ID   VPS28_C; MATRIX.
AC   PS51310;
DT   01-MAY-2007 CREATED; 01-OCT-2013 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE.
DE   VPS28 C-terminal domain profile.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=97;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=92;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.9542081; R2=0.0241098; TEXT='NScore';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=231; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=148; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: M0=-10; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='S'; M=-1,-8,-17,-15,-10,-7,-15,-10,-11,-5,-16,-3,1,-20,-7,-11,3,-4,-9,-24,-10,-9;
MA   /M: M=-10,-11,-22,-12,-6,-16,-21,-14,-9,-9,-11,-9,-8,-21,-6,-7,-4,-6,-11,-17,-13,-7;
MA   /M: SY='A'; M=16,-19,13,-23,-18,-21,-8,-21,-13,-16,-17,-13,-17,-12,-15,-18,0,-5,-7,-28,-21,-18;
MA   /M: SY='R'; M=-3,-6,-27,-11,-1,-27,-5,-9,-27,15,-26,-20,1,-15,2,20,6,-2,-23,-30,-21,-1;
MA   /M: SY='Y'; M=-8,-25,-7,-26,-17,-3,-26,-5,-2,-18,2,-1,-21,-24,-9,-16,-12,-10,-4,-14,4,-16;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-30,-11,-32,-27,-4,-32,-27,20,-24,11,5,-29,-26,-21,-26,-18,-8,17,-9,-7,-24;
MA   /M: SY='A'; M=20,-25,-4,-25,-18,-14,-14,-24,6,-16,-3,-1,-25,-16,-15,-17,-3,-2,11,-28,-16,-16;
MA   /M: SY='E'; M=-5,4,-29,11,12,-27,-1,-10,-23,-6,-28,-19,-4,-16,3,-12,2,-10,-20,-32,-23,8;
MA   /M: SY='C'; M=6,-24,10,-27,-21,-16,-23,-23,1,-16,-4,-6,-21,-21,-16,-13,-7,-1,3,-26,-17,-21;
MA   /M: SY='T'; M=0,-13,-17,-12,-11,-20,-5,-20,-7,-12,-14,-10,-10,-15,-11,-17,1,13,1,-30,-19,-9;
MA   /M: SY='Q'; M=-6,0,-28,2,12,-28,-11,5,-28,-1,-28,-16,-2,-1,19,-4,1,-10,-23,-29,-18,12;
MA   /M: SY='N'; M=-13,3,-14,-8,-5,-22,-17,10,-23,-4,-24,-15,17,-20,3,1,1,-6,-23,-29,-13,-5;
MA   /M: SY='F'; M=-19,-26,-21,-35,-24,48,-29,-7,-4,-25,-3,0,-26,-36,-18,-25,-17,-19,-11,6,24,-22;
MA   /M: SY='I'; M=-11,-26,-14,-24,-20,-4,-37,-26,29,-25,15,7,-27,-27,-23,-25,-18,-10,21,-21,-11,-21;
MA   /M: SY='T'; M=0,-10,-15,-10,-12,-22,-1,-20,-17,-12,-17,-15,-2,-12,-12,-12,8,33,-7,-30,-22,-12;
MA   /M: SY='I'; M=-9,-28,-14,-31,-26,9,-29,-22,13,-22,10,12,-26,-26,-18,-24,-16,-3,13,-17,-2,-22;
MA   /M: SY='M'; M=-13,-28,-19,-27,-14,-4,-32,-21,8,-19,20,37,-24,-27,-4,-17,-21,-10,5,-21,-11,-15;
MA   /M: SY='D'; M=-19,32,-39,50,16,-40,-11,-11,-30,-10,-39,-30,6,-7,-1,-20,-1,-10,-29,-49,-30,7;
MA   /M: SY='A'; M=25,-13,-6,-14,-6,-21,-4,-17,-14,-3,-22,-13,-10,-10,-6,-8,16,7,-6,-30,-20,-6;
MA   /M: SY='L'; M=-13,-33,-10,-33,-26,-4,-34,-27,18,-25,26,13,-32,-26,-18,-21,-19,-6,11,-22,-11,-25;
MA   /M: SY='K'; M=-9,-4,-33,-13,3,-30,-10,-8,-31,31,-28,-21,-1,-14,6,28,-3,-11,-24,-30,-21,3;
MA   /M: SY='L'; M=-16,-35,-10,-35,-26,-3,-35,-27,15,-26,31,15,-34,-27,-17,-19,-21,-7,6,-21,-11,-26;
MA   /M: SY='N'; M=-16,21,-32,14,12,-31,-14,7,-30,2,-34,-15,33,-16,19,1,5,-5,-27,-35,-21,13;
MA   /M: SY='M'; M=-12,-23,-20,-24,-14,-2,-28,-10,-3,-16,1,11,-19,-12,-2,-16,-14,-8,-2,-15,0,-13;
MA   /M: SY='R'; M=-9,-14,-24,-20,-10,-20,-25,-13,-8,2,-6,-7,-7,-20,-4,13,-9,1,-6,-29,-17,-9;
MA   /M: SY='A'; M=27,-17,9,-19,-12,-20,-5,-20,-12,-11,-19,-13,-15,-13,-11,-14,12,4,-4,-29,-20,-12;
MA   /M: SY='K'; M=-6,-15,-21,-20,-9,-19,-25,-19,-2,16,-10,-1,-14,-16,-3,-4,-10,-6,7,-29,-15,-5;
MA   /M: SY='D'; M=-15,32,-36,49,20,-37,-10,-9,-29,-7,-38,-28,9,-18,2,-17,5,-7,-29,-46,-28,11;
MA   /M: SY='Q'; M=-6,0,-28,2,16,-28,-19,2,-23,4,-20,-4,-3,-12,40,2,-1,-8,-15,-25,-20,22;
MA   /M: SY='L'; M=-15,-36,-10,-36,-30,-2,-38,-30,26,-28,31,16,-36,-28,-22,-24,-26,-8,19,-22,-10,-28;
MA   /I: I=-8; MD=-17;
MA   /M: SY='H'; M=-16,-3,-25,-9,0,-7,-19,38,-23,-6,-21,-12,5,-18,12,-2,-7,-14,-21,-12,16,2; D=-8;
MA   /I: I=-8; MI=-17; MD=-17; IM=-17; DM=-17;
MA   /M: SY='P'; M=-8,-17,-25,-17,-9,-34,-18,-18,-25,-9,-25,-25,-16,65,-9,-17,-8,-5,-16,-35,-26,-9; D=-8;
MA   /I: I=-8; DM=-17;
MA   /M: SY='L'; M=-15,-14,-19,-11,-14,-8,-19,-19,-4,-20,3,-3,-20,-15,-14,-19,-15,-11,-7,-23,-12,-16; D=-8;
MA   /I: I=-8; DM=-17;
MA   /M: SY='L'; M=-18,-35,-9,-35,-27,0,-35,-27,18,-27,35,18,-35,-27,-18,-18,-27,-9,9,-18,-9,-27; D=-8;
MA   /I: I=-8; DM=-17;
MA   /M: SY='S'; M=5,-4,-18,-4,-3,-22,-1,-10,-20,-1,-23,-17,0,-13,-2,4,12,3,-17,-28,-19,-3; D=-8;
MA   /I: I=-8; DM=-17;
MA   /M: SY='E'; M=-13,20,-35,32,33,-30,-14,-4,-27,2,-30,-21,4,-13,10,-7,0,-9,-27,-34,-21,24; D=-8;
MA   /I: I=-8; DM=-17;
MA   /M: SY='L'; M=-16,-35,-9,-35,-27,-1,-35,-27,18,-26,33,17,-35,-26,-18,-18,-26,-8,11,-18,-9,-26; D=-8;
MA   /I: I=-8; DM=-17;
MA   /M: SY='M'; M=-9,-27,-13,-27,-21,0,-28,-19,15,-20,14,22,-22,-24,-12,-20,-16,-7,13,-17,-3,-20; D=-8;
