ID   TNFR_NGFR_2; MATRIX.
AC   PS50050;
DT   01-NOV-1997 CREATED; 26-FEB-2020 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
DE   TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=41;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=37;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=-4.9359999; R2=0.0214000; TEXT='NScore';
MA   /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=538.8750000; R2=4.1875000; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=628; H_SCORE=3169; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=535; H_SCORE=2779; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=*; E1=0; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; MM=1; M0=-1;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='P'; M=-4,-2,-25,-1,3,-23,-13,-11,-19,-2,-21,-15,-1,13,-2,-4,3,4,-17,-30,-19,-1;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
MA   /M: SY='P'; M=-4,-7,-25,-5,4,-24,-12,-3,-21,1,-20,-11,-5,5,3,0,-2,-7,-18,-24,-14,2;
MA   /M: SY='E'; M=-3,0,-27,4,11,-23,-12,-7,-21,-2,-20,-15,-4,11,-1,-9,-1,-6,-20,-27,-17,4;
MA   /M: SY='G'; M=-3,3,-27,1,-9,-28,39,-11,-34,-9,-29,-19,10,-17,-10,-10,4,-12,-27,-26,-25,-9;
MA   /I: II=-7; MI=-8; IM=-8; MD=-15; DM=-15; I=0,0,-15,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0;
MA   /M: SY='Y'; M=-11,-7,-23,-9,1,0,-21,2,-12,-8,-7,-3,-6,-16,-1,-6,-4,1,-12,-14,4,0;
MA   /M: SY='Y'; M=-19,-22,-25,-26,-22,44,-29,7,-2,-17,2,0,-18,-29,-20,-13,-18,-10,-7,16,52,-22;
MA   /M: SY='C'; M=-6,-8,5,-12,-8,-14,-19,-11,-13,-12,-10,-8,-4,-18,-5,-10,1,3,-9,-27,-11,-7;
MA   /M: SY='D'; M=-5,10,-21,11,3,-21,-12,-1,-21,-3,-18,-15,7,-11,-1,-4,3,-1,-17,-29,-11,0;
MA   /M: SY='S'; M=-4,-3,-23,-3,1,-18,-8,-4,-17,-4,-14,-10,-2,-12,0,-5,2,0,-13,-24,-9,-1;
MA   /I: MD=-22;
MA   /M: SY='W'; M=-2,-5,-20,-6,-3,-13,-6,-8,-15,-2,-15,-11,-3,-10,-3,-5,-1,-3,-13,1,-6,-3; D=-4;
MA   /I: MD=-22;
MA   /M: SY='N'; M=0,6,-14,2,-1,-15,1,3,-15,-4,-17,-11,13,-8,-2,-4,7,0,-14,-23,-11,-2; D=-4;
MA   /I: MD=-22;
MA   /M: SY='H'; M=-3,-4,-13,-5,0,-5,-9,6,-8,-3,-6,-2,-2,-7,3,-1,-2,-3,-8,-7,2,1; D=-4;
MA   /I: II=-4; MI=0; IM=0; MD=-15; DM=-15; I=0,0,-15,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0;
MA   /M: SY='C'; M=0,-10,9,-12,-9,-4,-14,-9,-6,-12,-3,-4,-8,-15,-10,-10,-1,1,0,-19,-7,-9; D=-4;
MA   /I: DM=-22;
MA   /M: SY='D'; M=-9,5,-27,7,7,-23,-4,-5,-26,2,-24,-16,6,-5,2,2,2,-5,-23,-27,-16,3;
MA   /M: SY='Q'; M=-5,-7,-24,-9,1,-15,-19,0,-10,-1,-10,-4,-4,-11,2,0,-3,-4,-10,-24,-7,0;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
MA   /I: MD=-15;
MA   /M: SY='R'; M=-4,-7,-16,-8,-3,-8,-16,-2,-6,-1,-4,-2,-5,-14,-2,3,-5,-2,-3,-17,-3,-4; D=-6;
MA   /I: I=-6; MI=-20; MD=-20; IM=-20; DM=-20;
MA   /M: SY='P'; M=-4,-6,-21,-4,1,-17,-12,-7,-12,-3,-14,-9,-4,14,1,-1,0,-3,-14,-21,-14,-1; D=-6;
