Entry: PS51519

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] RWP_RK
Accession [info] PS51519
Entry type [info] MATRIX
Date [info] JAN-2011 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); JAN-2011 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51519
Associated ProRule [info] PRU00852

Name and characterization of the entry

Description [info] RWP-RK domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=85;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=80;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.3212302; R2=0.0113737; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=235.07004; R2=31.03502; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=808; N_SCORE=9.5; H_SCORE=22549; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=544; N_SCORE=6.5; H_SCORE=17087; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-5; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='Q'; M=  5, -4,-22, -4, -1,-17, -5,-10,-10,  1,-11, -4, -4, -5,  7,  2,  4,  2, -9,-23,-14,  0;
/M: SY='P'; M=  4, -4,-24, -2,  5,-21, -4, -8,-16,  8,-17, -6, -4, 10,  5,  2,  4, -2,-15,-25,-18,  3;
/M: SY='A'; M= 10, -1,-22, -3, -1,-17,  0,-15, -5,  1,-11, -5,  2, -3, -2,-12,  8,  6, -6,-32,-21, -4;
/M: SY='G'; M=  5, -3,-23, -7, -2,-19,  8,-10, -7,  2,-11, -2,  1, -2, -4, -9,  2,  0,-13,-25,-19, -5;
/M: SY='I'; M=  1, -8,-18,-10, -6, -8,-12, -9,  4, -4,  1,  1, -7, -8, -6, -8, -4,  1,  2,-26, -5, -7;
/M: SY='A'; M=  7,  0,-24, -2,  0,-17,  2,-15, -7,  4,-11, -1,  1, -7,  0, -6,  3,  0, -9,-26,-17, -2;
/M: SY='R'; M=  3, -6,-24, -5,  5,-15, -6,-13,-16, 13,-17,  2, -5,  0, 10, 15,  0, -8,-14,-17,-13,  4;
/M: SY='R'; M= -2, -8,-21, -4,  3,-17,-12, -6,-21, 11,-16,  0, -9,  3, 11, 24, -3,-12,-15,-18,-11,  3;
/M: SY='S'; M=  5, -2,-20, -5, -3,-13,  5,-16, -9, -1,-12, -8,  0, -9,  0, -5,  8,  1,-11,-21,-17, -4;
/M: SY='R'; M= -1, -7,-22, -6, -3,-11,-10, -9,-13,  6,-13,  0, -4, -7,  8, 20, -3,-10,-10,-20, -9, -2;
/I:         I=-6; MD=-13;
/M: SY='T'; M=  8, -4,-17, -9, -8,-11, -9,-14, -1, -3, -6, -2,  1, -7, -4,-11,  7, 11,  1,-33,-16, -8; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-13;
/M: SY='E'; M=  0, -3,-18,  1, 14,-21, -8, -4,-18, 12,-13, -3, -6,  8,  7,  5, -1, -9,-18,-18,-12, 10; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-13;
/M: SY='K'; M=  1, -4,-16, -2,  1,-13, -4,-10,-11,  3,-10, -5, -5, -2,  1,  3,  3, -3, -9,-16,-10, -1; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-13;
/M: SY='A'; M=  1, -2,-15, -3, -1,-12, -4, -6, -3, -1, -4, -2, -1, -4, -4, -9, -1,  0, -5,-20, -9, -3; D=-6;
/I:         I=-6; MD=-13;
/M: SY='A'; M=  1, -3,-15, -2, -4, -7, -3, -3, -3, -2, -3, -2, -5, -3, -2, -1, -1, -1, -2,-13, -3, -4; D=-6;
/I:         I=-6; MI=0; MD=-13; IM=0; DM=-13;
/M: SY='A'; M=  3, -2,-19, -3, -1, -9, -6,-10, -6,  2, -7, -1, -1, -7, -3, -4,  2, -2, -6,-22,-12, -4; D=-6;
