ID   COV_S2_HR1; MATRIX.
AC   PS51923;
DT   17-JUN-2020 CREATED; 17-JUN-2020 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
DE   Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'; LENGTH=106;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=101;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=3.0207658; R2=0.0076496; TEXT='-LogE';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=978; N_SCORE=10.5; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=455; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: M0=-41; D=-150; I=-150; B1=-1000; E1=-1000; MI=-380; MD=-380; IM=-380; DM=-380;
MA   /I: B1=0; BI=-380; BD=-380;
MA   /M: SY='I'; M=20,-73,-80,-78,-55,11,-82,86,-75,-40,-42,-71,-73,-72,-78,-63,-57,36,-76,-61;
MA   /M: SY='P'; M=20,-76,-64,-57,-79,-63,-68,-69,-61,-76,-67,-62,104,-63,-71,11,50,-66,-81,-76;
MA   /M: SY='W'; M=-74,-77,-78,-78,99,-74,-70,-58,-71,-52,-59,42,-82,-76,-73,-70,-68,-65,126,-26;
MA   /M: SY='A'; M=76,-65,-62,-57,-70,-54,-62,-61,-59,13,-56,31,-69,38,-63,12,-52,-55,-77,-67;
MA   /M: SY='T'; M=-56,-67,38,-54,-67,-70,-63,9,-57,-58,45,-48,-63,29,-63,-44,94,-51,-85,-63;
MA   /M: SY='Q'; M=48,-74,-59,-44,-82,-61,-54,-73,-43,-71,-60,-53,-67,101,37,13,-56,-67,-74,-64;
MA   /M: SY='I'; M=-60,-72,-85,-80,-50,-86,-79,78,-76,7,54,-77,-76,-73,-78,-71,-56,60,-78,-57;
MA   /M: SY='Q'; M=-54,-74,-53,-45,19,-60,-51,-72,-48,-70,-62,44,-68,101,-50,57,-51,-72,-73,-58;
MA   /M: SY='A'; M=86,-65,-69,-64,23,6,-65,-64,-65,-64,-60,-63,-69,-62,-68,-45,-55,-55,-65,32;
MA   /M: SY='R'; M=-67,-83,-63,-51,-76,-77,-52,-83,-24,-75,-64,-56,-75,-40,117,-61,-66,-76,-76,-62;
MA   /M: SY='L'; M=-65,-71,-85,-78,-44,-86,-71,49,-77,72,46,-80,-80,-71,-76,-75,-61,14,-73,-54;
MA   /M: SY='N'; M=-62,-67,-35,-57,-77,-50,-43,-76,-48,-84,-70,125,-73,-50,-56,-44,-47,-78,-96,-72;
MA   /M: SY='H'; M=48,-71,-62,-62,-58,32,84,-72,-62,-68,-60,-54,-70,-56,-63,30,-57,-66,-66,62;
MA   /M: SY='L'; M=-63,-69,-84,-77,-43,-86,-73,18,-77,79,-31,-82,-82,-72,-76,-75,-60,39,-74,-55;
MA   /M: SY='G'; M=30,-73,-65,-73,-82,95,-71,-85,-68,-82,-72,-52,-68,-66,-75,-48,-65,-76,-74,-77;
MA   /M: SY='I'; M=-62,-72,-85,-80,-47,-87,-80,72,-78,47,-35,-79,-78,-74,-78,-73,-57,53,-76,-57;
MA   /M: SY='T'; M=-53,-63,-59,-58,-67,-69,-64,-57,-56,-59,42,-48,-60,32,-62,-39,107,-52,-85,-63;
MA   /M: SY='Q'; M=-57,-77,-58,-42,-78,-69,-54,-59,-46,-63,-55,-52,-66,115,-47,-48,44,23,-77,-62;
MA   /M: SY='N'; M=-55,-73,47,21,-80,45,-56,-80,-54,-80,-71,54,-66,30,-61,30,14,-75,-84,-71;
MA   /M: SY='V'; M=27,-67,-75,-66,-56,-73,-70,-35,28,32,53,-70,-74,-63,-61,-62,-55,62,-78,-60;
MA   /M: SY='L'; M=-66,-71,-85,-78,-43,-86,-69,44,-77,78,53,-81,-81,-70,-75,-76,-62,-35,-72,-53;
MA   /M: SY='M'; M=-57,-72,-71,-58,-61,-73,-59,12,-58,-43,100,-63,-71,77,-59,10,-55,42,-77,-57;
MA   /M: SY='E'; M=-59,-77,21,90,-82,-68,-53,-82,32,-78,-72,24,-59,-38,-48,17,-55,-76,-82,-71;
MA   /M: SY='N'; M=-64,-71,68,-48,-80,-54,-45,-79,-50,-84,-73,111,-71,-51,-58,-47,-49,-80,-98,-72;
MA   /M: SY='Q'; M=-59,-80,-61,-44,-73,-72,48,17,-49,-58,-51,-55,-70,111,-49,-54,-60,34,-77,-58;
MA   /M: SY='K'; M=-59,-76,-49,34,-81,-65,-54,-78,79,-77,-66,25,-63,63,-35,19,-55,-75,-76,-66;
MA   /M: SY='K'; M=-61,-75,-67,-55,-62,-76,-64,38,74,1,41,-60,-69,30,-43,-62,-57,25,-74,-60;
MA   /M: SY='I'; M=-66,-75,-86,-82,-46,-89,-79,90,-79,51,-33,-79,-77,-74,-80,-75,-60,-25,-73,-55;
MA   /M: SY='A'; M=83,-63,18,-57,-74,-52,-67,-61,-62,-66,-62,-57,-67,-58,-67,31,-50,8,-79,-70;
MA   /M: SY='N'; M=20,-73,-43,43,-81,-59,-50,-76,14,-76,-66,82,-66,70,-49,-48,-54,-73,-82,-69;
MA   /M: SY='G'; M=48,-69,-61,-58,-79,57,-64,-76,11,-76,-67,-51,-66,31,-60,47,-53,-68,-76,-71;
MA   /M: SY='F'; M=-73,-71,-87,-83,118,-83,-69,-45,-78,-40,-50,-77,-85,-88,-76,-73,-65,13,-43,-21;
MA   /M: SY='N'; M=-62,-67,-35,-57,-77,-50,-43,-76,-48,-84,-70,125,-73,-50,-56,-44,-47,-78,-96,-72;
MA   /M: SY='K'; M=-59,-73,-50,-48,-78,12,-55,-76,77,-78,-66,67,-66,31,-39,-49,24,-73,-79,-68;
MA   /M: SY='A'; M=75,-65,-74,-67,-58,-61,-70,18,-69,46,-45,-70,-72,-64,-71,-53,-56,-43,-74,-63;
MA   /M: SY='I'; M=10,-71,-80,-76,-51,-80,-79,77,-74,25,-39,-73,-74,-72,-77,-64,15,37,-77,-59;
MA   /M: SY='D'; M=-58,-73,50,-54,-70,43,-61,-60,8,12,-59,25,-69,29,-61,-53,24,7,-82,-67;
MA   /M: SY='H'; M=3,-72,38,-54,20,-60,89,-73,-58,-69,-63,28,-70,-53,-60,56,-52,-70,-75,31;
MA   /M: SY='M'; M=-57,-69,-84,-76,-52,-81,-70,42,-72,-33,106,-75,-75,-68,-72,-69,-55,69,-79,-56;
MA   /M: SY='Q'; M=4,-70,-56,-47,-79,-57,-55,-72,-50,-72,-63,-48,-64,92,-52,74,19,-67,-78,-64;
