ID RCC1_3; MATRIX. AC PS50012; DT 01-DEC-2001 CREATED; 13-FEB-2019 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE. DE Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat profile. MA /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX'; LENGTH=53; TOPOLOGY=LINEAR; MA /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=50; MA /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.1375000; R2=0.0201000; TEXT='NScore'; MA /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2423.8261719; R2=1.7536232; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; MA /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=367; H_SCORE=3067; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; MA /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=267; H_SCORE=2892; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; MA /DEFAULT: B1=-100; E1=-100; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; I=-20; D=-20; MA /I: B1=0; MA /M: SY='G'; M=0,-16,0,-9,-25,-14,-15,46,-16,-30,-22,-17,-15,-24,-18,1,-11,-21,-24,-23,-7,-15,-8; MA /M: SY='K'; M=-10,11,3,1,-16,4,2,-15,0,-20,-17,9,-8,-21,-15,-4,-6,-26,-11,-16,2,2,-9; MA /M: SY='V'; M=-1,-20,-26,-30,-8,-25,-26,-28,-26,23,15,-22,10,3,-27,-13,-3,-25,-6,31,-27,-26,-9; MA /M: SY='Y'; M=-16,-14,-20,-25,-25,-18,-20,-27,0,1,6,-17,1,34,-28,-19,-9,18,46,-3,-23,-20,-10; MA /M: SY='S'; M=12,-14,-2,-11,-6,-10,-10,-1,-17,-13,-16,-12,-12,-16,-13,17,15,-30,-17,-2,-6,-10,-2; MA /M: SY='W'; M=-16,-20,-30,-35,-21,-24,-27,-23,-26,-10,-5,-23,-10,20,-29,-27,-17,70,18,-13,-32,-22,-15; MA /M: SY='G'; M=0,-19,0,-9,-29,-19,-19,68,-19,-39,-29,-19,-19,-29,-19,0,-19,-19,-29,-29,-9,-19,-9; MA /M: SY='S'; M=-5,-3,-4,-11,0,-7,-10,-18,-10,-11,-7,-8,-4,-10,-20,0,0,-27,-8,-6,-7,-9,-8; MA /M: SY='G'; M=-2,-12,12,-3,-23,-12,-10,18,-10,-22,-19,-12,-15,-12,-17,0,-9,-19,-16,-21,2,-11,-8; MA /M: SY='D'; M=-6,3,8,12,-22,5,11,-11,-4,-22,-21,2,-16,-24,-11,7,2,-31,-16,-17,10,7,-6; MA /M: SY='Q'; M=-11,0,-1,-3,-14,3,-2,-19,5,-14,-11,-2,-2,-12,-19,-6,-6,-21,0,-12,-1,0,-9; MA /I: MI=-30; MD=-10; IM=-30; I=-10; MA /M: SY='n'; D=10; M=0,0,4,2,-2,0,0,0,0,-2,-3,0,-2,-2,-1,2,0,-4,-2,-2,3,0,0; MA /I: MD=-28; DM=-28; MA /M: SY='n'; D=10; M=-1,0,1,1,0,0,1,-1,1,-3,-2,0,-2,-3,-2,0,-1,-4,-1,-3,2,0,-1; MA /I: DM=-10; MA /M: SY='G'; M=-5,-11,0,-10,-20,-14,-16,32,-6,-29,-22,-13,-14,-16,-21,-3,-14,-17,-11,-23,-8,-16,-10; MA /M: SY='Q'; M=-2,5,-2,-3,-22,31,13,-17,0,-16,-16,5,-4,-30,-11,0,-7,-22,-12,-18,-2,22,-8; MA /M: SY='L'; M=-9,-20,-28,-29,-13,-20,-20,-29,-20,18,39,-27,17,6,-26,-26,-9,-21,-2,11,-28,-20,-10; MA /M: SY='G'; M=0,-18,0,-8,-28,-17,-17,60,-18,-37,-27,-18,-18,-27,-19,0,-18,-19,-27,-28,-8,-17,-9; MA /I: MI=-30; MD=-15; IM=-30; I=-10; MA /M: SY='l'; D=-5; M=-10,1,-13,-19,-19,-7,-12,-22,-5,5,13,-9,7,0,-20,-15,-7,-14,2,2,-17,-11,-8; MA /I: MD=-15; DM=-15; MA /M: SY='g'; D=-5; M=-2,-9,-3,-3,-18,-7,-4,9,-10,-15,-11,-8,-8,-15,-5,-1,-5,-18,-12,-11,-5,-6,-6; MA /I: MD=-25; DM=-25; MA /M: SY='t'; D=-5; M=-4,-6,0,5,-20,1,9,-13,-6,-17,-16,-1,-11,-21,1,4,6,-27,-14,-13,3,5,-5; MA /I: DM=-25; MA /M: SY='s'; D=-5; M=-5,-7,6,9,-21,-1,6,-7,-5,-20,-19,-3,-14,-20,-4,5,0,-30,-15,-17,7,2,-6; MA /I: DM=-25; MA /M: SY='e'; D=-5; M=-4,-4,-2,-1,-23,0,7,-10,-8,-12,-9,-1,-5,-17,-13,-4,-7,-24,-13,-10,-1,3,-8; MA /I: DM=-25; MA /M: SY='d'; D=-5; M=-10,3,1,6,-24,3,8,-17,-3,-17,-13,4,-7,-18,-10,-4,-5,-25,-10,-15,4,5,-8; MA /I: DM=-25; MA /M: SY='e'; D=-5; M=-7,0,2,8,-25,2,10,-7,-7,-21,-19,2,-12,-23,-6,0,-6,-26,-15,-18,5,5,-8; MA /I: DM=-25; MA /M: SY='e'; D=-5; M=-6,0,0,0,-17,-1,3,-13,-9,-13,-14,-1,-9,-17,-14,2,-1,-27,-13,-7,0,0,-7; MA /I: DM=-15; MA /M: SY='a'; D=-5; M=1,-5,-4,-8,-15,-2,0,-10,-7,-11,-7,-4,-5,-15,-15,-2,-3,-23,-11,-8,-5,-1,-7; MA /I: MI=0; MD=-30; IM=0; DM=-15; I=-5; MA /M: SY='P'; M=-9,-19,-19,-9,-39,-9,0,-19,-19,-19,-29,-9,-19,-29,88,-9,-9,-29,-29,-29,-19,-9,-9; MA /M: SY='T'; M=-3,0,-6,-11,-17,1,-4,-18,-13,-7,-9,-2,-5,-16,-15,1,8,-21,-10,-3,-8,-2,-6; MA /M: SY='L'; M=-9,2,-8,-8,-21,2,1,-22,-8,-10,-5,1,-3,-18,-4,-11,-9,-24,-11,-11,-9,0,-10; MA /M: SY='V'; M=-5,-17,-18,-27,-14,-20,-23,-26,-22,22,11,-20,11,0,-24,-11,-1,-25,-6,25,-22,-23,-9; MA /I: MI=-30; MD=-15; IM=-30; I=-10; MA /M: SY='p'; D=-5; M=-5,-2,-7,-6,-23,-2,0,-11,-9,-12,-13,0,-7,-17,8,-4,-4,-20,-11,-11,-8,-3,-7; MA /I: MD=-21; DM=-21; MA /M: SY='l'; D=-5; M=-3,-9,-7,-10,-22,-8,-7,-7,-13,-9,-2,-11,-4,-9,-13,-5,-5,-18,-10,-8,-9,-7,-7; MA /I: MD=-21; DM=-21; MA /M: SY='l'; D=-5; M=-8,-7,-13,-17,-22,-11,-8,-21,-14,0,9,-8,2,0,-12,-14,-4,-17,-2,-3,-15,-10,-8; MA /I: MD=-21; DM=-21; MA /M: SY='n'; D=-5; M=-1,-3,5,3,-20,0,2,-6,-5,-18,-18,-1,-12,-20,-1,3,-1,-22,-14,-17,3,1,-6; MA /I: MD=-21; DM=-21; MA /M: SY='t'; D=-5; M=-3,-4,1,0,-17,-3,0,-6,-8,-13,-12,-3,-9,-12,-9,2,1,-21,-11,-9,1,-1,-5; MA /I: MI=0; MD=-30; IM=0; DM=-15; I=-5; MA /M: SY='K'; M=-6,-1,3,1,-25,-2,0,-14,-2,-14,-19,1,-10,-21,-2,-2,-5,-28,-13,-13,1,-2,-8; MA /M: SY='V'; M=-5,-23,-24,-34,-13,-25,-28,-31,-27,28,11,-24,10,5,-26,-15,-6,-17,-2,30,-29,-28,-10; MA /M: SY='V'; M=-4,-5,-14,-18,-14,-11,-13,-25,-19,6,0,-6,2,-10,-21,-8,-3,-26,-9,12,-16,-13,-9; MA /M: SY='Q'; M=-4,-3,0,2,-20,12,4,-10,0,-19,-19,0,-9,-23,-13,6,-1,-25,-7,-17,0,7,-7; MA /M: SY='V'; M=0,-22,-24,-32,-16,-25,-27,-29,-27,28,14,-23,11,3,-25,-13,-4,-23,-5,33,-28,-27,-9; MA /M: SY='A'; M=25,-17,-6,-16,-14,-10,-9,0,-18,-12,-14,-12,-11,-13,-12,11,2,-19,-15,-4,-9,-10,-2; MA /M: SY='C'; M=12,-20,-9,-18,25,-15,-16,-5,-21,-18,-17,-17,-13,-19,-18,6,0,-33,-22,-6,-12,-16,-7; MA /M: SY='G'; M=0,-19,0,-9,-28,-19,-19,64,-19,-38,-29,-19,-19,-28,-19,1,-15,-20,-28,-28,-9,-19,-9; MA /M: SY='G'; M=-1,-7,5,4,-25,-1,2,15,-7,-29,-24,-4,-17,-26,-13,3,-7,-22,-19,-23,3,0,-8; MA /M: SY='D'; M=-11,-5,5,5,-25,5,1,-15,14,-17,-15,-5,-5,-13,-17,-3,-8,-15,3,-18,5,2,-9; MA /M: SY='H'; M=-16,-4,1,-8,-20,2,-5,-21,62,-21,-12,-12,0,-9,-21,-9,-14,-26,13,-20,-6,-4,-9; MA /M: SY='T'; M=1,-12,1,-10,-7,-9,-9,-10,-16,-10,-12,-13,-9,-11,-14,17,23,-31,-13,-3,-4,-9,-3; MA /M: SY='V'; M=-2,-19,-23,-29,-14,-22,-23,-25,-21,15,14,-22,7,10,-26,-14,-6,-16,1,18,-25,-23,-9; MA /M: SY='A'; M=18,-21,-15,-26,-4,-16,-18,-16,-21,4,2,-18,2,-5,-18,-3,-3,-21,-10,8,-18,-17,-5; MA /M: SY='L'; M=-6,-17,-26,-29,-18,-20,-21,-27,-21,19,32,-24,15,5,-27,-21,-6,-21,-2,16,-27,-21,-9; MA /M: SY='T'; M=-1,-13,-1,-1,-13,-10,-6,-12,-16,-11,-9,-12,-10,-13,-14,8,16,-30,-13,-3,0,-8,-4; MA /M: SY='E'; M=-1,-1,1,0,-22,5,9,-15,-5,-15,-16,2,-10,-22,-8,4,0,-28,-13,-12,0,6,-6; MA /M: SY='D'; M=-8,-1,13,27,-25,4,15,-8,-3,-29,-26,5,-21,-30,-7,5,-3,-33,-18,-23,21,9,-7; MA /I: E1=0; NR /RELEASE=2024_02,571282; NR /TOTAL=427(94); /POSITIVE=412(80); /UNKNOWN=0(0); /FALSE_POS=15(14); NR /FALSE_NEG=2; /PARTIAL=0; CC /MATRIX_TYPE=protein_domain; CC /SCALING_DB=reversed; CC /AUTHOR=K_Hofmann; CC /TAXO-RANGE=??E??; /MAX-REPEAT=19; CC /FT_KEY=REPEAT; /FT_DESC=RCC1; CC /VERSION=6; DR Q9VNZ8 , ALS2_DROME , T; Q96Q42 , ALS2_HUMAN , T; DR Q920R0 , ALS2_MOUSE , T; Q5BIW4 , ALS2_PANTR , T; DR P0C5Y8 , ALS2_RAT , T; P31386 , ATS1_YEAST , T; DR O74881 , BTB1_SCHPO , T; O75426 , FBX24_HUMAN, T; DR Q4R327 , FBX24_MACFA, T; Q9D417 , FBX24_MOUSE, T; DR Q54VW7 , GACGG_DICDI, T; Q8IS20 , GEFC_DICDI , T; DR Q15751 , HERC1_HUMAN, T; Q9VR91 , HERC2_DROME, T; DR O95714 , HERC2_HUMAN, T; Q4U2R1 , HERC2_MOUSE, T; DR