ID   SMDRR; MATRIX.
AC   PS52030;
DT   08-NOV-2023 CREATED; 08-NOV-2023 DATA UPDATE; 29-MAY-2024 INFO UPDATE.
DE   Streptococcal M proteins D repeats region profile.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=27;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=3; N2=25;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.2162844; R2=0.0092737; TEXT='-LogE';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=786; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=570; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: M0=-6; D=-20; I=-20; B1=-100; E1=-100; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='E'; M=4,4,-25,7,35,-28,-15,-6,-25,12,-19,-16,-2,-4,11,1,1,-8,-21,-26,-18,23;
MA   /M: SY='R'; M=7,-7,-23,-11,-1,-23,-13,-9,-23,21,-19,-10,-3,-14,3,29,-3,-7,-13,-20,-13,-1;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-30,-21,-32,-23,7,-32,-23,27,-29,38,19,-28,-28,-21,-22,-25,-9,20,-21,-1,-23;
MA   /M: SY='E'; M=-10,5,-30,10,34,-30,-20,-5,-30,31,-25,-15,0,-5,15,16,-5,-10,-25,-25,-15,24;
MA   /M: SY='V'; M=24,-20,-10,-25,-20,-10,-16,-25,11,-15,0,0,-20,-20,-20,-20,0,0,26,-25,-15,-20;
MA   /M: SY='E'; M=-10,10,-30,20,60,-30,-20,0,-30,10,-20,-20,0,0,20,0,0,-10,-30,-30,-20,40;
MA   /M: SY='N'; M=19,16,-15,1,-5,-20,0,-4,-15,-5,-20,-15,26,-15,-5,-10,10,0,-16,-30,-20,-5;
MA   /M: SY='A'; M=21,-5,-20,-10,0,-25,-10,-15,-20,19,-20,-10,-5,-10,0,4,0,-5,-10,-20,-15,0;
MA   /M: SY='K'; M=19,-5,-20,-10,0,-25,-10,-15,-20,21,-20,-10,-5,-10,0,6,0,-5,-10,-20,-15,0;
MA   /M: SY='Y'; M=-15,-25,-25,-25,-20,20,-30,1,10,-20,24,10,-25,-30,-15,-15,-25,-10,0,6,42,-20;
MA   /M: SY='K'; M=-10,0,-30,0,10,-30,-20,-10,-30,50,-30,-10,0,-10,10,30,-10,-10,-20,-20,-10,10;
MA   /M: SY='E'; M=-10,10,-30,20,60,-30,-20,0,-30,10,-20,-20,0,0,20,0,0,-10,-30,-30,-20,40;
MA   /M: SY='Q'; M=-10,0,-30,0,20,-40,-20,10,-20,10,-20,0,0,-10,60,10,0,-10,-30,-20,-10,40;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20,10,-30,-20,20,-30,50,20,-30,-30,-20,-20,-30,-10,10,-20,0,-20;
MA   /M: SY='A'; M=40,-14,-10,-22,-14,-16,-6,-22,-2,-12,-6,-6,-14,-14,-14,-20,6,0,10,-22,-18,-14;
MA   /M: SY='K'; M=-10,0,-30,0,10,-30,-20,-10,-30,50,-30,-10,0,-10,10,30,-10,-10,-20,-20,-10,10;
MA   /M: SY='Q'; M=-10,0,-30,0,20,-40,-20,10,-20,10,-20,0,0,-10,60,10,0,-10,-30,-20,-10,40;
MA   /M: SY='A'; M=50,-10,-10,-20,-10,-20,0,-20,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-10,-20,10,0,0,-20,-20,-10;
MA   /M: SY='E'; M=-10,10,-30,20,60,-30,-20,0,-30,10,-20,-20,0,0,20,0,0,-10,-30,-30,-20,40;
MA   /M: SY='E'; M=-10,10,-30,20,60,-30,-20,0,-30,10,-20,-20,0,0,20,0,0,-10,-30,-30,-20,40;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-30,-20,10,-30,-20,20,-30,50,20,-30,-30,-20,-20,-30,-10,10,-20,0,-20;
MA   /M: SY='E'; M=19,0,-20,1,26,-25,-10,-10,-20,0,-15,-15,-5,-5,6,-10,5,-5,-16,-25,-20,16;
MA   /M: SY='K'; M=-10,0,-30,0,10,-30,-20,-10,-30,50,-30,-10,0,-10,10,30,-10,-10,-20,-20,-10,10;
MA   /M: SY='A'; M=21,-20,-15,-25,-15,-6,-14,-20,4,-20,19,4,-20,-20,-15,-20,-9,-5,5,-20,-10,-15;
MA   /M: SY='K'; M=-10,0,-30,0,10,-30,-20,-10,-30,50,-30,-10,0,-10,10,30,-10,-10,-20,-20,-10,10;
MA   /M: SY='A'; M=39,-10,-15,-18,-12,-22,16,-20,-17,-12,-15,-12,-8,-12,-12,-20,8,-5,-7,-20,-22,-12;
MA   /M: SY='E'; M=-13,27,-28,33,36,-30,-13,2,-30,5,-25,-23,19,-7,10,-3,2,-8,-30,-35,-20,23;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
CC   /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC   /SCALING_DB=reversed;
CC   /AUTHOR=CJA_Sigrist;
CC   /FT_KEY=REPEAT; /FT_DESC=D;
CC   /VERSION=1;
PR   PRU01374;
DO   PDOC52028;
//