ID   NIRD; MATRIX.
AC   PS51300;
DT   01-MAR-2007 CREATED; 01-OCT-2013 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE.
DE   NADH-nitrite reductase subunit D family profile.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'; LENGTH=108;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=103;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.9302852; R2=0.0101442; TEXT='NScore';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=648; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=451; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: M0=-17; D=-120; I=-120; B1=-800; E1=-800; MI=-355; MD=-355; IM=-355; DM=-355;
MA   /I: B1=0; BI=-355; BD=-355;
MA   /M: SY='M'; M=15,-37,2,7,-33,-19,24,-5,-23,-20,62,-9,2,8,-2,-20,23,-1,-47,-27;
MA   /M: SY='S'; M=-6,-37,-12,2,-33,6,-26,-26,-10,14,-1,-11,-35,32,13,33,11,-16,-44,-30;
MA   /M: SY='T'; M=-17,7,3,24,-41,-3,23,-21,-8,-36,-29,33,-32,34,6,-2,35,-14,-50,-31;
MA   /M: SY='W'; M=-41,-62,-63,-43,21,-41,-59,-37,-8,-34,-37,-56,-45,-36,-36,-46,-49,-49,159,17;
MA   /M: SY='T'; M=-24,-36,-25,8,13,-39,-1,0,11,-13,-21,-20,-31,42,-21,-15,58,-2,-42,-23;
MA   /M: SY='T'; M=18,-36,9,-19,-17,-29,-1,-33,15,-36,-29,7,13,13,18,11,39,-16,-46,-30;
MA   /M: SY='V'; M=26,-35,-46,-41,-21,-42,-46,48,-40,12,-8,-41,-41,-38,-42,-28,-20,52,-45,-27;
MA   /M: SY='C'; M=-27,141,-47,-47,-38,-43,-47,-45,-43,-35,-35,-34,-58,-51,-50,-30,-28,-32,-68,-48;
MA   /M: SY='Q'; M=28,-40,1,-1,-45,-5,30,-41,13,-39,-30,-19,6,43,29,7,-3,-35,-45,-31;
MA   /M: SY='Y'; M=-3,-38,-44,-38,-8,-46,-29,18,-33,43,-5,-41,-46,-17,3,-34,-26,25,-28,47;
MA   /M: SY='D'; M=2,-42,76,14,-49,3,-21,-48,-9,-47,-42,20,-33,-1,-9,12,-21,-43,-57,-36;
MA   /M: SY='D'; M=-9,-45,82,27,5,-33,15,-42,-21,-40,-38,-9,-33,6,-27,-22,-25,-27,-50,-4;
MA   /M: SY='L'; M=-32,-38,-51,-45,-10,-54,-41,51,-45,59,3,-47,-47,-39,-44,-42,-27,13,-39,-21;
MA   /M: SY='V'; M=-18,-38,-43,-7,-18,-48,-40,36,-21,33,22,-42,8,-34,-38,-35,-24,41,14,-25;
MA   /M: SY='P'; M=10,-48,-11,3,-47,-32,-35,-31,-28,-41,-33,-35,97,-29,-38,-13,-23,-1,-47,-44;
MA   /M: SY='N'; M=-14,5,27,13,-17,51,5,-47,-23,-45,-37,51,-35,1,-30,-17,-25,-44,-46,-12;
MA   /M: SY='T'; M=-7,-34,-26,-25,-36,-17,2,-8,-14,-25,-27,-16,-32,-19,42,39,54,-24,-48,-30;
MA   /M: SY='G'; M=-16,-44,-31,-41,-49,88,-37,-56,-36,-52,-41,-17,-2,-34,-43,-16,-34,-50,-40,-44;
