To improve security and privacy, we are moving our web pages and services from HTTP to HTTPS.
To give users of web services time to transition to HTTPS, we will support separate HTTP and HTTPS services until the end of 2017.
From January 2018 most HTTP traffic will be automatically redirected to HTTPS. [more...]
View this page in https
Entry: PS51472

General information about the entry

Entry name [info] RRM_NUP35
Accession [info] PS51472
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-DEC-2009 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 22-NOV-2017 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC51472
Associated ProRule [info] PRU00804

Name and characterization of the entry

Description [info] RNA-recognition motif (RRM) Nup35-type domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=82;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=77;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=3.3942175; R2=0.0232446; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3704.1972656; R2=2.5098684; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=392; H_SCORE=4688; N_SCORE=12.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=134; H_SCORE=4041; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-11; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='Q'; M= -4, -8,-21,-10, -3,-22,-18, -8,-13, -3,-15, -8, -5,-10,  6, -3,  1, -1,-10,-29,-17, -1;
/M:         M=-11,  0,-27,  0,  0,-21,-13, -4,-19, -8,-20,-15, -2,-17, -3, -8, -5,-10,-18,-29,-15, -2;
/M: SY='S'; M= -3,  6,-24,  6,  4,-26, -4, -4,-25, -3,-30,-19,  9,-13,  3, -6, 10, -1,-22,-32,-19,  3;
/M: SY='E'; M= -9,  9,-31, 15, 16,-29,-10, -8,-26, -2,-29,-21,  3, -8,  4, -9,  4, -4,-24,-35,-22, 11;
/M: SY='T'; M= -6,-12,-12,-14, -8, -6,-16, -8,-13,-13,-14,-11, -8,-20,-10,-15,  0,  3,-13,-21, -7, -9;
/M: SY='W'; M=-14,-33,-14,-40,-24,  2,-23,-18,-18,-24,-20,-18,-31,-32,-17,-25,-17,-19,-23, 61, 10,-24;
/M: SY='V'; M= -4,-30,-10,-30,-30, -6,-34,-30, 33,-24, 15, 10,-30,-24,-24,-30,-20, -4, 35,-26,-10,-24;
/M: SY='T'; M=  0,-18,-10,-18,-17,-13,-24,-22,  4,-15, -1, -3,-13,-16,-15,-16,  0, 23,  9,-26,-14,-15;
/M: SY='V'; M= -1,-30,-10,-30,-29, -8,-31,-30, 31,-22, 12, 10,-30,-22,-22,-29,-19, -2, 36,-28,-10,-22;
/M: SY='F'; M=-16,-26,-19,-33,-24, 43,-26, -4, -5,-24, -6, -5,-23,-34,-24,-25,-12,-16,-11,  6, 31,-24;
/M: SY='G'; M= -1, -7,-30, -6,-17,-30, 55,-19,-39,-19,-40,-30, -9,-20,-19,-20,  1,-19,-30,-31,-30,-18;
/M: SY='Y'; M=-19,-27,-20,-33,-24, 39,-29,  1, -6,-24, -6, -5,-23,-31,-24,-24,-18,-18,-11,  9, 40,-24;
/M: SY='P'; M= -3,-12,-25,-12, -4,-31,-12,-14,-25, -5,-27,-22, -9, 30, -1,-10,  2, -5,-18,-34,-25, -4;
/M: SY='P'; M= -9,-14,-25,-13, -2,-23,-22,-15,-17, -8,-16,-13,-14, 17, -3,-13, -8, -7,-13,-30,-19, -3;
