To improve security and privacy, we are moving our web pages and services from HTTP to HTTPS.
To give users of web services time to transition to HTTPS, we will support separate HTTP and HTTPS services until the end of 2017.
From January 2018 most HTTP traffic will be automatically redirected to HTTPS. [more...]
View this page in https
Entry: PS51487

General information about the entry

Entry name [info] NBD
Accession [info] PS51487
Entry type [info] MATRIX
Date [info] 01-APR-2010 CREATED; 01-OCT-2013 DATA UPDATE; 22-NOV-2017 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info] PDOC51487
Associated ProRule [info] PRU00820

Name and characterization of the entry

Description [info] NBD domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'; LENGTH=68;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=63;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=4.6124501; R2=0.0053998; TEXT='NScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=720; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=350; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-96; D=-100; I=-100; B1=-500; E1=-500; MI=-255; MD=-255; IM=-255; DM=-255;
...
                A    C    D    E    F    G    H    I    K    L    M    N    P    Q    R    S    T    V    W    Y
/I:         B1=0; BI=-255; BD=-255;
/M: SY='G'; M= -97,-124,-112,-124,-130, 109,-119,-138,-117,-134,-123, -98,-116,-115,-125, -97,-116,-132,-121,-125;
/M: SY='G'; M= -97,-124,-112,-124,-130, 109,-119,-138,-117,-134,-123, -98,-116,-115,-125, -97,-116,-132,-121,-125;
/M: SY='R'; M=-115,-131,-111, -99,-123,-125,-100,-130, -71,-122,-111,-104,-123, -87, 124,-109,-113,-124,-123,-110;
/M: SY='P'; M=-114,-139,-114,-103,-134,-116,-117,-121,-110,-132,-118,-121, 134,-114,-123,-111,-106,-127,-127,-131;
/M: SY='R'; M=-115,-131,-111, -99,-123,-125,-100,-130, -71,-122,-111,-104,-123, -87, 124,-109,-113,-124,-123,-110;
/M: SY='Q'; M=-107,-132,-102, -81,-137,-115, -95,-123, -87,-118,-105, -97,-114, 140, -87, -96,-109,-125,-120,-108;
/M: SY='H'; M=-117,-129,-101,-101,-115,-119, 157,-134,-106,-116,-101, -90,-117, -95,-100,-106,-115,-133,-151, -84;
/M: SY='L'; M=-115,-116,-132,-124, -88,-134,-116, -79,-126,  99, -76,-131,-132,-118,-122,-125,-111, -87,-119,-101;
/M: SY='L'; M=-115,-116,-132,-124, -88,-134,-116, -79,-126,  99, -76,-131,-132,-118,-122,-125,-111, -87,-119,-101;
/M: SY='S'; M= -90,-111,-103,-105,-121, -99,-108,-119,-104,-123,-116, -92,-110, -98,-109, 110,  44,-111,-131,-114;
/M: SY='L'; M=-115,-116,-132,-124, -88,-134,-116, -79,-126,  99, -76,-131,-132,-118,-122,-125,-111, -87,-119,-101;
/M: SY='T'; M=-100,-109,-105,-108,-115,-116,-115,-106,-105,-111,-107, -94,-106,-109,-113, -83, 124, -98,-136,-113;
/M: SY='R'; M=-115,-131,-111, -99,-123,-125,-100,-130, -71,-122,-111,-104,-123, -87, 124,-109,-113,-124,-123,-110;
/M: SY='R'; M=-115,-131,-111, -99,-123,-125,-100,-130, -71,-122,-111,-104,-123, -87, 124,-109,-113,-124,-123,-110;
/M: SY='A'; M= 107,-109,-115,-107,-123, -97,-117,-113,-110,-115,-109,-110,-114,-107,-115, -88,-100, -99,-123,-119;
/M: SY='Q'; M=-107,-132,-102, -81,-137,-115, -95,-123, -87,-118,-105, -97,-114, 140, -87, -96,-109,-125,-120,-108;
/M: SY='K'; M=-110,-124,-102, -89,-126,-117,-106,-127, 118,-126,-113, -95,-110, -87, -71,-104,-105,-122,-120,-113;