MA   /M: SY='V'; M=5,-33,-46,-40,-22,-46,-6,20,-36,-4,-10,-41,-44,-39,-14,-30,-18,74,-52,-27;
MA   /M: SY='C'; M=30,102,-38,-36,-38,13,-40,-31,-34,-33,-30,-28,-13,-36,-21,-5,3,5,-53,-41;
MA   /M: SY='A'; M=66,-29,-38,-31,-34,-14,-40,-12,-32,-23,-21,-33,-36,-30,-36,-13,-18,40,-45,-35;
MA   /M: SY='W'; M=-35,-41,-52,-41,-8,-49,-39,-6,-39,64,-2,-50,-49,-15,-20,-43,-34,-14,98,-13;
MA   /M: SY='L'; M=-27,-35,-49,-43,7,-51,-41,22,-43,52,-1,-46,-47,-40,-42,-37,-9,46,-41,-21;
MA   /M: SY='D'; M=-9,-45,61,33,-49,18,8,-49,0,-47,-40,17,17,-1,-3,-20,-25,-45,-52,-37;
MA   /I: I=-33; MI=0; MD=-99; IM=0; DM=-99;
MA   /M: SY='G'; M=-21,-44,48,8,-50,65,-28,-53,-14,-49,-41,-12,-32,12,-32,-8,-15,-47,-47,-40;
MA   /M: SY='Q'; M=10,-42,-5,39,-46,19,-24,-39,1,-38,-31,-20,-31,51,23,-10,-3,-14,-43,-34;
MA   /M: SY='Q'; M=4,-47,-22,-5,-51,-31,26,-42,-9,-37,-25,-17,-6,96,9,1,-26,-41,-41,-27;
MA   /M: SY='V'; M=2,-35,-46,-38,-21,-46,-45,35,-37,6,-8,-41,-43,10,-39,-30,-20,67,-48,-27;
MA   /M: SY='A'; M=80,-27,-34,-26,-42,-15,-36,-31,-29,-33,-27,-29,-33,-25,-33,-7,-18,-18,-42,-38;
MA   /M: SY='I'; M=-2,-36,-49,-43,-15,-48,-42,46,-42,39,24,-44,-44,-38,-42,-36,-23,42,-43,-24;
MA   /M: SY='F'; M=-40,-37,-54,-49,99,-50,-35,-12,-45,12,-14,-44,-52,-53,-42,-40,-33,-5,-10,12;
MA   /M: SY='R'; M=-35,-47,-32,-24,22,-44,31,-36,5,-23,-24,-26,-44,-14,75,-30,-32,-36,-22,58;
MA   /M: SY='L'; M=-28,28,-23,-35,-21,-46,-38,12,-20,39,6,-38,37,-35,-21,-32,9,28,-45,-28;
MA   /I: I=-25; MD=-74;
MA   /M: SY='P'; M=-19,-49,13,0,-34,3,16,-36,-10,-12,-29,-27,50,8,23,-28,-17,-19,-40,21; D=-25;
MA   /I: I=-25; MD=-74;
MA   /M: SY='H'; M=-23,-64,26,9,-66,4,32,-67,-9,-62,-53,-17,-21,3,-14,-38,-46,-63,-69,-49; D=-25;
MA   /I: I=-25; MI=0; MD=-74; IM=0; DM=-74;
MA   /M: SY='D'; M=-6,-51,60,-9,-57,14,-35,-54,-35,-37,-49,9,-25,-33,-42,-9,-8,-50,-66,-48; D=-25;
MA   /I: I=-25; DM=-74;
MA   /M: SY='G'; M=-23,-44,43,32,-49,46,-25,-46,-21,-46,-39,3,10,22,-18,3,-26,-27,-48,-39;
MA   /M: SY='R'; M=-1,-40,-1,21,-43,6,6,-40,13,-40,-32,8,-7,22,34,15,16,-25,-46,-33;
MA   /M: SY='V'; M=-19,-35,-51,-44,28,-50,-44,13,-42,38,-5,-46,-47,-42,-42,-37,-23,58,17,-17;
MA   /M: SY='Y'; M=-39,-44,-39,-38,65,-45,52,-23,-32,-10,-17,-34,-48,-31,-6,-34,-33,-28,-5,86;
MA   /M: SY='A'; M=80,-27,-34,-26,-42,-15,-36,-31,-29,-33,-27,-29,-33,-25,-33,-7,-18,-18,-42,-38;
MA   /M: SY='I'; M=-27,-39,-51,-47,-15,-54,-48,66,-44,27,-2,-45,-43,-41,-46,-38,-23,46,-43,-24;
MA   /M: SY='D'; M=-19,-40,62,-13,-48,38,-24,-48,-24,-48,-42,3,-33,10,-30,44,-18,-43,-52,-36;
MA   /M: SY='N'; M=-6,-34,8,-22,-43,-17,13,-42,-15,-48,-35,99,-39,-17,-23,-11,-14,-43,-61,-37;
MA   /M: SY='W'; M=-31,-44,-41,-35,9,-46,31,38,-9,-14,16,-34,-41,-28,23,-32,-3,20,73,29;
MA   /M: SY='D'; M=-34,-1500,102,3,-54,-31,-19,-53,-21,-51,-50,-1,-33,-21,-30,-22,-24,-49,-70,-37;
MA   /M: SY='P'; M=-33,-58,-33,-22,-52,-34,-36,-40,-29,-51,-37,-40,114,-33,-42,-30,-25,-45,-46,-50;
MA   /M: SY='F'; M=-36,0,-45,-40,79,-47,-28,28,-6,-2,-15,-14,-46,-39,4,-36,-30,-2,-21,1;
MA   /M: SY='S'; M=16,15,-28,-29,5,31,-31,-38,-28,-38,-33,-16,-33,-24,-33,59,20,-30,-43,-30;
MA   /M: SY='G'; M=-23,-44,-3,-11,-48,55,3,-50,12,-46,-35,31,-35,40,27,-17,-28,-46,-44,-35;
MA   /M: SY='A'; M=73,-28,-33,-27,-40,-17,-35,-27,-29,-32,-27,-27,-33,-25,-33,20,-16,1,-43,-36;
MA   /M: SY='N'; M=39,-32,-16,-24,-16,-17,-20,-37,-21,-40,-32,68,-36,-7,-27,32,-13,-31,-46,-7;
MA   /M: SY='V'; M=-19,-33,-49,-44,-20,-51,-52,25,-41,-5,-8,-45,-45,-44,-43,-33,-17,81,-54,-28;
MA   /M: SY='M'; M=-32,-37,-48,-43,-11,-49,-32,34,-40,57,64,-14,-45,-34,-39,-40,-27,-3,-39,-20;
MA   /M: SY='S'; M=30,-31,-25,-26,-38,16,-27,-39,-26,-41,-34,-15,-31,-19,-30,71,-8,-30,-43,-7;
MA   /M: SY='R'; M=-33,-50,-30,-18,-42,-43,-18,-49,10,-41,-30,-23,-42,-6,98,-27,-32,-43,-42,-29;
MA   /M: SY='G'; M=-15,-43,-31,-42,-49,90,-37,-57,-36,-52,-42,-16,-34,-34,-43,-16,-35,-50,-40,-44;
MA   /M: SY='I'; M=-32,-40,-52,-47,-11,-54,-42,65,-44,49,19,-45,-44,-39,-45,-42,-27,6,-39,-21;
MA   /M: SY='V'; M=-22,-35,-44,-41,-20,-49,-47,47,-38,5,-8,-36,-40,-40,-42,-27,33,58,-49,-27;
MA   /M: SY='G'; M=7,19,-32,-41,-48,84,-38,-54,-36,-50,-40,-18,-35,-33,-43,-15,-33,-46,-41,-44;
MA   /M: SY='D'; M=-24,-6,66,28,-45,-27,4,-43,-19,-29,-38,29,-32,-16,-27,34,2,-39,-58,-34;
MA   /M: SY='H'; M=-20,12,-37,-31,-24,-45,58,26,-18,24,-11,-29,-42,-23,48,-31,-15,6,-46,-21;
MA   /M: SY='G'; M=5,-42,22,-19,-49,57,-26,-48,8,-46,-36,19,-34,46,-23,-15,-27,-44,-44,-37;
MA   /M: SY='G'; M=-20,-44,38,17,-50,73,-29,-55,-27,-51,-42,9,-33,-25,-36,-17,-30,-49,-46,-42;
MA   /M: SY='E'; M=-16,20,-3,62,-41,-42,3,-14,7,-33,-30,-24,-31,4,36,-24,-13,4,-47,-34;
