17,-25,-17,-19,-23, 61, 10,-24;
/M: SY='V'; M= -4,-30,-10,-30,-30, -6,-34,-30, 33,-24, 15, 10,-30,-24,-24,-30,-20, -4, 35,-26,-10,-24;
/M: SY='T'; M=  0,-18,-10,-18,-17,-13,-24,-22,  4,-15, -1, -3,-13,-16,-15,-16,  0, 23,  9,-26,-14,-15;
/M: SY='V'; M= -1,-30,-10,-30,-29, -8,-31,-30, 31,-22, 12, 10,-30,-22,-22,-29,-19, -2, 36,-28,-10,-22;
/M: SY='F'; M=-16,-26,-19,-33,-24, 43,-26, -4, -5,-24, -6, -5,-23,-34,-24,-25,-12,-16,-11,  6, 31,-24;
/M: SY='G'; M= -1, -7,-30, -6,-17,-30, 55,-19,-39,-19,-40,-30, -9,-20,-19,-20,  1,-19,-30,-31,-30,-18;
/M: SY='Y'; M=-19,-27,-20,-33,-24, 39,-29,  1, -6,-24, -6, -5,-23,-31,-24,-24,-18,-18,-11,  9, 40,-24;
/M: SY='P'; M= -3,-12,-25,-12, -4,-31,-12,-14,-25, -5,-27,-22, -9, 30, -1,-10,  2, -5,-18,-34,-25, -4;
/M: SY='P'; M= -9,-14,-25,-13, -2,-23,-22,-15,-17, -8,-16,-13,-14, 17, -3,-13, -8, -7,-13,-30,-19, -3;
/M: SY='S'; M=  3,  3,-22,  6,  4,-25,  0, -9,-23, -6,-29,-20,  1,-15, -2,-11, 10, -3,-19,-32,-21,  1;
/M:         M= -1, -8,-13, -8, -6,-20,-17,-13, -9, -7,-13, -9, -8,-19, -5, -8,  0, -5, -8,-30,-18, -7;
/M: SY='A'; M=  9,-13,-11,-14, -8,-17,-13,-14,-11, -5,-15,-10, -9,-13, -6, -9,  7,  8, -5,-27,-15, -7;
/I:         I=-7; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15;
/M: SY='N'; M= -6,  2,-20, -2, -3,-18,-12, -3,-20, -3,-26,-17, 13,-14, -4, -7, 11,  1,-19,-27, -9, -4;
/M: SY='M'; M= -9,-18,-19,-17, -7, -8,-25,-10, -4,-13, -2,  3,-15,-19, -2,-14, -9, -6, -4,-18, -4, -7;
/M: SY='V'; M= -6,-31,-10,-31,-29, -5,-34,-28, 29,-24, 16, 10,-30,-25,-23,-28,-20, -4, 30,-24, -8,-24;
/M: SY='L'; M=-15,-34,-12,-34,-27,  2,-37,-21, 20,-26, 23, 13,-32,-29,-19,-22,-24,-11, 14,-15,  1,-26;
/M: SY='R'; M= -8, -9,-24,-14, -1,-21,-20,  0,-20,  2,-15,-12, -4,-15,  7, 12, -4, -6,-18,-26,-13,  0;
/M: SY='H'; M=-15,-10,-28,-12,  4, -1,-24, 17,-19, -6,-17,-11, -8,-21,  6, -5,-10,-15,-19,-13, 10,  4;
/M: SY='F'; M=-20,-31,-19,-40,-30, 56,-31,-11,  1,-30,  2,  1,-31,-39,-29,-29,-21,-19, -9,  8, 28,-30;
/M: SY='S'; M=  1, -5,-20, -5,  6,-21,-13, -4,-19,  1,-21,-13, -2,-13,  5, -4,  7, -1,-15,-27,-15,  5;
/I:         I=-14; MD=-29;
/M: SY='Q'; M=-10,  3,-30,  2,  9,-27,-17,  2,-25, 12,-24,-14,  3,-15, 17, 10,  0, -8,-21,-29,-18, 10; D=-14;
