Entry: PS51538

Forthcoming changes to the profile format
General information about the entry

Entry name [info] AV_CP
Accession [info] PS51538
Entry type [info] MATRIX
Date [info] JUN-2011 (CREATED); OCT-2013 (DATA UPDATE); MAR-2014 (INFO UPDATE).
PROSITE Doc. [info] PDOC51538
Associated ProRule [info] PRU00871

Name and characterization of the entry

Description [info] Arterivirus nsp2 cysteine protease (AV CP) domain profile.
Matrix / Profile [info]
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=108;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=103;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1047049; R2=0.0114644; TEXT='NScore';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=603.72057; R2=36.70229; TEXT='HScore';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=689; N_SCORE=10.0; H_SCORE=22662; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=384; N_SCORE=6.5; H_SCORE=14661; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-9; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
...
                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M: SY='G'; M=  0, -8,-25,-10,-18,-25, 48,-20,-33,-18,-25,-18,  0,-18,-18,-18,  5, -3,-23,-22,-25,-18;
/M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='S'; M=  5, 10,-12,  5,  0,-20,  0, -5,-20, -8,-30,-20, 22,-12,  0, -8, 33, 15,-15,-40,-20,  0;
/M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,  0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20, 90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
/M: SY='G'; M= 12, -8,-21,-12,-15,-23, 34,-20,-26,-15,-21,-15, -2,-15,-15,-18,  7,  0,-16,-22,-23,-15;
/M: SY='D'; M=-18, 40,-30, 58, 30,-38,-12,  0,-38,  2,-28,-28, 15, -8,  5, -8,  0,-10,-30,-38,-20, 17;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='A'; M= 27,  4,-12, -6, -5,-20,  0,-11,-15, -8,-19,-15, 11,-12, -5,-13, 16,  4, -9,-29,-20, -5;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='W'; M=-17,-32,-36,-32,-25, 15,-25,-15, -3,-21,  6, -3,-32,-30,-18,-18,-32,-19,-13, 69, 33,-20;
/M: SY='H'; M=-20, -2,-30, -2,  0,-20,-20, 75,-30,  0,-20, -2,  8,-20, 10, 17,-10,-18,-28,-28, 13,  0;
/M: SY='C'; M= -8,-22, 92,-30,-30,-16,-30,-30,-17,-28,-14,-14,-22,-38,-30,-28,-10, -8,  3,-46,-26,-30;
/M: SY='I'; M=-10,-30,-25,-35,-25,  5,-35,-25, 36,-30, 34, 20,-25,-25,-20,-25,-25,-10, 21,-20,  0,-25;
/M: SY='A'; M= 28, -5,-10, -9, -5,-20,  0,-15,-15,-10,-21,-15,  1,-10, -5,-15, 26, 11, -5,-31,-20, -5;
/M: SY='A'; M= 33,-15,-12,-25,-15,  5, -7,-20, -8,-15, -5, -8,-12,-15,-17,-20,  3, -2,  0,-13, -8,-15;
/M: SY='I'; M=-10,-26,-26,-36,-26,  0,-32,-17, 37,-22, 20, 37,-20,-20,-12,-22,-20,-10, 22,-20,  0,-22;
/M: SY='M'; M=  4, -6,-19,-16,-14, -8,-14,-10,  7,-13,  6, 11,  1,-19, -8,-14, -7, -5,  0,-25,-10,-12;
