ID   RPEL; MATRIX.
AC   PS51073;
DT   01-JAN-2005 CREATED; 01-OCT-2013 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE.
DE   RPEL repeat profile.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=26;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=3; N2=24;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.2495611; R2=0.0168148; TEXT='NScore';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=432; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='R';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=319; N_SCORE=6.6; MODE=1; TEXT='RR';
MA   /DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='D'; M=-12,23,-26,28,20,-29,-13,-2,-30,9,-26,-21,15,-10,6,3,4,-2,-24,-33,-17,13;
MA   /M: SY='S'; M=4,-7,-14,-8,-8,-12,-12,-13,-9,-10,-12,-10,-3,-16,-8,-8,15,12,0,-29,-10,-8;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20,10,-30,-20,20,-30,50,20,-30,-30,-20,-20,-30,-10,10,-20,0,-20;
MA   /M: SY='E'; M=-5,3,-24,1,14,-21,-17,-6,-16,7,-15,-10,5,-12,7,4,0,-2,-16,-27,-14,10;
MA   /M: SY='R'; M=-14,-12,-27,-11,2,-15,-23,-2,-13,11,-6,-3,-7,-19,2,27,-12,-10,-9,-23,-8,-1;
MA   /M: SY='K'; M=-11,-1,-30,-1,9,-29,-20,-3,-30,45,-29,-9,1,-11,10,31,-10,-11,-21,-21,-8,9;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-29,-22,-33,-24,5,-32,-22,30,-28,35,23,-26,-26,-19,-22,-25,-9,19,-21,-1,-23;
MA   /M: SY='A'; M=12,-6,-17,-10,-3,-22,-3,-8,-16,-3,-18,-6,-1,-13,6,0,12,2,-11,-26,-16,1;
MA   /M: SY='H'; M=-9,-5,-23,-9,-6,-12,-12,10,-10,-9,-9,1,1,-20,6,-6,-4,-8,-11,-24,-5,0;
MA   /M: SY='R'; M=-20,-10,-30,-10,0,-20,-20,0,-30,30,-20,-10,0,-20,10,70,-10,-10,-20,-20,-10,0;
MA   /M: SY='P'; M=-7,-14,-33,-8,2,-28,-18,-13,-22,2,-27,-16,-11,46,1,0,-5,-7,-25,-27,-23,-2;
MA   /M: SY='D'; M=-2,7,-23,9,1,-25,-3,-13,-24,-8,-22,-18,4,4,-6,-13,8,8,-18,-31,-20,-3;
MA   /M: SY='R'; M=-15,-13,-31,-11,-3,-21,-22,-1,-18,14,-18,-8,-6,2,1,28,-11,-10,-15,-23,-11,-5;
MA   /M: SY='E'; M=1,2,-23,5,22,-25,-15,-6,-18,3,-17,-10,-2,-8,12,-3,5,-4,-15,-28,-16,17;
MA   /M: SY='E'; M=-8,9,-27,16,40,-30,-18,-1,-27,6,-21,-17,2,-4,21,-1,5,-2,-26,-30,-18,31;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-30,-19,-30,-21,9,-30,-21,21,-29,46,19,-30,-30,-21,-20,-28,-9,14,-21,-1,-21;
MA   /M: SY='V'; M=-6,-20,-21,-20,-8,-6,-29,-21,17,-13,9,6,-20,-21,-14,-15,-13,-6,19,-26,-8,-12;
MA   /M: SY='E'; M=-8,16,-26,14,22,-28,-13,1,-26,13,-24,-16,17,-10,14,8,1,-7,-26,-30,-17,18;
MA   /M: SY='R'; M=-13,-5,-29,-7,6,-26,-20,-2,-21,28,-19,1,-3,-14,20,31,-9,-10,-18,-20,-9,12;
MA   /M: SY='N'; M=-9,8,-27,2,-5,-26,17,18,-30,-5,-27,-14,20,-19,0,-4,0,-13,-29,-28,-13,-3;
MA   /M: SY='I'; M=-9,-30,-28,-39,-29,1,-39,-29,46,-29,22,19,-21,-21,-21,-29,-20,-9,30,-21,-1,-29;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-29,-22,-32,-22,7,-32,-21,27,-29,41,23,-27,-27,-19,-22,-27,-10,15,-20,0,-22;
MA   /M: SY='Q'; M=-12,-7,-31,-4,11,-26,-21,12,-19,-1,-16,-4,-7,13,17,0,-8,-12,-25,-26,-11,12;
MA   /M: SY='E'; M=-2,-10,-24,-10,6,-9,-17,-10,-13,-5,-13,-6,-10,5,-1,-7,-2,-6,-13,-22,-12,2;
MA   /M: SY='B'; M=-7,6,-20,5,1,-16,-15,-8,-11,-5,-8,-5,4,-16,-4,-7,2,3,-8,-31,-13,-1;
MA   /M: SY='E'; M=-5,7,-23,8,10,-25,-12,-8,-23,4,-26,-18,8,6,1,-3,9,6,-20,-33,-19,5;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
NR   /RELEASE=2024_02,571282;
NR   /TOTAL=99(30); /POSITIVE=99(30); /UNKNOWN=0(0); /FALSE_POS=0(0);
NR   /FALSE_NEG=0; /PARTIAL=0;
CC   /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC   /SCALING_DB=reversed;
CC   /AUTHOR=CJA_Sigrist;
CC   /TAXO-RANGE=??E??; /MAX-REPEAT=4;
CC   /FT_KEY=REPEAT; /FT_DESC=RPEL;
CC   /VERSION=4;
DR   Q969V6    , MRTFA_HUMAN, T; Q8K4J6    , MRTFA_MOUSE, T;
DR   Q8AYC2    , MRTFA_XENLA, T; Q9ULH7    , MRTFB_HUMAN, T;
DR   P59759    , MRTFB_MOUSE, T; Q8AYC1    , MRTFB_XENLA, T;
DR   Q8IZQ8    , MYCD_HUMAN , T; Q8VIM5    , MYCD_MOUSE , T;
DR   Q7YR76    , MYCD_PIG   , T; Q8R5I7    , MYCD_RAT   , T;
DR   Q801X6    , PHAR1_CHICK, T; Q9C0D0    , PHAR1_HUMAN, T;
DR   Q2M3X8    , PHAR1_MOUSE, T; P62024    , PHAR1_RAT  , T;
DR   Q6GLU8    , PHAR1_XENLA, T; O75167    , PHAR2_HUMAN, T;
DR   P62025    , PHAR2_RAT  , T; Q96KR7    , PHAR3_HUMAN, T;
DR   Q8BYK5    , PHAR3_MOUSE, T; Q6RFY2    , PHAR3_RAT  , T;
DR   F1MCY2    , PHAR4_BOVIN, T; F1N8V3    , PHAR4_CHICK, T;
DR   Q8IZ21    , PHAR4_HUMAN, T; Q501J7    , PHAR4_MOUSE, T;
DR   Q5RAU1    , PHAR4_PONAB, T; F7EC58    , PHAR4_XENTR, T;
DR   F1QIC4    , PHR4A_DANRE, T; Q5HZA1    , PHR4A_XENLA, T;
DR   Q6PEI3    , PHR4B_DANRE, T; Q5XHF3    , PHR4B_XENLA, T;
3D   2V51; 2V52; 2YJE; 2YJF; 4B1U; 4B1V; 4B1W; 4B1X; 4B1Y; 4B1Z;
PR   PRU00401;
DO   PDOC51073;
//