/I:         I=-14; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='F'; M=-13,-25, 10,-30,-27, 14,-30,-12,  0,-26, -2, -5,-25,-31,-24,-28,-16,-14, -4, -7, 10,-27; D=-14;
/I:         I=-14; DM=-29;
/M: SY='G'; M=  1,-11,-29,-11,-20,-29, 57,-20,-38,-20,-38,-29,-11,-20,-20,-20,  0,-19,-28,-30,-29,-20;
/M: SY='N'; M= -8,  1,-25,  0,  0,-24,-12, -6,-19, -5,-24,-16,  5,-10, -3, -8,  1,  2,-15,-32,-17, -1;
/M: SY='I'; M= -8,-30, -8,-30,-29, -2,-37,-29, 34,-28, 16,  9,-30,-29,-27,-29,-19, -9, 28,-18,-10,-28;
/M: SY='V'; M= -7,-30, -9,-30,-24, -7,-31,-25, 17,-22, 16, 11,-29,-23,-17,-22,-19, -2, 18,-25,-11,-21;
/M: SY='E'; M= -6,  6,-29,  7, 16,-27,-14, -5,-26,  9,-28,-19,  2,-14,  7,  2,  5, -6,-23,-32,-20, 12;
/M: SY='H'; M=-14, -2,-27, -5, -1,-15,-21, 18,-18, -1,-22,-15, -1,-19,  2, -2, -7,-11,-16,-24, -2, -1;
/M:         M= -8,-14,-22,-17,-10, -7,-19,-10, -6, -9,-11, -7,-12,-21, -7, -8, -7, -6, -4,-22, -6, -8;
/I:         I=-3; MD=-6;
/M:         M= -7,-12,-21,-13, -5, -9,-16, -4,-12,-11,-13, -7,-10,-12, -4,-12, -3, -6,-12,-22, -7, -6; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-6;
/M: SY='G'; M=  1,-10,-13,-11,-11,-12,  2,-14, -9, -9,-13, -8, -8,-12,-10,-12,  0, -4, -5,-20,-13,-11; D=-3;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-6; IM=0; DM=-6;
/M: SY='P'; M= -8,-11,-18,-12, -7, -5,-13, -9,-12, -9,-13,-12,-11, 11, -9,-13, -5, -7,-11,-16, -6, -8; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-6;
/M: SY='S'; M= -1, -4,-20, -5, -1,-24, -8,-10,-19, -4,-21,-14,  0,-13,  1, -4,  7,  7,-15,-30,-20, -1;
/M: SY='G'; M= -2,  0,-26, -2, -3,-28, 13,-11,-29, -5,-32,-21,  4,-16, -5, -8,  4, -8,-23,-32,-24, -4;
/M: SY='S'; M=  3, -8,-15, -9, -9,-25,  3,-16,-21, -7,-25,-17, -5,-11, -9,-10,  5,  0,-15,-31,-23, -9;
/M: SY='N'; M=-16, 19,-27,  5, -3,-27, -7,  5,-25, -4,-34,-17, 42,-20, -2, -4,  8, -1,-24,-37,-19, -3;
/M: SY='W'; M=-25,-37,-17,-45,-28,  8,-30,-20,-14,-27,-12,-13,-36,-37,-19,-24,-27,-24,-22, 68, 13,-28;
/M: SY='M'; M= -7,-29,-15,-29,-23, -2,-31,-23, 18,-21, 14, 25,-25,-26,-14,-23,-18, -6, 18,-21, -7,-21;
/M: SY='H'; M=-12, -7,-26,-14, -2,-10,-17, 29,-25,  3,-25,-16, -1,-18,  4,  1, -6,-13,-21,-17, 10, -1;
/M: SY='I'; M=-12,-34,-10,-34,-30, -1,-37,-29, 29,-27, 25, 14,-34,-28,-23,-26,-24, -8, 24,-22, -9,-27;
