PROSITE entry PS51867
View entry in original PROSITE format
View entry in raw text format (no links)
Direct ScanProsite submission
General information about the entry
| Entry name [info] | ZF_RING_GID |
| Accession [info] | PS51867 |
| Entry type [info] | MATRIX |
| Date [info] |
10-OCT-2018 CREATED;
26-FEB-2020 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE. |
| PROSITE Doc. [info] | PDOC51867 |
| Associated ProRule [info] | PRU01215 |
Name and characterization of the entry
| Description [info] | Gid-type RING finger profile. |
| Matrix / Profile [info] |
/GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=62; /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=57; /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1323950; R2=0.0181620; TEXT='-LogE'; /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2458.9399414; R2=3.3099999; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=379; H_SCORE=3713; N_SCORE=9.0; MODE=1; TEXT='!'; /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=241; H_SCORE=3257; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; /DEFAULT: M0=-10; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; ... A B C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y Z /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; /M: SY='C'; M= 0,-30, 90,-40,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-20,-30,-30,-30,-40,-10,-10,-10,-20,-20,-40; /I: I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25; /M: SY='P'; M=-10,-20,-30,-20,-10,-40,-20,-20,-30,-10,-30,-30,-20, 80,-10,-20,-10,-10,-20,-40,-30,-10; /M: SY='V'; M= -5,-31,-10,-31,-30, -6,-34,-30, 33,-24, 15, 11,-31,-24,-24,-29,-21, -4, 35,-26,-10,-24; /M: SY='C'; M= -1,-27, 58,-33,-32,-17,-27,-27, -7,-25, -6,-14,-25,-27,-24,-32, -5, -7, -9,-22,-18,-32; /M: SY='S'; M= 0, 1,-19, -1, 3,-24, -9, -8,-23, 10,-28,-19, 8,-12, 5, 3, 21, 5,-20,-31,-20, 3; /I: I=-5; MD=-10; /M: SY='P'; M= -4, -8,-17, -8, 0,-19,-15, -8,-13, -1,-14,-12, -6, 7, -2, -4, -2, 4, -8,-23,-14, -1; D=-5; /I: I=-5; MD=-10; /M: SY='E'; M= -5, 5,-15, 8, 18,-20,-13, -4,-18, 1,-20,-14, 3,-10, 5, -5, 4, 0,-17,-23,-15, 13; D=-5; /I: I=-5; MD=-10; /M: SY='L'; M=-14,-27, -9,-29,-22, 11,-28,-18, 12,-22, 21, 11,-27,-24,-17,-17,-20, -9, 4, -9, 0,-22; D=-5; /I: I=-5; MD=-10; /M: SY='N'; M= -8, 7,-19, -3, -3,-13,-10, 2,-18, 1,-22,-12, 21,-15, -3, 1, 2, -3,-17,-22, -8, -3; D=-5; /I: I=-5; MD=-10; /M: SY='E'; M= -4, 0,-22, 1, 11,-24,-12, -8,-21, 9,-22,-17, -3, 7, 4, -2, 1, -6,-16,-25,-17, 8; D=-5; /I: I=-5; MD=-10; /M: SY='L'; M=-13,-28, -7,-28,-22, 0,-30,-22, 17,-22, 27, 13,-28,-22,-16,-16,-21, -7, 10,-15, -7,-22; D=-5; /I: I=-5; MD=-10; /M: SY='A'; M= 22,-11, -4,-11, -7,-15, 3,-14,-10, -7,-17,-10,-10, -8, -7, -8, 10, 2, -4,-22,-15, -7; D=-5; /I: I=-5; MD=-10; /M: SY='Q'; M= -8, -3,-25, -4, 12,-20,-16, -1,-19, 12,-14, -9, -2,-11, 17, 15, -4, -7,-17,-20,-14, 12; D=-5; /I: I=-5; MI=0; MD=-10; IM=0; DM=-10; /M: SY='N'; M= -9, 0,-15, -7, -8,-14,-14, -4, -6, -6,-10, -5, 11,-15, -6, -6, -1, -2, -7,-23,-12, -7; D=-5; /I: I=-5; DM=-10; /M: SY='L'; M= -7,-24,-10,-25,-20, -5,-25,-20, 15,-16, 16, 12,-23,-18,-12,-14,-17, -4, 15,-18, -8,-17; D=-5; /I: I=-5; DM=-10; /M: SY='P'; M= -7,-13, -6,-13,-10,-23,-16,-13,-18,-11,-19,-20,-14, 32,-10,-17, -7, -8,-14,-24,-16,-11; D=-5; /I: I=-5; DM=-10; /M: SY='Y'; M= -9,-17,-14,-19,-12, 16,-18, 5, -8, -9, -9, -8,-13,-20,-12,-12, -8,-11, -8, 4, 29,-12; D=-5; /I: I=-5; DM=-10; /M: SY='A'; M= 16,-16, -4,-17,-11,-10, -9,-11, 0,-11, -6, -3,-16,-12,-10,-10, 0, -3, 3,-20,-11,-11; D=-5; /I: I=-5; DM=-10; /M: SY='H'; M= -8, 0,-16, -5, -1, -9,-10, 33,-17, -5,-19,-13, 7,-11, 4, -2, 2, -4,-17,-16, 5, -1; D=-5; /I: I=-5; DM=-10; /M: SY='H'; M= -9, -2,-22, -6, -1,-15, 1, 27,-24, -4,-23,-14, 2,-13, 7, -2, -4,-13,-20,-17, -2, 0; D=-5; /I: I=-5; DM=-10; /M: SY='E'; M= -6, -5,-23, -1, 10,-21,-22,-12,-10, -3,-13, -9, -8,-15, 4, -8, -1, 0, -9,-28,-18, 7; /M: SY='Q'; M= -8, -7,-26, -9, 5,-24,-17, -6,-18, 9,-16, -6, -7,-14, 20, 3, -3, -9,-12,-25,-19, 9; /M: SY='S'; M= 3,-10,-12,-11, -7,-17,-12,-15,-11, -6,-13, -4, -1,-14, -3, -8, 17, 14, -9,-28,-18, -7; /M: SY='S'; M= -8, 0,-21, 0, -1,-19,-15, 3,-18, -6,-21,-14, 5,-16, 2, -6, 8, 3,-17,-27,-10, -1; /M: SY='I'; M=-10,-13,-18, -9, -8,-15,-26,-21, 3,-16, 2, -1,-17,-21,-10,-18,-10, 0, 2,-29,-16, -9; /M: SY='E'; M=-15, 9,-32, 11, 15,-10,-18, -4,-22, -4,-26,-17, 3,-21, 0,-11, -2,-10,-24,-26,-10, 9; /M: SY='N'; M=-14, 22,-30, 10, 8,-29,-11, 9,-29, 0,-36,-19, 40,-17, 6, -1, 8, -3,-28,-37,-19, 7; /M: SY='P'; M=-15, 10,-26, 12, 0,-37,-15,-11,-29, -9,-34,-27, 5, 19, -6,-17, -3, -8,-25,-42,-27, -3; /M: SY='P'; M=-11,-22,-28,-22,-12,-35,-22,-21,-24,-12,-21,-24,-22, 67,-11,-20,-12,-10,-16,-38,-28,-12; /M: SY='M'; M= -8,-29,-15,-29,-24, 1,-32,-21, 19,-21, 12, 20,-26,-26,-13,-24,-19, -8, 20,-19, -3,-20; /M: SY='M'; M= -5,-24,-16,-26,-17,-10,-27,-22, 7, -8, 7, 19,-21,-22, -7,-14,-13, -6, 9,-25,-13,-15; /M: SY='L'; M=-19,-38,-12,-39,-29, 4,-38,-28, 18,-29, 35, 23,-37,-31,-18,-21,-28,-11, 9,-18, -7,-29; /M: SY='P'; M= -4,-19,-24,-19,-11,-33,-18,-20,-22,-10,-25,-24,-18, 55,-10,-19, -4, -7,-13,-37,-26,-10; /M: SY='N'; M=-14, 13, 2, -3,-10,-27,-15, -1,-24, -8,-32,-20, 34,-22, -8,-11, 6, -2,-24,-34,-20,-10; /M: SY='G'; M= -2, -7,-30, -7,-16,-29, 48,-13,-38,-17,-39,-29, -7,-20,-16,-17, 1,-18,-30,-30,-27,-16; /M: SY='H'; M=-16, 0,-32,-11, -3,-17,-19, 26,-27, 2,-26,-19, 15,-21, 4, 19, -6,-12,-27,-23, 2, -3; /M: SY='V'; M= -4,-30,-10,-30,-30, -6,-34,-30, 34,-24, 14, 10,-30,-24,-24,-30,-20, -4, 36,-26,-10,-24; /M: SY='Y'; M=-18,-31,-17,-31,-23, 24,-33, 5, 2,-23, 0, -4,-24,-30,-22,-22,-21,-17, -1, 9, 47,-23; /M: SY='G'; M= -2, -4,-19, -1, -9,-28, 20,-17,-28,-13,-33,-25, -6,-11,-11,-19, 6,-10,-23,-33,-26,-10; /M: SY='K'; M= -5,-12,-23,-17, -4,-14,-20, -8,-16, 9,-16,-10, -8,-18, 2, 8, -2, -5,-13,-21, -9, -3; /M: SY='E'; M= -5, 9,-28, 11, 15,-30,-14, -3,-27, 9,-29,-17, 3,-13, 14, 0, 2, -8,-21,-33,-21, 13; /M: SY='K'; M= 5, -7,-21,-12, 1,-25,-12,-10,-23, 16,-24,-17, -2,-12, 4, 15, 8, 0,-17,-30,-20, 1; /M: SY='L'; M=-19,-39,-10,-39,-30, 0,-40,-30, 21,-30, 39, 19,-39,-30,-21,-21,-29,-10, 11,-20,-10,-30; /M: M=-15, -4,-24, -6, -5,-20,-24,-13, -9, -2, -8, -5, -2,-21, -5, -6, -8, -6,-10,-31,-18, -6; /M: SY='E'; M= -3, 4,-28, 4, 16,-28,-13, -6,-26, 14,-29,-19, 3,-12, 10, 6, 8, -5,-23,-32,-21, 13; /M: SY='M'; M=-16,-33,-17,-34,-24, 5,-33,-17, 7,-24, 14, 18,-29,-23,-15,-22,-23,-13, 3, -6, 5,-24; /M: SY='S'; M= 12, -7,-12,-11, -6,-16, -6,-12,-15, -5,-23,-14, 1,-14, -6, -6, 17, 3,-12,-28,-17, -6; /M: SY='K'; M= -8, 3,-31, -2, 14,-28,-17, 1,-28, 21,-28,-17, 5,-13, 15, 14, 0, -9,-23,-30,-18, 13; /M: SY='K'; M= -8, 3,-27, -3, 2,-27, -9, -8,-27, 18,-30,-20, 7,-14, 0, 3, 2, -4,-20,-31,-18, 1; /M: M= -7,-10,-19,-11,-14,-15, -4,-14,-12,-15,-12, -7, -6,-21,-12,-16, -2, -7,-10,-27,-13,-14; /I: I=-8; MD=-16; /M: SY='G'; M= -4, -8,-22,-12, -9,-22, 5,-15,-21, 1,-21,-13, -4,-16, -6, -5, 2, -6,-15,-27,-20, -8; D=-8; /I: I=-8; MD=-16; /M: SY='K'; M= -6, -8, -9,-10, -5,-15,-17,-13, -8, 4, -8, -7, -7,-13, -2, -5, -1, 0, -6,-21,-14, -5; D=-8; /I: I=-8; MD=-16; /M: M= -1,-10,-16,-10, -1,-17,-14,-10, -9, -3,-10, -6, -8, -1, 0, -2, -2, -1, -6,-21,-14, -1; D=-8; /I: I=-8; MD=-16; /M: SY='E'; M= 0, 1,-17, 0, 10,-17, -6, -2,-18, 8,-20,-13, 2, -8, 4, 0, 5, -4,-15,-20,-12, 8; D=-8; /I: I=-8; MD=-16; /M: SY='G'; M= -2, -7,-13, -9, -9,-12, 4, -8,-12, -9,-12, -9, -2, -7, -8, -9, -2, -4, -9,-17,-10, -9; D=-8; /I: I=-8; MI=0; MD=-16; IM=0; DM=-16; /M: SY='Q'; M= -7, -4,-14, -7, 4,-12,-14, -3,-16, 7,-13, -8, -4,-11, 10, 3, -3, -5,-13,-11, -9, 