/I:         I=-6; DM=-13;
/M: SY='D'; M=  2,  1,-22,  6,  2,-21,-12, -5,-14,  1,-11, -8, -2, -1,  5, -1,  4,  1,-10,-28,-11,  2;
/M: SY='I'; M= -3,-17,-13,-25,-21, 12,-18,-17, 31,-15, 22, 10,-11,-29,-20,-18,-12,  0, 24,-23,  8,-21;
/M: SY='T'; M=  8,  0,-22, -3, -6,-22, -9,-15, -9, -2,-10, -7,  3,  5,  3,-14, 13, 23, -5,-36,-15, -3;
/M: SY='L'; M= -6,-15,-16,-18,-12, 13,-19,-13, 10, -6, 15,  9,-13,-23,-10, -7,-12, -4,  7,-12, 13,-11;
/M: SY='E'; M=  2,  6,-10, 14, 24,-27,-15, -3,-21,  9,-10, -7, -1, -2,  8, -6,  3, -8,-19,-24,-16, 18;
/M: SY='D'; M=  3, 12,-13, 25, 14,-29,-13,-12,-18,  3, -5,-10, -1, -9,  1, -7,  0, -6,-12,-27,-13,  9;
/M: SY='I'; M= -5,-14,-10,-20,-17, 11,-17,-10, 30,-17, 30, 17,-12,-30,-19,-21,-16,  0, 19,-24, 13,-17;
/M: SY='R'; M=  5, -8,-21, -6,  3,-14,-12,-11,-12,  5,-12, -2, -8, -8, 14, 16,  4, -4, -7,-18,-11,  4;
/M: SY='Q'; M=  4, -7,-19, -6,  7,-18,-11, -8,-13,  5,-12, -4, -8,  2, 21, 10, -1, -3,-15,-20,-12, 10;
/M: SY='Y'; M=-21,-22,-32,-16,-14, 11,-27, 15, -4,-12, 13, -1,-21,-18,-10, -5,-14, -9,  3,  3, 36,-14;
/I:         I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
/M: SY='F'; M=-17,-26,-31,-37,-31, 68,-27,-20,  1, -9, 21, -9,-14,-35,-23, -9,-11,-14,  9,  8, 33,-31;
/M: SY='H'; M= -7, -2,-29,  0,  2,-22,-18, 45,-14, -7, -7,  3,  1, -3, -4,-11, -2, -6,-17,-38, -7, -1;
/M: SY='L'; M= -6,-14,-11,-15,-10,  7,-18, -7, 10, -7, 23, 20,-15,-28,-12, -8,-16, -2,  5,-14, 17,-10;
/M: SY='P'; M= -4,-12,-27, -7,  4,-31,-10,  2,-22,  6,-23,-27,-16, 67,  0,-10,  0,  7,-27,-32,-18, -2;
/M: SY='I'; M=  4,-12, -8,-18, -6, -6,-16,-14, 15, -9,  8,  6, -7,-20,  4, -8, -8,  0,  8,-24, -7, -3;
/M: SY='K'; M=  7,  0,-20,  2,  7,-19,-14,-12,-11,  8,-11,  2,  0, -6,  8,  4,  1,  0, -7,-28,-14,  6;
/M: SY='E'; M=  5,  9,-14, 21, 22,-31,-15,-11,-21,  8,-10, -9, -3, -2, 10, -3,  0, -6,-15,-25,-14, 18;
/M: SY='A'; M= 34, -3,-28, -3, -5,-15, -5,-21,  5, -3, -7,  8, -3,-14,  4, -9,  7, 10, 15,-46,-32, -4;
/M: SY='A'; M= 31, -2,-14, -2,  1,-19, -3,-21, -3, -2,-10,  4, -1,-11,  5,-10, 11,  9,  5,-45,-38, -1;
/M: SY='R'; M= -1, -5,-22, -3,  5,-14,-14,-12,-17, 16,-14,  6, -3, -4, 11, 22, -2,-10,-12,-20, -9,  5;
/I:         I=-10; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
/M: SY='E'; M=  7, -1,-12, -1, 10,-19,-12, -9, -8,  4, -6,  2, -1, -8,  8, -4,  0, -2, -8,-29,-16,  8;
/M: SY='L'; M= -8,-13, -5,-16,-13, 22,-21,-10, 20,-16, 36, 19,-17,-32,-20,-18,-19, -1, 11,-19, 25,-13;
/M: SY='G'; M= -1,  4,-31, -5,-13,-25, 50,-21,-11, -4,-19,-12, 10,-11,-13,-13, -1,-15,-26, -7,-27,-14;
/M: SY='I'; M=  4,-20,-17,-27,-27,  9,-23,-22, 37,-16, 15,  6,-11,-35,-24,-16,-10,  5, 36,-27,  3,-27;
/M: SY='S'; M=  0, -5, 13, -8, -2,-20,  8,-20,-13, -8,-15,-18, -3,-11,-12,-12, 14,  0,-17,-20,-30, -9;
/M: SY='I'; M=  5,-10,-17,-11, -8, -5,-15,-13,  8, -8,  6,  3,-11,-12, -8,-12, -2,  8,  8,-26, -1, -8;