MA   /I: DM=-15;
MA   /M: SY='C'; M=-12,-19,78,-26,-25,-17,-28,-14,-27,-25,-18,-16,-18,-36,-22,-24,-13,-13,-14,-28,-17,-24;
MA   /M: SY='T'; M=-4,-4,-19,-7,-4,-15,-15,-9,-16,2,-16,-9,0,-13,0,8,9,14,-9,-26,-9,-3;
MA   /I: II=-6; MI=-8; IM=-8; MD=-15; DM=-15; I=0,0,-15,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0;
MA   /M: SY='R'; M=-8,-6,-25,-8,-3,-16,-18,-2,-11,0,-12,-5,-2,-6,0,1,-4,-3,-11,-24,-8,-3;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
MA   /M: SY='E'; M=-7,3,-27,5,9,-24,-10,-6,-22,0,-21,-15,3,5,2,-4,1,-3,-21,-29,-18,4;
MA   /I: MD=-15;
MA   /M: SY='P'; M=-6,-7,-28,-5,-1,-21,-11,-10,-16,-5,-17,-11,-5,19,-6,-9,-4,-6,-17,-27,-18,-5; D=-4;
MA   /I: MD=-15;
MA   /M: SY='G'; M=-3,0,-26,-1,-7,-24,31,-11,-29,-10,-24,-16,5,-17,-10,-11,1,-11,-23,-23,-21,-9; D=-4;
MA   /I: MD=-15;
MA   /M: SY='Q'; M=-9,-5,-22,-6,0,-7,-12,0,-13,-8,-6,-2,-4,-16,1,-7,-4,-2,-13,-20,-2,0; D=-4;
MA   /I: II=-7; MI=0; IM=0; MD=-15; DM=-15; I=0,0,-15,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0;
MA   /M: M=-6,-9,-20,-9,-3,-8,-7,-7,-10,-4,-10,-6,-7,-16,-6,0,-4,-6,-5,-17,-4,-5; D=-4;
MA   /I: DM=-15;
MA   /M: SY='V'; M=-4,-18,-11,-18,-8,-8,-23,-19,5,-13,3,3,-18,-18,-14,-14,-9,-4,11,-27,-11,-11;
MA   /M: SY='V'; M=-2,-12,-20,-15,-8,-11,-21,-14,0,-3,-2,2,-10,-18,-5,-5,-5,1,4,-24,-8,-7;
MA   /M: SY='Q'; M=-2,-4,-23,-7,3,-20,-15,-5,-16,7,-16,-6,-1,-13,10,7,2,-3,-13,-24,-11,6;
MA   /M: SY='P'; M=-8,-2,-28,1,2,-20,-14,-9,-16,-5,-16,-12,-3,12,-5,-9,-4,-6,-17,-28,-16,-3;
MA   /M: SY='C'; M=-4,-16,73,-23,-23,-22,-10,-22,-29,-24,-21,-18,-14,-32,-24,-24,-6,-11,-13,-41,-27,-24;
MA   /M: SY='T'; M=-1,0,-17,-4,-5,-17,-12,-15,-14,-7,-15,-12,2,-6,-6,-9,12,23,-8,-30,-14,-6;
MA   /M: SY='R'; M=1,-3,-24,-3,2,-22,-7,-9,-20,1,-18,-12,-2,-6,0,3,2,-3,-15,-24,-16,0;
MA   /I: MD=-20;
MA   /M: SY='T'; M=-5,4,-19,1,1,-17,-14,-8,-15,-1,-17,-11,6,-9,0,-4,7,12,-12,-26,-11,1; D=-6;
MA   /I: II=-7; MI=-8; IM=-8; MD=-15; DM=-15; I=0,0,-15,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0;
MA   /M: SY='S'; M=-2,0,-21,-2,1,-23,-4,-5,-22,1,-21,-12,4,-13,7,5,9,5,-17,-28,-14,3;
MA   /M: SY='D'; M=-12,34,-26,37,11,-30,-8,3,-29,1,-28,-23,26,-8,1,-5,4,-5,-27,-37,-19,6;
MA   /M: SY='T'; M=7,-7,-13,-14,-11,-12,-17,-19,-7,-8,-9,-8,-5,-11,-11,-7,11,25,4,-28,-13,-12;
MA   /M: SY='V'; M=-6,-16,-20,-16,-10,-11,-27,-15,10,-9,1,3,-16,-18,-10,-11,-9,-3,16,-27,-9,-11;
MA   /M: SY='C'; M=-9,-19,115,-29,-29,-20,-29,-29,-29,-29,-20,-20,-18,-39,-29,-29,-9,-10,-10,-49,-30,-29;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
CC   /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC   /SCALING_DB=reversed;
CC   /AUTHOR=K_Hofmann;
CC   /FT_KEY=REPEAT; /FT_DESC=TNFR-Cys;
CC   /VERSION=6;
PR   PRU00206;
DO   PDOC00561;
//