ID   RRM; MATRIX.
AC   PS50102;
DT   01-DEC-2001 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
DE   Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=78;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=10; N2=68;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.6045000; R2=0.0170554; TEXT='NScore';
MA   /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3607.1994629; R2=3.1557178; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=463; H_SCORE=5068; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=346; H_SCORE=4699; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-50; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; MM=1; M0=-1;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='R'; M=-7,-4,-17,-8,-5,-14,-13,-5,-18,2,-16,-10,1,-15,-3,7,-1,0,-14,-22,-7,-5;
MA   /M: SY='T'; M=-5,-3,-16,-8,-6,-15,-17,-12,-12,3,-15,-8,2,-15,-4,5,4,10,-6,-27,-11,-6;
MA   /M: SY='I'; M=-6,-29,-18,-32,-25,4,-32,-25,29,-26,27,16,-26,-27,-22,-22,-20,-7,26,-23,-3,-25;
MA   /M: SY='F'; M=-17,-24,-24,-29,-23,38,-28,-3,1,-19,5,2,-18,-28,-22,-13,-18,-10,-2,8,34,-22;
MA   /M: SY='V'; M=-4,-29,-14,-32,-28,2,-32,-28,31,-24,16,13,-26,-27,-25,-23,-15,-4,36,-26,-6,-28;
MA   /M: SY='G'; M=-2,-5,-25,-6,-8,-24,22,-12,-28,-3,-24,-14,2,-16,-7,-2,3,-7,-21,-23,-18,-8;
MA   /M: SY='N'; M=-7,19,-24,10,-4,-24,17,0,-26,-4,-28,-18,31,-19,-4,-4,5,-7,-28,-31,-20,-4;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-29,-20,-32,-22,10,-31,-21,23,-28,37,19,-27,-28,-21,-21,-25,-9,15,-19,1,-22;
MA   /M: SY='P'; M=-5,-1,-27,3,1,-24,-11,-10,-21,-7,-25,-18,0,27,-5,-12,3,-2,-21,-31,-21,-4;
MA   /I: MD=-17;
MA   /M: M=-10,-9,-27,-8,-3,-6,-18,-6,-15,-5,-14,-10,-8,-1,-5,-6,-7,-5,-16,-7,0,-5; D=-3;
MA   /I: I=-4; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17;
MA   /M: SY='D'; M=-7,11,-24,13,8,-24,-7,-4,-25,1,-22,-16,8,-9,2,-2,4,-2,-20,-29,-15,4; D=-3;
MA   /I: DM=-17;
MA   /M: SY='V'; M=0,-17,-10,-22,-17,-4,-23,-18,7,-16,3,3,-15,-21,-15,-16,-4,6,12,-22,-5,-17;
MA   /I: DM=-17;
MA   /M: SY='T'; M=-3,6,-16,3,-2,-17,-13,-11,-16,-5,-17,-13,6,-12,-4,-5,13,19,-10,-31,-13,-4;
MA   /M: SY='E'; M=-9,6,-27,11,21,-25,-17,-4,-23,5,-19,-15,1,-6,8,-1,-3,-7,-21,-22,-14,14;
MA   /M: SY='E'; M=-7,11,-26,16,21,-27,-14,-2,-25,6,-22,-15,5,-9,11,1,2,-5,-22,-28,-14,16;
