ID   LIM_DOMAIN_2; MATRIX.
AC   PS50023;
DT   01-NOV-1997 CREATED; 01-OCT-2013 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
DE   LIM domain profile.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=61;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=61;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.7028; R2=0.0099; TEXT='NScore';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=586; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='R';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=283; N_SCORE=5.5; MODE=1; TEXT='R?';
MA   /DEFAULT: B0=-50; E0=-50; D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B0=0; B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='P'; M=-6,-4,-26,-1,3,-22,-13,-10,-17,-6,-19,-14,-4,13,-3,-11,-1,-4,-17,-26,-16,-2;
MA   /M: SY='R'; M=-9,-8,-24,-10,-4,-15,-17,-9,-12,10,-11,-4,-4,-16,-2,11,-7,-6,-8,-23,-9,-4;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,118,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-29,-20,-20,-20,-40,-30,-29,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
MA   /M: SY='A'; M=11,-6,-18,-9,-5,-18,-3,-6,-16,-8,-16,-11,-3,-8,-5,-11,4,-3,-11,-23,-12,-6;
MA   /M: SY='G'; M=0,-8,-20,-10,-9,-20,8,-11,-22,-1,-19,-11,-2,-18,-7,3,0,-7,-13,-23,-16,-9;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
MA   /M: SY='G'; M=-4,6,-25,4,0,-26,12,-2,-29,-1,-25,-16,10,-15,0,-2,4,-7,-24,-28,-18,0;
MA   /M: SY='K'; M=-9,-1,-28,0,8,-24,-12,-3,-23,15,-19,-9,0,-13,10,12,-5,-8,-20,-22,-11,8;
MA   /M: SY='P'; M=-3,-13,-27,-13,-6,-16,-8,-12,-13,-8,-13,-8,-9,6,-6,-10,-4,-5,-13,-22,-13,-8;
MA   /M: SY='I'; M=-8,-29,-22,-36,-29,4,-36,-28,39,-27,19,17,-23,-24,-23,-26,-18,-7,31,-21,-1,-29;
MA   /M: SY='Y'; M=-5,-8,-21,-9,-6,-5,-17,-4,-9,-8,-8,-6,-6,-15,-5,-7,-1,2,-8,-16,6,-7;
MA   /M: SY='D'; M=-3,2,-28,7,2,-26,5,-10,-27,-6,-24,-19,0,6,-6,-11,1,-8,-23,-28,-21,-3;
MA   /M: SY='R'; M=0,-2,-22,-4,0,-20,-8,-9,-18,2,-16,-11,1,-13,0,5,3,1,-13,-26,-14,-1;
MA   /I: MD=-21;
MA   /M: SY='E'; M=-7,3,-17,7,14,-10,-13,-1,-15,-1,-11,-10,-1,-7,4,-4,-2,-6,-15,-15,-3,9; D=-3;
MA   /I: I=-5; MI=0; IM=0; DM=-21;
MA   /M: SY='V'; M=-8,-20,-15,-22,-15,-1,-25,-15,5,-10,2,3,-18,-22,-13,-8,-13,-7,8,-16,2,-15;
MA   /M: SY='V'; M=-8,-23,-17,-26,-19,2,-27,-16,14,-14,14,14,-22,-24,-15,-8,-17,-6,15,-20,0,-18;
