ID   LDLRA_2; MATRIX.
AC   PS50068;
DT   01-NOV-1997 CREATED; 26-FEB-2020 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
DE   LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=37;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=4; N2=35;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=-1.4750000; R2=0.0125000; TEXT='NScore';
MA   /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1183.4930420; R2=3.1229405; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=798; H_SCORE=3676; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=638; H_SCORE=3176; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-30; E1=-30; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; MM=1; M0=-1;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='T'; M=-4,-2,-21,-4,1,-17,-13,-9,-15,-2,-14,-9,-1,-9,0,-2,3,5,-11,-27,-13,0;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
MA   /M: SY='S'; M=-4,-1,-25,0,2,-22,-8,-6,-20,-2,-20,-13,0,1,1,-4,3,-2,-17,-28,-16,0;
MA   /I: II=-7; MI=-7; IM=-7; MD=-15; DM=-15; I=0,0,-15,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0;
MA   /M: SY='P'; M=-1,-5,-21,-3,3,-22,-10,-12,-18,-4,-19,-13,-5,11,-2,-8,1,-3,-16,-27,-18,-1; D=-3;
MA   /I: DM=-17;
MA   /M: SY='N'; M=-7,8,-23,8,1,-21,0,-3,-24,-5,-20,-15,9,-14,-3,-5,4,-1,-19,-28,-13,-2;
MA   /I: DM=-17;
MA   /M: SY='E'; M=-9,0,-27,3,19,-22,-15,3,-22,4,-17,-9,-1,-10,16,2,-2,-8,-22,-21,-9,17;
MA   /M: SY='F'; M=-17,-27,-22,-34,-26,58,-29,-12,0,-24,7,1,-18,-28,-31,-16,-18,-10,0,7,27,-26;
MA   /M: SY='Q'; M=-6,-3,-25,-4,6,-24,-17,0,-19,9,-17,-6,-2,-10,15,13,-1,-3,-17,-24,-10,9;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,119,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-48,-30,-30;
MA   /M: SY='S'; M=-2,-1,-24,-1,0,-22,-3,-7,-22,0,-20,-13,0,-6,-2,-1,2,-4,-17,-26,-15,-2;
MA   /M: SY='N'; M=-5,18,-20,14,1,-22,-2,-1,-22,-4,-24,-17,22,-15,-2,-6,10,1,-20,-33,-17,-1;
MA   /I: II=-4; MI=-5; IM=-5; MD=-15; DM=-15; I=0,0,-20,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0;
MA   /M: SY='G'; M=-5,-4,-26,-5,-8,-23,25,-8,-28,-8,-22,-14,2,-16,-8,-7,0,-11,-23,-23,-18,-9; D=-2;
MA   /I: DM=-15;
MA   /M: SY='R'; M=-8,-5,-24,-6,4,-19,-18,-2,-16,8,-14,-6,-2,-14,8,13,-1,-2,-13,-24,-8,5;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,118,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-29,-10,-10,-10,-49,-29,-30;
MA   /M: SY='I'; M=-8,-29,-25,-36,-28,2,-36,-27,40,-27,20,17,-22,-23,-21,-26,-19,-8,29,-20,0,-28;
MA   /M: SY='P'; M=-3,-4,-28,-1,2,-24,-13,-9,-19,-5,-23,-15,-4,27,-3,-10,2,-3,-21,-29,-19,-3; D=-4;
MA   /I: II=-7; MI=-15; IM=-15; MD=-15; DM=-15; I=0,0,-20,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0;
MA   /M: SY='R'; M=-5,-8,-24,-10,-2,-15,-14,-9,-11,-1,-9,-3,-5,-11,-1,1,-5,-6,-10,-21,-10,-3;
MA   /M: SY='S'; M=-3,0,-21,0,2,-17,-9,-3,-18,-3,-16,-11,2,-14,0,-2,6,0,-14,-25,-10,1;
MA   /M: SY='W'; M=-11,-17,-30,-19,-10,0,-20,-12,-13,-3,-8,-7,-15,-22,-5,-2,-17,-13,-15,25,8,-7;
MA   /M: SY='V'; M=-8,-19,-22,-21,-14,-6,-24,-14,2,-4,2,3,-16,-22,-9,3,-13,-6,7,-16,-5,-12;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,115,-29,-29,-20,-30,-29,-29,-29,-20,-19,-20,-39,-28,-29,-10,-10,-10,-49,-29,-29;
MA   /M: SY='D'; M=-17,46,-27,56,14,-34,-8,2,-34,0,-29,-27,29,-13,0,-8,2,-7,-29,-40,-20,7;
MA   /M: SY='G'; M=-3,-5,-28,-6,-13,-25,42,-11,-33,-13,-25,-16,3,-19,-12,-11,-1,-15,-26,-22,-22,-13;
MA   /M: SY='D'; M=-8,1,-24,3,2,-15,-18,-3,-12,-2,-12,-8,-2,-16,-1,-4,-4,-5,-8,-25,-6,0;
MA   /I: II=-7; MI=-15; IM=-15; MD=-15; DM=-15; I=0,0,-15,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0;
MA   /M: SY='B'; M=-7,8,-23,7,1,-18,-14,-6,-17,-3,-18,-13,8,-5,-3,-5,-1,-4,-15,-27,-13,-2;
MA   /M: SY='D'; M=-18,44,-29,59,18,-37,-9,2,-37,0,-28,-27,21,-11,1,-8,0,-9,-29,-39,-19,10;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,119,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-48,-30,-30;
MA   /M: SY='G'; M=-3,-6,-26,-4,-1,-22,3,-9,-21,-5,-18,-12,-4,-2,-4,-6,0,-7,-18,-25,-16,-4;
MA   /M: SY='D'; M=-16,39,-28,52,13,-33,-6,0,-35,-2,-28,-26,20,-11,-1,-9,1,-8,-28,-36,-17,6;
MA   /M: SY='G'; M=-3,-4,-26,-6,-11,-24,33,-10,-30,-11,-24,-15,4,-18,-10,-11,0,-13,-25,-19,-19,-11;
MA   /M: SY='S'; M=5,2,-15,2,5,-20,-4,-8,-20,-7,-24,-16,7,-11,1,-9,25,11,-13,-35,-17,3;
MA   /M: SY='D'; M=-18,42,-29,60,18,-36,-10,0,-37,-1,-27,-27,16,-11,-1,-10,-1,-9,-27,-36,-18,8;
MA   /M: SY='E'; M=-10,11,-29,20,53,-29,-18,-1,-29,8,-20,-20,1,-2,17,-1,1,-9,-28,-30,-19,35;
MA   /I: II=-7; MI=-15; IM=-15; MD=-15; DM=-15; I=0,0,-15,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0;
MA   /M: SY='E'; M=-1,-3,-22,-3,6,-19,-16,-6,-14,2,-11,-7,-3,-11,3,0,-2,-4,-12,-25,-11,4; D=-3;
MA   /I: DM=-13;
MA   /M: SY='N'; M=-8,8,-23,6,-1,-20,-2,-2,-19,-5,-17,-12,10,-15,-2,-5,0,-6,-18,-28,-12,-3;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
MA   /M: SY='S'; M=-1,-3,-22,-3,0,-21,-4,-9,-19,-5,-19,-13,-1,-2,-4,-6,4,-1,-14,-28,-18,-3;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
CC   /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC   /SCALING_DB=reversed;
CC   /AUTHOR=K_Hofmann;
CC   /FT_KEY=DOMAIN; /FT_DESC=LDL-receptor class A;
CC   /VERSION=7;
PR   PRU00124;
DO   PDOC00929;
//