ID   ASP_PROT_RETROV; MATRIX.
AC   PS50175;
DT   01-DEC-2001 CREATED; 26-FEB-2020 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
DE   Aspartyl protease, retroviral-type family profile.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=72;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=67;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=-0.7856000; R2=0.0251893; TEXT='NScore';
MA   /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2336.9001465; R2=5.5017223; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=369; H_SCORE=4367; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=290; H_SCORE=3932; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=-50; E1=-50; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='V'; M=-7,-21,-18,-26,-19,9,-28,-22,9,-11,5,4,-17,-22,-18,-10,-13,-3,11,-17,0,-19;
MA   /M: SY='E'; M=-8,1,-24,2,18,-21,-19,-7,-18,9,-14,-10,0,-11,8,7,-1,0,-15,-27,-13,13;
MA   /M: SY='A'; M=12,-18,-18,-24,-20,3,5,-20,-8,-19,-4,-3,-13,-20,-21,-20,-4,-8,-1,-15,-9,-19;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-31,-21,9,-31,-21,22,-30,47,20,-29,-29,-20,-21,-29,-10,13,-20,0,-21;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-30,-17,-31,-24,9,-30,-23,23,-27,36,16,-29,-30,-24,-20,-23,-7,22,-22,-2,-24;
MA   /M: SY='D'; M=-20,50,-30,70,20,-40,-10,0,-40,0,-30,-30,20,-10,0,-10,0,-10,-30,-40,-20,10;
MA   /M: SY='T'; M=0,0,-10,-10,-10,-10,-19,-20,-10,-10,-11,-10,0,-10,-10,-10,21,49,0,-30,-10,-10;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='A'; M=50,-10,-10,-20,-10,-20,0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20,10,0,0,-20,-20,-10;
MA   /M: SY='D'; M=-18,43,-30,60,24,-39,-12,1,-38,2,-28,-27,17,-9,6,-8,0,-10,-30,-38,-19,15;
MA   /M: SY='D'; M=-12,5,-26,7,0,-20,-20,2,-10,-3,-10,-5,2,-16,-3,-4,-7,-7,-8,-29,-8,-3;
MA   /M: SY='T'; M=3,-1,-10,-7,-7,-13,-14,-17,-12,-10,-16,-13,2,-11,-7,-10,26,37,-1,-33,-13,-7;
MA   /M: SY='V'; M=-5,-30,-14,-34,-30,-1,-34,-30,37,-25,13,13,-25,-26,-26,-25,-14,-5,39,-26,-6,-30;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-30,-22,-34,-25,7,-34,-25,32,-29,33,18,-26,-26,-22,-24,-24,-9,22,-20,0,-25;
MA   /M: SY='E'; M=0,0,-22,-2,7,-23,-14,-10,-21,6,-22,-14,2,3,2,2,7,7,-16,-28,-17,4;
MA   /M: SY='E'; M=-10,0,-28,2,14,-20,-14,-4,-20,2,-15,-11,-1,-13,10,3,-3,-6,-20,-18,-8,11;
MA   /M: SY='H'; M=-4,-4,-24,-9,-3,-17,-18,3,-9,-2,-12,-2,2,-7,-2,-1,-3,-3,-10,-26,-9,-5;
MA   /M: SY='D'; M=-14,15,-28,18,6,-20,-14,10,-22,-5,-17,-12,11,-17,2,-7,-4,-9,-23,-17,-5,4;
MA   /M: SY='W'; M=-11,-21,-30,-22,-20,4,-9,-19,-8,-20,-1,-5,-19,-26,-18,-18,-19,-15,-11,29,6,-18;
MA   /M: SY='P'; M=-7,-7,-31,-2,2,-28,-14,-10,-21,0,-27,-15,-6,34,1,-8,-1,-6,-23,-29,-21,-1;
MA   /I: I=-7; MI=-5; IM=-5; DM=-15; MD=-15;
MA   /M: SY='G'; M=-2,-8,-24,-8,-10,-21,15,-16,-23,-5,-17,-12,-4,-15,-10,-4,-1,-6,-15,-24,-19,-10;
MA   /M: SY='N'; M=-6,11,-23,6,-1,-22,-7,-5,-19,2,-23,-15,18,-9,-2,2,6,0,-19,-32,-17,-3;
MA   /M: SY='W'; M=-16,-23,-37,-24,-20,3,-21,-16,-12,-13,-15,-13,-22,-16,-14,-13,-22,-15,-18,63,21,-16;
MA   /M: SY='P'; M=-9,-10,-31,-7,3,-27,-19,-11,-23,13,-25,-13,-7,24,4,12,-5,-5,-22,-25,-18,1;
MA   /M: SY='P'; M=-6,-16,-26,-17,-13,-15,-8,-20,-5,-11,-7,-5,-12,2,-13,-12,-6,-1,-5,-24,-15,-15;
MA   /M: SY='R'; M=-7,-5,-23,-8,0,-20,-20,-2,-15,11,-15,-4,-3,-14,5,12,-1,3,-10,-24,-8,1;
MA   /I: MD=-23;
MA   /M: SY='B'; M=-7,5,-19,3,4,-15,-12,-4,-8,1,-12,-6,5,1,2,-3,-2,-3,-11,-20,-10,2; D=-4;
MA   /I: MD=-23;
MA   /M: SY='A'; M=7,-5,-9,-9,-7,-7,-5,-10,-4,-4,-6,-4,-4,-8,-6,-7,3,6,0,-12,-4,-7; D=-4;
MA   /I: I=-4; MI=0; IM=0; DM=-23;
MA   /M: SY='M'; M=-4,-8,-23,-14,-12,-14,-12,-10,-1,-7,-8,1,-2,-18,-6,-9,-3,-4,-3,-20,-9,-9;
MA   /M: SY='I'; M=-8,-26,-21,-29,-19,0,-31,-22,26,-23,24,16,-24,-24,-16,-20,-19,-8,21,-23,-4,-19;
MA   /M: SY='Q'; M=-8,-11,-28,-13,-6,-24,4,-5,-13,-9,-11,-2,-6,-18,9,-5,-7,-13,-15,-21,-13,0;
MA   /M: SY='G'; M=5,-10,-28,-11,-19,-29,63,-20,-37,-19,-28,-19,-1,-19,-19,-20,1,-18,-27,-20,-29,-19;
MA   /M: SY='I'; M=2,-24,-22,-31,-24,-4,-29,-26,29,-24,12,11,-18,-19,-18,-24,-10,-3,23,-23,-6,-24;
MA   /M: SY='G'; M=0,-7,-28,-9,-18,-28,60,-19,-37,-18,-29,-19,3,-19,-18,-18,2,-14,-28,-22,-28,-18;
MA   /M: SY='G'; M=-2,-8,-28,-9,-13,-27,42,-13,-31,-14,-25,-13,-1,-18,-6,-14,1,-13,-25,-20,-20,-9;
MA   /M: M=0,-10,-21,-16,-13,-6,-4,-15,-8,-10,-11,-6,-4,-18,-10,-9,0,-2,-4,-21,-10,-11;
MA   /M: SY='I'; M=-5,-10,-15,-16,-14,-10,-23,-18,7,-10,-3,0,-3,-19,-12,-12,-2,3,7,-29,-10,-14;
MA   /M: SY='N'; M=-11,4,-20,1,7,-19,-13,0,-20,5,-19,-10,8,-11,3,7,-2,-5,-19,-27,-11,4;
MA   /M: M=-3,-11,-23,-12,-12,-16,-8,-12,-7,-12,-12,-5,-10,0,-11,-15,-4,-3,-2,-26,-13,-13;
MA   /M: SY='R'; M=-11,-7,-28,-7,5,-11,-21,-4,-23,16,-18,-10,-5,-15,4,18,-8,-6,-18,-9,-1,4;
MA   /M: SY='Q'; M=-11,-5,-29,-6,7,-18,-20,-4,-19,11,-19,-8,-3,-14,15,10,-5,-7,-20,-6,-2,11;
MA   /M: SY='Y'; M=-7,-9,-22,-12,-10,0,-17,-6,-12,-6,-13,-10,-5,-19,-7,-7,3,7,-11,2,14,-9;
MA   /M: SY='D'; M=-7,3,-24,4,0,-19,-15,-10,-16,-2,-15,-10,2,-10,-2,-4,1,0,-14,-21,-12,-1;
MA   /M: SY='N'; M=-10,9,-24,8,7,-24,-13,3,-19,3,-18,-10,11,-16,10,5,0,-5,-18,-29,-13,7;
MA   /M: SY='V'; M=-4,-20,-18,-23,-17,-6,-25,-18,11,-12,4,8,-18,-18,-12,-8,-7,1,17,-24,-7,-16;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-15,-26,-14,-1,-9,-21,-2,-2,-13,7,2,-14,-12,-5,-10,-14,-9,-7,-23,-4,-5;
MA   /M: SY='V'; M=-8,-18,-24,-19,-11,-9,-26,-15,2,-7,1,1,-17,-10,-12,-8,-12,-3,4,-16,-6,-12;
MA   /M: SY='W'; M=-12,-12,-25,-12,2,-16,-22,-6,-14,-1,-13,-7,-11,-18,5,0,-13,-13,-15,6,-3,3;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-18,-25,-20,-12,-1,-19,-14,4,-12,7,4,-15,-21,-10,-11,-14,-7,0,-15,3,-12;
MA   /M: M=-8,-4,-22,-2,0,-16,-9,-2,-19,-1,-13,-8,-4,-17,-5,-1,-7,-10,-13,-24,-10,-3;
MA   /M: SY='D'; M=-7,6,-26,9,5,-26,-6,-9,-23,3,-20,-14,3,-9,0,0,0,-6,-19,-28,-17,2;
MA   /M: SY='E'; M=-11,5,-29,9,14,-26,-11,1,-26,11,-19,-12,2,-7,7,4,-6,-11,-23,-27,-13,9;
MA   /I: I=-5; MI=0; MD=-25; IM=0;
MA   /M: M=-5,-11,-21,-15,-14,-7,-1,-16,-9,-7,-12,-5,-4,-19,-13,-5,-1,-2,-3,-21,-10,-14; D=-5;
MA   /I: DM=-25;
MA   /M: SY='T'; M=-7,-15,-23,-19,-13,-9,-21,-12,1,-9,0,1,-11,-13,-8,-4,-7,3,1,-21,-4,-13;
MA   /M: SY='R'; M=-12,-11,-26,-13,-2,-6,-25,1,-7,1,-8,-2,-7,-17,-4,5,-9,-6,-5,-21,-1,-4;
MA   /M: SY='G'; M=0,-7,-22,-10,-10,-21,10,-11,-19,-8,-20,-11,0,-15,-6,-7,8,3,-13,-26,-16,-9;
MA   /M: SY='P'; M=-9,-10,-27,-9,-5,-10,-20,-16,-16,-9,-18,-14,-10,29,-9,-11,-1,7,-17,-24,-14,-9;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-28,-15,-32,-26,14,-31,-19,22,-24,18,15,-24,-27,-22,-21,-19,-8,19,-14,9,-25;
MA   /M: SY='I'; M=-7,-29,-19,-32,-26,4,-32,-24,30,-25,24,17,-27,-27,-23,-22,-19,-6,29,-22,-1,-26;
MA   /M: SY='I'; M=-7,-26,-18,-31,-25,9,-31,-25,24,-24,20,11,-23,-25,-23,-21,-14,1,23,-21,-1,-25;
MA   /M: SY='P'; M=-2,-15,-27,-14,-11,-16,3,-19,-15,-17,-15,-12,-10,16,-14,-19,-1,-5,-16,-25,-20,-14;
MA   /I: MD=-18;
MA   /M: SY='P'; M=-4,6,-24,10,9,-23,-11,-7,-21,-4,-23,-18,5,16,-1,-10,5,-1,-21,-29,-17,3; D=-4;
MA   /I: I=-4; MI=0; IM=0; DM=-18;
MA   /M: SY='T'; M=-6,-7,2,-13,-14,-9,-21,-18,-2,-18,1,-4,-5,-21,-14,-16,-1,9,1,-32,-12,-15;
MA   /M: SY='P'; M=-11,-15,-37,-9,0,-28,-20,-17,-18,-2,-27,-17,-14,64,-7,-10,-10,-10,-26,-28,-25,-8;
MA   /M: SY='V'; M=-5,-27,-23,-30,-25,3,-23,-22,13,-20,3,3,-25,-26,-20,-19,-16,-9,16,6,5,-22;
MA   /M: SY='N'; M=-5,15,-23,8,6,-23,-10,-3,-20,-3,-25,-17,21,5,2,-6,7,4,-24,-34,-20,3;
MA   /M: SY='I'; M=-9,-30,-23,-34,-25,5,-34,-25,34,-29,33,19,-26,-26,-21,-24,-24,-9,23,-21,-1,-25;
MA   /M: SY='L'; M=-13,-32,-29,-36,-26,14,-30,-25,16,-28,23,9,-29,-28,-22,-22,-29,-15,5,21,10,-23;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10,0,-20,-20,0,-30,30,-20,-10,0,-20,10,70,-10,-10,-20,-20,-10,0;
MA   /M: SY='D'; M=-16,45,-27,56,15,-35,-8,1,-35,-1,-30,-28,27,-12,0,-8,4,-6,-29,-40,-20,8;
MA   /M: SY='I'; M=-4,-17,-15,-25,-21,-1,-26,-20,19,-23,16,8,-11,-24,-18,-21,-15,-7,11,-24,-6,-21;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
CC   /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC   /SCALING_DB=reversed;
CC   /AUTHOR=K_Hofmann;
CC   /FT_KEY=DOMAIN; /FT_DESC=Peptidase A2;
CC   /VERSION=6;
PR   PRU00275;
DO   PDOC00128;
//