ID   AV_CP; MATRIX.
AC   PS51538;
DT   01-JUN-2011 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE.
DE   Arterivirus nsp2 cysteine protease (AV CP) domain profile.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=108;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=103;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.1047049; R2=0.0114644; TEXT='NScore';
MA   /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=10955.4003906; R2=13.0323534; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=689; H_SCORE=19935; N_SCORE=10.0; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=384; H_SCORE=15960; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: M0=-9; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='G'; M=0,-8,-25,-10,-18,-25,48,-20,-33,-18,-25,-18,0,-18,-18,-18,5,-3,-23,-22,-25,-18;
MA   /M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20,30,-30,20,0,-10,0,0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10,30,80,-20;
MA   /M: SY='S'; M=5,10,-12,5,0,-20,0,-5,-20,-8,-30,-20,22,-12,0,-8,33,15,-15,-40,-20,0;
MA   /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20,90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
MA   /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20,90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10;
MA   /M: SY='G'; M=12,-8,-21,-12,-15,-23,34,-20,-26,-15,-21,-15,-2,-15,-15,-18,7,0,-16,-22,-23,-15;
MA   /M: SY='D'; M=-18,40,-30,58,30,-38,-12,0,-38,2,-28,-28,15,-8,5,-8,0,-10,-30,-38,-20,17;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='A'; M=27,4,-12,-6,-5,-20,0,-11,-15,-8,-19,-15,11,-12,-5,-13,16,4,-9,-29,-20,-5;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='W'; M=-17,-32,-36,-32,-25,15,-25,-15,-3,-21,6,-3,-32,-30,-18,-18,-32,-19,-13,69,33,-20;
MA   /M: SY='H'; M=-20,-2,-30,-2,0,-20,-20,75,-30,0,-20,-2,8,-20,10,17,-10,-18,-28,-28,13,0;
MA   /M: SY='C'; M=-8,-22,92,-30,-30,-16,-30,-30,-17,-28,-14,-14,-22,-38,-30,-28,-10,-8,3,-46,-26,-30;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-30,-25,-35,-25,5,-35,-25,36,-30,34,20,-25,-25,-20,-25,-25,-10,21,-20,0,-25;
MA   /M: SY='A'; M=28,-5,-10,-9,-5,-20,0,-15,-15,-10,-21,-15,1,-10,-5,-15,26,11,-5,-31,-20,-5;
MA   /M: SY='A'; M=33,-15,-12,-25,-15,5,-7,-20,-8,-15,-5,-8,-12,-15,-17,-20,3,-2,0,-13,-8,-15;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-26,-26,-36,-26,0,-32,-17,37,-22,20,37,-20,-20,-12,-22,-20,-10,22,-20,0,-22;
MA   /M: SY='M'; M=4,-6,-19,-16,-14,-8,-14,-10,7,-13,6,11,1,-19,-8,-14,-7,-5,0,-25,-10,-12;