MA   /M: SY='K'; M=-59,-74,20,52,-74,-67,-55,-71,52,-4,-63,32,-64,29,-46,13,16,-68,-80,-67;
MA   /M: SY='G'; M=5,-75,-68,-72,-72,83,-68,-68,-69,1,51,-57,28,-66,-74,-54,-64,-68,-74,-71;
MA   /M: SY='F'; M=34,-69,-83,-77,107,-74,-68,-50,-75,3,-50,-74,-81,-80,-74,-65,-63,-52,-48,-28;
MA   /M: SY='K'; M=-57,-72,-51,39,-75,-68,-59,-73,63,-73,-65,-49,-62,-44,38,20,60,-66,-79,-66;
MA   /I: I=-21; MI=0; MD=-53; IM=0; DM=-53;
MA   /M: SY='T'; M=61,-62,-63,-61,-70,-58,-69,-56,-61,-63,-59,-54,-64,-60,-67,32,72,15,-82,-67;
MA   /M: SY='T'; M=-54,-65,-67,-67,-60,-74,-71,31,-63,-49,46,-56,-65,-66,-69,-47,92,37,-84,-62;
MA   /M: SY='A'; M=65,-64,-59,-61,40,-53,-61,-66,-60,-67,-63,52,-69,-57,-65,52,-48,-59,-72,-58;
MA   /M: SY='S'; M=21,-70,28,13,-74,13,-57,-70,-55,-7,-64,44,-67,33,-60,53,-50,-67,-81,-68;
MA   /M: SY='A'; M=79,-63,-64,-60,-76,14,-66,-69,-61,-71,-65,-55,-66,-56,-66,57,-48,-58,-77,-70;
MA   /M: SY='I'; M=-68,-72,-86,-80,53,-87,-73,64,-79,63,-34,-80,-81,-75,-78,-76,-62,-33,-64,-45;
MA   /M: SY='T'; M=-50,-66,-49,20,-74,-58,-57,-70,-52,-72,-66,45,-63,28,-59,67,68,-63,-85,-67;
MA   /M: SY='Q'; M=2,-77,-56,17,-78,-69,-56,-66,62,-69,-60,-53,-66,82,28,-54,-58,10,-75,-64;
MA   /M: SY='I'; M=-64,-76,-78,-81,-51,-85,-80,100,-75,-35,-38,25,-74,-73,-79,-69,-57,16,-76,-58;
MA   /M: SY='Q'; M=-60,-84,-51,34,-87,-69,-51,-77,33,-74,-61,-52,28,112,-41,-52,-61,-77,-74,-65;
MA   /M: SY='M'; M=10,-70,44,-57,-73,45,-60,-68,-60,-67,63,27,-67,-57,-66,37,19,-65,-82,-67;
MA   /M: SY='V'; M=50,-64,-75,-69,-58,-69,-76,-34,-69,16,-46,-70,-73,-69,-72,-55,18,72,-81,-63;
MA   /M: SY='V'; M=-54,-66,-83,-77,-52,-84,-83,-20,-75,18,-40,-79,-80,-76,-76,-67,-52,97,-85,-60;
MA   /M: SY='N'; M=-63,-69,-39,-60,-72,-54,-47,27,-51,-71,-63,118,-73,-53,-59,-47,-48,-63,-92,-69;
MA   /M: SY='Q'; M=47,-70,-57,-52,-80,25,-58,-74,-53,-74,-64,28,-67,76,-57,48,-51,-67,-77,-68;
MA   /M: SY='N'; M=-63,-73,-48,-51,-72,-61,-48,-67,-44,12,-57,92,-73,74,37,-51,-55,-70,-82,-65;
MA   /M: SY='A'; M=57,-66,-69,-68,-70,49,-73,-50,-67,-61,-59,-60,-70,-65,-71,13,-53,51,-79,-69;
MA   /M: SY='Q'; M=29,-73,-63,16,-56,-70,-58,-54,30,47,-47,-63,-71,58,-53,-58,-60,-55,-67,31;
MA   /M: SY='Q'; M=44,-71,-63,-51,40,-62,-59,-61,-54,-62,-57,-57,-69,90,-55,30,-54,3,-69,-54;
MA   /M: SY='L'; M=-64,-69,-85,-77,42,-84,-69,-31,-76,69,53,-80,-82,-72,-74,-74,-61,37,-68,-47;
