ID   HTH_LUXR_2; MATRIX.
AC   PS50043;
DT   01-MAR-2005 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
DE   LuxR-type HTH domain profile.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'; LENGTH=65;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=60;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.6732509; R2=0.0293710; TEXT='NScore';
MA   /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3084.8750000; R2=1.6477273; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=291; H_SCORE=3564; N_SCORE=11.2; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=131; H_SCORE=3301; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: B1=*; E1=*; MM=*; II=*;
MA   /I: B1=-85; E0=*; BD=-55;
MA   /M: SY='H'; M=-6,-42,7,13,-45,-13,17,-4,0,-11,-33,5,11,-19,-8,1,-1,4,-44,-4; M0=-5;
MA   /I: MM=-58; MI=0; MD=-116; IM=0; II=-83; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='N'; M=1,6,7,7,-8,-15,-23,-13,7,-42,-33,14,-38,8,4,8,2,-4,-44,-4; M0=-7;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='P'; M=4,-42,12,-2,-45,0,4,-43,-2,-2,-33,-7,13,4,8,9,-2,-38,-44,-37; M0=-8;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='Q'; M=1,-38,7,-22,6,-15,-25,-13,-1,10,-30,7,8,12,-26,-1,4,-14,8,-35; M0=-5;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='P'; M=8,-42,10,2,-6,-14,0,-11,-1,-9,-33,5,12,9,1,-1,-26,4,-44,-37; M0=-5;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='C'; M=-1,14,-2,-13,-32,-42,3,-3,-29,0,11,-32,-2,2,9,11,8,5,10,-3; M0=-6;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='L'; M=-63,-56,-86,-80,9,-85,-71,-9,-79,32,-23,-83,-74,-65,-73,-80,-61,-11,-54,-57; M0=-51;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='T'; M=-38,-45,-9,-52,-70,-46,-57,-69,-62,-71,-62,-48,-54,-56,-64,26,32,-56,-72,-69; M0=-44;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='P'; M=2,-42,-1,3,-45,-6,16,-43,6,-42,-33,1,23,5,14,-13,-9,-12,-44,-37; M0=-11;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='R'; M=-55,-61,-67,-48,-71,-59,-37,-62,14,-58,-52,-6,-58,3,37,-54,8,-61,-56,-56; M0=-40;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='E'; M=-62,-72,-38,38,-79,-57,-53,-82,-56,-79,-75,-46,-63,16,-62,-58,-63,-77,-74,-70; M0=-55;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='R'; M=-11,19,-39,-3,-4,-42,3,3,5,0,2,-34,-43,-6,25,1,-3,-9,8,-31; M0=-9;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='E'; M=-5,-42,7,25,-45,-37,4,-11,1,-4,-33,-4,-38,20,-24,-5,-1,-38,-44,-37; M0=-12;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='V'; M=-47,24,-73,-69,-46,-69,-64,25,-67,-7,3,-66,-67,-65,-67,-62,-46,28,-60,-3; M0=-41;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='L'; M=-2,-53,-83,-77,-7,-79,-66,-9,-74,30,17,-76,-71,-63,-69,-72,-57,-4,-53,-55; M0=-43;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='Q'; M=-6,2,-26,9,0,-1,10,-42,8,-18,-33,1,-38,19,18,2,-10,-13,-44,-37; M0=-9;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='W'; M=-6,7,-52,-5,-5,-45,-34,-23,-5,19,30,-41,-46,-38,-11,-36,-29,-22,39,-4; M0=-18;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='I'; M=-1,14,-53,-47,-5,-45,-34,21,-43,12,11,-42,-46,-39,-41,-36,6,15,20,-29; M0=-20;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='A'; M=25,3,-47,-13,-28,-16,-33,-8,-12,-2,12,-39,-45,-36,-3,6,-2,-3,-33