/M: SY='S'; M=  3,  3,-22,  6,  4,-25,  0, -9,-23, -6,-29,-20,  1,-15, -2,-11, 10, -3,-19,-32,-21,  1;
/M:         M= -1, -8,-13, -8, -6,-20,-17,-13, -9, -7,-13, -9, -8,-19, -5, -8,  0, -5, -8,-30,-18, -7;
/M: SY='A'; M=  9,-13,-11,-14, -8,-17,-13,-14,-11, -5,-15,-10, -9,-13, -6, -9,  7,  8, -5,-27,-15, -7;
/I:         I=-7; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15;
/M: SY='N'; M= -6,  2,-20, -2, -3,-18,-12, -3,-20, -3,-26,-17, 13,-14, -4, -7, 11,  1,-19,-27, -9, -4;
/M: SY='M'; M= -9,-18,-19,-17, -7, -8,-25,-10, -4,-13, -2,  3,-15,-19, -2,-14, -9, -6, -4,-18, -4, -7;
/M: SY='V'; M= -6,-31,-10,-31,-29, -5,-34,-28, 29,-24, 16, 10,-30,-25,-23,-28,-20, -4, 30,-24, -8,-24;
/M: SY='L'; M=-15,-34,-12,-34,-27,  2,-37,-21, 20,-26, 23, 13,-32,-29,-19,-22,-24,-11, 14,-15,  1,-26;
/M: SY='R'; M= -8, -9,-24,-14, -1,-21,-20,  0,-20,  2,-15,-12, -4,-15,  7, 12, -4, -6,-18,-26,-13,  0;
/M: SY='H'; M=-15,-10,-28,-12,  4, -1,-24, 17,-19, -6,-17,-11, -8,-21,  6, -5,-10,-15,-19,-13, 10,  4;
/M: SY='F'; M=-20,-31,-19,-40,-30, 56,-31,-11,  1,-30,  2,  1,-31,-39,-29,-29,-21,-19, -9,  8, 28,-30;
/M: SY='S'; M=  1, -5,-20, -5,  6,-21,-13, -4,-19,  1,-21,-13, -2,-13,  5, -4,  7, -1,-15,-27,-15,  5;
/I:         I=-14; MD=-29;
/M: SY='Q'; M=-10,  3,-30,  2,  9,-27,-17,  2,-25, 12,-24,-14,  3,-15, 17, 10,  0, -8,-21,-29,-18, 10; D=-14;
/I:         I=-14; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29;
/M: SY='F'; M=-13,-25, 10,-30,-27, 14,-30,-12,  0,-26, -2, -5,-25,-31,-24,-28,-16,-14, -4, -7, 10,-27; D=-14;
/I:         I=-14; DM=-29;
/M: SY='G'; M=  1,-11,-29,-11,-20,-29, 57,-20,-38,-20,-38,-29,-11,-20,-20,-20,  0,-19,-28,-30,-29,-20;
/M: SY='N'; M= -8,  1,-25,  0,  0,-24,-12, -6,-19, -5,-24,-16,  5,-10, -3, -8,  1,  2,-15,-32,-17, -1;
/M: SY='I'; M= -8,-30, -8,-30,-29, -2,-37,-29, 34,-28, 16,  9,-30,-29,-27,-29,-19, -9, 28,-18,-10,-28;
/M: SY='V'; M= -7,-30, -9,-30,-24, -7,-31,-25, 17,-22, 16, 11,-29,-23,-17,-22,-19, -2, 18,-25,-11,-21;
/M: SY='E'; M= -6,  6,-29,  7, 16,-27,-14, -5,-26,  9,-28,-19,  2,-14,  7,  2,  5, -6,-23,-32,-20, 12;
/M: SY='H'; M=-14, -2,-27, -5, -1,-15,-21, 18,-18, -1,-22,-15, -1,-19,  2, -2, -7,-11,-16,-24, -2, -1;
/M:         M= -8,-14,-22,-17,-10, -7,-19,-10, -6, -9,-11, -7,-12,-21, -7, -8, -7, -6, -4,-22, -6, -8;
/I:         I=-3; MD=-6;
/M:         M= -7,-12,-21,-13, -5, -9,-16, -4,-12,-11,-13, -7,-10,-12, -4,-12, -3, -6,-12,-22, -7, -6; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-6;
/M: SY='G'; M=  1,-10,-13,-11,-11,-12,  2,-14, -9, -9,-13, -8, -8,-12,-10,-12,  0, -4, -5,-20,-13,-11; D=-3;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-6; IM=0; DM=-6;
/M: SY='P'; M= -8,-11,-18,-12, -7, -5,-13, -9,-12, -9,-13,-12,-11, 11, -9,-13, -5, -7,-11,-16, -6, -8; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-6;
