ID HTH_ARSR_2; MATRIX. AC PS50987; DT 01-MAY-2004 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE. DE ArsR-type HTH domain profile. MA /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=95; MA /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=90; MA /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.5284152; R2=0.0144047; TEXT='NScore'; MA /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5880.1357422; R2=5.3587360; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 0.5%'; MA /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=491; H_SCORE=8511; N_SCORE=9.6; MODE=1; TEXT='!'; MA /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=276; H_SCORE=7359; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; MA /DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; MA /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; MA /M: SY='L'; M=-9,-26,-24,-29,-20,1,-30,-21,21,-25,28,17,-24,-13,-17,-21,-21,-6,10,-22,-4,-20; MA /M: SY='D'; M=0,8,-24,9,8,-26,-7,-6,-22,4,-21,-10,6,-7,3,-3,2,-5,-18,-29,-17,5; MA /I: I=-6; MD=-29; MA /M: SY='E'; M=-3,3,-20,2,13,-19,-12,-10,-19,-2,-17,-14,3,-4,1,-6,10,12,-15,-29,-16,7; D=-6; MA /I: I=-6; MI=-29; MD=-29; IM=-29; DM=-29; MA /M: SY='E'; M=-8,1,-24,4,16,-16,-19,-5,-11,-2,-8,-1,-5,-11,6,-7,-4,-6,-10,-25,-11,11; D=-6; MA /I: I=-6; DM=-29; MA /M: SY='B'; M=0,4,-20,3,4,-21,-14,-6,-17,0,-14,-11,3,-10,0,-5,4,3,-12,-29,-13,1; MA /M: SY='L'; M=1,-17,-20,-21,-12,-1,-22,-16,3,-13,7,2,-15,-15,-12,-14,-8,-1,2,-17,-1,-13; MA /M: SY='Q'; M=-2,-10,-23,-12,-1,-11,-19,-9,-11,2,-10,-3,-8,-10,4,0,-3,-3,-10,-19,-5,1; MA /M: SY='Q'; M=-3,-2,-22,-1,4,-22,-10,-9,-18,1,-12,-9,-2,-14,5,2,2,-1,-15,-26,-14,4; MA /M: SY='V'; M=-3,-26,-18,-28,-23,0,-27,-20,22,-20,14,15,-24,-19,-20,-19,-14,-5,25,-22,-2,-23; MA /M: SY='A'; M=19,-8,-15,-13,-4,-16,-11,-17,-6,-11,-8,-8,-6,-11,-7,-16,11,8,-1,-26,-15,-6; MA /M: SY='Q'; M=-8,5,-27,8,26,-31,-14,0,-24,6,-21,-11,1,-7,27,2,4,-2,-25,-26,-15,27; MA /M: SY='I'; M=-11,-25,-22,-31,-22,16,-30,-21,19,-21,19,14,-20,-23,-20,-18,-18,-4,12,-15,4,-22; MA /M: SY='F'; M=-18,-30,-20,-38,-28,63,-30,-20,5,-30,20,5,-22,-30,-35,-20,-22,-10,2,3,23,-28; MA /M: SY='K'; M=-4,-1,-26,-1,7,-29,-12,-10,-28,33,-29,-11,1,-10,9,19,0,-5,-19,-23,-13,8; MA /M: SY='A'; M=19,-16,-17,-22,-12,-9,-16,-21,7,-15,1,-1,-13,-16,-14,-20,-3,-4,11,-22,-12,-14; MA /M: SY='L'; M=-10,-30,-21,-31,-21,9,-31,-21,22,-30,48,20,-29,-29,-20,-21,-29,-10,11,-20,0,-21; MA /M: SY='A'; M=27,-7,-14,-11,-8,-22,13,-17,-19,-12,-20,-15,-1,-12,-8,-17,18,3,-9,-27,-22,-8; MA /M: SY='D'; M=-18,43,-29,60,18,-38,-11,-2,-38,3,-29,-27,17,-10,0,-7,0,-7,-28,-38,-19,9; MA /M: SY='P'; M=-5,0,-28,4,17,-24,-16,-7,-21,-2,-22,-16,-2,20,4,-9,1,-2,-23,-27,-16,9; MA /M: SY='T'; M=-3,12,-16,2,-3,-17,-11,-8,-17,1,-22,-15,19,-13,-3,-1,16,22,-13,-33,-15,-3; MA /M: SY='R'; M=-18,-9,-28,-9,0,-20,-18,-1,-29,27,-21,-11,1,-19,9,64,-6,-8,-19,-22,-11,0; MA /M: SY='L'; M=-3,-29,-19,-31,-23,4,-30,-24,26,-26,31,16,-27,-27,-22,-22,-21,-7,22,-22,-4,-23; MA /M: SY='R'; M=-11,-2,-29,-2,8,-26,-4,-6,-28,21,-23,-9,1,-14,7,23,-6,-11,-22,-22,-15,6; MA /M: SY='I'; M=-5,-28,-27,-37,-27,0,-35,-28,41,-28,22,18,-21,-21,-19,-28,-19,-9,24,-20,-2,-27; MA /M: SY='L'; M=-2,-24,-16,-27,-21,2,-25,-20,17,-21,24,18,-24,-25,-18,-17,-15,0,19,-24,-5,-19; MA /M: SY='Y'; M=-11,-5,-24,-4,-6,1,-19,12,-11,-10,-8,-7,-4,-21,-4,-9,-2,-1,-13,-8,26,-8; MA /M: SY='A'; M=19,-16,-16,-21,-9,-7,-15,-17,0,-15,10,1,-17,-18,-9,-17,-6,-5,2,-20,-10,-9; MA /M: SY='L'; M=-10,-30,-21,-31,-21,9,-31,-21,22,-30,48,20,-29,-29,-20,-21,-29,-10,12,-20,0,-21; MA /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; MA /M: SY='Q'; M=4,-5,-19,-6,5,-18,-12,-2,-16,-4,-15,-9,-1,-13,10,-3,10,2,-14,-26,-11,7; MA /M: SY='E'; M=-12,6,-15,9,13,-24,-18,-4,-22,3,-16,-11,2,-14,6,6,-2,-5,-17,-31,-16,9; MA /M: SY='G'; M=-4,1,-25,2,2,-27,16,-10,-31,1,-27,-17,5,-13,-1,-2,6,-5,-23,-27,-21,0; MA /M: SY='E'; M=-10,5,-31,15,49,-30,-20,-3,-29,10,-22,-19,-3,12,15,-1,-2,-10,-29,-29,-21,31; MA /M: SY='L'; M=-6,-24,-19,-26,-17,6,-26,-13,13,-25,35,15,-24,-26,-16,-17,-21,-5,6,-19,2,-17; MA /M: SY='C'; M=-5,-16,84,-24,-23,-20,-25,-26,-26,-25,-20,-19,-15,-26,-24,-26,-2,-2,-10,-45,-27,-24; MA /M: SY='V'; M=3,-29,-12,-30,-29,-1,-29,-29,29,-20,9,9,-28,-28,-28,-21,-9,-1,45,-28,-10,-29; MA /M: SY='C'; M=-6,-11,72,-20,-22,-20,-14,-23,-28,-23,-22,-19,-7,-31,-22,-23,0,-3,-13,-44,-27,-22; MA /M: SY='D'; M=-19,43,-30,61,19,-38,-8,5,-39,-1,-29,-28,18,-10,1,-9,-1,-11,-30,-38,-18,10; MA /M: SY='I'; M=-9,-30,-23,-34,-25,5,-34,-25,34,-29,33,19,-26,-26,-21,-24,-24,-9,23,-21,-1,-25; MA /M: SY='A'; M=31,-12,0,-21,-13,-16,-8,-19,-8,-13,-5,-4,-11,-15,-11,-19,5,2,0,-24,-17,-12; MA /M: SY='E'; M=0,8,-22,4,15,-22,-13,5,-20,1,-18,-12,11,-11,7,-2,4,1,-20,-29,-14,10; MA /M: SY='I'; M=3,-16,-23,-22,-10,-11,-24,-12,11,-15,6,5,-13,-17,-7,-16,-9,-6,7,-22,-6,-11; MA /M: SY='L'; M=-10,-28,-22,-33,-25,14,-32,-23,26,-28,29,17,-24,-26,-22,-22,-22,-7,17,-17,3,-24; MA /M: SY='G'; M=-6,8,-28,10,11,-30,12,-7,-32,4,-26,-18,7,-12,3,-3,0,-11,-27,-26,-21,7; MA /M: SY='M'; M=-1,-22,-14,-27,-19,3,-23,-17,12,-18,10,15,-19,-22,-12,-17,-11,-6,12,-20,-4,-15; MA /M: SY='S'; M=5,1,-12,-2,0,-17,-7,-11,-17,-9,-22,-16,8,-11,-2,-9,29,24,-9,-36,-17,-1; MA /M: SY='Q'; M=-6,-3,-25,-3,16,-28,-21,-3,-13,6,-14,-4,-5,-11,26,2,-1,-4,-13,-24,-12,21; MA /M: SY='S'; M=17,-7,-16,-8,-5,-22,2,-16,-18,-11,-24,-17,-1,5,-6,-15,20,8,-12,-31,-22,-6; MA /M: SY='A'; M=14,5,-15,-6,-5,-18,-9,-12,-15,1,-17,-12,9,-12,-5,-5,10,14,-9,-27,-15,-5; MA /M: SY='V'; M=7,-23,-13,-26,-23,-3,-24,-26,18,-19,10,6,-22,-23,-22,-19,-6,4,29,-26,-10,-23; MA /M: SY='S'; M=9,-1,-5,-1,-1,-20,-1,-11,-20,-11,-30,-20,9,-11,-1,-11,38,19,-10,-40,-20,-1; MA /M: SY='H'; M=-19,-4,-29,-4,-3,-15,-21,79,-24,-7,-16,4,5,-21,8,5,-11,-18,-25,-25,19,-2; MA /M: SY='H'; M=-13,0,-28,0,9,-29,-18,53,-25,-1,-21,-2,6,-15,31,3,-2,-13,-28,-27,4,17; MA /M: SY='L'; M=-10,-29,-20,-30,-20,9,-29,-19,20,-29,48,23,-29,-29,-19,-19,-29,-10,10,-20,0,-19; MA /M: SY='R'; M=-11,-5,-28,-7,2,-23,-17,-4,-28,30,-22,-11,2,-16,8,48,-7,-9,-19,-21,-11,2; MA /M: SY='L'; M=-7,-17,-20,-21,-16,5,-23,-12,7,-15,8,7,-11,-21,-14,-13,-8,-2,5,-22,-1,-15; MA /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20,10,-30,-20,20,-30,50,20,-30,-30,-20,-20,-30,-10,10,-20,0,-20; MA /M: SY='R'; M=-14,-8,-28,-7,4,-19,-22,-3,-22,25,-16,-7,-4,-17,5,35,-11,-10,-14,-20,-6,2; MA /M: SY='B'; M=-5,19,-23,18,15,-27,-10,-2,-25,8,-25,-18,18,-11,6,1,6,-1,-23,-32,-17,10; MA /M: SY='L'; M=-4,-12,-20,-16,-10,-9,-15,-9,2,-14,11,10,-8,-21,-2,-11,-9,-6,-2,-25,-9,-6; MA /M: SY='G'; M=-8,-5,-29,-5,-5,-26,26,-4,-34,1,-26,-16,4,-18,-5,11,-3,-15,-27,-22,-20,-7; MA /M: SY='L'; M=-10,-30,-21,-33,-24,13,-32,-23,26,-29,37,18,-27,-28,-22,-22,-25,-9,17,-18,2,-24; MA /M: SY='V'; M=6,-27,-12,-29,-26,-2,-26,-28,24,-20,11,8,-26,-26,-25,-21,-9,-1,38,-27,-10,-26; MA /M: SY='K'; M=-5,0,-21,-2,-1,-19,-16,-10,-17,13,-16,-9,2,-15,-1,11,1,3,-10,-27,-12,-1; MA /M: SY='Y'; M=-8,-6,-24,-7,-8,3,-14,0,-16,-2,-14,-9,-5,-19,-8,-3,-3,-2,-13,-8,16,-9; MA /M: SY='R'; M=-17,-6,-28,-4,3,-21,-20,2,-26,22,-19,-10,-1,-18,7,48,-9,-10,-16,-23,-10,1; MA /M: SY='K'; M=-12,-3,-29,-3,6,-26,-20,-8,-29,41,-26,-10,0,-13,9,38,-8,-6,-19,-21,-10,6; MA /M: SY='E'; M=-7,9,-28,15,27,-32,-10,-2,-26,6,-21,-15,3,-8,18,-1,0,-10,-25,-28,-18,23; MA /M: SY='G'; M=-1,-8,-30,-8,-14,-30,63,-18,-39,-18,-29,-20,0,-18,-17,-18,0,-19,-30,-21,-29,-15; MA /M: SY='R'; M=-12,0,-26,-3,4,-24,-19,-6,-26,29,-23,-10,4,-14,9,34,-4,-1,-18,-23,-11,5; MA /M: M=-8,-14,-24,-16,-11,-7,-19,-8,-7,-8,-2,-3,-10,-22,-9,-7,-10,-5,-7,-1,-1,-10; MA /M: SY='V'; M=0,-19,-15,-23,-22,-6,-24,-14,18,-17,3,8,-14,-24,-19,-17,-6,-2,26,-29,-8,-21; MA /M: SY='Y'; M=-18,-22,-27,-24,-21,27,-29,12,2,-16,3,4,-19,-28,-15,-13,-20,-11,-4,17,51,-20; MA /M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20,30,-30,20,0,-10,0,0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10,30,80,-20; MA /M: SY='S'; M=-3,0,-19,1,6,-18,-10,-5,-21,0,-22,-12,4,-12,8,6,16,5,-15,-30,-14,6; MA /M: SY='L'; M=-5,-27,-21,-28,-17,4,-27,-19,16,-26,38,15,-26,-23,-15,-19,-24,-9,7,-20,-3,-17; MA /M: SY='B'; M=2,11,-21,11,2,-22,-9,-2,-19,-1,-20,-14,8,-14,-1,-7,4,-4,-14,-28,-11,0; MA /M: SY='D'; M=-18,39,-30,53,15,-36,-11,6,-36,-2,-29,-26,20,-3,0,-9,-1,-10,-30,-38,-18,7; MA /I: I=-6; MD=-32; MA /M: SY='E'; M=-6,9,-24,11,16,-22,-8,-2,-18,-3,-17,-14,8,-9,2,-8,2,-4,-18,-28,-15,9; D=-6; MA /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32; MA /M: SY='H'; M=-19,-4,-29,-5,0,-9,-22,65,-24,-7,-16,-1,4,-19,4,1,-11,-17,-23,-24,15,-2; MA /M: SY='V'; M=-3,-28,-16,-30,-27,-1,-30,-28,31,-23,13,11,-24,-26,-24,-22,-10,-2,37,-27,-7,-27; MA /M: M=-3,-6,-23,-7,-4,-16,-15,-12,-10,-3,-6,-5,-5,-8,-5,0,-4,-3,-8,-26,-13,-6; MA /M: SY='Q'; M=-4,7,-24,5,5,-24,-10,-5,-17,-2,-18,-11,8,-13,9,-5,4,1,-17,-26,-12,7; MA /M: SY='L'; M=-11,-27,-26,-30,-20,2,-30,-21,17,-19,25,15,-24,-25,-16,-14,-25,-11,9,-6,1,-19; MA /M: SY='L'; M=-7,-17,-22,-20,-18,5,-25,-11,12,-19,16,12,-17,-24,-15,-17,-17,-8,6,-14,9,-17; MA /M: SY='Q'; M=-2,-2,-24,-3,8,-24,-17,-6,-15,6,-15,-4,-2,-11,13,6,1,-3,-13,-25,-13,10; MA /M: SY='Q'; M=-1,-3,-23,-6,7,-20,-17,-6,-9,-2,-6,-2,-1,-14,10,-5,-2,-5,-12,-25,-12,8; MA /M: SY='A'; M=15,-15,-18,-20,-11,-13,-9,-20,1,-11,0,0,-14,-17,-12,-15,-5,-6,5,-22,-14,-12; MA /M: SY='I'; M=-6,-22,-22,-26,-20,4,-28,-21,18,-20,18,9,-17,-24,-18,-15,-17,-8,14,-20,-3,-21; MA /M: SY='D'; M=-11,3,-17,6,5,-18,-20,1,-15,-3,-11,-9,-1,-17,-2,-5,-8,-9,-12,-27,-6,0; MA /M: SY='H'; M=-17,-1,-19,-4,-3,-15,-21,61,-21,-11,-16,-2,8,-21,5,-4,-9,-16,-23,-29,10,-2; MA /M: SY='A'; M=4,-3,-20,-8,-8,-13,-12,-14,-6,-6,-7,-5,-1,-17,-7,-10,-2,-3,-4,-24,-11,-8; MA /M: SY='E'; M=-12,-1,-27,-2,6,-14,-19,-3,-19,5,-14,-10,0,-15,5,5,-6,-4,-19,-9,-5,6; MA /M: SY='E'; M=-11,-2,-28,2,20,-19,-17,15,-19,-1,-13,-9,-1,-12,7,1,-4,-10,-20,-26,-5,12; MA /M: SY='A'; M=2,-8,-9,-8,-10,-18,-10,-12,-11,-8,-12,-8,-7,-14,-12,-12,-1,-4,-1,-30,-16,-12; MA /M: SY='K'; M=-8,4,-27,5,10,-27,-13,1,-25,15,-20,-10,3,-12,12,10,-4,-7,-21,-25,-11,10; MA /I: E1=0; IE=-105; DE=-105; NR /RELEASE=2024_02,571282; NR /TOTAL=53(53); /POSITIVE=51(51); /UNKNOWN=2(2); /FALSE_POS=0(0); NR /FALSE_NEG=2; /PARTIAL=0; CC /MATRIX_TYPE=protein_domain; CC /SCALING_DB=window20; CC /AUTHOR=PS_Langendijk_Genevaux; CC /TAXO-RANGE=A??PV; /MAX-REPEAT=1; CC /FT_KEY=DOMAIN; /FT_DESC=HTH arsR-type; CC /VERSION=5; DR P15905 , ARSR1_ECOLX, T; Q88LK1 , ARSR1_PSEPK, T; DR P52144 , ARSR2_ECOLX, T; O52026 , ARSR2_HALSA, T; DR Q88JD1 , ARSR2_PSEPK, T; P45949 , ARSR_BACSU , T; DR P37309 , ARSR_ECOLI , T; O52029 , ARSR_HALSA , T; DR P30338 , ARSR_STAAU , T; Q01256 , ARSR_STAXY , T; DR P96677 , ASER_BACSU , T; P0C7L5 , B115_SSV1 , T; DR Q8UAA8 , BIGR_AGRFC , T; Q9PFB1 , BIGR_XYLFA , T; DR Q87AD5 , BIGR_XYLFT , T; P30339 , CADC_ALKPO , T; DR P0A4U3 , CADC_LACLL , T; P0A4U2 , CADC_LISIN , T; DR Q56405 , CADC_LISMN , T; P20047 , CADC_STAAU , T; DR P37374 , CADF_STAAU , T; P67732 , CMTR_MYCBO , T; DR P9WMI8 , CMTR_MYCTO , T; P9WMI9 , CMTR_MYCTU , T; DR O31844 , CZRA_BACSU , T; P52695 , HLYU_VIBCH , T; DR O53478 , HTHAR_MYCTU, T; O53838 , KMTR_MYCTU , T; DR P30346 , MERR_STRLI , T; O69711 , NMTR_MYCTU , T; DR P28267 , NOLR_RHIML , T; O31178 , PAGR_BACAN , T; DR O32242 , SDPR_BACSU , T; P9WMI4 , SMTB_MYCTO , T; DR P9WMI5 , SMTB_MYCTU , T; P30340 , SMTB_SYNE7 , T; DR P9WMI6 , Y0081_MYCTO, T; P9WMI7 , Y0081_MYCTU, T; DR Q58721 , Y1325_METJA, T; Q58793 , Y1398_METJA, T; DR Q58948 , Y1553_METJA, T; Q58958 , Y1563_METJA, T; DR O08446 , Y324_MYCTU , T; Q58184 , Y774_METJA , T; DR C0H3S9 , YBZH_BACSU , T; O34464 , YCEK_BACSU , T; DR O31480 , YCZG_BACSU , T; P96683 , YDFF_BACSU , T; DR P77295 , YGAV_ECOLI , T; C0H3Q8 , YUZN_BACSU , T; DR Q55940 , ZIAR_SYNY3 , T; DR Q57682 , Y229_METJA , N; Q57807 , Y361_METJA , N; DR A0RTV6 , RIFK_CENSY , ?; O29721 , Y529_ARCFU , ?; 3D 1KU9; 1R1T; 1R22; 1R23; 1SMT; 1U2W; 2JSC; 2ZKZ; 3CUO; 3F72; 3PQJ; 3PQK; 3D 4K2E; 4OOI; 6JMI; PR PRU00340; DO PDOC00661; //