MA   /M: SY='E'; M=-7,10,-24,15,16,-25,-13,-3,-22,1,-17,-13,3,-11,6,-4,0,-5,-19,-29,-14,11;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-29,-20,-31,-23,9,-31,-22,24,-28,37,18,-27,-28,-21,-21,-25,-9,17,-20,1,-23;
MA   /M: SY='R'; M=-10,-8,-25,-9,2,-13,-20,-3,-16,9,-12,-6,-6,-17,2,15,-8,-7,-13,-16,-2,1;
MA   /M: SY='E'; M=-6,10,-25,13,16,-26,-12,-2,-24,6,-21,-15,6,-10,8,2,1,-4,-21,-29,-15,11;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-20,-21,-24,-16,8,-25,-9,8,-18,12,8,-17,-23,-15,-15,-14,-6,5,-13,7,-16;
MA   /M: SY='F'; M=-16,-29,-17,-37,-28,60,-29,-20,3,-28,13,3,-21,-29,-34,-19,-20,-9,3,3,22,-27;
MA   /I: I=-4; MI=0; MD=-12; IM=0;
MA   /M: SY='S'; M=1,0,-17,-1,6,-21,-3,-7,-21,0,-20,-13,3,-11,2,-3,8,0,-16,-27,-15,3; D=-2;
MA   /I: DM=-15;
MA   /M: SY='K'; M=-5,-2,-26,-1,7,-24,-14,-5,-20,9,-20,-10,-1,0,8,5,-2,-5,-18,-24,-13,7; D=-2;
MA   /I: DM=-15;
MA   /M: SY='F'; M=-12,-20,-17,-25,-20,28,-23,-4,-3,-17,1,-1,-16,-25,-19,-14,-15,-9,-4,3,28,-20; D=-2;
MA   /I: DM=-15;
MA   /M: SY='G'; M=0,-8,-28,-8,-15,-28,53,-18,-35,-17,-27,-18,0,-16,-16,-17,0,-17,-27,-22,-27,-16;
MA   /I: DM=-15;
MA   /M: SY='E'; M=-6,2,-26,3,8,-24,-12,-7,-21,5,-21,-13,2,1,3,0,0,-3,-19,-27,-16,5;
MA   /M: SY='V'; M=-4,-28,-18,-32,-27,1,-31,-27,30,-24,14,11,-23,-22,-23,-23,-14,-5,31,-24,-5,-27;
MA   /M: M=-4,-7,-20,-9,-1,-14,-19,-12,-5,-3,-5,-3,-6,-15,-3,-3,-3,0,-2,-26,-11,-3;
MA   /M: SY='D'; M=-7,7,-23,8,7,-20,-11,-4,-22,2,-21,-15,7,-12,2,3,5,-2,-18,-27,-12,4;
MA   /M: SY='V'; M=2,-22,-4,-27,-23,-4,-26,-24,16,-21,7,5,-20,-24,-20,-21,-9,-3,21,-26,-9,-23;
MA   /M: SY='R'; M=-11,-2,-25,-2,2,-17,-18,-5,-17,10,-15,-8,-1,-15,2,13,-6,-6,-13,-21,-8,0;
MA   /M: SY='I'; M=-6,-26,-20,-31,-24,4,-29,-21,24,-22,18,16,-23,-23,-19,-19,-17,-6,22,-20,-2,-23;
MA   /I: MD=-15;
MA   /M: SY='I'; M=-6,-17,-17,-20,-15,-3,-21,-14,7,-12,3,7,-14,-10,-12,-11,-11,-6,5,-20,-5,-15; D=-2;
MA   /I: MD=-15;
MA   /M: SY='R'; M=-9,-8,-19,-9,-4,-9,-17,-5,-11,4,-9,-4,-5,-11,-2,10,-6,-2,-8,-17,-3,-5; D=-2;
MA   /I: MD=-15;
MA   /M: SY='D'; M=-11,23,-23,30,11,-25,-8,-1,-25,1,-22,-18,14,-7,1,-4,1,-5,-21,-28,-14,6; D=-2;
MA   /I: I=-4; MI=0; MD=-8; IM=0; DM=-8;
MA   /M: SY='E'; M=-4,0,-17,0,3,-13,-10,-5,-11,1,-11,-7,1,-8,1,0,0,-2,-9,-19,-9,2; D=-2;
MA   /I: DM=-15;
MA   /M: SY='T'; M=-2,4,-14,2,0,-14,-9,-6,-14,-3,-13,-10,4,-6,-1,-4,8,11,-10,-22,-10,-1; D=-2;