MA   /M: SY='N'; M=-8,28,-22,13,-5,-22,17,3,-25,-5,-30,-20,45,-20,-5,-5,8,-5,-30,-35,-22,-5;
MA   /M: SY='R'; M=-3,8,-25,11,3,-26,-12,-5,-28,11,-21,-16,3,-15,2,24,-2,-8,-18,-26,-15,1;
MA   /M: SY='M'; M=-8,-18,-21,-28,-21,-2,-26,-14,22,-16,13,31,-15,-18,-8,-16,-10,5,13,-22,-2,-16;
MA   /M: SY='V'; M=-8,-30,-17,-35,-30,24,-32,-27,25,-25,12,9,-25,-28,-31,-22,-15,-5,31,-16,4,-30;
MA   /M: SY='N'; M=-5,8,-21,-1,-13,-18,13,-9,-14,-11,-20,-13,20,-22,-13,-11,2,-6,-10,-32,-21,-13;
MA   /M: SY='S'; M=-1,13,-20,19,2,-28,12,-9,-30,-9,-30,-23,11,-12,-4,-12,20,3,-20,-36,-22,-1;
MA   /M: SY='A'; M=14,7,-19,7,3,-27,-7,-12,-23,7,-23,-16,2,-10,-1,-4,8,-1,-13,-28,-18,1;
MA   /M: SY='F'; M=-14,-25,-22,-31,-26,44,-5,-20,-7,-28,5,-2,-16,-28,-33,-20,-16,-12,-6,-1,11,-26;
MA   /M: SY='C'; M=-6,-5,34,-10,-1,-19,-24,-19,-22,-13,-16,-16,-7,-19,-10,-15,4,13,-11,-37,-20,-5;
MA   /M: SY='T'; M=5,0,-10,-5,-5,-15,-11,-15,-15,-10,-19,-15,5,-10,-5,-10,29,36,-5,-35,-15,-5;
MA   /I: I=-9; MD=-19;
MA   /M: SY='P'; M=-7,-6,-20,-6,-1,-16,-15,-10,-16,7,-16,-10,-4,12,-2,9,0,7,-12,-20,-12,-3; D=-9;
MA   /I: I=-9; MI=-19; MD=-19; IM=-19; DM=-19;
MA   /M: SY='L'; M=-8,-23,-15,-23,-15,8,-23,-15,15,-23,38,15,-23,-23,-15,-15,-23,-8,8,-15,0,-15; D=-9;
MA   /I: I=-9; DM=-19;
MA   /M: SY='P'; M=-2,-7,-18,-8,-7,-16,0,-15,-15,-9,-16,-12,-5,15,-9,-12,4,11,-12,-21,-16,-9; D=-9;
MA   /I: I=-9; DM=-19;
MA   /M: SY='E'; M=-8,7,-21,7,20,-23,-13,2,-19,13,-18,-9,8,-6,19,7,0,-6,-21,-20,-11,20; D=-9;
MA   /I: I=-9; DM=-19;
MA   /M: SY='C'; M=-12,-13,22,-16,-13,-4,-20,-5,-16,-4,-11,-8,-10,-23,-9,6,-10,-8,-10,-13,6,-13; D=-9;
MA   /I: I=-9; DM=-19;
MA   /M: SY='S'; M=1,1,-10,-3,-7,-10,-7,-8,-3,-8,-13,-8,9,-14,-7,-8,12,6,3,-28,-13,-7; D=-9;
MA   /I: I=-9; DM=-19;
MA   /M: SY='R'; M=-15,-8,-23,-8,0,-15,-15,0,-23,23,-15,-8,0,-15,8,53,-8,-8,-15,-15,-8,0; D=-9;
MA   /I: I=-9; DM=-19;
MA   /M: SY='P'; M=-11,6,-27,16,6,-26,-12,-9,-21,-5,-23,-18,-3,38,-5,-12,-5,-8,-23,-26,-20,-2; D=-9;
MA   /I: I=-9; DM=-19;
MA   /M: SY='S'; M=1,-3,-21,2,13,-25,-9,-10,-22,-6,-28,-20,1,16,2,-10,19,6,-19,-35,-22,6;
MA   /M: SY='D'; M=-11,35,-24,49,14,-34,-7,-3,-34,-3,-30,-27,17,-10,0,-10,12,-1,-24,-40,-20,7;
MA   /M: SY='D'; M=-15,18,-28,30,22,-25,-18,-5,-22,-4,-7,-15,2,-12,1,-9,-7,-10,-20,-32,-15,12;
MA   /M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30,10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150,30,-20;
MA   /M: SY='C'; M=17,-18,19,-25,-18,-11,-16,-22,-6,-21,5,-4,-18,-23,-18,-22,-7,-5,1,-27,-17,-18;
MA   /M: SY='S'; M=0,12,-15,15,3,-23,-7,-10,-23,-8,-25,-20,10,-10,-2,-10,25,20,-13,-38,-18,0;
MA   /M: SY='D'; M=-20,50,-30,70,20,-40,-10,0,-40,0,-30,-30,20,-10,0,-10,0,-10,-30,-40,-20,10;
MA   /M: SY='E'; M=-12,1,-30,6,31,-20,-22,7,-21,6,-16,-10,-4,-9,26,1,-4,-10,-26,-14,4,27;
MA   /M: SY='D'; M=-18,30,-28,45,10,-28,-15,-5,-25,-7,-10,-18,8,-15,-5,-12,-7,-10,-20,-35,-15,3;
MA   /M: SY='L'; M=5,-24,-18,-28,-18,1,-21,-17,13,-23,31,18,-24,-24,-15,-19,-19,-8,8,-20,-5,-16;
MA   /M: SY='Y'; M=-11,-25,-21,-25,-25,16,-30,-3,14,-15,5,5,-25,-30,-19,-15,-15,-5,17,3,39,-25;
MA   /M: SY='Q'; M=-12,7,-28,2,10,-30,-15,8,-22,13,-22,-7,14,-15,33,22,0,-8,-28,-25,-12,20;
MA   /M: SY='A'; M=20,-21,-13,-25,-18,-6,-16,-22,9,-18,13,4,-21,-21,-18,-20,-7,-3,15,-22,-12,-18;
MA   /M: SY='I'; M=-9,-30,-22,-37,-30,20,-35,-28,32,-27,15,12,-23,-25,-28,-25,-17,-7,29,-16,4,-30;
MA   /M: SY='Q'; M=-10,-6,-27,-9,8,-28,-20,7,-8,4,-8,18,-6,-13,42,4,-6,-10,-18,-20,-7,25;
MA   /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='T'; M=-2,-11,13,-19,-17,-12,-22,-22,-2,-19,-10,-7,-7,-19,-14,-19,9,15,3,-34,-14,-17;
MA   /M: SY='L'; M=8,-22,-22,-22,-12,-9,-19,-20,1,-19,12,1,-22,6,-15,-20,-13,-7,-3,-22,-13,-15;
MA   /M: SY='R'; M=-13,1,-23,-5,-2,-18,-17,-3,-23,15,-19,-12,10,-18,3,38,1,7,-17,-26,-12,-2;
MA   /M: SY='L'; M=-12,-30,-20,-32,-22,27,-30,-20,15,-30,40,15,-28,-30,-25,-20,-28,-10,8,-13,7,-22;
MA   /M: SY='P'; M=-8,-15,-33,-10,-2,-25,-20,-20,-18,-10,-25,-18,-15,65,-10,-18,-3,5,-23,-30,-25,-10;
MA   /M: SY='A'; M=38,-15,-10,-22,-15,-15,-7,-22,0,-12,-5,-5,-15,-15,-15,-20,5,0,12,-22,-18,-15;
MA   /M: SY='T'; M=12,-2,-10,-12,-10,-12,-15,-20,-10,-10,-10,-10,-2,-10,-10,-12,18,38,0,-28,-12,-10;
MA   /M: SY='I'; M=-8,-30,-22,-34,-26,4,-34,-26,35,-28,29,18,-26,-26,-22,-24,-22,-8,27,-22,-2,-26;
MA   /I: I=-13; MD=-27;
MA   /M: SY='P'; M=-7,1,-19,8,-2,-17,-14,-11,-8,-7,-13,-10,-7,14,-9,-12,-5,-5,-4,-23,-14,-6; D=-13;
MA   /I: I=-13; MI=-27; MD=-27; IM=-27; DM=-27;
MA   /M: SY='R'; M=-9,-7,-21,-7,-5,-17,8,-5,-24,9,-17,-9,0,-14,0,27,-5,-9,-17,-14,-12,-5; D=-13;
MA   /I: I=-13; DM=-27;
MA   /M: SY='N'; M=-5,16,-17,7,-5,-17,17,0,-19,-5,-21,-14,27,-14,-5,-5,5,-5,-21,-23,-17,-5; D=-13;
MA   /I: I=-13; DM=-27;
MA   /M: SY='G'; M=-9,-10,-30,-10,-11,-25,29,-11,-35,3,-25,-15,0,-20,-6,21,-5,-15,-25,-20,-21,-11;
MA   /M: SY='A'; M=17,-12,-16,-17,-12,-15,-13,13,-6,-12,-8,-2,-9,-18,-9,-14,-1,-6,3,-25,-6,-12;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
