ID   COV_S2_HR2; MATRIX.
AC   PS51924;
DT   17-JUN-2020 CREATED; 07-APR-2021 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
DE   Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY'; LENGTH=82;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=77;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.8437381; R2=0.0062844; TEXT='-LogE';
MA   /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=13910.6914062; R2=4.1364145; TEXT='Heuristic 5.0%';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=1378; H_SCORE=19611; N_SCORE=11.5; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=582; H_SCORE=16318; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: M0=-35; D=-150; I=-150; B1=-1000; E1=-1000; MI=-380; MD=-380; IM=-380; DM=-380;
MA   /I: B1=0; BI=-380; BD=-380;
MA   /M: SY='P'; M=-64,-84,4,-56,-76,-68,-67,1,-62,-16,-63,13,110,-64,-73,-14,-8,-66,-81,-75;
MA   /M: SY='D'; M=24,-73,53,29,-81,-59,-57,-75,-53,-76,-69,2,34,42,-59,47,-6,-70,-83,-70;
MA   /M: SY='Y'; M=-65,-72,4,-64,43,-73,-54,-49,-64,39,-47,33,-77,19,-65,-14,6,-16,-56,71;
MA   /M: SY='P'; M=-65,-78,-10,-64,46,-76,-67,44,-9,-9,-51,-68,72,1,-68,-15,-59,5,-65,19;
MA   /M: SY='D'; M=-61,-76,89,-44,-83,19,-53,-82,-55,-84,-77,67,15,-54,-63,14,-53,-80,-93,-72;
MA   /M: SY='F'; M=-66,-71,-78,-79,91,-15,-71,48,-74,-42,-48,12,-79,-78,-75,-66,-9,28,-57,-36;
MA   /M: SY='N'; M=-62,-75,64,41,-75,-14,-50,-76,-9,-75,13,76,-67,18,-56,-51,-8,-75,-84,3;
MA   /M: SY='E'; M=21,-75,27,55,11,-16,17,-75,44,-71,-66,-52,-63,33,-48,-52,6,-69,-75,-61;
MA   /M: SY='E'; M=-59,-75,31,86,-79,-72,-58,-75,-48,-73,-70,-52,19,-44,-58,-50,63,-68,-84,-71;
MA   /M: SY='F'; M=-70,-73,-82,-74,94,-82,-68,14,-73,37,-43,-76,6,19,-72,-72,-64,-13,-54,-34;
MA   /M: SY='D'; M=-14,-76,66,47,-82,-63,-52,-80,13,-78,-71,47,-65,38,9,10,-55,-76,-85,-69;
MA   /M: SY='E'; M=-61,-79,52,80,-80,-4,-55,-80,43,-31,-70,5,-61,-42,-48,-56,-59,-76,-82,-70;
MA   /M: SY='W'; M=-67,-78,8,-73,20,-81,-67,56,-73,25,22,-74,-78,-70,-73,-72,-64,2,94,59;
MA   /M: SY='F'; M=-4,-75,-81,-77,81,-79,-62,30,-70,6,10,-75,-80,-72,-12,-69,-65,-48,59,65;
MA   /M: SY='K'; M=-21,-74,31,18,-77,-11,-58,-68,49,-72,-65,12,-65,37,10,7,24,1,-81,-67;
MA   /M: SY='N'; M=-59,-71,-43,24,1,17,-50,-76,-4,-77,-68,97,-69,10,-13,-9,-9,-75,-82,-66;
MA   /M: SY='Q'; M=-63,-74,-72,-63,-51,-78,43,27,-64,44,34,-66,-74,56,-64,-62,22,1,50,11;
MA   /I: I=-21; MI=0; MD=-53; IM=0; DM=-53;
MA   /M: SY='N'; M=-55,-69,-47,-53,-75,-56,28,-73,20,-77,-66,83,-2,17,-53,51,34,-70,-87,-66;
MA   /M: SY='H'; M=-60,-73,-59,-59,-55,-66,51,-63,-7,6,15,44,-71,17,19,30,21,-64,48,50;
MA   /M: SY='T'; M=3,-68,6,24,7,-67,-63,-12,-58,-11,16,8,-66,3,-64,16,58,14,-79,-60;
MA   /M: SY='N'; M=15,-69,-63,-15,27,5,-64,-7,14,28,-51,29,-71,-60,-62,2,25,-11,-73,-57;
MA   /M: SY='P'; M=-62,-80,5,33,-70,-71,-63,-3,-58,11,12,-3,86,19,-66,-6,-57,-18,-79,-69;
MA   /M: SY='Q'; M=-9,-72,-47,47,-77,-62,-54,-67,-49,-71,-64,56,-1,66,-55,28,25,-6,-82,-68;
MA   /M: SY='L'; M=-66,-70,-81,-74,58,-82,-68,20,-74,69,-36,-75,-80,0,-73,-17,-10,-42,-64,-44;
MA   /I: I=-38; MI=0; MD=-97; IM=0; DM=-97;
MA   /M: SY='K'; M=-70,-85,-73,-8,17,-18,-73,-14,45,6,-65,-68,-80,21,-60,22,-67,-70,41,-64; D=-38;
MA   /I: I=-38; DM=-97;
MA   /M: SY='D'; M=-58,-71,76,-6,-79,-57,-52,-78,-5,-80,-73,74,-67,-50,-58,41,16,-74,-93,-69;
MA   /M: SY='I'; M=-20,-72,-71,19,30,-23,-71,48,-67,27,-43,-70,-74,14,-70,-64,-11,40,-71,-54;
MA   /M: SY='F'; M=-19,-70,-64,-65,63,-19,-60,-9,3,-24,-57,26,-3,-61,-63,44,23,-58,-61,33;
MA   /I: I=-33; MD=-84;
MA   /M: SY='N'; M=7,25,9,-73,24,-22,-73,-21,-74,-81,-78,48,-8,-73,-80,27,-65,-76,-90,-73; D=-33;
MA   /I: I=-33; MI=0; MD=-84; IM=0; DM=-84;
MA   /M: SY='N'; M=-59,-67,33,-53,-76,-54,-48,-74,-50,-79,-69,108,-69,-52,-59,5,41,-72,-95,-70;
MA   /M: SY='M'; M=35,-71,-72,-65,39,-70,23,22,-66,16,61,-4,6,26,-67,-60,-59,-3,-70,-51;
MA   /M: SY='T'; M=-51,-68,-53,24,-75,-60,-61,-69,-55,-73,-67,9,51,-53,-63,66,68,-64,-84,-69;
MA   /M: SY='Y'; M=-64,-74,-74,-73,24,-80,-59,44,-1,5,26,-1,-78,-66,-66,-67,-59,35,-54,81;
MA   /M: SY='L'; M=-64,-68,-80,-76,9,-83,-69,-31,-75,79,-33,0,-83,-71,-74,-73,-60,35,-72,-53;
MA   /M: SY='N'; M=-64,-71,69,-48,-74,-55,-46,-77,-51,-81,-72,105,-71,-52,-59,-47,-1,-77,-91,3;
MA   /M: SY='L'; M=-66,-71,-85,-79,26,-87,-73,44,-78,73,-32,-81,-82,-74,-77,-75,-61,13,-69,-50;
MA   /M: SY='T'; M=-52,-67,-55,-56,-63,-61,-57,-16,19,-67,-62,31,-65,15,-55,58,69,-59,-74,34;
MA   /M: SY='D'; M=7,-74,39,37,-9,10,-55,-70,10,-70,-65,37,-67,17,-56,-11,-4,-21,-72,35;
MA   /M: SY='E'; M=-61,-82,-39,93,-71,-74,38,-79,-44,-72,-65,-55,-60,65,-50,-56,-62,-76,-70,38;
MA   /M: SY='M'; M=-60,-71,-76,-75,-52,-79,-70,73,-71,13,77,5,-73,-67,-73,-10,9,18,-77,-57;
MA   /M: SY='N'; M=47,32,49,39,-78,-60,-56,-73,-52,-32,-66,50,-67,44,-59,-49,-55,-67,-84,-70;
MA   /I: I=-21; MI=0; MD=-53; IM=0; DM=-53;
MA   /M: SY='E'; M=-10,-73,7,48,-64,-72,17,-13,-15,26,-53,32,-69,-51,34,-58,-9,8,-81,-63;
MA   /M: SY='L'; M=-66,-72,-84,-79,16,-87,-71,60,-77,66,-33,-80,-81,-73,-76,-75,-61,0,-66,18;
MA   /M: SY='Q'; M=-58,-76,43,-1,-82,-62,-50,-77,7,-76,-66,56,-67,86,1,24,-7,-75,-82,-66;
MA   /M: SY='N'; M=-57,-73,54,45,-76,9,-54,-75,-5,-14,-68,57,-66,-48,-58,43,-51,-72,-85,-69;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-71,-77,-72,7,-78,-69,55,-70,29,-41,-70,-75,7,-72,-14,9,38,-68,31;
MA   /M: SY='I'; M=34,-70,-73,-72,-58,-70,-75,78,-70,-44,-45,3,-71,-66,-74,26,-52,28,-78,-62;
MA   /M: SY='H'; M=-62,-78,48,35,-73,-67,62,-78,31,-74,-65,24,-66,54,-4,-13,-1,-76,-79,14;
MA   /M: SY='N'; M=-55,-72,-46,25,-80,14,-52,-78,29,-79,-68,75,-66,53,-49,44,-50,-75,-81,-69;
MA   /M: SY='L'; M=-63,-71,-85,-79,-46,-87,-77,59,-78,63,-33,-80,-80,-74,-77,-74,-59,45,-75,-56;
MA   /M: SY='N'; M=-60,-68,-41,-56,-73,-53,-47,-71,23,-17,-65,110,-71,-49,-52,23,-47,-73,-89,-69;
MA   /M: SY='N'; M=-24,-74,41,20,-81,15,-53,-79,34,-79,-69,57,-66,52,-50,26,-53,-76,-82,-69;
MA   /M: SY='T'; M=-53,-67,4,-60,-60,-63,-59,-57,-60,1,61,-52,8,-57,-65,62,62,-56,-76,22;
MA   /M: SY='Y'; M=-67,-72,-68,-70,44,-76,26,-2,-63,42,-44,34,-79,-64,5,-64,6,-14,-58,63;
MA   /M: SY='I'; M=-59,-71,-80,-78,-52,-84,-81,74,-75,-3,-39,6,-77,-74,-77,-68,-54,72,-81,-59;
MA   /M: SY='D'; M=-64,-75,97,23,-82,-62,-52,-80,-52,-81,-76,59,-66,-51,-61,-50,27,-76,-97,-70;
MA   /M: SY='L'; M=-63,-69,-81,-74,-45,-83,-71,-32,-75,78,-33,-79,6,-71,-75,-71,1,36,-75,-56;
MA   /M: SY='E'; M=-58,-76,-43,80,4,-69,31,-78,47,-73,-67,-52,-61,8,-45,35,-55,-73,-76,-62;
MA   /M: SY='W'; M=-65,-85,-55,66,-62,-74,-65,-7,25,-30,-64,-64,-66,54,-52,-63,-67,-71,126,-51;
MA   /M: SY='L'; M=-67,-69,-80,-76,53,-82,-67,-4,-75,71,36,6,-82,-71,-73,-73,-62,-3,-65,-45;
MA   /M: SY='N'; M=-57,-72,-50,-57,9,48,-55,-77,38,-77,-68,80,-69,20,-53,16,-54,-76,-77,-65;
MA   /M: SY='R'; M=-61,-76,-61,-51,-72,-74,-59,-6,53,-66,-59,-53,-68,24,78,-54,45,-8,-77,-63;