/M: SY='R'; M= -7, -8,-24,-12,  1,-25,-19, -8,-21, 10,-17,-13, -4,-12,  7, 13, -2,  4,-16,-28,-19,  2;
/M: SY='Y'; M=-20,-30,-20,-33,-23, 34,-30,  8, -7,-23, -6, -7,-24,-29,-22,-23,-20,-19,-10, 13, 52,-23;
/M: SY='Q'; M= -3, -1,-19,  0,  3,-19,-14, -4,-20, -4,-22,-13, -4,-16,  8, -7,  3, -5,-17,-27,-15,  3;
/M: SY='S'; M= -4,  5,-12,  1, -3,-23,-11, -6,-20, -3,-27,-18, 16,-16, -4, -9, 17,  5,-19,-32,-19, -4;
/M: SY='P'; M= -8,-11,-28,-14, -3,-29,-20,-11,-22,  6,-21,-16, -8, 11,  0,  7, -5, -5,-17,-33,-21, -3;
/M:         M= -6,-16,-17,-17, -8,-12,-21,-13, -5,-11, -4, -2,-12,-19, -7,-11, -4, -3, -5,-23, -9, -9;
/M: SY='D'; M= -5, 12,-28, 20, 14,-29, -5, -5,-27, -3,-32,-21,  5,-14,  7,-10, 11, -5,-25,-35,-23, 10;
/M: SY='A'; M= 27,-20,  4,-21,-14,-15, -7,-19, -8,-11,-17,-10,-19,-14,-12,-14,  7, -2, -1,-26,-14,-13;
/M: SY='Q'; M= -7, -8,-26, -8,  3,-22,-19, -5,-16,  1,-13, -5, -8,-18, 11,  4, -6, -9,-13,-27,-17,  3;
/M: SY='R'; M=-11, -6,-29,-12,  2,-24,-22, -7,-21, 19,-19,-12, -4,-17,  7, 20, -6,-10,-17,-27,-16,  2;
/M: SY='A'; M= 39,-19,  0,-19,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-20,-10,-19,-10,-10,-10, 11,  0, -1,-30,-20,-10;
/M: SY='L'; M=-18,-39,-10,-39,-30, -1,-39,-30, 22,-29, 37, 19,-39,-29,-20,-21,-29, -9, 13,-21,-10,-29;
/M: SY='Q'; M= -4, -2,-17, -6, -1,-23,-14, -6,-20,  1,-20,-11,  4,-16,  9,  1,  8, -3,-18,-28,-19,  1;
/M: SY='K'; M=-11, -7,-30, -9, 10,-14,-22,  2,-24, 16,-23,-17, -5,-17,  6,  9, -5,-12,-21,-18,  1,  8;
/M: SY='N'; M=-17, 25,-31, 18,  4,-30, -8, 10,-30, -4,-38,-22, 36,-19,  2, -6,  6, -5,-29,-39,-19,  2;
/M: SY='G'; M= -1, -8,-29, -8,-15,-28, 46,-15,-37,-16,-37,-27, -7,-19,-14,-17,  2,-17,-28,-30,-27,-15;
/M: SY='Q'; M= -7, -9,-21,-11,  1,-21,-22,-10,-14,  5,-12, -1, -5,-15, 11, -1, -1,  3, -8,-26,-18,  3;
/M: SY='V'; M= -8,-19,-19,-22,-14,-13,-28,-18,  6, -7, -1,  1,-17,-16, -5,-11,-12, -7,  8,-25,-13,-10;
/M: SY='I'; M=-13,-32,-13,-34,-28, 13,-35,-23, 21,-28, 17, 10,-31,-31,-25,-26,-21,-11, 14,-13,  2,-28;
/M: SY='G'; M=  0,  0,-21, -4, -9,-26, 17,-11,-28,-10,-32,-22,  7,-17,-10,-12,  8, -6,-23,-33,-24,-10;
/M: SY='G'; M= -5, -6,-26, -4,-10,-20, 17,-10,-26,-14,-29,-21, -6,-19,-11,-17, -1,-13,-21,-25,-12,-11;
/I:         I=-10; MD=-21;
