ID P_TREFOIL_2; MATRIX. AC PS51448; DT 01-MAY-2009 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE. DE P-type 'Trefoil' domain profile. MA /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=44; MA /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=5; N2=40; MA /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=3.2270780; R2=0.0119778; TEXT='NScore'; MA /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=1962.0344238; R2=2.7503076; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%'; MA /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=441; H_SCORE=3175; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; MA /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=274; H_SCORE=2716; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; MA /DEFAULT: M0=-23; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; MA /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; MA /M: SY='S'; M=-1,-9,-41,-10,-11,-40,-19,-20,-41,-12,-39,-28,-5,-23,-9,-22,4,-6,-29,-48,-34,-11; MA /M: SY='T'; M=-4,-12,-39,-16,-4,-42,-27,-16,-34,-1,-33,-19,-5,-26,3,-10,7,8,-21,-53,-34,-3; MA /M: SY='C'; M=-10,-58,95,-66,-62,-36,-58,-63,-12,-53,-23,-23,-49,-55,-43,-54,-21,-18,-10,-46,-45,-61; MA /M: SY='S'; M=2,-11,-37,-16,-12,-42,-19,-18,-39,-8,-36,-25,-3,-14,-8,-20,14,0,-28,-56,-34,-11; MA /I: I=-10; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21; MA /M: SY='V'; M=-13,-42,-20,-45,-32,-18,-48,-32,10,-28,-4,1,-36,-35,-27,-28,-21,-4,21,-44,-25,-31; D=-10; MA /I: I=-10; DM=-21; MA /M: SY='P'; M=-8,-12,-45,-8,-3,-49,-35,-24,-42,-8,-39,-27,-12,9,-6,-18,-6,-8,-30,-60,-45,-4; MA /M: M=-2,-21,-42,-18,-8,-42,-34,-26,-30,-11,-31,-21,-22,-2,-9,-20,-7,-11,-18,-56,-41,-8; MA /M: SY='S'; M=-2,-2,-41,-7,-6,-41,-20,-15,-42,-4,-39,-27,4,-29,-5,-12,12,-3,-31,-53,-34,-6; MA /M: SY='E'; M=-11,0,-52,4,14,-46,-31,-9,-46,0,-45,-30,-4,-21,5,-12,-5,-8,-32,-55,-36,10; MA /M: SY='R'; M=-27,-19,-60,-29,-8,-48,-39,3,-50,33,-40,-31,-9,-27,10,74,-19,-19,-40,-50,-35,0; MA /M: SY='I'; M=-23,-48,-32,-52,-36,-7,-58,-35,17,-29,3,4,-43,-43,-24,-30,-29,-16,16,-41,-18,-33; MA /M: SY='D'; M=-18,27,-58,43,13,-56,-27,-16,-58,-11,-58,-43,13,-15,-1,-22,-4,-12,-47,-69,-51,7; MA /M: SY='C'; M=-10,-59,126,-69,-69,-40,-60,-68,-21,-58,-30,-30,-49,-59,-49,-57,-20,-20,-20,-50,-50,-68; MA /I: I=-12; MD=-25; MA /M: SY='G'; M=-2,-29,-48,-37,-39,-29,33,-26,-46,-29,-44,-32,-21,-45,-34,-37,-11,-23,-39,-43,-26,-37; D=-12; MA /I: I=-12; MD=-25; MA /M: SY='P'; M=-20,-36,-50,-36,-28,-12,-41,-13,-37,-26,-33,-28,-32,5,-27,-32,-20,-24,-31,-27,-2,-27; D=-12; MA /I: I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25; MA /M: SY='P'; M=-12,-24,-47,-23,-16,-40,-40,-22,-33,-17,-35,-26,-19,14,-16,-23,-11,-16,-24,-51,-36,-16; MA /M: SY='G'; M=-8,-2,-59,-3,-18,-58,36,-27,-65,-18,-64,-47,1,-31,-23,-27,-6,-23,-54,-64,-55,-20; MA /I: I=-14; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29; MA /M: SY='I'; M=-9,-41,-24,-47,-38,-25,-47,-44,23,-33,-4,2,-38,-34,-33,-37,-15,-5,20,-52,-33,-38; MA /M: SY='T'; M=1,4,-27,-8,-12,-44,-21,-20,-34,-8,-39,-22,16,-28,-8,-19,32,44,-19,-57,-33,-13; MA /M: SY='Q'; M=-7,-14,-51,-12,14,-47,-35,-13,-45,14,-42,-26,-14,-4,16,-1,-8,-12,-32,-55,-41,14; MA /M: SY='E'; M=-3,5,-50,11,17,-51,-22,-10,-50,2,-49,-33,-1,-25,11,-12,2,-8,-36,-59,-42,14; MA /M: SY='E'; M=-12,-6,-45,-4,14,-47,-28,-13,-41,-5,-40,-25,-8,-30,12,-17,-6,-8,-30,-55,-40,12; MA /M: SY='C'; M=-10,-60,126,-70,-69,-39,-60,-69,-18,-59,-29,-29,-50,-59,-50,-59,-20,-19,-18,-50,-49,-69; MA /M: SY='E'; M=-14,-11,-48,-11,11,-42,-39,-10,-33,-1,-33,-21,-12,-30,9,-6,-11,-7,-22,-52,-35,9; MA /M: SY='Q'; M=5,-12,-41,-14,4,-46,-20,-16,-41,1,-40,-25,-9,-26,8,-11,2,-9,-27,-50,-38,4; MA /M: SY='R'; M=-23,-27,-50,-36,-16,-38,-43,-10,-28,17,-23,-15,-18,-32,2,39,-19,-16,-24,-49,-34,-9; MA /M: SY='G'; M=-7,-9,-56,-19,-26,-55,44,-25,-62,-15,-60,-43,4,-40,-22,-24,-5,-21,-52,-59,-49,-25; MA /M: SY='C'; M=-11,-59,122,-69,-68,-38,-59,-66,-21,-56,-30,-30,-49,-59,-48,-58,-20,-20,-21,-48,-46,-68; MA /M: SY='C'; M=-13,-60,106,-70,-68,-35,-61,-68,-8,-58,-21,-21,-51,-58,-49,-58,-23,-20,-11,-50,-47,-67; MA /M: SY='W'; M=-41,-64,-39,-67,-56,33,-59,-16,-33,-51,-24,-22,-56,-63,-39,-47,-42,-39,-35,69,47,-49; MA /I: I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25; MA /M: SY='D'; M=-19,35,-56,49,12,-55,-26,-11,-58,-10,-58,-45,23,-30,-2,-20,2,-9,-46,-69,-48,7; MA /M: SY='P'; M=-2,-8,-48,-7,-11,-53,-14,-25,-51,-14,-50,-37,-5,16,-15,-25,5,-13,-40,-64,-49,-12; MA /M: SY='S'; M=-3,-12,-30,-21,-13,-35,-27,-20,-29,-10,-31,-19,-2,-31,-6,-18,15,11,-19,-48,-29,-12; MA /I: I=-5; MD=-9; MA /M: SY='S'; M=-8,-17,-34,-22,-15,-25,-23,-18,-23,-12,-25,-12,-11,-24,-8,-20,1,-4,-18,-43,-24,-14; D=-5; MA /I: I=-5; MI=0; MD=-9; IM=0; DM=-9; MA /M: SY='S'; M=-3,-14,-32,-18,-12,-26,-22,-10,-28,-5,-26,-17,-8,-14,-6,-12,1,-2,-19,-40,-21,-10; D=-5; MA /I: I=-5; DM=-9; MA /M: SY='N'; M=-9,7,-45,1,-9,-47,12,-15,-50,-7,-49,-35,16,-25,-12,-16,-1,-10,-40,-53,-41,-11; D=-5; MA /I: I=-5; DM=-9; MA /M: SY='V'; M=4,-34,-21,-36,-24,-23,-30,-29,1,-22,-10,-5,-29,-24,-23,-28,-8,1,14,-41,-25,-24; D=-5; MA /I: I=-5; DM=-9; MA /M: SY='P'; M=-11,-33,-45,-28,-19,-42,-43,-32,-28,-16,-32,-25,-32,65,-24,-24,-18,-20,-22,-54,-43,-19; D=-5; MA /I: I=-5; DM=-9; MA /M: SY='W'; M=-27,-47,-42,-48,-32,-9,-43,-18,-38,-31,-31,-24,-40,-37,-21,-25,-29,-29,-35,55,9,-27; D=-5; MA /I: I=-5; DM=-9; MA /M: SY='C'; M=-10,-60,126,-70,-69,-40,-60,-70,-19,-60,-29,-29,-50,-60,-50,-60,-20,-20,-18,-50,-50,-69; MA /M: SY='Y'; M=-38,-54,-44,-59,-53,62,-59,5,-18,-43,-9,-14,-48,-58,-38,-43,-33,-33,-23,10,69,-48; MA /M: SY='Y'; M=-35,-39,-49,-46,-36,31,-53,15,-28,-28,-21,-20,-31,-48,-20,-28,-28,-29,-29,-7,45,-31; MA /M: SY='P'; M=-9,-23,-54,-24,-17,-53,-16,-27,-49,-6,-47,-35,-16,26,-16,-17,-8,-17,-38,-62,-49,-16; MA /M: SY='K'; M=-11,-7,-48,-11,-6,-46,-27,-16,-42,7,-39,-27,0,-19,-2,-7,-5,-6,-31,-54,-39,-5; MA /I: E1=0; IE=-105; DE=-105; NR /RELEASE=2024_02,571282; NR /TOTAL=70(44); /POSITIVE=70(44); /UNKNOWN=0(0); /FALSE_POS=0(0); NR /FALSE_NEG=6; /PARTIAL=0; CC /MATRIX_TYPE=protein_domain; CC /SCALING_DB=reversed; CC /AUTHOR=CJA_Sigrist; CC /TAXO-RANGE=??E??; /MAX-REPEAT=6; CC /FT_KEY=DOMAIN; /FT_DESC=P-type; CC /VERSION=4; DR Q9MYM4 , LYAG_BOVIN , T; P10253 , LYAG_HUMAN , T; DR P70699 , LYAG_MOUSE , T; Q5R7A9 , LYAG_PONAB , T; DR Q6P7A9 , LYAG_RAT , T; Q2M2H8 , MGAL_HUMAN , T; DR O43451 , MGA_HUMAN , T; B3EWZ5 , MLRP1_ACRMI, T; DR B3EWZ6 , MLRP2_ACRMI, T; P10667 , MUA1_XENLA , T; DR Q05049 , MUC1_XENLA , T; P14410 , SUIS_HUMAN , T; DR P07768 , SUIS_RABIT , T; P23739 , SUIS_RAT , T; DR O62653 , SUIS_SUNMU , T; Q863T4 , TFF1_CANLF , T; DR P04155 , TFF1_HUMAN , T; Q08423 , TFF1_MOUSE , T; DR Q63467 , TFF1_RAT , T; Q863J2 , TFF2_CANLF , T; DR Q03403 , TFF2_HUMAN , T; Q03404 , TFF2_MOUSE , T; DR P01359 , TFF2_PIG , T; Q09030 , TFF2_RAT , T; DR A8YXX7 , TFF3_BOVIN , T; Q863B4 , TFF3_CANLF , T; DR B4X8D9 , TFF3_FELCA , T; Q07654 , TFF3_HUMAN , T; DR Q62395 , TFF3_MOUSE , T; Q29183 , TFF3_PIG , T; DR Q03191 , TFF3_RAT , T; Q00222 , XP1_XENLA , T; DR P17437 , XP2_XENLA , T; Q00223 , XP4_XENLA , T; DR P60852 , ZP1_HUMAN , T; Q62005 , ZP1_MOUSE , T; DR I6M4H4 , ZP1_RABIT , T; O54766 , ZP1_RAT , T; DR Q9BH11 , ZP4_BOVIN , T; P48834 , ZP4_FELCA , T; DR Q12836 , ZP4_HUMAN , T; Q07287 , ZP4_PIG , T; DR Q00193 , ZP4_RABIT , T; Q8CH34 , ZP4_RAT , T; DR Q8N0W7 , FMR1N_HUMAN, N; Q80ZA7 , FMR1N_MOUSE, N; DR E1BJD3 , TM190_BOVIN, N; E2R0A5 , TM190_CANLF, N; DR Q8WZ59 , TM190_HUMAN, N; Q9D2E9 , TM190_MOUSE, N; 3D 1E9T; 1HI7; 1PCP; 1PE3; 1POS; 1PS2; 1PSP; 2PSP; 2QLY; 2QMJ; 3CTT; 3L4T; 3D 3L4U; 3L4V; 3L4W; 3L4X; 3L4Y; 3L4Z; 3LPO; 3LPP; 3TON; 3TOP; 5KZW; 5KZX; 3D 5NN3; 5NN4; 5NN5; 5NN6; 5NN8; 6V1C; 6V1D; 7P2Z; 7P32; PR PRU00779; DO PDOC00024; //