ID   NUCLEAR_REC_DBD_2; MATRIX.
AC   PS51030;
DT   01-NOV-2004 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
DE   Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=76;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=71;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.4627326; R2=0.0106523; TEXT='NScore';
MA   /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=4391.6899414; R2=4.6157479; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=567; H_SCORE=7009; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=380; H_SCORE=6146; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: M0=-10; D=-20; I=-20; B1=-100; E1=-100; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: M=-8,-4,-23,-4,-4,-20,-12,-10,-18,-7,-19,-12,0,-4,-4,-10,0,-2,-14,-28,-17,-5;
MA   /M: SY='E'; M=-7,-5,-26,-5,6,-23,-12,-4,-21,3,-19,-11,-2,-10,3,-3,1,-6,-15,-27,-16,5;
MA   /M: M=-7,-12,-19,-14,-8,-16,-21,-10,-9,-3,-7,-5,-7,-11,-6,-8,-6,-5,-7,-27,-13,-8;
MA   /M: SY='C'; M=0,-30,90,-30,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-10,-30,-30,-30,-30,-10,-10,-10,-20,-20,-30;
MA   /M: SY='A'; M=5,-14,-15,-14,-4,-19,-17,-15,-9,-2,-6,-1,-12,-13,1,-6,0,-2,-3,-26,-16,-3;
MA   /M: SY='V'; M=-3,-30,-10,-30,-23,-7,-32,-30,32,-23,13,9,-30,-23,-23,-30,-20,-3,36,-30,-10,-23;
MA   /M: SY='C'; M=0,-30,90,-30,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-10,-30,-30,-30,-30,-10,-10,-10,-20,-20,-30;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='G'; M=-3,-4,-25,-3,-7,-24,21,-9,-31,-10,-30,-21,2,-16,-8,-12,4,-11,-25,-24,-21,-8;
MA   /M: SY='D'; M=-9,11,-26,15,7,-27,-9,-8,-26,1,-27,-18,6,-13,2,-1,0,-6,-22,-33,-22,4;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='P'; M=-7,-9,-25,-8,-2,-26,-14,-11,-22,2,-20,-13,-6,7,-2,-3,-2,-6,-17,-30,-20,-2;
MA   /M: SY='A'; M=18,-14,-8,-14,-9,-20,-3,-16,-13,-7,-14,-11,-9,-9,-9,-11,10,1,-6,-28,-18,-9;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='S'; M=1,-5,-11,-6,-8,-14,-12,-5,-14,-11,-15,-11,1,-16,-9,-13,8,5,-11,-25,-12,-8;
MA   /M: SY='G'; M=-2,-8,-22,-9,-10,-27,26,-15,-31,-10,-29,-21,0,-18,-10,-11,2,-11,-23,-23,-24,-10;
MA   /M: SY='Y'; M=-12,-16,-20,-19,-11,-1,-24,-4,-10,-3,-6,-4,-10,-22,-6,-6,-8,-11,-10,-15,5,-11;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
MA   /M: SY='H'; M=-19,4,-30,-8,0,-14,-17,28,-29,-5,-28,-19,17,-20,1,3,-7,-16,-29,-23,11,0;
MA   /M: SY='Y'; M=-20,-29,-20,-30,-22,35,-29,12,-8,-22,-8,-8,-22,-32,-15,-22,-20,-20,-10,16,57,-22;
MA   /M: SY='G'; M=-1,-5,-29,-5,-16,-29,50,-18,-37,-18,-38,-28,3,-19,-17,-18,2,-17,-29,-23,-29,-16;
MA   /M: SY='V'; M=9,-25,-8,-25,-18,-11,-18,-25,12,-17,1,1,-24,-18,-17,-22,-10,-1,20,-28,-13,-17;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-21,-17,-20,-15,-8,-26,-15,0,-14,1,1,-17,-12,-12,-16,-10,-7,-1,-22,-10,-14;
MA   /M: SY='S'; M=14,-12,-2,-12,-9,-18,-9,-17,-10,-8,-10,-7,-6,-13,-8,-13,18,10,-6,-28,-19,-9;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
MA   /M: SY='C'; M=0,-30,90,-30,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-10,-30,-30,-30,-30,-10,-10,-10,-20,-20,-30;
MA   /M: SY='N'; M=-12,2,-25,-2,0,-18,-12,-1,-22,-1,-20,-13,11,-18,-2,-1,0,-7,-21,-27,-12,-2;
MA   /M: SY='G'; M=18,-14,-16,-14,-14,-25,29,-19,-25,-14,-25,-20,-8,-15,-14,-14,6,-9,-16,-25,-25,-14;
MA   /M: SY='C'; M=0,-30,90,-30,-40,-20,-30,-30,-10,-30,-10,-10,-30,-30,-30,-30,-10,-10,-10,-20,-20,-30;
MA   /M: SY='K'; M=-1,-4,-18,-11,2,-26,-16,-13,-22,27,-17,-10,-3,-12,2,7,4,-5,-15,-30,-20,2;
MA   /M: SY='A'; M=8,-18,-12,-18,-15,-17,1,-20,-9,-13,-9,-1,-11,-16,-10,-14,3,-1,-4,-23,-19,-13;
MA   /M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-30,-30,60,-30,-10,0,-30,0,0,-30,-40,-30,-30,-20,-20,-10,10,30,-30;
MA   /M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-30,-30,60,-30,-10,0,-30,0,0,-30,-40,-30,-30,-20,-20,-10,10,30,-30;
MA   /M: SY='R'; M=-9,-9,-29,-19,0,-29,-19,-1,-30,21,-20,-10,0,-19,9,44,-8,-10,-29,-29,-19,0;
MA   /M: SY='R'; M=-10,-9,-30,-19,1,-30,-20,0,-30,20,-20,-10,1,-20,10,48,-9,-10,-30,-30,-20,1;
MA   /M: SY='T'; M=5,-13,-8,-14,-10,-17,-15,-18,-6,-9,-7,-3,-5,-13,-9,-12,9,21,0,-24,-17,-10;
MA   /M: SY='V'; M=-5,-29,-11,-29,-22,-4,-32,-25,22,-20,12,9,-26,-24,-20,-25,-17,-4,24,-24,-7,-21;
MA   /M: SY='M'; M=-5,-21,-14,-22,-14,-10,-26,-15,1,-11,1,2,-16,-21,-9,-10,-9,-2,2,-19,-10,-13;
MA   /M: SY='N'; M=-7,-2,-24,-4,2,-22,-10,-8,-19,2,-16,-8,5,-15,1,-3,3,-4,-16,-28,-18,1;
MA   /M: SY='K'; M=-12,7,-29,-2,5,-28,-8,-3,-30,19,-25,-15,15,-14,4,9,2,-7,-24,-29,-19,4;
MA   /M: SY='K'; M=-8,-13,-21,-18,-6,-16,-23,-9,-12,6,-5,-2,-7,-18,0,5,-5,-6,-11,-24,-10,-6;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
MA   /M: SY='K'; M=-9,-3,-22,-7,0,-19,-16,-6,-17,3,-16,-9,2,-16,1,0,0,-1,-13,-26,-13,0;
MA   /M: SY='Y'; M=-17,-27,-20,-27,-20,24,-28,7,-7,-19,-7,-7,-20,-27,-14,-20,-17,-17,-9,8,44,-20;
MA   /M: SY='K'; M=-3,-9,-18,-11,-2,-19,-18,-10,-13,2,-13,-7,-5,-14,-2,-3,-1,2,-7,-26,-14,-2;
MA   /M: SY='C'; M=1,-29,85,-29,-38,-20,-29,-29,-10,-29,-10,-10,-29,-29,-29,-29,-9,-10,-10,-21,-20,-29;
MA   /M: SY='K'; M=-8,-10,-24,-15,-2,-21,-19,-8,-19,12,-14,-6,-4,-14,4,11,-2,-7,-17,-24,-14,-1;
MA   /M: M=-7,-11,-20,-15,-8,-7,-12,-4,-19,0,-15,-9,-6,-21,-5,0,-5,-11,-17,-18,-4,-7;
MA   /M: SY='N'; M=-11,8,-27,5,2,-24,-1,-4,-27,-2,-26,-16,15,-17,-1,-6,4,-6,-24,-25,-19,0;
MA   /M: SY='N'; M=-10,6,-30,0,0,-29,8,-7,-32,3,-30,-20,15,-13,-1,-2,2,-9,-26,-28,-23,-1;
MA   /M: SY='N'; M=-13,10,-28,6,5,-24,-11,-1,-25,4,-24,-14,16,-14,4,0,2,-5,-22,-31,-18,4;
MA   /I: I=-5; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25;
MA   /M: SY='C'; M=-1,-30,86,-30,-40,-17,-30,-29,-10,-30,-10,-10,-30,-30,-30,-30,-10,-10,-10,-19,-18,-30;
MA   /M: M=-9,-11,-22,-9,-2,-12,-22,-10,-10,-8,-11,-8,-9,-12,-5,-12,-6,-5,-7,-23,-7,-4;
MA   /I: I=-3; MD=-13;
MA   /M: SY='I'; M=-7,-19,-15,-18,-14,-9,-29,-22,16,-17,6,4,-19,-22,-16,-21,-13,-4,16,-28,-13,-15; D=-3;
MA   /I: I=-3; MI=0; MD=-13; IM=0; DM=-13;
MA   /M: SY='N'; M=-9,11,-19,12,3,-23,-9,-7,-21,-5,-24,-16,13,-15,-3,-10,6,1,-19,-31,-21,0; D=-3;
MA   /I: I=-3; DM=-13;
MA   /M: SY='K'; M=-7,-6,-20,-11,-1,-18,-17,-6,-19,13,-16,-9,-3,-14,0,2,0,-4,-14,-24,-11,-1; D=-3;
MA   /I: I=-3; DM=-13;
MA   /M: M=-6,-5,-22,-5,-2,-17,-12,-6,-16,-5,-17,-11,-2,-10,-4,-9,0,-4,-12,-25,-12,-3; D=-3;
MA   /I: I=-3; DM=-13;
MA   /M: M=-6,-9,-20,-11,-8,-11,-9,-7,-14,-7,-14,-8,-3,-17,-6,-9,0,-3,-12,-20,-9,-8; D=-3;
MA   /I: I=-3; DM=-13;
MA   /M: SY='R'; M=-9,-9,-26,-16,-1,-26,-18,-1,-23,13,-17,-9,-1,-15,5,27,-7,-7,-21,-28,-16,-1; D=-3;
MA   /I: I=-3; DM=-13;
MA   /M: SY='N'; M=-9,-7,-10,-12,-11,-19,-17,-7,-16,-6,-16,-10,4,-11,-7,-6,-3,-4,-14,-28,-13,-9;
MA   /M: SY='K'; M=-3,-14,-18,-18,-8,-12,-19,-12,-11,2,-8,-4,-8,-17,-4,0,-4,-5,-8,-23,-10,-7;
MA   /M: SY='C'; M=0,-29,84,-29,-38,-20,-30,-29,-11,-26,-10,-10,-29,-29,-28,-28,-10,-10,-10,-20,-20,-28;
MA   /M: SY='R'; M=-9,-6,-29,-14,5,-30,-20,-3,-30,22,-20,-8,0,-14,17,34,-5,-9,-26,-28,-18,7;
MA   /M: SY='A'; M=4,-15,-14,-16,-8,-7,-9,-1,-17,-6,-15,-11,-10,-17,-6,-10,2,-8,-13,-16,4,-8;
MA   /M: SY='C'; M=-1,-30,85,-30,-40,-19,-30,-30,-11,-30,-10,-10,-30,-30,-40,-30,-11,-10,-11,-14,-18,-30;
MA   /M: SY='R'; M=-10,-11,-29,-20,-1,-29,-21,-1,-27,18,-18,-9,-1,-20,8,46,-10,-10,-27,-30,-20,-1;
MA   /M: SY='F'; M=-17,-31,-18,-31,-25,33,-32,-8,1,-23,6,4,-26,-33,-18,-23,-19,-17,-6,5,26,-24;
MA   /M: SY='Q'; M=-8,0,-27,-3,11,-26,-18,-3,-25,15,-19,-8,1,-13,16,9,0,-7,-18,-27,-16,12;
MA   /M: SY='K'; M=-10,-1,-30,-10,9,-29,-20,-8,-29,41,-19,-9,1,-12,12,20,-1,-10,-20,-29,-19,10;
MA   /M: SY='C'; M=0,-29,85,-29,-38,-20,-29,-39,-10,-29,-10,-10,-28,-29,-29,-29,-8,-9,-10,-20,-20,-29;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-33,-13,-33,-26,2,-32,-23,17,-22,21,11,-27,-28,-21,-23,-19,-10,12,-19,-3,-26;
MA   /M: SY='E'; M=-7,2,-27,2,13,-25,-17,-5,-23,10,-20,-11,1,-14,10,4,0,-7,-18,-29,-18,11;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='V'; M=4,-24,-11,-24,-14,-11,-22,-24,12,-14,5,7,-22,-18,-13,-20,-9,-3,18,-27,-13,-14;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,58,-20,-40,-19,-40,-30,0,-20,-19,-19,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='M'; M=-10,-31,-10,-31,-21,0,-31,-21,12,-12,21,46,-21,-21,-3,-12,-11,-10,11,-12,-10,-12;
MA   /M: SY='K'; M=-12,6,-26,1,2,-24,-16,-6,-21,10,-19,-12,10,-16,2,5,0,-3,-18,-31,-19,1;
MA   /M: SY='P'; M=-5,-17,-21,-16,-7,-21,-22,-14,-16,-1,-12,-8,-14,5,-3,-4,-6,-7,-11,-27,-15,-6;
MA   /M: SY='E'; M=-9,4,-29,6,13,-26,-12,-6,-24,3,-24,-16,4,-9,4,-4,0,-6,-18,-30,-19,10;
MA   /M: SY='A'; M=11,-12,-12,-13,-7,-20,-7,-14,-13,-6,-13,-9,-7,-8,-7,-11,6,-1,-7,-28,-17,-8;
MA   /M: SY='V'; M=-4,-24,-13,-26,-19,-7,-29,-23,16,-16,6,5,-21,-21,-17,-18,-13,0,18,-26,-10,-19;
MA   /M: SY='Q'; M=-10,-2,-28,-3,8,-25,-15,-4,-26,8,-20,-7,0,-14,20,9,-2,-8,-20,-24,-14,11;
MA   /M: M=-8,-8,-21,-10,-4,-16,-15,-3,-19,-4,-17,-9,-3,-9,-2,-6,-3,-6,-15,-23,-11,-3;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
CC   /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC   /SCALING_DB=window20;
CC   /AUTHOR=N_Hulo;
CC   /FT_KEY=DNA_BIND; /FT_DESC=Nuclear receptor;
CC   /VERSION=5;
PR   PRU00407;
DO   PDOC00031;
//