MA   /I: I=-8; DM=-17;
MA   /M: SY='Q'; M=-3,-4,-21,-4,6,-20,-17,-7,-10,-1,-15,-7,-2,-13,8,-3,0,-4,-7,-25,-15,7; D=-8;
MA   /I: I=-8; DM=-17;
MA   /M: SY='S'; M=4,-6,-13,-7,-9,-19,2,-14,-15,-8,-21,-14,2,-12,-8,-12,13,10,-9,-27,-18,-8; D=-8;
MA   /I: I=-8; DM=-17;
MA   /M: SY='M'; M=-12,-29,-13,-29,-23,2,-31,-19,15,-22,20,24,-26,-26,-14,-20,-21,-9,12,-14,-1,-22; D=-8;
MA   /I: I=-8; DM=-17;
MA   /M: SY='N'; M=-13,12,-30,3,1,-26,-5,16,-30,-3,-34,-21,24,-18,5,1,5,-8,-28,-32,-14,1;
MA   /M: SY='R'; M=-11,0,-36,-4,5,-31,-18,-5,-28,19,-25,-21,2,-17,7,33,-5,-5,-26,-33,-22,3;
MA   /M: SY='L'; M=-14,-33,-13,-34,-26,3,-34,-25,15,-25,24,22,-30,-28,-16,-22,-23,-5,11,-19,-7,-25;
MA   /M: SY='S'; M=3,-6,-15,-7,-7,-22,1,-15,-18,-2,-24,-17,1,-12,-6,-10,19,11,-12,-30,-21,-6;
MA   /M: SY='H'; M=-12,-6,-31,-8,1,-21,-15,7,-19,-4,-17,-14,-5,-20,1,7,-10,-12,-18,-28,-11,-1;
MA   /M: SY='T'; M=-8,-12,-16,-12,-9,-15,-21,-17,-3,-13,-1,-3,-9,-20,-8,-14,-1,1,-5,-28,-16,-10;
MA   /I: I=-10; MD=-22;
MA   /M: SY='P'; M=-6,-13,-17,-13,-8,-20,-7,-13,-15,-8,-14,-14,-13,32,-8,-12,-7,-7,-11,-22,-17,-8; D=-10;
MA   /I: I=-10; MI=0; MD=-22; IM=0; DM=-22;
MA   /M: SY='P'; M=-6,-12,-15,-13,-8,-11,-16,-11,-7,-9,-10,-8,-11,11,-4,-12,-3,-6,-6,-18,-11,-7; D=-10;
MA   /I: I=-10; DM=-22;
MA   /M: SY='D'; M=-17,30,-38,45,22,-37,-13,-7,-30,-1,-37,-26,7,-17,8,-12,0,-10,-28,-44,-27,15;
MA   /M: SY='F'; M=-13,-25,-20,-31,-18,29,-26,-11,-5,-21,-7,-4,-26,-31,-16,-23,-16,-16,-10,7,14,-17;
MA   /M: SY='E'; M=-8,7,-33,15,31,-27,-18,-4,-23,4,-26,-17,0,-12,15,-5,4,-7,-23,-30,-20,25;
MA   /M: SY='G'; M=-6,-11,-17,-16,-21,-14,22,-16,-25,-20,-28,-20,-7,-24,-20,-21,-4,-15,-20,-24,-17,-20;
MA   /M: SY='R'; M=-10,-12,-30,-19,-4,-17,-22,-4,-22,11,-17,-16,-4,-19,1,28,-6,0,-20,-23,-9,-4;
MA   /M: SY='Q'; M=-6,-3,-24,-7,-1,-23,-4,-2,-24,1,-23,-9,3,-15,9,-4,6,-1,-18,-27,-18,1;
MA   /M: SY='K'; M=-6,-4,-25,-10,3,-27,-18,-10,-25,27,-24,-18,1,-12,5,17,5,5,-17,-30,-20,3;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-34,-11,-34,-29,-4,-36,-29,27,-26,24,17,-33,-26,-21,-26,-24,-6,25,-24,-10,-26;
MA   /M: M=-6,-16,-17,-18,-12,-16,-23,-12,-2,-7,-8,-8,-12,-8,-10,-13,-2,-2,-1,-27,-14,-12;
MA   /M: SY='Q'; M=-11,6,-29,5,16,-27,-18,8,-27,6,-25,-12,7,-13,25,2,1,-1,-21,-28,-17,17;
MA   /M: SY='W'; M=-28,-39,-20,-48,-29,9,-30,-20,-17,-29,-15,-11,-38,-39,-18,-29,-29,-28,-25,86,17,-29;
MA   /M: SY='Y'; M=-19,-28,-18,-32,-20,6,-32,-8,-1,-19,6,1,-26,-29,-10,-16,-21,-15,-6,2,7,-19;
MA   /M: SY='V'; M=-7,-12,-22,-9,-4,-17,-26,-16,4,-9,-6,-4,-14,-19,-4,-12,-9,-6,6,-29,-16,-2;
MA   /M: SY='R'; M=-7,-8,-25,-13,0,-24,-19,-8,-21,14,-16,-12,-3,-15,9,18,1,1,-17,-28,-19,1;
MA   /M: SY='L'; M=-17,-28,-14,-26,-24,-2,-35,-26,17,-27,22,10,-31,-29,-20,-23,-23,-10,10,-22,-10,-24;
MA   /M: SY='N'; M=-7,11,-25,9,0,-30,0,-7,-28,-5,-36,-24,19,-4,-4,-11,14,-2,-26,-37,-24,-2;
MA   /M: SY='S'; M=1,-3,-11,-10,-5,-25,-7,-9,-23,3,-26,-17,5,-15,0,1,8,-1,-19,-30,-21,-4;
MA   /M: SY='M'; M=-14,-21,-23,-20,-14,-5,-28,-14,0,-15,8,27,-17,-28,-4,-10,-18,-11,-2,-21,-6,-15;
MA   /M: SY='S'; M=5,-4,-18,-8,-5,-24,0,-9,-19,-4,-25,-14,3,-14,2,-5,10,-2,-14,-30,-20,-3;
MA   /M: SY='A'; M=16,-12,-10,-10,-8,-21,-9,-18,-9,-11,-19,-13,-12,-5,-10,-15,10,-1,-5,-31,-20,-9;
MA   /M: SY='S'; M=7,-6,-16,-5,0,-24,-4,-14,-21,-4,-26,-19,-2,1,-3,-11,18,8,-16,-31,-22,-1;
MA   /M: SY='D'; M=-9,19,-33,30,15,-34,-11,-8,-27,-3,-32,-22,3,-17,7,-4,0,-9,-25,-40,-26,10;
MA   /M: SY='E'; M=-7,-5,-29,0,16,-23,-12,-9,-17,-3,-18,-7,-8,-15,8,-9,-4,-5,-13,-28,-19,13;
MA   /M: SY='L'; M=-18,-26,-17,-24,-21,-11,-33,-26,8,-25,18,6,-30,-13,-17,-21,-22,-10,2,-27,-15,-22;
MA   /M: SY='S'; M=-1,7,-23,11,6,-27,-1,-10,-25,-5,-31,-21,7,-14,-2,-11,13,3,-21,-35,-23,3;
MA   /M: SY='E'; M=-9,11,-33,19,23,-30,-16,-6,-26,2,-28,-21,3,-14,8,0,4,0,-25,-35,-23,17;
MA   /M: SY='E'; M=-6,-6,-23,-4,1,-22,-9,-13,-16,-6,-16,-12,-7,-16,0,-7,1,-2,-13,-29,-20,0;
MA   /M: SY='Q'; M=-8,5,-32,9,13,-33,-16,-4,-28,1,-27,-17,-2,-1,18,2,-2,-9,-23,-33,-24,12;
MA   /M: SY='A'; M=19,-17,-9,-17,-12,-20,-1,-20,-9,-8,-18,-11,-15,-14,-11,-12,5,0,-1,-29,-20,-11;
MA   /M: SY='R'; M=-11,-3,-40,-8,8,-31,-19,-1,-30,16,-23,-21,1,-19,10,45,-8,-10,-30,-32,-21,6;
MA   /M: SY='E'; M=-10,11,-35,17,25,-31,-16,-1,-29,6,-29,-18,3,-14,21,5,2,-8,-27,-32,-22,22;
MA   /M: SY='F'; M=-14,-29,-16,-33,-24,21,-29,-18,5,-24,11,13,-26,-31,-18,-22,-14,-11,-2,-10,4,-24;
MA   /M: SY='L'; M=-3,-28,-12,-29,-20,-6,-25,-18,2,-21,6,0,-27,-10,-16,-18,-14,-9,1,-23,-10,-20;
MA   /M: SY='F'; M=-11,-25,-19,-29,-17,31,-25,-1,-7,-20,-9,-6,-23,-30,-20,-21,-14,-16,-10,4,31,-18;
MA   /M: SY='D'; M=-14,21,-33,35,13,-32,-16,-13,-17,-10,-28,-20,0,-19,-2,-20,-4,-8,-15,-43,-24,7;
MA   /M: SY='L'; M=-15,-34,-13,-34,-27,-7,-36,-29,18,-26,23,10,-34,-13,-21,-23,-24,-9,12,-24,-13,-26;
MA   /M: SY='E'; M=-13,9,-36,19,33,-28,-21,-6,-23,1,-22,-16,-4,-15,11,-7,-4,-10,-24,-32,-20,24;
MA   /M: SY='S'; M=-2,-9,-13,-12,-3,-23,-16,-9,-19,1,-17,-12,-2,-15,7,7,9,4,-17,-27,-19,-2;
MA   /M: SY='A'; M=21,-16,-13,-16,-12,-25,13,-19,-21,-12,-27,-19,-16,0,-12,-14,6,-6,-12,-31,-24,-12;
MA   /M: SY='Y'; M=-16,-26,-19,-26,-17,23,-26,16,-11,-17,-13,-11,-16,-27,-17,-19,-11,-16,-11,13,57,-17;
MA   /M: SY='Q'; M=8,-2,-18,-7,3,-25,-9,-6,-22,7,-26,-12,3,-11,12,1,10,-3,-15,-29,-20,5;
MA   /M: SY='A'; M=11,-12,-6,-14,-5,-26,-6,-17,-21,-2,-25,-19,-12,0,-6,-10,6,-5,-14,-30,-22,-5;
MA   /M: SY='F'; M=-15,-27,-9,-36,-28,42,-29,-13,-2,-27,-2,-3,-26,-35,-27,-28,-15,-9,-9,2,18,-28;
MA   /M: SY='Y'; M=-15,-14,-7,-21,-14,-6,-25,2,-13,-6,-12,-8,-5,-24,-9,-11,-11,-12,-13,-15,7,-14;
MA   /M: SY='A'; M=16,-10,-15,-10,-4,-26,-7,-16,-19,-1,-25,-17,-11,1,-5,-4,6,-3,-11,-33,-22,-5;
MA   /M: SY='A'; M=3,-25,-10,-27,-20,3,-20,-17,2,-18,-2,-1,-22,-22,-17,-19,-6,-2,3,-17,-1,-18;
MA   /M: SY='L'; M=-20,-40,-10,-40,-30,0,-40,-30,20,-30,40,20,-40,-30,-20,-20,-30,-10,10,-20,-10,-30;
MA   /M: SY='H'; M=-6,7,-27,4,10,-24,-13,16,-26,-3,-31,-20,11,-9,5,-5,3,-8,-24,-32,-12,7;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
PP   /PROMOTED_BY: PS51313;
NR   /RELEASE=2024_02,571282;
NR   /TOTAL=12(12); /POSITIVE=12(12); /UNKNOWN=0(0); /FALSE_POS=0(0);
NR   /FALSE_NEG=0; /PARTIAL=0;
CC   /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC   /SCALING_DB=reversed;
CC   /AUTHOR=CJA_Sigrist;
CC   /TAXO-RANGE=??E??; /MAX-REPEAT=1;
CC   /FT_KEY=DOMAIN; /FT_DESC=VPS28 C-terminal;
CC   /VERSION=3;
DR   O65421    , VP281_ARATH, T; Q9S9T7    , VP282_ARATH, T;
DR   Q3T178    , VPS28_BOVIN, T; A8XWB7    , VPS28_CAEBR, T;
DR   Q9NA26    , VPS28_CAEEL, T; Q54NF1    , VPS28_DICDI, T;
DR   Q9V359    , VPS28_DROME, T; Q9UK41    , VPS28_HUMAN, T;
DR   Q9D1C8    , VPS28_MOUSE, T; B5DEN9    , VPS28_RAT  , T;
DR   O13872    , VPS28_SCHPO, T; Q02767    , VPS28_YEAST, T;
3D   2G3K; 2J9U; 2J9V;
PR   PRU00642;
DO   PDOC51310;
//