ID COV_NSP4C; MATRIX. AC PS51946; DT 10-FEB-2021 CREATED; 10-FEB-2021 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE. DE Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. MA /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=97; MA /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=92; MA /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.8368708; R2=0.0128708; TEXT='-LogE'; MA /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=712; N_SCORE=11.0; MODE=1; TEXT='!'; MA /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=363; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; MA /DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; MA /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; MA /M: SY='L'; M=-8,-30,-20,-32,-24,6,-32,-24,28,-28,35,18,-28,-28,-22,-22,-24,-8,23,-22,-2,-24; MA /M: SY='F'; M=-14,-22,-24,-27,-24,30,-9,-6,-3,-19,2,10,-16,-26,-20,-15,-16,-12,-6,2,23,-21; MA /M: SY='E'; M=-13,8,-24,12,17,-4,-20,-8,-22,-5,-14,-16,0,-11,-4,-9,-1,1,-18,-23,-7,8; MA /M: SY='G'; M=-4,5,-28,2,0,-28,37,-9,-34,-10,-28,-20,14,-16,-8,-12,2,-14,-30,-26,-26,-4; MA /M: SY='D'; M=-9,19,-24,21,-3,-26,7,-8,-22,-8,-22,-18,15,-18,-10,-12,0,-8,-15,-34,-20,-7; MA /M: SY='K'; M=-10,-6,-25,-4,11,-21,-22,-10,-16,21,-17,-8,-7,-14,3,19,-8,-8,-6,-25,-12,6; MA /M: SY='F'; M=-10,-18,-16,-26,-20,41,-22,-18,-6,-22,-2,-6,-10,-22,-26,-16,0,9,-2,-9,11,-20; MA /M: SY='V'; M=-10,-15,-19,-15,-21,11,-28,-22,13,-20,4,2,-17,-25,-25,-20,-12,-6,20,-21,-1,-22; MA /M: SY='G'; M=2,-8,-25,-8,-15,-28,54,-18,-35,-18,-30,-20,2,-18,-15,-18,9,-11,-25,-25,-28,-15; MA /M: SY='T'; M=0,9,-12,-1,-6,-14,-12,-11,-14,-8,-18,-14,16,-12,-6,-8,21,33,-9,-34,-14,-6; MA /M: SY='F'; M=-20,-28,-22,-35,-28,69,-30,-11,0,-25,8,0,-20,-30,-33,-18,-20,-10,-2,15,41,-28; MA /M: SY='E'; M=-12,19,-30,31,51,-32,-18,0,-32,8,-22,-22,5,-2,15,-2,0,-10,-30,-32,-20,33; MA /M: SY='E'; M=-3,-3,-21,1,20,-17,-15,-8,-15,-6,-7,-11,-3,-10,4,-8,7,1,-14,-31,-15,12; MA /M: SY='A'; M=39,-12,-12,-22,-12,-16,-4,-16,-4,-10,-4,3,-12,-12,-8,-18,4,-2,2,-20,-16,-10; MA /M: SY='A'; M=50,-10,-10,-20,-10,-20,0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20,10,0,0,-20,-20,-10; MA /M: SY='L'; M=0,-18,-21,-21,-11,-6,-21,-14,3,-5,16,16,-18,-20,-8,-7,-17,-8,1,-20,-6,-10; MA /M: SY='G'; M=0,-8,12,-12,-16,-22,14,-20,-27,-18,-24,-18,-2,-20,-16,-18,11,5,-15,-33,-24,-16; MA /M: SY='T'; M=0,0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,0,-10,-10,-10,20,50,0,-30,-10,-10; MA /M: SY='F'; M=-20,-30,-20,-40,-30,80,-30,-20,0,-30,10,0,-20,-30,-40,-20,-20,-10,0,10,30,-30; MA /M: SY='V'; M=-4,-28,-14,-30,-26,2,-28,-22,26,-20,21,22,-28,-28,-22,-18,-16,-4,33,-26,-6,-24; MA /M: SY='I'; M=-10,-30,-26,-36,-26,4,-36,-26,38,-30,32,20,-24,-24,-20,-26,-24,-10,22,-20,0,-26; MA /M: SY='D'; M=-14,24,-24,25,5,-25,-12,-2,-27,5,-24,-19,21,-15,0,11,4,4,-22,-34,-16,2; MA /M: SY='K'; M=-8,-9,-26,-13,-8,-19,1,-9,-15,13,-12,12,-7,-16,0,4,-11,-12,-12,-20,-11,-4; MA /M: SY='E'; M=-9,1,-25,5,25,-24,-15,-2,-28,12,-22,-16,2,-9,12,22,6,-3,-22,-29,-16,17; MA /M: SY='S'; M=1,-2,-17,-2,9,-18,-9,-5,-13,-5,-16,-2,1,-10,5,-8,17,6,-10,-33,-15,7; MA /M: SY='Y'; M=-20,-22,-28,-25,-22,41,-30,11,0,-15,2,0,-20,-30,-17,-12,-20,-10,-8,25,69,-22; MA /M: SY='C'; M=-8,-14,5,-12,4,-12,-26,-17,-5,-14,3,-4,-17,-21,-10,-15,-11,-8,1,-32,-15,-3; MA /M: SY='K'; M=-10,-2,-26,-4,5,-25,-20,-10,-26,35,-25,-10,0,-12,6,29,-4,1,-16,-22,-10,5; MA /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20,10,-30,-20,20,-30,50,20,-30,-30,-20,-20,-30,-10,10,-20,0,-20; MA /M: SY='R'; M=-8,-13,-22,-17,-11,-13,-25,-17,-1,5,-7,-1,-9,-18,-7,11,-5,6,6,-24,-8,-11; MA /M: SY='N'; M=-5,31,-18,15,0,-20,0,5,-20,-2,-30,-20,49,-18,0,-2,17,5,-25,-40,-20,0; MA /M: SY='E'; M=-1,5,-19,7,26,-23,-12,-7,-23,-1,-22,-18,4,-5,7,-5,18,11,-17,-34,-18,17; MA /I: I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27; MA /M: SY='I'; M=-4,-18,-13,-21,-17,0,-23,-19,17,-17,15,8,-16,-18,-15,-15,-8,5,17,-19,-4,-17; D=-13; MA /I: I=-13; DM=-27; MA /M: SY='S'; M=1,-11,-21,-11,-7,-18,-14,-17,-4,-15,-19,-11,-4,10,-7,-17,15,6,-5,-33,-18,-9; MA /M: SY='L'; M=-10,-9,-28,-3,-9,-15,-2,-16,-12,-19,3,-5,-12,-4,-15,-18,-14,-12,-13,-25,-16,-13; MA /M: SY='D'; M=-10,17,-22,25,10,-24,-18,-10,-18,-4,-16,-16,3,-12,-5,-10,3,5,-8,-34,-16,3; MA /M: SY='K'; M=0,-4,-26,-6,7,-29,-16,-6,-24,26,-22,-8,-2,-12,18,23,-4,-8,-18,-20,-12,11; MA /M: SY='F'; M=-16,-28,-24,-34,-26,42,-32,-13,13,-25,16,7,-22,-28,-26,-20,-22,-10,5,4,31,-26; MA /M: SY='N'; M=-10,19,-26,13,17,-26,-12,1,-26,20,-28,-16,25,-12,8,11,1,-6,-26,-31,-16,13; MA /M: SY='R'; M=3,0,-20,-5,-2,-20,-8,-5,-22,8,-21,-14,10,-16,2,23,7,0,-15,-27,-16,-2; MA /M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20,30,-30,20,0,-10,0,0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10,30,80,-20; MA /M: SY='L'; M=11,-23,-16,-26,-16,-1,-19,-20,9,-23,29,9,-23,-23,-16,-20,-16,-6,6,-20,-7,-16; MA /M: SY='S'; M=22,4,-12,-4,-4,-20,0,-10,-16,-8,-22,-16,11,-12,-4,-12,23,8,-10,-32,-20,-4; MA /M: SY='A'; M=11,-15,-14,-17,-11,-8,-12,-16,-1,-18,8,-1,-11,-18,-11,-16,4,3,1,-27,-12,-11; MA /M: SY='Y'; M=-20,-22,-28,-24,-22,39,-30,13,0,-14,2,0,-20,-30,-16,-12,-20,-10,-8,26,71,-22; MA /M: SY='N'; M=4,29,-18,11,-2,-20,0,3,-18,-2,-25,-18,44,-18,-2,-5,10,0,-23,-35,-20,-2; MA /M: SY='K'; M=-12,-2,-30,-2,8,-28,-20,-8,-30,45,-28,-10,0,-12,10,39,-10,-10,-20,-20,-10,8; MA /M: SY='Y'; M=-18,-22,-28,-22,-20,25,-30,11,5,-15,11,5,-22,-30,-12,-12,-22,-10,-5,19,62,-20; MA /M: SY='K'; M=-12,-2,-30,-2,8,-28,-20,-8,-30,46,-28,-10,0,-12,10,38,-10,-10,-20,-20,-10,8; MA /M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20,30,-30,20,0,-10,0,0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10,30,80,-20; MA /M: SY='Y'; M=-20,-24,-26,-28,-24,51,-30,3,0,-18,4,0,-20,-30,-22,-14,-20,-10,-6,22,59,-24; MA /M: SY='S'; M=8,0,-10,-2,-2,-18,-4,-12,-18,-10,-26,-18,8,-10,-2,-10,36,26,-8,-38,-18,-2; MA /M: SY='G'; M=0,-10,-30,-10,-20,-30,70,-20,-40,-20,-30,-20,0,-20,-20,-20,0,-20,-30,-20,-30,-20; MA /M: SY='S'; M=13,-2,-14,-7,-3,-20,-8,-15,-17,1,-21,-14,1,-10,-3,-5,19,17,-7,-29,-16,-3; MA /M: SY='M'; M=2,-18,-21,-24,-18,-8,2,-12,1,-17,10,21,-16,-21,-11,-16,-13,-11,-1,-20,-10,-15; MA /M: SY='D'; M=-4,19,-22,27,5,-30,9,-8,-32,-8,-30,-24,12,-12,-4,-12,16,0,-22,-36,-22,0; MA /M: SY='E'; M=-6,6,-22,8,31,-22,-20,-8,-22,2,-16,-16,0,-4,8,-4,8,15,-18,-30,-16,19; MA /M: SY='A'; M=25,-5,-15,-13,-3,-22,-9,-13,-12,-5,-12,-8,-5,-10,6,-11,10,9,-7,-22,-15,1; MA /M: SY='D'; M=0,27,-22,37,10,-32,-6,-6,-30,-4,-26,-24,12,-10,-2,-12,11,-1,-20,-36,-20,4; MA /M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20,30,-30,20,0,-10,0,0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10,30,80,-20; MA /M: SY='R'; M=-18,-15,-28,-15,-5,-13,-22,-5,-19,16,-4,-3,-7,-22,3,49,-15,-10,-13,-20,-8,-5; MA /M: SY='E'; M=-10,-3,-3,-2,21,-25,-22,-3,-18,0,-13,-1,-7,-13,17,-5,-5,-10,-19,-29,-16,19; MA /M: SY='A'; M=50,-10,-10,-20,-10,-20,0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20,10,0,0,-20,-20,-10; MA /M: SY='C'; M=15,-16,66,-26,-22,-20,-18,-26,-22,-22,-16,-16,-16,-28,-22,-26,-2,-6,-6,-38,-26,-22; MA /M: SY='C'; M=-16,-18,32,-22,-20,-2,-28,-5,-19,-9,-13,-11,-15,-32,-14,0,-14,-10,-12,-15,14,-20; MA /M: SY='A'; M=29,-10,19,-18,-13,-20,-7,-20,-16,-15,-16,-14,-8,-17,-13,-20,11,2,-4,-31,-22,-13; MA /M: SY='H'; M=-18,-9,-35,-9,-3,-17,-20,53,-26,-8,-20,-5,-3,-20,13,-3,-15,-20,-30,13,17,3; MA /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20,10,-30,-20,20,-30,50,20,-30,-30,-20,-20,-30,-10,10,-20,0,-20; MA /M: SY='A'; M=41,-10,-14,-18,-12,-22,13,-20,-16,-12,-14,-12,-8,-12,-12,-20,8,-4,-6,-20,-22,-12; MA /M: SY='K'; M=-12,-5,-30,-5,3,-16,-22,-3,-23,36,-23,-8,-5,-15,5,21,-12,-10,-18,-9,11,3; MA /M: SY='A'; M=50,-10,-10,-20,-10,-20,0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20,10,0,0,-20,-20,-10; MA /M: SY='L'; M=-10,-26,-20,-30,-20,6,-26,-13,20,-23,39,34,-26,-26,-13,-16,-26,-10,10,-20,0,-16; MA /M: SY='B'; M=-12,14,-24,14,9,-18,-15,-1,-12,-5,-5,-1,9,-16,0,-8,-6,-8,-16,-31,-13,5; MA /M: SY='D'; M=-14,29,-26,39,14,-34,-14,-2,-30,0,-24,-19,12,-10,12,-5,4,1,-24,-34,-16,13; MA /M: SY='Y'; M=-20,-24,-26,-28,-24,51,-30,3,0,-18,4,0,-20,-30,-22,-14,-20,-10,-6,22,59,-24; MA /M: SY='S'; M=6,4,-16,-2,-2,-20,-5,-6,-21,1,-24,-16,14,-14,1,9,18,6,-14,-32,-18,-2; MA /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; MA /M: SY='N'; M=-8,20,-20,7,-4,-18,-9,-1,-12,5,-23,-13,33,-20,-4,1,3,-2,-13,-35,-16,-4; MA /M: SY='S'; M=1,16,-15,16,3,-23,-2,-5,-23,-6,-30,-22,21,-12,0,-8,28,11,-17,-40,-20,2; MA /M: SY='G'; M=-7,-8,-30,-8,-13,-26,38,4,-36,-9,-26,-15,2,-20,-9,0,-4,-18,-28,-22,-18,-13; MA /M: SY='N'; M=6,13,-15,-1,-9,-15,-7,-6,-6,-7,-16,-11,23,-20,-9,-9,5,0,-5,-33,-18,-9; MA /M: SY='D'; M=-18,41,-30,59,29,-38,-12,0,-38,2,-28,-28,15,-8,5,-8,0,-10,-30,-38,-20,17; MA /M: SY='I'; M=-6,-26,-18,-32,-26,0,-29,-19,31,-19,16,30,-24,-24,-17,-19,-16,-6,31,-24,-4,-23; MA /M: SY='L'; M=-8,-30,-18,-30,-22,8,-30,-22,22,-28,41,18,-30,-30,-22,-20,-25,-8,19,-22,-2,-22; MA /M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20,30,-30,20,0,-10,0,0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-10,30,80,-20; MA /M: SY='Q'; M=-2,0,-18,-4,4,-24,-17,-6,-16,-2,-18,-8,2,-10,21,-2,15,20,-14,-28,-12,13; MA /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20,90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10; MA /M: SY='P'; M=-10,-20,-40,-10,0,-30,-20,-20,-20,-10,-30,-20,-20,90,-10,-20,-10,-10,-30,-30,-30,-10; MA /M: SY='T'; M=-7,-2,-19,-8,-1,-19,-20,-9,-17,4,-15,-8,0,-12,10,13,9,23,-11,-25,-10,4; MA /M: SY='V'; M=3,-17,-18,-23,-19,1,-24,-14,10,-15,1,1,-15,-20,-15,-17,-3,7,12,-13,10,-19; MA /M: SY='S'; M=10,0,-10,0,0,-20,0,-10,-20,-10,-30,-20,10,-10,0,-10,40,20,-10,-40,-20,0; MA /M: SY='I'; M=-8,-28,-22,-33,-28,5,-35,-22,34,-23,13,13,-24,-25,-22,-23,-16,-6,31,-15,10,-28; MA /M: SY='N'; M=-4,12,-18,1,-9,-18,8,-9,-20,-9,-22,-16,21,-16,-9,-9,12,16,-18,-31,-18,-9; MA /I: I=-15; MD=-32; MA /M: SY='T'; M=2,-7,-6,-9,-9,-6,-11,-13,0,-9,-6,-4,-5,-11,-9,-9,11,14,9,-22,-9,-9; D=-15; MA /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32; MA /M: SY='S'; M=19,-2,-10,-5,-2,-20,0,-12,-18,-10,-25,-18,5,-10,-2,-12,33,15,-8,-35,-20,-2; MA /M: SY='T'; M=-8,-15,-16,-20,-16,7,-24,-18,-4,-7,-4,-4,-11,-21,-16,4,-1,14,7,-20,-2,-16; MA /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20,10,-30,-20,20,-30,50,20,-30,-30,-20,-20,-30,-10,10,-20,0,-20; MA /M: SY='Q'; M=-10,0,-30,0,20,-40,-20,10,-20,10,-20,0,0,-10,60,10,0,-10,-30,-20,-10,40; MA /I: E1=0; IE=-105; DE=-105; NR /RELEASE=2024_02,571282; NR /TOTAL=59(59); /POSITIVE=59(59); /UNKNOWN=0(0); /FALSE_POS=0(0); NR /FALSE_NEG=0; /PARTIAL=0; CC /MATRIX_TYPE=protein_domain; CC /SCALING_DB=reversed; CC /AUTHOR=CJA_Sigrist; CC /TAXO-RANGE=????V; /MAX-REPEAT=1; CC /FT_KEY=DOMAIN; /FT_DESC=Nsp4C; CC /VERSION=1; DR P0C6W1 , R1AB_BC133 , T; P0C6V9 , R1AB_BC279 , T; DR P0C6W0 , R1AB_BC512 , T; P0C6W2 , R1AB_BCHK3 , T; DR P0C6W3 , R1AB_BCHK4 , T; P0C6W4 , R1AB_BCHK5 , T; DR P0C6W5 , R1AB_BCHK9 , T; P0C6W6 , R1AB_BCRP3 , T; DR P0C6W7 , R1AB_CVBEN , T; P0C6W8 , R1AB_CVBLU , T; DR P0C6W9 , R1AB_CVBM , T; P0C6X0 , R1AB_CVBQ , T; DR P0C6X1 , R1AB_CVH22 , T; P0C6X2 , R1AB_CVHN1 , T; DR P0C6X3 , R1AB_CVHN2 , T; P0C6X4 , R1AB_CVHN5 , T; DR P0C6X5 , R1AB_CVHNL , T; P0C6X6 , R1AB_CVHOC , T; DR P0C6X8 , R1AB_CVM2 , T; P0C6X9 , R1AB_CVMA5 , T; DR P0C6Y0 , R1AB_CVMJH , T; P0C6Y5 , R1AB_CVPPU , T; DR Q98VG9 , R1AB_FIPV , T; P0C6Y1 , R1AB_IBVB , T; DR P0C6Y2 , R1AB_IBVBC , T; P0C6Y3 , R1AB_IBVM , T; DR K9N7C7 , R1AB_MERS1 , T; P0C6Y4 , R1AB_PEDV7 , T; DR P0C6X7 , R1AB_SARS , T; P0DTD1 , R1AB_SARS2 , T; DR P0C6F7 , R1A_BC133 , T; P0C6F5 , R1A_BC279 , T; DR P0C6F6 , R1A_BC512 , T; P0C6F8 , R1A_BCHK3 , T; DR P0C6T4 , R1A_BCHK4 , T; P0C6T5 , R1A_BCHK5 , T; DR P0C6T6 , R1A_BCHK9 , T; P0C6T7 , R1A_BCRP3 , T; DR P0C6T8 , R1A_CVBEN , T; P0C6T9 , R1A_CVBLU , T; DR P0C6U0 , R1A_CVBM , T; P0C6U1 , R1A_CVBQ , T; DR P0C6U2 , R1A_CVH22 , T; P0C6U3 , R1A_CVHN1 , T; DR P0C6U4 , R1A_CVHN2 , T; P0C6U5 , R1A_CVHN5 , T; DR P0C6U6 , R1A_CVHNL , T; P0C6U7 , R1A_CVHOC , T; DR P0C6U9 , R1A_CVM2 , T; P0C6V0 , R1A_CVMA5 , T; DR P0C6V1 , R1A_CVMJH , T; P0C6V2 , R1A_CVPPU , T; DR P0C6V3 , R1A_IBVB , T; P0C6V4 , R1A_IBVBC , T; DR P0C6V5 , R1A_IBVM , T; K9N638 , R1A_MERS1 , T; DR P0C6V6 , R1A_PEDV7 , T; P0C6U8 , R1A_SARS , T; DR P0DTC1 , R1A_SARS2 , T; 3D 3GZF; 3VC8; 3VCB; PR PRU01291; DO PDOC51946; //