ID   HTH_TETR_2; MATRIX.
AC   PS50977;
DT   01-APR-2004 CREATED; 26-FEB-2020 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
DE   TetR-type HTH domain profile.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=61;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=56;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.6312854; R2=0.0271566; TEXT='NScore';
MA   /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2490.1689453; R2=3.6023810; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=382; H_SCORE=3866; N_SCORE=13.0; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=143; H_SCORE=3005; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='E'; M=-1,-5,-24,-4,7,-22,-11,-8,-18,0,-16,-11,-4,-2,3,-1,0,-4,-15,-25,-15,3;
MA   /M: SY='E'; M=-5,0,-24,-1,3,-16,-15,-6,-16,0,-13,-9,0,-12,3,3,-2,-4,-13,-24,-11,2;
MA   /M: SY='T'; M=-2,-2,-18,-7,-7,-15,-16,-12,-11,-2,-10,-8,0,-16,-6,4,4,13,-4,-27,-11,-8;
MA   /M: SY='R'; M=-11,-7,-27,-7,2,-16,-19,-5,-20,12,-15,-8,-4,-12,4,22,-8,-7,-15,-19,-9,1;
MA   /M: SY='E'; M=0,5,-25,7,18,-28,-12,-4,-25,9,-21,-15,2,-7,10,5,1,-6,-21,-26,-16,13;
MA   /M: SY='R'; M=-1,-7,-23,-8,0,-21,-16,-3,-17,9,-14,-7,-4,-15,7,12,-2,-6,-13,-20,-10,3;
MA   /M: SY='I'; M=-6,-28,-20,-34,-25,3,-32,-25,30,-26,23,15,-23,-24,-20,-22,-19,-8,21,-21,-2,-25;
MA   /M: SY='L'; M=-8,-23,-23,-26,-16,2,-28,-16,15,-18,20,11,-20,-23,-15,-14,-18,-8,10,-18,0,-17;
MA   /M: SY='D'; M=-5,10,-24,14,13,-25,-11,-2,-23,-1,-17,-15,5,-12,5,-1,3,-3,-19,-30,-15,8;
MA   /M: SY='A'; M=24,-9,-15,-15,-6,-18,-6,-15,-9,-9,-10,-8,-8,-13,-6,-13,7,2,-2,-24,-16,-6;
MA   /M: SY='A'; M=26,-13,-14,-20,-14,-12,-4,-21,-5,-15,-4,-6,-11,-13,-14,-19,4,3,1,-21,-15,-14;
MA   /M: SY='L'; M=-6,-18,-22,-20,-10,-2,-22,-14,3,-13,11,6,-17,-21,-10,-10,-13,-5,2,-14,-4,-10;
MA   /M: SY='E'; M=-5,4,-25,7,13,-25,-15,-2,-22,6,-17,-11,1,-12,8,8,-1,-6,-18,-27,-14,10;
MA   /M: SY='L'; M=-5,-23,-17,-24,-14,1,-27,-19,13,-23,30,12,-23,-24,-14,-18,-19,-5,8,-23,-5,-14;
MA   /M: SY='F'; M=-9,-26,-14,-31,-23,24,-27,-18,9,-25,18,8,-22,-27,-24,-19,-18,-8,7,-10,7,-23;
MA   /M: SY='A'; M=1,-5,-23,-7,-2,-17,-7,-10,-13,-6,-10,-8,-5,-16,-3,-7,-2,-4,-10,-19,-11,-3;
MA   /M: SY='E'; M=-7,7,-24,11,23,-27,-17,-2,-25,7,-18,-14,1,-9,14,5,1,-4,-22,-28,-15,18;
MA   /M: SY='R'; M=-11,1,-26,0,2,-16,-16,7,-21,9,-19,-9,4,-17,4,12,-4,-5,-17,-21,-2,1;
MA   /M: SY='G'; M=1,-7,-28,-6,-12,-28,38,-15,-32,-12,-27,-18,-1,-9,-13,-13,2,-13,-24,-23,-25,-13;
MA   /M: SY='Y'; M=-12,-20,-26,-22,-16,13,-25,-8,3,-16,1,2,-17,-13,-15,-14,-14,-7,-1,-4,17,-17;
MA   /M: SY='E'; M=0,6,-23,6,7,-20,-11,0,-20,-3,-16,-12,3,-12,1,-5,1,-4,-16,-27,-12,3;
MA   /I: I=-13; MD=-27;
MA   /M: SY='A'; M=5,-2,-21,-3,-1,-21,1,-4,-21,-1,-18,-12,0,-10,-1,2,1,-7,-15,-22,-14,-3; D=-13;
MA   /I: I=-13; MD=-27;
MA   /M: SY='V'; M=1,-14,-15,-18,-16,-4,-20,-19,9,-17,10,5,-13,-18,-15,-16,-5,7,11,-23,-7,-16; D=-13;
MA   /I: I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
MA   /M: SY='T'; M=5,-1,-12,-6,-6,-16,-6,-15,-16,-10,-20,-15,4,-9,-6,-10,27,31,-7,-34,-16,-6;
MA   /M: SY='I'; M=-6,-23,-19,-28,-21,-1,-27,-16,22,-20,17,21,-20,-22,-15,-18,-15,-4,19,-24,-4,-19;
MA   /M: SY='R'; M=0,4,-24,3,7,-24,-10,-5,-23,6,-20,-14,5,-8,4,10,2,-5,-19,-27,-17,4;
MA   /M: SY='E'; M=2,5,-24,9,19,-27,-14,-5,-21,4,-16,-11,-1,-9,12,-2,1,-6,-18,-27,-16,15;
MA   /M: SY='I'; M=-6,-29,-21,-35,-27,1,-35,-28,37,-27,22,17,-24,-24,-22,-26,-19,-8,29,-22,-3,-27;
MA   /M: SY='A'; M=28,-11,-4,-18,-13,-16,-6,-20,-8,-13,-8,-8,-9,-15,-13,-18,8,4,2,-26,-18,-13;
MA   /M: SY='R'; M=-5,0,-26,1,14,-25,-16,-4,-25,18,-21,-12,1,-11,10,19,-1,-5,-19,-25,-14,11;
MA   /M: SY='R'; M=-2,-5,-24,-7,3,-18,-14,-2,-17,4,-12,-8,-2,-15,3,11,-2,-4,-14,-23,-9,1;
MA   /M: SY='A'; M=33,-12,-6,-19,-12,-16,-5,-20,-8,-13,-6,-8,-11,-14,-12,-19,8,2,1,-24,-18,-12;
MA   /M: SY='G'; M=-1,-5,-29,-5,-9,-29,43,-15,-34,-9,-26,-17,1,-17,-10,-12,-1,-16,-27,-22,-25,-10;
MA   /M: SY='V'; M=-2,-27,-12,-30,-26,-2,-30,-25,27,-21,11,11,-24,-26,-22,-21,-12,-3,33,-25,-5,-25;
MA   /M: SY='S'; M=5,0,-18,-3,-5,-21,6,-9,-20,-9,-24,-16,8,-9,-6,-10,16,6,-14,-32,-19,-6;
MA   /M: SY='R'; M=-7,-9,-26,-9,-1,-21,-19,-6,-17,14,-17,-7,-6,-2,2,16,-6,-6,-12,-24,-12,-2;
MA   /M: SY='G'; M=13,-10,-22,-13,-10,-24,15,-16,-23,-8,-20,-13,-5,-5,-8,-8,4,-4,-16,-23,-21,-10;
MA   /M: SY='T'; M=11,-3,-12,-11,-8,-14,-12,-14,-10,-10,-11,-9,0,-12,-6,-12,16,23,-4,-28,-12,-7;
MA   /M: SY='F'; M=-8,-29,-21,-34,-25,22,-30,-23,20,-27,22,12,-24,-23,-25,-22,-20,-8,15,-14,5,-25;
MA   /M: SY='Y'; M=-17,-18,-27,-20,-18,26,-25,16,-4,-12,-2,-1,-16,-27,-11,-11,-15,-8,-10,17,59,-18;
