ID HTH_GNTR; MATRIX. AC PS50949; DT 01-DEC-2003 CREATED; 26-FEB-2020 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE. DE GntR-type HTH domain profile. MA /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=69; MA /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=64; MA /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=3.3032043; R2=0.0175858; TEXT='NScore'; MA /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3951.6735840; R2=3.4856045; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; MA /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=506; H_SCORE=5715; N_SCORE=12.2; MODE=1; TEXT='!'; MA /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=182; H_SCORE=4586; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; MA /DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B0=-50; B1=-500; E0=-50; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; MA /I: B0=0; B1=0; BI=-105; BD=-105; MA /M: SY='R'; M=-5,-9,-23,-11,-5,-17,-17,-12,-8,2,-9,-1,-8,-10,-1,4,-5,-1,-5,-24,-12,-4; MA /M: SY='P'; M=-6,-8,-27,-7,-2,-21,-14,-12,-17,-2,-20,-13,-5,22,-5,-4,0,0,-18,-28,-17,-6; MA /M: SY='L'; M=-8,-16,-23,-18,-9,-8,-24,-15,0,-3,5,3,-14,-13,-8,-1,-12,-3,0,-22,-6,-10; MA /M: SY='Y'; M=-8,-14,-22,-16,-15,7,-16,2,-8,-11,-8,-6,-12,-22,-11,-11,-6,-3,-9,5,31,-15; MA /M: SY='E'; M=-9,-1,-25,0,8,-18,-18,-4,-12,-2,-6,-5,-3,-15,7,0,-6,-6,-13,-25,-9,6; MA /M: SY='Q'; M=-9,-2,-27,-2,12,-25,-18,1,-18,6,-15,-4,-2,-13,26,8,-3,-7,-20,-20,-10,19; MA /M: SY='I'; M=-3,-28,-20,-32,-26,3,-30,-27,29,-25,19,13,-24,-25,-23,-23,-16,-5,28,-23,-4,-26; MA /M: SY='A'; M=6,-15,-21,-19,-10,-1,-17,-11,-3,-5,-4,-2,-13,-18,-10,-9,-7,-7,-1,-11,6,-11; MA /M: SY='E'; M=-5,10,-25,12,19,-26,-16,-1,-21,3,-18,-13,4,-10,13,0,1,-3,-20,-27,-13,15; MA /M: SY='R'; M=-8,-4,-26,-3,7,-20,-19,-2,-18,8,-14,-6,-3,-14,11,12,-4,-5,-16,-20,-7,8; MA /M: SY='I'; M=-10,-30,-24,-35,-25,9,-34,-24,33,-29,33,19,-25,-25,-21,-24,-24,-10,20,-19,1,-25; MA /M: SY='R'; M=-6,-5,-26,-5,6,-20,-17,-9,-20,17,-16,-9,-3,-14,4,22,-5,-6,-14,-22,-12,4; MA /M: SY='E'; M=-5,4,-24,3,13,-21,-14,1,-20,4,-17,-10,5,-12,12,2,1,-4,-20,-25,-11,12; MA /M: SY='Q'; M=-6,-2,-26,0,3,-19,-16,-4,-16,-1,-8,-3,-6,-16,6,1,-8,-9,-15,-14,-7,4; MA /M: SY='I'; M=-10,-30,-26,-38,-29,2,-38,-28,44,-29,22,19,-21,-22,-21,-28,-20,-10,27,-20,0,-29; MA /M: SY='L'; M=-4,-13,-22,-14,-7,-10,-21,-11,-1,-7,2,0,-10,-20,-6,-1,-8,-6,0,-21,-8,-8; MA /M: SY='S'; M=-1,5,-21,4,6,-23,-10,-1,-20,0,-20,-13,8,-12,5,0,10,4,-16,-31,-14,5; MA /I: I=-15; MD=-32; MA /M: SY='G'; M=-2,-7,-25,-9,-16,-27,48,-15,-35,-13,-26,-17,2,-19,-15,-11,0,-15,-26,-22,-25,-16; D=-15; MA /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32; MA /M: SY='E'; M=-6,-5,-24,-6,4,-18,-21,-7,-8,1,-9,-5,-4,-14,2,3,-4,-4,-6,-26,-11,2; MA /M: SY='Y'; M=-14,-27,-24,-30,-23,23,-30,-12,12,-23,23,11,-25,-29,-20,-18,-24,-10,5,4,24,-22; MA /M: SY='K'; M=-6,-5,-26,-4,4,-22,-14,-10,-19,8,-15,-9,-4,-3,4,7,-3,-3,-16,-25,-14,3; MA /M: SY='P'; M=-1,-13,-29,-8,1,-26,-15,-12,-18,-8,-24,-16,-13,45,-6,-16,-4,-7,-21,-29,-23,-6; MA /M: SY='G'; M=-2,-4,-29,-3,-12,-30,51,-11,-38,-16,-28,-19,2,-18,-15,-16,0,-17,-29,-23,-25,-14; MA /M: SY='D'; M=-6,14,-24,20,18,-26,-10,-3,-25,0,-21,-16,5,-9,6,-6,5,-1,-21,-29,-13,11; MA /M: SY='R'; M=-10,-8,-28,-10,1,-20,-21,-8,-18,20,-18,-5,-5,-8,6,24,-8,-7,-14,-20,-9,2; MA /M: SY='L'; M=-8,-30,-20,-31,-22,7,-31,-22,24,-29,42,18,-28,-28,-21,-21,-26,-9,16,-21,-1,-22; MA /I: I=-15; MD=-32; MA /M: SY='P'; M=-7,-16,-32,-9,-2,-24,-16,-17,-15,-8,-23,-15,-15,66,-9,-16,-8,-8,-22,-25,-24,-9; D=-15; MA /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32; MA /M: SY='S'; M=7,-4,-17,-5,-4,-20,-5,-14,-15,-9,-22,-15,1,-1,-5,-11,18,11,-8,-32,-19,-6; MA /I: I=-14; MD=-29; MA /M: SY='E'; M=-8,1,-26,6,34,-23,-21,-6,-17,5,-12,-11,-5,-7,10,-1,-3,-6,-16,-27,-16,22; D=-14; MA /I: I=-14; MD=-29; MA /M: SY='R'; M=-9,-3,-23,-7,-2,-16,-16,-1,-18,12,-17,-8,5,-17,4,29,-2,-3,-14,-23,-10,-2; D=-14; MA /I: I=-14; MI=-29; IM=-29; DM=-29; MA /M: SY='E'; M=-7,10,-27,16,31,-27,-17,-1,-25,5,-19,-15,2,-5,13,0,0,-6,-23,-29,-16,21; MA /M: SY='L'; M=-10,-29,-21,-30,-21,7,-31,-20,23,-28,42,20,-27,-28,-18,-20,-27,-9,12,-20,1,-20; MA /M: SY='A'; M=23,-11,-3,-18,-11,-18,-6,-17,-9,-10,-11,-4,-9,-15,-8,-14,7,1,0,-26,-17,-10; MA /M: SY='E'; M=6,3,-21,2,16,-24,-13,-5,-18,2,-16,-10,0,-9,7,-4,5,-1,-15,-27,-16,11; MA /M: SY='Q'; M=-8,-4,-26,-4,9,-21,-18,-4,-14,5,-9,-3,-3,-14,15,8,-5,-7,-16,-23,-11,11; MA /M: SY='F'; M=-14,-24,-22,-28,-21,31,-27,-9,6,-23,18,7,-20,-27,-22,-16,-19,-7,1,-3,23,-21; MA /M: SY='G'; M=-3,3,-28,1,-4,-28,32,-9,-32,-7,-27,-18,9,-16,-7,-10,1,-13,-27,-25,-23,-5; MA /M: SY='V'; M=-2,-27,-13,-30,-27,2,-27,-27,25,-20,11,12,-26,-27,-26,-20,-11,0,38,-26,-7,-27; MA /M: SY='S'; M=6,5,-14,2,-2,-21,3,-6,-21,-8,-28,-19,15,-12,-2,-9,29,14,-14,-37,-19,-2; MA /M: SY='R'; M=-14,-12,-28,-13,-4,-17,-18,-7,-21,18,-16,-8,-5,-13,2,43,-9,-7,-14,-21,-11,-5; MA /M: SY='N'; M=-2,0,-21,-6,-6,-17,-8,-2,-11,-9,-15,-4,6,-8,-3,-10,5,5,-11,-30,-13,-6; MA /M: SY='T'; M=1,-7,-17,-12,-9,-14,-19,-20,-7,-12,-13,-10,-6,7,-11,-14,12,28,-3,-30,-15,-11; MA /M: SY='V'; M=-2,-29,-17,-32,-27,1,-31,-27,31,-24,19,14,-26,-26,-24,-22,-15,-4,35,-25,-6,-27; MA /M: SY='R'; M=-13,-6,-25,-8,1,-21,-18,1,-24,18,-19,-9,2,-18,10,43,-4,-6,-18,-23,-10,2; MA /M: SY='E'; M=-10,3,-29,7,30,-28,-19,0,-27,18,-21,-13,0,-7,18,16,-2,-8,-24,-26,-15,23; MA /M: SY='A'; M=41,-11,-11,-19,-11,-18,-1,-20,-8,-11,-10,-9,-10,-12,-11,-19,10,2,3,-22,-19,-11; MA /M: SY='L'; M=-13,-27,-23,-29,-21,15,-30,-9,17,-24,31,18,-25,-28,-17,-18,-25,-10,7,-9,18,-20; MA /M: SY='R'; M=-2,-5,-23,-6,0,-21,-15,-7,-14,5,-14,-6,-3,-15,5,8,0,-3,-9,-25,-12,1; MA /M: SY='Q'; M=-4,-4,-23,-4,7,-20,-18,-6,-12,2,-9,-3,-4,-14,10,5,-2,-3,-12,-25,-12,8; MA /M: SY='L'; M=-9,-29,-20,-30,-20,9,-29,-19,20,-29,47,21,-29,-29,-19,-20,-29,-10,10,-20,-1,-20; MA /M: SY='E'; M=-2,-5,-22,-3,15,-20,-20,-10,-11,1,-10,-7,-8,-12,4,-2,-1,-3,-5,-27,-14,9; MA /M: SY='A'; M=7,-2,-21,-4,7,-22,-12,-8,-17,1,-17,-11,-2,-11,5,-1,5,0,-12,-23,-15,5; MA /M: SY='E'; M=-8,7,-27,12,24,-26,-17,-4,-22,9,-16,-11,2,-9,11,3,-3,-8,-20,-28,-15,17; MA /M: SY='G'; M=-2,-7,-29,-7,-14,-29,51,-13,-37,-12,-29,-18,2,-19,-13,-11,0,-17,-28,-21,-25,-14; MA /M: SY='L'; M=-9,-28,-23,-30,-22,9,-29,-17,17,-23,28,13,-27,-28,-19,-19,-24,-10,10,-4,10,-21; MA /M: SY='I'; M=-3,-29,-18,-32,-26,1,-31,-27,31,-25,21,14,-26,-26,-23,-23,-16,-5,31,-24,-5,-26; MA /M: SY='E'; M=-8,-6,-25,-5,12,-13,-22,-6,-12,1,-10,-7,-6,-13,7,-1,-2,-2,-12,-18,-3,8; MA /M: SY='T'; M=0,-13,-19,-17,-11,-12,-19,-16,-4,-3,-8,-2,-9,-13,-7,2,1,6,2,-25,-11,-10; MA /M: SY='R'; M=-8,-9,-25,-11,-2,-16,-20,-9,-12,8,-9,-4,-5,-18,3,18,-7,-7,-8,-21,-9,-1; MA /I: I=-15; MD=-32; MA /M: SY='Q'; M=-10,-4,-29,-2,3,-26,-14,1,-22,5,-22,-11,-2,6,10,9,-3,-7,-22,-24,-13,5; D=-15; MA /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32; MA /M: SY='G'; M=-5,-7,-29,-8,-10,-27,33,-10,-33,-3,-26,-15,1,-18,-4,2,-2,-15,-26,-20,-20,-8; MA /I: I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29; MA /M: SY='R'; M=-4,-5,-23,-7,-2,-20,-8,-7,-18,7,-19,-9,0,-16,1,12,2,-4,-12,-25,-12,-2; MA /M: SY='G'; M=1,-10,-29,-9,-18,-29,60,-19,-37,-18,-29,-19,-1,-16,-19,-18,0,-18,-28,-21,-29,-19; MA /M: SY='T'; M=1,-12,-14,-19,-15,1,-20,-17,-3,-15,-7,-7,-9,-17,-14,-15,6,17,1,-11,2,-15; MA /M: SY='F'; M=-14,-22,-23,-27,-21,29,-27,-9,0,-14,2,1,-17,-26,-20,-8,-14,-5,1,2,22,-20; MA /M: SY='V'; M=-2,-29,-12,-32,-30,1,-31,-30,32,-22,11,11,-27,-28,-28,-22,-12,-2,43,-27,-8,-30; MA /M: SY='A'; M=4,-6,-17,-10,-3,-17,-14,-10,-12,0,-12,-7,-2,-13,-2,3,3,2,-7,-27,-14,-4; MA /M: SY='E'; M=-6,5,-26,7,11,-25,-11,-6,-25,6,-23,-16,4,-2,4,7,2,-3,-21,-27,-17,6; MA /M: SY='R'; M=-10,-12,-26,-13,-5,-10,-22,-11,-6,-2,-6,-2,-9,-4,-4,2,-10,-7,-6,-23,-9,-6; MA /I: E0=0; E1=0; IE=-105; DE=-105; CC /MATRIX_TYPE=protein_domain; CC /SCALING_DB=window20; CC /AUTHOR=PS_Langendijk_Genevaux; CC /FT_KEY=DOMAIN; /FT_DESC=HTH gntR-type; CC /VERSION=6; PR PRU00307; DO PDOC00042; //