/M: SY='T'; M=  9, -1,-21, -8,-14,-17,-12,-16, -2, -6, -6, -4,  6, -4, -3,-20, 21, 35,  3,-41,-13,-10;
/I:         I=-9; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19;
/M: SY='T'; M=  5, -7,-14, -9,-11, -9,-18,-17,  5, -7,  0,  0, -4,-15, -6,-11,  5, 14,  9,-32, -6,-10;
/M: SY='L'; M= -7,-13, -8,-18,-15, 26,-21,-12, 18,-15, 32, 15,-15,-32,-20,-17,-17, -2, 12,-19, 23,-15;
/M: SY='K'; M= -1, -1,-30,  1, 16,-10,-11,-18,-19, 35,-17, 18, -2,  7,  0, 11, -1,-10,-18,-18, -6,  8;
/M: SY='R'; M= -5,-10,-22, -6,  2,-10,-14,-13,-21, 16,-15,  6, -9, -5, 15, 38, -5,-16,-13,-11, -4,  3;
/M: SY='I'; M= -1,-15,-16,-17,-14, -3,-17,-12, 11, -7,  4,  7,-10,-19, -1,  9, -9, -6, 11,-21, -1,-11;
/M: SY='C'; M=-25,-19,128,-28,  4,-17,-35,-42,-16,-24,  2,-16,-10,-29,-19,-16,-16,-17,-15,-17,-44, -4;
/M: SY='R'; M=-11,-18,-25, -8,-10, -8,-20, -4,-26,  6,-15, -1,-18,-10, 24, 62, -9,-24, -9, -1,  6, -2;
/M: SY='Q'; M=  2, -6,-17, -1, 13,-20,-16, -6,-20, 10,-14, -1, -9, -3, 22, 22, -2,-11,-15,-16,-10, 15;
/M: SY='L'; M=-11,-11,-19,-16,-13, 16,-20, 10,  7,-13, 19, 11, -8,-24,-15,-13,-13, -5,  1,-21, 18,-13;
/M: SY='G'; M= -1,  3,-37, -6,-16,-27, 61,-23,-11, -7,-19,-16,  6,-10,-15,-16,  0,-16,-28,  0,-27,-16;
/M: SY='I'; M=  0,-19,-18,-30,-25,  5,-17,-19, 45,-17, 20, 10, -8,-32,-21,-22,-11,  2, 34,-26,  2,-25;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='P'; M=  1, -5,-24, -2,  4,-21, -4, -5,-15,  6,-14, -7, -7, 16,  1, -2,  0, -3,-17,-23,-13,  1; D=-14;
/I:         I=-14; DM=-29;
/M: SY='R'; M= -9,-18,-21,-10, -7,-11,-18,-10,-28, 10,-20,  0,-18, -9, 27, 69, -9,-27,-11,  0, -1,  1;
/M: SY='W'; M=-49,-50,-20,-40,-10, 10, 10,-49,-30,-20,-20,-30,-69,-30, -9,  1,-30,-50,-30,197, 49,-10;
/M: SY='P'; M=-10,-20,-30,-10, 10,-40,-10, 10,-30, 10,-30,-40,-30,110,  0,-10,-10,  0,-40,-30,-20,  0;
/M: SY='Y'; M=-20,-20,-46,-15,-12,  8,-19, 28,-12,-10,  6, -2,-19,-11, -4, -3,-10,-11, -7,  2, 32,-12;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='R'; M= -8,-18,-21,-10, -7,-11,-19, -8,-26,  9,-18,  1,-18, -9, 28, 68, -9,-26,-10, -4, -1,  1;
/M: SY='K'; M=  2, -5,-24, -5, 12,-14,-14,-12,-16, 20,-16,  9, -4,  4, 15, 13, -1, -4,-16,-20,-10, 11;
/M: SY='I'; M= -2,-16,-11,-21,-17,  7,-19,-15, 24,-13, 20, 13,-12,-29,-16,-13,-12,  1, 19,-21,  9,-17;
/M: SY='Q'; M=  5, -3,-18, -3,  4,-15,-11,-14,-13,  9,-13,  2, -3, -4, 11, 10,  2, -1,-11,-24,-13,  4;
/M: SY='S'; M=  8, -1,-15, -2,  0,-15, -1,-14,-11,  2,-16,-10,  0, -8, -3, -6, 20, 10,-11,-28,-20, -5;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='L'; M= -4,-11, -8,-15,-11,  9,-18,-14, 19,-12, 22, 12,-13,-23,-14,-15,-12,  1, 12,-23, 12,-11; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='D'; M= -1,  9,-21, 13,  5,-20,-10, -5,-16,  3,-11, -6,  6, -8,  5,  1, -1, -5,-16,-28,-11,  4;
/M: SY='R'; M= -1, -2,-22, -5, -3,-10, -6,-10,-12,  7,-14,  1,  5,-10,  3, 13,  3, -5,-11,-23,-12, -4;
