ID   SMCR; MATRIX.
AC   PS52028;
DT   08-NOV-2023 CREATED; 08-NOV-2023 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
DE   Streptococcal M proteins C repeat profile.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=35;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=4; N2=32;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.3615907; R2=0.0137048; TEXT='-LogE';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=594; N_SCORE=9.5; MODE=1; TEXT='R';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=375; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='R?';
MA   /DEFAULT: M0=-7; D=-20; I=-20; B1=-100; E1=-100; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='D'; M=7,14,-23,17,13,-32,-10,-4,-24,0,-20,-15,3,-9,13,-8,3,-7,-20,-27,-18,13;
MA   /M: SY='K'; M=-6,3,-28,4,9,-30,-18,-10,-29,41,-28,-12,1,-10,8,23,-8,-9,-19,-22,-12,8;
MA   /M: SY='L'; M=-6,-26,-16,-27,-21,2,-29,-23,19,-20,26,12,-26,-28,-21,-16,-18,-3,23,-24,-5,-21;
MA   /M: SY='E'; M=-9,6,-26,10,17,-25,-21,-10,-19,14,-19,-12,-1,-10,4,4,-3,-2,-13,-28,-13,10;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='E'; M=-12,15,-29,23,44,-30,-18,0,-31,12,-23,-20,6,-5,15,6,-1,-9,-29,-31,-19,29;
MA   /M: SY='E'; M=-12,8,-29,15,31,-30,-13,0,-27,6,-18,-14,1,-8,20,4,-3,-11,-27,-27,-17,25;
MA   /M: SY='N'; M=-9,9,-25,1,-1,-21,-14,0,-14,9,-22,-10,19,-10,0,3,0,-5,-17,-30,-12,-2;
MA   /M: SY='Q'; M=-5,-4,-29,-3,12,-30,-19,-4,-21,19,-19,-6,-4,-3,24,10,-5,-9,-22,-21,-12,18;
MA   /M: SY='I'; M=-6,-28,-22,-34,-28,3,-33,-28,36,-26,13,13,-20,-23,-22,-25,-12,-5,31,-23,-3,-28;
MA   /M: SY='S'; M=1,-9,-16,-9,-3,-14,-12,-10,-8,-13,-4,-5,-4,-16,2,-10,13,7,-7,-31,-13,0;
MA   /M: SY='D'; M=-13,22,-28,30,30,-30,-15,-2,-31,9,-24,-21,11,-7,9,3,1,-4,-26,-32,-18,19;
MA   /M: SY='A'; M=30,-10,-15,-16,-3,-20,-7,-16,-10,-9,-8,-8,-10,-5,-3,-16,5,0,-5,-22,-18,-4;
MA   /M: SY='S'; M=7,1,-14,-1,-1,-20,-3,-8,-21,-4,-27,-18,11,-12,1,1,28,13,-12,-36,-19,-1;
MA   /M: SY='R'; M=-18,-11,-28,-11,-2,-18,-21,5,-25,23,-18,-8,-2,-21,7,57,-10,-10,-15,-22,-8,-2;
MA   /M: SY='Q'; M=-9,-2,-28,-3,10,-30,-21,-4,-21,24,-19,-4,-2,-11,26,16,-5,-5,-20,-21,-9,18;
MA   /M: SY='G'; M=-1,-11,-27,-11,-18,-26,49,-18,-32,-15,-26,-17,-2,-20,-17,-12,2,-14,-21,-22,-26,-18;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-26,-18,-28,-20,12,-29,-21,15,-26,35,13,-25,-27,-21,-19,-20,0,11,-20,0,-20;
MA   /M: SY='R'; M=5,-2,-18,-6,-2,-20,-8,-7,-22,6,-22,-14,6,-15,2,19,12,3,-13,-28,-16,-2;
MA   /M: SY='R'; M=-17,-11,-28,-11,-2,-19,-19,-3,-26,24,-19,-9,-1,-20,7,59,-7,-8,-15,-22,-11,-2;
MA   /M: SY='D'; M=-5,32,-25,43,10,-34,-3,-6,-33,-4,-25,-25,12,-11,-4,-12,3,-5,-23,-34,-20,3;
MA   /M: SY='L'; M=-12,-32,-25,-32,-22,16,-28,-22,12,-28,35,12,-31,-30,-22,-20,-31,-13,2,11,7,-21;
MA   /M: SY='E'; M=-11,19,-27,28,33,-29,-17,-4,-29,6,-22,-21,6,-5,9,-3,3,0,-24,-32,-18,21;
MA   /I: I=-6; MD=-32;
MA   /M: SY='A'; M=36,-8,-11,-15,-8,-17,-2,-5,-11,-9,-10,-8,-7,-10,-7,-15,7,-2,-3,-18,-13,-8; D=-6;
MA   /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
MA   /M: SY='S'; M=9,-6,-14,-9,-6,-16,-9,-3,-13,-9,-15,-10,0,-14,-4,-7,17,10,-5,-32,-13,-6;
MA   /M: SY='R'; M=-17,-12,-27,-12,-3,-18,-22,-3,-20,20,-12,-5,-5,-21,8,50,-11,-9,-12,-21,-9,-1;
MA   /M: SY='E'; M=-3,10,-28,16,28,-30,-10,-6,-30,14,-23,-18,2,-6,8,2,-1,-9,-24,-27,-18,18;
MA   /M: SY='A'; M=19,-8,-16,-11,-7,-16,-10,-17,-8,-9,-5,-7,-10,-9,-10,-15,3,-1,-2,-25,-16,-9;
MA   /M: SY='K'; M=-9,3,-25,-1,2,-21,-16,-6,-21,23,-19,-9,8,-16,3,19,-5,-6,-17,-25,-11,2;
MA   /M: SY='K'; M=-10,5,-28,4,15,-28,-18,-5,-27,31,-26,-12,6,-10,13,21,-4,-5,-22,-24,-12,14;
MA   /M: SY='K'; M=-2,-1,-25,-3,7,-25,-16,8,-21,15,-18,-6,2,-13,12,8,-5,-9,-19,-23,-8,9;
MA   /M: SY='V'; M=0,-19,-16,-20,-12,-7,-25,-19,11,-15,10,6,-20,-22,-9,-14,-9,0,17,-26,-9,-11;
MA   /M: SY='E'; M=-7,-1,-26,3,22,-23,-10,-10,-22,6,-15,-12,-4,-9,4,-1,-2,-4,-17,-26,-16,13;
MA   /M: SY='A'; M=22,-1,-15,-6,2,-21,0,-13,-18,-7,-18,-15,1,-10,-4,-13,15,5,-10,-28,-20,-1;
MA   /M: SY='E'; M=-5,11,-26,17,25,-28,-16,-5,-24,6,-15,-14,0,-8,9,-2,-3,-9,-21,-28,-16,17;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-17,-22,-18,-7,-5,-25,-2,3,-15,18,7,-15,-21,-9,-12,-16,-7,-1,-23,-2,-9;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
CC   /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC   /SCALING_DB=reversed;
CC   /AUTHOR=CJA_Sigrist;
CC   /FT_KEY=REPEAT; /FT_DESC=C;
CC   /VERSION=1;
PR   PRU01372;
DO   PDOC52028;
//