/M: SY='G'; M= -2, -2,-18, -5, -7,-18, 10, -7,-19, -7,-23,-15,  3,-14, -4, -8,  5, -6,-15,-23,-15, -6; D=-10;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='I'; M= -6,-26,-10,-28,-23, -5,-28,-21, 12,-21,  6,  3,-23,-24,-18,-22,-13, -3, 11,-15, -6,-21;
/M: SY='M'; M=-11,-29,-18,-30,-21, -3,-31,-21, 11,-18, 16, 26,-23,-28,-10,-12,-19, -8,  8,-21,-10,-21;
/M: SY='V'; M= -5,-31, -8,-31,-30, -6,-34,-30, 31,-24, 15, 12,-30,-25,-23,-29,-20, -5, 33,-25,-10,-24;
/M: SY='G'; M= -1,-10,-29,-10,-17,-28, 47,-16,-36,-15,-36,-27, -9,-19,-17,-16,  0,-18,-27,-29,-27,-17;
/M: SY='V'; M=  0,-29,  6,-31,-30,-10,-29,-28, 19,-20,  5,  3,-29,-22,-21,-28,-17, -3, 27,-27,-11,-23;
/M: SY='K'; M= -7,-11,-23,-17, -5,-20,-23,-12, -9, 15,-13, -7, -9,-16,  0,  4, -5, -4, -3,-28,-16, -3;
/M: SY='P'; M= -6,-18,-25,-19, -8,-28,-20,-14,-22, -6,-22,-20,-15, 32, -4,-10, -8, -9,-15,-28,-18, -7;
/M: SY='C'; M= -7,-24,  8,-25,-17, -6,-25,-15, -4,-20, -3, -7,-24,-25,-16,-22,-13,-11, -5,-15,  0,-18;
/M: SY='D'; M=-12, 11,-25, 12,  0,-26,-15, -7,-17, -8,-25,-17, 12,-15, -5,-12,  5,  4,-17,-36,-20, -3;
/M: SY='P'; M= -8,  2,-30,  5,  4,-33,-11,-11,-28,  2,-31,-24, -4, 12, -2, -9, -2, -9,-22,-38,-24,  1;
/M: SY='K'; M= -3, -7,-22, -8, -1,-20,-15,-11,-14,  2,-18, -8, -5,-15,  0, -5,  0, -5,-10,-27,-17, -1;
/M: SY='Q'; M=  5, -8,-16, -9, -1,-20,-14, -7,-14, -5,-17, -8, -6,-14,  6, -6,  5,  1, -9,-27,-17,  0;
/M: SY='I'; M= -6,-19,-22,-20, -8,-15,-26,-16,  1, -6, -2, -1,-18,-17, -5, -3,-12, -8,  1,-26,-15, -8;
/M: SY='E'; M= -7, -7,-25, -7,  7,-20,-21, -9,-12,  0,-12, -3, -6,-16,  7, -5, -4, -6,-10,-27,-17,  6;
/M: SY='Q'; M= -4, -3,-23, -3,  1,-24,-13, -7,-18, -1,-20,-12, -3,-17,  6, -1, -2, -7,-14,-29,-18,  2;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_11 which contains 547'085 sequence entries.


Total number of hits 10 in 10 different sequences
Number of true positive hits 10 in 10 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] RRM Nup35-type
Version [info] 1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
10 sequences

NUP35_ARATH (O04326), NUP40_SCHPO (O13838), NUP53_CAEEL (Q09601), 
NUP53_DANRE (Q6P6X9), NUP53_HUMAN (Q8NFH5), NUP53_MOUSE (Q8R4R6), 
NUP53_RAT   (Q68FY1), NUP53_XENTR (Q66IJ0), NUP53_YEAST (Q03790), 
NUP59_YEAST (Q05166)
» More


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission