ID HMG_BOX_2; MATRIX. AC PS50118; DT 01-JAN-2003 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. DE HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. MA /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=69; MA /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=64; MA /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.4607000; R2=0.0153885; TEXT='NScore'; MA /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=4076.7500000; R2=4.7500000; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; MA /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=458; H_SCORE=6252; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; MA /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=328; H_SCORE=5635; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; MA /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-70; E1=-70; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; MA /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; MA /M: SY='P'; M=-5,-17,-29,-14,-6,-22,-20,-20,-8,-9,-18,-11,-14,39,-11,-15,-6,-4,-12,-28,-21,-12; MA /M: SY='K'; M=-10,-2,-31,0,12,-29,-20,-10,-29,39,-29,-12,-2,0,9,24,-8,-9,-22,-22,-13,9; MA /M: SY='R'; M=-14,-10,-28,-11,-1,-20,-20,-5,-22,24,-18,-5,-3,-12,6,44,-9,-7,-15,-21,-11,-1; MA /M: SY='P'; M=-2,-14,-33,-9,-1,-27,-15,-18,-19,-9,-27,-19,-13,62,-8,-17,-2,-5,-24,-30,-27,-8; MA /M: SY='M'; M=-5,-17,-24,-19,-10,-11,-21,-13,0,-5,1,11,-15,0,-6,-5,-10,-5,-2,-24,-10,-9; MA /M: SY='N'; M=-1,10,-16,3,-4,-15,-2,-3,-18,-7,-25,-17,21,-15,-3,-6,20,13,-16,-31,-10,-4; MA /M: SY='A'; M=30,-10,-14,-15,-9,-23,5,-18,-16,-11,-17,-13,-8,-2,-8,-18,9,-2,-8,-24,-22,-9; MA /M: SY='F'; M=-19,-23,-25,-28,-21,49,-29,-3,-2,-19,3,0,-19,-28,-22,-14,-18,-10,-6,16,45,-21; MA /M: SY='F'; M=-12,-21,-22,-28,-18,20,-26,-12,12,-19,12,20,-16,-22,-13,-15,-16,-9,5,-13,6,-15; MA /M: SY='I'; M=-8,-26,-20,-28,-21,5,-29,-21,18,-17,18,11,-23,-26,-18,-12,-18,-7,18,-19,-2,-20; MA /M: SY='W'; M=-19,-28,-31,-32,-24,39,-26,-12,-7,-19,-3,-6,-24,-28,-21,-15,-24,-16,-13,52,37,-20; MA /M: SY='S'; M=2,-10,0,-14,-10,-11,-15,-12,-12,-9,-11,-6,-6,-19,-7,-7,7,4,-5,-28,-10,-9; MA /M: SY='Q'; M=-3,0,-15,-3,6,-26,-14,-4,-21,8,-20,-9,3,-14,14,8,3,-3,-18,-27,-15,9; MA /M: SY='E'; M=-9,10,-28,16,22,-25,-13,2,-26,2,-20,-15,3,-9,6,-1,-1,-8,-23,-24,-12,13; MA /M: SY='E'; M=-8,-4,-25,-4,10,-14,-20,3,-12,0,-9,-3,-2,-15,7,-1,-5,-7,-13,-23,-6,8; MA /M: SY='R'; M=-17,-10,-28,-11,1,-14,-22,2,-21,16,-12,-5,-4,-19,6,41,-11,-10,-16,-20,-6,0; MA /M: SY='R'; M=-4,-3,-27,-2,6,-25,-12,2,-24,8,-22,-12,-1,-1,6,11,-1,-7,-20,-26,-14,4; MA /M: SY='K'; M=-8,3,-26,2,11,-26,-17,-5,-21,19,-22,-10,4,-12,10,12,-3,-5,-17,-25,-12,10; MA /I: I=-5; MI=0; MD=-15; IM=0; MA /M: SY='I'; M=-8,-21,-22,-25,-17,5,-27,-14,16,-13,12,11,-18,-21,-14,-12,-17,-8,11,-13,8,-17; D=-3; MA /I: DM=-15; MA /M: SY='K'; M=1,-9,-21,-12,-4,-14,-18,-10,-10,9,-6,0,-8,-15,-2,4,-9,-7,-6,-20,-8,-3; D=-3; MA /I: DM=-15; MA /M: SY='E'; M=1,0,-23,-1,6,-22,-11,-1,-18,5,-15,-8,0,-12,6,1,-1,-6,-15,-24,-11,5; D=-3; MA /I: MD=-15; MA /M: SY='E'; M=-9,3,-28,8,22,-27,-17,-1,-22,5,-18,-12,-2,0,14,1,-3,-8,-22,-25,-14,17; D=-3; MA /I: MD=-15; MA /M: SY='N'; M=-12,10,-18,2,-5,-8,-13,14,-16,-8,-16,-10,19,-20,-4,-5,-1,-4,-18,-24,-2,-5; D=-3; MA /I: MD=-15; MA /M: SY='P'; M=-6,-16,-34,-9,1,-28,-18,-18,-19,-6,-27,-18,-15,66,-8,-15,-5,-6,-25,-29,-26,-7; D=-3; MA /I: I=-5; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15; MA /M: SY='D'; M=-8,13,-25,16,6,-27,1,-4,-27,-1,-23,-17,9,-10,1,-6,3,-5,-23,-30,-18,3; D=-3; MA /I: DM=-15; MA /M: SY='M'; M=-4,-16,-21,-20,-14,-5,-21,-14,8,-9,10,15,-16,-19,-10,-11,-13,-5,6,-19,-4,-12; D=-3; MA /I: DM=-15; MA /M: SY='H'; M=-5,3,-23,1,5,-23,-9,13,-24,4,-24,-12,8,-12,6,4,7,0,-20,-30,-10,4; MA /M: SY='N'; M=-7,-1,-19,-11,-12,0,-17,-9,-1,-11,-7,-4,8,-20,-12,-8,-2,-1,-2,-25,-7,-12; MA /M: SY='A'; M=9,-6,-18,-10,-6,-19,-1,-13,-14,-4,-15,-7,-1,-12,-5,-7,9,5,-9,-26,-16,-6; MA /I: I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32; MA /M: SY='E'; M=-4,14,-25,21,28,-28,-14,-4,-24,2,-19,-18,4,-7,8,-6,2,-6,-20,-31,-18,18; D=-6; MA /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32; MA /M: SY='I'; M=-8,-27,-22,-32,-22,6,-33,-25,29,-25,20,14,-22,-23,-21,-23,-17,-6,23,-21,-1,-23; MA /M: SY='S'; M=8,-5,-12,-8,-7,-18,-3,-14,-14,-8,-19,-11,2,-13,-5,-10,19,11,-6,-32,-17,-6; MA /I: MD=-25; MA /M: SY='K'; M=-8,-2,-26,-1,5,-25,-15,-9,-24,30,-24,-9,-1,-12,8,21,-5,-7,-16,-21,-11,6; D=-5; MA /I: I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25; MA /M: SY='R'; M=-5,-9,-23,-12,-4,-15,-20,-10,-3,4,-6,2,-6,-14,1,5,-7,-6,-3,-20,-8,-3; D=-5; MA /I: I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25; MA /M: SY='L'; M=-4,-24,-4,-27,-21,0,-22,-21,12,-24,22,10,-22,-25,-18,-20,-18,-8,9,-20,-6,-20; D=-5; MA /I: I=-5; MI=-25; MD=-25; IM=-25; DM=-25; MA /M: SY='G'; M=7,-7,-22,-8,-11,-25,42,-16,-30,-14,-25,-17,0,-15,-13,-16,7,-9,-21,-22,-24,-12; D=-5; MA /I: DM=-25; MA /M: SY='E'; M=-2,2,-23,4,15,-23,-12,-5,-23,8,-19,-13,-1,-11,6,3,0,-6,-17,-25,-12,10; MA /M: SY='R'; M=-9,-7,-26,-8,4,-19,-19,-6,-15,12,-10,0,-5,-15,7,20,-8,-7,-12,-22,-10,4; MA /M: SY='W'; M=-19,-38,-45,-39,-29,10,-19,-28,-20,-20,-19,-19,-38,-30,-20,-20,-38,-28,-28,137,29,-20; MA /M: SY='K'; M=-10,2,-27,0,6,-26,-15,-1,-26,29,-26,-10,7,-14,10,25,-4,-7,-20,-24,-11,7; MA /M: SY='N'; M=-2,3,-21,1,4,-19,-9,-7,-16,-2,-12,-9,5,-14,0,-2,2,0,-15,-28,-14,2; MA /M: SY='L'; M=-9,-24,-18,-26,-14,3,-27,-14,15,-21,32,22,-24,-25,-12,-16,-23,-9,7,-21,-2,-13; MA /M: SY='S'; M=0,1,-19,0,3,-22,-9,-8,-20,-3,-23,-15,4,-2,1,-6,16,11,-14,-32,-17,1; MA /I: MD=-22; MA /M: SY='E'; M=-4,8,-27,13,17,-28,-14,-6,-23,3,-20,-16,1,6,6,-4,-1,-7,-22,-28,-18,11; D=-4; MA /I: MD=-22; MA /M: SY='E'; M=2,4,-22,4,12,-25,-11,-6,-23,11,-21,-13,3,-9,7,3,5,-1,-17,-26,-15,9; D=-4; MA /I: I=-6; MI=0; IM=0; DM=-22; MA /M: SY='E'; M=-9,8,-28,15,31,-28,-19,-5,-22,8,-18,-14,-1,-7,11,-1,-3,-9,-19,-29,-16,21; MA /M: SY='K'; M=-11,-1,-30,-2,8,-28,-20,-9,-29,45,-28,-10,0,-11,10,33,-10,-9,-19,-20,-10,9; MA /M: SY='R'; M=-2,-5,-25,-5,3,-21,-13,-7,-16,6,-14,-6,-4,-14,6,7,-3,-7,-13,-21,-11,3; MA /M: SY='P'; M=-9,-11,-31,-8,3,-23,-21,-7,-18,9,-20,-8,-11,24,-1,1,-10,-9,-18,-24,-13,-2; MA /M: SY='Y'; M=-20,-26,-29,-29,-24,42,-28,0,-2,-18,1,-2,-23,-30,-21,-15,-23,-13,-9,38,54,-23; MA /M: SY='E'; M=-11,-7,-27,-7,5,-8,-24,-6,-4,-3,-7,-4,-7,-15,-2,-6,-8,-8,-6,-20,-1,0; MA /M: SY='E'; M=-7,9,-27,13,19,-28,-16,1,-25,11,-21,-14,3,-9,13,5,-1,-8,-22,-27,-13,15; MA /M: SY='E'; M=-6,-5,-25,-4,12,-18,-19,-7,-14,9,-5,1,-8,-13,4,4,-10,-9,-12,-24,-11,8; MA /M: SY='A'; M=31,-11,-11,-19,-10,-12,-7,-15,-9,-10,-9,-8,-10,-14,-8,-16,5,-1,-3,-17,-8,-9; MA /M: SY='E'; M=-1,0,-24,0,15,-25,-16,-6,-19,11,-17,-9,-1,-11,13,5,0,-6,-16,-25,-14,14; MA /I: I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32; MA /M: SY='R'; M=-5,-1,-26,1,13,-24,-15,-7,-24,18,-19,-11,-1,-12,7,19,-3,-7,-17,-24,-14,9; D=-6; MA /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32; MA /M: SY='D'; M=-10,6,-25,12,8,-19,-19,-7,-13,-7,0,-6,-4,-16,1,-7,-10,-9,-13,-27,-11,4; MA /M: SY='R'; M=-11,-6,-29,-6,3,-22,-20,-5,-23,27,-19,-7,-4,-15,9,28,-10,-10,-17,-15,-6,5; MA /M: SY='E'; M=4,-6,-22,-7,5,-20,-17,-9,-13,5,-11,-6,-7,-13,5,1,-3,-4,-8,-23,-11,5; MA /M: SY='R'; M=-13,-3,-27,-2,9,-23,-20,-4,-20,16,-14,-6,-2,-15,12,25,-8,-9,-16,-23,-11,9; MA /M: SY='Y'; M=-19,-14,-29,-15,-14,14,-26,40,-9,-11,-5,0,-11,-27,-4,-7,-16,-13,-16,10,55,-13; MA /M: SY='E'; M=-11,1,-27,3,18,-20,-20,-1,-16,6,-9,-1,-2,-12,10,6,-8,-9,-17,-26,-11,13; MA /M: SY='R'; M=-5,-2,-24,-2,5,-22,-16,-8,-20,15,-17,-9,-1,-14,4,18,-3,-5,-13,-25,-13,3; MA /M: SY='E'; M=-5,9,-25,14,27,-27,-16,-2,-23,5,-18,-14,3,-8,10,-2,-1,-8,-21,-29,-16,18; MA /M: SY='M'; M=-12,-16,-24,-21,-15,5,-24,3,7,-10,7,18,-13,-21,-8,-9,-16,-9,1,-11,15,-13; MA /I: I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32; MA /M: SY='P'; M=-2,-5,-28,-2,4,-27,-14,-12,-21,7,-23,-13,-5,17,2,0,-1,-5,-20,-27,-19,1; D=-6; MA /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32; MA /M: SY='D'; M=-3,12,-24,13,9,-25,-6,-3,-24,1,-20,-16,9,-12,2,-2,3,-3,-20,-30,-17,5; MA /M: SY='Y'; M=-18,-20,-29,-22,-18,24,-27,6,-4,-11,-2,-2,-19,-28,-12,-11,-21,-12,-12,33,54,-17; MA /M: SY='K'; M=-10,-3,-27,-5,4,-19,-18,-8,-16,16,-16,-6,0,-14,2,16,-8,-8,-12,-22,-10,2; MA /I: E1=0; IE=-105; DE=-105; CC /MATRIX_TYPE=protein_domain; CC /SCALING_DB=reversed; CC /AUTHOR=K_Hofmann, N_Hulo; CC /FT_KEY=DNA_BIND; /FT_DESC=HMG box; CC /VERSION=6; PR PRU00267; DO PDOC00305; //