MA   /I: DM=-15;
MA   /M: SY='G'; M=-4,-1,-22,-1,-5,-20,20,-7,-24,-3,-19,-12,4,-12,-5,-4,-1,-10,-19,-19,-16,-6; D=-2;
MA   /I: DM=-15;
MA   /M: SY='R'; M=-7,-3,-21,-4,2,-17,-13,-2,-17,12,-15,-6,0,-9,5,13,-4,-5,-13,-19,-8,2; D=-2;
MA   /I: DM=-15;
MA   /M: SY='S'; M=-2,-4,-16,-6,-3,-14,-8,-5,-16,-4,-17,-10,1,-3,-3,-4,8,2,-13,-27,-12,-4; D=-2;
MA   /I: DM=-15;
MA   /M: SY='R'; M=-11,-4,-24,-5,1,-22,-17,-6,-23,22,-20,-9,-1,-12,5,26,-6,-5,-16,-23,-11,1; D=-2;
MA   /I: DM=-15;
MA   /M: SY='G'; M=-2,-6,-26,-7,-15,-26,44,-15,-33,-13,-27,-17,3,-17,-14,-13,0,-15,-26,-22,-24,-15; D=-2;
MA   /I: DM=-15;
MA   /M: SY='F'; M=-13,-18,-16,-23,-16,27,-25,-9,-3,-16,-1,-2,-13,-24,-17,-13,-11,-6,-4,-3,20,-16;
MA   /I: DM=-15;
MA   /M: SY='A'; M=23,-12,-9,-18,-16,-21,19,-21,-18,-16,-16,-12,-8,-17,-16,-21,4,-7,-7,-23,-23,-16;
MA   /M: SY='F'; M=-17,-27,-21,-34,-26,56,-29,-14,3,-25,10,2,-20,-28,-30,-17,-18,-8,1,6,29,-26;
MA   /M: SY='V'; M=-2,-29,-14,-32,-29,1,-32,-29,32,-23,14,13,-27,-27,-26,-22,-13,-3,40,-26,-7,-29;
MA   /M: SY='E'; M=-7,4,-20,4,15,-22,-17,-4,-20,2,-17,-13,2,-11,7,0,4,4,-16,-29,-13,10;
MA   /M: SY='F'; M=-18,-27,-21,-35,-26,58,-29,-11,3,-24,11,7,-21,-29,-29,-17,-20,-10,0,8,33,-26;
MA   /M: SY='E'; M=-3,4,-22,6,11,-22,-12,-6,-20,2,-18,-13,2,-9,2,-3,4,-1,-15,-28,-13,6;
MA   /M: SY='B'; M=-6,15,-19,15,6,-23,-10,-3,-23,-1,-23,-17,14,-12,1,-3,11,8,-18,-34,-15,3;
MA   /M: SY='E'; M=-7,-6,-26,-4,7,-19,-19,-5,-14,0,-14,-9,-6,1,1,-2,-4,-6,-13,-25,-11,2;
MA   /M: SY='E'; M=-4,8,-25,12,20,-26,-13,-4,-23,4,-19,-15,2,-8,8,0,3,-4,-20,-29,-16,14;
MA   /M: SY='D'; M=-1,12,-21,17,11,-26,-7,-5,-24,-4,-21,-17,5,-9,2,-9,7,-2,-18,-32,-17,6;
MA   /M: SY='A'; M=28,-14,-7,-21,-14,-13,-9,-19,-3,-13,-4,-3,-13,-16,-12,-18,3,-1,6,-23,-15,-13;
MA   /M: SY='E'; M=-6,4,-23,5,11,-23,-17,-6,-17,4,-15,-10,1,-11,7,0,0,-2,-15,-27,-13,9;
MA   /M: SY='K'; M=-2,0,-23,-2,3,-21,-15,-6,-18,11,-17,-8,1,-14,4,9,-2,-4,-14,-24,-11,3;
MA   /I: MD=-15;
MA   /M: SY='A'; M=32,-14,-6,-23,-15,-12,-8,-21,-4,-14,-5,-6,-13,-15,-14,-20,3,-2,5,-20,-15,-15; D=-2;
MA   /I: MD=-15;
MA   /M: SY='I'; M=-7,-24,-18,-28,-20,1,-29,-19,19,-18,18,15,-21,-23,-14,-15,-18,-7,15,-20,-2,-18; D=-2;
MA   /I: MD=-15;
MA   /M: SY='E'; M=-4,5,-22,5,13,-22,-14,-4,-19,8,-17,-10,3,-10,9,4,1,-3,-16,-24,-12,11; D=-2;
MA   /I: I=-3; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15;
