ID   HOMEOBOX_2; MATRIX.
AC   PS50071;
DT   01-NOV-1997 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
DE   'Homeobox' domain profile.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=61;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=56;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.1179000; R2=0.0161953; TEXT='NScore';
MA   /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3296.3750000; R2=2.4588416; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=456; H_SCORE=4418; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=333; H_SCORE=4115; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-60; E1=-60; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='R'; M=-4,-4,-23,-5,-2,-21,-3,-8,-21,1,-20,-12,0,-10,-1,2,1,-5,-17,-22,-14,-2;
MA   /M: SY='R'; M=-7,1,-25,1,4,-24,-13,-4,-22,10,-20,-10,1,-9,5,11,-1,-5,-17,-26,-14,3;
MA   /M: SY='R'; M=-5,-2,-25,-2,1,-24,-7,-7,-23,8,-22,-12,2,-6,4,9,0,-5,-18,-26,-16,1;
MA   /M: SY='R'; M=-12,-5,-26,-6,2,-21,-17,-6,-25,23,-22,-10,-1,-11,5,31,-6,-6,-18,-21,-11,2;
MA   /M: SY='R'; M=-11,-5,-28,-6,4,-23,-15,-6,-26,25,-22,-11,0,-14,7,35,-6,-8,-18,-20,-11,3;
MA   /M: SY='K'; M=-7,-6,-26,-6,0,-21,-14,-9,-19,11,-20,-10,-2,0,0,8,-3,-4,-15,-24,-13,-2;
MA   /M: SY='R'; M=-16,-9,-28,-9,0,-21,-18,-2,-28,27,-20,-9,-1,-17,9,54,-9,-9,-19,-20,-9,1;
MA   /M: SY='T'; M=-4,-6,-14,-11,-9,-11,-17,-12,-11,-6,-9,-7,-4,-14,-6,-2,7,21,-4,-26,-8,-8;
MA   /M: SY='T'; M=1,-8,-16,-12,-8,-13,-14,-12,-11,-3,-12,-8,-3,-13,-7,1,4,5,-5,-27,-13,-9;
MA   /M: SY='F'; M=-14,-24,-23,-30,-23,35,-29,-12,8,-23,12,5,-18,-25,-23,-18,-19,-9,2,0,22,-23;
MA   /M: SY='T'; M=0,3,-17,-1,1,-19,-10,-12,-18,-5,-20,-15,5,-4,-4,-8,16,22,-12,-32,-16,-2;
MA   /M: SY='E'; M=-4,1,-24,2,4,-23,-12,-8,-19,3,-19,-13,0,-1,0,1,2,-1,-15,-28,-16,1;
MA   /M: SY='E'; M=-5,2,-25,3,11,-18,-15,1,-18,0,-15,-11,1,-11,4,-3,-2,-5,-17,-24,-7,7;
MA   /M: SY='Q'; M=-3,-4,-25,-4,12,-30,-19,1,-14,3,-16,-3,-3,-11,34,1,1,-5,-18,-22,-10,23;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-20,-20,-22,-15,-4,-26,-19,9,-11,14,7,-17,-22,-13,-5,-13,-1,9,-23,-6,-15;
MA   /M: SY='E'; M=-5,-3,-24,-3,4,-18,-13,-4,-16,0,-12,-8,-2,-12,4,1,-2,-4,-15,-23,-10,3;
MA   /M: SY='E'; M=-1,-10,-21,-11,3,-12,-19,-12,-5,-5,-6,-4,-9,-13,-3,-5,-3,-2,-3,-23,-10,-1;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-29,-19,-30,-20,10,-29,-19,19,-29,47,21,-29,-30,-19,-20,-29,-10,9,-19,0,-20;
MA   /M: SY='E'; M=-11,5,-29,10,35,-26,-20,1,-26,14,-18,-13,0,-7,17,10,-4,-10,-25,-25,-13,25;
MA   /M: SY='K'; M=-1,2,-23,0,6,-24,-14,-5,-21,15,-21,-10,3,-12,7,11,1,-3,-16,-25,-13,6;
MA   /M: SY='E'; M=-5,-10,-22,-10,4,-9,-19,-2,-14,-5,-11,-8,-9,-16,-2,-5,-5,-6,-12,-5,2,0;
MA   /M: SY='F'; M=-19,-29,-22,-37,-28,68,-30,-15,1,-27,10,1,-21,-30,-35,-19,-21,-10,-1,13,34,-28;
MA   /M: SY='Q'; M=-5,-2,-24,-2,7,-19,-17,4,-16,3,-9,-4,-2,-15,8,2,-6,-8,-16,-23,-7,7;
MA   /M: SY='E'; M=-8,-5,-23,-6,3,-11,-20,-5,-13,2,-11,-6,-4,-16,2,2,-5,-5,-11,-20,-4,2;
MA   /I: I=-8; MI=-8; IM=-8; DM=-15; MD=-15;
MA   /M: SY='N'; M=-9,17,-13,9,2,-22,-9,5,-22,-2,-24,-15,23,-17,4,-3,6,0,-23,-32,-14,3;
MA   /M: SY='P'; M=-7,-5,-28,-4,3,-26,-16,-2,-22,6,-24,-11,-2,15,6,6,-2,-6,-22,-27,-16,2;
MA   /M: SY='Y'; M=-15,-13,-28,-15,-13,13,-25,10,-8,0,-7,-4,-10,-25,-6,0,-13,-7,-12,10,46,-13;
MA   /M: SY='P'; M=-10,-24,-32,-19,-9,-14,-25,-21,-1,-18,0,-3,-24,40,-15,-21,-17,-10,-10,-26,-18,-15;
MA   /M: SY='S'; M=1,8,-13,6,0,-20,-7,-10,-20,-7,-22,-17,9,-11,-4,-9,20,19,-12,-34,-17,-2;
MA   /M: SY='R'; M=-4,-7,-24,-6,2,-21,-14,-9,-17,5,-16,-10,-5,-5,0,8,-2,-5,-12,-24,-14,0;
MA   /M: SY='E'; M=-4,-1,-25,1,13,-23,-15,-3,-21,5,-17,-10,-3,-5,9,2,-1,-6,-18,-24,-12,10;
MA   /M: SY='E'; M=-10,3,-26,7,17,-25,-18,-4,-22,11,-17,-10,0,-11,10,14,-3,-6,-17,-26,-14,13;
MA   /M: SY='R'; M=-15,-12,-28,-14,-4,-16,-23,-8,-14,19,-11,-3,-6,-19,3,35,-12,-10,-10,-19,-7,-4;
MA   /M: SY='E'; M=-5,-4,-23,-4,8,-18,-20,-7,-10,-1,-10,-6,-4,-13,5,-1,-2,-3,-10,-24,-10,6;
MA   /M: SY='E'; M=-7,2,-25,4,20,-24,-17,0,-21,7,-16,-9,1,-10,14,6,-1,-5,-19,-26,-12,16;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-29,-23,-32,-23,8,-32,-21,27,-28,38,20,-27,-27,-20,-22,-26,-10,16,-18,1,-23;
MA   /M: SY='A'; M=35,-9,-11,-16,-9,-18,-2,-18,-9,-11,-12,-10,-7,-12,-9,-17,13,4,0,-25,-19,-9;
MA   /M: SY='Q'; M=-4,1,-25,1,9,-23,-16,1,-20,9,-17,-9,1,-13,10,9,-1,-6,-16,-25,-11,9;
MA   /M: SY='E'; M=-4,-2,-23,-2,10,-22,-17,-5,-16,5,-14,-6,-2,-12,10,3,0,-2,-14,-25,-12,10;
MA   /M: SY='L'; M=-6,-22,-13,-25,-18,3,-27,-21,12,-24,27,10,-21,-25,-18,-18,-15,4,9,-23,-4,-18;