MA   /M: SY='P'; M=-8,-15,-33,-10,-2,-25,-20,-20,-18,-10,-25,-18,-15,66,-10,-18,-3,4,-23,-30,-25,-10;
MA   /M: SY='N'; M=1,18,-15,9,0,-20,0,-1,-20,-5,-30,-20,33,-15,0,-5,26,11,-19,-40,-20,0;
MA   /M: SY='A'; M=50,-10,-10,-20,-10,-20,0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20,10,0,0,-20,-20,-10;
MA   /M: SY='K'; M=-9,-5,-27,-8,1,-22,-23,-15,-14,29,-19,-5,-3,-12,2,15,-8,-2,-9,-21,-8,1;
MA   /M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20,30,-30,20,0,-10,0,0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10,30,80,-20;
MA   /M: SY='V'; M=7,-16,-18,-19,-11,-12,-20,-19,0,1,2,1,-16,-19,-11,-5,-9,-5,8,-22,-10,-11;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-28,-22,-32,-22,5,-30,-17,26,-25,36,30,-25,-25,-15,-20,-25,-10,14,-20,0,-20;
MA   /M: SY='K'; M=-13,8,-30,11,3,-26,-22,-12,-13,15,-18,-9,1,-12,0,3,-9,-10,-11,-26,-11,0;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-25,57,-30,-25,-6,-30,-25,-7,-30,12,-2,-25,-35,-25,-25,-19,-10,-1,-36,-16,-25;
MA   /M: SY='D'; M=-9,14,-22,17,10,-21,-16,-7,-12,-4,-16,-14,9,-16,-4,-8,-1,-5,-6,-35,-17,3;
MA   /M: SY='G'; M=-5,7,-27,1,-7,-27,27,-9,-32,3,-30,-18,18,-18,-7,-2,1,-12,-28,-26,-22,-7;
MA   /M: SY='Q'; M=-8,-4,-26,-2,19,-29,-22,-1,-12,4,-14,-3,-6,-12,31,1,-2,-8,-13,-25,-12,25;
MA   /M: SY='H'; M=-20,0,-30,0,0,-20,-20,100,-30,-10,-20,0,10,-20,10,0,-10,-20,-30,-30,20,0;
MA   /M: SY='W'; M=-20,-40,-50,-40,-30,10,-20,-30,-20,-20,-20,-20,-40,-30,-20,-20,-40,-30,-30,150,30,-20;
MA   /M: SY='T'; M=-7,0,-19,-4,7,-17,-20,-11,-19,4,-15,-12,0,-10,1,12,8,22,-11,-28,-12,3;
MA   /M: SY='V'; M=0,-30,-10,-30,-30,0,-30,-30,30,-20,10,10,-30,-30,-30,-20,-10,0,50,-30,-10,-30;
MA   /M: SY='T'; M=-5,2,-19,-1,10,-19,-20,-13,-19,9,-17,-12,0,-8,1,2,8,22,-11,-28,-12,6;
MA   /M: SY='R'; M=-8,-16,-21,-16,-11,-14,-25,-17,-3,13,-9,-1,-14,-22,-8,17,-10,-5,12,-25,-10,-11;
MA   /M: SY='R'; M=2,-8,-20,-12,-5,-18,-15,-10,-20,10,-15,-10,-2,-15,0,28,2,7,-10,-22,-12,-5;
MA   /M: SY='K'; M=-6,-5,-28,-2,5,-28,-16,-12,-25,23,-30,-15,-3,14,3,9,1,-4,-20,-27,-17,3;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='M'; M=-11,-19,-21,-24,-17,-6,-22,-7,8,-1,6,27,-17,-22,-4,11,-15,-8,11,-22,-5,-12;
MA   /M: SY='A'; M=28,-8,-15,-13,-10,-22,17,-18,-20,-12,-20,-15,-3,-12,-10,-18,15,0,-10,-25,-22,-10;
MA   /M: SY='P'; M=-8,-25,-27,-21,-13,-10,-25,-22,4,-19,7,0,-25,24,-17,-20,-17,-8,-1,-26,-15,-17;
MA   /I: I=-15; MD=-32;
MA   /M: SY='G'; M=-2,-5,-18,-5,-6,-18,17,-8,-23,-2,-20,-13,2,-13,-4,7,7,-3,-16,-20,-16,-6; D=-15;