MA   /M: SY='R'; M=-12,-9,-27,-11,-6,-8,-18,7,-18,4,-12,-7,-4,-21,-1,19,-10,-9,-15,-7,8,-7;
MA   /M: SY='H'; M=-16,-10,-29,-11,-7,2,-23,37,-16,-4,-11,-3,-5,-23,0,5,-12,-11,-18,-2,34,-7;
MA   /M: SY='F'; M=-18,-30,-24,-37,-29,59,-29,-18,0,-26,5,-2,-24,-30,-33,-19,-22,-12,-1,28,31,-28;
MA   /M: SY='P'; M=-2,-5,-27,-3,2,-26,0,-11,-25,3,-24,-15,-2,5,-3,0,0,-6,-20,-26,-20,-2;
MA   /M: SY='S'; M=-1,13,-18,13,0,-24,5,-8,-25,-7,-28,-21,16,-13,-4,-9,20,10,-18,-36,-20,-2;
MA   /M: SY='K'; M=-11,-8,-27,-9,1,-19,-21,-11,-17,27,-13,-3,-7,-16,2,22,-12,-9,-11,-20,-8,0;
MA   /M: SY='E'; M=-8,12,-27,19,24,-26,-13,-3,-27,5,-21,-18,4,-7,8,1,1,-6,-23,-28,-15,16;
MA   /M: SY='D'; M=5,11,-23,15,12,-28,-4,-7,-25,-2,-20,-17,3,-10,2,-9,4,-6,-18,-29,-19,7;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-29,-19,-30,-21,12,-29,-21,20,-27,36,16,-27,-28,-21,-20,-24,-8,14,-19,0,-21;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-26,-17,-30,-23,14,-25,-19,14,-22,20,12,-23,-26,-21,-15,-19,-8,12,-16,2,-22;
MA   /M: SY='A'; M=4,-7,-19,-9,-4,-14,-15,-14,-5,-9,-1,-3,-8,-16,-7,-9,-2,1,-1,-26,-12,-6;
MA   /M: SY='A'; M=12,1,-20,0,6,-19,-9,-7,-18,-5,-15,-13,-1,-11,-1,-10,5,-2,-13,-22,-13,3;
MA   /M: SY='V'; M=1,-22,-15,-26,-20,-1,-23,-20,14,-19,12,10,-21,-19,-18,-19,-12,-3,15,-21,-4,-20;
MA   /M: SY='L'; M=1,-22,-15,-27,-19,7,-19,-17,7,-21,11,6,-19,-23,-19,-19,-13,-7,6,-14,1,-19;
MA   /M: SY='D'; M=-9,3,-25,6,6,-19,-18,-4,-14,-2,-11,-9,0,-13,0,-2,-4,-6,-12,-27,-10,2;
MA   /M: SY='E'; M=-7,3,-26,6,11,-21,-15,0,-23,4,-17,-13,2,-13,7,8,-1,-6,-20,-21,-9,8;
MA   /M: SY='Y'; M=-2,-14,-23,-16,-11,-6,-14,-4,-2,-12,-2,0,-11,-19,-8,-10,-8,-8,-1,-17,2,-11;
MA   /M: SY='I'; M=-7,-15,-20,-17,-12,-1,-22,-14,5,-15,4,2,-13,-19,-12,-14,-9,-3,5,-20,-1,-13;
MA   /M: SY='E'; M=-2,1,-24,3,10,-22,-10,-7,-22,2,-18,-12,0,-8,6,2,3,-3,-18,-26,-15,7;
MA   /M: SY='Q'; M=-6,-4,-26,-4,3,-19,-14,-6,-16,4,-14,-6,-4,-11,5,4,-5,-6,-14,-20,-9,3;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-19,-16,-21,-16,2,-25,-14,4,-16,6,4,-19,-22,-15,-14,-15,-8,4,-9,3,-16;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
CC   /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC   /SCALING_DB=window20;
CC   /AUTHOR=PS_Langendijk_Genevaux;
CC   /FT_KEY=DOMAIN; /FT_DESC=HTH tetR-type;
CC   /VERSION=6;
PR   PRU00335;
DO   PDOC00830;
//