Q15034 , HERC3_HUMAN, T; Q5GLZ8 , HERC4_HUMAN, T; DR Q6PAV2 , HERC4_MOUSE, T; Q5PQN1 , HERC4_RAT , T; DR Q9UII4 , HERC5_HUMAN, T; Q8IVU3 , HERC6_HUMAN, T; DR F2Z461 , HERC6_MOUSE, T; Q9NB71 , HIW_DROME , T; DR Q9P2D0 , IBTK_HUMAN , T; Q6ZPR6 , IBTK_MOUSE , T; DR Q6NRS1 , IBTK_XENLA , T; F1RD40 , MYCB2_DANRE, T; DR O75592 , MYCB2_HUMAN, T; Q7TPH6 , MYCB2_MOUSE, T; DR Q90XC2 , NEK8_DANRE , T; Q86SG6 , NEK8_HUMAN , T; DR Q91ZR4 , NEK8_MOUSE , T; D3ZGQ5 , NEK8_RAT , T; DR Q8TD19 , NEK9_HUMAN , T; Q8K1R7 , NEK9_MOUSE , T; DR Q7ZZC8 , NEK9_XENLA , T; O74381 , POF9_SCHPO , T; DR Q947D2 , PRAF1_ARATH, T; Q8NDN9 , RCBT1_HUMAN, T; DR Q6NXM2 , RCBT1_MOUSE, T; O95199 , RCBT2_HUMAN, T; DR Q99LJ7 , RCBT2_MOUSE, T; Q5RCZ7 , RCBT2_PONAB, T; DR Q6P798 , RCBT2_RAT , T; Q96I51 , RCC1L_HUMAN, T; DR Q9CYF5 , RCC1L_MOUSE, T; Q18211 , RCC1_CAEEL , T; DR P52499 , RCC1_CANAX , T; P25171 , RCC1_DROME , T; DR P18754 , RCC1_HUMAN , T; P23800 , RCC1_MESAU , T; DR Q8VE37 , RCC1_MOUSE , T; P28745 , RCC1_SCHPO , T; DR P25183 , RCC1_XENLA , T; P21827 , RCC1_YEAST , T; DR Q6NYE2 , RCC2_DANRE , T; Q9P258 , RCC2_HUMAN , T; DR Q8BK67 , RCC2_MOUSE , T; Q52KW8 , RCC2_XENLA , T; DR A6NED2 , RCCD1_HUMAN, T; Q4R828 , RCCD1_MACFA, T; DR Q8BTU7 , RCCD1_MOUSE, T; Q54X24 , RCCDA_DICDI, T; DR P0C7G9 , RCCDB_DICDI, T; Q54Q89 , RCCDC_DICDI, T; DR Q5DX34 , RPGRH_CAEEL, T; Q9N1T2 , RPGR_CANLF , T; DR Q92834 , RPGR_HUMAN , T; Q9R0X5 , RPGR_MOUSE , T; DR Q17551 , RPM1_CAEEL , T; Q9FJG9 , RUG3_ARATH , T; DR P38352 , SAF1_YEAST , T; Q8SSY6 , SPKUL_DICDI, T; DR Q3MHW0 , SRGEF_BOVIN, T; Q9UGK8 , SRGEF_HUMAN, T; DR Q80YD6 , SRGEF_MOUSE, T; Q54HT1 , TIRA_DICDI , T; DR Q9FN03 , UVR8_ARATH , T; O42645 , YF94_SCHPO , T; DR Q08023 , FMP25_YEAST, N; A2ASS6 , TITIN_MOUSE, N; DR Q75J39 , CKI4_ORYSJ , F; Q8GC81 , MURQ_KLEAE , F; DR Q7N9D8 , MURQ_PHOLL , F; Q46L21 , MURQ_PROMT , F; DR Q2S6G3 , MURQ_SALRD , F; Q2FK71 , MURQ_STAA3 , F; DR Q2G1G6 , MURQ_STAA8 , F; Q2YUY9 , MURQ_STAAB , F; DR Q5HJI1 , MURQ_STAAC , F; Q99X30 , MURQ_STAAM , F; DR Q7A805 , MURQ_STAAN , F; Q6GKB5 , MURQ_STAAR , F; DR Q6GCT5 , MURQ_STAAS , F; Q7A1Y2 , MURQ_STAAW , F; 3D 1A12; 1I2M; 3KCI; 3MVD; 3OF7; 4D4O; 4D4P; 4D4Q; 4D9S; 4DNU; 4DNV; 4DNW; 3D 4JHN; 4JHP; 4L1M; 4NAA; 4NBM; 4NC4; 4O2W; 4QAM; 4X33; 5GWN; 5HQ2; 5T94; 3D 5TBK; 5XGS; 6DD7; 6XZL; 6XZM; 6XZN; 7Q40; 7Q41; 7Q42; 7Q43; 7Q44; 7Q45; 3D 7Q46; 7VGG; 8GQE; 8UX1; PR PRU00235; DO PDOC00544; //