Entry: PS51477

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] PAH
Accession [info] PS51477
Entry type [info] MATRIX
Date [info] FEB-2010 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); SEP-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51477
Associated ProRule [info] PRU00810

Name and characterization of the entry

Description [info] PAH domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=71;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=70;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.9425911; R2=0.0144807; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2718.51724; R2=18.86207; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=488; N_SCORE=9.0; H_SCORE=10603; MODE=1; TEXT='R';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=288; N_SCORE=6.1; H_SCORE=8000; MODE=1; TEXT='RR';
/DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='R'; M=-10,-20,-20,-20,-15,-10,-25,-15,  0,  5, -5,  0,-15,-25,-10, 25,-10, -5, 15,-25,-10,-15;
/M: SY='P'; M=-11,-10,-33, -6,  7,-27,-20,-10,-22,  9,-22,-12, -9, 28,  7,  7, -7, -9,-24,-25,-18,  4;
/M: SY='T'; M= -4,-11,-19,-11, -4, -9,-23,-10, -2,-10,  2, -2,-13,-15,-10,-11, -6,  3,  3,-24, -5, -8;
/M: SY='D'; M= -9,  5,-26,  6,  4,-23, -8,  1,-25,  2,-20,-13,  4,-14,  2, -1,  0, -2,-20,-20,-10,  3;
/M: SY='V'; M= -5,-22,-18,-27,-22, 10,-22,-19, 11,-19,  7,  7,-19,-24,-19,-17,-10, -2, 15,-16,  2,-20;
/I:         I=-6; MD=-13;
/M: SY='E'; M=-10, 11,-24, 14, 16,-22,-10,  1,-21,  1,-17,-14,  9,-11,  4,  0,  1, -5,-20,-29,-14,  9; D=-6;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-13; IM=0; DM=-13;
/M: SY='D'; M=-12, 16,-28, 24, 20,-26,-16, -1,-29,  5,-24,-19,  7, -3,  6, -2,  0, -5,-25,-30,-15, 12;
/M: SY='A'; M= 29, -6,-14,-11,  2,-19, -6,-15,-13, -8,-10,-11, -7,-10, -4,-15, 10,  2, -6,-25,-18, -1;
/M: SY='L'; M= -7,-21,-20,-23,-13,  2,-26,-18, 12,-17, 19, 11,-19,-23,-14,-15,-14, -5, 10,-23, -4,-14;
/M: SY='T'; M= -3,  0,-13, -3, -4,-17,-15, -4,-15, -6,-10, -8,  3,-17, -1, -3,  5,  6,-11,-30,-11, -3;
/M: SY='F'; M=-18,-26,-24,-31,-26, 53,-24, -7, -1,-23,  7,  0,-20,-29,-28,-17,-20,-11, -4, 13, 41,-26;
/M: SY='L'; M= -9,-30,-21,-32,-26, 14,-31,-23, 22,-26, 24, 12,-28,-29,-24,-21,-22, -8, 20, -8,  6,-25;
/M: SY='D'; M= -7, 21,-24, 22, 10,-28, -9, -2,-28, 11,-27,-19, 18,-12,  3,  7,  5, -4,-23,-32,-17,  6;
/M: SY='K'; M= -3, -4,-25, -5,  2,-23,-17,-10,-18, 20,-17, -7, -2, -8,  5,  9, -5, -6,-14,-24,-12,  3;
/M: SY='V'; M= -1,-28,-16,-30,-26,  2,-29,-24, 27,-22, 17, 11,-27,-27,-24,-21,-15, -4, 32,-22, -2,-26;
/M: SY='K'; M=-11, -1,-30,  0, 15,-28,-20, -6,-26, 35,-23, -9, -1,-11, 16, 26, -8,-10,-21,-21,-11, 15;
/M: SY='E'; M= -3, -1,-16, -3,  9,-17,-18, -9,-14,  0,-13,-11,  0,-13, -1, -3,  0, -3,-12,-27,-12,  3;
/M: SY='R'; M= -1,-11,-16,-14, -7,-16,-18, -5,-14,  3,-11, -6, -7,-19,  0, 14, -2, -1, -6,-24, -9, -5;
/I:         I=-9; MI=0; MD=-18; IM=0; DM=-18;
/M: SY='F'; M=-10,-19,-14,-21,-15, 27,-19,-13,  5,-18, 16,  5,-16,-14,-19,-13,-15, -6,  1, -4,  8,-16; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-18;
/M: SY='K'; M= -6,  1,-17,  3,  6,-17, -7,  6,-17,  7,-14, -7,  2, -8,  7,  6, -1, -5,-14,-17, -6,  6; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-18;
/M: SY='S'; M=  3,  6,-11,  8,  3,-17,  0, -5,-16, -4,-18,-13,  6, -6,  1, -6, 15,  5,-10,-23,-13,  2; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-18;
/M: SY='D'; M= -9, 15,-25, 19, 13,-25, -7,  5,-25,  1,-20,-15, 10,-11,  9, -1,  0, -8,-23,-24, -9, 10; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-18;
/M: SY='P'; M= -8,-11,-25, -7,  0,-15, -6, -7,-16, -3,-16,-10, -9, 17, -2, -2, -6, -9,-17,-14, -7, -4; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-18;
/M: SY='E'; M= -9,  7,-26, 11, 21,-22,-14, -2,-21,  5,-17,-11,  2, -7,  7,  1, -3, -8,-19,-25,-12, 13; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-18;
/M: SY='I'; M= -5,-18,-20,-20,-14, -3,-26,-19, 17,-18, 17, 12,-19,-21,-14,-17,-15, -5, 14,-22, -5,-15; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-18;
/M: SY='Y'; M=-18,-18,-11,-19,-19, 16,-29, 21, -5,-13, -4, -2,-17,-30,-11,-12,-17,-11, -9, 10, 54,-19;
/M: SY='R'; M=-13,  5,-26,  6,  7,-19,-19, -3,-16,  5,-11, -9,  4,-16,  1, 10, -7, -8,-14,-28,-12,  2;
/M: SY='S'; M=  3,  3,-20,  2,  2,-22, -8, -9,-20,  6,-21,-14,  6,-14, -1,  5,  7, -1,-13,-29,-17,  0;
/I:         I=-4; MD=-8;
/M: SY='F'; M=-16,-28,-18,-36,-27, 62,-28,-19,  4,-27, 14,  3,-21,-28,-35,-19,-19, -9,  4,  3, 22,-27; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-8;
/M: SY='L'; M=-10,-21,-19,-22,-13,  8,-25,-16, 10,-21, 30, 11,-20,-25,-16,-12,-21, -8,  5,-19, -1,-14; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-8;
/M: SY='D'; M=-13, 16,-27, 22, 20,-27,-14, 11,-30, 10,-24,-16, 10,-10,  8,  8, -1, -9,-25,-29,-11, 13; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-8;
/M: SY='I'; M= -7,-18, -8,-22,-18, -8,-23,-23, 15,-20,  4,  4,-16,-21,-18,-21,-10, -5, 15,-26,-10,-20; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-8;
/M: SY='L'; M=-10,-26,-21,-31,-22, 10,-26,-16, 19,-22, 27, 24,-25,-25,-16,-17,-24,-10, 10, -6,  3,-19; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-8;
/M: SY='H'; M= -6, -3,-17, -5, -3,-21,-11, 10,-21, 10,-20, -7,  1,-16, -1,  6, -5, -9,-13,-25, -7, -3; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-8;
/M: SY='D'; M=-12,  2,-22,  3, -1,-11,-20, -7, -9, -6, -1, -3, -3,-16, -4, -2, -6,  1, -8,-22, -3, -4; D=-4;
/I:         I=-4; MD=-8;
/M: SY='F'; M=-15,-19,-21,-24,-20, 36,-24,  1,  0,-17,  2,  3,-13,-25,-19,-13,-13, -7, -2,  3, 31,-19; D=-4;
/I:         I=-4; MI=0; MD=-8; IM=0; DM=-8;
/M: SY='K'; M= -9,  6,-26,  6, 12,-27, -9, -3,-27, 20,-25,-13,  7,-11, 12, 15, -1, -7,-23,-24,-14, 12; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-8;
/M: SY='Q'; M= -6, -1,-23, -1,  6,-18,-16, -4,-11, -1,-11, -4, -1, -7,  7, -5,  0, -4,-13,-23, -8,  6; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-8;
/M: SY='Q'; M= -8,  1,-25,  0, 10,-25, -6,  7,-22,  3,-20, -9,  4,-12, 13,  4,  1, -6,-22,-24,-11, 11; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-8;
/M:         M= -2,-11,-22,-12, -8,-14,  0, -6,-15, -6,-13, -7, -6,-13, -3, -2, -2, -7, -9,-21,-11, -7; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-8;
/M: SY='I'; M=-10,-21,-24,-22,-17, -2,-27,-19, 14,-14, 14,  8,-19,-22,-14, -8,-19, -9, 10,-11, -2,-17; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-8;
/M: SY='D'; M= -3, 12,-17, 17, 12,-22, -6,  0,-23,  0,-23,-17, 10, -8,  3, -4, 15,  3,-17,-30,-15,  8; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-8;
/M: SY='T'; M=  6, -8,-15,-12, -8,-14,-10,-16, -8, -1,-10, -6, -7, -7, -8, -4,  2,  8,  1,-21,-12, -9; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-8;
/M: SY='H'; M= -4, -7,-20, -7, -3,-16,-14, 10,-15,  0,-15, -7, -3,  0, -1,  4, -1, -3,-12,-23, -7, -4; D=-4;
/I:         I=-4; DM=-8;
/M: SY='D'; M=-11, 17,-29, 26, 25,-33, -4,  5,-32,  1,-25,-19,  7, -9, 12, -5,  2,-10,-29,-31,-17, 18;
/M: SY='V'; M= -1,-23,-16,-24,-21,  4,-26,-23, 17,-22, 19,  8,-23,-26,-23,-20,-15, -5, 22,-23, -5,-22;
/M: SY='Y'; M=-15,-14,-28,-17,-17,  8,-28,  5,  9,-15,  3,  4,-11,-24, -9,-14,-15,-10,  0, -3, 30,-16;
/M: SY='R'; M= -3, -8, -4,-11, -3,-19,-18,-11,-16,  0,-14, -9, -4,-17,  1,  6,  1,  1,-10,-28,-14, -2;
/M: SY='R'; M=-15,  2,-29,  7, 17,-26,-20, -1,-25, 14,-15,-10,  0,-13, 17, 24, -7,-10,-22,-25,-12, 15;
/M: SY='V'; M= -4,-27,-14,-29,-25,  2,-28,-23, 24,-21, 20, 17,-27,-28,-23,-18,-14,  0, 32,-26, -6,-24;
/I:         I=-13; MD=-27;
/M: SY='A'; M=  9, -6,-15, -6,  4,-17,-11,-13,-10, -3,-11, -9, -5,-12, -3, -8,  8,  2, -3,-27,-15,  1; D=-13;
/I:         I=-13; MD=-27;
/M: SY='E'; M=  3,  4,-23,  7, 14,-25,-12, -7,-20,  1,-16,-13, -1,  1,  7, -5,  0, -5,-18,-25,-17, 10; D=-13;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='L'; M= -9,-30,-18,-31,-23, 15,-30,-22, 20,-28, 38, 16,-29,-30,-24,-20,-25, -8, 17,-19,  1,-23;
/M: SY='F'; M=-15,-29,-21,-35,-25, 40,-30,-20, 13,-29, 29, 13,-24,-29,-28,-20,-24,-10,  7, -6, 14,-25;
/M: SY='R'; M=  0,-10,-25,-11, -6,-20, -5, -9,-18,  3,-17, -9, -5, -6, -3,  5, -3, -7,-13,-22,-13, -6;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='D'; M=-12, 24,-27, 29, 11,-31,  2, -3,-33,  4,-28,-22, 17,-13,  0, -1,  2, -8,-27,-33,-20,  5;