/M: SY='S'; M= -1, -4,-20, -5, -1,-24, -8,-10,-19, -4,-21,-14,  0,-13,  1, -4,  7,  7,-15,-30,-20, -1;
/M: SY='G'; M= -2,  0,-26, -2, -3,-28, 13,-11,-29, -5,-32,-21,  4,-16, -5, -8,  4, -8,-23,-32,-24, -4;
/M: SY='S'; M=  3, -8,-15, -9, -9,-25,  3,-16,-21, -7,-25,-17, -5,-11, -9,-10,  5,  0,-15,-31,-23, -9;
/M: SY='N'; M=-16, 19,-27,  5, -3,-27, -7,  5,-25, -4,-34,-17, 42,-20, -2, -4,  8, -1,-24,-37,-19, -3;
/M: SY='W'; M=-25,-37,-17,-45,-28,  8,-30,-20,-14,-27,-12,-13,-36,-37,-19,-24,-27,-24,-22, 68, 13,-28;
/M: SY='M'; M= -7,-29,-15,-29,-23, -2,-31,-23, 18,-21, 14, 25,-25,-26,-14,-23,-18, -6, 18,-21, -7,-21;
/M: SY='H'; M=-12, -7,-26,-14, -2,-10,-17, 29,-25,  3,-25,-16, -1,-18,  4,  1, -6,-13,-21,-17, 10, -1;
/M: SY='I'; M=-12,-34,-10,-34,-30, -1,-37,-29, 29,-27, 25, 14,-34,-28,-23,-26,-24, -8, 24,-22, -9,-27;
/M: SY='R'; M= -7, -8,-24,-12,  1,-25,-19, -8,-21, 10,-17,-13, -4,-12,  7, 13, -2,  4,-16,-28,-19,  2;
/M: SY='Y'; M=-20,-30,-20,-33,-23, 34,-30,  8, -7,-23, -6, -7,-24,-29,-22,-23,-20,-19,-10, 13, 52,-23;
/M: SY='Q'; M= -3, -1,-19,  0,  3,-19,-14, -4,-20, -4,-22,-13, -4,-16,  8, -7,  3, -5,-17,-27,-15,  3;
/M: SY='S'; M= -4,  5,-12,  1, -3,-23,-11, -6,-20, -3,-27,-18, 16,-16, -4, -9, 17,  5,-19,-32,-19, -4;
/M: SY='P'; M= -8,-11,-28,-14, -3,-29,-20,-11,-22,  6,-21,-16, -8, 11,  0,  7, -5, -5,-17,-33,-21, -3;
/M:         M= -6,-16,-17,-17, -8,-12,-21,-13, -5,-11, -4, -2,-12,-19, -7,-11, -4, -3, -5,-23, -9, -9;
/M: SY='D'; M= -5, 12,-28, 20, 14,-29, -5, -5,-27, -3,-32,-21,  5,-14,  7,-10, 11, -5,-25,-35,-23, 10;
/M: SY='A'; M= 27,-20,  4,-21,-14,-15, -7,-19, -8,-11,-17,-10,-19,-14,-12,-14,  7, -2, -1,-26,-14,-13;
/M: SY='Q'; M= -7, -8,-26, -8,  3,-22,-19, -5,-16,  1,-13, -5, -8,-18, 11,  4, -6, -9,-13,-27,-17,  3;
/M: SY='R'; M=-11, -6,-29,-12,  2,-24,-22, -7,-21, 19,-19,-12, -4,-17,  7, 20, -6,-10,-17,-27,-16,  2;
/M: SY='A'; M= 39,-19,  0,-19,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-20,-10,-19,-10,-10,-10, 11,  0, -1,-30,-20,-10;
/M: SY='L'; M=-18,-39,-10,-39,-30, -1,-39,-30, 22,-29, 37, 19,-39,-29,-20,-21,-29, -9, 13,-21,-10,-29;
/M: SY='Q'; M= -4, -2,-17, -6, -1,-23,-14, -6,-20,  1,-20,-11,  4,-16,  9,  1,  8, -3,-18,-28,-19,  1;
/M: SY='K'; M=-11, -7,-30, -9, 10,-14,-22,  2,-24, 16,-23,-17, -5,-17,  6,  9, -5,-12,-21,-18,  1,  8;
/M: SY='N'; M=-17, 25,-31, 18,  4,-30, -8, 10,-30, -4,-38,-22, 36,-19,  2, -6,  6, -5,-29,-39,-19,  2;
/M: SY='G'; M= -1, -8,-29, -8,-15,-28, 46,-15,-37,-16,-37,-27, -7,-19,-14,-17,  2,-17,-28,-30,-27,-15;
/M: SY='Q'; M= -7, -9,-21,-11,  1,-21,-22,-10,-14,  5,-12, -1, -5,-15, 11, -1, -1,  3, -8,-26,-18,  3;
/M: SY='V'; M= -8,-19,-19,-22,-14,-13,-28,-18,  6, -7, -1,  1,-17,-16, -5,-11,-12, -7,  8,-25,-13,-10;