MA   /I: I=-4; MI=-8; IM=-8; DM=-15; MD=-15;
MA   /M: SY='G'; M=-6,4,-23,2,-4,-26,16,-4,-28,-4,-24,-14,10,-16,-3,-5,1,-10,-24,-27,-19,-4;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-28,-20,-30,-20,7,-29,-19,20,-27,40,21,-27,-26,-18,-20,-26,-9,11,-20,0,-19;
MA   /M: SY='T'; M=-2,3,-17,1,2,-21,-12,-10,-19,-3,-21,-14,4,-4,0,-5,14,16,-13,-32,-16,1;
MA   /M: SY='E'; M=-9,-3,-28,2,18,-20,-21,-8,-17,5,-14,-10,-6,1,4,1,-5,-6,-16,-25,-13,10;
MA   /M: SY='R'; M=-6,-3,-22,-4,2,-19,-15,-6,-20,9,-17,-11,1,-14,3,18,1,1,-14,-26,-12,0;
MA   /M: SY='Q'; M=-8,-4,-25,-4,9,-29,-21,1,-13,6,-15,-2,-3,-14,33,9,-1,-5,-15,-23,-10,20;
MA   /M: SY='V'; M=-4,-29,-17,-32,-29,0,-32,-29,34,-23,14,13,-26,-26,-26,-22,-14,-4,40,-26,-7,-29;
MA   /M: SY='K'; M=-6,-1,-23,-2,6,-26,-16,-6,-22,20,-22,-9,2,-13,11,16,-1,-4,-17,-24,-12,8;
MA   /M: SY='I'; M=-5,-12,-20,-19,-18,-7,-25,-18,17,-14,1,4,-5,-21,-15,-16,-7,-1,16,-27,-8,-18;
MA   /M: SY='W'; M=-20,-39,-48,-40,-30,14,-21,-29,-18,-21,-18,-18,-39,-30,-21,-20,-39,-29,-28,140,30,-21;
MA   /M: SY='F'; M=-19,-30,-20,-39,-29,77,-30,-19,1,-29,10,0,-20,-30,-39,-20,-20,-10,1,9,30,-29;
MA   /M: SY='Q'; M=-7,-4,-16,-7,6,-29,-19,0,-14,2,-16,-1,-2,-14,29,1,-1,-7,-18,-24,-11,17;
MA   /M: SY='N'; M=-10,35,-21,19,1,-21,-2,8,-20,0,-28,-19,51,-18,1,-1,9,0,-28,-38,-19,1;
MA   /M: SY='R'; M=-8,-7,-26,-9,0,-21,-17,-2,-24,20,-19,-8,-1,-16,8,40,-5,-5,-16,-21,-10,1;
MA   /M: SY='R'; M=-19,-10,-30,-10,0,-19,-20,0,-29,28,-19,-9,0,-20,10,65,-10,-9,-20,-20,-9,0;
MA   /M: SY='A'; M=6,-10,-18,-16,-8,-13,-15,-6,-8,-2,-8,2,-7,-16,2,1,-2,-2,-6,-18,-5,-4;
MA   /M: SY='R'; M=-11,-4,-28,-4,5,-24,-19,-6,-27,35,-24,-10,0,-14,9,37,-7,-7,-19,-20,-9,5;
MA   /M: SY='W'; M=-7,-10,-23,-10,-3,-10,-18,-8,-11,-9,-7,-5,-11,-18,-3,-10,-9,-9,-12,1,-1,-3;
MA   /M: SY='R'; M=-12,-6,-30,-7,2,-23,-15,-8,-27,31,-23,-9,-2,-14,6,34,-10,-11,-19,-15,-10,2;
MA   /M: SY='R'; M=-11,-5,-27,-7,0,-18,-19,-5,-22,21,-19,-9,-1,-15,4,25,-8,-7,-16,-16,-7,1;
MA   /M: SY='Q'; M=-5,-3,-23,-4,4,-21,-14,-6,-14,2,-13,-7,-1,-10,6,2,0,-4,-13,-27,-13,4;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
CC   /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC   /SCALING_DB=reversed;
CC   /AUTHOR=K_Hofmann;
CC   /FT_KEY=DNA_BIND; /FT_DESC=Homeobox;
CC   /VERSION=5;
PR   PRU00108;
DO   PDOC00027;
//