,-4; M0=-11;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='Q'; M=0,-42,15,15,-45,-37,-23,-5,8,-42,-33,14,-38,16,-7,5,-10,-12,-44,-37; M0=-12;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='G'; M=-46,5,-9,-34,-72,37,-46,-72,-51,-71,-65,-5,-54,-4,-59,-45,-48,-63,-73,-64; M0=-42;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='M'; M=-7,5,-50,-5,3,-45,12,-23,23,10,23,-40,-45,-37,-11,-35,-29,-8,8,12; M0=-15;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='T'; M=-13,-41,5,-20,-44,-37,4,-42,0,-9,0,-4,-2,-19,-24,21,24,-38,-43,-37; M0=-14;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='N'; M=4,-36,-8,-8,-37,-39,-26,-33,-24,-15,11,31,-40,-23,-28,5,8,1,-39,5; M0=-13;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='K'; M=-27,-42,-26,9,-45,-7,-23,-2,25,-19,-33,6,-38,4,-1,2,-1,-12,16,-6; M0=-10;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='E'; M=0,-42,13,25,-45,-15,-23,-43,-19,-20,-1,-4,-38,23,-24,-4,-27,-13,-44,-37; M0=-14;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='I'; M=-49,-44,-76,-73,-50,-74,-75,39,-72,-37,2,-71,-71,-72,-74,-68,-1,0,-68,-63; M0=-49;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='A'; M=32,7,-70,-73,-68,3,-62,-66,-69,-17,-59,-53,-53,-63,-65,7,-9,-54,-71,-70; M0=-38;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='D'; M=11,2,14,7,-45,-14,-23,-14,4,-42,-33,2,-38,-5,13,1,-2,-1,-44,4; M0=-8;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='I'; M=3,-42,-9,6,-9,-37,-23,16,11,-9,-33,1,-38,3,11,3,-7,-5,-43,-37; M0=-7;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='L'; M=-14,3,-60,-12,-32,-51,-42,-27,-51,29,23,-49,-52,-46,-48,-42,-2,-28,-40,-37; M0=-28;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='G'; M=-13,14,10,-20,15,19,10,-42,1,-42,-33,13,-38,5,-9,5,-26,-38,-44,-37; M0=-13;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='I'; M=-44,13,-69,-64,-43,-64,-57,33,-62,8,-32,-61,-63,-60,5,-56,-12,10,-54,-50; M0=-34;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='S'; M=0,3,-36,-31,-53,-14,3,-50,0,-50,-41,2,-44,-30,-35,32,2,-44,-52,-47; M0=-23;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='E'; M=1,-42,-26,23,-45,-13,2,2,-7,-10,-32,6,8,-2,-1,-26,3,-12,-43,6; M0=-7;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='K'; M=-13,-42,-1,-7,-45,-6,-23,-13,23,-42,-33,6,-38,5,21,3,-2,-14,-44,-37; M0=-12;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='T'; M=-4,-43,-56,-59,-69,-45,-59,-67,-63,-70,-60,0,-53,-5,-62,-4,38,-55,-71,-70; M0=-41;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='V'; M=-49,-44,-76,-72,-5,-74,-73,14,-72,-6,-36,-70,-71,-71,-73,-68,-10,35,-66,-62; M0=-44;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='K'; M=-27,-42,-26,6,-45,-37,1,-43,24,-42,-33,14,-38,13,9,7,-11,-38,-44,7; M0=-17;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='T'; M=0,7,-52,-46,13,-45,2,0,-12,-13,-20,12,-46,-38,-9,1,17,9,9,14; M0=-12;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='H'; M=-38,-39,-49,-42,-35,-50,46,-35,-8,-15,-31,-40,-50,4,-30,-14,-37,3,-39,25; M0=-25;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='K'; M=-30,-29,-52,-45,-28,-45,8,13,17,14,10,-41,-46,-38,16,-13,-30,8,-33,-30; M0=-18;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='R'; M=0,-42,-8,-9,3,0,4,-42,9,-5,-33,5,-38,-19,18