MA   /M: SY='P'; M=-4,-40,-11,-30,-25,-40,-35,11,-33,35,8,-36,62,-32,-20,-28,15,-6,-43,-30;
MA   /M: SY='W'; M=-24,26,-48,-41,9,-46,-46,8,-22,-12,18,-40,-43,-39,-39,-31,11,59,85,-2;
MA   /M: SY='V'; M=-20,-33,-50,-44,-19,-51,-51,31,-42,3,-7,-45,-45,-43,-43,-34,-18,78,-52,-27;
MA   /M: SY='A'; M=71,-31,-34,-24,-40,-20,-34,5,-27,-29,-24,-28,-33,29,-30,-10,-20,-16,-41,-35;
MA   /M: SY='S'; M=4,-1500,-22,-23,-41,-15,-26,-40,-23,-43,-36,-11,-30,-15,-28,85,-2,-32,-48,-33;
MA   /M: SY='P'; M=-33,-58,-33,-22,-52,-34,-36,-40,-29,-51,-37,-40,114,-33,-42,-30,-25,-45,-46,-50;
MA   /M: SY='L'; M=-31,-37,-50,-43,-10,-51,-36,36,-42,60,41,-45,-46,-36,-41,-40,-11,5,-39,-20;
MA   /M: SY='Y'; M=-34,-45,-32,-27,-2,-42,31,-24,33,12,-15,-29,-42,1,-16,-30,-30,-28,-11,86;
MA   /M: SY='K'; M=-29,-43,-21,-7,-45,-36,-24,-45,90,-44,-32,-14,-29,-6,10,-23,-23,-41,-38,-32;
MA   /M: SY='Q'; M=-27,-50,-19,5,-52,-34,55,-43,-8,-37,-24,-1,-33,101,-8,-16,-29,-45,-42,-23;
MA   /M: SY='H'; M=30,-41,-26,-21,-37,-32,101,-43,-15,-35,-24,-17,-37,-15,42,-20,-29,-27,-54,-16;
MA   /M: SY='F'; M=-41,-39,-51,-48,99,-48,-28,-16,-43,-8,-17,-42,-52,-50,-40,-39,-33,-21,-4,51;
MA   /M: SY='D'; M=20,26,53,-14,-45,-24,-22,-43,-16,-43,-37,37,-36,-4,24,27,-18,-37,-54,-36;
MA   /M: SY='L'; M=-34,-35,-51,-43,7,-52,-35,1,-44,74,5,-50,-51,-37,-41,-44,-30,-6,-36,-18;
MA   /M: SY='R'; M=-8,-40,18,15,-37,-35,3,-33,21,-16,-28,11,-34,-3,47,1,13,-7,-46,-12;
MA   /M: SY='D'; M=-20,-35,63,-13,-42,-28,-26,-37,-23,-40,-36,-8,-29,-22,-30,38,58,-30,-58,-34;
MA   /M: SY='G'; M=-15,-43,-31,-42,-49,90,-37,-57,-36,-52,-42,-16,-34,-34,-43,-16,-35,-50,-40,-44;
MA   /M: SY='R'; M=3,-41,-23,24,-9,-16,0,-19,11,-15,-25,-22,-34,35,37,11,-3,-2,-42,-27;
MA   /M: SY='C'; M=-27,141,-47,-47,-38,-43,-47,-45,-43,-35,-35,-34,-58,-51,-50,-30,-28,-32,-68,-48;
MA   /M: SY='L'; M=-31,-36,-51,-43,4,-51,-35,20,-43,63,47,-47,-47,-36,-40,-42,-28,11,-38,-18;
MA   /M: SY='E'; M=-29,-47,69,72,-52,-37,-19,-51,-13,-46,-43,-13,-26,3,-22,-22,-25,-46,-55,-38;
MA   /M: SY='D'; M=8,-43,90,-3,-46,-28,-21,-45,-23,-33,-42,4,-34,-22,-30,-11,-6,-40,-59,-12;
MA   /M: SY='P'; M=18,-47,9,50,-50,-5,-29,-43,-21,-45,-37,-28,76,-18,-31,-22,-25,-39,-46,-43;
MA   /M: SY='S'; M=32,-36,18,36,-44,-3,7,-42,-18,-41,-34,-17,-30,-2,4,40,-6,-33,-47,-34;
MA   /M: SY='H'; M=-17,-38,-37,-31,10,-43,54,5,-20,-5,3,-19,-42,17,-3,-28,-12,50,-40,21;
MA   /M: SY='S'; M=-3,6,-24,-20,-41,-25,5,-27,13,-40,-32,5,-34,12,43,57,-6,-33,-47,-31;
MA   /M: SY='V'; M=-24,-34,-50,-44,-14,-52,-45,25,-43,43,-2,-47,-47,-41,-43,-37,-22,61,-46,-24;
MA   /M: SY='P'; M=0,-44,-25,1,-45,-32,-28,-41,40,-44,-33,-7,67,-16,27,7,6,-37,-44,-37;
MA   /M: SY='T'; M=24,15,-35,-32,-30,-35,6,-8,-30,-20,-19,-26,-35,-32,-17,-6,50,47,-52,-30;
MA   /M: SY='Y'; M=-39,-51,-41,-40,26,-43,28,-26,-33,-22,-20,-40,-48,-29,-31,-35,-36,-33,98,100;
MA   /M: SY='P'; M=9,-47,37,35,-49,-33,-26,-44,0,-45,-36,-22,67,-2,24,-23,-25,-40,-48,-39;
MA   /M: SY='V'; M=12,-32,-42,-38,-24,-42,-46,20,-36,-11,-13,-36,-40,-38,-40,-11,23,68,-52,-29;
MA   /M: SY='R'; M=-31,-47,-28,-7,-39,-42,-20,-40,21,-14,5,-23,-39,27,84,-26,-14,-37,-42,-28;
MA   /M: SY='V'; M=-15,-36,-45,-24,-18,-50,3,41,-37,13,-7,-41,-43,-37,-18,-33,-21,62,-46,-9;
MA   /M: SY='E'; M=-7,-39,24,40,-38,-33,-25,-20,9,-27,-31,7,-30,-14,18,13,27,-11,8,-19;
MA   /I: I=-36; MI=0; MD=-108; IM=0; DM=-108;
MA   /M: SY='D'; M=16,-40,61,7,-49,35,-23,-47,-22,-47,-40,39,-14,-21,-16,-16,-23,-42,-53,-39;
MA   /M: SY='G'; M=-13,-44,52,5,-50,66,-28,-53,-26,-50,-42,14,-33,-2,-34,-17,-29,-48,-48,-41;
MA   /M: SY='W'; M=0,-41,10,14,-22,6,26,-16,9,-30,-8,-10,-35,10,20,-8,-12,13,32,0;
MA   /M: SY='V'; M=-21,-35,-49,-43,-4,-50,-48,30,-39,-6,-9,-44,-18,-42,-26,-33,-19,75,-48,-7;
MA   /M: SY='W'; M=-19,3,-29,27,-26,-39,0,-17,-20,-2,1,-31,-37,56,-7,-17,-30,-2,100,1;
MA   /M: SY='V'; M=-26,-38,-43,-8,-16,-51,-40,42,-38,32,-5,-42,-43,-3,-39,-35,-23,50,-42,-2;
MA   /M: SY='A'; M=37,-36,-28,0,-36,5,-6,-5,2,-3,-23,0,-35,15,17,8,-22,-8,-43,-32;
MA   /M: SY='A'; M=40,-33,-32,-14,-31,9,3,-9,-30,6,-19,-11,-36,-3,-34,14,-7,25,-45,-31;
MA   /I: E1=0; IE=-355; DE=-355;
PP   /COMPETES_HIT_WITH: PS51296;
NR   /RELEASE=2024_02,571282;
NR   /TOTAL=5(5); /POSITIVE=5(5); /UNKNOWN=0(0); /FALSE_POS=0(0);
NR   /FALSE_NEG=0; /PARTIAL=0;
CC   /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC   /SCALING_DB=reversed;
CC   /AUTHOR=N_Hulo;
CC   /TAXO-RANGE=???P?; /MAX-REPEAT=1;
CC   /VERSION=3;
DR   Q06458    , NIRB_KLEOX , T; P0A9I9    , NIRD_ECO57 , T;
DR   P0A9I8    , NIRD_ECOLI , T; P0A230    , NIRD_SALTI , T;
DR   P0A229    , NIRD_SALTY , T;
3D   2JO6;
PR   PRU00633;
DO   PDOC51300;
//