ID COV_VIROPORIN_3A_TM; MATRIX. AC PS51966; DT 02-JUN-2021 CREATED; 02-JUN-2021 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE. DE Coronavirus (CoV) 3a-like viroporin trans-membrane (TM) domain profile. MA /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=99; MA /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=94; MA /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.4294674; R2=0.0130216; TEXT='-LogE'; MA /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=505; N_SCORE=9.0; MODE=1; TEXT='!'; MA /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=313; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; MA /DEFAULT: M0=-9; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; MA /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; MA /M: SY='A'; M=13,10,-16,1,-2,-22,-7,-5,-16,-5,-18,-13,13,-13,0,-9,10,7,-13,-29,-16,-1; MA /M: SY='V'; M=-6,-18,-7,-21,-15,-2,-28,-18,9,-16,3,1,-18,-23,-17,-17,-7,4,15,-22,1,-17; MA /M: SY='I'; M=-6,-19,-23,-23,-16,-9,-28,-19,17,-9,0,6,-15,-20,-7,-12,-8,-4,16,-22,-3,-13; MA /M: SY='P'; M=-8,-12,-35,-3,2,-30,-17,-17,-22,-9,-30,-21,-13,70,-8,-18,-3,-6,-27,-32,-28,-7; MA /I: I=-8; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17; MA /M: SY='V'; M=4,-14,-12,-17,-14,-4,-8,-15,11,-13,5,4,-12,-13,-12,-14,-6,-4,12,-14,-6,-14; D=-8; MA /I: I=-8; DM=-17; MA /M: SY='R'; M=-10,-6,-20,-7,-7,-9,-19,-10,-2,-3,0,-1,-5,-15,-5,8,-7,1,-2,-19,-6,-8; D=-8; MA /I: I=-8; DM=-17; MA /M: SY='Q'; M=-6,4,-18,5,10,-22,-15,-3,-13,1,-13,-6,0,-8,17,-1,3,4,-12,-22,-10,13; D=-8; MA /I: I=-8; DM=-17; MA /M: SY='A'; M=12,-9,-1,-13,-6,-17,-11,-13,-10,-9,-8,-7,-9,-2,-2,-12,1,0,-7,-21,-14,-4; D=-8; MA /I: I=-8; DM=-17; MA /M: SY='T'; M=-1,0,-12,-7,-7,-4,-10,-10,-5,-10,-12,-8,7,-12,-7,-9,13,14,-4,-24,-8,-7; D=-8; MA /I: I=-8; DM=-17; MA /M: SY='Y'; M=-8,-7,-18,-10,-10,0,-17,0,-1,-11,0,-1,-4,-8,-10,-10,-8,-2,-4,-15,4,-11; D=-8; MA /I: I=-8; DM=-17; MA /M: SY='I'; M=-5,-16,-23,-13,-13,-6,-23,-15,5,-15,2,-1,-18,-2,-15,-17,-12,-6,5,-19,-2,-16; D=-8; MA /I: I=-8; DM=-17; MA /M: SY='T'; M=-1,-7,-17,-14,-11,3,-16,-15,-8,-14,-7,-8,-3,-3,-14,-13,4,12,-7,-21,-7,-12; D=-8; MA /I: I=-8; DM=-17; MA /M: SY='G'; M=4,-1,-26,-3,-3,-28,37,-13,-32,-11,-25,-19,5,-15,-10,-14,2,-13,-26,-24,-26,-6; MA /M: SY='Y'; M=-20,-28,-30,-32,-26,47,-28,-5,-4,-20,0,-4,-24,-30,-24,-16,-24,-14,-10,44,51,-24; MA /M: SY='L'; M=-3,-18,-16,-18,-10,-4,-23,-19,8,-18,14,4,-18,-22,-14,-15,-6,2,12,-28,-9,-12; MA /M: SY='I'; M=13,-23,-18,-30,-21,0,-22,-24,16,-22,13,7,-19,-20,-19,-23,-10,-5,15,-19,-6,-21; MA /M: SY='A'; M=20,-17,-13,-24,-17,-9,-15,-21,6,-15,4,4,-16,-17,-15,-18,-1,4,13,-23,-12,-16; MA /I: I=-12; MI=0; MD=-25; IM=0; DM=-25; MA /M: SY='A'; M=22,-11,-10,-15,-11,-15,-8,-19,-3,-13,-12,-9,-8,-15,-11,-16,16,7,9,-30,-17,-11; MA /M: SY='L'; M=-9,-27,19,-31,-24,4,-30,-24,7,-29,24,7,-27,-33,-25,-23,-22,-9,9,-28,-8,-24; MA /M: SY='F'; M=-17,-29,-21,-35,-26,56,-30,-16,5,-28,20,5,-23,-30,-32,-19,-23,-10,2,4,27,-26; MA /M: SY='V'; M=11,-23,-14,-27,-22,-2,-22,-22,17,-18,8,5,-23,-23,-21,-20,-8,-3,25,-20,-4,-22; MA /M: SY='T'; M=-3,-17,-19,-17,-14,-5,-21,-16,1,-15,-4,-4,-15,-3,-15,-15,0,8,6,-23,-3,-16; MA /M: SY='F'; M=-15,-29,-20,-33,-26,46,-30,-15,8,-26,19,6,-24,-30,-29,-19,-22,-9,6,1,25,-26; MA /M: SY='L'; M=-11,-21,-21,-24,-13,16,-25,-13,3,-21,18,7,-18,-24,-9,-13,-15,-7,-2,-14,4,-10; MA /M: SY='A'; M=19,-16,-13,-22,-15,3,-11,-19,-3,-16,-3,-5,-12,-17,-17,-18,5,1,4,-19,-8,-15; MA /M: SY='L'; M=2,-25,-6,-28,-20,1,-24,-22,11,-25,29,10,-25,-27,-20,-21,-19,-7,11,-23,-7,-20; MA /I: I=-15; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32; MA /M: SY='F'; M=-13,-22,-21,-26,-21,37,-25,-8,0,-21,7,0,-17,-26,-21,-15,-12,-3,-2,2,30,-21; MA /M: SY='K'; M=-14,-2,-30,-3,2,-20,-19,-3,-25,29,-24,-11,3,-7,5,29,-9,-9,-21,-18,-3,2; MA /M: SY='A'; M=6,-16,-22,-17,-10,-12,-17,-14,-1,-13,-6,-4,-13,1,-6,-16,0,-2,-2,-22,-8,-10; MA /M: SY='T'; M=-6,-7,-21,-9,-7,-13,-20,-13,-1,-11,-2,-2,-5,-16,-2,-7,2,7,-2,-28,-9,-6; MA /M: SY='S'; M=5,5,-14,-3,-4,-17,-8,-10,-17,-4,-20,-15,12,-13,-3,-1,20,20,-10,-32,-16,-4; MA /M: SY='C'; M=-8,-23,18,-28,-23,10,-27,-12,-3,-25,8,0,-21,-31,-24,-21,-16,-9,2,-22,1,-23; MA /M: SY='R'; M=-14,-2,-29,-3,5,-25,-19,3,-29,36,-26,-10,4,-15,9,41,-9,-10,-21,-22,-8,5; MA /M: SY='R'; M=-3,-6,-25,-8,-4,-24,4,-11,-26,9,-21,-11,-1,-15,3,14,0,-1,-18,-22,-16,-2; MA /M: SY='R'; M=-10,0,1,-5,-5,-21,-14,-7,-25,2,-25,-17,10,-10,-3,14,3,-3,-20,-34,-19,-6; MA /M: SY='W'; M=-7,-30,-27,-31,-26,7,-26,-20,8,-19,1,0,-29,-28,-21,-19,-21,-12,9,34,18,-23; MA /M: SY='M'; M=0,-17,-13,-22,-15,-15,-9,-18,1,-18,1,2,-13,-20,-5,-18,-9,-10,-2,-22,-12,-11; MA /M: SY='L'; M=-9,-18,-14,-21,-13,-7,-25,-17,4,-7,9,8,-15,-22,-9,-4,-14,-7,2,-24,-7,-12; MA /M: SY='L'; M=8,-18,-16,-26,-17,5,-19,-19,6,-19,12,8,-16,-19,-16,-18,-7,3,6,-18,-4,-16; MA /M: SY='L'; M=-4,-26,-19,-30,-22,3,-26,-17,22,-22,29,27,-25,-25,-16,-18,-21,-8,17,-21,-3,-19; MA /M: SY='F'; M=-4,-24,-18,-29,-22,29,-24,-14,5,-22,10,3,-20,-26,-25,-18,-12,-5,8,-7,14,-22; MA /I: I=-8; MD=-17; MA /M: SY='K'; M=-10,-1,-22,-1,5,-20,-15,5,-22,28,-20,-6,1,-10,7,24,-7,-8,-16,-16,-4,5; D=-8; MA /I: I=-8; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17; MA /M: SY='L'; M=-12,-30,-24,-35,-25,18,-34,-24,27,-30,33,17,-25,-26,-23,-24,-25,-10,15,-15,5,-25; MA /M: SY='L'; M=-8,-26,-21,-27,-20,13,-28,-10,13,-23,30,12,-26,-29,-17,-17,-23,-9,6,-7,19,-20; MA /M: SY='F'; M=-2,-19,-15,-24,-19,22,-20,-19,2,-20,-3,-4,-11,-21,-22,-17,3,4,7,-17,2,-19; MA /M: SY='L'; M=-7,-27,-3,-30,-24,3,-28,-20,17,-24,27,20,-27,-29,-20,-19,-21,-7,18,-26,-6,-22; MA /M: SY='F'; M=-8,-18,-16,-25,-19,16,-26,-19,6,-20,14,7,-16,-22,-20,-16,-7,12,8,-18,2,-19; MA /M: SY='L'; M=-6,-27,-19,-29,-22,3,-29,-23,23,-26,28,14,-24,-26,-20,-21,-17,-5,20,-24,-4,-22; MA /M: SY='Y'; M=-17,-20,-29,-20,-16,19,-30,11,3,-11,5,3,-19,-27,-5,-10,-19,-10,-7,16,57,-14; MA /M: SY='N'; M=1,0,-7,-7,-13,-17,3,-13,-11,-13,-18,-12,9,-21,-13,-13,8,0,-4,-34,-20,-13; MA /M: SY='P'; M=-13,-18,-16,-17,-10,-6,-23,3,-15,-15,-15,-5,-14,25,-12,-16,-13,-12,-19,-24,-8,-14; MA /M: SY='L'; M=-10,-27,-22,-32,-22,5,-30,-17,27,-24,34,31,-25,-25,-14,-20,-25,-10,15,-20,0,-20; MA /M: SY='L'; M=-9,-30,-19,-30,-21,9,-30,-21,21,-29,46,19,-30,-30,-21,-20,-28,-9,14,-21,-1,-21; MA /I: I=-9; MD=-18; MA /M: SY='A'; M=7,-11,-9,-13,-9,-4,-10,-11,5,-11,7,2,-9,-10,-8,-11,-2,-1,4,-13,-5,-9; D=-9; MA /I: I=-9; MD=-18; MA /M: SY='I'; M=-5,-17,-3,-20,-16,0,-18,-16,10,-15,5,3,-15,-16,-13,-14,-12,-7,8,3,0,-15; D=-9; MA /I: I=-9; MD=-18; MA /M: SY='V'; M=5,-13,-9,-17,-12,6,-12,-13,7,-12,7,3,-11,-12,-12,-12,-6,-3,8,-9,-1,-12; D=-9; MA /I: I=-9; MD=-18; MA /M: SY='L'; M=6,-13,-10,-16,-10,-1,-12,-12,9,-13,14,6,-12,-12,-9,-12,-8,-4,6,-11,-4,-10; D=-9; MA /I: I=-9; MI=0; MD=-18; IM=0; DM=-18; MA /M: SY='G'; M=-5,-4,-9,-7,-5,-1,2,-8,-7,-9,-7,-5,0,-12,-9,-9,-3,-6,-6,-12,-6,-7; D=-9; MA /I: I=-9; DM=-18; MA /M: SY='D'; M=-5,4,-13,7,-2,-11,0,-4,-9,-6,-6,-1,0,-9,-3,-7,0,-3,-7,-17,-8,-2; D=-9; MA /I: I=-9; DM=-18; MA /M: SY='T'; M=3,-2,-9,-3,6,-9,-10,-8,-6,-3,-6,-6,-4,-5,-2,-6,4,7,-1,-16,-8,2; D=-9; MA /I: I=-9; DM=-18; MA /M: SY='Q'; M=5,2,-12,-2,2,-15,-5,7,-10,-1,-10,-4,5,-7,10,-2,2,-4,-11,-14,-6,6; D=-9; MA /I: I=-9; DM=-18; MA /M: SY='Y'; M=-13,-16,-27,-19,-11,2,-27,5,2,-12,-3,2,-12,-14,0,-11,-11,-7,-5,-8,18,-8; MA /M: SY='F'; M=-6,-24,-26,-27,-19,26,-22,-14,-5,-19,-1,-5,-20,-7,-22,-18,-15,-10,-8,10,18,-20; MA /M: SY='V'; M=-7,-22,1,-25,-22,7,-27,-16,6,-20,7,2,-21,-28,-21,-18,-10,0,13,-18,7,-22; MA /M: SY='G'; M=-2,-9,-26,-9,-13,-18,30,-8,-27,-14,-24,-15,-2,-19,-8,-14,5,-9,-22,-15,-6,-11; MA /M: SY='L'; M=8,-19,-19,-24,-17,0,-19,-12,9,-17,10,7,-17,-20,-12,-18,-8,-4,5,-13,6,-16; MA /M: SY='Y'; M=-17,-23,-3,-25,-23,24,-30,1,-1,-19,6,0,-22,-32,-18,-16,-20,-10,-6,6,43,-23; MA /M: SY='L'; M=7,-24,-20,-30,-20,-1,-24,-23,19,-24,25,11,-22,-22,-17,-23,-16,-7,12,-20,-6,-20; MA /M: SY='D'; M=-14,4,-26,10,-2,-14,-22,-6,-5,-12,5,1,-6,-19,-2,-12,-13,-10,-9,-24,-2,-3; MA /M: SY='A'; M=18,-16,-3,-22,-18,-16,0,-23,-5,-18,-9,-7,-12,-19,-17,-22,2,-4,4,-26,-19,-18; MA /M: SY='Y'; M=-14,-21,-24,-27,-22,26,-29,-5,9,-18,6,8,-17,-24,-17,-16,-14,-1,3,3,34,-21; MA /M: SY='I'; M=-8,-29,-8,-34,-27,10,-33,-26,24,-27,21,12,-25,-28,-26,-23,-19,-7,24,-22,-2,-27; MA /M: SY='V'; M=-5,-25,-18,-29,-25,0,-31,-26,27,-23,17,11,-22,-24,-22,-21,-11,4,28,-25,-5,-25; MA /M: SY='T'; M=-2,-14,-9,-20,-14,-8,-25,-18,4,-14,-3,0,-12,-18,-5,-14,-1,9,7,-24,-8,-10; MA /M: SY='C'; M=-2,-18,15,-24,-20,0,-23,-22,-2,-22,1,-4,-14,-24,-20,-20,-2,6,4,-29,-10,-20; MA /M: SY='I'; M=4,-22,-17,-29,-22,-4,-26,-24,22,-20,12,12,-19,-21,-18,-21,-8,2,22,-24,-7,-21; MA /M: SY='L'; M=-3,-18,-19,-23,-17,0,-23,-18,15,-23,24,10,-14,-24,-16,-18,-15,-5,8,-24,-6,-17; MA /M: SY='L'; M=-1,-21,-20,-25,-19,6,-14,-20,6,-23,13,4,-16,-22,-19,-20,-9,-3,4,-19,-4,-19; MA /M: SY='W'; M=-10,-26,3,-29,-25,0,-11,-25,-14,-24,-6,-10,-23,-30,-23,-22,-18,-14,-10,19,-3,-22; MA /I: I=-15; MD=-32; MA /M: SY='R'; M=-13,-6,-19,-6,0,-13,-13,0,-19,19,-13,-6,0,-13,6,44,-6,-6,-13,-13,-6,0; D=-15; MA /I: I=-15; MI=-32; IM=-32; DM=-32; MA /M: SY='F'; M=-14,-24,-19,-33,-25,45,-29,-21,6,-26,13,3,-18,-25,-30,-19,-14,1,5,-5,15,-25; MA /M: SY='I'; M=1,-26,-11,-33,-25,3,-28,-26,23,-25,15,9,-21,-23,-22,-25,-14,-7,19,-21,-5,-25; MA /M: SY='H'; M=-16,3,-27,7,1,-6,-20,15,-13,-8,-5,2,-4,-18,-2,-9,-12,-11,-15,-17,11,-2; MA /M: SY='R'; M=-13,-17,-23,-17,-9,-10,-24,-10,-9,6,1,0,-11,-23,-4,31,-12,-4,-2,-22,-8,-9; MA /M: SY='C'; M=6,-16,10,-23,-20,-12,-16,-24,-1,-20,-4,-5,-14,-22,-19,-21,0,4,7,-30,-16,-20; MA /M: SY='W'; M=-19,-24,-35,-26,-19,12,-26,-6,-8,-5,-8,-6,-20,-26,-10,6,-23,-15,-13,41,31,-16; MA /M: SY='F'; M=-16,-26,-23,-29,-22,35,-29,-3,6,-25,21,8,-22,-29,-23,-17,-23,-11,0,-1,27,-22; MA /M: SY='C'; M=-1,-16,38,-21,-19,-15,-16,-23,-24,-20,-23,-19,-13,-26,-17,-21,3,-3,-13,-10,-16,-17; MA /M: SY='W'; M=-16,-30,-21,-33,-26,11,-27,-16,-2,-21,0,-4,-29,-30,-19,-20,-28,-18,-10,55,28,-22; MA /M: SY='R'; M=-3,-16,-21,-18,-10,-11,-22,-15,-2,6,2,6,-15,-20,-7,7,-13,-7,3,-22,-8,-9; MA /M: SY='Y'; M=-12,-13,3,-19,-20,3,-26,-8,2,-18,3,-1,-9,-29,-17,-16,-14,-7,0,-17,11,-20; MA /M: SY='R'; M=-10,1,-26,-1,1,-24,-6,-5,-28,22,-27,-14,10,-16,4,29,0,-6,-21,-25,-15,1; MA /M: SY='S'; M=1,4,-15,0,-1,-19,-6,-7,-20,-2,-26,-17,14,-13,0,5,25,16,-13,-35,-17,-1; MA /M: SY='F'; M=-9,-21,-24,-26,-18,18,-24,-12,-1,-7,2,5,-19,-24,-16,-8,-17,-10,0,6,17,-16; MA /M: SY='E'; M=-4,3,-23,1,6,-17,-16,-7,-11,-2,-8,-8,5,-15,-1,-2,-3,-5,-12,-28,-14,1; MA /M: SY='P'; M=-14,-24,-31,-23,-13,19,-24,-20,-11,-19,-12,-11,-20,37,-23,-20,-14,-10,-17,-12,-3,-19; MA /M: SY='L'; M=-11,-30,-21,-35,-26,21,-33,-24,25,-29,29,15,-25,-27,-25,-23,-23,-9,18,-15,5,-26; MA /M: SY='L'; M=-9,-29,-20,-33,-25,11,-31,-22,26,-26,30,21,-26,-27,-21,-21,-22,-8,21,-19,1,-24; MA /M: SY='Y'; M=-17,-1,-26,2,-9,17,-22,3,-13,-12,-9,-10,-6,-23,-13,-12,-8,-7,-13,0,32,-12; MA /I: E1=0; IE=-105; DE=-105; NR /RELEASE=2024_02,571282; NR /TOTAL=18(18); /POSITIVE=18(18); /UNKNOWN=0(0); /FALSE_POS=0(0); NR /FALSE_NEG=0; /PARTIAL=0; CC /MATRIX_TYPE=protein_domain; CC /SCALING_DB=reversed; CC /AUTHOR=CJA_Sigrist; CC /TAXO-RANGE=????V; /MAX-REPEAT=1; CC /FT_KEY=DOMAIN; /FT_DESC=CoV 3a-like viroporin TM; CC /VERSION=1; DR Q0Q474 , AP3A_BC279 , T; Q3LZX0 , AP3A_BCHK3 , T; DR Q3I5J4 , AP3A_BCRP3 , T; P59632 , AP3A_SARS , T; DR P0DTC3 , AP3A_SARS2 , T; Q7T6T1 , NS3B_CVCBG , T; DR P22656 , NS3B_CVPFS , T; P09047 , NS3B_CVPPU , T; DR P24414 , NS3B_CVPRM , T; Q0Q4E9 , NS3D_BC133 , T; DR A3EX98 , NS3D_BCHK4 , T; A3EXD4 , NS3D_BCHK5 , T; DR Q0Q465 , NS3_BC512 , T; A3EXG7 , NS3_BCHK9 , T; DR Q6Q1S1 , NS3_CVHNL , T; Q91AV0 , NS3_PEDV7 , T; DR P19739 , NS4A_CVH22 , T; K9N7D2 , ORF5_MERS1 , T; 3D 6XDC; 7KJR; 8EQJ; 8EQS; 8EQT; 8EQU; PR PRU01311; DO PDOC51966; //