MA   /M: SY='Y'; M=-65,-75,-74,-75,39,-14,-51,-4,-69,-11,-48,-71,-80,-67,-68,-64,1,30,-42,106;
MA   /M: SY='E'; M=-57,-75,-44,85,-74,-76,-59,-59,-46,-65,-62,-57,-61,17,8,-54,40,33,-82,-68;
MA   /M: SY='T'; M=-59,-72,-58,-54,-62,-70,-55,-59,7,-17,16,31,-69,60,37,-50,61,-4,-73,30;
MA   /M: SY='Y'; M=-70,-81,-68,-68,12,-77,32,-58,-63,-54,-51,-67,-80,15,-61,-63,-11,-63,-33,125;
MA   /I: I=-45; MI=0; MD=-115; IM=0; DM=-115;
MA   /M: SY='V'; M=-56,-71,-75,-16,-56,-79,-78,63,-71,-16,-44,-71,10,-69,-75,19,-52,69,-81,-61;
MA   /M: SY='K'; M=-62,-76,-53,-42,-79,-67,-57,-79,106,-78,-66,13,-63,-40,-26,-14,-55,-75,-74,-66;
MA   /M: SY='W'; M=-74,-98,-99,-79,-42,-73,-100,-72,-71,-71,-73,-91,-78,-71,-75,-78,-2,-85,176,-28;
MA   /M: SY='P'; M=-8,-89,-67,-56,-85,-67,-70,-73,-63,-83,-70,-72,125,-66,-75,-62,-58,-77,-79,-83;
MA   /M: SY='W'; M=-76,-101,-103,-80,-40,-74,-103,-73,-72,-71,-74,-96,-79,-72,-76,-82,-88,-88,179,-27;
MA   /M: SY='W'; M=-71,-87,-78,-76,-27,-14,-51,-63,-68,-60,-57,-77,-81,-64,-67,-70,-72,-70,132,114;
MA   /M: SY='V'; M=-8,-69,-80,-72,-56,-81,-81,42,-71,-41,-43,-75,-76,17,-73,-64,-53,89,-83,-61;
MA   /M: SY='W'; M=-76,-101,-103,-80,-40,-74,-103,-73,-72,-71,-74,-96,-79,-72,-76,-82,-88,-88,179,-27;
MA   /M: SY='L'; M=-66,-69,-84,-77,-41,-86,-69,-31,-78,90,-29,-84,-84,-71,-75,-77,-62,-6,-72,-54;
MA   /M: SY='A'; M=53,-69,-74,-71,-59,32,-73,51,-70,30,-47,-66,-71,-67,-74,-55,-15,-42,-74,-64;
MA   /M: SY='I'; M=-65,-76,-86,-83,21,-88,-79,99,-77,-32,62,-75,-74,-74,-79,-73,-59,-23,-70,-51;
MA   /I: I=-45; MD=-115;
MA   /M: SY='F'; M=31,-76,1,-74,55,7,-77,-21,-76,-65,-66,-68,-81,-74,-79,27,-62,14,-75,-58; D=-45;
MA   /I: I=-45; MI=-115; IM=-115; DM=-115;
MA   /M: SY='I'; M=-65,-73,-86,-81,47,-86,-76,74,-77,35,38,-78,-78,-75,-78,-73,-60,24,-67,-47;
MA   /M: SY='A'; M=68,27,-73,-67,-63,-62,-73,-5,-67,3,-51,-66,-72,-65,-71,-6,-9,47,-80,-66;
MA   /M: SY='W'; M=-63,57,-79,-77,51,31,-71,-10,-74,47,21,-70,-79,-73,-75,-66,1,-52,62,-48;
MA   /M: SY='I'; M=-16,20,-79,-76,-50,-82,-76,70,-74,47,-37,-72,-75,-71,-76,-65,31,8,-76,-58;
MA   /I: E1=0; IE=-380; DE=-380;
CC   /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC   /SCALING_DB=reversed;
CC   /AUTHOR=CJA_Sigrist;
CC   /FT_KEY=REGION; /FT_DESC=Heptad repeat 2 (HR2);
CC   /VERSION=2;
PR   PRU01272;
DO   PDOC51923;
//