/M: SY='H'; M=-117,-129,-101,-101,-115,-119, 157,-134,-106,-116,-101, -90,-117, -95,-100,-106,-115,-133,-151, -84;
/M: SY='R'; M=-115,-131,-111, -99,-123,-125,-100,-130, -71,-122,-111,-104,-123, -87, 124,-109,-113,-124,-123,-110;
/M: SY='L'; M=-115,-116,-132,-124, -88,-134,-116, -79,-126,  99, -76,-131,-132,-118,-122,-125,-111, -87,-119,-101;
/M: SY='R'; M=-114,-130,-109, -97,-124,-123,-101,-130,  51,-123,-112,-102,-120, -87, 115,-108,-111,-123,-123,-111;
/M: SY='E'; M=-110,-129,  87,  98,-133,-119,-101,-133, -94,-127,-124, -94,-107, -88,-103,-104,-107,-127,-136,-120;
/M: SY='L'; M=-115,-116,-132,-124, -88,-134,-116, -79,-126,  99, -76,-131,-132,-118,-122,-125,-111, -87,-119,-101;
/M: SY='K'; M=-110,-124,-102, -89,-126,-117,-106,-127, 118,-126,-113, -95,-110, -87, -71,-104,-105,-122,-120,-113;
/M: SY='N'; M=-112,-120,-101,-109,-111,-113,  48,  26, -97,  -9,  74,  94,-121,-100,  51,-104,-103,-104,-131,-107;
/M: SY='Q'; M=-108,-129,-106, -87,-122,-118, -98,-110, -92,  31, -97,-102,-117, 130, -93,-100,-110,-114,-119,-107;
/M: SY='V'; M= -99,-113,-131,-124,-102,-132,-133, -66,-122, -87, -90,-126,-127,-125,-124,-114, -98, 112,-136,-109;
/M: SY='K'; M=-110,-124,-102, -89,-126,-117,-106,-127, 118,-126,-113, -95,-110, -87, -71,-104,-105,-122,-120,-113;
/M: SY='A'; M=  76,-111,-107,  29,-118,-107,-112,-108,-106,-108,  58,-105,-111,-103,-112, -91,  71,-100,-127,-115;
/M: SY='F'; M=-123,-119,-136,-131, 130,-130,-115, -96,-126, -88, -98,-124,-134,-137,-123,-122,-115,-102, -88, -66;
/M: SY='A'; M= 107,-109,-115,-107,-123, -97,-117,-113,-110,-115,-109,-110,-114,-107,-115, -88,-100, -99,-123,-119;
/M: SY='D'; M=-112,-129, 101,  86,-133,-117,-101,-133, -96,-128,-126, -91,-109, -91,-105,-104,-106,-128,-139,-119;
/M: SY='K'; M=-110,-124,-102, -89,-126,-117,-106,-127, 118,-126,-113, -95,-110, -87, -71,-104,-105,-122,-120,-113;
/M: SY='E'; M=-107,-129, -78, 120,-131,-124,-101,-132, -89,-124,-120,-104,-103, -81, -99,-104,-108,-124,-128,-121;
/M: SY='E'; M=-107,-129, -78, 120,-131,-124,-101,-132, -89,-124,-120,-104,-103, -81, -99,-104,-108,-124,-128,-121;
/M: SY='G'; M= -99,-125,-102,  56,-131,  98,-114,-137,-109,-131,-122, -99,-112,-105,-117, -98,-114,-130,-123,-124;
/M: SY='G'; M= -97,-124,-112,-124,-130, 109,-119,-138,-117,-134,-123, -98,-116,-115,-125, -97,-116,-132,-121,-125;
/M: SY='D'; M=-115,-129, 127, -78,-136,-112,-101,-134,-102,-132,-131, -83,-114,-102,-111,-103,-105,-131,-151,-118;
/M: SY='V'; M=-104,-116,-131,-126, -97,-133,-129,  46,-124,  32, -85,-127,-127,-123,-125,-117,-102,  91,-129,-106;
/M: SY='K'; M=-110,-124,-102, -89,-126,-117,-106,-127, 118,-126,-113, -95,-110, -87, -71,-104,-105,-122,-120,-113;
/M: SY='S'; M=  51,-111,-106,-105,-122, -97,-109,-119,-106,-122,-115, -96,-112, -98,-110, 104, -87,-109,-128,-115;
/M: SY='V'; M= -99,-113,-131,-124,-102,-132,-133, -66,-122, -87, -90,-126,-127,-125,-124,-114, -98, 112,-136,-109;
/M: SY='C'; M=-109, 159,-129,-129,-119,-124,-129,-126,-124,-116,-117,-115,-139,-132,-131,-111,-109,-113,-149,-130;
/M: SY='M'; M=-113,-117,-132,-123, -90,-131,-112, -80,-122,  87,  97,-127,-128,-114,-119,-123,-110, -88,-119,-100;
/M: SY='T'; M=-100,-109,-105,-108,-115,-116,-115,-106,-105,-111,-107, -94,-106,-109,-113, -83, 124, -98,-136,-113;
/M: SY='L'; M=-115,-116,-132,-124, -88,-134,-116, -79,-126,  99, -76,-131,-132,-118,-122,-125,-111, -87,-119,-101;
/M: SY='F'; M=-123,-119,-136,-131, 130,-130,-115, -96,-126, -88, -98,-124,-134,-137,-123,-122,-115,-102, -88, -66;
/M: SY='L'; M=-115,-116,-132,-124, -88,-134,-116, -79,-126,  99, -76,-131,-132,-118,-122,-125,-111, -87,-119,-101;
/M: SY='L'; M=-115,-116,-132,-124, -88,-134,-116, -79,-126,  99, -76,-131,-132,-118,-122,-125,-111, -87,-119,-101;
/M: SY='A'; M= 107,-109,-115,-107,-123, -97,-117,-113,-110,-115,-109,-110,-114,-107,-115, -88,-100, -99,-123,-119;
/M: SY='L'; M=-115,-116,-132,-124, -88,-134,-116, -79,-126,  99, -76,-131,-132,-118,-122,-125,-111, -87,-119,-101;
/M: SY='R'; M=-115,-131,-111, -99,-123,-125,-100,-130, -71,-122,-111,-104,-123, -87, 124,-109,-113,-124,-123,-110;
/M: SY='A'; M=  97,-109,-113,-107,-123, -97,-115,-114,-109,-116,-110,-106,-113,-104,-113,  49, -96,-102,-124,-118;
/M: SY='R'; M=  39,-123,-110,-102,-125,  40,-107,-127,  46,-123,-113,-102,-117, -95,  87,-101,-109,-119,-122,-115;
/M: SY='N'; M=-110,-115, -83,-104,-124, -98, -90,-124, -95,-131,-117, 133,-121, -97,-104, -92, -94,-126,-144,-120;
/M: SY='E'; M=-107,-129, -78, 120,-131,-124,-101,-132, -89,-124,-120,-104,-103, -81, -99,-104,-108,-124,-128,-121;
/M: SY='H'; M=-117,-129,-101,-101,-115,-119, 157,-134,-106,-116,-101, -90,-117, -95,-100,-106,-115,-133,-151, -84;
/M: SY='R'; M=-113,-128,-108, -95,-125,-122,-102,-129,  77,-124,-112,-100,-118, -87, 104,-107,-110,-123,-122,-111;
/M: SY='Q'; M=-107,-132,-102, -81,-137,-115, -95,-123, -87,-118,-105, -97,-114, 140, -87, -96,-109,-125,-120,-108;
/M: SY='A'; M= 107,-109,-115,-107,-123, -97,-117,-113,-110,-115,-109,-110,-114,-107,-115, -88,-100, -99,-123,-119;
/M: SY='D'; M=-115,-129, 127, -78,-136,-112,-101,-134,-102,-132,-131, -83,-114,-102,-111,-103,-105,-131,-151,-118;
/M: SY='E'; M=-107,-129, -78, 120,-131,-124,-101,-132, -89,-124,-120,-104,-103, -81, -99,-104,-108,-124,-128,-121;
/M: SY='L'; M=-115,-116,-132,-124, -88,-134,-116, -79,-126,  99, -76,-131,-132,-118,-122,-125,-111, -87,-119,-101;
/M: SY='E'; M=-107,-129, -78, 120,-131,-124,-101,-132, -89,-124,-120,-104,-103, -81, -99,-104,-108,-124,-128,-121;
/M: SY='A'; M= 107,-109,-115,-107,-123, -97,-117,-113,-110,-115,-109,-110,-114,-107,-115, -88,-100, -99,-123,-119;
/M: SY='I'; M=-112,-124,-133,-130, -97,-135,-125, 107,-124, -79,  86,-122,-121,-119,-126,-121,-106, -70,-121,-103;
/M: SY='M'; M=-109,-117,-131,-120, -98,-123,-101, -83,-113, -76, 155,-117,-118,-105,-111,-118,-107, -90,-121, -97;
/M: SY='Q'; M=-107,-132, -97,  40,-136,-116, -96,-124, -87,-119,-107, -98,-112, 133, -89, -97,-109,-125,-121,-110;
/I:         E1=0; IE=-255; DE=-255;
» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2017_11 which contains 556'196 sequence entries.


Total number of hits 8 in 8 different sequences
Number of true positive hits 8 in 8 different sequences
Number of 'unknown' hits 0
Number of false positive hits 0
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DNA_BIND
Feature description [info] NBD
Version [info] 1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
8 sequences

RAG1_CHICK  (P24271    ), RAG1_DANRE  (O13033    ), RAG1_HUMAN  (P15918    ), 
RAG1_MOUSE  (P15919    ), RAG1_ONCMY  (Q91187    ), RAG1_PIG    (Q867B5    ), 
RAG1_RABIT  (P34088    ), RAG1_XENLA  (Q91829    )
» more

PDB
[Detailed view]
4 PDB

3GNA; 3GNB; 3JBW; 4WWX

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission