PROSITE entry PS51828
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
View entry auxiliary file in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | PTX_2 |
| Accession [info] | PS51828 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
15-MAR-2017 CREATED;
13-FEB-2019 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC00261 |
| Associated ProRule [info] | PRU01172 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | Pentraxin (PTX) domain profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=201; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=196; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=3.2195389; R2=0.0231348; TEXT='-LogE'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1053.3404541; R2=20.2455311; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 0.5%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=272; H_SCORE=6560; N_SCORE=9.5; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=142; H_SCORE=3928; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-11; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: M= -5,-13,-14,-14,-11,-17,-20,-18, -4, -6, -8, -8,-11,-19, -9, -9, -1, 0, -3,-29,-17,-11; /M: SY='G'; M= -3, -7,-26, -9,-12,-26, 26,-17,-27,-11,-30,-22, -5,-19,-13,-13, 0,-11,-20,-30,-25,-13; /M: SY='K'; M= -8, -6,-26,-13, 1,-21,-20,-10,-23, 24,-23,-15, -4, -9, 6, 11, -1, -5,-16,-27,-16, 3; /M: SY='T'; M= 1,-15,-15,-17,-11,-17,-20,-18, -2, -2, -9, -1,-10,-15, -6,-10, 0, 7, 5,-29,-16, -8; /M: SY='F'; M=-17,-34,-14,-38,-30, 20,-35,-23, 15,-28, 20, 12,-34,-32,-24,-25,-24,-12, 8,-11, 4,-28; /M: SY='V'; M= -5,-21,-13,-21,-21,-12,-28,-25, 15,-16, 4, 4,-21,-20,-16,-22,-13, 4, 20,-29,-13,-16; /M: SY='F'; M=-19,-31,-19,-39,-29, 51,-31,-11, 3,-29, 3, 3,-30,-38,-28,-29,-21,-19, -6, 6, 27,-29; /M: SY='P'; M= -8,-15,-27,-14, -5,-30,-18,-12,-27, -7,-27,-24,-13, 47, -2,-16, -3, -8,-20,-32,-20, -4; /M: SY='K'; M= -8, -5,-28, -8, 5,-25,-14, -9,-22, 14,-22,-12, -2,-10, 7, 5, 0, -8,-18,-29,-19, 5; /M: SY='E'; M= -4, 2,-31, 5, 26,-28,-17, -5,-26, 8,-26,-18, -1,-10, 12, 6, 4, -3,-24,-30,-20, 21; /M: SY='S'; M= 3, -2,-15, -2, 0,-20, -4,-10,-20, -3,-25,-18, 6,-12, -2,-10, 24, 13,-17,-29,-18, -1; /M: SY='N'; M= -5, 13,-24, 11, 4,-28,-11, -7,-22, 1,-30,-19, 16,-16, -1, -7, 8, 0,-19,-37,-22, 2; /M: SY='N'; M= -7, 0,-21, -3, -6,-21,-17, -9,-14, -6,-21,-14, 7,-12, -7, -9, 1, 7, -9,-31,-13, -6; /M: SY='S'; M= -5, 6,-22, 11, 0,-21, -9, -9,-18, -8,-26,-17, 5,-18, -4,-14, 12, -2,-18,-32,-16, -3; /M: SY='Y'; M=-16,-11,-19,-11,-13, 10,-24, 1,-10,-19,-13,-10,-15,-28,-13,-22,-13,-15,-12,-11, 15,-14; /M: SY='V'; M= 2,-26,-12,-27,-25,-13,-23,-27, 18,-18, 2, 3,-26,-14,-18,-25,-14, -2, 27,-30,-13,-18; /M: SY='K'; M= -7, -4,-26, -7, 8,-20,-18, -9,-21, 16,-21,-15, -2,-14, 4, 6, 4, -4,-18,-27,-16, 6; /M: SY='L'; M=-16,-34,-11,-35,-27, -3,-36,-28, 18,-26, 30, 15,-33,-27,-19,-20,-24, -7, 11,-22,-11,-26; /M: SY='I'; M=-10,-18,-19,-20,-14, -6,-26,-11, 1,-13, -1, 1,-16,-19,-11,-14,-12, -9, -1,-22, -7,-14; /M: SY='P'; M= 0,-14,-19,-15, -8,-28,-15,-18,-20, -5,-21,-16,-11, 22, -7,-12, 1, 9,-11,-33,-23, -8; /M: SY='P'; M= -2,-17,-22,-17, -8,-23,-16,-15,-13, -7,-15, -6,-14, 7, -2, -9, -5, -6, -7,-29,-20, -7; /M: SY='K'; M= -9,-15,-17,-19, -8,-17,-21,-15,-11, 4, -9, -7,-14,-15, 0, -4, -8, -8, -8,-24,-15, -6; /M: SY='P'; M= -5, -9,-25, -7, 3,-27,-15,-15,-20, -3,-22,-18, -8, 10, -3, -8, 1, 4,-14,-32,-22, 1; /I: I=-13; MD=-27; /M: SY='E'; M=-11,-14,-23,-13, 2,-17,-26,-16, -8, -2, -3, -2,-15,-10, -2, -8,-10, -5, -7,-26,-16, -1; D=-13; /I: I=-13; MD=-27; /M: SY='P'; M= -3, -5,-20, -7, -1,-25,-11,-10,-20, -2,-24,-18, 0, 21, -3, -8, 4, -2,-15,-29,-19, -2; D=-13; /I: I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27; /M: SY='L'; M=-18,-37,-11,-37,-29, -2,-34,-29, 17,-29, 34, 17,-37,-29,-20,-20,-27,-11, 8,-21,-11,-29; /M: SY='Q'; M= -6, -6,-26, -9, 4,-21,-18, 1,-21, 8,-21,-13, 0,-15, 11, 11, 1, -4,-17,-25,-11, 5; /M: SY='A'; M= 20, -8,-11,-10, -2,-23, -6,-12,-16, -4,-23,-13, -4,-12, -3, -4, 11, 3,-10,-31,-20, -2; /M: SY='F'; M=-18,-32,-17,-38,-29, 39,-33,-16, 9,-29, 10, 8,-31,-37,-27,-28,-22,-17, -1, 0, 16,-29; /M: SY='T'; M= 2, -8,-10, -8, -8,-20,-15,-18,-12, -8,-15,-12, 2,-10, -8,-10, 17, 41, -5,-30,-20, -8; /M: SY='L'; M= -6,-32, -7,-34,-27, 3,-30,-25, 13,-24, 16, 11,-31,-26,-20,-23,-19, -7, 11,-19, -6,-25; /M: SY='C'; M= -1,-29, 76,-39,-38,-13,-29,-28, -9,-29, -9,-18,-29,-30,-29,-38,-10, -9,-10,-18,-16,-38; /M: SY='F'; M=-15,-30,-15,-33,-25, 15,-31,-17, 6,-25, 8, 7,-27,-31,-19,-23,-17,-11, 0, 0, 8,-25; /M: SY='W'; M=-19,-14,-28,-20, -4,-12,-24, -3,-25, -1,-25,-20,-15,-25, -2, -2,-14,-19,-27, 20, 0, -5; /M: SY='V'; M= 2,-26,-10,-27,-22, -2,-23,-23, 9,-19, 4, 5,-24,-22,-17,-21, -9, 1, 11,-22, -8,-19; /M: SY='K'; M=-10,-14,-24,-19, -5, -8,-23, -1,-17, 7,-16,-11, -9,-19, 2, 6, -7, -9,-13,-15, 4, -3; /M: SY='T'; M= 2,-12,-14,-14,-10,-17, -9,-17,-13, -6,-17,-11, -6,-15, -8, -9, 9, 11, -7,-24,-17, -9; /I: I=-8; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17; /M: SY='D'; M= -7, 14,-26, 19, 10,-27, -9, -2,-24, -4,-29,-19, 8,-15, 3, -8, 4, -3,-21,-34,-19, 6; D=-8; /I: I=-8; DM=-17; /M: SY='L'; M= -4,-19, -8,-18,-14,-12,-21,-21, 3,-16, 5, 0,-20,-19,-11,-17, -8, -3, 2,-24,-14,-14; D=-8; /I: I=-8; DM=-17; /M: SY='S'; M= -1, -6,-16, -8, -6,-18, -6,-13,-14, -4,-17,-11, -2,-13, -4, -9, 9, 1,-12,-26,-17, -6; D=-8; /I: I=-8; DM=-17; /M: SY='R'; M= -6, -2,-30, -9, -3,-27, -3, 0,-29, 5,-28,-21, 7,-18, 1, 20, 2, -7,-26,-31,-20, -3; /M: M= -9,-11,-22,-11, -7,-16,-17,-11,-13, -8,-14,-12,-11, -9, -7,-10, -5, -2,-10,-25, -9, -7; /M: SY='Y'; M=-11,-19,-22,-21,-15, -6, -5, -5,-19,-17,-18,-15,-16,-19,-12,-17, -9,-11,-18, -2, 2,-15; /M: SY='T'; M= 3,-12,-11,-12,-10,-16,-16,-15, -5,-10,-11, -6, -4,-14, -9,-13, 12, 20, -2,-28,-17,-10; /M: SY='L'; M= -7,-30,-14,-30,-22,-12,-29,-26, 7,-22, 11, 6,-30, -2,-17,-21,-18, -9, 6,-26,-16,-22; /M: SY='F'; M=-18,-29,-18,-37,-28, 45,-30,-13, 3,-28, 3, 1,-28,-36,-27,-27,-18,-17, -6, 3, 21,-28; /M: SY='S'; M= 12, -3, -9, -3, -2,-19, -2,-12,-17, -2,-27,-18, 6,-11, -2,-11, 34, 10,-16,-30,-20, -2; /M: SY='Y'; M=-19,-31,-19,-31,-21, 26,-31, 14, -6,-21, -5, -7,-22,-30,-20,-20,-21,-18, -7, 15, 60,-21; /M: SY='A'; M= 16, -9,-12,-12, -9,-22, 5,-14,-16, -9,-25,-15, -3,-14, -9,-10, 12, -2,-11,-31,-21, -9; /M: SY='T'; M= -2,-10,-15, -9,-12,-20,-14,-20, -7,-13,-10, -7, -6,-15,-12,-15, 1, 24, 1,-31,-19,-12; /M: SY='K'; M= -2, -2,-26, -5, 9,-29,-15, -6,-25, 11,-26,-15, -2, 0, 11, 2, 1, -7,-19,-31,-21, 9; /M: SY='S'; M= -4, -1,-24, -4, -6,-23, -1,-12,-22, -2,-27,-18, 2,-17, -6, -6, 3, -4,-17,-29,-19, -6; /M: SY='N'; M=-10, -2,-24, -8, -3,-20,-13, -6,-18, 2,-20,-11, 5,-16, 4, -2, 0, -6,-15,-27,-16, -1; /M: SY='D'; M= -6, 4,-24, 11, 0,-25,-12,-15,-19,-10,-23,-19, -4, -7, -6,-16, 3, 0,-17,-35,-21, -3; /I: I=-12; MD=-25; /M: SY='N'; M=-17, 16,-26, 5, 0,-23,-13, 5,-24, -1,-29,-15, 34,-19, 3, -3, 5, -3,-23,-31,-13, 0; D=-12; /I: I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25; /M: SY='E'; M=-11, 3,-32, 9, 23,-20,-21, -7,-20, 2,-21,-14, -6,-16, 7, -6, -4, -9,-20,-28,-16, 17; /M: SY='L'; M=-16,-29,-13,-32,-25, -1,-36,-25, 18,-21, 21, 10,-28,-28,-20,-19,-22,-10, 11,-21, -9,-25; /M: SY='L'; M= -8,-22,-14,-22,-18,-12,-27,-22, 8,-17, 9, 5,-22,-22,-10,-16,-13, -2, 9,-27,-14,-15; /M: SY='L'; M=-13,-33, -2,-35,-28, 0,-35,-27, 15,-27, 23, 10,-32,-28,-22,-23,-21, -5, 9,-19, -9,-28; /M: SY='F'; M=-13,-20,-20,-23,-15, 11,-18, -2, -9,-19, -9, -8,-17,-27,-15,-19,-10,-13,-12, -7, 11,-16; /M: M=-10,-16,-22,-18, -8,-16,-18,-17,-10, -2, -8, -8,-16,-21, -7, -6, -9,-10,-10,-17,-14, -8; /M: SY='S'; M= -1, -4,-23, -4, 3,-21, -6, -8,-23, -4,-26,-19, -3,-16, -2, -4, 4, -4,-20,-21,-14, 0; /M: SY='K'; M= -8, 0,-30, -2, 0,-28, 4, -9,-31, 5,-33,-24, 2, -9, -3, -1, 2,-10,-25,-31,-20, -1; /I: I=-11; MD=-23; /M: SY='N'; M=-10, 1,-24, 0, -1,-21,-14, -6,-17, -3,-20,-10, 4,-16, 4, -6, 1, -5,-14,-29,-15, -1; D=-11; /I: I=-11; MD=-23; /M: SY='G'; M= -6, -6,-22, -9,-10,-20, 15, -6,-22,-11,-21,-16, -2,-14, -8, -9, -3,-11,-18,-24,-17,-10; D=-11; /I: I=-11; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23; /M: SY='S'; M= -3, -2,-26, 0, 3,-28, 3,-10,-27, -4,-29,-18, -1, -6, 4, -7, 7, -7,-22,-31,-23, 3; /M: SY='Y'; M=-13,-31,-13,-33,-25, 14,-32,-10, 9,-24, 5, 6,-27,-30,-21,-25,-20,-14, 5, 1, 21,-25; /M: M= -6,-11,-21,-11, 0,-11,-18, -4, -8,-10,-11, -5,-10,-19, -3,-13, -2, -6, -8,-24, -9, -2; /M: SY='L'; M=-19,-36,-13,-39,-30, 15,-37,-25, 17,-30, 27, 15,-36,-33,-23,-24,-26,-13, 7,-12, 0,-30; /M: SY='Y'; M=-11,-19,-17,-22,-18, 4,-21, 1, -5,-16, -9, -7,-11,-24,-15,-18, -9, -9, -4,-10, 19,-16; /M: SY='I'; M= -5,-27,-11,-27,-26, -7,-33,-27, 28,-22, 11, 8,-25,-24,-22,-25,-15, -1, 27,-25,-11,-23; /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='G'; M= -5, -5,-28, -9,-13,-24, 28, -7,-32,-12,-33,-24, 1,-20,-11, -9, 2,-14,-27,-29,-21,-13; /M: SY='G'; M= -6, 11,-30, 12, -1,-32, 13,-10,-31, -7,-36,-24, 8,-18, -4, -9, 2,-11,-26,-37,-26, -3; /M: SY='K'; M= -4, -3,-24, -4, 6,-28,-15,-10,-23, 8,-26,-18, -1, 4, 4, -3, 5, -2,-18,-32,-21, 5; /M: SY='E'; M= -2, -4,-24, -3, 6,-23,-13, -7,-19, 5,-23,-15, -5,-14, 3, -3, 2, -3,-13,-28,-15, 5; /M: SY='I'; M= -1,-23, -1,-28,-24, -1,-25,-21, 8,-21, 0, 3,-20,-25,-19,-24,-11, -6, 8,-21, -8,-22; /M: SY='T'; M= -7,-15,-19,-17, -8,-17,-23,-13, -9, -1, -8, -8, -9,-12, -3, 0, -3, 7, -6,-25,-13, -7; /M: SY='F'; M=-15,-26,-17,-30,-21, 12,-30,-18, 5,-22, 4, 2,-25,-29,-18,-23,-19,-12, 1, -5, 3,-20; /M: SY='K'; M=-10, -6,-21,-10, -1,-25,-21,-10,-19, 5,-18,-13, -4, -6, 2, 0, -4, -7,-16,-31,-19, -1; /M: SY='A'; M= 4,-16,-10,-20,-16,-18,-10,-14,-11,-13,-16,-12,-12, -6,-12,-15, -4, -6, -5,-28,-14,-14; /M: M= -4,-12,-19,-11, -8,-18,-17,-10,-12,-12,-13,-10,-11, -1, -7,-15, 0, -3,-10,-30,-16, -9; /M: M=-10,-14,-21,-15, -4,-10,-25,-14, -7, -9, -5, -4,-14,-15, -3,-11,-10, -4, -6,-23,-12, -4; /M: M= -7, -9,-21,-12, -5,-20,-20,-14,-11, -3,-15,-11, -4, -4, -6, -9, -1, -2, -8,-30,-18, -5; /M: M= -7,-15,-16,-13,-14,-15,-22,-20, -4,-16, -9,-10,-18, -2,-14,-21, -8, -6, -2,-29,-15,-14; /I: I=-9; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19; /M: SY='G'; M= -4,-11,-25,-11, -9,-19, 9,-12,-24,-13,-25,-19,-11, -8,-11,-14, -3,-12,-19,-27,-17,-10; /M: SY='Q'; M= -5, -6,-23, -8, 1,-20,-15, -3,-19, 3,-20,-13, -3,-14, 6, 2, 2, -4,-15,-24,-11, 2; /I: I=-11; MD=-23; /M: SY='W'; M=-23,-33,-22,-40,-24, 0,-27,-19,-20,-24,-19,-17,-32, -7,-17,-26,-23,-23,-24, 50, 6,-24; D=-11; /I: I=-11; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23; /M: SY='H'; M=-10, -7,-22,-11, -3,-16,-21, 20,-14, -5,-18,-11, 0,-16, 0, -6, -4, 2, -9,-26, -3, -2; /M: SY='H'; M=-17, -2,-29,-10, 0,-14,-20, 61,-29, -7,-28,-18, 7,-14, 11, 2, -8,-14,-27,-22, 11, 1; /M: SY='I'; M=-11,-32,-11,-32,-29, 0,-36,-29, 28,-27, 21, 11,-31,-27,-24,-26,-21, -5, 23,-21, -8,-27; /M: SY='C'; M= 0,-28, 73,-37,-36,-19,-29,-28, -8,-28, -7,-16,-27,-29,-27,-35,-10, -9, -8,-21,-19,-36; /M: SY='V'; M= -5,-26,-12,-27,-23, -4,-25,-19, 11,-21, 6, 4,-24,-23,-18,-21,-13, -1, 12,-23, -8,-21; /M: SY='T'; M= 1,-11,-10,-12,-12,-17,-18,-19, -3,-11,-10, -8, -3,-14,-11,-14, 10, 26, 2,-29,-18,-11; /M: SY='W'; M=-30,-40,-20,-50,-30, 10,-30,-20,-20,-30,-20,-20,-40,-40,-20,-30,-30,-30,-30,100, 20,-30; /M: SY='E'; M= -8, 9,-28, 12, 18,-28,-16, -8,-24, 4,-27,-19, 7,-12, 5, -5, 7, 9,-20,-34,-21, 13; /M: SY='S'; M= 5, 0,-14, -1, -1,-22, 0,-10,-22, 0,-29,-19, 10,-11, 0, -8, 30, 10,-19,-30,-21, -1; /M: SY='S'; M= 2,-11,-18,-13, -4,-20,-15,-14,-13, 2,-18,-13, -7,-14, -3, -1, 5, 3, -8,-23,-16, -3; /M: SY='S'; M= -5, 1,-24, 3, 9,-23,-10, -8,-23, 1,-25,-17, 1,-14, 6, -6, 10, 1,-21,-25,-18, 7; /M: SY='G'; M= 0,-10,-30,-10,-20,-30, 60,-20,-40,-20,-40,-30,-10,-20,-20,-20, 0,-20,-30,-30,-30,-20; /M: SY='I'; M= -9,-22,-18,-23,-15,-11,-29,-18, 8,-11, 6, 1,-19,-23,-11, -6,-12, -8, 4,-24,-13,-15; /I: I=-15; MD=-32; /M: SY='I'; M= -1,-26,-10,-28,-20, -2,-22,-18, 2,-19, -2, -1,-24,-22,-16,-19,-12, -7, 2, 2, 0,-19; D=-15; /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32; /M: SY='E'; M= -6, -3,-29, -1, 16,-24, -9, -9,-27, 4,-27,-19, -5,-14, 6, -3, 1, -6,-24,-18,-17, 12; /M: SY='L'; M= -9,-33,-11,-35,-28, 7,-32,-25, 17,-26, 19, 11,-33,-28,-22,-24,-21, -9, 14,-18, -4,-26; /M: SY='W'; M=-22,-27,-21,-34,-22, 15,-25, 2,-17,-23,-18,-15,-21,-33,-17,-22,-20,-22,-22, 42, 28,-22; /M: SY='V'; M= -5,-26,-14,-27,-22, -3,-29,-22, 16,-19, 7, 7,-25,-23,-13,-20,-15, -6, 17,-22, -8,-18; /M: SY='B'; M=-18, 31,-34, 30, 9,-34, -8, -2,-30, -2,-39,-25, 31,-19, 0, -8, 4, -6,-29,-43,-25, 4; /I: I=-13; MD=-27; /M: SY='G'; M= -1, -9,-29,-10,-15,-28, 42,-16,-36,-11,-34,-26, -7,-18,-14, -7, -1,-17,-28,-28,-26,-15; D=-13; /I: I=-13; MD=-27; /M: SY='E'; M= -7, 0,-17, -2, 5,-11,-11, 1,-14, 2,-13,-10, 3,-10, 2, 5, -1, 1,-13,-16, -7, 3; D=-13; /I: I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27; /M: SY='K'; M=-13,-18,-16,-23, -9,-13,-28,-13,-10, 7, -4, -6,-16,-20, -4, 1,-12,-10, -9,-20, -7, -9; /M: SY='P'; M= -6,-15,-24,-16, -5,-21,-19,-15,-13, -4,-14,-12,-15, 4, -5, -6, -6, -7,-10,-29,-18, -5; /M: SY='A'; M= 1,-15,-17,-15,-12,-17, -6,-16,-14,-10,-15,-11,-12,-18, -9, -8, -1, 0,-10,-21,-14,-12; /M: SY='T'; M= 0,-13,-15,-14,-16,-19, -7,-19, -5,-13,-14,-10, -7,-12,-13,-18, 3, 7, 1,-31,-19,-13; /M: SY='R'; M= -3, -9,-27,-11, -8,-27, 0,-15,-23, -2,-22,-18, -9,-12, -6, 4, -4, -7,-18,-31,-23, -8; /M: SY='K'; M= -3, -9,-12,-12, 0,-26,-19,-14,-20, 10,-22,-17, -7, -6, -1, 0, 1, -1,-14,-30,-20, -1; /M: SY='G'; M= -3, -1,-25, -2, -7,-25, 8,-13,-21, -8,-27,-19, 1,-18, -8, -9, 6, -7,-18,-32,-22, -7; /M: SY='L'; M=-10,-28,-13,-29,-23, -1,-22,-22, 6,-23, 12, 10,-25,-26,-17,-20,-14, -6, 3,-19, -8,-23; /M: SY='K'; M= 2, -5,-22, -8, 1,-25,-11, -7,-23, 10,-25,-17, -3,-14, 5, 7, 4, -3,-18,-26,-18, 1; /M: SY='K'; M= -3,-10,-23,-12, 2,-23,-21,-11,-13, 8,-16, -8, -9, -9, 8, 1, -3, -5, -7,-28,-18, 4; /M: SY='G'; M= -2,-12,-24,-13,-14,-23, 25,-16,-29,-14,-31,-24,-10,-13,-14,-16, 3,-13,-24,-20,-20,-15; /M: SY='Y'; M=-15,-15,-23,-20,-10, 2,-23, 27,-18, -9,-18,-14, -7,-19, -6, -7,-11,-15,-17, -7, 29,-10; /M: SY='T'; M= -1,-10,-18,-10, -5,-22,-18,-16,-12, -8,-17,-14, -7, 2, -7,-12, 4, 11, -7,-31,-19, -5; /M: SY='I'; M= -9,-32,-11,-32,-29, -1,-35,-26, 28,-25, 18, 10,-31,-26,-23,-27,-22, -7, 26,-20, -3,-25; /M: SY='P'; M= -4,-10,-28,-12, -8,-32, 10,-16,-32, -2,-32,-25, -9, 14, -6,-10, 1,-10,-23,-33,-27, -7; /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; /M: SY='P'; M= 0, -9,-23, -9, -2,-28, -3,-14,-26, -7,-28,-21, -8, 16, -2,-13, 5, -3,-19,-32,-23, -2; /M: SY='G'; M=-10, 4,-31, 3, 0,-28, 14, 2,-34, -8,-35,-23, 6,-14, 0,-10, 0,-14,-28,-31,-19, -1; /M: SY='G'; M= 6,-12,-23,-12,-16,-27, 30,-20,-27,-17,-31,-23,-13, -8,-16,-19, 0,-13,-18,-31,-26,-16; /M: SY='S'; M= -3,-11,-15,-14,-10,-16,-19,-16, -4, -4, -9, -5, -4,-17, -7, -9, 5, 3, -4,-28,-17,-10; /M: SY='L'; M=-15,-36,-10,-36,-30, -1,-39,-30, 27,-29, 31, 16,-36,-29,-23,-24,-26, -9, 19,-21,-10,-29; /M: SY='V'; M= -7,-28,-12,-28,-25, -6,-33,-25, 25,-21, 12, 10,-28,-24,-15,-25,-19, -6, 26,-23,-10,-19; /M: SY='L'; M=-18,-37,-10,-37,-29, -1,-40,-29, 23,-29, 35, 18,-37,-30,-20,-21,-27,-10, 13,-20,-10,-29; /I: I=-5; MD=-10; /M: SY='G'; M= 2,-10,-28,-10,-19,-29, 55,-19,-37,-19,-38,-28,-10,-19,-19,-19, 0,-18,-28,-29,-29,-19; D=-5; /I: I=-5; MD=-10; /M: SY='Q'; M= -7, 0,-27, -1, 14,-26,-13, 10,-28, 6,-22, -5, 1,-11, 44, 5, 4, -8,-20,-21,-17, 21; D=-5; /I: I=-5; MD=-10; /M: SY='E'; M=-12, 12,-37, 20, 35,-25,-18, -2,-27, 6,-29,-19, 2,-13, 12, -4, -1,-10,-27,-30,-18, 27; D=-5; /I: I=-5; MD=-10; /M: SY='Q'; M=-10, -3,-29, -4, 14,-28,-16, 5,-28, 9,-19, -4, -2, -8, 45, 9, -2,-10,-19,-21,-20, 21; D=-5; /I: I=-5; MD=-10; /M: SY='D'; M=-17, 33,-36, 47, 16,-36,-10, -8,-29, -6,-37,-27, 12,-19, 1,-14, 2, -8,-28,-45,-27, 8; D=-5; /I: I=-5; MD=-10; /M: SY='S'; M= 2, -1,-14, -3, -2,-21, -3, -9,-19, -1,-24,-15, 8,-12, 0, -7, 21, 9,-16,-28,-19, -2; D=-5; /I: I=-5; MI=0; MD=-10; IM=0; DM=-10; /M: SY='Y'; M=-10,-20,-17,-21,-12, 7,-25, -9, 2,-13, -2, -2,-19,-22,-13,-17,-14, -9, 2,-10, 11,-11; D=-5; /I: I=-5; DM=-10; /M: SY='G'; M= -1, -5,-26, -7,-15,-26, 44,-15,-34,-15,-35,-25, -2,-17,-15,-16, 2,-15,-26,-28,-25,-15; D=-5; /I: I=-5; DM=-10; /M: SY='G'; M= -1, -7,-28, -7,-10,-28, 41,-15,-35,-13,-35,-25, -7,-17,-11,-13, 1,-16,-27,-28,-26,-11; D=-5; /I: I=-5; DM=-10; /M: SY='G'; M= -1, -6,-24, -7, -8,-24, 14,-11,-23, -6,-27,-19, -5,-16, -8, -8, 0,-10,-17,-28,-20, -8; D=-5; /I: I=-5; DM=-10; /M: SY='F'; M=-17,-25,-19,-33,-24, 46,-26, -9, -3,-21, -3, -2,-24,-34,-24,-24,-15,-17,-10, 5, 24,-24; D=-5; /I: I=-5; DM=-10; /M: SY='D'; M=-15, 28,-33, 40, 14,-34,-11, -8,-25, -7,-34,-24, 11,-18, 1,-16, 4, -5,-24,-43,-26, 8; D=-5; /I: I=-5; DM=-10; /M: SY='A'; M= 6, -7,-18, -6, 3,-21,-12,-13,-13, 0,-19,-11, -8, -8, -1, -5, 3, -4, -9,-28,-18, 1; D=-5; /I: I=-5; DM=-10; /M: SY='T'; M= -3, -1,-17, -3, -3,-20,-13,-10,-13, -3,-18,-11, 5,-14, -4, -6, 8, 9, -9,-29,-17, -4; D=-5; /I: I=-5; DM=-10; /M: SY='Q'; M= -8, -4,-26, -3, 14,-24,-19, 4,-21, 4,-15, -4, -5, -8, 33, 4, -3, -9,-16,-21,-16, 19; D=-5; /I: I=-5; DM=-10; /M: SY='S'; M= 16, -6, -6, -7, -4,-19, -2,-11,-16, -3,-24,-15, 1,-10, -3, -7, 23, 5,-13,-28,-18, -4; D=-5; /I: I=-5; DM=-10; /M: SY='F'; M=-18,-30,-15,-37,-27, 38,-30,-15, 6,-27, 11, 6,-30,-34,-25,-25,-21,-15, -3, 1, 16,-27; D=-5; /I: I=-5; DM=-10; /M: SY='V'; M= -2,-17,-14,-16,-14,-15,-22,-21, 9,-10, -3, 0,-17,-13,-10,-17, -8, 0, 16,-28,-13,-10; D=-5; /I: I=-5; DM=-10; /M: SY='G'; M= 0, -9,-27, -9,-18,-27, 53,-18,-36,-18,-36,-27, -8,-18,-18,-18, 1,-17,-27,-27,-27,-18; D=-5; /I: I=-5; DM=-10; /M: SY='E'; M= -6, 8,-27, 13, 17,-22,-12, -5,-22, 1,-26,-18, 4,-13, 6, -4, 8, -4,-22,-29,-17, 13; D=-5; /I: I=-5; DM=-10; /M: SY='I'; M=-12,-30,-10,-30,-26, 1,-35,-26, 28,-26, 23, 17,-29,-28,-22,-24,-21, -9, 20,-18, -9,-26; D=-5; /I: I=-5; DM=-10; /M: SY='S'; M= 0,-13,-15,-14,-11, -9, 0, -8,-19,-10,-22,-17, -7,-17,-10,-14, 7, -2,-16, -8, -1,-11; D=-5; /I: I=-5; DM=-10; /M: SY='D'; M=-14, 16,-34, 22, 12,-29, -3, -1,-30, -6,-34,-22, 9,-18, 6,-10, 0,-11,-28,-34,-18, 8; /M: SY='F'; M=-15,-33,-15,-38,-30, 25,-33,-21, 13,-28, 15, 9,-33,-32,-25,-27,-23,-12, 8, -9, 8,-28; /M: SY='N'; M=-10, 4,-25, -7, -5,-17,-16, 5,-19, -3,-25,-14, 19,-20, 0, 1, 1, -6,-19,-27, -8, -4; /M: SY='L'; M=-14,-34,-12,-34,-28, 0,-37,-28, 24,-27, 28, 26,-32,-30,-18,-23,-24,-10, 17,-20,-10,-27; /M: SY='W'; M=-30,-40,-20,-50,-30, 10,-30,-20,-20,-30,-20,-20,-40,-40,-20,-30,-30,-30,-30,100, 20,-30; /M: SY='D'; M=-17, 33,-37, 45, 19,-37,-10, -6,-30, -6,-38,-27, 15,-19, 2,-15, 2, -8,-29,-45,-27, 11; /M: SY='H'; M=-12,-13,-27,-19, -8, -4,-19, 13,-21, -2,-19,-15, -4,-22, -3, 11, -6,-10,-21,-16, 7, -8; /M: SY='V'; M= 11,-25, -8,-25,-22,-14,-21,-26, 14,-15, -1, 2,-24,-17,-16,-21, -9, 2, 23,-29,-14,-16; /M: SY='L'; M=-18,-38,-11,-38,-29, 0,-39,-29, 20,-29, 36, 24,-37,-30,-18,-20,-28,-10, 11,-20,-10,-29; /M: SY='T'; M= -3, -5,-18, -6, -4,-23,-15,-13,-15, -6,-19,-15, 1, -2, -5,-10, 10, 11,-12,-32,-20, -4; /M: SY='P'; M= -9,-14,-26,-17, -9,-31,-19,-12,-23,-10,-23,-22,-10, 42, -8,-15, -6, -8,-18,-36,-23, -9; /M: SY='E'; M= -6, 7,-33, 11, 22,-30, -9, -5,-29, 8,-30,-20, 0,-13, 12, 1, 2, -9,-25,-32,-22, 18; /M: SY='E'; M= -9, 7,-34, 11, 32,-28,-19, 2,-27, 7,-27,-15, 3,-12, 23, 0, 1, -9,-24,-29,-19, 28; /M: SY='I'; M= -9,-32,-11,-32,-29, 1,-36,-28, 30,-27, 19, 13,-31,-28,-25,-28,-21, -8, 25,-21, -8,-27; /M: SY='K'; M= -1, -9,-14,-14, -5,-19,-16, -6,-16, 4,-17, -9, -3,-17, 0, 0, 2, -5,-13,-27,-14, -5; /I: I=-10; MD=-22; /M: SY='N'; M= -4, -2,-19, -6, -4,-15,-11, -5,-15, -6,-18, -6, 7,-17, -3, -6, 3, -1,-13,-25,-12, -5; D=-10; /I: I=-10; MD=-22; /M: SY='L'; M= -7,-28, -9,-28,-22, -1,-27,-19, 13,-20, 15, 8,-26,-22,-16,-19,-17, -6, 12,-16, -1,-20; D=-10; /I: I=-10; MD=-22; /M: SY='Y'; M= 3,-16,-10,-18,-13, 3, -8, -7,-10,-12,-12, -9,-13,-18,-12,-12, -1, -5, -8,-10, 6,-13; D=-10; /I: I=-10; MD=-22; /M: SY='T'; M= -1, -9, -7,-12, -9,-15,-11,-12,-10, -5,-13,-10, -4,-14, -5, -8, 2, 3, -7,-22,-14, -8; D=-10; /I: I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22; /M: SY='S'; M= 5, -4, -6, -4,-10,-26, 10,-17,-24,-11,-29,-22, -4,-17,-11,-17, 11, -3,-19,-31,-24,-11; /M: SY='C'; M= 2,-17, 11,-21,-17,-17,-15,-13,-14,-10,-16,-14,-13,-19,-12,-15, 1, -1,-10,-22,-13,-16; /M: M= -9,-12,-18,-12, -7,-18,-21,-10,-11,-12,-14,-12,-10, 0, -9,-16, -5, -3, -9,-28,-14, -8; /I: I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22; /M: SY='I'; M= -5,-16,-11,-16,-14, -8, -9,-14, 1,-13, -1, -1,-14, -7,-11,-14, -7, -6, 1,-16, -9,-13; D=-10; /I: I=-10; DM=-22; /M: SY='N'; M= -7, 2,-23, -1, 4,-21,-13, -3,-21, 4,-23,-15, 6, -8, 2, 1, 5, 0,-18,-27,-14, 2; D=-10; /I: I=-10; DM=-22; /M: SY='G'; M= -2,-11,-28,-11,-15,-30, 36,-14,-36,-16,-36,-27,-10, -3,-13,-17, -1,-15,-26,-31,-26,-15; /M: SY='N'; M=-10, 16,-23, 2, -4,-26, -9, 1,-23, -4,-31,-16, 38,-19, -3, -4, 9, 1,-22,-36,-20, -4; /M: SY='I'; M= -6,-30,-10,-30,-28, -4,-33,-28, 29,-24, 16, 10,-30,-25,-23,-27,-19, -5, 27,-24,-10,-24; /M: SY='L'; M=-14,-35,-11,-35,-30, 2,-37,-28, 25,-28, 26, 14,-35,-28,-23,-25,-25, -9, 19,-19, -6,-28; /M: SY='N'; M= -5, 9,-24, 9, 1,-28, -5, -8,-24, -5,-30,-20, 11,-10, 0, -9, 10, 0,-21,-36,-23, 0; /M: SY='W'; M=-24,-35,-19,-43,-26, 5,-27,-19,-17,-25,-16,-17,-33,-35,-17,-24,-22,-22,-25, 72, 12,-26; /M: SY='Q'; M= -5, -1,-28, 1, 6,-27,-12, -3,-24, -1,-24,-16, -3,-11, 8, 2, -1, -4,-19,-31,-19, 5; /M: SY='S'; M= 0, 1,-21, 1, 0,-26,-11, -9,-19, -5,-25,-17, 1, -6, -4,-10, 3, -1,-14,-35,-20, -2; /M: M= -9,-12,-18,-12,-12,-15,-18,-19, -8,-15, -5, -7,-13,-13,-12,-15, -6, -1, -8,-29,-17,-14; /M: M= -4, -7,-19,-12, -5,-14,-18, -7,-12, -5,-15, -8, 0,-18, -1, -8, 0, -1, -9,-25,-10, -4; /M: SY='Y'; M=-17,-31,-16,-34,-24, 16,-30, -7, 0,-24, -1, -3,-26,-30,-20,-23,-19,-15, -4, 16, 26,-24; /I: I=-13; MD=-27; /M: SY='E'; M= -5, 1,-26, 4, 15,-23,-12, -7,-22, 2,-22,-14, -1,-13, 9, -4, 4, -3,-19,-28,-19, 12; D=-13; /I: I=-13; MI=-27; MD=-27; IM=-27; DM=-27; /M: SY='V'; M= -1,-22,-13,-21,-20,-12,-20,-24, 12,-20, 2, 5,-22,-18,-17,-22,-12, -5, 13,-26,-15,-18; D=-13; /I: I=-13; DM=-27; /M: SY='H'; M=-11, -4,-24,-11, -8,-13,-11, 5,-20, -7,-23,-15, 5,-12, -4, -7, -1, -3,-18,-23, -6, -7; D=-13; /I: I=-13; DM=-27; /M: SY='G'; M= -5, -7,-29, -7,-14,-25, 30,-17,-33,-13,-35,-26, -7,-11,-15,-17, -1,-14,-26,-30,-25,-14; /M: M= -8,-13,-22,-12,-10,-11, -6, -9,-14,-11,-16,-12,-10,-20, -9,-15, -4, -7,-11,-19, -3,-10; /M: SY='V'; M= 12,-23, -8,-23,-18,-14,-18,-23, 10,-14, -3, 1,-22,-16,-11,-19, -5, -1, 17,-28,-15,-13; /I: I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25; /M: SY='T'; M= -5,-18,-13,-19,-15, -5,-24,-15, 3,-12, -3, -3,-15,-15,-13,-16, -7, 8, 7,-19, -3,-13; D=-12; /I: I=-12; DM=-25; /M: SY='V'; M= -5,-17,-15,-18,-14,-13,-26,-20, 9, -8, 1, 3,-18,-18, -8,-15,-11, -1, 12,-26,-13,-11; D=-12; /I: I=-12; DM=-25; /M: SY='K'; M= -3, -7,-23,-10, -2,-21,-11,-11,-22, 7,-24,-16, -6,-17, 0, 1, 2, -6,-18,-17,-15, -2; /M: SY='P'; M= -2,-12,-26,-13, -6,-33,-13,-16,-25, -6,-27,-23,-12, 35, -7,-10, -3, -6,-17,-36,-26, -6; /M: SY='N'; M= -8, -2,-24, -9, -1,-20,-17, -5,-21, 7,-21,-12, 8,-16, 7, 7, 4, 2,-17,-27,-16, 1; /M: SY='L'; M=-12,-15, -7,-16,-12,-13,-28,-19, 0,-17, 2, -1,-16,-24,-12,-18,-13, -6, -2,-27,-15,-13; /M: SY='W'; M= -8,-27,-15,-31,-20, -3,-25,-20, -4,-18, -5, -6,-24,-25,-14,-15,-13, -5, -6, 10, -4,-19; /M: SY='C'; M= 0,-21, 34,-25,-24,-19,-21,-20,-15,-20,-17,-20,-20,-10,-19,-28, -3, -7,-12,-23,-13,-24; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Post-processing [info]
| COMPETES_HIT_WITH | PS50025 |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 60 in 60 different sequences |
| Number of true positive hits | 60 in 60 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 4 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | CJA_Sigrist |
| Feature key [info] | DOMAIN |
| Feature description [info] | Pentraxin (PTX) |
| Version [info] | 3 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
60 sequences
AGRD1_BOVIN (A6QLU6), AGRD1_HUMAN (Q6QNK2), AGRD1_MOUSE (Q80T32), AGRD2_HUMAN (Q7Z7M1), AGRG4_HUMAN (Q8IZF6), AGRG4_MOUSE (B7ZCC9), AGRG6_DANRE (C6KFA3), AGRG6_HUMAN (Q86SQ4), AGRG6_MOUSE (Q6F3F9), CRP1_GADMO (P86688), CRP1_LIMPO (P06205), CRP2_GADMO (P86689), CRP3_LIMPO (P06207), CRP4_LIMPO (P06206), CRP_CAVPO (P49254), CRP_DANRE (Q0IIP8), CRP_HUMAN (P02741), CRP_MESAU (P49262), CRP_MOUSE (P14847), CRP_PIG (O19062), CRP_PLEPL (P12245), CRP_RABIT (P02742), CRP_RAT (P48199), CRP_XENLA (Q07203), FP_NOTMI(P15697), JELT_LEPLA (Q9PTT2), LIMU_LIMPO (P02744), MPTX_BOVIN (Q3T166), MPTX_HUMAN (A8MV57), MPTX_MOUSE (Q8R1M8), MPTX_RAT(Q6TA48), NPTX1_HUMAN (Q15818), NPTX1_MOUSE (Q62443), NPTX1_RAT (P47971), NPTX2_CAVPO (P47970), NPTX2_HUMAN (P47972), NPTX2_MOUSE (O70340), NPTX2_RAT (P97738), NPTXR_HUMAN (O95502), NPTXR_MOUSE (Q99J85), NPTXR_RAT (O35764), PTX3_BOVIN (Q0VCG9), PTX3_HUMAN (P26022), PTX3_MOUSE (P48759), PTX4_HUMAN (Q96A99), PTX4_MOUSE (Q6RUU0), PXN1_XENLA (P49263), SAMP_BOVIN (Q3T004), SAMP_CAVPO (P49255), SAMP_HIPHI (P86695), SAMP_HUMAN (P02743), SAMP_MESAU (P07629), SAMP_MOUSE (P12246), SAMP_PIG(O19063), SAMP_RAT(P23680), SAMP_SALSA (P86693), SVEP1_DANRE (A0A1D5NSM8), SVEP1_HUMAN (Q4LDE5), SVEP1_MOUSE (A2AVA0), SVEP1_RAT (P0C6B8)» more
|
| UniProtKB/Swiss-Prot 'Partial' sequences |
4 sequences
CRP_MUSCA (P19094), SAMP_ANALU (P86694), SAMP_MUSCA (P19095), SAMP_PLEPL (P20677)» more |
| PDB [Detailed view] |
32 PDB
1B09; 1GNH; 1GYK; 1LGN; 1LJ7; 1SAC; 2A3W; 2A3X; 2A3Y; 2W08; 3D5O; 3KQR; 3L2Y; 3PVN; 3PVO; 4AVS; 4AVT; 4AVV; 4AYU; 4PBO; 4PBP; 6YPE; 7PK9; 7PKB; 7PKD; 7PKE; 7PKF; 7PKG; 7PKH; 7TBA; 7ZL1; 8B55 » more |