MA   /I: I=-38; MD=-97;
MA   /M: SY='Q'; M=2,-76,-57,21,-81,-66,-60,-73,-57,-72,49,43,-72,57,-62,37,17,-70,-87,-71; D=-38;
MA   /I: I=-38; MI=-97; MD=-97; IM=-97; DM=-97;
MA   /M: SY='Q'; M=7,-82,-65,11,-78,-76,-64,-65,37,2,-60,-63,-74,82,-52,-61,-65,6,-81,-69; D=-38;
MA   /I: I=-38; DM=-97;
MA   /M: SY='L'; M=-72,-75,-91,-83,-48,-93,-76,-37,-84,81,-36,-90,-90,-78,-82,-83,-68,7,-79,-61; D=-38;
MA   /I: I=-38; DM=-97;
MA   /M: SY='V'; M=31,-67,-78,-72,-53,-75,-75,32,-72,45,-40,-72,-75,-70,-74,-60,19,51,-78,-60;
MA   /M: SY='N'; M=-55,-72,27,-50,-76,7,-55,-63,20,-71,-64,62,-69,58,-53,38,-51,22,-83,-67;
MA   /M: SY='Q'; M=11,-77,-52,50,-66,34,-53,-75,-51,-71,-63,-55,-66,76,-55,9,-59,-71,-64,52;
MA   /M: SY='L'; M=-65,-70,-69,31,42,-82,-66,-41,-68,72,-38,-73,-76,-64,-70,-67,23,-46,-68,-49;
MA   /M: SY='Q'; M=-53,-72,39,-49,-76,9,-53,-71,-53,-70,51,51,-67,62,-57,60,-49,-70,-83,-65;
MA   /M: SY='N'; M=-64,-76,50,22,-64,-67,-51,-67,37,12,-59,53,-69,50,-49,-56,-57,-69,-73,33;
MA   /M: SY='N'; M=-62,-67,-43,-60,40,-56,-49,-68,-53,-71,-65,109,-72,-56,-60,-45,44,-68,-82,-58;
MA   /M: SY='F'; M=-68,-72,-78,-73,108,-76,-64,-55,-62,-48,-55,-67,-81,-71,35,27,-61,-58,-48,-27;
MA   /M: SY='G'; M=-55,-77,-68,-72,40,84,-69,27,-68,-64,-62,-56,-71,31,-73,-55,-66,-62,-67,-59;
MA   /M: SY='W'; M=85,-66,-74,-64,-63,-56,-73,-60,-66,13,-56,-68,-70,-62,-69,-49,-57,-53,95,-59;
MA   /M: SY='I'; M=-61,70,-81,-79,-53,-83,-78,84,-74,-38,64,-71,-74,-72,-78,-66,17,12,-79,-59;
MA   /M: SY='S'; M=-47,-68,-57,-55,-61,-56,-54,-70,-55,-71,-64,-48,-66,50,-58,89,20,-65,-68,53;
MA   /M: SY='S'; M=7,-66,-54,-59,-61,-52,-52,-70,-57,-73,-66,55,-68,-51,-61,86,-42,-66,-70,52;
MA   /M: SY='N'; M=-53,-68,-53,-58,-69,-58,-57,28,30,-65,-60,73,-69,-52,-55,65,-45,4,-83,-66;
MA   /M: SY='F'; M=-64,-72,-86,-81,71,-86,-77,65,-78,19,-40,-78,-80,-79,-78,-72,-59,46,-63,-42;
MA   /M: SY='I'; M=28,-73,-54,47,-68,-67,-62,55,13,-58,-55,27,-66,28,-57,11,-54,-48,-77,-65;
MA   /M: SY='E'; M=-61,-78,45,74,-73,-74,-57,16,-50,-5,-60,-53,-63,51,-57,-55,22,-60,-81,-66;
MA   /M: SY='I'; M=-65,-76,-74,-79,-51,-82,-75,97,-73,5,-38,43,-75,-70,-77,-68,-57,-25,-76,-58;
MA   /M: SY='Y'; M=-66,-75,-57,53,27,-76,-52,-52,-60,44,-47,30,-74,-55,-63,-64,-61,-57,-55,77;
