ID COV_NSP7; MATRIX. AC PS51949; DT 07-APR-2021 CREATED; 07-APR-2021 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE. DE Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. MA /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=83; MA /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=78; MA /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.6425433; R2=0.0153458; TEXT='-LogE'; MA /NORMALIZATION: MODE=-1; FUNCTION=LINEAR; R1=5855.2900391; R2=8.2899733; TEXT='Heuristic 5.0%'; MA /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=610; H_SCORE=10912; N_SCORE=11.0; MODE=1; TEXT='!'; MA /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=317; H_SCORE=8483; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; MA /DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; MA /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; MA /M: SY='N'; M=2,17,-14,8,0,-20,0,-2,-20,-6,-30,-20,31,-14,0,-6,28,12,-18,-40,-20,0; MA /M: SY='K'; M=-13,-3,-30,-3,7,-27,-20,-7,-30,45,-27,-10,0,-13,10,41,-10,-10,-20,-20,-10,7; MA /M: SY='L'; M=-7,-23,-18,-27,-20,3,-27,-19,18,-22,29,21,-23,-24,-16,-17,-17,1,14,-23,-3,-19; MA /M: SY='T'; M=-2,-12,-14,-16,-12,-4,-20,-18,0,-18,11,0,-10,-18,-12,-14,4,19,2,-28,-8,-12; MA /M: SY='D'; M=-19,47,-30,66,23,-39,-11,0,-39,1,-29,-29,18,-9,2,-9,0,-10,-30,-39,-20,13; MA /M: SY='V'; M=13,-23,-15,-28,-22,-6,-21,-23,18,-18,9,10,-21,-21,-19,-21,-7,-3,24,-24,-10,-21; MA /M: SY='K'; M=-10,0,-30,0,10,-30,-20,-10,-30,50,-30,-10,0,-10,10,30,-10,-10,-20,-20,-10,10; MA /M: SY='C'; M=15,-16,66,-26,-22,-20,-18,-26,-22,-22,-16,-16,-16,-28,-22,-26,-2,-6,-6,-38,-26,-22; MA /M: SY='T'; M=4,-3,-10,-12,-11,-11,-18,-20,-7,-11,-10,-9,-2,-12,-11,-11,18,41,3,-30,-11,-11; MA /M: SY='N'; M=18,11,-14,-2,-5,-19,-2,-8,-15,-6,-20,-15,19,-14,-5,-10,14,8,-12,-31,-19,-5; MA /M: SY='V'; M=0,-30,-10,-30,-30,0,-30,-30,30,-20,10,10,-30,-30,-30,-20,-10,0,50,-30,-10,-30; MA /M: SY='V'; M=-3,-30,-14,-31,-29,1,-31,-29,31,-23,17,13,-29,-29,-27,-21,-14,-3,42,-27,-7,-29; MA /M: SY='L'; M=-7,-30,-18,-31,-24,6,-31,-24,26,-27,34,17,-29,-29,-23,-21,-23,-7,25,-23,-3,-24; MA /M: SY='L'; M=15,-20,-16,-26,-16,-4,-16,-16,8,-18,20,15,-20,-20,-12,-18,-12,-6,6,-20,-8,-14; MA /M: SY='N'; M=-6,17,-23,7,-1,-26,12,1,-25,-4,-28,-16,29,-17,7,-4,9,-5,-28,-31,-20,3; MA /M: SY='L'; M=-9,-27,10,-31,-24,1,-30,-22,13,-27,26,14,-26,-31,-22,-22,-22,-9,11,-27,-7,-23; MA /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20,10,-30,-20,20,-30,50,20,-30,-30,-20,-20,-30,-10,10,-20,0,-20; MA /M: SY='E'; M=-6,9,-23,14,23,-29,-14,-2,-24,2,-23,-15,5,-7,19,-2,11,4,-22,-31,-16,21; MA /M: SY='K'; M=-10,3,-28,2,8,-28,-17,9,-28,29,-28,-9,7,-12,14,19,-4,-9,-23,-24,-7,10; MA /M: SY='L'; M=3,-22,-16,-27,-19,-1,-22,-17,14,-19,22,20,-22,-23,-15,-17,-14,-3,14,-22,-6,-17; MA /M: SY='G'; M=-9,5,-27,0,-8,-24,22,17,-32,-7,-27,-14,18,-20,-5,-1,-1,-14,-29,-27,-14,-8; MA /M: SY='V'; M=2,-28,-13,-31,-28,-2,-29,-29,30,-21,10,10,-27,-27,-27,-22,-10,-2,43,-28,-9,-28; MA /M: SY='T'; M=8,-2,-17,-4,11,-17,-15,-13,-14,-6,-10,-11,-4,-9,-1,-10,9,14,-9,-28,-15,5; MA /M: SY='N'; M=10,12,-14,3,-2,-20,0,-5,-18,-6,-26,-18,24,-14,-2,-8,24,9,-15,-36,-20,-2; MA /M: SY='N'; M=-6,16,-21,8,3,-23,-8,-2,-23,16,-29,-16,26,-14,3,8,9,3,-21,-32,-16,3; MA /M: SY='H'; M=-1,0,-17,-1,-1,-19,-8,25,-22,-10,-25,-13,9,-13,2,-7,22,10,-16,-36,-6,-1; MA /M: SY='K'; M=-3,0,-25,1,16,-26,-18,-10,-23,25,-23,-12,-2,-9,7,12,-1,-3,-15,-25,-14,11; MA /M: SY='M'; M=-8,-17,-21,-18,-4,-5,-26,-14,11,-14,14,15,-18,-19,-8,-14,-14,-4,9,-25,-7,-6; MA /M: SY='W'; M=-13,-25,4,-27,-22,-6,-20,-13,-24,-20,-21,-18,-22,-29,-17,-19,-17,-16,-22,49,6,-18; MA /M: SY='K'; M=12,0,-22,-5,3,-27,-11,-9,-21,18,-21,-9,1,-11,9,7,0,-6,-15,-22,-14,6; MA /M: SY='Y'; M=-15,-10,-30,-10,-4,-1,-25,7,-14,16,-14,-4,-10,-20,5,11,-14,-10,-16,4,34,-2; MA /M: SY='C'; M=-10,-25,43,-34,-29,-8,-34,-29,9,-30,4,1,-21,-31,-25,-29,-16,-10,9,-34,-14,-29; MA /M: SY='V'; M=1,-23,-10,-24,-24,-4,-25,-26,19,-18,2,4,-22,-25,-24,-18,0,7,37,-31,-11,-24; MA /M: SY='Q'; M=-4,4,-26,5,16,-30,-10,-6,-25,10,-21,-12,1,-9,17,3,2,-1,-21,-25,-15,16; MA /M: SY='L'; M=-12,-27,-21,-28,-19,12,-28,-9,14,-27,39,20,-25,-28,-18,-18,-27,-11,6,-18,4,-18; MA /M: SY='H'; M=-20,0,-30,0,0,-20,-20,100,-30,-10,-20,0,10,-20,10,0,-10,-20,-30,-30,20,0; MA /M: SY='N'; M=-10,40,-20,20,0,-20,0,10,-20,0,-30,-20,60,-20,0,0,10,0,-30,-40,-20,0; MA /M: SY='D'; M=-4,15,-27,22,21,-31,-14,-6,-30,18,-25,-18,4,-8,7,5,-2,-9,-22,-28,-17,14; MA /M: SY='I'; M=-6,-20,-22,-29,-23,-3,-33,-27,29,-23,9,9,-14,-18,-18,-23,-6,10,22,-24,-4,-23; MA /M: SY='L'; M=-10,-14,-20,-18,-15,3,-23,-13,11,-23,32,11,-9,-28,-15,-15,-21,-8,1,-25,-5,-15; MA /M: SY='A'; M=10,-13,-20,-17,-7,-13,-17,-17,-7,3,3,0,-13,-17,-7,-4,-10,-7,-3,-20,-10,-7; MA /M: SY='A'; M=21,-9,20,-17,-13,-19,-10,-20,-17,-15,-16,-14,-7,-17,-13,-19,13,9,-4,-32,-21,-13; MA /M: SY='D'; M=-1,16,-23,19,11,-29,-10,-6,-26,8,-25,-18,10,-10,5,-1,7,0,-20,-31,-17,8; MA /M: SY='D'; M=-12,33,-23,40,9,-29,-11,-5,-29,-3,-25,-23,17,-11,-3,-9,9,8,-21,-37,-17,3; MA /M: SY='Y'; M=-6,-20,-24,-20,-15,4,-24,-10,0,-15,0,-3,-20,1,-15,-16,-11,-2,-3,-9,13,-17; MA /M: SY='E'; M=-6,11,-24,14,38,-25,-15,-2,-25,4,-22,-19,8,-5,12,-2,9,2,-24,-33,-19,25; MA /M: SY='E'; M=-9,4,-26,10,26,-23,-22,-9,-14,2,-13,-12,-4,-9,4,-5,-2,-4,-10,-30,-15,15; MA /M: SY='A'; M=39,-13,4,-22,-14,-18,-6,-22,-9,-13,-9,-9,-13,-15,-14,-21,6,-1,3,-24,-20,-14; MA /M: SY='E'; M=-12,-8,-26,-7,16,2,-23,-5,-11,-5,-2,0,-10,-14,6,-6,-10,-10,-15,-17,-2,12; MA /M: SY='E'; M=-8,9,-24,16,23,-25,-18,-8,-22,-1,-19,-18,0,1,3,-8,5,4,-17,-33,-18,13; MA /M: SY='K'; M=-5,2,-14,-4,-2,-20,-14,1,-18,9,-18,-6,8,-17,0,3,-1,-4,-15,-29,-11,-1; MA /M: SY='L'; M=-10,-29,-20,-30,-20,9,-29,-18,20,-28,47,24,-29,-29,-18,-19,-29,-10,10,-20,0,-19; MA /M: SY='V'; M=2,-26,-15,-28,-23,3,-26,-21,18,-21,20,10,-26,-27,-22,-19,-15,-4,24,-20,0,-23; MA /M: SY='Q'; M=12,-4,-22,-7,2,-29,-2,-9,-21,6,-21,-9,-2,-11,14,-1,5,-5,-17,-22,-16,8; MA /M: SY='L'; M=-10,-29,-20,-30,-20,9,-29,-18,20,-28,47,24,-29,-29,-18,-19,-29,-10,10,-20,0,-19; MA /M: SY='L'; M=-10,-29,-21,-31,-21,8,-30,-19,23,-28,45,23,-28,-28,-18,-20,-28,-10,12,-20,0,-20; MA /M: SY='A'; M=26,-17,-11,-23,-17,-12,-12,-23,6,-15,-4,-2,-15,-17,-16,-20,5,1,17,-25,-15,-17; MA /M: SY='Y'; M=-12,-15,-20,-20,-19,17,-25,8,-1,-16,-2,0,-10,-25,-18,-12,-9,-2,3,-11,19,-19; MA /M: SY='L'; M=-12,-30,-22,-34,-24,24,-32,-22,21,-30,35,15,-26,-28,-25,-22,-26,-10,11,-13,7,-24; MA /M: SY='L'; M=-13,-30,-23,-35,-25,25,-33,-23,23,-30,32,15,-25,-27,-25,-23,-25,-10,13,-12,8,-25; MA /M: SY='E'; M=5,0,-5,2,13,-25,-11,-11,-23,-6,-23,-19,-1,-2,0,-12,13,1,-17,-35,-22,6; MA /M: SY='Y'; M=-12,-9,-23,-14,-11,7,-21,1,-6,-1,-5,3,-3,-22,-10,-2,-12,-8,-5,-15,8,-10; MA /M: SY='H'; M=-14,-7,-27,-6,-5,-7,-22,7,-9,-14,2,-1,-6,-6,-4,-11,-14,-11,-14,-24,-3,-5; MA /M: SY='S'; M=8,-3,-20,-5,-6,-23,6,-14,-21,-11,-26,-18,3,6,-7,-14,16,6,-16,-31,-23,-7; MA /M: SY='T'; M=14,-1,-15,-5,-4,-20,-10,-17,-16,-6,-17,-14,-2,-2,-7,-12,14,17,-7,-28,-17,-6; MA /M: SY='V'; M=-11,-4,-11,-1,-2,-5,-25,-16,-4,-13,-6,-7,-10,-20,-14,-16,-8,-8,2,-27,-9,-8; MA /M: SY='D'; M=-13,24,-29,31,12,-37,-1,1,-32,0,-27,-18,14,-12,17,-4,1,-11,-30,-31,-18,15; MA /I: I=-13; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27; MA /M: SY='L'; M=-9,-30,-21,-32,-24,6,-32,-24,28,-29,38,19,-28,-28,-21,-22,-25,-9,20,-21,-1,-24; MA /M: SY='D'; M=-4,24,-22,30,9,-29,-1,-5,-29,-4,-26,-23,16,-11,-2,-10,11,1,-22,-36,-20,4; MA /I: I=-7; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15; MA /M: SY='E'; M=-7,12,-26,19,27,-28,-15,-4,-28,9,-22,-19,4,-7,8,5,4,-2,-22,-30,-17,17; MA /M: SY='Y'; M=-14,-26,-23,-26,-22,23,-30,-4,11,-20,19,8,-25,-30,-19,-16,-22,-9,6,3,36,-22; MA /M: SY='C'; M=-8,-24,20,-30,-25,6,-28,-23,4,-26,9,4,-21,-30,-24,-22,-13,-6,9,-27,-7,-24; MA /M: SY='D'; M=-16,37,-29,53,29,-36,-12,-1,-36,2,-27,-27,14,-7,5,-7,2,-8,-29,-37,-20,17; MA /M: SY='D'; M=-3,18,-18,21,10,-25,-6,-5,-24,-5,-27,-21,16,-11,0,-8,19,6,-17,-38,-19,5; MA /M: SY='Y'; M=-14,-25,-25,-28,-22,15,-31,-5,18,-20,23,17,-24,-27,-14,-17,-24,-10,6,-1,30,-21; MA /M: SY='L'; M=-7,-26,-19,-29,-18,20,-27,-20,12,-25,27,10,-25,-27,-23,-19,-21,-8,10,-15,3,-19; MA /M: SY='E'; M=-13,14,-29,19,27,-32,-17,1,-29,16,-24,-15,8,-9,20,11,-2,-9,-27,-28,-15,23; MA /M: SY='N'; M=-15,30,-25,24,4,-24,-8,22,-27,2,-27,-18,37,-18,3,6,2,-7,-29,-36,-12,2; MA /M: SY='K'; M=-7,5,-25,5,3,-25,-13,-8,-24,12,-27,-16,9,2,1,9,5,2,-20,-30,-17,1; MA /M: SY='T'; M=3,-10,-14,-15,-11,-6,-18,-19,-5,-14,-5,-7,-8,-6,-13,-14,9,21,1,-27,-11,-12; MA /M: SY='V'; M=-2,-26,-14,-30,-27,-1,-30,-27,28,-20,10,13,-25,-26,-24,-20,-9,3,39,-28,-8,-27; MA /M: SY='L'; M=-9,-30,-19,-30,-21,9,-30,-21,21,-29,47,19,-30,-30,-21,-20,-28,-9,13,-21,-1,-21; MA /M: SY='Q'; M=-10,0,-30,0,20,-40,-20,10,-20,10,-20,0,0,-10,60,10,0,-10,-30,-20,-10,40; MA /I: E1=0; IE=-105; DE=-105; NR /RELEASE=2024_02,571282; NR /TOTAL=59(59); /POSITIVE=59(59); /UNKNOWN=0(0); /FALSE_POS=0(0); NR /FALSE_NEG=0; /PARTIAL=0; CC /MATRIX_TYPE=protein_domain; CC /SCALING_DB=reversed; CC /AUTHOR=CJA_Sigrist; CC /TAXO-RANGE=????V; /MAX-REPEAT=1; CC /FT_KEY=DOMAIN; /FT_DESC=RdRp Nsp7 cofactor; CC /VERSION=1; DR P0C6W1 , R1AB_BC133 , T; P0C6V9 , R1AB_BC279 , T; DR P0C6W0 , R1AB_BC512 , T; P0C6W2 , R1AB_BCHK3 , T; DR P0C6W3 , R1AB_BCHK4 , T; P0C6W4 , R1AB_BCHK5 , T; DR P0C6W5 , R1AB_BCHK9 , T; P0C6W6 , R1AB_BCRP3 , T; DR P0C6W7 , R1AB_CVBEN , T; P0C6W8 , R1AB_CVBLU , T; DR P0C6W9 , R1AB_CVBM , T; P0C6X0 , R1AB_CVBQ , T; DR P0C6X1 , R1AB_CVH22 , T; P0C6X2 , R1AB_CVHN1 , T; DR P0C6X3 , R1AB_CVHN2 , T; P0C6X4 , R1AB_CVHN5 , T; DR P0C6X5 , R1AB_CVHNL , T; P0C6X6 , R1AB_CVHOC , T; DR P0C6X8 , R1AB_CVM2 , T; P0C6X9 , R1AB_CVMA5 , T; DR P0C6Y0 , R1AB_CVMJH , T; P0C6Y5 , R1AB_CVPPU , T; DR Q98VG9 , R1AB_FIPV , T; P0C6Y1 , R1AB_IBVB , T; DR P0C6Y2 , R1AB_IBVBC , T; P0C6Y3 , R1AB_IBVM , T; DR K9N7C7 , R1AB_MERS1 , T; P0C6Y4 , R1AB_PEDV7 , T; DR P0C6X7 , R1AB_SARS , T; P0DTD1 , R1AB_SARS2 , T; DR P0C6F7 , R1A_BC133 , T; P0C6F5 , R1A_BC279 , T; DR P0C6F6 , R1A_BC512 , T; P0C6F8 , R1A_BCHK3 , T; DR P0C6T4 , R1A_BCHK4 , T; P0C6T5 , R1A_BCHK5 , T; DR P0C6T6 , R1A_BCHK9 , T; P0C6T7 , R1A_BCRP3 , T; DR P0C6T8 , R1A_CVBEN , T; P0C6T9 , R1A_CVBLU , T; DR P0C6U0 , R1A_CVBM , T; P0C6U1 , R1A_CVBQ , T; DR P0C6U2 , R1A_CVH22 , T; P0C6U3 , R1A_CVHN1 , T; DR P0C6U4 , R1A_CVHN2 , T; P0C6U5 , R1A_CVHN5 , T; DR P0C6U6 , R1A_CVHNL , T; P0C6U7 , R1A_CVHOC , T; DR P0C6U9 , R1A_CVM2 , T; P0C6V0 , R1A_CVMA5 , T; DR P0C6V1 , R1A_CVMJH , T; P0C6V2 , R1A_CVPPU , T; DR P0C6V3 , R1A_IBVB , T; P0C6V4 , R1A_IBVBC , T; DR P0C6V5 , R1A_IBVM , T; K9N638 , R1A_MERS1 , T; DR P0C6V6 , R1A_PEDV7 , T; P0C6U8 , R1A_SARS , T; DR P0DTC1 , R1A_SARS2 , T; 3D 1YSY; 2AHM; 2KYS; 3UB0; 5F22; 6M71; 6NUR; 6WIQ; 6WQD; 6WTC; 6XIP; 6YHU; 3D 6YYT; 7BTF; 7BV1; 7BV2; 7BZF; 7C2K; 7CYQ; 7DCD; 7DVX; 7EIZ; 7L1F; 7LHQ; 3D 8EIR; 8GW1; 8GWB; 8GWE; 8GWF; 8GWG; 8GWI; 8GWN; 8GWO; 8GY6; PR PRU01294; DO PDOC51948; //