/M: SY='N'; M= -8, 28,-22, 13, -5,-22, 17,  3,-25, -5,-30,-20, 45,-20, -5, -5,  8, -5,-30,-35,-22, -5;
/M: SY='R'; M= -3,  8,-25, 11,  3,-26,-12, -5,-28, 11,-21,-16,  3,-15,  2, 24, -2, -8,-18,-26,-15,  1;
/M: SY='M'; M= -8,-18,-21,-28,-21, -2,-26,-14, 22,-16, 13, 31,-15,-18, -8,-16,-10,  5, 13,-22, -2,-16;
/M: SY='V'; M= -8,-30,-17,-35,-30, 24,-32,-27, 25,-25, 12,  9,-25,-28,-31,-22,-15, -5, 31,-16,  4,-30;
/M: SY='N'; M= -5,  8,-21, -1,-13,-18, 13, -9,-14,-11,-20,-13, 20,-22,-13,-11,  2, -6,-10,-32,-21,-13;
/M: SY='S'; M= -1, 13,-20, 19,  2,-28, 12, -9,-30, -9,-30,-23, 11,-12, -4,-12, 20,  3,-20,-36,-22, -1;
/M: SY='A'; M= 14,  7,-19,  7,  3,-27, -7,-12,-23,  7,-23,-16,  2,-10, -1, -4,  8, -1,-13,-28,-18,  1;
/M: SY='F'; M=-14,-25,-22,-31,-26, 44, -5,-20, -7,-28,  5, -2,-16,-28,-33,-20,-16,-12, -6, -1, 11,-26;
/M: SY='C'; M= -6, -5, 34,-10, -1,-19,-24,-19,-22,-13,-16,-16, -7,-19,-10,-15,  4, 13,-11,-37,-20, -5;
/M: SY='T'; M=  5,  0,-10, -5, -5,-15,-11,-15,-15,-10,-19,-15,  5,-10, -5,-10, 29, 36, -5,-35,-15, -5;
/I:         I=-9; MD=-19;
/M: SY='P'; M= -7, -6,-20, -6, -1,-16,-15,-10,-16,  7,-16,-10, -4, 12, -2,  9,  0,  7,-12,-20,-12, -3; D=-9;
/I:         I=-9; MI=-19; MD=-19; IM=-19; DM=-19;
/M: SY='L'; M= -8,-23,-15,-23,-15,  8,-23,-15, 15,-23, 38, 15,-23,-23,-15,-15,-23, -8,  8,-15,  0,-15; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-19;
/M: SY='P'; M= -2, -7,-18, -8, -7,-16,  0,-15,-15, -9,-16,-12, -5, 15, -9,-12,  4, 11,-12,-21,-16, -9; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-19;
/M: SY='E'; M= -8,  7,-21,  7, 20,-23,-13,  2,-19, 13,-18, -9,  8, -6, 19,  7,  0, -6,-21,-20,-11, 20; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-19;
/M: SY='C'; M=-12,-13, 22,-16,-13, -4,-20, -5,-16, -4,-11, -8,-10,-23, -9,  6,-10, -8,-10,-13,  6,-13; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-19;
/M: SY='S'; M=  1,  1,-10, -3, -7,-10, -7, -8, -3, -8,-13, -8,  9,-14, -7, -8, 12,  6,  3,-28,-13, -7; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-19;
/M: SY='R'; M=-15, -8,-23, -8,  0,-15,-15,  0,-23, 23,-15, -8,  0,-15,  8, 53, -8, -8,-15,-15, -8,  0; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-19;
/M: SY='P'; M=-11,  6,-27, 16,  6,-26,-12, -9,-21, -5,-23,-18, -3, 38, -5,-12, -5, -8,-23,-26,-20, -2; D=-9;
/I:         I=-9; DM=-19;
/M: SY='S'; M=  1, -3,-21,  2, 13,-25, -9,-10,-22, -6,-28,-20,  1, 16,  2,-10, 19,  6,-19,-35,-22,  6;
/M: SY='D'; M=-11, 35,-24, 49, 14,-34, -7, -3,-34, -3,-30,-27, 17,-10,  0,-10, 12, -1,-24,-40,-20,  7;
/M: SY='D'; M=-15, 18,-28, 30, 22,-25,-18, -5,-22, -4, -7,-15,  2,-12,  1, -9, -7,-10,-20,-32,-15, 12;
/M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/M: SY='C'; M= 17,-18, 19,-25,-18,-11,-16,-22, -6,-21,  5, -4,-18,-23,-18,-22, -7, -5,  1,-27,-17,-18;
/M: SY='S'; M=  0, 12,-15, 15,  3,-23, -7,-10,-23, -8,-25,-20, 10,-10, -2,-10, 25, 20,-13,-38,-18,  0;
/M: SY='D'; M=-20, 50,-30, 70, 20,-40,-10,  0,-40,  0,-30,-30, 20,-10,  0,-10,  0,-10,-30,-40,-20, 10;
/M: SY='E'; M=-12,  1,-30,  6, 31,-20,-22,  7,-21,  6,-16,-10, -4, -9, 26,  1, -4,-10,-26,-14,  4, 27;
/M: SY='D'; M=-18, 30,-28, 45, 10,-28,-15, -5,-25, -7,-10,-18,  8,-15, -5,-12, -7,-10,-20,-35,-15,  3;
/M: SY='L'; M=  5,-24,-18,-28,-18,  1,-21,-17, 13,-23, 31, 18,-24,-24,-15,-19,-19, -8,  8,-20, -5,-16;
/M: SY='Y'; M=-11,-25,-21,-25,-25, 16,-30, -3, 14,-15,  5,  5,-25,-30,-19,-15,-15, -5, 17,  3, 39,-25;
/M: SY='Q'; M=-12,  7,-28,  2, 10,-30,-15,  8,-22, 13,-22, -7, 14,-15, 33, 22,  0, -8,-28,-25,-12, 20;
/M: SY='A'; M= 20,-21,-13,-25,-18, -6,-16,-22,  9,-18, 13,  4,-21,-21,-18,-20, -7, -3, 15,-22,-12,-18;
/M: SY='I'; M= -9,-30,-22,-37,-30, 20,-35,-28, 32,-27, 15, 12,-23,-25,-28,-25,-17, -7, 29,-16,  4,-30;
/M: SY='Q'; M=-10, -6,-27, -9,  8,-28,-20,  7, -8,  4, -8, 18, -6,-13, 42,  4, -6,-10,-18,-20, -7, 25;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='T'; M= -2,-11, 13,-19,-17,-12,-22,-22, -2,-19,-10, -7, -7,-19,-14,-19,  9, 15,  3,-34,-14,-17;
/M: SY='L'; M=  8,-22,-22,-22,-12, -9,-19,-20,  1,-19, 12,  1,-22,  6,-15,-20,-13, -7, -3,-22,-13,-15;
/M: SY='R'; M=-13,  1,-23, -5, -2,-18,-17, -3,-23, 15,-19,-12, 10,-18,  3, 38,  1,  7,-17,-26,-12, -2;
/M: SY='L'; M=-12,-30,-20,-32,-22, 27,-30,-20, 15,-30, 40, 15,-28,-30,-25,-20,-28,-10,  8,-13,  7,-22;
/M: SY='P'; M= -8,-15,-33,-10, -2,-25,-20,-20,-18,-10,-25,-18,-15, 65,-10,-18, -3,  5,-23,-30,-25,-10;
/M: SY='A'; M= 38,-15,-10,-22,-15,-15, -7,-22,  0,-12, -5, -5,-15,-15,-15,-20,  5,  0, 12,-22,-18,-15;
/M: SY='T'; M= 12, -2,-10,-12,-10,-12,-15,-20,-10,-10,-10,-10, -2,-10,-10,-12, 18, 38,  0,-28,-12,-10;
/M: SY='I'; M= -8,-30,-22,-34,-26,  4,-34,-26, 35,-28, 29, 18,-26,-26,-22,-24,-22, -8, 27,-22, -2,-26;
/I:         I=-13; MD=-27;
/M: SY='P'; M= -7,  1,-19,  8, -2,-17,-14,-11, -8, -7,-13,-10, -7, 14, -9,-12, -5, -5, -4,-23,-14, -6; D=-13;
/I:         I=-13; MI=-27; MD=-27; IM=-27; DM=-27;
/M: SY='R'; M= -9, -7,-21, -7, -5,-17,  8, -5,-24,  9,-17, -9,  0,-14,  0, 27, -5, -9,-17,-14,-12, -5; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-27;
/M: SY='N'; M= -5, 16,-17,  7, -5,-17, 17,  0,-19, -5,-21,-14, 27,-14, -5, -5,  5, -5,-21,-23,-17, -5; D=-13;
/I:         I=-13; DM=-27;
/M: SY='G'; M= -9,-10,-30,-10,-11,-25, 29,-11,-35,  3,-25,-15,  0,-20, -6, 21, -5,-15,-25,-20,-21,-11;
/M: SY='A'; M= 17,-12,-16,-17,-12,-15,-13, 13, -6,-12, -8, -2, -9,-18, -9,-14, -1, -6,  3,-25, -6,-12;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='P'; M= -8,-15,-33,-10, -2,-25,-20,-20,-18,-10,-25,-18,-15, 66,-10,-18, -3,  4,-23,-30,-25,-10;
/M: SY='N'; M=  1, 18,-15,  9,  0,-20,  0, -1,-20, -5,-30,-20, 33,-15,  0, -5, 26, 11,-19,-40,-20,  0;
/M: SY='A'; M= 50,-10,-10,-20,-10,-20,  0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20, 10,  0,  0,-20,-20,-10;
/M: SY='K'; M= -9, -5,-27, -8,  1,-22,-23,-15,-14, 29,-19, -5, -3,-12,  2, 15, -8, -2, -9,-21, -8,  1;
/M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20, 30,-30, 20,  0,-10,  0,  0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10, 30, 80,-20;
/M: SY='V'; M=  7,-16,-18,-19,-11,-12,-20,-19,  0,  1,  2,  1,-16,-19,-11, -5, -9, -5,  8,-22,-10,-11;
/M: SY='L'; M=-10,-28,-22,-32,-22,  5,-30,-17, 26,-25, 36, 30,-25,-25,-15,-20,-25,-10, 14,-20,  0,-20;
/M: SY='K'; M=-13,  8,-30, 11,  3,-26,-22,-12,-13, 15,-18, -9,  1,-12,  0,  3, -9,-10,-11,-26,-11,  0;
/M: SY='C'; M=-10,-25, 57,-30,-25, -6,-30,-25, -7,-30, 12, -2,-25,-35,-25,-25,-19,-10, -1,-36,-16,-25;
/M: SY='D'; M= -9, 14,-22, 17, 10,-21,-16, -7,-12, -4,-16,-14,  9,-16, -4, -8, -1, -5, -6,-35,-17,  3;
/M: SY='G'; M= -5,  7,-27,  1, -7,-27, 27, -9,-32,  3,-30,-18, 18,-18, -7, -2,  1,-12,-28,-26,-22, -7;
/M: SY='Q'; M= -8, -4,-26, -2, 19,-29,-22, -1,-12,  4,-14, -3, -6,-12, 31,  1, -2, -8,-13,-25,-12, 25;
/M: SY='H'; M=-20,  0,-30,  0,  0,-20,-20,100,-30,-10,-20,  0, 10,-20, 10,  0,-10,-20,-30,-30, 20,  0;
/M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30, 10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150, 30,-20;
/M: SY='T'; M= -7,  0,-19, -4,  7,-17,-20,-11,-19,  4,-15,-12,  0,-10,  1, 12,  8, 22,-11,-28,-12,  3;
/M: SY='V'; M=  0,-30,-10,-30,-30,  0,-30,-30, 30,-20, 10, 10,-30,-30,-30,-20,-10,  0, 50,-30,-10,-30;
/M: SY='T'; M= -5,  2,-19, -1, 10,-19,-20,-13,-19,  9,-17,-12,  0, -8,  1,  2,  8, 22,-11,-28,-12,  6;
/M: SY='R'; M= -8,-16,-21,-16,-11,-14,-25,-17, -3, 13, -9, -1,-14,-22, -8, 17,-10, -5, 12,-25,-10,-11;
/M: SY='R'; M=  2, -8,-20,-12, -5,-18,-15,-10,-20, 10,-15,-10, -2,-15,  0, 28,  2,  7,-10,-22,-12, -5;
/M: SY='K'; M= -6, -5,-28, -2,  5,-28,-16,-12,-25, 23,-30,-15, -3, 14,  3,  9,  1, -4,-20,-27,-17,  3;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='M'; M=-11,-19,-21,-24,-17, -6,-22, -7,  8, -1,  6, 27,-17,-22, -4, 11,-15, -8, 11,-22, -5,-12;
/M: SY='A'; M= 28, -8,-15,-13,-10,-22, 17,-18,-20,-12,-20,-15, -3,-12,-10,-18, 15,  0,-10,-25,-22,-10;
/M: SY='P'; M= -8,-25,-27,-21,-13,-10,-25,-22,  4,-19,  7,  0,-25, 24,-17,-20,-17, -8, -1,-26,-15,-17;
/I:         I=-15; MD=-32;
/M: SY='G'; M= -2, -5,-18, -5, -6,-18, 17, -8,-23, -2,-20,-13,  2,-13, -4,  7,  7, -3,-16,-20,-16, -6; D=-15;
/I:         I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
/M: SY='C'; M= -6,-15, 14,-18,-15,-14, -9,-17,-17,-14, -7, -9,-10,-25,-13, -5, -3, -5, -9,-32,-17,-15;