MA   /M: SY='R'; M=-8,-5,-22,-8,-2,-17,-19,-8,-11,5,-10,-5,-1,-16,2,11,-2,1,-7,-26,-11,-1;
MA   /M: SY='A'; M=26,-11,-4,-18,-12,-15,-6,-18,-9,-11,-9,-7,-10,-15,-12,-17,6,0,0,-24,-16,-11;
MA   /M: SY='L'; M=-8,-9,-23,-10,-7,-10,-15,-11,-6,-7,3,2,-8,-17,-6,-3,-11,-6,-7,-23,-8,-8;
MA   /M: SY='D'; M=-7,18,-25,21,2,-30,19,-7,-33,-7,-28,-22,16,-15,-5,-11,4,-9,-27,-31,-23,-2;
MA   /M: SY='K'; M=-11,-3,-25,-4,3,-16,-18,-3,-21,16,-15,-7,-1,-16,4,16,-7,-6,-17,-20,-5,3;
MA   /M: SY='x'; M=-1,-9,-18,-11,-7,-9,-17,-8,-7,-5,-9,-5,-6,-16,-7,-4,0,-1,-1,-24,-6,-8;
MA   /M: SY='W'; M=-20,-31,-36,-34,-27,32,-25,-13,-9,-20,-6,-9,-29,-29,-22,-17,-29,-19,-16,77,44,-22;
MA   /M: SY='H'; M=-19,0,-22,0,-1,-20,-20,92,-30,-11,-20,-2,9,-21,8,-2,-10,-19,-29,-31,17,-1;
MA   /M: SY='P'; M=-6,-14,-26,-12,-2,-17,-21,-16,-5,-3,-8,-4,-13,7,-6,-7,-7,-6,-5,-26,-15,-6;
MA   /M: SY='E'; M=-2,11,-23,12,18,-26,-10,-1,-25,3,-22,-17,9,-8,7,-2,5,-3,-22,-30,-16,12;
MA   /M: SY='C'; M=-11,-17,99,-26,-26,-20,-29,-12,-30,-27,-20,-17,-16,-37,-24,-26,-10,-11,-13,-47,-23,-26;
MA   /M: SY='F'; M=-16,-29,-20,-36,-27,60,-29,-16,4,-28,14,3,-21,-29,-34,-19,-20,-9,3,3,25,-27;
MA   /M: SY='R'; M=-5,-7,-13,-11,-6,-17,-20,-11,-14,8,-14,-6,-4,-17,-2,10,-2,2,-6,-26,-10,-5;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
MA   /M: SY='A'; M=6,-8,-4,-13,-8,-11,-14,-12,-11,-10,-11,-6,-6,-17,-7,-12,6,5,-5,-26,-10,-8;
MA   /M: SY='E'; M=-6,-3,-20,-3,1,-15,-19,-7,-8,-3,-8,-5,-4,-16,-3,-5,-4,-4,-5,-26,-9,-2;
MA   /M: SY='C'; M=-9,-19,116,-29,-29,-20,-28,-29,-30,-29,-20,-20,-19,-39,-29,-29,-9,-10,-10,-49,-30,-29;
MA   /M: SY='G'; M=-4,3,-25,2,1,-24,11,-1,-27,-1,-24,-14,9,-15,1,-2,3,-8,-24,-27,-17,0;
MA   /M: SY='K'; M=-6,-4,-14,-7,1,-21,-19,-7,-18,11,-17,-7,-1,-15,4,10,-1,0,-12,-27,-12,2;
MA   /M: SY='P'; M=-7,-5,-24,-6,0,-20,-16,-3,-17,-2,-19,-10,-1,8,5,-2,-1,-3,-19,-26,-13,1;
MA   /M: SY='L'; M=-11,-29,-19,-32,-22,16,-31,-21,19,-29,39,17,-27,-29,-22,-19,-27,-10,10,-17,3,-22;
MA   /M: SY='S'; M=1,4,-19,3,0,-23,0,-10,-21,-5,-19,-15,4,-13,-4,-7,7,2,-15,-29,-18,-2;
MA   /M: SY='E'; M=-5,1,-23,2,5,-23,-4,-9,-20,-5,-18,-13,1,-2,-2,-8,3,-2,-17,-30,-18,1;
MA   /I: MD=-23;
MA   /M: SY='G'; M=-4,-5,-21,-5,-4,-19,9,-10,-19,-3,-15,-9,-3,-14,-5,-4,0,-4,-13,-21,-15,-5; D=-4;
MA   /I: I=-5; MI=0; IM=0; DM=-23;
