ID   PPR; MATRIX.
AC   PS51375;
DT   01-APR-2008 CREATED; 01-OCT-2013 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
DE   Pentatricopeptide (PPR) repeat profile.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'; LENGTH=35;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=1; N2=35;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=0.2521676; R2=0.0109613; TEXT='NScore';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=753; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='R';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=434; N_SCORE=5.0; MODE=1; TEXT='R?';
MA   /DEFAULT: M0=-9; I0=-9; D=-200; I=-200; B1=-200; E1=-200; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='D'; M=-17,-24,64,4,-53,-9,-8,-51,-7,-49,-41,50,-17,-10,-14,22,13,-43,-63,-41;
MA   /M: SY='P'; M=8,-18,-13,9,-16,-20,-12,7,-6,1,-2,-8,16,-4,-5,12,11,15,-41,-25;
MA   /M: SY='V'; M=-1,-21,-8,2,16,-22,6,7,-3,-9,-4,-12,-16,-6,-3,6,2,21,-12,17;
MA   /M: SY='T'; M=13,-2,-24,-24,-19,-29,-9,3,-26,-1,7,-13,-17,-24,-32,27,53,10,-50,-26;
MA   /M: SY='Y'; M=-30,23,-65,-54,50,-58,11,-16,-47,-2,-1,-45,-60,-38,-42,-33,-33,-18,79,86;
MA   /M: SY='N'; M=-3,-8,7,-10,-41,-2,4,-27,-8,-31,-20,65,-33,-11,-4,23,23,-19,-42,-33;
MA   /M: SY='S'; M=20,7,-24,-18,-20,-22,-17,11,-9,-1,6,-8,-20,-13,-16,26,26,10,-30,-22;
MA   /M: SY='M'; M=-15,-33,-69,-53,6,-64,-46,30,-46,49,57,-58,-55,-37,-39,-39,-24,27,-20,-19;
MA   /M: SY='I'; M=-12,-24,-69,-55,2,-62,-57,52,-50,37,42,-59,-57,-45,-53,-29,-18,32,-48,-25;
MA   /M: SY='N'; M=-3,-12,22,10,-36,-8,23,-37,20,-32,-24,26,-29,13,25,21,-1,-28,-37,-13;
MA   /M: SY='G'; M=32,23,-33,-22,-28,39,-15,-13,-18,-11,3,-15,-37,-22,-17,16,-4,-6,-30,-20;
MA   /M: SY='Y'; M=-25,51,-65,-56,42,-64,9,-6,-48,34,10,-44,-62,-37,-47,-30,-31,-14,8,67;
MA   /M: SY='C'; M=22,74,-44,-30,-7,9,-34,-5,-26,-6,-7,-24,-42,-27,-26,15,-2,7,-30,-20;
MA   /I: I=-63; MI=0; MD=-33; IM=0; DM=-33;
MA   /M: SY='R'; M=-6,-40,2,15,-47,-20,7,-38,46,-33,-15,11,-38,26,48,4,-12,-28,-36,-31;
MA   /I: I=-63; MI=0; MD=-33; IM=0; DM=-33;
MA   /M: SY='N'; M=16,15,-6,10,-20,-10,13,-17,6,-5,1,19,-37,7,1,15,0,-10,-35,-21;
MA   /I: I=-63; MI=0; MD=-33; IM=0; DM=-33;
MA   /M: SY='G'; M=-9,-30,-2,-5,-53,68,-8,-65,13,-55,-36,14,-41,-6,16,-3,-27,-56,-47,-50;
MA   /I: I=-63; MI=0; MD=-33; IM=0; DM=-33;
MA   /M: SY='R'; M=-20,-23,26,13,-17,-33,9,-32,27,-6,15,19,-35,22,37,-3,-20,-34,-18,-13;
MA   /I: I=-63; MI=0; MD=-33; IM=0; DM=-33;
MA   /M: SY='W'; M=-9,-23,-43,-32,28,-34,0,14,-29,20,18,-33,16,-25,-33,-15,-1,19,42,19;
MA   /I: I=-63; MI=0; MD=-33; IM=0; DM=-33;
MA   /M: SY='D'; M=-5,-47,45,40,-43,-11,5,-35,15,-33,-26,9,-16,12,11,7,-8,-27,-38,-31;
MA   /I: I=-63; MI=0; MD=-33; IM=0; DM=-33;
MA   /M: SY='E'; M=-3,-41,28,48,-33,-14,-2,-29,25,-16,-7,-4,-29,14,10,0,-9,-26,-46,-27;
MA   /I: I=-61; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='A'; M=61,0,-44,-29,-32,15,-41,-10,-28,-19,5,-36,-27,-29,-38,12,-4,12,-59,-42;
MA   /M: SY='W'; M=-12,-11,-14,16,10,-43,-2,9,2,20,20,-20,-43,-4,7,-16,-15,7,26,6;
MA   /M: SY='E'; M=1,-26,16,34,-33,-14,4,-37,26,-28,-16,4,-35,27,27,10,-10,-26,-2,-21;
MA   /M: SY='L'; M=-15,-10,-62,-48,20,-61,-34,31,-45,40,28,-53,-56,-36,-46,-32,-6,36,-2,-2;
MA   /I: I=-63; MI=0; MD=-33; IM=0; DM=-33;
MA   /M: SY='F'; M=-30,-22,-62,-48,62,-62,22,8,-35,26,13,-51,-58,-33,-21,-39,-30,6,40,46;
MA   /I: I=-63; MI=0; MD=-33; IM=0; DM=-33;
MA   /M: SY='E'; M=-7,-14,27,31,-34,-10,12,-32,23,-26,-14,12,-34,18,26,5,-10,-24,-32,-20;
MA   /M: SY='E'; M=-12,-34,16,43,-28,-25,4,-28,22,-16,-3,-1,-39,27,26,1,-10,-23,-13,-9;
MA   /M: SY='M'; M=-7,-21,-66,-42,-1,-57,-40,22,-36,30,95,-50,-55,-24,-37,-25,-18,11,-13,-23;
MA   /M: SY='K'; M=-12,-21,-15,12,-21,-28,-6,5,26,7,10,-14,-7,13,24,-6,-10,7,-27,-24;
MA   /M: SY='E'; M=1,-28,16,32,-33,-13,-3,-36,29,-32,-19,9,-30,19,31,15,-5,-26,-39,-31;
MA   /M: SY='R'; M=-2,-13,3,12,-9,-18,11,-26,24,-11,5,13,-29,9,25,17,-5,-25,-8,-11;
MA   /I: E1=-50; MI=-40; IE=-105; DE=-105;
MA   /M: SY='G'; M=-11,-39,7,-5,-56,71,-11,-66,1,-62,-51,20,-30,-12,-2,0,-21,-55,-56,-50;
MA   /M: SY='C'; M=-18,37,-47,-34,26,-42,-2,29,-32,20,14,-32,-34,-27,-27,-20,-16,26,4,13;
MA   /M: SY='K'; M=-2,-12,-5,18,-19,-21,-5,-9,21,-12,-9,-6,14,11,17,7,3,5,-39,-17;
MA   /M: SY='P'; M=0,-23,-29,-22,-21,-35,-30,-10,-12,1,-3,-27,90,-19,-18,-3,-13,-5,-42,-36;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
PP   /COMPETES_SEQ_WITH: PS50005;
CC   /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC   /SCALING_DB=reversed;
CC   /AUTHOR=N_Hulo;
CC   /FT_KEY=REPEAT; /FT_DESC=PPR;
CC   /VERSION=4;
PR   PRU00708;
DO   PDOC51375;
//