/M: SY='M'; M=  2, -7,-11, -9, -1,-11,-13, -7, -1,  2,  3, 11, -5,-15, -3, -5, -3,  1, -4,-25, -7, -2;
/M: SY='I'; M=  0,-14,-20,-20,-15, -3,-14,-12, 19, -8,  8,  7, -7,-20, -7, -6, -7, -2, 15,-23, -2,-13;
/M: SY='E'; M=  4,  5,-22,  8,  9,-25,-10,  2,-17,  3,-13, -4,  3, -3,  9, -4,  4, -1,-17,-29,-15,  8;
/M: SY='D'; M=  2,  3,-25,  6,  2,-18,-11, -5,-11,  2, -8, -3,  1, -8,  4, -4,  3,  0,-10,-26, -9,  1;
/M: SY='L'; M= -3,-12,-14,-15,-11,  7,-15,-11, 15,-11, 18, 10,-13,-23,-13,-13,-10, -1,  9,-17, 11,-12;
/M: SY='E'; M=  2, -4,-12, -2, 15,-17,-12, -9,-15,  6, -8, -2, -5, -5, 15,  4, -3, -8,-15,-18,-11, 15;
/M: SY='E'; M=  2, -1,-14,  1, 10,-19,-11, -9,-11,  4, -8, -4, -1, -7,  6, -3,  1, -3,-11,-22,-12,  8;
/M: SY='L'; M=  1, -3,-20,  0, -2,-11,-13, -9, -4, -2,  2,  2, -7,-16,  0, -3, -4,  0, -2,-21,  0, -3;
/I:         I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
/M: SY='M'; M=  4, -7,-15,-12, -5, -8,-11, -9,  5, -2,  4, 10, -2,-16, -3, -8, -7,  0,  0,-28, -8, -5;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='E'; M=  4,  2,-18,  6, 10,-22, -7,-10,-14,  6,-11, -5, -1, -3,  6,  1,  1, -6,-13,-24,-16,  7;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='D'; M=  2,  3,-16,  4,  2,-19,-10, -8,-10,  2, -7, -2,  4, -9, -2, -7,  3,  2, -9,-30,-14, -1;
/M: SY='A'; M=  4, -5,-14, -5, -4,-13,-11,-16, -3, -4, -5, -7, -5, -8, -4, -7,  3,  4,  0,-26,-11, -6;
/M: SY='E'; M=  4, -1,-20,  4,  9,-22, -8, -7,-15,  4,-13, -9, -6,  7,  6, -4,  3, -1,-16,-24,-15,  6;
/M: SY='G'; M=  8,  3,-23,  3, -2,-22,  9,-18, -9, -1,-11, -7,  1, -8,  0, -6,  3, -3,-11,-24,-21, -3;
/M: SY='E'; M=  6,  0,-15,  0,  8,-22, -9, -9, -7,  2, -7, -3,  1, -4,  7, -9,  2,  1, -9,-29,-17,  7;
/M: SY='A'; M=  3,  0,-18,  1,  2,-16, -6,-14,-12,  3,-10, -7, -1, -4,  0, -2,  3, -2, -9,-24,-14, -1;
/M: SY='Q'; M=  4, -3,-16, -2, 13,-21,-11, -9,-14,  7,-11, -4, -4,  2, 14,  0,  0, -3,-15,-22,-15, 13;
/M: SY='A'; M=  5, -2,-18,  0,  5,-17,-11,-11, -8,  3, -8, -3, -4, -5,  5, -1, -1, -3, -7,-26,-12,  4;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_09 which contains 546'439 sequence entries.


Total number of hits 17 in 17 different sequences
Number of true positive hits 17 in 17 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotes
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] RWP-RK
Version [info] 1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
17 sequences

NLP1_ARATH  (Q8H111), NLP1_ORYSJ  (Q10S83), NLP2_ARATH  (Q7X9B9), 
NLP2_ORYSJ  (Q0JC27), NLP3_ARATH  (Q9SVF1), NLP3_ORYSJ  (Q5NB82), 
NLP4_ARATH  (Q9LE38), NLP5_ARATH  (Q9SFW8), NLP6_ARATH  (Q8RWY4), 
NLP7_ARATH  (Q84TH9), NLP8_ARATH  (O22864), NLP9_ARATH  (Q9M1B0), 
RKD1_ARATH  (Q9M9U9), RKD2_ARATH  (Q9CA66), RKD3_ARATH  (Q9FGD1), 
RKD4_ARATH  (Q9LVU8), RKD5_ARATH  (O81791)
» More


View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission