ID   ALPHA_BOX; MATRIX.
AC   PS51325;
DT   01-JUL-2007 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE.
DE   Alpha box DNA-binding domain profile.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'; LENGTH=59;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=54;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=3.8848138; R2=0.0188497; TEXT='NScore';
MA   /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3052.2575684; R2=1.0101695; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=245; H_SCORE=3300; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=139; H_SCORE=3193; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: B1=*; E1=*; MM=*; II=*;
MA   /I: B1=-85; E0=*; BM=-1; BD=-38;
MA   /M: SY='K'; M=9,-19,-20,-15,-20,-26,-14,4,17,-18,-11,-16,3,-12,-17,3,12,11,-23,-18; M0=-6;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='K'; M=17,-27,-28,-24,-44,-28,-25,-41,26,-41,-32,-24,15,-22,-24,12,-21,-33,-43,-38; M0=-19;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='K'; M=-36,-42,-44,-29,-51,-41,-20,-44,32,-3,-34,-28,-40,-15,23,-35,4,-41,-39,-38; M0=-24;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='K'; M=-40,-44,-51,-33,-55,-43,-21,-47,34,-43,-36,-30,-42,-17,26,-38,-36,-45,-40,-40; M0=-32;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='P'; M=2,17,-13,-8,-29,-24,-11,-26,13,-26,-17,-11,22,10,-11,10,-13,-22,-29,11; M0=-8;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='V'; M=-35,-29,-61,-57,-28,-59,-56,21,-56,20,-15,-56,-55,-52,-56,-53,-34,23,-46,-44; M0=-33;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='N'; M=-53,-51,-48,-52,-62,-50,-53,-73,-59,-69,-66,44,-55,-56,-58,-55,-56,-66,-55,-60; M0=-53;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='S'; M=17,-28,6,-26,-47,12,-30,-45,-30,-46,-37,-25,6,-27,-34,24,-23,-36,-48,-43; M0=-19;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='F'; M=-55,-45,-59,-63,41,-58,-20,-44,-58,-37,-38,-44,-56,-45,-52,-50,-54,-46,26,25; M0=-43;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='M'; M=-33,-28,-60,-56,-31,-58,-55,30,-55,-18,36,-54,-54,-53,-56,-51,-33,16,-48,-44; M0=-35;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='A'; M=22,-21,-44,-40,-24,20,-30,7,-37,8,-15,-33,-36,-33,-35,-24,-21,-14,-30,-27; M0=-17;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='F'; M=-55,-45,-59,-63,42,-58,-20,-44,-58,-37,-38,-44,-56,-46,-52,-50,-54,-46,-12,26; M0=-43;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='R'; M=-61,-54,-62,-59,-66,-53,-50,-72,-43,-67,-64,-58,-57,-51,43,-63,-61,-69,-55,-62; M0=-55;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='S'; M=4,22,-40,-37,-36,-28,-32,-32,-35,-35,-27,7,-34,-32,-36,28,5,4,-39,-36; M0=-19;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='Y'; M=-44,-37,-56,-56,29,-53,-21,-30,-52,-26,18,-43,-52,-42,-48,-45,-43,4,-14,39; M0=-33;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='Y'; M=-51,-43,-58,-60,-8,-55,-23,-39,-55,-32,28,-45,-55,-46,-50,-49,-51,-42,-15,46; M0=-41;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='S'; M=1,-17,-40,-34,-15,-33,-23,7,-31,8,16,-30,-34,-27,-29,26,-18,-9,-22,-18; M0=-14;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='R'; M=-13,-27,6,-7,-30,-23,-10,1,6,-4,-18,-10,4,11,22,-12,12,-24,-29,-23; M0=-7;
MA   /I: MM=-9; MI=-89; MD=-11; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='I'; M=-11,-10,-32,-26,-10,-26,-16,22,-23,14,-2,-23,-27,-20,-22,7,11,-1,-16,-12; M0=-10;
MA   /I: MM=-13; MI=-79; MD=-8; IM=-9; II=-11; DM=-31; DD=-2;
MA   /M: SY='N'; M=-7,-15,-2,-3,-25,-13,-9,-24,-7,-25,-17,27,26,-6,-11,-7,-9,-19,-26,-20; M0=-9;
MA   /I: MM=0; MI=-67; MD=-77; IM=-9; II=-11; DM=-1; DD=-43;
MA   /M: SY='I'; M=-35,-31,-60,-54,11,-55,-45,24,-52,15,18,-52,-51,-44,-49,-48,-34,18,-36,-36; M0=-29;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='F'; M=-15,-17,-24,-19,26,1,-15,-13,3,6,-9,6,-29,-15,-19,1,-14,-12,-21,20; M0=-7;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='N'; M=2,-29,-12,5,-32,14,-10,-30,7,-29,-20,15,13,-6,-12,10,-14,-25,-31,-24; M0=-8;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='Q'; M=-13,-28,-12,5,-31,9,-10,1,-6,-28,-19,7,3,23,6,3,-13,0,-30,-23; M0=-6;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='W'; M=-19,-17,-42,10,10,-34,-23,19,-32,16,-6,-31,-34,-28,-30,-25,-18,7,24,-18; M0=-14;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='H'; M=1,-30,-17,-11,-34,-27,25,-31,8,-30,-22,-13,23,-8,7,-16,18,-27,-32,-26; M0=-12;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='Q'; M=-38,-42,-40,-39,-38,-43,-35,-40,-28,-34,18,-38,-47,44,-28,-40,-40,-42,-42,-38; M0=-33;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='K'; M=10,-31,-16,-10,-35,-26,-12,-32,25,-31,-22,9,-27,10,14,-16,4,-27,-32,-26; M0=-12;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='E'; M=-13,-28,5,23,-31,-23,16,-29,7,-28,-19,-9,-24,11,-11,2,-13,1,-30,9; M0=-9;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='R'; M=-33,-35,-46,-31,-35,-41,-21,4,15,22,-23,-30,-40,-18,22,-34,-30,-29,-35,-33; M0=-20;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='S'; M=-32,-37,-52,-55,-57,-39,-51,-61,-57,-61,-54,-46,-46,-53,-54,37,-37,-50,-55,-57; M0=-44;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='T'; M=9,-28,-12,-6,-31,-1,-10,-29,6,-28,-19,8,4,-5,7,10,17,-24,-30,-23; M0=-7;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='I'; M=-16,-14,-39,-33,9,-31,-20,22,1,16,-6,-28,-32,-25,-27,-22,4,-8,-19,12; M0=-12;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='M'; M=-44,-38,-68,-63,-19,-67,-53,25,-61,24,27,-64,-56,-48,-55,-61,-43,-20,-38,-40; M0=-38;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='R'; M=12,-25,-33,-29,-44,12,-29,-41,-27,-43,-34,-26,-33,-26,21,17,14,-33,-45,-41; M0=-18;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='Q'; M=2,-18,-20,11,7,-27,-14,4,12,-1,-10,-16,-27,17,-17,-16,-14,10,-22,-18; M0=-6;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='M'; M=-16,-14,-38,2,8,-31,15,-9,-28,18,26,-27,-31,-24,-26,-22,-15,5,-18,11; M0=-12;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='W'; M=-70,-55,-65,-69,-51,-56,-56,-76,-69,-69,-69,-67,-60,-68,-64,-74,-71,-74,63,-48; M0=-65;
MA   /I: MM=-1; MI=-37; MD=-99; IM=-2; II=-33; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='Q'; M=1,-28,-12,13,-31,-1,17,-29,6,-28,-19,8,-24,17,-10,2,12,-24,-30,-23; M0=-8;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='H'; M=10,-27,-13,-7,-30,-24,24,-28,7,-4,-18,20,-24,10,6,-13,-13,0,-29,-23; M0=-7;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='D'; M=-34,-55,33,23,-56,-31,17,-56,-30,-54,-49,-17,-37,-23,-41,-30,-35,-51,-56,-45; M0=-31;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='P'; M=-21,-34,-19,-14,-39,-30,17,-36,15,-34,-26,-16,29,19,-9,1,-21,-32,-35,-30; M0=-16;
MA   /I: MM=-1; MI=-37; MD=-99; IM=-2; II=-33; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='F'; M=-15,-15,-33,-27,26,-30,26,-10,-24,-13,18,20,-31,-21,-24,-21,5,5,-19,-15; M0=-12;