,6,10,-38,-44,4; M0=-8;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='N'; M=-13,-42,-7,-7,-45,-37,19,-43,0,-42,-33,33,-38,-5,8,8,-27,-13,-44,-37; M0=-17;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='I'; M=9,-38,-67,-61,-40,-61,-52,27,-58,15,0,-57,-60,-55,-57,-16,-41,12,-49,-46; M0=-30;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='M'; M=-30,-28,-51,-45,14,-45,-34,-23,-2,7,37,-41,-46,10,9,-36,-11,-9,-33,17; M0=-18;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='R'; M=6,-42,-1,3,-45,-5,-23,-43,12,-20,19,-6,-38,14,22,-11,-26,-38,-44,-2; M0=-12;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='K'; M=-55,-60,-68,-49,-71,-59,-37,-10,39,-58,-52,-46,-58,-33,2,-54,-12,-60,-56,-56; M0=-42;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='L'; M=-62,-56,-86,-80,8,-84,-69,4,-78,29,20,-81,-73,-64,-72,-78,2,-39,-54,-56; M0=-48;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='N'; M=-6,-42,11,2,-45,19,12,-43,11,-42,-33,21,-38,-19,-1,-11,-8,-38,-44,-37; M0=-15;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='V'; M=12,4,-58,-52,-32,-50,-40,-7,-48,7,-24,-47,-50,-44,-46,-16,4,29,-38,-35; M0=-24;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='H'; M=4,-42,-8,-7,-45,0,16,-13,16,-42,-2,-7,-12,-19,12,7,9,0,-44,-37; M0=-8;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='N'; M=-38,-53,-9,-27,-58,-15,1,-56,-32,-55,-46,32,-47,-30,2,23,-1,-51,-57,-49; M0=-27;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='R'; M=-27,-40,8,-7,-42,-15,-24,-10,8,2,2,-24,-38,-20,30,-12,-1,-12,-42,-36; M0=-12;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='V'; M=9,3,-50,-44,4,-45,-33,-1,-41,-27,1,-7,5,9,-3,1,16,16,-33,-5; M0=-12;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='Q'; M=-5,-42,11,18,-45,-13,16,-42,-19,-11,-1,-23,-38,30,-24,-10,-27,-4,-43,-37; M0=-14;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='A'; M=22,-29,-54,-47,-4,-46,-34,2,-43,21,3,-42,-9,-6,-41,-15,-30,-23,-33,-30; M0=-20;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='V'; M=8,-28,-53,-47,3,-13,-34,16,-43,2,-20,-42,-46,-39,-41,-15,3,24,-33,6; M0=-16;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='R'; M=11,-42,-1,-8,-45,-37,4,1,4,3,-1,2,-38,-4,11,-1,4,6,-43,-37; M0=-7;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='M'; M=-12,-29,-46,5,-7,-13,11,0,8,8,19,-38,-45,-35,4,-5,-10,-2,17,18; M0=-8;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='A'; M=26,-28,-52,-46,2,0,0,-6,-42,1,2,-41,-9,-5,-40,0,-11,-1,-33,-29; M0=-13;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='I'; M=0,-41,-8,-2,1,-14,11,14,4,4,-32,0,-9,3,7,-11,-27,6,6,-37; M0=-4;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='R'; M=2,-42,8,-1,-45,-13,-23,3,-1,-9,-2,0,-38,8,22,4,-1,-12,-44,-37; M0=-7;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='N'; M=-27,5,0,-9,-44,-6,10,1,-6,6,13,15,-12,3,6,4,-1,-13,-43,-4; M0=-5;
MA   /I: MM=0; MI=-106; MD=-116; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='G'; M=-13,-40,0,-21,-8,23,-24,-40,0,2,-31,13,-38,-20,8,-5,-27,-36,7,7; M0=-11;
MA   /I: B0=*; E1=-10;
CC   /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC   /SCALING_DB=window20;
CC   /AUTHOR=PS_Langendijk_Genevaux;
CC   /FT_KEY=DOMAIN; /FT_DESC=HTH luxR-type;
CC   /VERSION=5;
PR   PRU00411;
DO   PDOC00542;
//