MA   /M: SY='K'; M=-60,-75,-47,40,-78,-65,-53,-79,73,-78,-68,57,-65,-41,39,14,-54,-75,-79,-67;
MA   /M: SY='R'; M=20,-77,-62,-52,-76,-69,-55,-79,20,-74,-64,-55,-72,-43,101,8,-60,-71,-76,-64;
MA   /M: SY='L'; M=-64,-70,-81,-76,-44,21,-69,-37,-77,85,-32,-77,-82,-70,-75,-72,-64,-44,-71,-56;
MA   /M: SY='D'; M=3,-75,80,41,-74,-66,-55,-70,20,11,-64,32,-67,-50,-56,-55,-57,-69,-86,-68;
MA   /M: SY='M'; M=38,-73,-61,12,-70,-66,-57,-61,42,-1,63,-58,-67,63,18,-54,-59,-60,-74,-62;
MA   /M: SY='V'; M=-58,-69,-79,-75,-50,-79,-74,49,-74,51,-38,-73,-77,-69,-75,27,-54,52,-77,-58;
MA   /M: SY='E'; M=-58,-78,-38,86,-83,-67,-50,-80,-43,-76,-68,44,-61,73,-49,9,-56,-76,-80,-69;
MA   /M: SY='A'; M=88,-65,-67,-58,-62,-53,-61,-65,-60,-65,-59,-62,-68,29,-63,-44,-54,-55,-64,52;
MA   /M: SY='D'; M=1,-76,83,44,-77,-65,-56,26,-54,-70,-67,52,-66,-51,-62,-54,-56,-62,-90,-69;
MA   /M: SY='A'; M=69,-69,-66,-57,-73,24,-64,10,-59,-61,42,-59,-68,65,-62,-48,-57,-54,-74,-66;
MA   /M: SY='Q'; M=-58,-83,-53,19,-86,23,49,-79,-44,-73,-60,-50,-66,115,-46,-50,-63,-79,-75,-61;
MA   /M: SY='M'; M=-60,-71,-80,-71,-52,-80,-64,16,-61,19,104,-72,-75,-62,35,-69,-58,50,-77,-55;
MA   /M: SY='D'; M=-65,-77,105,-39,-77,-68,-58,27,-58,-69,-69,-40,-67,-58,-66,-54,35,-62,-96,-67;
MA   /M: SY='R'; M=19,-80,-64,-53,-77,-71,-56,-79,-31,-75,-64,-59,46,-45,102,-58,-63,-72,-76,-66;
MA   /I: I=-45; MD=-115;
MA   /M: SY='L'; M=-72,-75,-91,-83,-48,-93,-77,-37,-84,80,-36,-90,-90,-78,-82,-82,-68,16,-79,-61; D=-45;
MA   /I: I=-45; MI=-115; IM=-115; DM=-115;
MA   /M: SY='I'; M=-65,-77,-86,-83,-48,-90,-83,102,-79,20,-34,-77,-75,-75,-82,-74,-59,-21,-73,-56;
MA   /M: SY='N'; M=-57,-65,-42,-58,-73,-55,-50,-70,-51,-76,-67,103,-67,-53,-59,16,67,-67,-92,-69;
MA   /M: SY='G'; M=-51,-77,-67,-77,-76,97,-73,26,-71,-73,-67,-53,-69,-68,-78,-52,-67,-67,-74,-74;
MA   /M: SY='R'; M=-67,-82,-63,-53,-62,-76,-50,-78,25,-71,-62,-57,-75,-42,105,-61,-65,-74,-64,52;
MA   /M: SY='M'; M=-64,-69,-84,-75,-44,-81,-62,-33,-73,70,109,-77,-78,-65,-70,-74,-62,-41,-72,-52;
MA   /I: E1=0; IE=-380; DE=-380;
CC   /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC   /SCALING_DB=reversed;
CC   /AUTHOR=CJA_Sigrist;
CC   /FT_KEY=REGION; /FT_DESC=Heptad repeat 1 (HR1);
CC   /VERSION=1;
PR   PRU01271;
DO   PDOC51923;
//