MA   /I: MM=-28; MI=-89; MD=-2; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='Q'; M=-10,-16,-4,-3,-18,-14,-5,-18,0,-18,-13,-5,-18,36,-1,-9,-10,-16,-18,-13; M0=-9;
MA   /I: MM=0; MI=-61; MD=-72; IM=-9; II=-11; DM=-1; DD=-45;
MA   /M: SY='H'; M=-38,-44,-47,-30,-53,-42,37,-45,30,-41,-35,-29,-41,10,10,-36,-34,-43,-39,-39; M0=-29;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='K'; M=13,-28,-12,5,-31,1,-10,-29,13,-28,-19,8,-24,-5,-11,9,13,-24,-30,-23; M0=-8;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='K'; M=2,-23,-15,5,-25,-24,-11,11,17,-3,-15,7,-25,-7,-13,3,4,1,-26,-21; M0=-5;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='W'; M=-56,-46,-60,-63,-8,-57,-22,-46,-59,-39,-40,-46,-57,-47,-53,-52,-55,-48,61,17; M0=-46;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='S'; M=8,-32,15,13,-35,-25,-13,-33,6,-32,-23,8,-27,-8,-15,19,-16,-28,-34,-27; M0=-12;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='F'; M=-16,-14,-39,-32,17,-31,-20,13,-28,16,-5,-27,-31,7,3,-22,-15,6,-18,13; M0=-11;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='M'; M=-34,-31,-57,-52,20,-52,-37,15,-48,15,33,-48,-48,-40,-45,-43,-33,-19,-30,21; M0=-27;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='A'; M=29,22,-52,-54,-50,-28,-44,-48,-51,-51,-41,-36,-36,-45,-47,3,20,-36,-53,-52; M0=-31;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='Q'; M=-17,-31,-16,5,-35,-26,-12,1,22,-31,-22,-13,-27,23,15,2,-16,-27,-32,-26; M0=-12;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='A'; M=17,-27,-13,12,-29,-24,15,-26,-7,-27,-18,-11,-25,11,-12,2,-13,15,-29,-23; M0=-9;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='Y'; M=-56,-45,-59,-63,-6,-58,-21,-45,-58,-38,-39,-45,-57,-46,-52,-51,-54,-47,43,44; M0=-45;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='N'; M=-20,-27,-34,-37,-51,-28,-39,-49,-41,-51,-42,31,-36,-37,-42,21,21,-37,-52,-50; M0=-28;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='C'; M=-15,19,-35,-29,18,-30,16,6,-25,0,-6,5,-31,-22,4,9,5,5,-18,-15; M0=-8;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='I'; M=1,-16,12,-21,-16,-29,-17,28,-19,-14,16,-21,-29,8,-21,-19,-14,-10,-20,11; M0=-10;
MA   /I: MM=0; MI=-89; MD=-99; IM=-9; II=-11; DM=-7; DD=-14;
MA   /M: SY='R'; M=10,-32,-29,-23,-39,-33,-20,-35,-10,-3,-28,17,-35,-16,33,-25,-24,-31,-36,-33; M0=-17;
MA   /I: B0=*; E1=-10;
NR   /RELEASE=2024_02,571282;
NR   /TOTAL=21(21); /POSITIVE=21(21); /UNKNOWN=0(0); /FALSE_POS=0(0);
NR   /FALSE_NEG=0; /PARTIAL=0;
CC   /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC   /SCALING_DB=reversed;
CC   /AUTHOR=CJA_Sigrist;
CC   /TAXO-RANGE=??E??; /MAX-REPEAT=1;
CC   /FT_KEY=DNA_BIND; /FT_DESC=Alpha box;
CC   /VERSION=5;
DR   P35692    , FMR1_PODAS , T; P0CY07    , HMAL1_YEAST, T;
DR   O94160    , MAT1_ALTAL , T; O13402    , MAT1_COCC2 , T;
DR   Q9Y8D1    , MAT1_COCCY , T; Q9Y8C7    , MAT1_COCEL , T;
DR   Q02990    , MAT1_COCHE , T; Q9P446    , MAT1_COCSA , T;
DR   Q9Y8D3    , MAT1_CURKU , T; O59851    , MAT1_FUSOX , T;
DR   Q02292    , MATA_NEUAF , T; P19392    , MATA_NEUCR , T;
DR   O13595    , MTA1_SOREQ , T; O13596    , MTA1_SORFI , T;
DR   O42837    , MTA1_SORMK , T; Q9UW19    , MTAL1_CANAL, T;
DR   Q874P0    , MTAL1_CANGA, T; Q08398    , MTAL1_KLULA, T;
DR   Q874N0    , MTAL1_NAKDE, T; Q707Y7    , MTAL1_PICAN, T;
DR   P0CY06    , MTAL1_YEAST, T;
PR   PRU00655;
DO   PDOC51325;
//