MA   /M: SY='E'; M=1,-1,-18,-3,2,-16,-8,-4,-14,-1,-13,-8,0,-12,0,-4,1,-3,-11,-21,-10,1; D=-2;
MA   /I: DM=-15;
MA   /M: SY='L'; M=-8,-22,-18,-26,-18,7,-25,-14,12,-19,24,18,-21,-24,-14,-15,-19,-7,7,-17,2,-16; D=-2;
MA   /I: DM=-15;
MA   /M: SY='N'; M=-11,24,-23,20,6,-25,-9,11,-25,2,-26,-17,27,-14,5,0,5,-2,-25,-34,-13,5; D=-2;
MA   /M: SY='G'; M=-3,0,-26,-2,-8,-25,32,-10,-31,-9,-27,-17,8,-16,-9,-9,2,-11,-26,-24,-21,-9; D=-2;
MA   /M: SY='R'; M=-7,-7,-22,-9,-2,-10,-18,-4,-12,2,-11,-4,-4,-15,0,3,-3,0,-9,-20,-3,-2; D=-2;
MA   /I: MD=-15;
MA   /M: SY='E'; M=-9,-4,-25,-3,6,-15,-19,-7,-15,3,-12,-7,-5,-8,1,1,-6,-5,-13,-19,-7,3; D=-2;
MA   /I: MD=-15;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-27,-20,-32,-24,16,-30,-21,21,-25,21,13,-23,-24,-22,-20,-20,-7,15,-12,6,-24; D=-2;
MA   /I: I=-4; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15;
MA   /M: SY='N'; M=-7,5,-22,5,2,-19,-3,-3,-22,-1,-18,-11,6,-13,0,-2,-1,-8,-19,-25,-12,0; D=-2;
MA   /I: DM=-15;
MA   /M: SY='G'; M=-4,3,-24,2,-7,-26,29,-10,-32,-10,-26,-18,8,-15,-9,-11,3,-10,-25,-26,-22,-8; D=-2;
MA   /I: DM=-15;
MA   /M: SY='R'; M=-12,-4,-23,-5,2,-22,-17,1,-25,20,-21,-9,2,-16,9,31,-5,-8,-19,-23,-9,3; D=-2;
MA   /I: DM=-15;
MA   /M: SY='K'; M=-6,-5,-25,-5,1,-19,-18,-8,-15,3,-16,-9,-4,1,1,2,-3,-1,-13,-25,-11,-1;
MA   /M: SY='I'; M=-7,-28,-18,-32,-25,3,-31,-24,28,-25,26,18,-25,-25,-20,-21,-20,-8,22,-21,-3,-24;
MA   /M: SY='R'; M=-10,-5,-24,-6,1,-15,-19,-4,-17,12,-15,-7,-2,-16,3,16,-5,-4,-12,-21,-5,1;
MA   /M: SY='V'; M=-2,-27,-12,-30,-26,0,-29,-26,25,-22,13,11,-25,-26,-24,-21,-13,-3,31,-25,-7,-26;
MA   /M: SY='E'; M=-6,7,-23,8,10,-22,-9,-4,-23,5,-21,-13,7,-11,5,2,3,-3,-20,-28,-14,7;
MA   /M: SY='Y'; M=-12,-18,-27,-19,-11,6,-24,-8,-6,-7,-3,-2,-15,-14,-10,-5,-15,-10,-8,2,11,-11;
MA   /M: SY='A'; M=18,-7,-13,-11,-7,-17,-3,-14,-15,-8,-15,-11,-5,-11,-7,-13,9,1,-7,-23,-15,-7;
MA   /M: SY='K'; M=-8,0,-25,0,5,-22,-16,-6,-20,10,-18,-10,1,-10,6,10,-2,-3,-16,-26,-12,4;
MA   /M: SY='E'; M=-5,-2,-25,-2,3,-22,-10,-8,-20,1,-21,-13,0,3,0,-1,2,-2,-17,-27,-16,0;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
CC   /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC   /SCALING_DB=reversed;
CC   /AUTHOR=K_Hofmann;
CC   /FT_KEY=DOMAIN; /FT_DESC=RRM;
CC   /VERSION=5;
PR   PRU00176;
DO   PDOC00030;
//