ID   ZF_RAG1; MATRIX.
AC   PS51765;
DT   01-JUL-2015 CREATED; 10-MAY-2017 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE.
DE   Zinc finger RAG1-type profile.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'; LENGTH=30;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=4; N2=27;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=3.5304735; R2=0.0080731; TEXT='-LogE';
MA   /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=3081.7521973; R2=2.1434782; PRIORITY=1; TEXT='Heuristic 5.0%';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=678; H_SCORE=4535; N_SCORE=9.0; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=368; H_SCORE=3871; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: M0=-72; D=-120; I=-120; B1=-1000; E1=-1000; MI=-255; MD=-255; IM=-255; DM=-255;
MA   /I: B1=0; BI=-255; BD=-255;
MA   /M: SY='L'; M=-103,-106,-122,-114,-79,-123,-107,-68,-115,86,-67,-121,-121,-109,-112,-114,-99,8,-110,-91;
MA   /M: SY='P'; M=15,-112,-107,-101,-106,11,-105,-11,-103,-23,52,-102,76,-101,-109,18,-92,-2,-115,-106;
MA   /M: SY='V'; M=-98,-107,-122,-115,-84,-123,-114,34,-114,57,-72,-118,-118,-111,-114,-110,-95,61,-115,-94;
MA   /M: SY='R'; M=-103,-114,-104,-92,-99,-115,-95,-96,47,41,-87,-98,-112,-85,81,-102,-100,-98,-111,-97;
MA   /M: SY='C'; M=-98,151,-118,-119,-109,-114,-118,-116,-114,-106,-106,-105,-129,-122,-121,-101,-99,-103,-139,-119;
MA   /M: SY='P'; M=-100,-122,-102,-93,-120,-104,-106,-109,-99,-118,-106,-104,116,-102,-110,-10,32,-110,-118,-117;
MA   /M: SY='V'; M=26,-106,-110,-105,-102,6,-110,-77,-96,-92,-91,-102,-111,-100,35,2,-91,70,-119,-103;
MA   /M: SY='K'; M=-98,-116,-84,62,-119,-107,-94,-117,77,-115,-106,-90,30,4,-75,-7,-94,-113,-113,-107;
MA   /M: SY='E'; M=-91,-112,33,74,-117,53,-92,-120,-86,-116,-109,35,-97,-82,-95,-7,-93,-114,-117,-109;
MA   /M: SY='C'; M=-91,158,-111,-111,-101,-107,-111,-108,-107,-99,-99,-97,-122,-115,-113,-94,-91,-96,-131,-112;
MA   /M: SY='D'; M=-95,-112,76,15,-117,19,22,-117,-84,-115,-107,49,-102,28,4,0,-91,-114,-123,-102;
MA   /M: SY='E'; M=-95,-116,37,107,-119,-109,-88,-119,-77,-112,-109,-88,-91,-70,-87,-91,-95,-112,-117,-108;
MA   /M: SY='E'; M=-96,-115,-75,98,-103,-111,-92,-103,-82,18,-95,-96,-96,15,-90,-95,-97,-103,64,-98;
MA   /M: SY='V'; M=-92,-105,-119,-114,-86,-121,-120,74,-111,-71,-74,-112,-111,-111,-113,-104,-88,82,-116,-94;
MA   /M: SY='R'; M=-93,-106,-101,-95,-96,-104,-95,-91,-83,42,-85,-94,18,-88,66,45,26,-92,-112,-96;
MA   /M: SY='H'; M=-99,-106,-107,-103,-83,-113,88,-78,-105,76,-70,-101,-113,-97,-102,7,-96,-84,-113,-84;
MA   /M: SY='G'; M=-91,-113,69,46,-119,74,-96,-123,-92,-118,-112,-81,-99,-89,-101,-87,-98,-117,-117,-109;
MA   /M: SY='K'; M=-90,-108,-90,-81,-112,-98,-92,-112,91,-112,-102,-82,-98,-76,15,59,-85,-107,-110,-100;
MA   /M: SY='Y'; M=-108,-115,-110,-109,72,-115,-83,-92,6,-87,-88,-107,-119,-102,-97,-104,-102,-97,-70,113;
MA   /M: SY='N'; M=44,-109,-97,-100,-118,29,-99,-116,-92,-117,-108,51,-109,-94,33,24,-93,-108,-120,-111;
MA   /M: SY='H'; M=-18,-119,14,3,-119,-105,84,-119,-87,-114,-102,27,21,69,10,-93,-100,-117,-124,-98;
MA   /M: SY='H'; M=-106,-119,-94,-94,-109,-109,140,-125,-98,-110,-96,-83,-110,-88,-93,8,-104,-124,-141,-79;
MA   /M: SY='C'; M=-103,104,-124,-120,-1,-123,-117,24,-118,38,-84,-116,-125,-118,-120,-110,-101,11,-120,-100;
MA   /M: SY='S'; M=-92,-107,-107,-106,20,-103,-103,-92,-106,44,-89,-98,-113,-99,-108,78,-87,-94,-112,-94;
MA   /M: SY='S'; M=-91,-108,-93,-100,19,15,-97,-114,-4,-115,-109,63,-109,-94,-99,69,-86,-111,-117,-101;
MA   /M: SY='H'; M=-107,-119,-94,-97,-108,1,134,-121,-100,-33,-95,6,-111,-90,-96,-98,-106,-121,-137,-82;
MA   /M: SY='K'; M=-104,81,-101,-91,-107,-112,31,-117,86,-113,-104,-93,-110,-89,-76,-100,-100,-113,-112,25;
MA   /M: SY='E'; M=-109,-123,-90,80,51,-123,-102,-112,-92,-22,-106,-107,-109,-90,8,-107,-108,-111,-111,-96;
MA   /M: SY='M'; M=-100,-117,-95,51,-117,-112,-104,-112,17,-109,56,-98,-107,-91,-98,38,32,-108,-126,-111;
MA   /M: SY='K'; M=-105,-118,-99,-2,-121,-115,-104,-119,80,-119,-110,-94,-107,-88,1,-96,45,-113,-121,-111;
MA   /I: E1=0; IE=-255; DE=-255;
NR   /RELEASE=2024_02,571282;
NR   /TOTAL=8(8); /POSITIVE=8(8); /UNKNOWN=0(0); /FALSE_POS=0(0);
NR   /FALSE_NEG=0; /PARTIAL=0;
CC   /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC   /SCALING_DB=reversed;
CC   /AUTHOR=CJA_Sigrist;
CC   /TAXO-RANGE=??E??; /MAX-REPEAT=1;
CC   /FT_KEY=ZN_FING; /FT_DESC=RAG1-type;
CC   /VERSION=3;
DR   P24271    , RAG1_CHICK , T; O13033    , RAG1_DANRE , T;
DR   P15918    , RAG1_HUMAN , T; P15919    , RAG1_MOUSE , T;
DR   Q91187    , RAG1_ONCMY , T; Q867B5    , RAG1_PIG   , T;
DR   P34088    , RAG1_RABIT , T; Q91829    , RAG1_XENLA , T;
3D   1RMD; 3JBW; 3JBX; 3JBY; 6CG0; 6CIJ; 6DBI; 6DBJ; 6DBL; 6DBO; 6DBQ; 6DBR;
3D   6DBT; 6DBU; 6DBV; 6DBW; 6DBX; 6OEM; 6OEN; 6OEO; 6OEP; 6OEQ; 6OER; 6OES;
3D   6OET; 6V0V; 6XNX; 6XNY; 6XNZ;
PR   PRU01101;
DO   PDOC51765;
//