/M: SY='I'; M=-13,-32,-13,-34,-28, 13,-35,-23, 21,-28, 17, 10,-31,-31,-25,-26,-21,-11, 14,-13,  2,-28;
/M: SY='G'; M=  0,  0,-21, -4, -9,-26, 17,-11,-28,-10,-32,-22,  7,-17,-10,-12,  8, -6,-23,-33,-24,-10;
/M: SY='G'; M= -5, -6,-26, -4,-10,-20, 17,-10,-26,-14,-29,-21, -6,-19,-11,-17, -1,-13,-21,-25,-12,-11;
/I:         I=-10; MD=-21;
/M: SY='G'; M= -2, -2,-18, -5, -7,-18, 10, -7,-19, -7,-23,-15,  3,-14, -4, -8,  5, -6,-15,-23,-15, -6; D=-10;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='I'; M= -6,-26,-10,-28,-23, -5,-28,-21, 12,-21,  6,  3,-23,-24,-18,-22,-13, -3, 11,-15, -6,-21;
/M: SY='M'; M=-11,-29,-18,-30,-21, -3,-31,-21, 11,-18, 16, 26,-23,-28,-10,-12,-19, -8,  8,-21,-10,-21;
/M: SY='V'; M= -5,-31, -8,-31,-30, -6,-34,-30, 31,-24, 15, 12,-30,-25,-23,-29,-20, -5, 33,-25,-10,-24;
/M: SY='G'; M= -1,-10,-29,-10,-17,-28, 47,-16,-36,-15,-36,-27, -9,-19,-17,-16,  0,-18,-27,-29,-27,-17;
/M: SY='V'; M=  0,-29,  6,-31,-30,-10,-29,-28, 19,-20,  5,  3,-29,-22,-21,-28,-17, -3, 27,-27,-11,-23;
/M: SY='K'; M= -7,-11,-23,-17, -5,-20,-23,-12, -9, 15,-13, -7, -9,-16,  0,  4, -5, -4, -3,-28,-16, -3;
/M: SY='P'; M= -6,-18,-25,-19, -8,-28,-20,-14,-22, -6,-22,-20,-15, 32, -4,-10, -8, -9,-15,-28,-18, -7;
/M: SY='C'; M= -7,-24,  8,-25,-17, -6,-25,-15, -4,-20, -3, -7,-24,-25,-16,-22,-13,-11, -5,-15,  0,-18;
/M: SY='D'; M=-12, 11,-25, 12,  0,-26,-15, -7,-17, -8,-25,-17, 12,-15, -5,-12,  5,  4,-17,-36,-20, -3;
/M: SY='P'; M= -8,  2,-30,  5,  4,-33,-11,-11,-28,  2,-31,-24, -4, 12, -2, -9, -2, -9,-22,-38,-24,  1;
/M: SY='K'; M= -3, -7,-22, -8, -1,-20,-15,-11,-14,  2,-18, -8, -5,-15,  0, -5,  0, -5,-10,-27,-17, -1;
/M: SY='Q'; M=  5, -8,-16, -9, -1,-20,-14, -7,-14, -5,-17, -8, -6,-14,  6, -6,  5,  1, -9,-27,-17,  0;
/M: SY='I'; M= -6,-19,-22,-20, -8,-15,-26,-16,  1, -6, -2, -1,-18,-17, -5, -3,-12, -8,  1,-26,-15, -8;
/M: SY='E'; M= -7, -7,-25, -7,  7,-20,-21, -9,-12,  0,-12, -3, -6,-16,  7, -5, -4, -6,-10,-27,-17,  6;
/M: SY='Q'; M= -4, -3,-23, -3,  1,-24,-13, -7,-18, -1,-20,-12, -3,-17,  6, -1, -2, -7,-14,-29,-18,  2;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2017_11 which contains 556'196 sequence entries.


Total number of hits 10 in 10 different sequences
Number of true positive hits 10 in 10 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] RRM Nup35-type
Version [info] 4

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
10 sequences

NUP35_ARATH (O04326    ), NUP40_SCHPO (O13838    ), NUP53_CAEEL (Q09601    ), 
NUP53_DANRE (Q6P6X9    ), NUP53_HUMAN (Q8NFH5    ), NUP53_MOUSE (Q8R4R6    ), 
NUP53_RAT   (Q68FY1    ), NUP53_XENTR (Q66IJ0    ), NUP53_YEAST (Q03790    ), 
NUP59_YEAST (Q05166    )
» more

PDB
[Detailed view]
2 PDB

1WWH; 4LIR

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission