PROSITE entry PS51837

View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission

General information about the entry

Entry name [info]	LITAF
Accession [info]	PS51837
Entry type [info]	MATRIX
Date [info]	30-AUG-2017 CREATED; 26-FEB-2020 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE.
PROSITE Doc. [info]	PDOC51837
Associated ProRule [info]	PRU01181

Name and characterization of the entry

Description [info]

LITAF domain profile.

Matrix / Profile [info]

/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=85;
/DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=80;
/NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.7422600; R2=0.0115005; TEXT='-LogE';
/NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3304.9433594; R2=17.4136906; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
/CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=501; H_SCORE=12029; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
/CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=327; H_SCORE=8999; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
/DEFAULT: M0=-10; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;

...

                A   B   C   D   E   F   G   H   I   K   L   M   N   P   Q   R   S   T   V   W   Y   Z
/I:         B1=0; BI=-105; BD=-105;
/M:         M= -4,-10,-22,-12, -7,-15,-15,-11, -6, -7,-10, -4, -7, -6, -4, -7, -2, -1, -4,-25,-11, -7;
/M: SY='Q';  M= -4, -5,-24, -7,  1,-21,-15, -8,-13, -2,-15, -7, -3,  1,  6, -4, -1, -2,-14,-26,-14,  3;
/M: SY='T';  M= -4, -9,-22,-11, -6,-13,-14,-10, -8, -7,-11, -5, -6, -6, -4, -7,  0,  2, -6,-24, -9, -6;
/M:         M= -3,-13,-22,-14,-10,-12,-16,-14, -2,-11, -7, -3,-10, -3, -9,-11, -5, -3,  0,-25,-12,-11;
/M: SY='T';  M= -4,-12,-21,-15,-12, -8,-18,-11,  0,-12, -5, -1, -9,-12, -9,-12, -4,  1,  1,-22, -4,-12;
/M: SY='V';  M= -1,-14,-20,-16,-11,-12,-18,-16,  0,-11, -5, -2,-12, -6,-10,-12, -4, -1,  3,-26,-12,-12;
/M: SY='T';  M= -5,-11,-21,-14, -8,-11,-18, -9, -2, -9, -5, -1, -8,-13, -3, -9, -3,  1, -3,-22, -5, -7;
/M: SY='P';  M= -5, -6,-26, -6,  0,-20,-14, -8,-14, -6,-17,-10, -4,  9,  0, -8,  0, -1,-15,-26,-14, -2;
/I:         I=-8; MD=-17;
/M:         M= -4, -8,-22, -9, -2,-15,-15, -9, -7, -6, -7, -4, -6, -4, -2, -7, -4, -3, -8,-24,-11, -3; D=-8;
/I:         I=-8; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
/M:         M= -3, -9,-19,-10, -6,-12,-15, -8, -6,-10, -5, -3, -8, -6, -6,-10, -4, -2, -5,-23, -9, -7; D=-8;
/I:         I=-8; DM=-17;
/M:         M= -5, -4,-22, -6, -2,-14,-15, -7,-11, -5,-12, -7, -2, -8, -3, -6, -1, -2, -9,-26,-10, -3;
/M: SY='F';  M=-12,-21,-23,-23,-18, 16,-22,-15,  2,-20, 12,  3,-18,-21,-19,-16,-18, -9, -1, -6,  8,-18;
/M: SY='G';  M= -3, -5,-23, -6, -8,-22, 18,-11,-27, -7,-22,-14,  1,-14, -7, -5,  2, -6,-20,-24,-18, -8;
/M: SY='P';  M= -9,  2,-28,  6,  5,-23,-13, -5,-22,  1,-22,-15,  1,  7,  0,  1, -1, -5,-21,-27,-15,  1;
/M: SY='H';  M= -6, -1,-23, -2,  1,-16,-12,  2,-18, -1,-16, -9,  0,-14,  1, -2, -1, -3,-15,-21, -4,  0;
/M: SY='P';  M= -4,-14,-32, -8,  0,-26,-14,-17,-20, -9,-28,-18,-12, 58, -7,-16,  1, -3,-24,-31,-26, -7;
/M: SY='V';  M=  1,-13,-16,-16,-10,-11,-17,-12, -1,-10, -5,  0,-11,-17, -5,-11, -2,  0,  4,-22, -6, -8;
/M: SY='Q';  M= -9, -6,-24, -7, -1,-15,-18, -4,-13, -1,-12, -6, -4, -9,  3,  1, -5, -4,-12,-21, -7,  0;
/M: SY='V';  M= -3,-21,-14,-26,-19, -1,-26,-20, 16,-18, 10, 12,-19,-21,-16,-18,-10,  0, 17,-23, -5,-19;
/M: SY='Y';  M=-10, -6,-21, -8, -7, -6,-22, -5, -7, -5, -8, -4, -6,-17, -4, -4, -5,  0, -6,-18,  2, -6;
/M: SY='C';  M=-10,-20,115,-30,-29,-20,-29,-30,-30,-29,-20,-20,-20,-39,-29,-29,-10,-10,-10,-49,-29,-29;
/M: SY='P';  M= -8,-15,-33, -9, -2,-25,-16,-14,-18, -9,-25,-16,-14, 55, -7,-15, -5, -6,-24,-27,-22, -8;
/M: SY='H';  M= -8, -2,-23, -7, -6, -6,-14, 13,-16, -4,-16, -8,  5,-17, -3, -1,  0, -3,-15,-19,  4, -6;
/M: SY='C';  M=-10,-20,116,-29,-29,-19,-30,-30,-29,-29,-19,-20,-20,-39,-30,-29,-10,-10,-10,-49,-29,-29;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='H';  M= -9,  2,-26, -1,  2,-24, -2, 11,-25,  3,-21, -9,  9,-17, 11,  7, -2,-10,-24,-25,-10,  5;
/M: SY='Q';  M= -4, -2,-19, -6,  2,-21,-15, -1,-18,  6,-17, -7,  0,-14, 10,  6,  0, -3,-15,-23, -9,  5;
/M: SY='Q';  M= -8, -3,-23, -4,  1,-16,-18,  0,-12, -2,-11, -5,  0,-14,  4,  1, -2, -2,-12,-22, -6,  1;
/M: SY='V';  M= -2,-20,-18,-23,-21, -8,-18,-23, 15,-18,  1,  5,-16,-21,-17,-18, -6, -1, 20,-26,-11,-20;
/M: SY='V';  M= -7,-12,-20,-15, -9, -8,-24,-12,  4, -9,  2,  4,-11,-18, -6, -7, -6,  2,  5,-24, -6, -8;
/M: SY='T';  M=  1, -1,-11, -9, -8,-12,-17,-18,-12,-10,-14,-12,  1, -7, -9,-10, 21, 42, -2,-31,-12, -9;
/M: SY='R';  M= -9, -5,-24, -6,  0,-17,-19, -4,-13,  7,-13, -6, -1,-16,  3, 14, -3, -2, -9,-25, -9,  0;
/M: SY='V';  M= -3,-21,-16,-26,-22, -3,-28,-24, 20,-19,  9,  9,-19,-20,-19,-18, -7,  8, 25,-27, -7,-22;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='E';  M= -8,  2,-24,  3, 14,-21,-17, -1,-21,  8,-18,-11,  2,-12,  7,  8,  1, -1,-16,-27,-11, 10;
/M: SY='Y';  M=-12,-11,-25,-13, -8,  0,-22,  9,-12, -1,-10, -4, -7,-17, -4,  3, -7, -3,-12, -9, 18, -8;
/M: SY='E';  M= -7, -2,-24, -1, 12,-22,-19, -4,-17, 10,-17, -9, -2,-12,  8,  8, -1, -2,-13,-26,-12,  9;
/M: SY='S';  M=  2, -6,-20, -9, -8,-16,-12,-13, -9,-10,-15,-10, -2,  2, -8,-13,  4,  2, -7,-28,-15,-10;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='G';  M=  1, -5,-24, -7,-13,-25, 40,-16,-31,-15,-27,-18,  4,-16,-13,-15,  8, -5,-23,-25,-25,-13;
/M: SY='T';  M= -1, -8,-13,-12,-10,-13,-11,-14,-11, -8, -9, -6, -5,-15, -9, -8,  0,  1, -6,-23,-12,-10;
/M: SY='L';  M= -4,-17,-10,-21,-16, -2,-13,-15, -5,-14,  3,  3,-14,-23,-14,-11,-11, -7, -3,-19, -6,-15;
/M: SY='T';  M=  9, -4,-11,-12, -9,-14,-13,-18,-11,-10,-12,-10, -3,-10, -8,-13, 14, 26, -3,-25,-13, -9;
/I:         I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
/M: SY='W';  M=-16,-22,-27,-24,-19,  8,-23,  7,-12,-16,-10, -6,-19,-26,-12,-13,-21,-16,-16, 40, 27,-16;
/M: SY='L';  M= -4,-24,-14,-28,-21,  1,-25,-22, 16,-23, 18, 10,-20,-24,-19,-20,-15, -4, 13,-21, -5,-21;
/M: SY='V';  M=  2,-20, -5,-25,-19, -5,-19,-20,  4,-19,  3,  3,-16,-21,-16,-19, -6, -2,  6,-16, -7,-18;
/M: SY='C';  M= 12,-14, 31,-22,-19,-14,-11,-22,-15,-19,-13,-11,-12,-23,-18,-22,  2, -2, -3,-32,-20,-18;
/M: SY='L';  M=  0,-21, -9,-25,-21,  1,-10,-21,  2,-22,  6,  1,-17,-24,-21,-21,-10, -6,  5,-20, -8,-21;
/M: SY='L';  M= -1,-22,-17,-27,-22,  1,-16,-22, 12,-23, 14,  7,-19,-24,-20,-20,-13, -6, 11,-21, -7,-21;
/M: SY='L';  M= -7,-25, -4,-29,-22,  5,-26,-21, 12,-26, 23, 11,-23,-27,-20,-21,-19, -7,  8,-22, -4,-21;
/M: SY='C';  M= -5,-21, 31,-28,-24,  5,-22,-23, -8,-25, -1, -6,-17,-29,-25,-23,-10, -6, -1,-26, -9,-24;
/M: SY='L';  M= -8,-27, -8,-31,-24, 13,-27,-22, 13,-26, 21, 11,-23,-27,-23,-21,-19, -8, 11,-18,  0,-23;
/M: SY='F';  M= -8,-24, -6,-30,-24, 17,-26,-22,  9,-25, 14,  6,-21,-26,-24,-20,-14, -3, 10,-18,  1,-23;
/M: SY='G';  M= -3,-15,-10,-19,-20, -8, 16,-21,-18,-21,-11,-10, -9,-21,-21,-20, -4, -7,-11,-21,-15,-20;
/I:         I=-3; MD=-6;
/M: SY='C';  M= -7,-18, 27,-23,-21, -2,-14,-20, -9,-22, -3, -6,-15,-24,-21,-20,-11, -9, -4,-21,-11,-21; D=-3;
/I:         I=-3; MD=-6;
/M: SY='W';  M= -9,-20,-15,-22,-18,  6,-15,-16, -3,-16, -4, -5,-18,-15,-16,-15,-16,-11, -5, 25,  5,-16; D=-3;
/I:         I=-3; MI=0; MD=-6; IM=0; DM=-6;
/M: SY='L';  M= -4,-17,  0,-20,-16,  6,-17,-15,  2,-17,  8,  1,-15,-16,-16,-15,-11, -5,  2, -9, -2,-15; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-6;
/M: SY='G';  M= -3,-15,-13,-15,-14,-14, 12,-18,-19,-17,-15,-12,-11,  3,-16,-18, -6,-11,-16,-19,-18,-16; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-6;
/M: SY='C';  M= -8,-21, 70,-29,-26, -8,-26,-26,-17,-27, -7,-11,-20,-32,-27,-26,-11, -8, -4,-38,-19,-26; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-6;
/M: SY='C';  M= -1,-17, 61,-25,-22, -9,-21,-23,-17,-22,-11,-12,-16,-28,-22,-23, -7, -7, -4,-31,-18,-22; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-6;
/M: SY='F';  M= -9,-24, -6,-27,-20, 14,-23,-19,  5,-22, 12,  3,-21,-21,-20,-18,-19,-10,  2,  2,  3,-19; D=-3;
/I:         I=-3; DM=-6;
/M: SY='I';  M= -8,-28,-21,-33,-25,  4,-33,-24, 31,-27, 24, 15,-24,-24,-21,-24,-20, -8, 22,-20, -1,-26;
/M: SY='P';  M=-10,-20,-34,-12, -3,-26,-21,-20,-17,-11,-26,-17,-20, 76,-11,-20,-10, -9,-25,-29,-27,-11;
/M: SY='F';  M=-16,-25,  0,-31,-25, 37,-30,-12, -1,-24,  8,  0,-21,-30,-27,-19,-19,-10, -2, -1, 25,-25;
/M: SY='C';  M= -9,-23, 46,-30,-26,  1,-28,-23, -9,-26, -1, -5,-21,-33,-25,-23,-14, -8,  0,-28, -9,-25;
/M: SY='I';  M= -7,-23, -5,-29,-23,  3,-26,-20, 12,-21, 10, 11,-20,-25,-18,-19,-14, -5, 12,-17, -4,-21;
/M: SY='D';  M=-12, 20,-27, 25,  9,-29, -9, -2,-28,  3,-26,-19, 13, -4,  1, -2,  1, -6,-24,-32,-18,  4;
/M: SY='S';  M= -3, -1,-13, -1, -4,-19, -4,-10,-21, -7,-20,-14,  1,-15, -5, -8,  5, -2,-15,-22,-14, -5;
/M: SY='C';  M= -9,-21, 38,-28,-24,  6,-26,-23,-12,-25, -2, -7,-19,-29,-25,-21,-12, -5, -4,-25, -8,-24;
/M: SY='K';  M= -9, -3,-28, -3,  7,-25,-19, -5,-23, 27,-21, -6, -2,-12, 14, 19, -7, -8,-19,-17, -7, 10;
/M: SY='D';  M=-15, 37,-27, 47, 14,-32,-10,  1,-32,  0,-27,-24, 20,-12,  0, -7,  2, -6,-25,-36,-17,  7;
/M: SY='V';  M=  3,-18,-14,-21,-17, -7,-22,-20,  8,-10, -1,  1,-16,-21,-16,-12, -3,  3, 18,-24, -7,-17;
/M:         M= -8, -4,-22, -6, -1,-13,-21, -2, -6, -4, -8, -4, -3,-17, -3, -3, -5, -3, -4,-25, -5, -3;
/M: SY='H';  M=-19, -2,-29, -2, -1,-18,-21, 90,-27,-10,-17,  1,  7,-20,  9, -1,-10,-18,-27,-28, 19, -1;
/M: SY='Y';  M=-11,-11,-23,-14,-10,  5,-22,  5, -8, -6, -8, -4, -7,-21, -6, -2, -5,  0, -8,-10, 18,-10;
/M: SY='C';  M=-10,-20,116,-30,-29,-20,-30,-30,-30,-29,-20,-20,-20,-39,-29,-29,-10,-10,-10,-49,-29,-29;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='P';  M= -4,-15,-31,-10, -3,-26,-12,-17,-19,-10,-26,-17,-13, 53, -8,-16, -2, -5,-23,-29,-26, -9;
/M: SY='N';  M= -6,  9,-19,  2,  0,-18,-11,  2,-17,  2,-20,-11, 18,-17,  3,  3,  5, -1,-18,-30,-12,  1;
/I:         I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
/M: SY='C';  M=-10,-20,113,-29,-29,-18,-29,-29,-29,-29,-19,-19,-20,-39,-29,-29,-10,-10,-10,-47,-28,-29;
/M: SY='N';  M= -7,  6,-25,  3,  0,-25,  6,  1,-27,  4,-25,-13, 13,-16,  3,  3,  1, -9,-24,-26,-15,  1;
/M: SY='N';  M=  0, -3,-17, -9, -4,-17,-12, -3,-15,  1,-15, -7,  2,-16,  1,  2,  1, -1,-12,-24, -9, -3;
/M: SY='Y';  M=-11,-14,-23,-16, -8, -1,-24, -4, -3, -6, -1,  1,-12,-17, -6, -5,-11, -5, -3,-14,  7, -8;
/M: SY='L';  M= -8,-27,-21,-30,-23,  4,-31,-23, 26,-25, 27, 16,-25,-25,-21,-21,-20, -7, 22,-22, -2,-23;
/M: SY='G';  M=  7, -9,-24,-12,-15,-24, 40,-14,-29,-16,-22,-15, -2,-18,-15,-17,  1,-13,-20,-20,-21,-15;
/M: SY='R';  M= -6,-10,-20,-13, -7,-11,-22, -9, -5, -1, -8, -3, -7,-17, -4,  4, -2,  4,  0,-23, -5, -7;
/M: SY='Y';  M=-14,-13,-24,-15,-11,  5,-23,  8,-12, -2, -9, -4, -9,-23, -7,  1,-12, -9,-12,  2, 23,-11;
/M: SY='K';  M=-10,  0,-27,  1,  6,-22,-16, -1,-22, 12,-20,-11,  1, -8,  7, 12, -3, -6,-18,-23, -9,  5;
/M: SY='R';  M=-11, -9,-24,-12, -6, -9,-16, -4,-18,  7,-15, -8, -3,-14, -1, 20, -8, -7,-15,-16, -1, -6;
/I:         E1=0; IE=-105; DE=-105;

» more

Numerical results [info]

Numerical results for UniProtKB/Swiss-Prot release 2024_02 which contains 571'282 sequence entries.

Total number of hits	16 in 16 different sequences
Number of true positive hits	16 in 16 different sequences
Number of 'unknown' hits	0
Number of false positive hits	0
Number of false negative sequences	0
Number of 'partial' sequences	0

Precision (true positives / (true positives + false positives))	100.00 %
Recall (true positives / (true positives + false negatives))	100.00 %

Comments [info]

Matrix type [info]	protein_domain
Scaling database [info]	reversed
Author [info]	CJA_Sigrist
Taxonomic range [info]	Eukaryotes, Eukaryotic viruses
Maximum number of repetitions [info]	1
Feature key [info]	DOMAIN
Feature description [info]	LITAF
Version [info]	3

Cross-references [info]

UniProtKB/Swiss-Prot
True positive sequences

16 sequences

075L_FRG3G  (Q6GZQ0), CDIP1_BOVIN (Q58D45), CDIP1_DICDI (Q54HX8),

CDIP1_HUMAN (Q9H305), CDIP1_MOUSE (Q9DB75), CDIP1_RAT   (Q5U2U6), 
CDIP1_XENLA (Q8AVW3), CDIP1_XENTR (Q5BJ83), GILP_ARATH  (Q94CD4), 
LITAD_HUMAN (A0A1B0GVX0), LITAF_CHICK (Q8QGW7), LITAF_DANRE (Q6GMG8), 
LITAF_HUMAN (Q99732), LITAF_MOUSE (Q9JLJ0), LITAF_RAT   (P0C0T0), 
LITAF_XENTR (Q6P828)

» more

Retrieve an alignment of UniProtKB/Swiss-Prot true positive hits:
[Clustal format, color, condensed view] [Clustal format, color]
[Clustal format, plain text] [Fasta format]
Retrieve the sequence logo from the alignment