MA   /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
MA   /M: SY='C'; M=-6,-15,14,-18,-15,-14,-9,-17,-17,-14,-7,-9,-10,-25,-13,-5,-3,-5,-9,-32,-17,-15;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20,10,-30,-20,20,-30,50,20,-30,-30,-20,-20,-30,-10,10,-20,0,-20;
MA   /M: SY='P'; M=5,6,-22,11,3,-27,-7,-12,-23,-8,-27,-21,2,14,-4,-14,13,2,-18,-34,-22,-2;
MA   /M: SY='P'; M=-12,-13,-31,-7,10,-18,-22,-11,-15,-1,-6,-8,-13,15,-1,4,-12,-10,-18,-25,-16,2;
MA   /M: SY='E'; M=-7,14,-25,24,38,-29,-13,-2,-29,3,-24,-22,6,-4,12,-4,10,-3,-25,-34,-20,25;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
MA   /M: SY='V'; M=-7,-30,-14,-32,-28,22,-30,-26,21,-24,17,9,-28,-30,-31,-20,-16,-4,31,-18,2,-28;
MA   /M: SY='R'; M=-13,-12,-26,-12,-2,-21,-22,-4,-15,15,-14,-3,-6,-20,14,36,-8,-8,-8,-22,-10,3;
MA   /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20;
MA   /M: SY='V'; M=-2,-20,21,-25,-25,-7,-28,-28,6,-20,-2,-2,-20,-27,-25,-20,-3,10,23,-35,-15,-25;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-20,120,-30,-30,-20,-30,-30,-30,-30,-20,-20,-20,-40,-30,-30,-10,-10,-10,-50,-30,-30;
MA   /M: SY='G'; M=0,5,-23,0,-11,-25,38,-10,-31,-13,-30,-20,17,-18,-11,-13,11,-7,-26,-29,-25,-11;
MA   /M: SY='C'; M=-10,-7,54,-8,9,-24,-26,-17,-30,-13,-20,-20,-11,-23,-8,-17,-6,-10,-19,-41,-26,1;
MA   /M: SY='Q'; M=-8,-6,-1,-8,1,-34,0,-5,-27,-5,-22,-9,-4,-18,23,-5,-2,-12,-26,-26,-19,12;
MA   /M: SY='R'; M=-16,-8,6,-9,5,-22,-22,-7,-30,12,-20,-14,-5,-21,2,32,-8,-10,-20,-29,-17,1;
MA   /M: SY='M'; M=-8,-22,-18,-30,-22,0,-22,-7,22,-12,18,48,-22,-22,-7,-12,-18,-8,20,-22,-2,-15;
MA   /M: SY='S'; M=18,-4,-14,-7,-6,-22,14,-14,-22,-12,-25,-18,3,-12,-6,-14,25,7,-12,-31,-22,-6;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
NR   /RELEASE=2024_02,571282;
NR   /TOTAL=12(12); /POSITIVE=12(12); /UNKNOWN=0(0); /FALSE_POS=0(0);
NR   /FALSE_NEG=0; /PARTIAL=0;
CC   /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC   /SCALING_DB=reversed;
CC   /AUTHOR=CJA_Sigrist;
CC   /TAXO-RANGE=????V; /MAX-REPEAT=1;
CC   /FT_KEY=DOMAIN; /FT_DESC=Peptidase C33;
CC   /VERSION=4;
DR   P0DJY0    , 1ATF_PRRSS , T; P19811    , RPOA_EAVBU , T;
DR   Q06502    , RPOA_LDVC  , T; Q83017    , RPOA_LDVP  , T;
DR   Q9YN02    , RPOA_PRRS1 , T; Q8B912    , RPOA_PRRSB , T;
DR   Q04561    , RPOA_PRRSL , T; Q9WJB2    , RPOA_PRRSR , T;
DR   A0MD28    , RPOA_PRRSS , T; A6YQT5    , RPOA_PRRSV , T;
DR   Q68772    , RPOA_SHFV  , T; P0DJZ9    , RPOTF_PRRSL, T;
3D   4IUM;
PR   PRU00871;
DO   PDOC51538;
//