/M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20, 10,-30,-20, 20,-30, 50, 20,-30,-30,-20,-20,-30,-10, 10,-20,  0,-20;
/M: SY='P'; M=  5,  6,-22, 11,  3,-27, -7,-12,-23, -8,-27,-21,  2, 14, -4,-14, 13,  2,-18,-34,-22, -2;
/M: SY='P'; M=-12,-13,-31, -7, 10,-18,-22,-11,-15, -1, -6, -8,-13, 15, -1,  4,-12,-10,-18,-25,-16,  2;
/M: SY='E'; M= -7, 14,-25, 24, 38,-29,-13, -2,-29,  3,-24,-22,  6, -4, 12, -4, 10, -3,-25,-34,-20, 25;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='V'; M= -7,-30,-14,-32,-28, 22,-30,-26, 21,-24, 17,  9,-28,-30,-31,-20,-16, -4, 31,-18,  2,-28;
/M: SY='R'; M=-13,-12,-26,-12, -2,-21,-22, -4,-15, 15,-14, -3, -6,-20, 14, 36, -8, -8, -8,-22,-10,  3;
/M: SY='G'; M=  0,-10,-30,-10,-20,-30, 70,-20,-40,-20,-30,-20,  0,-20,-20,-20,  0,-20,-30,-20,-30,-20;
/M: SY='V'; M= -2,-20, 21,-25,-25, -7,-28,-28,  6,-20, -2, -2,-20,-27,-25,-20, -3, 10, 23,-35,-15,-25;
/M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
/M: SY='G'; M=  0,  5,-23,  0,-11,-25, 38,-10,-31,-13,-30,-20, 17,-18,-11,-13, 11, -7,-26,-29,-25,-11;
/M: SY='C'; M=-10, -7, 54, -8,  9,-24,-26,-17,-30,-13,-20,-20,-11,-23, -8,-17, -6,-10,-19,-41,-26,  1;
/M: SY='Q'; M= -8, -6, -1, -8,  1,-34,  0, -5,-27, -5,-22, -9, -4,-18, 23, -5, -2,-12,-26,-26,-19, 12;
/M: SY='R'; M=-16, -8,  6, -9,  5,-22,-22, -7,-30, 12,-20,-14, -5,-21,  2, 32, -8,-10,-20,-29,-17,  1;
/M: SY='M'; M= -8,-22,-18,-30,-22,  0,-22, -7, 22,-12, 18, 48,-22,-22, -7,-12,-18, -8, 20,-22, -2,-15;
/M: SY='S'; M= 18, -4,-14, -7, -6,-22, 14,-14,-22,-12,-25,-18,  3,-12, -6,-14, 25,  7,-12,-31,-22, -6;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;
» More

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2014_04 which contains 544'996 sequence entries.


Total number of hits 10 in 10 different sequences
Number of true positive hits 10 in 10 different sequences
Number of 'unknown' hits
Number of false positive hits
Number of false negative sequences 0
Number of 'partial' sequences 0
Precision (true positives / (true positives + false positives)) 100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives)) 100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info] protein_domain
Scaling database [info] reversed
Author [info] CJA_Sigrist
Taxonomic range [info] Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info] 1
Feature key [info] DOMAIN
Feature description [info] Peptidase C33
Version [info] 1

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences
10 sequences

1ATF_PRRSS  (P0DJY0), RPOA_EAVBU  (P19811), RPOA_LDVC   (Q06502), 
RPOA_LDVP   (Q83017), RPOA_PRRS1  (Q9YN02), RPOA_PRRSB  (Q8B912), 
RPOA_PRRSL  (Q04561), RPOA_PRRSR  (Q9WJB2), RPOA_PRRSS  (A0MD28), 
RPOA_SHFV   (Q68772)
» More

PDB
[Detailed view]
1 PDB

4IUM

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission