ID HTH_ARAC_FAMILY_2; MATRIX. AC PS01124; DT 01-NOV-1995 CREATED; 01-OCT-2013 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. DE Bacterial regulatory proteins, araC family DNA-binding domain profile. MA /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=99; MA /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=94; MA /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.5162; R2=0.0218; TEXT='NScore'; MA /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=321; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; MA /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=229; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; MA /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-70; E1=-70; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; MA /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; MA /M: SY='D'; M=-10,11,-25,14,13,-25,-12,2,-25,4,-22,-15,7,-13,8,4,0,-7,-23,-25,-10,10; MA /M: SY='R'; M=-7,-1,-26,-1,5,-24,-15,-3,-24,15,-19,-11,0,-11,8,20,-3,-6,-18,-22,-11,5; MA /M: SY='V'; M=8,-24,-17,-29,-22,-2,-24,-25,21,-21,15,9,-22,-22,-20,-22,-11,-3,22,-23,-8,-22; MA /M: SY='V'; M=-7,-18,-10,-21,-13,-7,-25,-14,4,-11,5,4,-15,-23,-10,-5,-11,-2,6,-23,-5,-13; MA /M: SY='Q'; M=-2,-1,-20,-3,2,-23,-10,1,-19,0,-14,-7,0,-15,7,1,-1,-4,-16,-26,-12,3; MA /M: SY='Y'; M=-12,-25,-25,-28,-22,20,-27,-9,3,-16,5,1,-22,-27,-18,-13,-20,-10,-2,19,30,-21; MA /M: SY='I'; M=-8,-28,-20,-35,-26,2,-34,-24,34,-27,24,21,-23,-23,-19,-25,-20,-9,22,-21,-2,-25; MA /M: SY='E'; M=-8,3,-25,6,20,-21,-19,2,-19,1,-13,-11,0,-11,7,2,-1,-5,-17,-28,-12,13; MA /M: SY='E'; M=-3,6,-24,8,12,-22,-10,-4,-23,3,-18,-14,4,-12,4,1,2,-3,-18,-28,-15,7; MA /M: SY='N'; M=-12,21,-22,17,3,-23,-10,20,-24,-1,-23,-14,26,-17,3,0,2,-4,-24,-34,-10,2; MA /M: SY='L'; M=-8,-25,-24,-26,-17,7,-28,-16,14,-22,20,10,-23,-14,-17,-19,-20,-9,5,-14,6,-18; MA /M: SY='E'; M=3,0,-20,0,9,-24,-12,-1,-21,1,-18,-11,0,-10,9,-3,5,-1,-17,-27,-13,9; MA /M: SY='R'; M=-9,4,-24,5,13,-26,-15,4,-26,12,-22,-12,5,-12,14,16,1,-5,-22,-27,-12,12; MA /I: MD=-25; MA /M: SY='P'; M=-4,-1,-25,1,5,-23,-6,-7,-22,4,-23,-15,1,7,0,1,3,-3,-20,-26,-17,1; D=-5; MA /I: I=-7; MI=0; IM=0; DM=-25; MA /M: SY='W'; M=-13,-31,-27,-34,-26,10,-27,-25,8,-24,10,2,-28,-26,-22,-20,-26,-14,2,33,9,-23; MA /M: SY='T'; M=-3,3,-17,-1,-1,-18,-12,-5,-20,1,-20,-13,7,-13,-2,3,12,15,-13,-30,-12,-2; MA /M: SY='L'; M=-8,-29,-22,-32,-23,4,-31,-24,25,-26,30,16,-27,-24,-20,-21,-23,-8,17,-16,-2,-23; MA /M: SY='E'; M=0,12,-24,15,17,-27,-9,-5,-26,3,-21,-17,6,-8,3,-2,4,-4,-20,-30,-18,10; MA /M: SY='D'; M=-6,11,-22,14,8,-24,-14,-6,-20,1,-18,-13,5,-12,4,0,3,-3,-16,-30,-15,5; MA /M: SY='I'; M=-7,-29,-18,-32,-26,9,-32,-24,27,-26,26,16,-27,-28,-24,-21,-20,-6,27,-21,-1,-26; MA /M: SY='A'; M=38,-11,-1,-19,-12,-19,-3,-20,-11,-12,-11,-10,-10,-13,-12,-20,10,2,0,-24,-20,-12; MA /M: SY='E'; M=-5,9,-25,13,16,-27,-10,-1,-26,6,-21,-15,6,-11,9,5,2,-6,-22,-28,-16,12; MA /M: SY='H'; M=-4,-4,-20,-5,5,-17,-17,9,-16,-2,-11,-6,-3,-15,5,-2,-3,-6,-15,-24,-4,4; MA /M: SY='V'; M=5,-21,-11,-26,-19,6,-21,-19,8,-20,9,4,-19,-23,-19,-19,-8,-3,11,-19,-2,-19; MA /M: SY='G'; M=-4,-5,-15,-9,-13,-15,14,-3,-23,-13,-18,-11,2,-20,-10,-12,-3,-11,-20,-21,-9,-13; MA /M: SY='M'; M=-7,-23,-14,-28,-22,3,-26,-15,17,-18,16,18,-22,-25,-17,-17,-15,-3,17,-18,4,-20; MA /M: SY='S'; M=7,1,-12,-1,-2,-19,0,-8,-20,-10,-27,-18,10,-11,-2,-10,33,20,-11,-37,-18,-2; MA /M: SY='P'; M=-7,-9,-29,-5,9,-23,-18,-11,-18,5,-17,-12,-10,15,1,3,-7,-8,-17,-25,-17,3; MA /M: SY='R'; M=-5,-9,-23,-12,-6,-11,-15,-10,-16,1,-17,-11,-2,-17,-2,13,4,1,-11,-11,-6,-6; MA /M: SY='Y'; M=-6,-9,-18,-12,-10,-5,-20,10,-10,-9,-7,-4,-5,-20,-5,-5,-1,5,-8,-16,11,-10; MA /M: SY='L'; M=-11,-30,-20,-32,-23,21,-30,-20,18,-29,38,16,-27,-29,-23,-20,-26,-10,11,-14,6,-23; MA /M: SY='R'; M=-8,-5,-22,-7,2,-19,-18,8,-20,9,-18,-7,-1,-16,12,15,-1,-5,-17,-20,-1,5; MA /I: I=-10; MI=-35; MD=-35; IM=-35; MA /M: SY='R'; M=-9,-4,-26,-5,3,-22,-16,0,-22,17,-19,-9,1,-14,5,24,-4,-5,-16,-24,-10,2; D=-6; MA /I: DM=-35; MA /M: SY='L'; M=-8,-15,-22,-18,-9,-10,-21,-8,-2,-5,8,6,-12,-21,-3,4,-13,-7,-3,-22,-6,-7; MA /M: SY='F'; M=-15,-28,-12,-35,-26,51,-29,-20,3,-29,17,5,-22,-30,-32,-20,-20,-9,2,-3,17,-26; MA /M: SY='R'; M=-10,-2,-28,-1,12,-25,-16,-4,-26,23,-21,-10,0,-13,12,25,-5,-8,-21,-23,-12,11; MA /M: SY='K'; M=-2,2,-24,2,11,-26,-14,-5,-24,16,-22,-12,2,-11,13,13,3,-2,-18,-25,-14,11; D=-6; MA /M: SY='E'; M=-2,-6,-22,-6,7,-13,-19,1,-10,-7,-10,-7,-6,-14,2,-9,-1,-3,-8,-21,-3,3; MA /M: SY='T'; M=-3,-8,-17,-13,-11,-7,-14,-13,-5,-10,-2,-2,-6,-19,-10,-9,-2,7,-2,-23,-5,-11; MA /M: SY='G'; M=-1,-7,-25,-10,-17,-23,40,-16,-28,-16,-21,-15,1,-19,-16,-15,1,-8,-20,-23,-23,-16; MA /I: I=-7; MI=-30; MD=-30; IM=-30; MA /M: SY='M'; M=-4,-12,-14,-16,-9,-8,-18,-8,3,-7,2,7,-10,-15,-3,-6,-6,0,3,-18,-4,-7; D=-6; MA /I: DM=-29; MA /M: SY='T'; M=2,0,-14,-4,-5,-18,-4,-14,-18,-7,-22,-15,6,-6,-6,-9,19,22,-11,-32,-17,-6; D=-6; MA /M: SY='P'; M=-10,-25,-26,-25,-16,8,-26,-20,1,-19,-2,-3,-22,18,-20,-19,-15,-9,-3,-16,-3,-20; MA /M: SY='N'; M=-5,-3,-19,-8,-5,-17,-8,-6,-15,2,-13,-4,3,-17,-1,2,-1,-3,-13,-26,-12,-4; MA /M: SY='Q'; M=-3,4,-25,4,16,-29,-11,0,-24,7,-21,-12,5,-10,21,7,3,-5,-23,-26,-15,18; MA /M: SY='Y'; M=-16,-25,-31,-27,-21,15,-29,-4,7,-17,5,3,-23,-27,-12,-15,-23,-13,-3,28,37,-18; MA /M: SY='L'; M=-9,-27,-23,-31,-22,4,-32,-21,26,-24,27,16,-23,-25,-17,-17,-21,-8,17,-19,1,-22; MA /M: SY='R'; M=-10,-5,-23,-9,-2,-13,-18,-3,-12,3,-6,-1,1,-18,2,15,-5,-1,-11,-25,-9,-1; MA /M: SY='D'; M=-7,9,-25,10,10,-25,-14,-1,-22,5,-19,-13,7,-13,9,8,1,-4,-19,-28,-13,8; MA /M: SY='R'; M=-8,-18,-17,-20,-12,-8,-22,-12,-6,-5,-5,-2,-14,-22,-6,5,-11,-6,-3,-6,-1,-10; D=-6; MA /M: SY='R'; M=-18,-9,-30,-9,2,-22,-20,-1,-29,32,-21,-9,0,-18,11,62,-10,-10,-20,-20,-10,2; MA /M: SY='M'; M=-8,-26,-21,-32,-22,3,-28,-16,25,-22,29,31,-24,-24,-14,-18,-22,-9,16,-20,-1,-19; MA /M: SY='E'; M=-5,-2,-17,-2,6,-20,-14,-5,-16,-3,-13,-9,-1,-13,3,-2,2,-1,-13,-29,-14,3; MA /M: SY='R'; M=-10,-5,-21,-6,2,-16,-18,4,-18,7,-13,-5,-3,-17,6,8,-7,-8,-16,-20,-1,2; MA /M: SY='A'; M=36,-13,-13,-21,-13,-17,-4,-21,-3,-13,-6,-6,-11,-13,-12,-20,6,0,4,-22,-17,-13; MA /M: SY='R'; M=0,-10,-22,-13,-3,-18,-17,-4,-16,10,-10,-5,-6,-17,2,18,-7,-7,-10,-22,-10,-3; MA /M: SY='R'; M=-3,-5,-23,-7,1,-17,-17,-4,-13,4,-8,-4,-3,-16,5,7,-5,-6,-11,-22,-8,2; MA /M: SY='L'; M=-8,-13,-18,-13,-7,-3,-23,-12,0,-15,15,5,-16,-22,-9,-12,-16,-9,-3,-19,-2,-8; MA /M: SY='L'; M=-8,-29,-20,-30,-20,8,-29,-20,21,-28,43,19,-28,-28,-19,-20,-26,-9,12,-21,-1,-20; MA /M: SY='R'; M=-5,-12,-18,-14,-5,-10,-21,-12,-5,-5,-1,-1,-8,-19,-3,3,-5,-2,-4,-24,-9,-5; MA /M: SY='B'; M=-9,4,-23,3,3,-14,-16,0,-16,-3,-11,-7,3,-15,0,-2,-1,-1,-14,-26,-7,1; MA /M: SY='S'; M=-1,1,-20,-1,-2,-21,-3,-7,-21,-6,-22,-15,5,-3,-3,-8,13,12,-16,-30,-16,-3; MA /I: MD=-23; MA /M: SY='N'; M=-7,15,-24,15,9,-26,-2,-2,-27,2,-25,-18,16,-12,3,1,5,-4,-23,-29,-18,5; D=-4; MA /I: MD=-23; MA /M: SY='M'; M=-5,-10,-21,-12,-5,-8,-14,-3,-8,-3,-3,2,-8,-15,-1,-2,-9,-8,-10,-13,1,-4; D=-4; MA /I: I=-7; MI=0; IM=0; DM=-23; MA /M: SY='S'; M=1,-1,-20,-3,0,-21,-9,-8,-18,-3,-24,-14,5,3,2,-6,15,9,-16,-31,-16,0; MA /M: SY='I'; M=-5,-29,-21,-35,-29,1,-34,-28,38,-25,17,16,-24,-24,-23,-25,-16,-6,35,-24,-4,-28; MA /M: SY='T'; M=4,-6,-17,-11,-8,-9,-12,-14,-8,-9,-8,-7,-2,-16,-9,-10,6,10,-3,-25,-10,-8; MA /M: SY='E'; M=-7,12,-25,17,21,-29,-14,-2,-25,4,-21,-15,5,-9,15,0,4,-2,-22,-29,-15,17; MA /M: SY='I'; M=-2,-27,-23,-34,-27,-2,-32,-27,36,-25,15,15,-20,-21,-20,-25,-13,-5,28,-23,-4,-26; MA /M: SY='A'; M=38,-9,-10,-16,-9,-20,3,-18,-12,-11,-14,-12,-6,-11,-9,-18,14,2,-3,-24,-20,-9; MA /M: SY='H'; M=-9,-8,-22,-11,-5,-8,-19,5,-7,-6,-2,5,-5,-20,0,-2,-9,-7,-9,-18,2,-4; MA /M: SY='R'; M=-8,3,-22,2,6,-21,-15,-3,-18,7,-14,-6,4,-15,7,11,-1,-4,-16,-27,-13,5; MA /M: SY='C'; M=-4,-22,10,-26,-23,-1,-26,-17,2,-20,1,-2,-20,-29,-21,-20,-13,-7,8,-13,2,-23; MA /M: SY='G'; M=-1,-10,-29,-10,-18,-27,62,-18,-38,-18,-28,-19,0,-20,-18,-17,0,-19,-29,-20,-27,-18; MA /M: SY='F'; M=-18,-27,-24,-33,-26,52,-31,-8,6,-23,9,3,-20,-29,-27,-18,-20,-10,1,12,42,-26; MA /M: SY='S'; M=0,3,-21,4,1,-20,-2,-8,-21,-7,-20,-15,4,-9,-4,-8,8,0,-16,-28,-16,-2; MA /I: I=-10; MI=-35; MD=-35; IM=-35; MA /M: SY='D'; M=-4,15,-19,20,7,-24,-6,7,-26,-6,-27,-19,13,-11,2,-8,19,5,-19,-37,-14,4; D=-6; MA /I: DM=-35; MA /M: SY='Q'; M=-1,-6,-21,-8,0,-20,-14,-9,-12,-6,-12,-7,-4,-3,6,-6,5,5,-11,-28,-14,2; MA /M: SY='S'; M=6,-3,-18,-6,-4,-17,2,-10,-17,-10,-19,-13,5,-11,-1,-11,15,4,-14,-29,-16,-2; MA /M: SY='Y'; M=-9,-10,-25,-12,-10,3,-20,15,-12,-4,-9,-5,-7,-22,-3,0,-6,-2,-13,-2,31,-10; MA /M: SY='F'; M=-19,-29,-20,-38,-28,69,-30,-19,2,-29,14,3,-21,-30,-36,-19,-21,-10,1,7,27,-28; MA /M: SY='S'; M=7,-10,-8,-15,-12,-12,-15,-16,-3,-14,-11,-8,-4,-15,-9,-15,13,11,1,-28,-10,-12; MA /M: SY='R'; M=-9,-2,-23,-3,3,-21,-16,-4,-22,14,-19,-10,2,-16,6,23,-1,-2,-15,-25,-10,2; MA /M: SY='V'; M=2,-10,-17,-12,-5,-11,-16,-14,-2,-10,-3,-3,-9,-18,-10,-11,-3,-2,4,-26,-12,-8; MA /M: SY='F'; M=-17,-28,-20,-35,-28,62,-30,-13,2,-26,8,1,-20,-29,-32,-19,-19,-10,0,10,35,-28; MA /M: SY='R'; M=-12,0,-28,-2,5,-25,-17,-6,-28,33,-25,-11,3,-13,8,35,-6,-7,-19,-22,-12,5; MA /M: SY='R'; M=-9,0,-27,-1,8,-25,-17,-3,-26,24,-23,-11,2,-13,12,27,-2,-5,-20,-23,-11,9; MA /M: SY='Y'; M=-11,-10,-20,-13,-6,-6,-23,5,-10,-2,-7,-3,-7,-20,-2,2,-8,-3,-9,-13,10,-6; MA /M: SY='F'; M=-13,-21,-21,-27,-20,35,-27,-11,2,-20,8,2,-17,-25,-22,-15,-13,-1,0,-1,25,-20; MA /M: SY='G'; M=-2,-1,-28,-3,-13,-29,51,-14,-36,-14,-29,-20,9,-19,-14,-15,3,-15,-29,-24,-27,-14; MA /M: SY='M'; M=-6,-16,-13,-19,-8,-4,-24,-11,3,-11,1,7,-15,-20,-7,-11,-10,-5,5,-17,-1,-8; MA /M: SY='T'; M=5,-3,-12,-9,-7,-13,-13,-16,-11,-11,-12,-11,0,-9,-7,-11,19,28,-4,-32,-14,-7; MA /M: SY='P'; M=-7,-20,-38,-11,-1,-28,-19,-20,-18,-10,-27,-18,-19,80,-10,-19,-9,-9,-27,-29,-29,-10; MA /M: SY='S'; M=3,-4,-17,-5,-2,-20,-5,-8,-19,1,-22,-12,3,-13,1,2,17,8,-12,-31,-15,-1; MA /M: SY='E'; M=-7,6,-27,11,22,-28,-16,1,-24,7,-19,-12,1,-10,19,4,-1,-8,-23,-26,-12,20; MA /M: SY='Y'; M=-14,-19,-23,-23,-20,29,-27,-6,0,-17,3,-1,-17,-25,-19,-15,-13,-1,-3,10,35,-20; MA /M: SY='R'; M=-13,-14,-25,-15,-6,-9,-21,-7,-13,8,-3,-2,-7,-21,0,32,-11,-8,-9,-20,-6,-6; MA /M: SY='R'; M=-4,-4,-24,-6,2,-20,-16,-1,-17,9,-14,-6,-1,-15,7,11,-3,-4,-14,-22,-9,3; MA /M: SY='R'; M=-9,-7,-26,-8,-3,-17,-10,-2,-13,0,-12,-4,-2,-17,3,5,-4,-5,-12,-21,-6,-2; MA /I: E1=0; IE=-105; DE=-105; CC /MATRIX_TYPE=protein_domain; CC /SCALING_DB=reversed; CC /AUTHOR=K_Hofmann; CC /VERSION=3; PR PRU00593; DO PDOC00040; //