ID   INTEGRASE_DBD; MATRIX.
AC   PS51027;
DT   01-OCT-2004 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
DE   Integrase DNA binding domain profile.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=50;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=45;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.8148787; R2=0.0159785; TEXT='NScore';
MA   /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=2856.8085938; R2=1.9361702; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=419; H_SCORE=3668; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=294; H_SCORE=3426; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: M0=-9; D=-20; I=-20; B1=-100; E1=-100; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='K'; M=-7,-7,-29,-7,8,-15,-20,-4,-21,11,-19,-10,-6,3,7,6,-7,-10,-20,-19,-8,7;
MA   /M: SY='W'; M=-14,-25,-28,-28,-18,13,-24,-15,-2,-14,5,9,-22,-17,-13,-9,-21,-11,-7,17,8,-15;
MA   /M: SY='V'; M=-6,-27,18,-32,-30,4,-31,-27,13,-24,3,2,-25,-31,-29,-23,-13,-5,25,-27,-6,-30;
MA   /M: SY='Y'; M=-16,-17,-29,-19,-14,12,-26,3,-6,2,-4,3,-17,-24,-7,0,-19,-11,-11,16,38,-12;
MA   /M: SY='W'; M=-18,-29,-35,-31,-26,23,-27,-7,-2,-17,-5,-5,-28,-29,-18,-16,-27,-17,-11,65,48,-22;
MA   /M: SY='R'; M=-14,-4,-30,-4,6,-26,-20,-6,-30,41,-26,-10,0,-14,10,48,-10,-10,-20,-20,-10,6;
MA   /M: SY='D'; M=-13,14,-26,17,3,-19,-19,-9,-7,-10,-6,-9,7,-15,-6,-13,-6,-5,-10,-32,-12,-2;
MA   /M: SY='P'; M=-9,-11,-29,-8,-1,-22,-11,-12,-16,-2,-18,-11,-7,15,-3,2,-6,-8,-16,-27,-19,-5;
MA   /M: SY='R'; M=-9,-13,-26,-13,-8,-15,-5,-14,-16,5,-3,-3,-9,-20,-6,10,-12,-8,-12,-21,-11,-8;
MA   /I: I=-5; MD=-25;
MA   /M: SY='D'; M=-12,12,-22,15,6,-20,-15,1,-20,1,-13,-12,7,-13,3,4,-1,2,-16,-27,-10,3; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
MA   /M: SY='N'; M=-9,5,-28,4,6,-28,0,1,-28,8,-27,-14,10,-7,7,7,-1,-9,-27,-27,-17,6;
MA   /M: SY='E'; M=-7,-4,-22,-2,7,-17,-19,-10,-13,2,-7,-7,-5,-14,2,3,-1,1,-9,-27,-12,4;
MA   /M: SY='W'; M=-18,-37,-48,-37,-29,7,-12,-29,-22,-20,-21,-20,-37,-29,-20,-20,-37,-29,-30,135,25,-20;
MA   /M: SY='K'; M=-12,-3,-29,-1,12,-21,-22,0,-23,29,-20,-8,-4,-13,10,16,-10,-10,-20,-16,1,10;
MA   /I: I=-6; MD=-32;
MA   /M: SY='G'; M=-2,-3,-28,-2,-13,-29,52,-16,-37,-12,-28,-19,2,-17,-15,-14,-1,-17,-27,-20,-26,-14; D=-6;
MA   /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
MA   /M: SY='P'; M=-10,-17,-37,-11,-2,-28,-15,-13,-17,-10,-25,-15,-16,62,-4,-17,-9,-11,-26,-28,-24,-7;
MA   /M: SY='D'; M=-7,3,-27,8,-4,-19,-5,-10,-20,-10,-14,-11,-4,-7,-6,-14,-5,-5,-18,-14,-9,-5;
MA   /M: SY='P'; M=-12,-7,-31,-5,6,-26,-20,-8,-20,11,-22,-11,-4,16,6,14,-7,-9,-20,-26,-17,3;
MA   /M: SY='V'; M=0,-26,-16,-28,-24,2,-27,-22,22,-21,14,9,-24,-26,-22,-20,-12,-3,28,-21,-1,-24;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-27,-10,-29,-18,4,-31,-21,18,-28,36,14,-26,-28,-19,-21,-25,-10,9,-23,-4,-19;
MA   /M: SY='W'; M=-10,-25,-31,-28,-22,-3,-19,-22,3,-18,-6,-3,-21,-23,-12,-18,-17,-9,-2,31,7,-17;
MA   /M: SY='W'; M=-11,-11,-35,-9,1,-17,-13,-14,-27,11,-23,-16,-12,-16,-1,8,-16,-16,-24,29,-1,1;
MA   /M: SY='G'; M=8,-9,-25,-10,-16,-27,52,-19,-33,-17,-27,-19,0,-17,-16,-19,6,-12,-23,-22,-27,-16;
MA   /M: SY='R'; M=-10,4,-27,8,12,-26,-16,-3,-29,18,-22,-15,3,-13,10,29,-2,-8,-21,-26,-14,9;
MA   /M: SY='G'; M=-1,-8,-30,-7,-13,-30,62,-18,-39,-17,-29,-20,0,-18,-17,-18,0,-19,-30,-21,-29,-15;
MA   /M: SY='A'; M=21,-12,-17,-17,-10,-9,-5,-9,-13,-12,-13,-10,-9,-6,-10,-17,5,-2,-8,-16,-5,-11;
MA   /M: SY='V'; M=19,-22,-14,-28,-22,-8,-19,-26,17,-18,3,3,-20,-20,-20,-22,-3,-2,26,-24,-12,-22;
MA   /M: SY='C'; M=-2,-25,34,-30,-27,-7,-28,-27,5,-25,6,0,-25,-32,-26,-24,-13,-6,17,-34,-16,-27;
MA   /M: SY='V'; M=-4,-30,-16,-32,-28,2,-32,-28,31,-24,20,14,-28,-28,-26,-22,-16,-4,38,-26,-6,-28;
MA   /M: SY='K'; M=-8,-7,-25,-9,-1,0,-19,-8,-18,10,-17,-9,-3,-11,-3,3,-4,-6,-15,-14,2,-2;
MA   /M: SY='D'; M=-12,11,-28,19,7,-25,-17,-3,-20,-6,-21,-17,3,10,-4,-12,-2,-5,-18,-32,-15,0;
MA   /I: I=-4; MD=-18;
MA   /M: SY='Q'; M=-9,0,-27,1,11,-27,-7,-2,-20,4,-18,-9,2,-12,17,9,-1,-9,-21,-23,-14,13; D=-4;
MA   /I: I=-4; MD=-18;
MA   /M: SY='E'; M=-5,9,-19,13,14,-20,-1,-4,-20,1,-15,-11,4,-7,2,-4,0,-5,-17,-21,-14,8; D=-4;
MA   /I: I=-4; MD=-18;
MA   /M: SY='S'; M=2,3,-10,1,5,-12,-7,-1,-11,0,-11,-8,4,-6,1,-2,7,5,-8,-17,-8,3; D=-4;
MA   /I: I=-4; MI=0; MD=-18; IM=0; DM=-18;
MA   /M: SY='E'; M=-9,16,-27,22,23,-32,-6,-3,-30,6,-25,-19,9,-9,11,-1,3,-6,-26,-31,-18,17;
MA   /M: SY='K'; M=-3,1,-25,1,2,-24,-2,-11,-24,7,-21,-14,3,-8,-2,3,0,-4,-19,-26,-17,0;
MA   /M: SY='P'; M=-6,-17,-29,-16,-12,-9,-24,-14,0,-14,-8,-6,-17,19,-13,-19,-10,-5,-6,-16,1,-16;
MA   /M: SY='V'; M=-7,-19,-23,-22,-13,-2,-25,-16,4,-4,4,4,-14,-21,-9,2,-12,-7,5,-20,-4,-12;
MA   /M: SY='W'; M=-9,-34,-34,-34,-26,4,-23,-28,-1,-20,-4,-7,-33,-23,-21,-20,-27,-17,-3,65,10,-22;
MA   /M: SY='I'; M=-7,-28,-21,-31,-24,1,-34,-25,33,-23,16,13,-24,-24,-22,-23,-16,-6,31,-22,-1,-25;
MA   /M: SY='P'; M=-7,-18,-38,-10,0,-29,-19,-20,-20,-7,-29,-19,-18,80,-9,-18,-9,-9,-28,-29,-28,-9;
MA   /M: SY='R'; M=-12,-4,-28,-3,5,-12,-17,0,-21,0,-16,-13,-3,-17,1,6,-5,-5,-20,0,1,2;
MA   /M: SY='R'; M=-17,-8,-29,-9,1,-21,-20,-3,-29,31,-21,-10,0,-18,9,60,-8,-7,-19,-21,-10,1;
MA   /M: SY='H'; M=-15,-6,-26,-4,-5,-5,-23,6,-12,-3,3,0,-7,-21,-6,0,-16,-12,-11,-22,1,-6;
MA   /M: SY='V'; M=6,-20,-10,-26,-20,-4,-23,-23,13,-19,11,7,-19,-22,-18,-19,-7,5,18,-25,-9,-20;
MA   /M: SY='K'; M=-13,-3,-30,-3,7,-27,-20,-7,-30,44,-27,-10,0,-13,10,42,-10,-10,-20,-20,-10,7;
MA   /M: SY='F'; M=-9,-19,-26,-22,-13,7,-20,-12,-6,-9,-4,-3,-12,-8,-12,-4,-12,-10,-7,-14,-1,-14;
MA   /M: SY='I'; M=-2,-21,-23,-27,-22,5,-28,-21,22,-22,10,7,-17,-21,-19,-23,-13,-7,16,-16,3,-23;
MA   /M: SY='P'; M=-4,-7,-29,-8,-1,-23,-18,-13,-12,0,-20,-11,-3,20,-2,-4,-3,-4,-16,-27,-18,-4;
MA   /M: SY='D'; M=-10,8,-8,11,11,-27,-17,-10,-27,-3,-25,-20,2,7,-2,-10,0,-2,-23,-35,-22,4;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
CC   /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC   /SCALING_DB=reversed;
CC   /AUTHOR=N_Hulo;
CC   /FT_KEY=DNA_BIND; /FT_DESC=Integrase-type;
CC   /VERSION=5;
PR   PRU00506;
DO   PDOC51027;
//