/M: SY='H'; M=-18, -9,-27,-11, -7,  2,-23, 51,-18,-11, -9,  0, -2,-22,  1, -2,-12,-14,-20,-16, 22, -5;
/M: SY='P'; M=-10, -7,-36,  1, 16,-33,-20, -9,-23, -1,-26,-16,-10, 47, 12, -9, -6,-10,-30,-28,-23, 11;
/M: SY='D'; M=-15, 26,-29, 36, 23,-27,-15,  1,-27,  0,-20,-20, 11,-11,  5, -7, -3, -9,-25,-31,-12, 13;
/M: SY='L'; M=-11,-30,-20,-31,-21, 15,-30,-20, 19,-30, 47, 19,-29,-30,-21,-20,-29,-10,  9,-18,  2,-21;
/M: SY='L'; M= -8,-24,-18,-28,-20,  6,-29,-17, 14,-19, 19, 10,-20,-25,-18,-13,-19, -9, 11,-19,  0,-20;
/M: SY='E'; M= -3,  5,-23,  6, 16,-22,-15,  3,-17, -3,-11, -9,  4,-12,  8, -6,  0, -6,-17,-29,-13, 12;
/M: SY='E'; M= -9, -1,-29,  1, 17,-20,  3, -7,-27, -2,-19,-13, -1,-12,  4, -3, -4,-13,-26,-15,-15, 11;
/M: SY='F'; M=-17,-29,-21,-36,-26, 52,-30,-20,  6,-27, 19,  6,-21,-29,-31,-16,-22,-10,  3, -1, 19,-26;
/M: SY='N'; M= -7,  9,-25,  5,  8,-20, -9, -6,-17,  3,-14,-11, 11,-14,  0, -2, -3, -5,-18,-29,-15,  3;
/M: SY='T'; M=  4,  2,-19, -3,  3,-22,-13,-10,-17,  8,-20,-11,  4,-11,  3,  1,  8,  9,-11,-27,-14,  3;
/M: SY='F'; M=-17,-28,-20,-37,-29, 66,-29,-21,  0,-28,  7, -1,-20,-29,-36,-19,-18, -6,  2, 11, 25,-28;
/M: SY='L'; M=-12,-27,-22,-28,-18, 12,-28,-15, 12,-21, 35, 17,-25,-28,-16, -9,-26,-10,  5,-16,  5,-18;
/M: SY='P'; M= -7,-18,-29,-14, -7,-20,-13,-20, -8,-12,-15,-10,-16, 27,-12,-14, -7, -7, -8,-28,-21,-12;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='P'; M=-10,-10,-27, -5, -3,-14,-20,-10,-11, -5,-12, -9,-12, 17, -7, -7, -8, -6,-11,-20, -6, -7; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='G'; M=  5, -3,-17, -2, -7,-26,  8,-16,-24, -7,-23,-16, -3, -5,-10,-13,  4, -6,-15,-28,-22, -9;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_10 which contains 546'790 sequence entries.


Total number of hits 47 in 18 different sequences
Number of true positive hits 47 in 18 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] B_Cuche
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 3
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] PAH
Version [info] 1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
18 sequences

GON4L_HUMAN (Q3T8J9), GON4L_MOUSE (Q9DB00), GON4L_RAT   (Q535K8), 
PST1_SCHPO  (Q09750), PST2_SCHPO  (O13919), PST3_SCHPO  (O74755), 
SIN3A_HUMAN (Q96ST3), SIN3A_MOUSE (Q60520), SIN3B_HUMAN (O75182), 
SIN3B_MOUSE (Q62141), SIN3_YEAST  (P22579), SNL1_ARATH  (Q9SRH9), 
SNL2_ARATH  (Q9LFQ3), SNL3_ARATH  (O48686), SNL4_ARATH  (O04539), 
SNL5_ARATH  (Q9XIE1), SNL6_ARATH  (Q9XIK6), WRK19_ARATH (Q9SZ67)
» More

PDB
[Detailed view]
12 PDB

1E91; 1G1E; 1PD7; 1S5Q; 1S5R; 2CR7; 2CZY; 2F05; 2L9S; 2LD7; 2RMR; 2RMS

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission