ID ZF_INTEGRASE; MATRIX. AC PS50876; DT 01-APR-2004 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE. DE Zinc finger integrase-type profile. MA /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=42; MA /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=38; MA /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.3575423; R2=0.0122680; TEXT='NScore'; MA /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2595.2043457; R2=0.6439499; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; MA /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=501; H_SCORE=2918; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; MA /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=338; H_SCORE=2813; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; MA /DEFAULT: M0=-8; D=-30; I=-30; B1=-300; E1=-300; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; MA /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; MA /M: SY='E'; M=-7,2,-26,6,16,-21,-9,-10,-24,-1,-17,-16,-2,-11,2,-6,1,-2,-20,-15,-13,9; MA /M: SY='N'; M=4,6,-22,-2,-2,-22,-5,-8,-21,7,-23,-14,13,-6,-2,5,3,-1,-18,-27,-18,-3; MA /M: SY='I'; M=-9,-28,-24,-33,-25,1,-34,-24,32,-23,24,18,-22,-24,-18,-18,-21,-9,23,-21,-2,-24; MA /M: SY='E'; M=-8,9,-28,16,20,-29,-17,-5,-22,2,-19,-15,1,0,11,-2,-1,-6,-21,-29,-17,14; MA /M: SY='E'; M=-3,-2,-29,2,22,-29,-17,-6,-24,9,-23,-14,-4,11,14,4,0,-7,-24,-26,-18,17; MA /M: SY='A'; M=39,-11,-13,-18,-9,-20,-3,-20,-10,-10,-12,-11,-10,-2,-10,-19,10,1,-1,-23,-20,-10; MA /M: SY='Q'; M=-4,-7,-27,-7,8,-26,-14,-6,-14,5,-14,-4,-5,-13,18,7,-4,-9,-14,-22,-13,12; MA /M: SY='E'; M=-9,10,-28,15,35,-30,-17,0,-24,8,-21,-15,5,-6,20,1,2,-7,-25,-29,-17,27; MA /M: SY='E'; M=-6,7,-24,9,18,-19,-15,-4,-19,1,-12,-13,4,-12,3,-4,0,-5,-18,-27,-11,11; MA /M: SY='H'; M=-18,-1,-29,0,4,-19,-20,83,-26,-8,-17,3,7,-18,10,-1,-10,-18,-27,-29,15,3; MA /M: SY='E'; M=2,2,-20,2,14,-17,-15,-5,-18,-3,-16,-14,-2,-10,4,-8,8,7,-14,-22,-5,8; MA /M: SY='K'; M=-11,-7,-25,-9,-1,-12,-22,-10,-16,17,-9,-3,-4,-17,2,14,-10,-5,-13,-19,-6,1; MA /M: SY='Y'; M=-16,-21,-30,-23,-17,14,-25,4,-8,-12,-1,-3,-19,-26,-12,-10,-21,-11,-12,29,32,-15; MA /M: SY='H'; M=-19,-3,-30,-4,-3,-18,-22,88,-23,-12,-16,2,7,-20,7,-3,-11,-19,-25,-29,18,-3; MA /M: SY='T'; M=-1,-11,-16,-13,-8,-13,-13,-14,-4,-13,-3,-3,-8,-17,-2,-11,7,10,-1,-28,-12,-5; MA /M: SY='N'; M=-2,23,-22,15,-3,-24,12,-3,-26,-6,-27,-20,30,-17,-5,-8,9,-2,-25,-34,-22,-4; MA /M: SY='A'; M=15,-18,-19,-22,-16,-10,-12,-20,-4,-13,-9,-3,-17,-12,-13,-18,-1,-1,2,1,-9,-14; MA /M: SY='R'; M=-9,-4,-27,-5,5,-21,-19,9,-23,18,-20,-7,-1,-14,13,19,-5,-6,-19,-18,0,7; MA /M: SY='A'; M=9,-8,-21,-12,-4,-16,-5,-12,-12,-5,-14,-9,-5,-13,-3,-10,4,1,-8,-19,-8,-5; MA /M: SY='L'; M=-10,-23,-20,-26,-18,7,-27,-16,16,-26,41,18,-21,-29,-17,-18,-26,-9,6,-22,-2,-18; MA /M: SY='S'; M=7,-6,-7,-9,-1,-24,-11,-11,-22,7,-22,-12,-2,-14,4,7,8,0,-13,-28,-17,1; MA /M: SY='H'; M=-13,-4,-26,-3,3,-14,-19,6,-17,-3,-9,-7,-1,-8,3,5,-6,-6,-18,-25,-7,1; MA /M: SY='E'; M=-8,9,-25,9,22,-26,-16,-2,-23,12,-21,-11,7,-8,14,4,3,-2,-22,-29,-15,18; MA /M: SY='F'; M=-18,-28,1,-37,-29,56,-30,-19,-3,-29,8,-2,-21,-32,-35,-21,-19,-10,-1,-1,21,-29; MA /M: SY='N'; M=-7,11,-26,7,0,-28,10,0,-29,5,-29,-16,17,-16,3,1,3,-8,-26,-28,-18,1; MA /M: SY='I'; M=-9,-30,-25,-35,-26,4,-35,-26,37,-29,31,19,-25,-25,-21,-25,-23,-9,23,-21,-1,-26; MA /M: SY='P'; M=-8,-17,-36,-9,-1,-28,-19,-19,-19,-10,-29,-19,-17,77,-9,-19,-5,-4,-27,-31,-28,-9; MA /M: SY='R'; M=-13,-6,-26,-10,-6,-13,-18,-6,-14,4,-9,-3,1,-15,1,16,-9,-4,-15,-13,-8,-4; MA /M: SY='L'; M=0,-14,-19,-16,-5,-9,-22,-16,0,-5,6,3,-15,-18,-8,-6,-8,1,4,-24,-9,-7; MA /M: SY='V'; M=2,-19,-17,-20,-12,-12,-25,-19,14,-12,1,5,-19,-21,-6,-14,-6,-4,22,-26,-11,-9; MA /M: SY='A'; M=46,-12,-10,-21,-12,-18,-2,-21,-7,-11,-8,-8,-12,-12,-12,-20,8,0,4,-21,-19,-12; MA /M: SY='R'; M=-14,-2,-30,0,17,-26,-20,-3,-30,32,-23,-12,0,-12,12,41,-8,-10,-22,-22,-12,12; MA /M: SY='Q'; M=-13,10,-30,16,28,-35,-18,4,-27,11,-22,-12,3,-9,33,12,-1,-10,-29,-26,-14,30; MA /M: SY='I'; M=-9,-30,-28,-38,-29,1,-38,-29,46,-29,22,19,-22,-22,-21,-28,-20,-9,30,-21,-1,-29; MA /M: SY='V'; M=-3,-27,-16,-30,-27,-1,-30,-29,26,-18,7,8,-26,-26,-25,-19,-11,-1,37,-20,-7,-27; MA /M: SY='Q'; M=-6,7,-26,3,11,-27,-14,5,-23,14,-22,-10,12,-13,19,16,0,-7,-24,-26,-13,14; MA /M: SY='S'; M=0,-1,-19,-2,7,-22,-13,5,-21,1,-21,-12,3,-11,9,3,13,8,-16,-30,-11,7; MA /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; MA /M: SY='P'; M=7,-3,-21,-1,6,-25,-10,-13,-20,-7,-23,-17,-3,15,0,-12,13,5,-16,-31,-21,1; MA /M: SY='H'; M=-9,-5,-26,-6,3,-21,-21,24,-15,2,-13,-1,-1,-15,12,1,-5,-6,-15,-25,-1,6; MA /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30; MA /M: SY='Q'; M=-6,-1,-26,-3,10,-32,-18,1,-17,7,-19,-4,1,-7,34,7,0,-5,-21,-23,-12,21; MA /I: E1=0; IE=-105; DE=-105; NR /RELEASE=2024_02,571282; NR /TOTAL=98(98); /POSITIVE=98(98); /UNKNOWN=0(0); /FALSE_POS=0(0); NR /FALSE_NEG=6; /PARTIAL=0; CC /MATRIX_TYPE=protein_domain; CC /SCALING_DB=reversed; CC /AUTHOR=N_Hulo; CC /TAXO-RANGE=??E?V; /MAX-REPEAT=1; CC /FT_KEY=ZN_FING; /FT_DESC=Integrase-type; CC /VERSION=5; DR P63132 , PO113_HUMAN, T; P10266 , POK10_HUMAN, T; DR Q9UQG0 , POK11_HUMAN, T; Q9QC07 , POK18_HUMAN, T; DR Q9WJR5 , POK19_HUMAN, T; P63136 , POK25_HUMAN, T; DR Q9BXR3 , POK6_HUMAN , T; P63135 , POK7_HUMAN , T; DR P63133 , POK8_HUMAN , T; P10399 , POL1_CHICK , T; DR Q7SQ98 , POL_ALV , T; Q04095 , POL_ALVA , T; DR P19560 , POL_BIV29 , T; P33459 , POL_CAEVC , T; DR P11204 , POL_EIAV9 , T; P32542 , POL_EIAVC , T; DR P03371 , POL_EIAVY , T; P16088 , POL_FIVPE , T; DR P19028 , POL_FIVSD , T; P31822 , POL_FIVT2 , T; DR O93215 , POL_HV190 , T; O12158 , POL_HV192 , T; DR O89290 , POL_HV193 , T; Q9QBY3 , POL_HV196 , T; DR Q9QBZ9 , POL_HV197 , T; O41798 , POL_HV19N , T; DR P03369 , POL_HV1A2 , T; Q77373 , POL_HV1AN , T; DR P03366 , POL_HV1B1 , T; P04587 , POL_HV1B5 , T; DR Q73368 , POL_HV1B9 , T; P03367 , POL_HV1BR , T; DR P04589 , POL_HV1EL , T; Q75002 , POL_HV1ET , T; DR P04585 , POL_HV1H2 , T; P20875 , POL_HV1JR , T; DR P0C6F2 , POL_HV1LW , T; Q9QBZ1 , POL_HV1M2 , T; DR P04588 , POL_HV1MA , T; P05961 , POL_HV1MN , T; DR Q9QBZ5 , POL_HV1MP , T; Q79666 , POL_HV1MV , T; DR P12497 , POL_HV1N5 , T; P18802 , POL_HV1ND , T; DR P20892 , POL_HV1OY , T; P05959 , POL_HV1RH , T; DR Q9WC54 , POL_HV1S2 , T; Q9WC63 , POL_HV1S9 , T; DR O89940 , POL_HV1SE , T; P24740 , POL_HV1U4 , T; DR Q9Q720 , POL_HV1V9 , T; Q9QSR3 , POL_HV1VI , T; DR P35963 , POL_HV1Y2 , T; Q9IDV9 , POL_HV1YB , T; DR O91080 , POL_HV1YF , T; P12499 , POL_HV1Z2 , T; DR P18096 , POL_HV2BE , T; P24107 , POL_HV2CA , T; DR P17757 , POL_HV2D1 , T; P15833 , POL_HV2D2 , T; DR Q89928 , POL_HV2EH , T; P18042 , POL_HV2G1 , T; DR Q74120 , POL_HV2KR , T; P05962 , POL_HV2NZ , T; DR P04584 , POL_HV2RO , T; P12451 , POL_HV2SB , T; DR P20876 , POL_HV2ST , T; Q76634 , POL_HV2UC , T; DR P04026 , POL_IPHA , T; P12894 , POL_IPMAI , T; DR Q82851 , POL_JEMBR , T; P31623 , POL_JSRV , T; DR P03365 , POL_MMTVB , T; P11283 , POL_MMTVC , T; DR P07572 , POL_MPMV , T; P16901 , POL_OMVVS , T; DR P03354 , POL_RSVP , T; O92956 , POL_RSVSB , T; DR P17283 , POL_SIVCZ , T; Q1A249 , POL_SIVEK , T; DR Q02836 , POL_SIVG1 , T; P22382 , POL_SIVGB , T; DR P05896 , POL_SIVM1 , T; Q1A267 , POL_SIVMB , T; DR P05897 , POL_SIVMK , T; P12502 , POL_SIVS4 , T; DR P19505 , POL_SIVSP , T; Q8AII1 , POL_SIVTN , T; DR P27973 , POL_SIVV1 , T; P27980 , POL_SIVVG , T; DR P05895 , POL_SIVVT , T; P03364 , POL_SMRVH , T; DR P04025 , POL_SRV1 , T; P51517 , POL_SRV2 , T; DR P03370 , POL_VILV , T; P23426 , POL_VILV1 , T; DR P23427 , POL_VILV2 , T; P35956 , POL_VILVK , T; DR P03362 , POL_HTL1A , N; P14078 , POL_HTL1C , N; DR P0C211 , POL_HTL1L , N; Q0R5R2 , POL_HTL32 , N; DR Q4U0X6 , POL_HTL3P , N; P03363 , POL_HTLV2 , N; 3D 1E0E; 1K6Y; 1WJA; 1WJB; 1WJC; 1WJD; 1WJE; 1WJF; 3F9K; 3HPG; 3HPH; 3JCA; 3D 4FW2; 5CZ2; 5EJK; 5M0R; 5U1C; 6PUT; 6PUW; 6PUY; 6PUZ; 6U8Q; 6V3K; 6VDK; 3D 6VRG; 7JN3; 7KU7; 7KUI; 7SEP; 7SJX; 7U32; 7USF; 7UT1; 7Z1Z; 7ZPP; 8E14; 3D 8FN7; 8FND; 8FNG; 8FNH; 8FNJ; 8FNL; 8FNM; 8FNN; 8FNO; 8FNP; 8FNQ; PR PRU00450; DO PDOC50876; //