ID   PUM; MATRIX.
AC   PS50302;
DT   01-JAN-2004 CREATED; 01-OCT-2013 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
DE   Pumilio RNA-binding repeat profile.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=36;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=36;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.4344258; R2=0.0233314; TEXT='NScore';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=218; N_SCORE=7.5; MODE=1; TEXT='R';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=89; N_SCORE=4.5; MODE=1; TEXT='R?';
MA   /DEFAULT: M0=-8; D=-30; I=-30; B1=-100; E1=-100; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='E'; M=-2,3,-23,4,15,-24,-12,0,-23,4,-19,-13,3,-9,8,1,3,-4,-19,-27,-13,11;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-27,-21,-32,-24,12,-30,-21,23,-25,25,16,-23,-25,-21,-20,-19,-6,17,-18,2,-23;
MA   /M: SY='M'; M=-5,-13,-20,-15,-8,-9,-20,-12,-2,-7,0,1,-11,-16,-7,-6,-8,-4,-1,-23,-7,-9;
MA   /I: I=-8; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
MA   /M: SY='D'; M=-6,4,-26,6,3,-25,3,-8,-26,-2,-24,-16,5,-5,-2,-4,2,-5,-22,-28,-18,0;
MA   /M: SY='H'; M=-10,6,-22,3,2,-17,-13,14,-20,-1,-18,-10,10,-16,3,1,-1,-6,-20,-26,-3,1;
MA   /M: SY='L'; M=-6,-25,-12,-29,-22,9,-28,-21,15,-23,17,10,-22,-25,-20,-20,-16,-6,13,-18,1,-22;
MA   /M: SY='V'; M=-5,-16,-19,-17,-12,-6,-22,-13,4,-12,2,3,-14,-17,-11,-12,-10,-6,6,-22,-3,-13;
MA   /M: SY='E'; M=-7,0,-24,2,10,-20,-17,-2,-19,4,-17,-10,0,-9,6,2,0,-3,-16,-25,-10,7;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-27,-19,-31,-23,10,-30,-19,21,-25,30,19,-25,-27,-19,-19,-22,-7,14,-18,2,-22;
MA   /M: SY='A'; M=12,-14,4,-20,-16,-12,-12,-19,-4,-16,-7,-2,-11,-19,-13,-18,4,1,3,-29,-15,-15;
MA   /M: SY='T'; M=-7,-10,-14,-14,-8,-9,-20,-10,-6,-5,-5,0,-6,-18,-5,-3,-4,2,-3,-25,-7,-7;
MA   /M: SY='D'; M=-14,28,-25,33,10,-30,-9,15,-30,-2,-26,-19,20,-14,4,-6,3,-6,-27,-35,-12,6;
MA   /M: SY='K'; M=-8,-6,-27,-5,5,-25,-19,-4,-19,13,-19,-6,-4,0,12,10,-5,-7,-18,-24,-12,7;
MA   /M: SY='Y'; M=-15,-10,-24,-14,-13,19,-23,11,-7,-14,-5,-4,-5,-24,-11,-10,-11,-8,-11,-2,28,-13;
MA   /M: SY='G'; M=10,-10,-24,-11,-16,-27,48,-19,-32,-17,-26,-18,-2,-18,-17,-19,4,-12,-22,-21,-27,-16;
MA   /M: SY='N'; M=-2,7,11,-2,-7,-19,-10,-7,-20,-9,-24,-17,17,-20,-7,-9,14,6,-15,-39,-19,-7;
MA   /M: SY='Y'; M=-16,-9,-21,-12,-9,0,-22,11,-15,1,-11,-5,-3,-23,-4,10,-12,-10,-15,-8,17,-9;
MA   /M: SY='V'; M=0,-25,-12,-28,-24,3,-27,-25,20,-20,10,8,-24,-26,-24,-20,-10,-1,30,-24,-5,-24;
MA   /M: SY='I'; M=-4,-29,-17,-33,-26,4,-31,-26,29,-25,21,15,-26,-26,-23,-23,-18,-6,28,-21,-3,-26;
MA   /M: SY='Q'; M=-9,0,-27,0,20,-32,-20,4,-18,7,-16,-3,-2,-10,39,5,-2,-9,-24,-22,-11,29;
MA   /M: SY='K'; M=-9,-4,-24,-5,2,-21,-17,0,-22,19,-20,-8,-1,-14,6,16,-5,-6,-17,-19,-5,3;
MA   /M: SY='L'; M=-2,-22,2,-28,-21,-1,-25,-20,8,-20,10,7,-19,-25,-18,-19,-13,-6,9,-24,-7,-20;
MA   /M: SY='L'; M=-11,-29,-21,-33,-24,13,-32,-21,25,-27,30,17,-25,-27,-21,-22,-23,-9,16,-16,5,-23;
MA   /M: SY='E'; M=-8,9,-27,13,18,-26,-12,-3,-26,7,-21,-15,5,-8,8,2,0,-5,-22,-27,-15,13;
MA   /M: M=-7,-10,-18,-14,-10,-6,-19,-2,-5,-9,-5,-1,-7,-19,-7,-8,-5,-2,-4,-20,0,-10;
MA   /M: SY='A'; M=3,-10,-7,-14,-12,-13,-4,-15,-12,-12,-9,-7,-7,-19,-11,-12,-1,-4,-6,-25,-14,-12;
MA   /M: SY='S'; M=-4,6,-20,6,1,-21,-10,-6,-21,-3,-21,-15,5,-5,-2,-6,7,3,-16,-30,-15,-1;
MA   /M: SY='E'; M=-5,0,-24,3,6,-20,-12,-9,-19,-1,-17,-13,-3,-3,-1,-5,-1,-3,-15,-26,-13,2;
MA   /M: SY='E'; M=-3,1,-24,3,8,-23,-12,-6,-20,3,-19,-12,0,-3,1,-1,1,-4,-16,-28,-15,4;
MA   /M: SY='E'; M=-8,0,-23,1,9,-19,-17,-2,-15,0,-13,-7,-1,-12,9,-2,-3,-6,-14,-24,-8,8;
MA   /M: SY='R'; M=-8,-9,-24,-11,-2,-16,-21,-9,-10,7,-10,-3,-6,-15,3,11,-7,-6,-8,-22,-8,-1;
MA   /I: I=-8; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
MA   /M: SY='E'; M=-7,3,-24,5,8,-22,-15,-4,-19,4,-16,-10,1,-11,6,3,-2,-5,-16,-27,-12,6;
MA   /M: SY='R'; M=-6,-9,-22,-11,-3,-12,-19,-10,-8,-2,-6,-2,-7,-15,-1,2,-6,-4,-7,-22,-8,-3;
MA   /M: SY='I'; M=-9,-27,-21,-33,-24,7,-32,-21,27,-25,24,18,-23,-25,-19,-22,-20,-8,19,-18,2,-23;
MA   /M: SY='I'; M=-7,-25,-20,-30,-24,11,-29,-20,20,-22,16,12,-21,-24,-20,-19,-15,-4,18,-16,4,-23;
MA   /M: SY='D'; M=-6,10,-22,11,11,-25,-10,-3,-24,4,-22,-15,9,-11,6,2,4,-2,-20,-30,-15,8;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
CC   /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC   /SCALING_DB=reversed;
CC   /AUTHOR=P_Bucher, N_Hulo;
CC   /FT_KEY=REPEAT; /FT_DESC=Pumilio;
CC   /VERSION=4;
PR   PRU00317;
DO   PDOC50302;
//