MA   /M: M=-7,-5,-23,-8,-4,-10,-7,-9,-17,-2,-14,-9,-1,-15,-5,-2,-1,0,-14,-19,-7,-5;
MA   /M: SY='F'; M=-13,-20,9,-27,-23,23,-27,-7,-6,-22,0,-3,-17,-30,-23,-18,-14,-7,-3,-9,18,-23;
MA   /M: SY='F'; M=-8,-16,-21,-19,-17,16,-22,-7,-1,-14,0,0,-13,-23,-17,-12,-11,-6,0,-8,14,-17;
MA   /M: SY='E'; M=-6,-8,-24,-7,3,-10,-17,-12,-8,-8,-5,-3,-9,-11,-5,-11,-6,-6,-8,-17,-8,-1;
MA   /M: SY='R'; M=-12,-5,-26,-5,2,-16,-20,2,-16,8,-13,-6,-3,-13,3,12,-8,-7,-13,-22,-4,1;
MA   /M: SY='D'; M=-10,22,-27,28,15,-30,-4,1,-30,1,-24,-19,13,-11,2,-5,0,-8,-25,-32,-17,8;
MA   /M: SY='G'; M=-4,5,-27,4,-4,-28,28,-9,-32,-6,-27,-17,9,-16,-7,-6,3,-11,-26,-27,-23,-6;
MA   /M: SY='R'; M=-8,-2,-27,-2,8,-24,-16,-3,-21,14,-16,-7,-2,-13,11,15,-5,-6,-17,-24,-11,9;
MA   /M: SY='I'; M=-6,-25,-25,-25,-17,-3,-27,-22,13,-19,11,5,-22,1,-18,-20,-16,-7,7,-22,-8,-19;
MA   /M: SY='Y'; M=-16,-23,-23,-25,-21,25,-29,4,4,-18,9,4,-21,-28,-17,-14,-20,-9,-1,10,44,-21;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,118,-30,-30,-20,-30,-28,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-29,-30,-10,-10,-10,-50,-29,-30;
MA   /I: I=-20; MI=0; IM=0;
MA   /M: SY='K'; M=-10,-4,-27,-3,9,-22,-16,-4,-21,17,-19,-7,-2,-10,8,16,-6,-8,-17,-23,-11,7;
MA   /M: SY='E'; M=-5,2,-25,2,4,-22,-12,1,-21,4,-20,-12,3,-5,3,3,1,-3,-18,-26,-11,2;
MA   /M: SY='C'; M=-16,11,25,15,-4,-28,-19,13,-34,-14,-24,-19,3,-24,-9,-15,-6,-13,-23,-41,-14,-8;
MA   /M: SY='Y'; M=-16,-17,-26,-20,-17,26,-26,17,-5,-13,-3,-1,-13,-26,-12,-10,-15,-9,-10,10,47,-17;
MA   /M: SY='H'; M=-9,-6,-25,-6,-2,-8,-10,1,-15,-10,-10,-8,-4,-13,-6,-9,-7,-9,-15,-17,-2,-5;
MA   /M: SY='K'; M=-5,-1,-26,-2,7,-24,-15,-7,-20,16,-19,-8,0,-11,8,14,-3,-6,-16,-24,-13,6;
MA   /M: SY='R'; M=-7,-8,-20,-10,-5,-12,-19,-7,-9,-2,-1,-1,-7,-18,-3,3,-9,-4,-8,-22,-7,-5;
MA   /M: SY='F'; M=-12,-19,-22,-24,-17,24,-23,-7,-3,-16,3,1,-13,-22,-18,-10,-12,-5,-2,-8,13,-17;
MA   /M: SY='G'; M=5,-4,-21,-6,-5,-23,11,-13,-22,-5,-20,-13,-1,-14,-6,-8,4,-5,-15,-25,-19,-6;
MA   /M: SY='P'; M=-5,-9,-23,-8,-1,-21,-16,-14,-13,-4,-16,-11,-8,12,-4,-7,-1,0,-12,-28,-17,-5;
MA   /I: E0=0; E1=0; IE=-105; DE=-105;
CC   /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC   /SCALING_DB=reversed;
CC   /AUTHOR=K_Hofmann, CJA_Sigrist;
CC   /FT_KEY=DOMAIN; /FT_DESC=LIM zinc-binding;
CC   /VERSION=4;
PR   PRU00125;
DO   PDOC00382;
//