ID CRESS_DNA_REP; MATRIX. AC PS52020; DT 28-JUN-2023 CREATED; 28-JUN-2023 DATA UPDATE; 27-MAR-2024 INFO UPDATE. DE CRESS-DNA virus replication initiator protein (Rep) endonuclease domain profile. MA /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=101; MA /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=96; MA /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.4021773; R2=0.0249368; TEXT='-LogE'; MA /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=385; N_SCORE=12.0; MODE=1; TEXT='!'; MA /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=165; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; MA /DEFAULT: M0=-8; D=-50; I=-50; B1=-500; E1=-500; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; MA /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; MA /M: SY='R'; M=-8,-5,-21,-7,-3,-17,-14,-4,-16,4,-14,-3,-1,-12,2,13,-2,-3,-13,-26,-12,-2; MA /M: SY='M'; M=-5,-14,-20,-18,-12,-2,-19,-13,-1,-11,-1,3,-11,-15,-9,-10,-7,-4,-2,-18,-4,-11; MA /M: SY='R'; M=-8,0,-24,-3,3,-24,-13,0,-21,10,-20,-8,5,-11,12,16,-1,-5,-20,-25,-12,6; MA /M: SY='A'; M=12,-7,-13,-12,-10,-16,-2,-10,-13,-10,-15,-9,-2,-15,-8,-12,9,2,-6,-25,-12,-9; MA /M: SY='R'; M=-11,-4,-26,-6,3,-23,-19,-5,-24,26,-22,-9,0,-14,9,34,-5,-5,-17,-22,-10,4; MA /M: SY='N'; M=-8,3,-19,-3,-4,-13,-10,3,-19,2,-19,-11,12,-19,-1,9,0,-3,-18,-22,-4,-4; MA /M: SY='W'; M=-14,-30,-31,-33,-26,20,-24,-20,-1,-21,0,-4,-27,-28,-22,-19,-25,-15,-5,52,23,-22; MA /M: SY='C'; M=-8,-23,21,-30,-24,11,-27,-22,-2,-24,3,-1,-20,-29,-24,-21,-13,-7,5,-23,-4,-23; MA /M: SY='F'; M=-13,-29,-19,-34,-25,37,-29,-20,11,-28,25,9,-24,-29,-28,-20,-23,-10,7,-5,13,-25; MA /M: SY='T'; M=0,0,-10,-10,-10,-10,-20,-20,-10,-10,-10,-10,0,-10,-10,-10,19,48,0,-30,-10,-10; MA /M: SY='Y'; M=-12,-22,-25,-24,-19,13,-28,-6,9,-18,10,5,-20,-26,-14,-15,-18,-9,2,5,27,-19; MA /M: SY='N'; M=-7,8,-24,1,-3,-13,-9,-2,-18,-6,-24,-16,18,6,-6,-8,4,-2,-23,-28,-14,-5; MA /M: SY='N'; M=-11,14,-24,7,4,-20,-11,7,-21,5,-22,-12,22,-16,11,8,1,-5,-24,-27,-11,6; MA /M: SY='C'; M=-8,-14,5,-15,-12,-9,-22,-11,-14,-14,-15,-11,-14,-5,-13,-16,-7,-5,-11,-19,-1,-14; MA /M: SY='D'; M=-4,5,-22,6,2,-21,-9,-8,-20,-7,-19,-14,3,-2,-3,-9,6,6,-16,-30,-16,-1; MA /M: SY='E'; M=-7,-2,-25,0,5,-14,-15,-8,-11,-8,-7,-7,-5,-11,-3,-10,-6,-7,-11,-23,-9,0; MA /I: I=-4; MD=-9; MA /M: SY='D'; M=-5,7,-20,9,9,-20,-9,-6,-19,-1,-17,-13,4,-5,1,-5,3,-1,-16,-25,-14,4; D=-4; MA /I: I=-4; MD=-9; MA /M: SY='E'; M=-7,1,-20,5,6,-16,-10,-6,-15,2,-13,-10,-2,0,0,-2,-3,-5,-13,-16,-9,3; D=-4; MA /I: I=-4; MI=0; MD=-9; IM=0; DM=-9; MA /M: M=-5,-6,-14,-7,-5,-4,-9,-2,-4,-7,-1,-1,-5,-11,-5,-6,-6,-5,-4,-11,-1,-6; D=-4; MA /I: I=-4; DM=-9; MA /M: SY='E'; M=-4,2,-17,4,6,-14,-12,-4,-12,-2,-10,-8,0,-6,2,-5,0,-2,-12,-19,-8,4; D=-4; MA /I: I=-4; DM=-9; MA /M: SY='E'; M=-3,0,-17,0,3,-11,-12,-1,-13,-2,-10,-7,-2,-9,0,-4,-3,-5,-12,-14,-5,1; D=-4; MA /I: I=-4; DM=-9; MA /M: SY='L'; M=-6,-18,-17,-21,-15,4,-21,-13,10,-17,14,7,-16,-18,-14,-13,-14,-6,6,-12,1,-15; D=-4; MA /I: I=-4; DM=-9; MA /M: M=-7,-14,-22,-15,-8,-4,-19,-11,-1,-8,0,0,-12,-15,-7,-7,-10,-7,-2,-9,-1,-9; D=-4; MA /I: I=-4; DM=-9; MA /M: SY='E'; M=-7,6,-24,7,8,-21,-14,-5,-19,1,-17,-13,4,-9,2,-1,0,-2,-16,-26,-13,4; MA /M: M=-8,-13,-24,-15,-7,-5,-19,-10,-5,-8,-1,-1,-11,-15,-7,-4,-10,-6,-6,-16,-4,-8; MA /M: SY='L'; M=-8,-19,-17,-22,-16,5,-25,-15,7,-19,13,6,-17,-21,-16,-16,-14,-5,5,-18,-1,-16; MA /M: M=-5,-6,-21,-7,-3,-10,-15,-8,-11,-8,-7,-6,-5,-14,-5,-8,-4,-3,-10,-19,-7,-5; MA /M: SY='E'; M=-4,0,-23,0,6,-22,-10,-6,-21,0,-19,-13,1,-4,2,-2,2,-2,-18,-26,-15,3; MA /M: M=-7,-7,-22,-7,-4,-9,-16,-8,-11,-6,-7,-6,-6,-16,-6,-5,-6,-5,-10,-17,-4,-5; MA /I: I=-9; MI=0; MD=-18; IM=0; DM=-18; MA /M: SY='B'; M=-7,2,-24,2,1,-20,-9,-4,-18,-2,-17,-11,2,-11,-1,-4,-1,-4,-16,-23,-11,-1; MA /M: SY='V'; M=-3,-20,-6,-23,-17,-8,-21,-20,2,-18,-2,-1,-18,-8,-17,-19,-10,-6,3,-24,-11,-18; MA /M: SY='K'; M=-4,-3,-20,-4,0,-19,-15,-9,-15,6,-15,-8,-2,-14,1,4,-1,-1,-10,-25,-11,0; MA /M: SY='Y'; M=-16,-16,-25,-18,-14,18,-25,6,-6,-8,-5,-3,-15,-26,-10,-7,-16,-10,-10,15,43,-14; MA /M: SY='I'; M=-3,-22,-13,-27,-21,2,-22,-16,8,-20,8,5,-19,-24,-17,-19,-14,-7,7,-10,3,-20; MA /M: SY='V'; M=-5,-23,-12,-27,-21,-5,-27,-22,15,-16,6,6,-18,-23,-17,-12,-12,-5,16,-23,-6,-21; MA /M: SY='V'; M=-7,-25,-18,-29,-25,10,-22,-18,12,-21,5,5,-21,-26,-22,-20,-15,-8,13,-4,10,-24; MA /M: SY='G'; M=6,-8,-12,-11,-8,-27,18,-13,-25,-11,-22,-12,-3,-17,0,-13,4,-8,-18,-25,-22,-4; MA /M: SY='R'; M=-11,-6,-26,-5,4,-18,-20,0,-18,10,-13,-5,-3,-15,6,16,-8,-9,-15,-20,-6,3; MA /M: SY='E'; M=-10,9,-30,19,58,-30,-20,1,-30,10,-20,-19,0,-1,21,1,0,-10,-30,-29,-19,39; MA /I: I=-8; MD=-17; MA /M: SY='V'; M=-7,-10,-21,-13,-7,-11,-22,-9,-1,-3,-4,-1,-7,-18,-5,-1,-5,0,1,-23,-6,-7; D=-8; MA /I: I=-8; MD=-17; MA /M: SY='H'; M=-2,-7,-7,-9,-10,-22,9,20,-28,-15,-21,-11,0,-20,-8,-13,-3,-14,-22,-27,-9,-11; D=-8; MA /I: I=-8; MI=0; MD=-17; IM=0; DM=-17; MA /M: SY='E'; M=-2,4,-23,4,15,-25,-13,-6,-21,6,-18,-12,2,-9,11,1,4,1,-18,-27,-15,13; MA /M: SY='D'; M=-6,16,-19,17,5,-24,-10,-8,-23,-4,-21,-17,10,-11,-1,-8,10,12,-16,-34,-16,1; MA /M: SY='G'; M=-2,-5,-29,-5,-12,-29,49,-15,-36,-14,-28,-18,2,-17,-13,-15,0,-16,-28,-21,-26,-13; MA /M: SY='T'; M=-5,-3,-20,-7,-6,-15,-5,-9,-19,-3,-17,-11,1,-15,-5,2,7,14,-12,-24,-9,-6; MA /M: SY='P'; M=-10,-13,-30,-9,-1,-15,-22,-10,-11,-6,-12,-8,-12,19,-6,-7,-10,-7,-14,-23,-11,-6; MA /M: SY='H'; M=-20,0,-29,0,0,-20,-20,97,-30,-10,-20,0,10,-20,10,0,-10,-20,-29,-30,19,0; MA /M: SY='L'; M=-12,-27,-22,-30,-22,14,-29,-16,12,-23,23,9,-24,-27,-19,-17,-23,-9,5,0,12,-21; MA /M: SY='H'; M=-14,0,-30,0,11,-32,-19,46,-24,2,-20,0,4,-13,38,5,-4,-14,-30,-24,2,23; MA /M: SY='G'; M=7,-16,-12,-20,-21,-18,21,-22,-14,-20,-13,-8,-11,-21,-20,-21,-3,-11,-5,-22,-20,-21; MA /M: SY='Y'; M=-13,-23,-21,-27,-22,30,-28,-3,5,-18,8,4,-20,-28,-19,-14,-18,-9,1,7,37,-22; MA /M: SY='I'; M=-3,-27,-12,-32,-26,6,-29,-25,23,-24,17,11,-24,-26,-23,-22,-16,-6,23,-21,-3,-25; MA /M: SY='Q'; M=-8,0,-19,0,11,-21,-18,2,-18,1,-16,-8,-1,-14,12,0,-2,-7,-17,-23,-6,10; MA /M: SY='F'; M=-13,-25,-13,-31,-24,37,-27,-18,2,-25,13,2,-20,-28,-27,-18,-17,-5,1,-1,15,-23; MA /M: SY='K'; M=-4,2,-25,2,4,-23,-8,-6,-21,6,-21,-13,3,-9,1,3,1,-3,-17,-26,-14,2; MA /M: SY='R'; M=-7,4,-22,1,3,-22,-10,-6,-22,11,-22,-12,9,-14,3,12,3,1,-17,-27,-14,2; MA /M: SY='R'; M=-5,-6,-27,-6,2,-25,-15,-8,-21,14,-21,-10,-4,2,7,15,-4,-6,-18,-23,-15,3; MA /M: SY='M'; M=-9,-15,-20,-18,-11,-5,-24,-12,-1,0,-3,2,-12,-20,-5,2,-11,-6,1,-18,-1,-9; MA /M: SY='R'; M=-11,-1,-23,-3,0,-16,-15,-2,-22,8,-19,-12,3,-15,3,22,1,1,-16,-23,-7,-1; MA /M: SY='F'; M=-9,-21,-18,-26,-19,15,-24,-16,5,-20,10,6,-16,-22,-19,-14,-12,-2,3,-12,3,-19; MA /M: SY='R'; M=-1,-2,-20,-5,-2,-19,-9,-8,-20,4,-19,-12,3,-12,0,9,7,6,-13,-27,-13,-2; MA /M: SY='N'; M=-2,4,-22,0,-2,-18,-6,-6,-19,-3,-19,-13,6,-15,-1,-4,3,-1,-17,-18,-10,-2; MA /M: SY='V'; M=-1,-19,-17,-21,-15,-6,-21,-18,7,-16,4,4,-17,-13,-14,-16,-9,-4,8,-21,-9,-15; MA /M: SY='R'; M=-11,-2,-25,-3,3,-23,-18,-4,-24,23,-21,-9,1,-15,7,26,-6,-7,-17,-23,-10,3; MA /M: SY='K'; M=-7,-7,-23,-9,-2,-8,-17,-6,-16,6,-12,-6,-5,-16,-3,6,-7,-7,-11,-17,-3,-3; MA /M: SY='F'; M=-10,-20,-22,-25,-18,21,-25,-15,4,-18,9,4,-16,-23,-19,-14,-15,-7,2,-8,8,-18; MA /I: I=-3; MD=-6; MA /M: SY='D'; M=-14,0,-21,3,-7,1,-21,-10,-6,-16,2,-5,-5,-20,-14,-15,-12,-8,-7,-20,-2,-11; D=-3; MA /I: I=-3; MD=-6; MA /M: SY='F'; M=-5,-10,-11,-11,-11,4,-10,-9,2,-10,2,1,-8,-13,-11,-9,-8,-5,2,-9,1,-11; D=-3; MA /I: I=-3; MD=-6; MA /M: SY='D'; M=-4,1,-10,2,1,-9,-5,-5,-8,-2,-7,-6,1,-7,-2,-3,-1,-3,-7,-14,-7,-1; D=-3; MA /I: I=-3; MI=0; MD=-6; IM=0; DM=-6; MA /M: SY='P'; M=-10,-7,-26,-7,-5,-9,-14,-4,-15,-6,-16,-10,-5,3,-7,-7,-7,-7,-16,-17,-3,-8; MA /M: SY='H'; M=-12,-2,-27,-3,-1,-21,-8,29,-27,1,-21,-8,5,-16,3,10,-3,-9,-22,-26,-3,-2; MA /M: SY='P'; M=11,-16,-13,-17,-10,-20,-10,-20,-11,-14,-15,-11,-15,19,-13,-20,-2,-5,-9,-26,-21,-14; MA /M: SY='H'; M=-16,11,-26,5,-1,-18,-13,59,-25,-6,-22,-7,23,-20,5,0,-3,-12,-28,-29,6,-1; MA /M: SY='I'; M=-10,-29,-22,-34,-26,9,-31,-24,24,-25,15,10,-24,-25,-22,-23,-20,-10,16,-2,5,-25; MA /M: SY='E'; M=-9,4,-28,10,38,-28,-19,-1,-25,9,-19,-13,-1,-5,22,4,0,-8,-25,-27,-16,29; MA /M: M=-2,-12,-21,-13,-7,-16,-15,-14,-9,-2,-14,-6,-9,0,-7,-4,-2,-2,-5,-25,-13,-9; MA /M: SY='A'; M=13,-14,-8,-20,-13,-13,-15,-17,-4,-8,-6,-2,-12,-15,-10,-7,0,-1,3,-25,-14,-12; MA /M: SY='R'; M=-13,-4,-27,-6,2,-21,-17,-4,-25,25,-21,-9,1,-16,7,35,-7,-8,-18,-20,-9,2; MA /M: SY='G'; M=-1,-1,-23,-3,-10,-25,29,-12,-29,-10,-26,-17,6,-17,-10,-9,6,-8,-22,-26,-22,-11; MA /I: I=-9; MD=-19; MA /M: SY='T'; M=0,4,-11,0,-3,-12,-5,-8,-12,-4,-13,-10,7,-7,-3,-4,12,16,-8,-23,-11,-3; D=-9; MA /I: I=-9; MI=0; MD=-19; IM=0; DM=-19; MA /M: SY='P'; M=-2,-11,-23,-10,-5,-16,-17,-13,-11,-8,-14,-9,-10,6,-7,-9,-4,-5,-10,-19,-13,-8; D=-9; MA /I: I=-9; DM=-19; MA /M: SY='E'; M=-3,0,-25,1,10,-22,-15,-4,-20,7,-17,-10,-1,-10,7,5,-1,-5,-17,-24,-11,8; MA /M: SY='Q'; M=0,5,-24,6,13,-29,-13,-1,-23,7,-20,-11,2,-10,18,3,1,-7,-21,-25,-14,15; MA /M: SY='A'; M=12,0,-7,-10,-11,-15,-6,-13,-9,-11,-13,-10,6,-18,-11,-14,5,0,-5,-26,-17,-11; MA /M: SY='R'; M=-9,-15,-25,-17,-9,-6,-23,-11,-2,-3,-4,-1,-11,-20,-5,2,-12,-9,-3,-8,2,-9; MA /M: SY='D'; M=-4,13,-23,15,11,-25,-12,-5,-23,3,-19,-16,7,-11,2,-2,1,-3,-18,-29,-16,6; MA /M: SY='Y'; M=-20,-20,-30,-20,-20,30,-30,19,0,-10,0,0,-20,-30,-10,-10,-20,-10,-9,30,78,-20; MA /M: SY='C'; M=-4,-22,59,-30,-27,-13,-29,-28,-6,-26,-7,-8,-20,-31,-26,-26,-10,-6,6,-38,-20,-27; MA /M: SY='T'; M=-3,-5,-19,-9,-3,-17,-12,-10,-15,2,-15,-6,-2,-14,-1,2,5,6,-10,-25,-11,-2; MA /M: SY='K'; M=-10,0,-30,0,10,-29,-19,-9,-29,46,-29,-10,0,-10,10,28,-9,-10,-20,-21,-10,10; MA /M: SY='D'; M=-11,20,-27,29,27,-31,-9,-1,-31,1,-24,-21,8,-6,6,-6,2,-7,-26,-32,-18,16; MA /M: SY='G'; M=-5,7,-28,11,3,-30,23,-10,-33,-7,-26,-20,5,-10,-6,-11,1,-12,-26,-27,-23,-2; MA /M: SY='B'; M=-7,12,-21,12,3,-22,-11,-8,-19,-1,-19,-14,9,-12,-2,-5,5,6,-14,-31,-14,0; MA /I: I=-7; MD=-15; MA /M: SY='R'; M=-7,-7,-16,-8,-3,-5,-13,-5,-8,1,-8,-5,-4,-10,-3,8,-4,-3,-5,-11,-2,-4; D=-7; MA /I: I=-7; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15; MA /M: SY='F'; M=-10,-19,-26,-20,-14,6,-22,-11,-3,-14,-4,-3,-16,-3,-14,-14,-12,-7,-5,-7,6,-15; MA /M: SY='Y'; M=-9,-17,-22,-20,-14,4,-22,-14,-2,-14,-3,-3,-15,-21,-14,-13,-12,-7,-3,4,5,-13; MA /M: SY='E'; M=-8,6,-26,11,31,-25,-17,-3,-23,5,-18,-15,0,-5,11,1,1,-5,-22,-27,-15,20; MA /M: SY='Y'; M=-11,-15,-23,-18,-11,7,-20,-4,-8,-11,-5,-4,-12,-20,-11,-8,-11,-8,-8,-2,11,-12; MA /M: SY='G'; M=-1,-7,-28,-7,-16,-28,54,-18,-36,-17,-28,-19,1,-17,-17,-18,1,-16,-27,-22,-27,-17; MA /M: SY='E'; M=-5,1,-21,2,10,-20,-17,-8,-16,0,-15,-11,-1,-9,2,-4,3,5,-11,-28,-13,5; MA /M: M=-10,-16,-22,-17,-10,0,-21,-14,-9,-9,-7,-5,-14,-2,-12,-7,-12,-7,-9,-12,-3,-12; MA /I: E1=0; IE=-105; DE=-105; NR /RELEASE=2024_02,571282; NR /TOTAL=74(74); /POSITIVE=74(74); /UNKNOWN=0(0); /FALSE_POS=0(0); NR /FALSE_NEG=0; /PARTIAL=0; CC /MATRIX_TYPE=protein_domain; CC /SCALING_DB=reversed; CC /AUTHOR=CJA_Sigrist; CC /TAXO-RANGE=???PV; /MAX-REPEAT=1; CC /FT_KEY=DOMAIN; /FT_DESC=CRESS-DNA virus Rep endonuclease; CC /VERSION=1; DR Q86567 , MREP_BBTVA , T; Q9WIJ5 , MREP_FBNY1 , T; DR O39828 , MREP_FBNY2 , T; Q9IR51 , MREP_MDV1 , T; DR Q9ICP7 , MREP_SCSVF , T; Q9Z034 , REP10_MDV1 , T; DR O91254 , REP1_FBNY1 , T; Q66862 , REP1_FBNY2 , T; DR Q9Z0D5 , REP1_MDV1 , T; Q9Z0D4 , REP2_MDV1 , T; DR Q87009 , REP2_SCSVF , T; Q9Z0D3 , REP3_MDV1 , T; DR Q87013 , REP6_SCSVF , T; Q9WIK0 , REP7_FBNY1 , T; DR O91250 , REP7_FBNY2 , T; P0CK60 , REP9_FBNY1 , T; DR P0CK61 , REP9_FBNY2 , T; O39521 , REPA_BEYDV , T; DR P18921 , REPA_CSMV , T; Q67591 , REPA_MISV9 , T; DR P03568 , REPA_MSVK , T; P14980 , REPA_MSVN , T; DR Q91MG1 , REPA_MSVPA , T; Q91MF7 , REPA_MSVRA , T; DR P14990 , REPA_MSVS , T; O40987 , REPA_MSVSE , T; DR Q9IGY6 , REPA_MSVTA , T; Q00338 , REPA_PASVK , T; DR Q89822 , REPA_SSVN , T; P31617 , REPA_TYDVA , T; DR P06847 , REPA_WDVS , T; P60470 , REPE_ONYPE , T; DR P21947 , REP_ABMVW , T; P14991 , REP_BCTVC , T; DR O39522 , REP_BEYDV , T; Q9YUD3 , REP_BFDV , T; DR P0CK40 , REP_BGYMJ , T; P0CK39 , REP_BGYMV , T; DR Q912W1 , REP_CACV , T; Q96704 , REP_CALCV , T; DR P14982 , REP_CLVK , T; P14972 , REP_CLVN , T; DR P18919 , REP_CSMV , T; Q91EK3 , REP_GOCV , T; DR D4N3P2 , REP_HCYV5 , T; Q82676 , REP_ICMV , T; DR Q67590 , REP_MISV9 , T; P14988 , REP_MSVK , T; DR P14978 , REP_MSVN , T; Q91MG2 , REP_MSVPA , T; DR Q91MF8 , REP_MSVRA , T; P14989 , REP_MSVS , T; DR O40986 , REP_MSVSE , T; Q9IGY7 , REP_MSVTA , T; DR Q9YPS2 , REP_MYMVV , T; P0C647 , REP_PASVK , T; DR Q805H4 , REP_PCV1 , T; Q8BB16 , REP_PCV2 , T; DR Q06923 , REP_PHUV , T; Q9IG45 , REP_PICV , T; DR P27258 , REP_PYMVV , T; P29048 , REP_SLCV , T; DR Q80GM6 , REP_SSVN , T; P03567 , REP_TGMVY , T; DR P36279 , REP_TLCVA , T; Q06657 , REP_TMOV , T; DR Q88888 , REP_TPCTV , T; P38609 , REP_TYCS1 , T; DR Q67620 , REP_TYCS2 , T; P27260 , REP_TYCSV , T; DR P31618 , REP_TYDVA , T; Q9DXE5 , REP_TYLCC , T; DR P27259 , REP_TYLCI , T; Q67622 , REP_WDVS , T; 3D 1L2M; 1L5I; 2HW0; 2HWT; 6H8O; 6Q1M; 6WDZ; 6WE0; 6WE1; 7KIK; 8H56; PR PRU01364; DO PDOC52020; //