5; D=-8; /I: I=-8; DM=-16; /M: SY='I'; M= -9,-32,-12,-33,-30, 5,-34,-27, 25,-25, 15, 10,-32,-27,-24,-28,-22, -7, 25,-20, -3,-25; /M: SY='K'; M= -9,-11,-25,-17, -3,-22,-24,-14,-13, 21,-13, -6, -8,-16, 1, 10, -7, -6, -7,-28,-17, -2; /M: SY='D'; M=-12, 12, 11, 21, -4,-32,-18,-18,-22,-18,-28,-26, -6,-24,-12,-28, -4,-10,-22,-38,-26,-10; /M: SY='P'; M=-11,-22,-28,-22,-12,-35,-22,-21,-24,-12,-21,-24,-22, 67,-11,-20,-12,-10,-16,-38,-28,-12; /M: SY='Y'; M=-11,-25,-18,-26,-19, 1,-29, -7, 2,-14, -1, -4,-18,-24,-15, -8,-15, -4, 3,-11, 13,-17; /M: SY='T'; M= 0, -7, 12, -6,-12,-23,-18,-20,-14,-14,-17,-17, -6,-17,-12,-19, 7, 18,-10,-31,-22,-14; /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;» more |
Post-processing [info]
| COMPETES_HIT_WITH | PS50089 |
Numerical results [info]
| Total number of hits | 39 in 39 different sequences |
| Number of true positive hits | 39 in 39 different sequences |
| Number of 'unknown' hits | 0 |
| Number of false positive hits | 0 |
| Number of false negative sequences | 0 |
| Number of 'partial' sequences | 0 |
| Precision (true positives / (true positives + false positives)) | 100.00 % |
| Recall (true positives / (true positives + false negatives)) | 100.00 % |
Comments [info]
| Matrix type [info] | protein_domain |
| Scaling database [info] | reversed |
| Author [info] | CJA_Sigrist |
| Taxonomic range [info] | Eukaryotes |
| Maximum number of repetitions [info] | 1 |
| Feature key [info] | ZN_FING |
| Feature description [info] | RING-Gid-type |
| Version [info] | 3 |
Cross-references [info]
| UniProtKB/Swiss-Prot True positive sequences |
39 sequences
FYV10_ASPCL (A1C9R2), FYV10_ASPFU (Q4WTQ4), FYV10_ASPNC (A2R9P6), FYV10_ASPTN (Q0CA25), FYV10_CANAL (Q5A4G9), FYV10_CANGA (Q6FTG6), FYV10_CHAGB (Q2H991), FYV10_COCIM (Q1DTI6), FYV10_DEBHA (Q6BYF0), FYV10_EMENI (Q5AS80), FYV10_EREGS (Q75AZ2), FYV10_KLULA (Q6CP05), FYV10_NEOFI (A1CZJ5), FYV10_NEUCR (Q7S2X0), FYV10_PHANO (Q0TYW1), FYV10_PICST (A3LPW2), FYV10_PYRO7 (A4RK04), FYV10_SCHPO (Q9URU9), FYV10_YARLI (Q6C435), FYV10_YEAST (P40492), MAEA_ARATH (Q9M2V9), MAEA_BOVIN (Q3MHJ2), MAEA_CHICK (Q5F398), MAEA_DANRE (Q7SXR3), MAEA_HUMAN (Q7L5Y9), MAEA_MACFA (Q4R9A8), MAEA_MOUSE (Q4VC33), MAEA_PONAB (Q5R532), MAEA_RAT(Q5RKJ1), MAEA_XENLA (Q6GR10), RMD5A_HUMAN (Q9H871), RMD5A_MOUSE (Q80YQ8), RMD5A_XENLA (Q6GLP4), RMD5A_XENTR (Q640V2), RMD5B_HUMAN (Q96G75), RMD5B_MOUSE (Q91YQ7), RMD5_ARATH (Q9T075), RMD5_YEAST (Q12508), YB83_SCHPO (O59668)» more
|
| PDB [Detailed view] |
1 PDB
7NS4 |